Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using an Automated Purification Instrument (API)

Please note that all translations are AI generated. Click here for the English version.

88 Views

•

02:34 min

•

September 8th, 2023

DOI :

10.3791/200724-v

September 8th, 2023

•

Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

Transcript

للبدء ، قم بقطع عينات الحمض النووي والحمض النووي الريبي المضمنة في البارافين المثبتة بالفورمالين أو FFPE. قم بتشغيل أداة التنقية التلقائية أو أداة واجهة برمجة التطبيقات وقم بتسجيل الدخول باستخدام اسم المستخدم وكلمة المرور. بعد ذلك ، في برنامج العارض الجينومي المتكامل ، ضمن العينات ، انقر فوق إنشاء عينات" أدخل اسم العينة وحدد فئة التطبيق.

بعد إدخال تفاصيل العينة ، انقر فوق حفظ "ثم حدد تشغيل" انقر فوق "عينة إلى نتيجة" وأدخل اسم التشغيل قبل النقر فوق "حدد الفحص متبوعا بعينة من الاهتمام وانقر فوق التالي" بعد تحديد كل عينة ، انقر فوق تعيين "ثم تحقق من معلمات الشطف واحفظ التشغيل. ضع عينات أنسجة FFPE وأنابيب معالجة العينات. جهاز طرد مركزي الأنبوب عند 2،000 جم لمدة دقيقة واحدة.

أضف مزيج Protease Digest الرئيسي المحضر من مجموعة تنقية الحمض النووي إلى الأنبوب. احتضان العينة عند 60 درجة مئوية لمدة ساعة واحدة ، تليها احتضانها عند 90 درجة مئوية لمدة ساعة واحدة. بعد تبريد العينات ، ارفع الأنبوب الداخلي لأنبوب معالجة العينات وقفله عن طريق الانعطاف يسارا.

جهاز طرد مركزي الأنبوب الداخلي عند 2،000 جم لمدة 10 دقائق. ثم افتح الأنبوب عن طريق الانعطاف يمينا وفصله عن الأنبوب الآخر. تخلص من الأنبوب الداخلي وضع الأنبوب الخارجي على الثلج حتى يتم تحميله على واجهة برمجة التطبيقات.

قم بإعداد مزيج رئيسي لهضم الحمض النووي وتحميله في لوحة تنقية الحمض النووي والحمض النووي الريبي FFPE المعبأة مسبقا. قم بتحميل العينات المحضرة في لوحة تنقية الحمض النووي والحمض النووي الريبي FFPE واحدة. في شاشة API ، انقر فوق "تشغيل" ثم حدد خطة التشغيل وانقر فوق "التالي" اتبع التعليمات التي تظهر على الشاشة لتحميل المواد الاستهلاكية والكواشف المطلوبة لتشغيل التنقية.

بمجرد تحميل جميع الكواشف ، انقر فوق "التالي" أغلق باب واجهة برمجة التطبيقات وانقر فوق "ابدأ" في نهاية التشغيل ، وانقر فوق "تفريغ" وقم على الفور بإزالة لوحة أرشيف الحمض النووي المكونة من 48 بئرا والتي تحتوي على الحمض النووي المنقى والحمض النووي الريبي. بعد انتهاء تنقية العينة ، أغلق اللوحة وقم بتخزينها عند درجة حرارة 80 درجة مئوية تحت الصفر.

Explore More Videos

JoVE

From the series

تقييم التغير الجيني في مرضى سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة