للبدء ، احصل على صور أقسام سرطان الكبد المناعية. قم بتنزيل وفتح QuPath 0.4.3. exe على الكمبيوتر.
قم بإنشاء مجلد جديد باسم مناسب لتنظيم مشاريع QuPath. انقر فوق الزر "إنشاء مشروع" في الزاوية العلوية اليسرى للبرنامج وحدد المجلد الذي تم إنشاؤه حديثا. ثم اسحب الصور الممسوحة ضوئيا إلى نافذة برنامج QuPath.
بمجرد ظهور نافذة جديدة ، حدد تعيين نوع الصورة وانقر فوق H-DAB ، متبوعا بالاستيراد. لعرض الصور المستوردة ، تحقق من القائمة في النافذة اليسرى من القائمة وانقر نقرا مزدوجا فوق صورة لفتحها. حدد ملفا من القائمة الرئيسية وتابع حفظ الصور كمشروع.
اختر أدوات الفرشاة أو العصا في القائمة الرئيسية للتعليق على منطقة الورم. في حالات مناطق الورم المتقطعة ، قم بالتعليق على كل منطقة على حدة. اضغط مع الاستمرار على مفتاح التحكم أثناء تحديد جميع المناطق.
ثم انقر بزر الماوس الأيمن واختر تحرير متعدد وحدد دمج المحدد. بعد ذلك ، انقر فوق أتمتة في القائمة الرئيسية وحدد إظهار محرر البرامج النصية. انسخ البرنامج النصي المطلوب ، والصقه في محرر البرامج النصية ، ثم انقر فوق تشغيل.
بدلا من ذلك ، حدد أداة polyline من القائمة الرئيسية لرسم حدود بدقة ، وفصل أعشاش الخلايا الخبيثة والأنسجة المجاورة غير الورمية. ثم حدد الحد من القائمة الرئيسية ، واختر الكائنات ، وانقر فوق التعليق التوضيحي وحدد توسيع التعليقات التوضيحية. اضبط نصف قطر التمدد على 500 ميكرومتر واختر مسطحا لغطاء الخط.
قم بتنشيط إزالة الجزء الداخلي وتأكد من تنشيط القيد على الوالدين. الآن انقر بزر الماوس الأيمن على التعليق التوضيحي الذي تم إنشاؤه حديثا. حدد تحرير فردي واختر تقسيم.
لتسمية المناطق المشروحة بشكل صحيح ، انقر بزر الماوس الأيمن فوق التعليق التوضيحي في القائمة الموجودة على اليسار. حدد تعيين الخصائص وأدخل الأسماء المناسبة لمناطق الهامش الداخلي والخارجي. حدد منطقة الورم المتبقية على أنها مركز الأورام.
قم بتمديد منطقة الورم بعرض 500 ميكرومتر مجاورة للحافة الخارجية كما هو موضح سابقا. لتحليل البيكسل المفصل، حدد أداة المستطيل من القائمة الرئيسية. ثم قم بالتعليق على منطقة ، تشمل جميع أنواع البكسل المراد تمييزها.
بعد ذلك ، انتقل إلى القائمة الرئيسية. حدد تحليل وانقر فوق المعالجة المسبقة. ثم انقر فوق تقدير متجه البقع.
عند تنشيط محرر البقع المرئي ، حدد تلقائي وانقر فوق موافق. قم بتسمية ناقل البقع المقدر H-DAB. لتحليل البكسل ، تتضمن الطريقة البديلة استخدام أداة المستطيل من القائمة الرئيسية لتسليط الضوء على جزء صغير من نواة ملطخة بالهيماتوكسيلين.
بعد ذلك ، قم بالوصول إلى القائمة اليسرى وحدد الصورة. ثم انقر نقرا مزدوجا فوق وصمة عار واحدة وحدد نعم. مرة أخرى ، استخدم أداة المستطيل للتعليق على منطقة صغيرة ، مع إظهار تلطيخ إيجابي باستخدام DAB.
بعد ذلك ، حدد الصورة من القائمة اليسرى وانقر نقرا مزدوجا فوق وصمة عار اثنين ، متبوعة بنعم. لتقييم جزء مساحة الخلايا المناعية الإيجابية من القائمة الرئيسية ، انقر فوق خيار التصنيف ، وحدد تصنيف البكسل وانقر فوق إنشاء عتبة. بعد ذلك ، اضبط الدقة على عالية ، وحدد قناة DAB وقم بتطبيق مرشح غاوسي مسبق مع سيغما 0.5.
اضبط الحد بين 0.2 و 0.3. حدد البيكسلات فوق العتبة على أنها موجبة وتحت العتبة على أنها سالبة. لتحديد المنطقة، اختر أي تعليق توضيحي.
أعط المصنف اسما. ثم انقر فوق حفظ وقياس وموافق. لتوثيق النتائج ، انسخ النتائج المعروضة في القائمة الموجودة على الجانب الأيسر وانقلها إلى جدول بيانات.
حدد القياس من القائمة الرئيسية العليا كطريقة بديلة. ثم اختر إظهار قياسات التعليقات التوضيحية. حدد نسخ إلى الحافظة والصق هذه النتائج في جدول بيانات للحصول على سجل مفصل.
أخيرا ، انقر بزر الماوس الأيمن فوق الصورة ، وانتقل إلى العرض المتعدد وانقر فوق إغلاق العارض لإغلاق الصورة. لوحظ بروتين CD117 في الغالب في الأغشية السيتوبلازمية للخلايا المستديرة في سدى الورم والمساحات المجاورة للوعائية. كما لوحظت خلايا CD117 إيجابية في كبسولات الورم والمناطق المجاورة للأوعية الدموية في الهامش الخارجي والورم المجاور.
لوحظ بروتين NKp46 بشكل رئيسي في الأغشية السيتوبلازمية للخلايا المستديرة في المساحات الشبيهة بالجيوب الأنفية ، وسدى مركز الورم والهامش الداخلي. لوحظت خلايا إيجابية Nkp46 في كبسولات حول أعشاش الورم وسدى المسالك البابية في الهامش الخارجي ومناطق الورم المحيطي. لوحظ بروتين CD1a في الغالب في الأغشية السيتوبلازمية للخلايا المستديرة ، إما مبعثرة أو في مجاميع في السدى والمساحات الشبيهة بالجيوب الأنفية في مركز الورم ومناطق الهامش الداخلي.
تم العثور على خلايا إيجابية CD1a في الجيوب الأنفية والظهارة الصفراوية في منطقة الورم المجاور.
