نود أن نشكر مايكروسيستمز تكنولوجيا مختبرات في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا على السماح لنا الفيلم جزء من هذا الفيديو في غرفة نظيفة.

إعداد 1. إنشاء قناع <blockquote style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام برامج CAD ، تصميم قناة للطباعة عالية الدقة على الشفافية. وسوف يكون هذا &quot;قناع&quot;. </blockquote> في غرفة نظيفة : 2. خبز نظيفة والرقاقة أولا ، بخ الرقاقة مع الأسيتون ، ثم سرعان ما مع الميثانول ، ثم مع الأيزوبروبانول. أخيرا ، الجافة الرقاقة باستخدام النيتروجين. خبز الرقاقة في الفرن (130 درجة مئوية) لمدة 5 دقائق. 3. طلاء الرقاقة وضع رقاقة في مركز للآلة تدور طلاء. من أجل مقاومة للضوء (SU - 8) من الزجاجة على الرقاقة. السماح لتدفق SU - 8 والاسترخاء لS. 10 ~ بدوره على المغطي الجانبية وتصل سرعته المنحدر 0-500 دورة في الدقيقة ما يزيد على 5 في الثانية ؛ الاحتفاظ ب 500 دورة في الدقيقة لمدة 10 ثانية ؛ منحدر يصل إلى السرعة النهائية على 10 ثانية وتحافظ على السرعة النهائية لمدة 30 ثانية. سرعة النهائي يعتمد على سماكة طبقة المستهدفة وSU - 8 المستخدمة. ويمكن الاطلاع على التفاصيل في <a href="http://www.microchem.com/">http://www.microchem.com/</a> 4. لينة خبز بعد طلاء الرقاقة ، خبز لأول مرة في 65 درجة مئوية ، ثم في 95 درجة مئوية. الوقت يختلف مع الخبز سمك المستهدفة ونوع من مقاومة للضوء المستخدمة. ثم ، والسماح للرقاقة الجلوس في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق على الأقل. 5. تعرض وضع قناع على رأس رقاقة وفضح الرقاقة للأشعة فوق البنفسجية في الوقت الموصى به في دليل SU - 8. 6. بعد التعرض للخبز خبز الرقاقة عند 65 درجة مئوية و 95 درجة مئوية ثم بعد SU - 8 في دليل التعليمات. 7. تطوير رقاقة للحصول على &quot;سيد&quot; (القالب) إعداد كوب مملوء المطور (PMMA). تزج الرقاقة في الدورق بلطف جدا بينما تتأرجح الدورق حتى يتم غسلها جزء غير معلن من مقاوم الضوء بعيدا. في مختبرنا : 8. إعداد PDMS وسكبه على الرقاقة مزيج PDMS مع وكيلها في علاج نسبة 10:01 في فنجان. ويحرك مزيج متجانس فإنه : هذه سوف تولد الكثير من الفقاعات وجعل خليط تبدو مبهمة. يصب الخليط على &quot;سيد&quot;. 9. دي فقاعة في فراغ الغرفة لإزالة فقاعات ، ويوضع الخليط الماجستير والتي تغطي PDMS قبل ان تتحول الى فراغ الغرفة حتى تختفي جميع الفقاعات. 10. الخبز في الفرن أخبز لمدة لا تقل عن 12 ساعة في الفرن عند 65 درجة مئوية إلى تصلب PDMS. 11. لكمة ثقوب انزع PDMS من الماجستير والثقوب لكمة لمداخل ومنافذ للقنوات. في غرف الأبحاث (لا يظهر) 12. البلازما الرابطة مستعبدين القنوات لشريحة زجاجية بعد معالجة كل طبقة PDMS وشريحة زجاجية مع البلازما الأكسجين لمدة 1 دقيقة. التجارب : إكسب # 1 : التحقيق في استجابة الكيميائي من الجراثيم البحرية على النطاق الصغير طبقات المغذيات 1) إعداد التجربة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة إلى الكائنات الحية وركائز الزجاج المحاقن </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان قناة ميكروفلويديك على مرحلة المجهر ونعلق أنابيب لمداخل ومنافذ مناسبة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> توصيل الأنابيب إلى خزان النفايات. تأكد من أنابيب مغمورة تماما في السائل في خزان النفايات لتجنب التذبذبات الضغط </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان الحقن على ضخ حقنة والاتصال صمامات وأنابيب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد المجهر : ظروف الإضاءة ، التكبير ، الخ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التركيز على الموقف المناسب في القناة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> دي فقاعة قناة باستخدام أكبر حقنة مليئة بمياه البحر الاصطناعي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مجموعة مناسبة معدل التدفق على ضخ حقنة. في هذه الحالة 2 مل / دقيقة ، والتي تتطابق مع سرعة تدفق يعني -1 220 ميكرومتر ليالي في القناة </li></ol> 2) تشغيل التجربة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدء ضخ حقنة لإنشاء معامل المواد الغذائية في القناة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة واستقر تدفق مجموعة من المواد المغذية قد وضعت ، ووقف تدفق على ضخ حقنة وبدء تسجيل الوقت من هذه النقطة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الفرقة المغذيات يبدأ منتشر أفقيا </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> على فترات زمنية منتظمة ، واستخدام برمجيات تحليل الصور لتسجيل تسلسل الإطارات لإنشاء &quot;الأفلام&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تميز الكائنات السباحة من خلال اتخاذ الوقت الفرق بين الصور إطارين لاحقة ، بحيث الكائنات فقط تتحرك الآن تصور ، مما يسمح لنا للتمييز الخلايا متحركة من غير تحريك الجسيمات والضوضاء في الخلفية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أفلام اتخاذ مواقف لتحديد الخلايا في القناة مع الإشارة إلى عosition من التصحيح المغذيات </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسجيل الأفلام على فترات منتظمة لمدة 10-20 دقيقة لتحليل المواقف وأنماط السباحة من الكائنات الحية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام برنامج تحليل الصور إلى فرض المواقف من الكائنات الحية في أطر مختلفة (تكليف كل بكسل شدة الضوء القصوى المسجلة في ذلك بكسل على مدى مدة الفيلم) ، يمكننا الحصول على معلومات عن مسار الخلايا السباحة </li></ol> إكسب # 2 : التحقيق في الآثار المترتبة على القص على البكتيريا البحرية السباحة في vortexZ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام هندسة قناة مختلفة ، يمكن أن نلاحظ سلوك البكتيريا تسبح في دوامة بمعدلات مختلفة القص </li></ol>

<ol>
	<li>Azam, F., Malfatti, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+structuring+of+marine+ecosystems.">Microbial structuring of marine ecosystems.</a> Nature Reviews Microbiology. 5, 782-791 (2007).</li><li>Blackburn, N., Azam, F., Hagstrom, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+explicit+simulations+of+a+microbial+food+web.+.">Spatially explicit simulations of a microbial food web. .</a> Limnology and Oceanography. 42, 613-622 (1997).</li><li>Blackburn, N., Fenchel, T., Mitchell, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microscale+nutrient+patches+in+plankton+habitats+shown+by+chemotactic+bacteria.">Microscale nutrient patches in plankton habitats shown by chemotactic bacteria.</a> Science. 282, 2254-2256 (1998).</li><li>Keymer, J. E., Galajda, P., Muldoon, C., Park, S., Austin, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+metapopulations+in+nanofabricated+landscapes.">Bacterial metapopulations in nanofabricated landscapes.</a> Proceedings of the National Academy of Science. 103, 17290-17295 (2006).</li><li>Mao, H., Cremer, P. S., Manson, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+sensitive,+versatile+microfluidic+assay+for+bacterial+chemotaxis.">A sensitive, versatile microfluidic assay for bacterial chemotaxis.</a> Proceedings of the National Academy of Science. 100, 5449-5454 (2003).</li><li>Marcos, R., Stocker, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microorganisms+in+vortices:+a+microfluidic+setup.">Microorganisms in vortices: a microfluidic setup.</a> Limnology and Oceanography: Methods. 4, 392-398 (2006).</li><li>Park, S., Wolanin, P. M., Yuzbahyan, E. A., Lin, H., Darnton, N. C., Stock, J. B., Silberzan, P., Austin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Influence+of+topology+on+bacterial+social+interaction.">Influence of topology on bacterial social interaction.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 100, 13910-13915 (2003).</li><li>Whitesides, G. M., Ostuni, E., Takayama, S., Jiang, X., Ingber, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Soft+lithography+in+biology+and+biochemistry.">Soft lithography in biology and biochemistry.</a> Annual Review of Biomedical Engineering. 3, 335-373 (2001).</li></ol>

فهم كيف تتفاعل مع الجراثيم البحرية الكيماوية المحلية والبيئة المادية أمر حتمي لتصور أكثر اكتمالا والدقيق للدور الكائنات الدقيقة في العوالق المغذيات المحيطات ودورات الكربون (عزام وMalfatti 2007). ومع ذلك ، ونظرا لجداول صغيرة (&lt;ملم) على كثير من التفاعلات التي تجري الميكروبية الهامة ،...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PDMS, Sylgard 184</td>
<td>Silicone Elastomer Kit</td>
<td>Dow Corning, Midland, MI, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>http://www.ellsworth.com/sylgard.html</td>
</tr>
<tr>
<td>SU8-2100</td>
<td>Photoresist</td>
<td>MicroChem, Newton, MA, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>www.microchem.com
</td>
</tr>
<tr>
<td>Nikon Eclipse TE2000-E inverted microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Nikon, Japan</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PEEK tubing (0.762 mm ID, 1.59 mm OD)</td>
<td>Tool</td>
<td>Upchurch Scientific, Oak Harbor, WA, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>www.upchurch.com</td>
</tr>
<tr>
<td>Syringes (Luer-Lok Tip)</td>
<td>Tool</td>
<td>BD, Franklin Lakes, NJ, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fitting Part P-704-01</td>
<td>Tool</td>
<td>Upchurch Scientific, Oak Harbor, WA, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>To connect tubing to Luer-Lok Tip Syringes</td>
</tr>
<tr>
<td>Syringe Pump (PHD 2000 Programmable)</td>
<td>Equipment</td>
<td>Harvard Apparatus, Holliston, MA, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>CCD Camera (PCO 1600)</td>
<td>Equipment</td>
<td>Cooke, Romulus, MI, USA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

chemotactic response of marine micro-organisms to micro-scale nutrient layers

والدرجة التي يمكن أن تستغل الميكروبات العوالق بقع الموارد الميكروسكيل لها آثار كبيرة للالديناميكية المحيطية والتمويه البيوجيوكيميائية. ومع ذلك ، للاستفادة من بقع المغذيات في المحيطات ، والميكروبات السباحة يجب التغلب على تأثيرات القوى المادية بما في ذلك نشر الجزيئية والقص المضطربة ، والتي سوف تحد من توافر بقع وقدرة البكتيريا على العثور عليهم. حتى وقت قريب ، قد حالت دون قيود المنهجية الفحوص الجرثومية المباشرة للسلوك داخل الموائل غير متجانسة وواقعية ظروف التدفق على نطاق صغير. وبالتالي ، فقد تم شراء الكثير من معرفتنا الحالية بشأن السلوك الميكروبي في المحيط من التنبؤات النظرية. للحصول على معلومات جديدة عن السلوك تستخدم علفا للميكروبات في المحيطات لدينا تطبيق تقنيات التصنيع لينة الطباعة الحجرية لتطوير أجهزة ميكروفلويديك 2 ، والتي استخدمناها لإنشاء (ط) الميكروسكيل بقع المغذيات ذات أبعاد وخصائص ناشر ذات الصلة لعمليات المحيطات والميكروسكيل (II) الدوامات ، مع معدلات مماثلة لتلك القص المتوقع في المحيط. وقد أتاحت هذه الأجهزة ميكروفلويديك الفحص الاول المباشر للسباحة الميكروبية والسلوك الكيميائي داخل المناظر البحرية غير المتجانسة والحيوية. الجمع بين استخدام والتخلص epifluorescence المجهري المقابل تسمح الامتحانات مباشرة للأبعاد المادية والخصائص ناشر من بقع المواد الغذائية ، مع مراعاة استجابة حصري على مستوى السكان ، بالإضافة إلى السلوك الفردي للسباحة الميكروبات. وقد كشفت هذه التجارب أن بعض أنواع العوالق النباتية والبكتيريا متغايرة والأولانيات ابتلاعي التغذي بارعون في تحديد مكان واستغلال الموارد الميكروسكيل بقع نشرها ضمن أطر زمنية قصيرة جدا. أظهرنا أيضا أن تصل إلى معدلات معتدلة القص ، والبكتيريا البحرية قادرة على مكافحة تدفق والسباحة من خلال بيئتهم في تلقاء نفسها. ومع ذلك ، ما وراء القص مستوى عتبة عالية ، تتماشى البكتيريا في تدفق القص وأقل قدرة على السباحة من دون إزعاج من التدفق. على microfluidics يمثل نهجا جديدا وغير مكلفة لدراسة البيئة المائية الميكروبية ، ونظرا لمدى ملاءمتها لخلق مجالات تدفق بدقة واقعية والتدرجات الركيزة في microscale ، ينطبق بشكل مثالي لامتحانات السلوك الميكروبية في موازين أصغر من التفاعل. ولذلك نقترح على microfluidics يمثل أداة قيمة للحصول على فهم أفضل لإيكولوجيا كائنات دقيقة في المحيط.

Watch this Scientific Journal Video about Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers at JoVE.com

الانقسام الاختزالي | مجموعة فيديو علم الأحياء

Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers

موصوفة تلفيق قنوات ميكروفلويديك وتنفيذها في تجارب لدراسة السلوك الكيميائي تستخدم علفا للميكروبات البحرية داخل المغذيات الطبيعية البرية والبحرية وسلوك غير مكتمل للسباحة داخل البكتيريا تدفق القص.

الكيميائي استجابة الكائنات المجهرية البحرية الصغيرة الحجم لطبقات غذائية

The degree to which planktonic microbes can exploit microscale resource patches will have considerable implications for oceanic trophodynamics and ...

chemotactic-response-marine-micro-organisms-to-micro-scale-nutrient

Research

JoVE Journal

Biology

13.2K Views.  MIT - Massachusetts Institute of Technology. موصوفة تلفيق قنوات ميكروفلويديك وتنفيذها في تجارب لدراسة السلوك الكيميائي تستخدم علفا للميكروبات البحرية داخل المغذيات الطبيعية البرية والبحرية وسلوك غير مكتمل للسباحة داخل البكتيريا تدفق القص.

Video: Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers

Layers of Symbiosis - Visualizing the Termite Hindgut Microbial Community

Jared Leadbetter takes us for a nature walk through the diversity of life resident in the termite hindgut - a microenvironment containing 250 different species found nowhere else on Earth.  Jared reveals that the symbiosis exhibited by this system is multi-layered and involves not only a relationship between the termite and its gut inhabitants, but also involves a complex web of symbiosis among the gut microbes themselves.

Jared Leadbetter takes us for a nature walk through the diversity of life resident in the termite hindgut - a microenvironment containing 250 different species found nowhere else on Earth. Jared reveals that the symbiosis exhibited by this system is multi-layered and involves not only a relationship between the termite and its gut inhabitants, but also involves a complex web of symbiosis among the gut microbes themselves.

طبقات من التكافل -- الرؤية والميكروبية المعى المؤخر الجماعة النمل الأبيض

Jared Leadbetter takes us for a nature walk through the diversity of life resident in the termite hindgut - a microenvironment containing 250 different ...

Micro-scale Engineering for Cell Biology

متناهي الصغر الهندسية لبيولوجيا الخلية

In vivo Imaging of Deep Cortical Layers using a Microprism

We present a protocol for in vivo imaging of cortical tissue using a deep-brain imaging probe in the shape of a microprism.  Microprisms are 1-mm in size and have a reflective coating on the hypotenuse to allow internal reflection of excitation and emission light.  The microprism probe simultaneously images multiple cortical layers with a perspective typically seen only in slice preparations.  Images are collected with a large field-of-view (~900 &mu;m).  In addition, we provide details on the non-survival surgical procedure and microscope setup.  Representative results include images of layer V pyramidal neurons from Thy-1 YFP-H mice showing their apical dendrites extending through the superficial cortical layer and extending into tufts.  Resolution was sufficient to image dendritic spines near the soma of layer V neurons.  A tail-vein injection of fluorescent dye reveals the intricate network of blood vessels in the cortex.  Line-scanning of red blood cells (RBCs) flowing through the capillaries reveals RBC velocity and flux rates can be obtained. This novel microprism probe is an elegant, yet powerful new method of visualizing deep cellular structures and cortical function in vivo.

In vivo Imaging of Deep Cortical Layers using a Microprism

Right-angle microprisms inserted into the mouse neocortex allows for deep imaging of multiple cortical layers with a viewpoint typically found in slice. One-millimeter microprisms offer a wide field-of-view (~900 &mu;m) and spatial resolutions sufficient to resolve dendritic spines. We demonstrate layer V neuronal imaging and neocortical vascular imaging using microprisms.

في التصوير المجراة من الطبقات العميقة القشرية باستخدام Microprism

We present a protocol for in vivo imaging of cortical tissue using a deep-brain imaging probe in the shape of a microprism.  Microprisms are 1-mm in size ...

Using the optokinetic response to study visual function of zebrafish

Optokinetic response (OKR) is a behavior that an animal vibrates its eyes to follow a rotating grating around it. It has been widely used to assess the visual functions of larval zebrafish1-5. Nevertheless, the standard protocol for larval fish is not yet readily applicable in adult zabrafish. Here, we introduce how to measure the OKR of adult zebrafish with our simple custom-built apparatus using a new protocol which is established in our lab. Both our apparatus and step-by-step procedure of OKR in adult zebrafish are illustrated in this video. In addition, the measurements of the larval OKR, as well as the optomotor response (OMR) test of adult zebrafish, are also demonstrated in this video. This OKR assay of adult zebrafish in our experiment may last for up to 4 hours. Such OKR test applied in adult fish will benefit to visual function investigation more efficiently when the adult fish vision system is manipulated.
Su-Qi Zou and Wu Yin contributed equally to this paper.

Optokinetic response has been widely used to assess the visual functions of larval zebrafish. Nevertheless, the standard protocol for larval fish is not yet readily applicable in adults1-5. Here, we introduce how to measure the OKR of adult zebrafish using a new protocol which is established in our lab.

باستخدام optokinetic استجابة لدراسة وظيفة البصرية من الزرد

Optokinetic response (OKR) is a behavior that an animal vibrates its eyes to follow a rotating grating around it. It has been widely used to assess the ...

Quantification of &gamma;H2AX Foci in Response to Ionising Radiation

DNA double-strand breaks (DSBs), which are induced by either endogenous metabolic processes or by exogenous sources, are one of the most critical DNA lesions with respect to survival and preservation of genomic integrity. An early response to the induction of DSBs is phosphorylation of the H2A histone variant, H2AX, at the serine-139 residue, in the highly conserved C-terminal SQEY motif, forming &gamma;H2AX1. Following induction of DSBs, H2AX is rapidly phosphorylated by the phosphatidyl-inosito 3-kinase (PIKK) family of proteins, ataxia telangiectasia mutated (ATM), DNA-protein kinase catalytic subunit and ATM and RAD3-related (ATR)2. Typically, only a few base-pairs (bp) are implicated in a DSB, however, there is significant signal amplification, given the importance of chromatin modifications in DNA damage signalling and repair. Phosphorylation of H2AX mediated predominantly by ATM spreads to adjacent areas of chromatin, affecting approximately 0.03% of total cellular H2AX per DSB2,3. This corresponds to phosphorylation of approximately 2000 H2AX molecules spanning ~2 Mbp regions of chromatin surrounding the site of the DSB and results in the formation of discrete &gamma;H2AX foci which can be easily visualized and quantitated by immunofluorescence microscopy2. The loss of &gamma;H2AX at DSB reflects repair, however, there is some controversy as to what defines complete repair of DSBs; it has been proposed that rejoining of both strands of DNA is adequate however, it has also been suggested that re-instatement of the original chromatin state of compaction is necessary4-8. The disappearence of &gamma;H2AX involves at least in part, dephosphorylation by phosphatases, phosphatase 2A and phosphatase 4C5,6. Further, removal of &gamma;H2AX by redistribution involving histone exchange with H2A.Z has been implicated7,8. Importantly, the quantitative analysis of &gamma;H2AX foci has led to a wide range of applications in medical and nuclear research. Here, we demonstrate the most commonly used immunofluorescence method for evaluation of initial DNA damage by detection and quantitation of &gamma;H2AX foci in &gamma;-irradiated adherent human keratinocytes9.

Quantification of &amp;#947;H2AX Foci in Response to Ionising Radiation

Quantification of DNA double-strand streaks using &gamma;H2AX formation as a molecular marker has become an invaluable tool in radiation biology. Here we demonstrate the use of an immunofluorescence assay for quantification of &gamma;H2AX foci after exposure of cells to radiation.

الكمي بؤر γH2AX في الاستجابة للإشعاع المؤين

DNA double-strand breaks (DSBs), which are induced by either endogenous metabolic processes or by exogenous sources, are one of the most critical DNA ...

Measurement of Survival Time in Brachionus Rotifers: Synchronization of Maternal Conditions

Rotifers are microscopic cosmopolitan zooplankton used as models in ecotoxicological and aging studies due to their several advantages such as short lifespan, ease of culture, and parthenogenesis that enables clonal culture. However, caution is required when measuring their survival time as it is affected by maternal age and maternal feeding conditions. Here we provide a protocol for powerful and reproducible measurement of the survival time in Brachionus rotifers following a careful synchronization of culture conditions over several generations. Empirically, poor synchronization results in early mortality and a gradual decrease in survival rate, thus resulting in weak statistical power. Indeed, under such conditions, calorie restriction (CR) failed to significantly extend the lifespan of B. plicatilis although CR-induced longevity has been demonstrated with well-synchronized rotifer samples in past and present studies. This protocol is probably useful for other invertebrate models, including the fruitfly Drosophila melanogaster and the nematode Caenorhabditis elegans, because maternal age effects have also been reported in these species.

Measurement of Survival Time in Brachionus Rotifers: Synchronization of Maternal Conditions

Rotifers are microscopic zooplankton used as models in ecotoxicological and aging studies. Here we provide a protocol for powerful and reproducible measurement of survival time in Brachionus rotifers. Synchronization of culture conditions over several generations is of particular importance because maternal condition affects life history of offspring.

قياس الوقت البقاء على قيد الحياة في<em&gt; Brachionus</em&gt; الروتيفيرا: التزامن من شروط صحة الأم

Rotifers are microscopic cosmopolitan zooplankton used as models in ecotoxicological and aging studies due to their several advantages such as short ...

Hydroponics: A Versatile System to Study Nutrient Allocation and Plant Responses to Nutrient Availability and Exposure to Toxic Elements

Hydroponic systems have been utilized as one of the standard methods for plant biology research and are also used in commercial production for several crops, including lettuce and tomato. Within the plant research community, numerous hydroponic systems have been designed to study plant responses to biotic and abiotic stresses. Here we present a hydroponic protocol that can be easily implemented in laboratories interested in pursuing studies on plant mineral nutrition.
This protocol describes the hydroponic system set up in detail and the preparation of plant material for successful experiments. Most of the materials described in this protocol can be found outside scientific supply companies, making the set up for hydroponic experiments less expensive and convenient.
The use of a hydroponic growth system is most advantageous in situations where the nutrient media need to be well controlled and when intact roots need to be harvested for downstream applications. We also demonstrate how nutrient concentrations can be modified to induce plant responses to both essential nutrients and toxic non-essential elements.

Here, we present an easy-to-follow protocol to establish a successful hydroponic system for plant nutrition studies. This protocol has been extensively tested in Arabidopsis and can easily be adapted to other plant species to study specific nutritional requirements or the effect of non-essential elements on plant growth and development.

الزراعة المائية: نظام تنوعا لدراسة الغذائية تخصيص ومصنع الردود على توافر المواد الغذائية والتعرض للعناصر السامة

Hydroponic systems have been utilized as one of the standard methods for plant biology research and are also used in commercial production for several ...

Characterization of Calcification Events Using Live Optical and Electron Microscopy Techniques in a Marine Tubeworm

Characterizing the first event of biological production of calcium carbonate requires a combination of microscopy approaches. First, intracellular pH distribution and calcium ions can be observed using live microscopy over time. This allows identification of the life stage and the tissue with the feature of interest for further electron microscopy studies. Life stage and tissues of interest are typically higher in pH and Ca signals. 
Here, using H. elegans, we present a protocol to characterize the presence of calcium carbonate structures in a biological specimen on the scanning electron microscope (SEM), using energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDS) to visualize elemental composition, using electron backscatter diffraction (EBSD) to determine the presence of crystalline structures, and using transmission electron microscopy (TEM) to analyze the composition and structure of the material. In this protocol, a focused ion beam (FIB) is used to isolate samples with dimension suitable for TEM analysis. As FIB is a site specific technique, we demonstrate how information from the previous techniques can be used to identify the region of interest, where Ca signals are highest.

We demonstrate the use of various microscopy methods that are useful in observing the calcification of a tubeworm, Hydroides elegans, as well as locating and characterizing the first calcified material. Live microscopy and electron microscopy are used together to provide functional and material information that are important in studying biomineralization.

توصيف تكلس الأحداث عن طريق لايف البصرية والمجهر الإلكتروني تقنيات في Tubeworm البحرية

Characterizing the first event of biological production of calcium carbonate requires a combination of microscopy approaches. First, intracellular pH ...

Detection of Ligand-activated G Protein-coupled Receptor Internalization by Confocal Microscopy

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) is an optical imaging technique for high-contrast imaging. It is a powerful approach to visualize fluorescent fusion proteins, such as green fluorescent protein (GFP), to determine their expression, localization, and function. The subcellular localization of target proteins is important for identification, characterization, and functional analyses. Internalization is one of the predominant mechanisms controlling G protein-coupled receptor (GPCR) signaling to ensure the appropriate cellular responses to stimuli. Here, we describe an experimental method to detect the subcellular localization and internalization of GPCR in HEK293 cells with confocal microscopy. In addition, this experiment provides some details about cell culture and transfection. This protocol is compatible with a variety of widely available fluorescent markers and is applicable to the visualization of the subcellular localization of a majority of proteins, as well as of the internalization of GPCR. This technique should enable researchers to efficiently manipulate GPCR gene expression in mammalian cell lines and should facilitate studies on GPCR subcellular localization and internalization.

This protocol describes confocal microscopy detection of G protein-coupled receptor (GPCR) internalization in mammalian cells. It includes the basic cell culture, transfection, and confocal microscopy procedure and provides an efficient and easily interpretable method to detect the subcellular localization and internalization of fusion-expressed GPCR.

الكشف عن تنشيط يجند G-إلى جانب البروتين مستقبلات التطبع التي كتبها متحد البؤر المجهري

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) is an optical imaging technique for high-contrast imaging. It is a powerful approach to visualize fluorescent ...

Assessment of Dictyostelium discoideum Response to Acute Mechanical Stimulation

Chemotaxis, or migration up a gradient of a chemoattractant, is the best understood mode of directed migration. Studies using social amoeba Dictyostelium discoideum revealed that a complex signal transduction network of parallel pathways amplifies the response to chemoattractants, and leads to biased actin polymerization and protrusion of a pseudopod in the direction of a gradient. In contrast, molecular mechanisms driving other types of directed migration, for example, due to exposure to shear flow or electric fields, are not known. Many regulators of chemotaxis exhibit localization at the leading or lagging edge of a migrating cell, as well as show transient changes in localization or activation following global stimulation with a chemoattractant. To understand the molecular mechanisms of other types of directed migration we developed a method that allows examination of cellular response to acute mechanical stimulation based on brief (2 - 5 s) exposure to shear flow. This stimulation can be delivered in a channel while imaging cells expressing fluorescently-labeled biosensors to examine individual cell behavior. Additionally, cell population can be stimulated in a plate, lysed, and immunoblotted using antibodies that recognize active versions of proteins of interest. By combining both assays, one can examine a wide array of molecules activated by changes in subcellular localization and/or phosphorylation. Using this method we determined that acute mechanical stimulation triggers activation of the chemotactic signal transduction and actin cytoskeleton networks. The ability to examine cellular responses to acute mechanical stimulation is important for understanding the initiating events necessary for shear flow-induced motility. This approach also provides a tool for studying the chemotactic signal transduction network without the confounding influence of the chemoattractant receptor.

Assessment of Dictyostelium discoideum Response to Acute Mechanical Stimulation

Here we describe methods for assessing cellular response to acute mechanical stimulation. In the microscopy-based assay, we examine localization of fluorescently-labeled biosensors following brief stimulation with shear flow. We also test activation of various proteins of interest in response to acute mechanical stimulation biochemically.

تقييم لاستجابة ديسكويديوم ديكتيوستيليوم "تحفيز الميكانيكية الحادة"

Chemotaxis, or migration up a gradient of a chemoattractant, is the best understood mode of directed migration. Studies using social amoeba Dictyostelium ...