ويؤيد هذا العمل من خلال منحة من مؤسسة العلوم الوطنية الأميركية لكريستوف بينينغ.

1. استخراج الدهن <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدء استخراج الدهون عن طريق حصاد 30 ملغ Arabidopsis يترك لمدة 4 أسابيع من عمره من النباتات التي تزرع على أجار طدت المتوسطة أو التربة ونقلها إلى 1.5 مل رد فعل أنابيب البولي بروبلين. يمكن أن تكون الأوراق الطازجة فلاش المجمدة في النيتروجين السائل وتخزينه في -80 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 300 ميكرولتر استخراج المذيبات تتألف من الميثانول ، والكلوروفورم وحمض الفورميك (20:10:01 ، ت / V / V) لكل عينة. هزة بقوة (باستخدام الطلاء شاكر أو ما شابه) لمدة 5 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 150 ميكرولتر من حامض الفوسفوريك 0.2 M (H 3 PO 4) (1) ، كلوريد البوتاسيوم M (بوكل) لفترة وجيزة الدوامة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الطرد المركزي في 13000 XG في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة. وسيتم رصد الدهون الذائبة في مرحلة انخفاض كلوروفورم على لوحات TLC. </li></ol> 2. طبقة رقيقة اللوني (TLC) 15 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإعداد لوحات TLC ، يغرق هلام السيليكا 20cmx20cm المغلفة لوحة TLC مع تحميل الشريط لمدة 30 ثانية الى 0.15 م كبريتات الامونيوم ((NH 4) 2 SO 4) حل ، وبعد غمر لمدة 30 ثوان ، والجافة لوحة لا يقل عن 2 في أيام وعاء مغطى. أثناء التنشيط والتسامي الامونيوم يترك وراءه حامض الكبريتيك ، والتي protonates phosphatidylglycerol اللازمة لانفصالها عن glycerolipids الأخرى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في يوم من التجربة ، وتفعيل لوحات TLC التي الخبز في الفرن على 120 درجة مئوية لمدة 2.5 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد تهدئة لوحات تفعيلها إلى درجة حرارة الغرفة ، استخدم قلم الرصاص لرسم خط مستقيم (1.5 سم من حافة صفيحة) عبر لوحة في أصل chromatogram. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في غطاء الدخان ، وتقديم ببطء 3 X 20 ميكرولتر من استخراج الدهن في مرحلة انخفاض كلوروفورم باستخدام ماصة 20 ميكرولتر مع 200 نصائح ميكرولتر بلاستيكية صفراء تحت دفق بطء N 2. لهذا الغرض ، يتم توصيل الأنابيب لTygon المنظم للصهريج 2 N. الحفاظ على بقعة أصغر من 1 سم في القطر. كل لوحة يمكن أن تعقد ما يصل الى 10 عينات (عندما يتم التخطيط لاحقة GLC التحليل). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كما دهن البقع الجافة تماما في غطاء الدخان ، وإعداد المذيب النامية تتكون من الأسيتون ، التولوين ، والمياه (91 مل : 30 مل : 7.5 مل). إذا كان المحيطة الرطوبة النسبية للهواء عالية ، يمكن أن تتأثر الانفصال. وينبغي في هذه الحالة يتم تخفيض المياه لإعطاء (91 مل : 30 مل : 7.0 مل) من أجل تحقيق الانفصال المنشود. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> صب 80 مل من المذيب النامية الى اغلاقها باحكام TLC النامية الغرفة (L : H : W = 27.0 : 26.5 : 7.0 سم / سم / سم) ووضع لوحة في الصهريج مع نهاية عينة أسفل. ختم الدبابة باستخدام المشبك. وسوف يصعد المذيب لوحة وسيتم فصل الدهون. والوقت اللازم لتطوير ما يقرب من 50 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما وصلت جبهة المذيب 1 سم من أعلى لوحة ، لوحة إزالة بعناية من الدبابة والجافة تماما في غطاء الدخان لمدة 10 دقائق تقريبا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الدهون يمكن أن تكون مفصولة TLC إما ملطخة عكسية لفترة وجيزة مع اليود للتحليل الكمي أو ملطخة بشكل لا رجعة فيه مع حامض الكبريتيك أو α نفثول. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حمض الكبريتيك تفحيم : رش لوحة مع حامض الكبريتيك 50 ٪ في الماء في زجاجة رذاذ في غطاء الدخان وأخبز في 120 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة (الشكل 2A). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> α - نفثول تلطيخ لglycolipids : رش لوحة مع 2.4 ٪ (W / V) α - نفثول في 10 ٪ (V / V) وحامض الكبريتيك ، و 80 ٪ (V / V) الايثانول وأخبز في 120 درجة مئوية لمدة 3-5 هي ملطخة دقائق حتى العصابات شحمي سكري الوردي أو الأرجواني (الشكل 2B). وسوف يؤدي إلى Overtreatment تفحم جميع الدهون بسبب وجود حامض الكبريتيك في الكاشف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تلطيخ اليود : في غطاء الدخان ، وضع لوحة في خزان TLC مغلقة مع بلورات اليود (في درج في القاع مما يؤدي إلى تشبع الجو مع بخار اليود حتى الدهون مرئية). لا تعرض لوحة على اليود واليود وقتا طويلا قد تعدل تساهميا الأحماض الدهنية المتعددة غير المشبعة (الشكل 2C). بدلا من ذلك ، لتجنب أي أكسدة الدهون ، ينبغي ملطخة الممرات القياسية فقط تتخللها ممرات عينة باستخدام الصوف الزجاجي توصيل ماصة باستور مع بلورات اليود التي يتم من خلالها تفجير N 2 على الطرق القياسية الفردية. </li></ol></li></ol> 3. الأسيل Methylester الدهنية (فيم) الرد 16 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة بقع الدهون المحيطة السيليكا التي تم تحديدها من لوحة TLC بشفرة حلاقة. كشط الدهون التي تحتوي على السيليكا ونقل مسحوق السليكا باستخدام القمع في أنبوب زجاجي مع سقف المسمار التفلون (PTFE) مبطنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 مل 1 N حمض الهيدروكلوريك (HCL) في الميثانول اللامائية لكل عينة من ماصة الزجاج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 100 مل ميكرولتر 50 ميكروغرام حامض pentadecanoic -1 (15:00) باستخدام 200 ميكرولتر ماصة لكل عينة وفقا لمعايير داخلية باستخدام ماصة 200 ميكرولتر مع 200 ميكرولتر الحافة البلاستيكية الصفراء. الحفاظ على أنبوب مع حمض الهيدروكلوريك في pentadecenoic فقط methanolic كمجموعة تحكم. إغلاق أنابيب زجاجية بشكل وثيق مع تفلون مبطنة مباراة دولية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان GLأنابيب الحمار في 80 ° C حمام الماء لمدة 25 دقيقة. أنابيب ضرورة أن تكون مختومة بحيث لا تتبخر المذيبات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد أنابيب وتبريده ، إضافة 1 مل من كلوريد الصوديوم 0.9 ٪ تليها الهكسين مل 1 و دوامة بقوة. أجهزة الطرد المركزي في عينات 1000xg لمدة 3 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في غطاء الدخان ، وإزالة طبقة الهكسان / العلوي من العينة مع ماصة باستير ووضعه في أنبوب زجاجي 13x100 جديدة ملم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الهكسين تتبخر تحت دفق بطيء من دون تجفيف N 2 تماما. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حل الدهنية الناتجة الأسيل methylesters ليالي في 60 ميكرولتر الهكسين. نقل العينات في قوارير الاوتوماتيكى وغطاء بإحكام. ويمكن تخزين العينات في 4 درجات مئوية على المدى القصير و -20 درجة مئوية لبضعة أيام. </li></ol> 4. الغاز السائل اللوني (GLC) 10 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قبل بداية GLC ، وضمان أن يتم ملء الهيليوم والهيدروجين واسطوانات الهواء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب أن يضاف الهكسين كافية لخزان المذيبات وحاوية النفايات يجب أن يكون فارغا. لفصل الدهنية methylesters الأسيل ، أرفق DB - 23 عمود إلى الجهاز. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قارورة مكان في الاوتوماتيكى. بدء تشغيل البرنامج لChemstation GLC على نظام الكمبيوتر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط درجة الحرارة عند مدخل 250 درجة مئوية مع معدل تدفق الهليوم عند 48.6 مل -1 دقيقة والضغط على 21.93 رطل. نسبة الانقسام هو 30،0 : 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم تعيين درجة حرارة الفرن في البداية على 140 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة ورفعت الى 160 درجة مئوية بمعدل 25 دقيقة درجة مئوية -1. ثم تعيين لزيادة درجة الحرارة من 160 درجة مئوية إلى 250 درجة مئوية بمعدل 8 درجات مئوية -1 دقيقة وعقد في 250 درجة مئوية لمدة 4 دقائق تليها تنخفض إلى 140 درجة مئوية في معدل 38 درجة مئوية دقيقة -- 1. تشغيل واحدة يستغرق حوالي 21 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> درجة حرارة اللهب كاشف التأين هو 270 درجة مئوية مع معدل تدفق الهيدروجين -1 30.0 دقيقة مل ، معدل تدفق الهواء في 400 مليلتر -1 دقيقة والهليوم معدل التدفق في 30.0 دقيقة -1 مل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أدخل عدد من قوارير وأسماء عينة في تشغيل جدول التسلسل. تعيين 10 ميكرولتر حاقن لحقن عينة 2 ميكرولتر في القارورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما صك جاهز ، والشروع في تسلسل التشغيل. </li></ol> 5. ممثل النتائج : وترد أمثلة على تلطيخ لا رجعة فيه TLC فصل الدهون من الشتلات Arabidopsis 4 أسابيع من العمر في الشكل 2. ومتفحمة في نسبة الدهون في حامض الكبريتيك الملون (الشكل 2A) ، ويظهر على شكل بقع بنية اللون. ويفضل α - نفثول لصبغ glycolipids مثل MGDG ، DGDG ، الخ SQDG Glycolipids ملطخة α - نفثول تحمل اللون الوردي اللون الارجواني بينما الدهون القطبية الأخرى صمة الصفراء (الشكل 2B). وتلطيخ اليود هو عكسها ، ويعطي لونا أصفر الدهون التي سوف تختفي على مدى فترة زمنية قصيرة كما يتبخر اليود (الشكل 2C). يمكن ان تخضع لفترة وجيزة الدهون اليود الملون لتحليل الدهون غير ملوثين GLC على الرغم من هي الأفضل للحد من تحطيم الدهون. إذا فعلت بنجاح ، سيتم احظ اشارات مميزة يمثلون مختلف الدهنية الأسيل methylester بعد GLC (الشكل 3). methylester أسيل الدهنية مع سلسلة أقصر الكربون والسندات أقل وأقصر وقت نقرا الاحتفاظ باستخدام DB - 23 عمود. الدهنية التنميط methylester أسيل هي أداة حساسة لتحديد تركيبة الدهون المسوخ مع تغييرها. في الشكل 4 ، MGDG18 : هو انخفاض نسبة الأحماض الدهنية 3 الرحى في متحولة tgd4 - 1 مقارنة مع النوع البري 18. بقسمة مولات methylester أسيل الدهنية الشحمية لفئة واحدة مع الشامات من جميع الطبقات الدهنية ، وتحسب نسبة المولي كل الدهون. على سبيل المثال ، لحساب نسبة ضرس MGDG : (MGDG) مول ٪ = ٪ X100 Σ [جوع (MGDG)] / Σ [جوع (الكل)] ويمكن مقارنة النسب الناتجة المولي من كل فئة من نوع الدهون على حد سواء البرية ومتحولة و. على سبيل المثال ، ازداد متحولة tgd4 - 1 المبالغ النسبية وMGDG PG ولكنها انخفضت كميات DGDG وPE (الشكل 5) 18. <img src="/files/ftp_upload/2518/2518fig1.jpg" alt="الشكل 1" /> مخطط تدفق الرقم 1. تحليل الدهون القطبية باستخدام الشتلات Arabidopsis. يتم استخراج الدهون من مجموع الشتلات Arabidopsis 4 أسابيع من العمر ومفصولة TLC. ويمكن كشط الدهون فصلها عن لوحة لTLC الجزيئيات التبادلي تليها تحليل GLC. <img src="/files/ftp_upload/2518/2518fig2.jpg" alt="الشكل 2" /> الشكل 2. فصل الدهون على لوحات TLC. مقتطفات من الدهون 35 ملغ (الوزن الطازج) يتم فصل الفسائل نوع TLC والبرية التي اتسخت بسبب حامض الكبريتيك (A) ، α - نفثول (B) أو بخار اليود (C). وتظهر ثلاثة يكرر في كل أسلوب التلوين. DGDG ، digalactosyldiacylglycerol ؛ MGDG ، monogalactosyldiacylglycerol ؛ PC ، فسفاتيديل كولين ؛ PE ، فسفاتيديل إيثانولامين ؛ PG ، phosphatidylglyceرول ؛ PI ، فسفاتيديل إينوزيتول ؛ SQDG ، sulfoquinovosyldiacylglycerol. <img src="/files/ftp_upload/2518/2518fig3.jpg" alt="الشكل 3" /> الشكل 3. GLC Methylesters تحليل الأحماض الدهنية (جوع) المستمدة من MGDG من النوع البري. يتم فصل جوع على عمود 30 مترا الشعرية والكشف عنها بواسطة تأين اللهب. ويستخدم حمض Pentadecanoic (15:00) كمعيار داخلي. <img src="/files/ftp_upload/2518/2518fig4.jpg" alt="الشكل 4" /> الشكل 4. الأحماض الدهنية من نوع MGDG في البرية Col2 (الأعمدة البيضاء) وtgd4 - 1 متحولة (الأعمدة السوداء). وتعرض الأحماض الدهنية كما أن عدد ذرات الكربون يليها عدد من سندات مزدوجة. وبلغ متوسط ​​ثلاثة يكرر وتظهر الانحرافات المعيارية. <img src="/files/ftp_upload/2518/2518fig5.jpg" alt="الشكل 5" /> الشكل 5. القطبية الدهون تركيبة من النوع البري Col2 (الأعمدة البيضاء) وtgd4 - 1 متحولة (الأعمدة السوداء). وبلغ متوسط ​​ثلاثة يكرر وتظهر الانحرافات المعيارية بواسطة شريط الخطأ.

<ol>
	<li>Ajjawi, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+reverse+genetics+in+Arabidopsis:+case+studies+from+the+Chloroplast+2010+Project.">Large-scale reverse genetics in Arabidopsis: case studies from the Chloroplast 2010 Project.</a> Plant Physiol. 152, 529-529 (2010).</li><li>Andersson, M. X., Kjellberg, J. M., Sandelius, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+involvement+of+cytosolic+lipases+in+converting+phosphatidyl+choline+to+substrate+for+galactolipid+synthesis+in+the+chloroplast+envelope.">The involvement of cytosolic lipases in converting phosphatidyl choline to substrate for galactolipid synthesis in the chloroplast envelope.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1684, 46-46 (2004).</li><li>Awai, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phosphatidic+acid-binding+protein+of+the+chloroplast+inner+envelope+membrane+involved+in+lipid+trafficking.">A phosphatidic acid-binding protein of the chloroplast inner envelope membrane involved in lipid trafficking.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, e10817-e10817 (2006).</li><li>Benning, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+lipid+transport+involved+in+organelle+biogenesis+in+plant+cells.">Mechanisms of lipid transport involved in organelle biogenesis in plant cells.</a> Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 25, 71-71 (2009).</li><li>Browse, J., McCourt, P. J., Somerville, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fatty+acid+composition+of+leaf+lipids+determined+after+combined+digestion+and+fatty+acid+methyl+ester+formation+from+fresh+tissue.">Fatty acid composition of leaf lipids determined after combined digestion and fatty acid methyl ester formation from fresh tissue.</a> Anal. Biochem. 152, 141-141 (1986).</li><li>Dormann, P., Balbo, I., Benning, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+galactolipid+biosynthesis+and+lipid+trafficking+mediated+by+DGD1.">Arabidopsis galactolipid biosynthesis and lipid trafficking mediated by DGD1.</a> Science. 284, 2181-2181 (1999).</li><li>Guskov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanobacterial+photosystem+II+at+2.9-A+resolution+and+the+role+of+quinones,+lipids,+channels+and+chloride.">Cyanobacterial photosystem II at 2.9-A resolution and the role of quinones, lipids, channels and chloride.</a> 16, 334-334 (2009).</li><li>Hartel, H., Dormann, P., Benning, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DGD1-independent+biosynthesis+of+extraplastidic+galactolipids+after+phosphate+deprivation+in+Arabidopsis.">DGD1-independent biosynthesis of extraplastidic galactolipids after phosphate deprivation in Arabidopsis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 97, 10649-10649 (2000).</li><li>James, A. T., MARTIN, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gas-liquid+partition+chromatography;+the+separation+and+micro-estimation+of+volatile+fatty+acids+from+formic+acid+to+dodecanoic+acid.">Gas-liquid partition chromatography; the separation and micro-estimation of volatile fatty acids from formic acid to dodecanoic acid.</a> Biochem. J. 50, 679-679 (1952).</li><li>Jordan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+structure+of+cyanobacterial+photosystem+I+at+2.5+A+resolution.">Three-dimensional structure of cyanobacterial photosystem I at 2.5 A resolution.</a> Nature. 411, 909-909 (2001).</li><li>Kobayashi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type-B+monogalactosyldiacylglycerol+synthases+are+involved+in+phosphate+starvation-induced+lipid+remodeling,+and+are+crucial+for+low-phosphate+adaptation.">Type-B monogalactosyldiacylglycerol synthases are involved in phosphate starvation-induced lipid remodeling, and are crucial for low-phosphate adaptation.</a> Plant J. 57, 322-322 (2009).</li><li>Lu, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+small+ATPase+protein+of+Arabidopsis,+TGD3,+involved+in+chloroplast+lipid+import.">A small ATPase protein of Arabidopsis, TGD3, involved in chloroplast lipid import.</a> J. Biol. Chem. 282, 35945-35945 (2007).</li><li>Ohlrogge, J., Browse, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+biosynthesis.">Lipid biosynthesis.</a> Plant Cell. 7, 957-957 (1995).</li><li>Stahl, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thin-layer+chromatography;+methods,+influencing+factors+and+an+example+of+its+use.">Thin-layer chromatography; methods, influencing factors and an example of its use.</a> Pharmazie. 11, 633-633 (1956).</li><li>Stoffel, W., INSULL, W., AHRENS, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gas-liquid+chromatography+of+highly+unsaturated+fatty+acid+methyl+esters.">Gas-liquid chromatography of highly unsaturated fatty acid methyl esters.</a> Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 99, 238-238 (1958).</li><li>Welti, R., Wang, X., Williams, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry+scan+modes+for+plant+chloroplast+lipids.">Electrospray ionization tandem mass spectrometry scan modes for plant chloroplast lipids.</a> Anal. Biochem. 314, 149-149 (2003).</li><li>Xu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+trafficking+between+the+endoplasmic+reticulum+and+the+plastid+in+Arabidopsis+requires+the+extraplastidic+TGD4+protein.">Lipid trafficking between the endoplasmic reticulum and the plastid in Arabidopsis requires the extraplastidic TGD4 protein.</a> Plant Cell. 20, 2190-2190 (2008).</li><li>Xu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutation+of+the+TGD1+chloroplast+envelope+protein+affects+phosphatidate+metabolism+in+Arabidopsis.">Mutation of the TGD1 chloroplast envelope protein affects phosphatidate metabolism in Arabidopsis.</a> Plant Cell. 17, 3094-3094 (2005).</li><li>Xu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+permease-like+protein+involved+in+ER+to+thylakoid+lipid+transfer+in+Arabidopsis.">A permease-like protein involved in ER to thylakoid lipid transfer in Arabidopsis.</a> EMBO J. 22, 2370-2370 (2003).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

TLC مقرونا GLC يوفر أداة قوية وسريعة للتحليل الكمي من الدهون القطبية في النباتات. يمكن التعرف على التغييرات الصغيرة في تكوين الدهون ، وبالتالي ، تم استخدام هذه الطريقة للكشف على نطاق واسع من المسوخ ضعف في المناطق القطبية المسارات الأيضية الشحمية 1،20. كما تستخدم هذه الطريقة على نطاق واسع لرصد أنشطة الإنزيمات التي تستخدم الدهون القطبي هو الركيزة. 2،6،7 بالإضافة إلى أوراق ، ويمكن أيضا تكوين الدهون في الأنسجة النباتية الأخرى مثل الجذور والبذور أو الكسور التحت خلوية مثل الميتوكوندريا والبلاستيدات الخضراء يتحدد في نفس الطريق. تم تحسين نظام المذيب (الأسيتون ، التولوين ، والمياه) المستخدمة هنا لفصل glycolipids والدهون الفوسفاتية في النباتات. ومع ذلك ، في tgd1 المسوخ 2،3،4 ، والبلاستيدات الخضراء المعزولة ، TGDG يعمل جنبا إلى جنب مع المؤسسة العامة tetragalactosyldiacylglycerol بينما يعمل مع جهاز الكمبيوتر. في هذه الحالة مع نظام المذيب ، وكلوروفورم حمض الخليك الميثانول والماء (85 : 4 ، V / V / V / V 20 : 10) يتم استخدام 13. أحيانا يتم تنفيذ ثنائي الأبعاد باستخدام TLC نظامين المذيبات المختلفة لفصل المزيد glycolipids والدهون الفوسفاتية 19. بالإضافة ، يمكن الأنسجة النباتية تخضع مباشرة للتفاعل فيم تليها GLC لتحديد مجموع الأحماض الدهنية دون انفصال الأولي على TLC 5. بجانب نظام TLC - GLC تظاهر ، يستند طريقة أخرى لاستخدام الدهون على التنميط المباشر electrospray التأين بالترادف الطيف الكتلي 17. في هذا الأسلوب هو حذف الفصل الكروماتوغرافي الأولي من الدهون في استخراجها. ومع ذلك ، هذا الأسلوب يتطلب معدات مكلفة والموظفين ذوي الخبرة ، مما يجعله أقل فائدة للتحاليل روتينية في المختبر للفحص أو متحولة.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>&alpha;-naphthol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>N1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Methanolic HCL 3N</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>33050-U</td>
<td>Dilute to 1N by methanol</td>
</tr>
<tr>
<td>Si250-PA TLC plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J.T.Baker</td>
<td>7003-04</td>
<td>With pre-absorbent </td>
</tr>
<tr>
<td>TLC chamber</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>Z266000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Screw cap tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>53283-800</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Scew caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sun Sri</td>
<td>13-425</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PTFE disk</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sun Sri</td>
<td>200 608</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GLC system</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hewlett Packard</td>
<td>HP6890</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DB-23 column</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J&amp;W Scientific</td>
<td>122-2332</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GLC vials</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sun Sri</td>
<td>500 132</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Caps of GLC vials</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sun Sri</td>
<td>201 828</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chemstation software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2070AA</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

arabidopsis thaliana polar glycerolipid profiling by thin layer chromatography (tlc) coupled with gas-liquid chromatography (glc)

الأغشية البيولوجية خلايا منفصلة عن البيئة. من خلية واحدة للنباتات والحيوانات المتعددة الخلايا ، glycerolipids ، مثل فسفاتيديل كولين أو فسفاتيديل إيثانولامين ، والأغشية طبقة ثنائية الشكل الذي يكون بمثابة حدود كل من واجهات لتبادل الكيميائية بين الخلايا ومحيطها. على عكس الحيوانات والخلايا النباتية لديها عضية خاص لعملية التمثيل الضوئي ، وبلاستيدات الخضراء. منظومة معقدة من الأغشية تحتوي على بلاستيدات الخضراء glycerolipids فريدة من نوعها ، وهي تفتقر إلى الفوسفور glycolipids : monogalactosyldiacylglycerol (MGDG) ، digalactosyldiacylglycerol (DGDG) ، sulfoquinovosyldiacylglycerol (SQDG) 4. أدوار هذه الدهون هي خارج الهيكلية ببساطة. تم العثور على هذه glycolipids glycerolipids والأخرى في هياكل الكريستال الضوئي الأول والثاني مما يدل على تورط في عملية التمثيل الضوئي glycerolipids 8،11. أثناء المجاعة الفوسفات ويتم نقل DGDG لأغشية extraplastidic لتعويض خسارة 9،12 الفوسفاتية. استمدت الكثير من معرفتنا الحيوي وظيفة هذه الدهون من مجموعة من الدراسات الجينية والبيوكيميائية مع 14 thaliana Arabidopsis. خلال هذه الدراسات ، تم إجراء بسيط لتحليل الدهون القطبية الأساسية لفحص وتحليل الدهون والمسوخ وسوف المبينة في التفاصيل. هي أول مرة فصل واستخلاص الدهون ورقة اللوني بواسطة طبقة رقيقة (TLC) والملون glycerolipids عكسية مع بخار اليود. يتم كشط الدهون فردية من لوحة TLC وتحويلها إلى methylesters أسيل الدهنية (جوع) ، والتي يتم تحليلها بواسطة الغاز السائل اللوني مقرونا كشف تأين اللهب (FID - GLC) (الشكل 1). وقد ثبت هذا الأسلوب ليكون أداة موثوقة لفحص متحولة. على سبيل المثال ، tgd1 ، 2،3،4 الشبكة الهيولية الباطنة إلى صانعة اكتشفت المسوخ الاتجار الدهون استنادا إلى تراكم غير طبيعي للgalactoglycerolipid : trigalactosyldiacylglycerol (TGDG) وانخفاض في كمية النسبية ل18:03 (الكربونات : مزدوجة السندات) مجموعات أسيل الدهنية في الدهون غشاء 3،13،18،20. هذا الأسلوب ينطبق أيضا لتحديد الأنشطة الأنزيمية للبروتينات باستخدام الدهون والركيزة 6.

Watch this Scientific Journal Video about Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography TLC Coupled with Gas-Liquid Chromatography GLC at JoVE.com

Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography TLC Coupled with Gas-Liquid Chromatography GLC

ويتم تحديد تركيبة الدهون مقتطفات القطبية وتكوين الأحماض الدهنية glycerolipids الفردية في التجربة الدهون التنميط بسيطة وقوية. لهذا الغرض ، يتم عزل glycerolipids بواسطة طبقة رقيقة اللوني وتعرضوا لنقل الميثيل من مجموعاتهم أسيل. وكميا methylesters أسيل الدهنية بواسطة الغاز السائل اللوني.

Arabidopsis thaliana التنميط Glycerolipid القطبية التي اللوني طبقة رقيقة (TLC) اقترن اللوني الغاز السائل (GLC)

Biological membranes separate cells from the environment. From a single cell to multicellular plants and animals, glycerolipids, such as ...

arabidopsis-thaliana-polar-glycerolipid-profiling-thin-layer

Research

JoVE Journal

Biology

Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography (TLC) Coupled with Gas-Liquid Chromatography (GLC)

36.4K Views.  Michigan State University. ويتم تحديد تركيبة الدهون مقتطفات القطبية وتكوين الأحماض الدهنية glycerolipids الفردية في التجربة الدهون التنميط بسيطة وقوية. لهذا الغرض ، يتم عزل glycerolipids بواسطة طبقة رقيقة اللوني وتعرضوا لنقل الميثيل من مجموعاتهم أسيل. وكميا methylesters أسيل الدهنية بواسطة الغاز السائل ا...

Video: Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography TLC Coupled with Gas-Liquid Chromatography GLC

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS) 1,2. The ultra-thin layer method involves the production of a substrate layer of matrix crystals (alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid) on the sample plate, which serves as a seeding ground for subsequent crystallization of a matrix/analyte mixture. Advantages of the ultra-thin layer method over other sample deposition approaches (e.g. dried droplet) are that it provides (i) greater tolerance to impurities such as salts and detergents, (ii) better resolution, and (iii) higher spatial uniformity. This method is especially useful for the accurate mass determination of proteins. The protocol was initially developed and optimized for the analysis of membrane proteins and used to successfully analyze ion channels, metabolite transporters, and receptors, containing between 2 and 12 transmembrane domains 2. Since the original publication, it has also shown to be equally useful for the analysis of soluble proteins. Indeed, we have used it for a large number of proteins having a wide range of properties, including those with molecular masses as high as 380 kDa 3. It is currently our method of choice for the molecular mass analysis of all proteins. The described procedure consistently produces high-quality spectra, and it is sensitive, robust, and easy to implement.

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS).

MALDI تحضير العينة : الترا أسلوب طبقة رقيقة

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called photoreceptors to sense and adapt to light. The red/far-red light-absorbing phytochrome photoreceptors have been studied extensively. Phytochromes exist as a family of proteins with distinct and overlapping functions in all higher plant systems in which they have been studied1. Phytochrome-mediated light responses, which range from seed germination through flowering and senescence, are often localized to specific plant tissues or organs2. Despite the discovery and elucidation of individual and redundant phytochrome functions through mutational analyses, conclusive reports on distinct sites of photoperception and the molecular mechanisms of localized pools of phytochromes that mediate spatial-specific phytochrome responses are limited. We designed experiments based on the hypotheses that specific sites of phytochrome photoperception regulate tissue- and organ-specific aspects of photomorphogenesis, and that localized phytochrome pools engage distinct subsets of downstream target genes in cell-to-cell signaling. We developed a biochemical approach to selectively reduce functional phytochromes in an organ- or tissue-specific manner within transgenic plants. Our studies are based on a bipartite enhancer-trap approach that results in transactivation of the expression of a gene under control of the Upstream Activation Sequence (UAS) element by the transcriptional activator GAL43. The biliverdin reductase (BVR) gene under the control of the UAS is silently maintained in the absence of GAL4 transactivation in the UAS-BVR parent4. Genetic crosses between a UAS-BVR transgenic line and a GAL4-GFP enhancer trap line result in specific expression of the BVR gene in cells marked by GFP expression4. BVR accumulation in Arabidopsis plants results in phytochrome chromophore deficiency in planta5-7. Thus, transgenic plants that we have produced exhibit GAL4-dependent activation of the BVR gene, resulting in the biochemical inactivation of phytochrome, as well as GAL4-dependent GFP expression. Photobiological and molecular genetic analyses of BVR transgenic lines are yielding insight into tissue- and organ-specific phytochrome-mediated responses that have been associated with corresponding sites of photoperception4, 7, 8. Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of GFP-positive, enhancer-trap-induced BVR-expressing plant protoplasts coupled with cell-type-specific gene expression profiling through microarray analysis is being used to identify putative downstream target genes involved in mediating spatial-specific phytochrome responses. This research is expanding our understanding of sites of light perception, the mechanisms through which various tissues or organs cooperate in light-regulated plant growth and development, and advancing the molecular dissection of complex phytochrome-mediated cell-to-cell signaling cascades.

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

The molecular basis of spatial-specific phytochrome responses is being investigated using transgenic plants that exhibit tissue- and organ-specific phytochrome deficiencies. The isolation of specific cells exhibiting induced phytochrome chromophore depletion by Fluorescence-Activated Cell Sorting followed by microarray analyses is being utilized to identify genes involved in spatial-specific phytochrome responses.

التحقيق في الأنسجة والجهاز محددة الردود فيتوكروم باستخدام نظام مراقبة الأصول الميدانية بمساعدة خلية من نوع التنميط معينة في التعبير thaliana Arabidopsis</em

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called ...

Floral-dip Transformation of Arabidopsis thaliana to Examine pTSO2::&beta;-glucuronidase Reporter Gene Expression

The ability to introduce foreign genes into an organism is the foundation for modern biology and biotechnology. In the model flowering plant Arabidopsis thaliana, the floral-dip transformation method1-2 has replaced all previous methods because of its simplicity, efficiency, and low cost. Specifically, shoots of young flowering Arabidopsis plants are dipped in a solution of Agrobacterium tumefaciens carrying specific plasmid constructs. After dipping, the plants are returned to normal growth and yield seeds, a small percentage of which are transformed with the foreign gene and can be selected for on medium containing antibiotics. This floral-dip method significantly facilitated Arabidopsis research and contributed greatly to our understanding of plant gene function. In this study, we use the floral-dip method to transform a reporter gene, &beta;-glucuronidase (GUS), under the control of TSO2 promoter. TSO2, coding for the Ribonucleotide Reductase (RNR) small subunit3, is a cell cycle regulated gene essential for dNDP biosynthesis in the S-phase of the cell cycle. Examination of GUS expression in transgenic Arabidopsis seedlings shows that TSO2 is expressed in actively dividing tissues. The reported experimental method and materials can be easily adapted not only for research but also for education at high school and college levels.

Floral-dip Transformation of Arabidopsis thaliana to Examine pTSO2::&amp;#946;-glucuronidase Reporter Gene Expression

This article illustrates the floral-dip method of Agrobacterium tumefaciens -mediated transformation of Arabidopsis thaliana. By introducing a cell-cycle regulated promoter-reporter, pTSO2::&beta;-glucuronidase (GUS), into Arabidopsis, we illustrates how one detects GUS reporter expression in transgenic seedlings.

الأزهار وتراجع تحويل thaliana Arabidopsis لتفحص pTSO2 : β غلوكورونيداز التعبير مراسل جين

The ability to introduce foreign genes into an organism is the foundation for modern biology and biotechnology. In the model flowering plant Arabidopsis ...

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a consequence, the isolation of plant embryos at early stages (1 cell to globular stage) is technically challenging due to their relative inaccessibility. Efficient manual dissection at early stages is strongly impaired by the small size of young Arabidopsis seeds and the adhesiveness of the embryo to the surrounding tissues. Here, we describe a method that allows the efficient isolation of young Arabidopsis embryos, yielding up to 40 embryos in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. Embryos are released into isolation buffer by slightly crushing 250-750 seeds with a plastic pestle in an Eppendorf tube. A glass microcapillary attached to either a standard laboratory pipette (via a rubber tube) or a hydraulically controlled microinjector is used to collect embryos from droplets placed on a multi-well slide on an inverted light microscope. The technical skills required are simple and easily transferable, and the basic setup does not require costly equipment. Collected embryos are suitable for a variety of downstream applications such as RT-PCR, RNA sequencing, DNA methylation analyses, fluorescence in situ hybridization (FISH), immunostaining, and reporter gene assays.

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

We report an efficient and simple method to isolate embryos at early stages of development from Arabidopsis thaliana seeds. Up to 40 embryos can be isolated in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. The procedure is suitable for transcriptome, DNA methylation, reporter gene expression, immunostaining and fluorescence in situ hybridization analyses.

العزلة الفعالة والسريعة من الأجنة المبكرة مرحلة من<em&gt; thaliana نبات الأرابيدوبسيس</em&gt; بذور

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a ...

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively in the study of secondary cell wall formation. Secondary cell wall deposition occurs after the primary cell wall is laid down, a process carried out exclusively by specialized cells such as those forming vessel and fiber tissues. Most secondary cell walls are composed of cellulose (40&#8211;50%), hemicellulose (25&#8211;30%), and lignin (20&#8211;30%). Several mutations affecting secondary cell wall biosynthesis have been isolated, and the corresponding mutants may or may not exhibit obvious biochemical composition changes or visual phenotypes since these mutations could be masked by compensatory responses. Staining procedures have historically been used to show differences on a cellular basis. These methods are exclusively visual means of analysis; nevertheless their role in rapid and critical analysis is of great importance. Congo red and calcofluor white are stains used to detect polysaccharides, whereas M&#228;ule and phloroglucinol are commonly used to determine differences in lignin, and toluidine blue O is used to differentially stain polysaccharides and lignin. The seemingly simple techniques of sectioning, staining, and imaging can be a challenge for beginners. Starting with sample preparation using the A. thaliana model, this study details the protocols of a variety of staining methodologies that can be easily implemented for observation of cell and tissue organization in secondary cell walls of plants.

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Plant cell wall composition varies between tissue types and can include lignin, cellulose, hemicelluloses, and pectin. Various staining techniques have been developed to visualize differences at the cell-type level. This paper is a compilation of commonly used cell wall staining techniques.

تلطيخ النسيجية من<em&gt; نبات الأرابيدوبسيس thaliana</em&gt; الخليوي الثانوية ستريت عناصر

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively ...

Analysis of Arabidopsis thaliana Growth Behavior in Different Light Qualities

Plant biologists often need to observe the growth behavior of their chosen species. To this end, the plants need constant environmental and stable light conditions, which are preferably variable in quantity and quality so that studies under different setups can be conducted. These requirements are met by climatic chambers featuring light emitting diodes (LED) lights, which can &#8211; in contrast to fluorescent lights &#8211; be set to different wavelengths. LEDs are energy conserving and emit virtually no heat even at light intensities, which often constitutes a problem with other light sources. The presented protocol provides a step-by-step guidance of how to program a climatic chamber equipped with variable LED lights as well as describing several approaches for in depth analysis of growth phenotypes. Depending on the experimental set-up various characteristics of the growing plants can be observed and analyzed. Here we describe how to determine fresh weight, leaf area, photosynthetic activity, and stomatal density. We demonstrate that in order to obtain reliable data and draw valid conclusions it is mandatory to use a sufficient number of individuals for statistical evaluation. Taking too few plants for this kind of analysis results in high statistical errors and consequently in less clear interpretations of the data.

Analysis of Arabidopsis thaliana Growth Behavior in Different Light Qualities

Here, we present a protocol for studying plant growth behavior and especially phenotypes in a reproducible manner. We show how to provide variable and at the same time stable light conditions. Proper analyses depend on sufficient sample numbers and valid statistical evaluations.

تحليل "سلوك نمو" نبات التمويل في "نوعيات مختلفة من الضوء"

Plant biologists often need to observe the growth behavior of their chosen species. To this end, the plants need constant environmental and stable light ...

Using Microtiter Dish Radiolabeling for Multiple In Vivo Measurements Of Escherichia coli (p)ppGpp Followed by Thin Layer Chromatography

The (p)ppGpp nucleotide functions as a global regulator in bacteria in response to a variety of physical and nutritional stress. It has a rapid onset, in seconds, which leads to accumulation of levels that approach or exceed those of GTP pools. Stress reversal occasions a rapid disappearance of (p)ppGpp, often with a half-life of less than a minute. The presence of (p)ppGpp results in alterations of cellular gene expression and metabolism that counter the damaging effects of stress. Gram-negative and Gram-positive bacteria have different response mechanisms, but both depend on (p)ppGpp concentration. In any event, there is a need to simultaneously monitor many radiolabeled bacterial cultures at time intervals that may vary from 10 seconds to hours during critical stress transition periods. This protocol addresses this technical challenge. The method takes advantage of temperature- and shaker-controlled microtiter dish incubators that allow parallel monitoring of growth (absorbance) and rapid sampling of uniformly phosphate-radiolabeled cultures to resolve and quantitate nucleotide pools by thin-layer chromatography on PEI-cellulose. Small amounts of sample are needed for multiple technical and biological replicates of analyses. Complex growth transitions, such as diauxic growth and rapid (p)ppGpp turnover rates can be quantitatively assessed by this method.

Using Microtiter Dish Radiolabeling for Multiple In Vivo Measurements Of Escherichia coli pppGpp Followed by Thin Layer Chromatography

The growth of radiolabeled bacterial cultures in microtiter dishes facilitates high throughput sampling that allows multiple technical and biological replicate assays of nucleotide pool abundance, including that of (p)ppGpp. The effects of growth transitions provoked by sources of physiological stress as well as recovery from stress can be monitored.

استخدام الميكروتيدر طبق الوسم الإشعاعي لقياسات متعددة في الجسم من الإشريكية القولونية (ع) ppGpp تليها طبقة رقيقة اللوني

The (p)ppGpp nucleotide functions as a global regulator in bacteria in response to a variety of physical and nutritional stress. It has a rapid onset, in ...

التحقيق الزماني المكاني لديناميكيات ERL1 عبر التصوير البؤري

Image-Based Methods to Study Membrane Trafficking Events in Stomatal Lineage Cells

In eukaryotic cells, membrane components, including proteins and lipids, are spatiotemporally transported to their destination within the endomembrane system. This includes the secretory transport of newly synthesized proteins to the cell surface or the outside of the cell, the endocytic transport of extracellular cargoes or plasma membrane components into the cell, and the recycling or shuttling transport of cargoes between the subcellular organelles, etc. Membrane trafficking events are crucial to the development, growth, and environmental adaptation of all eukaryotic cells and, thus, are under stringent regulation. Cell-surface receptor kinases, which perceive ligand signals from the extracellular space, undergo both secretory and endocytic transport. Commonly used approaches to study the membrane trafficking events using a plasma membrane-localized leucine-rich-repeat receptor kinase, ERL1, are described here. The approaches include plant material preparation, pharmacological treatment, and confocal imaging setup. To monitor the spatiotemporal regulation of ERL1, this study describes the co-localization analysis between ERL1 and a multi-vesicular body marker protein, RFP-Ara7, the time series analysis of these two proteins, and the z-stack analysis of ERL1-YFP treated with the membrane trafficking inhibitors brefeldin A and wortmannin.

تسليط الضوء على المؤلف: الطرق القائمة على الصور لدراسة أحداث الاتجار بالغشاء في خلايا سلالة الثغور  

Several commonly used methods are introduced here to study the membrane trafficking events of a plasma membrane receptor kinase. This manuscript describes detailed protocols including the plant material preparation, pharmacological treatment, and confocal imaging setup.

الطرق القائمة على الصور لدراسة أحداث الاتجار بالغشاء في خلايا سلالة الثغور

In eukaryotic cells, membrane components, including proteins and lipids, are spatiotemporally transported to their destination within the endomembrane ...