وقد تم تمويل هذا العمل من قبل جامعة فرجينيا والنصب التذكاري الاستئماني Jeffress (J-971). نشكر L. كولومبوس، جاين K.، P. راندولف ومفيدة للمناقشات والقراءة النقدية للمخطوطة.

1. بنديكت الفحص للحد من السكريات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد كمية مناسبة من كاشف بنديكت السادس عشر - 940 مم كربونات الصوديوم اللامائية، 588 سترات الصوديوم يذوى مم، 68 مم pentahydrate كبريتات النحاس (II). يمكن تخزين هذا كاشف في درجة حرارة الغرفة (RT) لمدة لا تقل عن ستة أشهر مع عدم وجود تغيير ملحوظ في النشاط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الكاشف أعلاه هو 6X. وهكذا، ل 600 ميكرولتر ردود الفعل، إضافة 100 ميكرولتر من كاشف بنديكت السادس عشر إلى 1.5 مل نظيفة أنبوب microcentrifuge (على سبيل المثال، إيبندورف العلامة التجارية)، في أن يعاير العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 10 ميكرولتر من أي مكان إلى 500 ميكرولتر من العينة لهذا الأنبوب، ويمكن تحديد حجم الأمثل يعتمد على كثافة اللون في تشكيل التشغيل التجريبي الأولي. إذا عينة كافية متوفرة ثم تبدأ التجارب السريرية في حجم عينة ممكن القصوى (أي خمسة أسداس من حجم رد الفعل العام، و 500 ميكرولتر من العينة في هذه الحالة)، ومن ثم تمييع في المقايسات اللاحقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة DDH 2 O إلى تويكون لتبرزي حجم النهائي إلى 600 ميكرولتر؛ مزيج من الحل أو vortexing pipetting. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان العينات لمدة 20 دقيقة في حمام ماء مغلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة عينة من الحمام الساخن والسماح لتبرد في RT لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في أنبوب عينة&gt; 9300 XG (~ 10،000 دورة في الدقيقة في الدوار FA45-24-11 الزاوية الثابتة إيبندورف) لمدة 5 دقائق من أجل الرواسب الجسيمات أي مادة، وهذا هو الخطوة الأهم للدراسات الكمية بدلا من النوعية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قسامة طاف من هذا الأنبوب إلى كوفيت نظيفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> والأشعة فوق البنفسجية الطيف فارغة في مواجهة مع الماء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قياس الامتصاص من هذه العينة في 475 نانومتر. </li></ol> 2. بيال الفحص أورسينول للسكر البنتوز <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد كمية مناسبة من كاشف بيال الطازج - 24.2 ملم أورسينول مونوهيدرات (انظر الشكل 2B لهيكل هذا المركب)، 6 M حمض الهيدروكلوريك، 0.025٪ وزن / حجم هيدرات كلوريد الحديديك ملاحظة:لتخزين طويلة، يمكن أن تكون على استعداد كاشف للبيال عن اثنين من الحلول الأسهم منفصلة: (ط) الكاشف A [0.05٪ W / V FeCl3 • 6H 2 O في حمض الهيدروكلوريك تتركز] و (الثاني) الكاشف B [422 ملي مونوهيدرات أورسينول أعد في 95 الإيثانول٪]. ويمكن تخزين كاشف A RT في لمدة ستة أشهر، ويمكن تخزين B C الكاشف في ° 4 لمدة شهر، مع تغطية احباط للحد من التعرض للضوء. يتم خلط هذه الحلول الأسهم في 15 (A): 1 (B) ت / ت نسبة قبل استخدامها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الكاشف أعلاه هو 2X. وهكذا، على ردود فعل مل 1.0، إضافة 500 ميكرولتر من كاشف بيال إلى 1.5 مل نظيفة أنبوب microcentrifuge، في أن يعاير العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 10 ميكرولتر من أي مكان إلى 500 ميكرولتر من العينة لهذا الأنبوب. وفقا لمذكرة 1.3 (أعلاه)، إذا ما يكفي من عينة متاحة ثم تبدأ المحاكمة ردود الفعل باستخدام أقصى حجم العينة ممكن (أي نصف حجم رد الفعل العام، و 500 ميكرولتر من العينة في هذه الحالة) وتخفيف من هناك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة DDH 2 O إلى أنبوب لجلب وحجم إينال لمل 1.0؛ مزيج من الحل أو vortexing pipetting. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان العينات لمدة 20 دقيقة في حمام ماء مغلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة عينة من الحمام الساخن والسماح لتبرد في RT لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في أنبوب عينة&gt; 9300 XG (~ 10،000 دورة في الدقيقة في الدوار FA45-24-11 الزاوية الثابتة إيبندورف) لمدة 5 دقائق من أجل الرواسب الجسيمات أي مادة، وهذا هو الخطوة الأهم للدراسات الكمية بدلا من النوعية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قسامة طاف من هذا الأنبوب إلى كوفيت نظيفة للتفتيش البصري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لشبه التحليل الكمي، ومعمل الأشعة فوق البنفسجية فارغة في مواجهة مع الماء وقياس الامتصاصية من العينة في كوفيت 660 نيوتن متر. </li></ol> 3. Dische لثنائي فينيل أمين الفحص ل2&#39;-deoxypentose السكريات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد كمية مناسبة من كاشف ثنائي فينيلامين Dische ل- 60 مم ثنائي فينيلامين، 11 M حمض الخليك الجليدي، 179 ملي مول حامض الكبريتيك، 62٪ V / V الايثانول. يمكن هذا كاشف مسبقاقلص مسبقا وتخزينها في وعاء RT في الظلام، أو مغطاة بورق، للحد من التعرض للضوء. ينبغي بسبب الحساسية للضوء كاشف لا يمكن تخزينها لأجل غير مسمى، على الرغم من الناحية العملية يمكن أن تكون مستعدة في كل شهرين أو ثلاثة أشهر دون أي تغيير واضح في التفاعل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الكاشف أعلاه هو 2X. وهكذا، على ردود فعل مل 1.0، إضافة 500 ميكرولتر من كاشف لDische نظيفة 1.5 مل أنبوب microcentrifuge، في أن يعاير العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 10 ميكرولتر من أي مكان إلى 500 ميكرولتر من العينة لهذا الأنبوب. وفقا لمذكرة 1.3 (أعلاه)، إذا ما يكفي من عينة متاحة ثم تبدأ المحاكمة ردود الفعل باستخدام أقصى حجم العينة ممكن (أي نصف حجم رد الفعل العام، و 500 ميكرولتر من العينة في هذه الحالة) وتخفيف من هناك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة DDH 2 O إلى أنبوب لتبرزي حجم النهائي لمل 1.0؛ مزيج من الحل أو vortexing pipetting. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان العينات لمدة 20 دقيقة في حمام ماء مغلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة عينة من الحمام الساخن وألوث لتبرد في RT لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في أنبوب عينة&gt; 9300 XG (~ 10،000 دورة في الدقيقة في الدوار FA45-24-11 الزاوية الثابتة إيبندورف) لمدة 5 دقائق من أجل الرواسب الجسيمات أي مادة، وهذا هو الخطوة الأهم للدراسات الكمية بدلا من النوعية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قسامة طاف من هذا الأنبوب إلى كوفيت نظيفة للتفتيش البصري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لشبه التحليل الكمي، ومعمل الأشعة فوق البنفسجية فارغة في مواجهة مع الماء وقياس الامتصاصية من العينة كوفيت في 600 نانومتر. </li></ol> 4. ملاحظات استخدام مزيد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للفئات التالية من الجزيئات هي مركبات إشارة مناسبة للتحكم التفاعلات الإيجابية والسلبية لكل الفحص: <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بنديكت السادس عشر - الإيجابية = مجانا الريبوز وسكر الفواكه والجلوكوز، السلبية = RNA، DNA، ATP، الخ. (أي ساكاريد تفتقر إلى وظائف خالية السكر الحد) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بيال - = RNA (مثل استخراج بيكر خميرة)، الريبوز، ATP، UMP الإيجابية؛ السلبية = سر البقريأم الزلال (BSA) أو أي بروتين أخرى </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Dische ل- الإيجابية = DNA (مثل الغدة الصعترية العجل)؛ السلبية = RNA، ATP، الخ. (أي النوكليوتيدات غير 2&#39;-امؤكسج) </li></ul></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تم العثور على هذه المقايسات على الصمود إلى حد ما لمركبات غالبا ما تستخدم في تنقية البروتين، على سبيل المثال، وأملاح الشائعة مثل كلوريد الصوديوم، (NH 4) 2 4 SO، وK 2 SO 4 لم تتدخل، وتظهر ردود الفعل تتأثر عادة من قبل محتويات مخفف. قد المنظفات أو وكلاء chaotropic مثل اليوريا تؤثر على تفاعل من المقايسات إذا كان الرقم الهيدروجيني الأساسية للغاية؛ محايد لنطاق الأس الهيدروجيني الحمضية بشكل عام الأمثل لفي بيال والمقايسات Dische لأن من الكيمياء رد فعل الأساسية (انظر النص والبروتونات في في الشكل 2B، ج). ظروف التفاعل الأمثل يحتمل، interferents المشتبه بهم، وما إلى ذلك. وينبغي اختبار على أساس كل حالة على حدة، وذلك باستخدام الإيجابية والسلبية السيطرة التجارب ثمركبات الإشارة إيث. </li></ol>

<ol>
	<li>De Mey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+DNA+and+RNA+quantification+methods+suitable+for+parameter+estimation+in+metabolic+modeling+of+microorganisms.">Comparison of DNA and RNA quantification methods suitable for parameter estimation in metabolic modeling of microorganisms.</a> Anal. Biochem. 353, 198-203 (2006).</li><li>Desjardins, P., Conklin, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NanoDrop+Microvolume+Quantitation+of+Nucleic+Acids.">NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids.</a> J. Vis. Exp. (45), e2565 (2010).</li><li>Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Short Protocols in Molecular Biology: A Compendium of Methods from Current Protocols in Molecular Biology. , (1999).</li><li>Voet, D., Voet, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biochemistry. , (2011).</li><li>Adams, R. L. P., Knowler, J. T., Leader, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Biochemistry of the Nucleic Acids. , (1986).</li><li>Rice, P. A., Correll, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Protein-nucleic acid interactions: Structural biology. , (2008).</li><li>Bowman, J. C., Lenz, T. K., Hud, N. V., Williams, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cations+in+charge:+Magnesium+ions+in+RNA+folding+and+catalysis.">Cations in charge: Magnesium ions in RNA folding and catalysis.</a> Curr. Opin. Struct. Biol. , (2012).</li><li>Balandina, A., Kamashev, D., Rouviere-Yaniv, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+bacterial+histone-like+protein+HU+specifically+recognizes+similar+structures+in+all+nucleic+acids.+DNA,+RNA,+and+their+hybrids.">The bacterial histone-like protein HU specifically recognizes similar structures in all nucleic acids. DNA, RNA, and their hybrids.</a> J. Biol. Chem. 277, 27622-27628 (1074).</li><li>Graslund, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+production+and+purification.">Protein production and purification.</a> Nat. Methods. 5, 135-146 (2008).</li><li>Pagano, J. M., Clingman, C. C., Ryder, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+approaches+to+monitor+protein-nucleic+acid+interactions+using+fluorescent+probes.">Quantitative approaches to monitor protein-nucleic acid interactions using fluorescent probes.</a> RNA. 17, 14-20 (2011).</li><li>Benedict, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reagent+for+the+detection+of+reducing+sugars.">A reagent for the detection of reducing sugars.</a> J. Biol. Chem. 277, e5 (1908).</li><li>Endo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simultaneous+estimation+method+of+DNA+and+RNA+by+the+orcinol+reaction+and+a+study+on+the+reaction+mechanism.">A simultaneous estimation method of DNA and RNA by the orcinol reaction and a study on the reaction mechanism.</a> J. Biochem. 67, 629-633 (1970).</li><li>Almog, R., Shirey, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+orcinol+test+for+the+specific+determination+of+RNA.">A modified orcinol test for the specific determination of RNA.</a> Anal. Biochem. 91, 130-137 (1978).</li><li>Dische, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+color+reactions+for+determination+of+sugars+in+polysaccharides.">New color reactions for determination of sugars in polysaccharides.</a> Methods Biochem. Anal. 2, 313-358 (1955).</li><li>Burton, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+study+of+the+conditions+and+mechanism+of+the+diphenylamine+reaction+for+the+colorimetric+estimation+of+deoxyribonucleic+acid.">A study of the conditions and mechanism of the diphenylamine reaction for the colorimetric estimation of deoxyribonucleic acid.</a> Biochemical Journal. 62, 315-323 (1956).</li><li>Vogel, J., Luisi, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hfq+and+its+constellation+of+RNA.">Hfq and its constellation of RNA.</a> Nat. Rev. Microbiol. 9, 578-589 (2011).</li><li>Deckert, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+composition+and+electron+microscopy+structure+of+affinity-purified+human+spliceosomal+B+complexes+isolated+under+physiological+conditions.">Protein composition and electron microscopy structure of affinity-purified human spliceosomal B complexes isolated under physiological conditions.</a> Mol. Cell Biol. 26, 5528-5543 (2006).</li><li>Stevens, S. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Composition+and+functional+characterization+of+the+yeast+spliceosomal+penta-snRNP.">Composition and functional characterization of the yeast spliceosomal penta-snRNP.</a> Mol. Cell. 9, 31-44 (2002).</li><li>Sapan, C. V., Lundblad, R. L., Price, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colorimetric+protein+assay+techniques.">Colorimetric protein assay techniques.</a> Biotechnol. Appl. Biochem. 29 (Pt. 2), 99-108 (1999).</li><li>Chomczynski, P., Sacchi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+single-step+method+of+RNA+isolation+by+acid+guanidinium+thiocyanate-phenol-chloroform+extraction:+twenty-something+years+on.">The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on.</a> Nat. Protoc. 1, 581-585 (2006).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

<html> قدم المقايسات اللونية هنا نقدم مقاربة بسيطة لتقييم بسرعة الطبيعة الكيميائية للمخاليط الجزيئية البيولوجية، مثل واجهت عند تنقية البروتينات، أو المجمعات الرناوات من خلية كاملة المحللة استعدادا لمزيد من الدراسات. كما تسعى الجمعيات البيولوجيا الهيكلية أكثر الأصلي...

الكثير من بيولوجيا الخلية يحدث عبر التفاعلات الجزيئية التي تنطوي على الحمض النووي RNA و.. 4 هذه الأحماض النووية التي تحدث بشكل طبيعي (ناس) تتفاعل مع بعضها البعض، 5 مع البروتينات و 6 و مع مجموعة من المركبات الصغيرة جزيء ويغاندس في الجسم الحي (على سبيل المثال، الكاتيونات ثنائي التكافؤ 7). التفاعلات قد تكون قصيرة أو طويلة الأجل (مصطلحات البحث)، قد تتراوح بين معتدلة إلى عالية لتقارب منخفضة (قوة الحرارية)، ويمكن أن تظهر أيضا اختلاف كبير في الخصائص الكيميائية والنوعية - بعض الجمعيات هي محددة جدا (على سبيل المثال، DNA · · · عوامل النسخ، RNA · · · عوامل الربط)، في حين لا تزال بعيدة التفاعلات الأخرى بالضرورة أكثر عمومية (مثل DNA · · · البكتيرية مثل البروتينات هيستون HU 8). يمكن غير محددة التفاعلات مع ناس لها عواقب عملية لتجارب المختبر في إشراك خليط من biomolecules، كما أنه من الممكن، والمحتمل حتى أن بعض الوافدين الجدد سوف تقترن مع الجزيئات الحيوية التي تهم، على الأقل في بعض فرعية من الظروف التجريبية المستخدمة (قوة الأيونية، ودرجة الحموضة الحل، الخ). تنظر، على سبيل المثال، إنتاج بروتين من الفائدة (POI) عن طريق الإفراط في التعبير مغايرة من البروتين المؤتلف في القولونية ثقافة الخلية؛ يتم تنفيذ هذا الإجراء روتيني في مختبر البيولوجيا تقريبا أي الهيكلي 9 في الإعداد لمزيد من التجارب، من هذا القبيل. كما توصيف البيوكيميائية / البيوفيزيائية، تبلور، وما إلى ذلك، تركز الجهود الأولية عموما على الحصول على كمية كافية من POI في شكل نقي وممكن، من الناحية المثالية كعينة متجانسة كيميائيا وmonodisperse biophysically. بعد تعطيل الخلايا المضيفة، المراحل المبكرة من سير عمل نموذجية تهدف إلى تنقية عزل POI من E. البروتينات القولونية، الأحماض النووية، خلية الحطام الجدار،وغيرها من عناصر المحللة الخلوية. ومع ذلك، قد المضيف مع الوافدين الجدد POI لأسباب عدة الفيزيائية شارك تنقية-- نقطة مهمة للغاية الأساسية قد غير وجه التحديد المنسدلة المضيف DNA / RNA، وPOI قد يكون لها عام NA-ملزمة النشاط (على سبيل المثال، HU المذكورة أعلاه)؛ قد يكون POI محددة إلى حد ما NA-ملزمة البروتين ولكن المعرض للتفاعل مع عبر الرناوات المضيف أو السلطات الوطنية المعينة؛ المضيف قد تتفاعل مع الوافدين الجدد مصفوفة اللوني وبالتالي ببساطة شارك في أزل مع POI، وهلم جرا. يمكن العشوائية، وارتفاع تقارب ملزم من الوافدين الجدد إلى المضيف POI تشكل مشكلة محيرة لأن الشوائب NA سوف تتداخل مع تجارب المرجح المصب (على سبيل المثال، المقايسات تباين مضان من الحمض النووي الريبي ملزمة POI • 10). بدلا من ذلك، POI غير متوقعة · · · الجمعيات NA ويمكن أيضا أن ينظر إليها مصادفة، وهذه التفاعلات لإلقاء الضوء على POI الحمض النووي ملزم القدرات. وفي كلتا الحالتين، سواء الوافدين الجدد هي المكونات الرئيسية أو الملوثات، يجب على المرء أولا وتحديدتحديد نوع (DNA، RNA) للمشاركين في تنقية ناس في التحضير للتجارب المصب. الطرق التحليلية للكشف عن وجود عدة وquantitating ناس في عينة. معظم الطرق المتاحة هي في الأساس إما الطيفي (على سبيل المثال، قيم الامتصاصية A 260 و A 260 / A نسب 280)، فلوروميتريك (على سبيل المثال، ملزمة من البرتقال أو ثيازول الأصباغ الفلورية الأخرى إلى NA)، أو اللونية (حساسية النيوكليوسيدات إلى التفاعلات الكيميائية أن العائد chromophores امتصاص الأشعة فوق البنفسجية في المنطقة في مواجهة من الطيف الكهرومغناطيسي)، كما وصفها مؤخرا وآخرون دي مي آل. 1 إلا أن الخطوة الحاسمة لتحديد نوع RNA أو عديد النوكليوتيد كما DNA خارج نطاق العديد من هذه الكميات النهج. هنا نقدم مجموعة من فحوصات لتحديد اللونية سريعا أنواع المكونات NA في عينة البروتينية. وصف بروتوكولات هنا جيتم تنفيذها بكفاءة ودون خطوات إضافية لعزل الشوائب المحتملة NA، والاعتماد على الفحص بنديكت السادس عشر للحد من السكريات 11، الفحص أورسينول لpentoses 12،13، 14،15 وردود الفعل ثنائي فينيلامين من deoxypentoses-2&#39;(الشكلان 1 و 2) . اختبار بنديكت السادس عشر (الشكل 2A) يستخدم قدرة النموذج، الخطي المفتوح سلسلة (ألدهيد) من السكر الدوسي للحد من النحاس 2 +، مع الأكسدة يصاحب ذلك من الكربونيل السكر في لشاردة الكاربوكسيلات وإنتاج النحاس 2 O باعتبارها راسب أحمر غير قابلة للذوبان. وهذا التفاعل الإيجابي مع خدمة اختبار السكريات المختزلة مثل aldoses وketoses (التي تحول إلى aldoses المقابلة عبر وسيطة enediol)، ولكن ليس مع السكريات البنتوز أن يتم تأمين في شكل دوري كجزء من العمود الفقري التساهمية من الحمض النووي RNA أو عديد النوكليوتيد بسبب شرط أضيق الحدود وظائف على هيمي آسيتال مجانا، وشارك أخرىmpounds التي يمكن اختبار إيجابية في هذا الاختبار - وبالتالي يكون بمثابة interferents المحتملة - تشمل α هيدروكسي الكيتونات وoligosaccharides قصيرة (مثل المالتوز ديساكهارايد). كل من في بيال أورسينول (الشكل 2B) وتستند Dische لثنائي فينيلامين (الشكل 2C) ردود الفعل على تدمير الأولي من العمود الفقري عديد النوكليوتيد، عن طريق نزع البورينات من نوكليوزيد وحمض أو مزيد المحفز القاعدة التحلل من النيوكليوتيدات الأم، لانتاج الفيوران-2 -carbaldehyde (فورفورال) مشتقات، وهذه المشتقات تتفاعل بعد ذلك مع polyhydroxy إما الفينول مثل أورسينول (في بيال) أو ثنائي فينيلامين (في Dische) الكواشف لتشكيل منتجات التكثيف الملون من التركيب الكيميائي غير معروف إلى حد كبير. الحمض النووي RNA من خصوصية مقابل الفحص وDische تنبع من حقيقة أن السكر البنتوز يجب أن تكون 2&#39;-امؤكسج من أجل أن تكون عرضة للأكسدة لω-hydroxylevulinyl ألدهيد، الذي يتفاعل مع مزيد من ثنائي فينيلامينفي ظل الظروف الحمضية لانتاج المكثفات زرقاء زاهية (الشكل 2C). باستخدام بروتوكولات مبسطة وصفها هنا، وجدنا أن هذه التفاعلات السكر محددة اللونية يمكن التفريق بين RNA والحمض النووي، وسوف تبين أيضا وجود السكريات المختزلة مجانا مثل الجلوكوز، والفركتوز، أو الريبوز في عينة الجزيئية البيولوجية.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> كاشف أو المعدات </td><td> المورد / الشركة </td><td> كتالوج رقم </td><td> التعليقات والملاحظات </td></tr><tr><td> كربونات الصوديوم اللامائية </td><td> فيشر العلمية </td><td> S263 </td><td></td></tr><tr><td> سيترات الصوديوم ثنائي الماء </td><td> سيجما </td><td> S-4641 </td><td></td></tr><tr><td> pentahydrate كبريتات النحاس (II) </td><td> VWR </td><td> VW3312-2 </td><td></td></tr><tr><td> أورسينول مونوهيدرات </td><td> سيغما الدريخ </td><td> O1875 </td><td></td></tr><tr><td> حمض الهيدروكلوريك المركزة </td><td> VWR </td><td> BDH3030 </td><td></td></tr><tr><td> الحديديك كلوريد هيدرات </td><td> سيجما </td><td> F-2877 </td><td></td></tr><tr><td> ثنائي فينيلامين </td><td> الدريتش </td><td> 112763 </td><td></td></tr><tr><td> حمض الخليك الجليدية </td><td> فيشر العلمية </td><td> A28 </td><td></td></tr><tr><td> حمض الكبريتيك </td><td> سيغما الدريخ </td><td> 258105 </td><td></td></tr><tr><td> الإيثانول </td><td> Koptec </td><td> V1101 </td><td></td></tr><tr><td> الريبوز </td><td> سيجما </td><td> R-7500 </td><td> الإعدادية بنسبة 1٪ ث / ت في H 2 O </td></tr><tr><td> حمض النووي الريبي من خميرة الخباز (S. خميرة) </td><td> سيجما </td><td> R6750 </td><td> الإعدادية في 10 ملغ / مل في H 2 O؛ المحل في -20 درجة مئوية </td></tr><tr><td> حمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (ملح الصوديوم)، من الغدة الصعترية العجل </td><td> سيجما </td><td> D1501 </td><td> الإعدادية في 10 ملغ / مل في H 2 O؛ المحل في C ° 4 </td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> الكواشف والمعدات والسلامة وترد في المواد FOالنماذج التالية في جدول الترتيب الذي تظهر في قسم البروتوكول. ما لم يذكر خلاف ذلك (أعلاه)، يمكن تخزين كافة الكواشف في درجة حرارة الغرفة والإضاءة المحيطة. ل أي مادة غير مدرجة أدناه (على سبيل المثال، أنابيب microcentrifuge)، يمكن استخدام تكوين المعتاد / نموذج / متنوعة وجدت في مختبر الكيمياء الحيوية القياسية (مثل العلامة التجارية إيبندورف 1.5 مل أنابيب microfuge). وينبغي استخدام معيار أنابيب البلاستيك لmicrofuge الخطوات التي تنطوي على الطرد المركزي (على سبيل المثال، إلى المواد الجسيمية الرواسب بالقرب من نهاية كل بروتوكول). لا سيما المواد هو الأفضل، ما دام يمكن أن تكون أنابيب مختومة، وأنابيب البولي بروبلين نموذجية وجدت في مختبرات الكيمياء الحيوية تعمل بشكل جيد. من حيث مخاوف تتعلق بالسلامة والتخلص من النفايات، ينبغي توخي الاحتياطات المختبر القياسية (نظارات السلامة، أغطية الدخان) في مرحلة ما قبل التقشير، والعمل مع، والتخلص من محاليل تحتوي على الخل المركز، الهيدروكلوريك، أو أحماض الكبريتيك. لوالمواد الكيميائية العضوية مثل أورسينول أو diphenylamine، قفازات النتريل هي أفضل من المطاط المشترك (المطاط الطبيعي) متنوعة. </td></tr></tbody></table>

rapid colorimetric assays to qualitatively distinguish rna and dna in biomolecular samples

التجريب البيوكيميائية عموما يتطلب معرفة دقيقة، في مرحلة مبكرة، من الحمض النووي والبروتينات، ومكونات أخرى الجزيئية البيولوجية في عينات غير متجانسة محتملة. ويمكن الكشف عن الأحماض النووية عبر العديد من الأساليب المتبعة، بما في ذلك الطرق التحليلية التي هي الطيفي (على سبيل المثال، A 260)، فلوروميتريك (على سبيل المثال، ملزمة من الأصباغ الفلورية)، أو اللونية (نوكليوزيد محددة التفاعلات الكيميائية مولد اللون) 1 على الرغم من أنه لا يمكن التمييز بسهولة RNA DNA من وA 260 / A يعمل عادة نسبة 280، كما يوفر بسيطة وسريعة 2 تقييم المحتوى النسبي للحامض النووي، التي تمتص في الغالب بالقرب من 260 نانومتر والبروتين، والتي تمتص في المقام الأول بالقرب من 280 نانومتر. نسب &lt;تؤخذ كمؤشر إلى 0،8 &#39;نقية&#39; عينات البروتين، في حين يتميز الحمض النووي النقي (NA) بنسب&gt; 1.5 3. حويفر، وهناك سيناريوهات فيه نسبة البروتين / NA لا يمكن أن يكون كما هو واضح أو موثوق الاستدلال على ذلك من قياسات الأشعة فوق البنفسجية في مواجهة بسيطة الطيفي. على سبيل المثال، (ط) قد تحتوي على عينات واحد أو أكثر من البروتينات التي تخلو نسبيا من الأحماض الأمينية العطرية المسؤولة عن امتصاص نانومتر في 280 ≈ (TRP، صور، الفنيل ألانين)، كما هو الحال مع بعض البروتينات RNA ملزم الصغيرة، و (الثاني) يمكن أن تظهر العينات المتوسطة A 260 / A نسب 280 (~ 0.8 &lt;~ 1.5)، حيث محتوى البروتين / NA هو أقل وضوحا بكثير، وربما حتى بعض تعكس عالية تقارب بين الجمعيات ومكونات البروتين NA. لمثل هذه السيناريوهات، ونحن هنا تصف مجموعة من فحوصات اللونية للتمييز بسرعة RNA، DNA، والحد من السكريات في عينة مختلطة من المحتمل الجزيئات الحيوية. أساليب تعتمد على حساسية من الفرق pentoses والكربوهيدرات الأخرى للبنديكت، في بيال (أورسينول)، والكواشف لDische (ثنائي فينيلامين)، ويمكن أن تكون مبسطة البروتوكولات كومpleted في غضون دقائق، من دون أي خطوات إضافية من الاضطرار إلى عزل المكونات. لا يمكن أن يؤديها في المقايسات بالتوازي للتمييز بين الحمض النووي الريبي DNA و، كذلك تشير إلى وجود السكريات المختزلة مجانا مثل الجلوكوز، والفركتوز، والريبوز (الشكل 1).

وتظهر النتائج في الشكل 3 لتطبيق هذه المقايسات اللونية لمركبات مرجعية معروفة. وتظهر البيانات النوعية للممثل البابا (أ)، بيال أورسينول (ب)، وDische في المقايسات (ج) ثنائي فينيلامين، وتظهر منحنيات القياسية لهذه المقايسات الثلاثة في الشكل 4. في لوحات 3 (AC)، ل...

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples at JoVE.com

Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples

ووصف مجموعة من فحوصات اللونية المميزة للبروتين بسرعة، RNA، DNA، وإعادة ducing السكريات في عينات غير متجانسة الجزيئية البيولوجية المحتملة.

فحوصات اللونية السريعة للتمييز نوعيا RNA والحمض النووي في العينات البيولوجية

Biochemical experimentation generally requires accurate knowledge, at an early stage, of the nucleic acid, protein, and other biomolecular components in ...

rapid-colorimetric-assays-to-qualitatively-distinguish-rna-dna

Research

JoVE Journal

Chemistry

41.5K Views.  University of Virginia. ووصف مجموعة من فحوصات اللونية المميزة للبروتين بسرعة، RNA، DNA، وإعادة ducing السكريات في عينات غير متجانسة الجزيئية البيولوجية المحتملة.

Video: Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples

Rapid High Throughput Amylose Determination in Freeze Dried Potato Tuber Samples

This protocol describes a high through put colorimetric method that relies on the formation of a complex between iodine and chains of glucose molecules in starch. Iodine forms complexes with both amylose and long chains within amylopectin. After the addition of iodine to a starch sample, the maximum absorption of amylose and amylopectin occurs at 620 and 550 nm, respectively. The amylose/amylopectin ratio can be estimated from the ratio of the 620 and 550 nm absorbance values and comparing them to a standard curve in which specific known concentrations are plotted against absorption values. This high throughput, inexpensive method is reliable and reproducible, allowing the evaluation of large populations of potato clones.&#160;

السريع إنتاجية عالية أميلوز تحديد في تجميد المجفف عينات درنة البطاطس

This protocol describes a high through put colorimetric method that relies on the formation of a complex between iodine and chains of glucose molecules in ...

Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control self-assembly and mimicking this process in vitro will bring about major advances in the areas of materials science and nanotechnology. Among the available biological building blocks, peptides have several advantages as they present substantial diversity, their synthesis in large scale is straightforward, and they can easily be modified with biological and chemical entities1,2. Several classes of designed peptides such as cyclic peptides, amphiphile peptides and peptide-conjugates self-assemble into ordered structures in solution. Homoaromatic dipeptides, are a class of short self-assembled peptides that contain all the molecular information needed to form ordered structures such as nanotubes, spheres and fibrils3-8. A large variety of these peptides is commercially available.
This paper presents a procedure that leads to the formation of ordered structures by the self-assembly of homoaromatic peptides. The protocol requires only commercial reagents and basic laboratory equipment. In addition, the paper describes some of the methods available for the characterization of peptide-based assemblies. These methods include electron and atomic force microscopy and Fourier-Transform Infrared Spectroscopy (FT-IR). Moreover, the manuscript demonstrates the blending of peptides (coassembly) and the formation of a &#34;beads on a string&#34;-like structure by this process.9 The protocols presented here can be adapted to other classes of peptides or biological building blocks and can potentially lead to the discovery of new peptide-based structures and to better control of their assembly.

This paper describes the formation of highly ordered peptide-based structures by the spontaneous process of self-assembly. The method utilizes commercially available peptides and common lab equipment. This technique can be applied to a large variety of peptides and may lead to the discovery of new peptide-based assemblies.

تشكيل الهياكل الجزيئية البيولوجية أمرت قبل التجميع الذاتي من الببتيدات قصير

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control ...

Confocal Imaging of Confined Quiescent and Flowing Colloid-polymer Mixtures

The behavior of confined colloidal suspensions with attractive interparticle interactions is critical to the rational design of materials for directed assembly1-3, drug delivery4, improved hydrocarbon recovery5-7, and flowable electrodes for energy storage8. Suspensions containing fluorescent colloids and non-adsorbing polymers are appealing model systems, as the ratio of the polymer radius of gyration to the particle radius&#160;and concentration of polymer control the range and strength of the interparticle attraction, respectively. By tuning the polymer properties and the volume fraction of the colloids, colloid fluids, fluids of clusters, gels, crystals, and glasses can be obtained9.&#160;Confocal microscopy, a variant of fluorescence microscopy, allows an optically transparent and fluorescent sample to be imaged with high spatial and temporal resolution in three dimensions. In this technique, a small pinhole or slit blocks the emitted fluorescent light from regions of the sample that are outside the focal volume of the microscope optical system. As a result, only a thin section of the sample in the focal plane is imaged. This technique is particularly well suited to probe the structure and dynamics in dense colloidal suspensions at the single-particle scale: the particles are large enough to be resolved using visible light and diffuse slowly enough to be captured at typical scan speeds of commercial confocal systems10. Improvements in scan speeds and analysis algorithms have also enabled quantitative confocal imaging of flowing suspensions11-16,37.&#160;In this paper, we demonstrate confocal microscopy experiments to probe the confined phase behavior and flow properties of colloid-polymer mixtures. We first prepare colloid-polymer mixtures that are density- and refractive-index matched. Next, we report a standard protocol for imaging quiescent dense colloid-polymer mixtures under varying confinement in thin wedge-shaped cells. Finally, we demonstrate a protocol for imaging colloid-polymer mixtures during microchannel flow.

Confocal microscopy is used to image quiescent and flowing colloid-polymer mixtures, which are studied as model systems for attractive suspensions. Image analysis algorithms are used to calculate structural and dynamic metrics for the colloidal particles that measure changes due to geometric confinement.

التصوير متحد البؤر المحصورة من هادئة ويتدفق مخاليط البوليمر المادة الغروية

The behavior of confined colloidal suspensions with attractive interparticle interactions is critical to the rational design of materials for directed ...

Preparation of Mica and Silicon Substrates for DNA Origami Analysis and Experimentation

The designed nature and controlled, one-pot synthesis of DNA origami provides exciting opportunities in many fields, particularly nanoelectronics. Many of these applications require interaction with and adhesion of DNA nanostructures to a substrate. Due to its atomically flat and easily cleaned nature, mica has been the substrate of choice for DNA origami experiments. However, the practical applications of mica are relatively limited compared to those of semiconductor substrates. For this reason, a straightforward, stable, and repeatable process for DNA origami adhesion on derivatized silicon oxide is presented here. To promote the adhesion of DNA nanostructures to silicon oxide surface, a self-assembled monolayer of 3-aminopropyltriethoxysilane (APTES) is deposited from an aqueous solution that is compatible with many photoresists. The substrate must be cleaned of all organic and metal contaminants using Radio Corporation of America (RCA) cleaning processes and the native oxide layer must be etched to ensure a flat, functionalizable surface. Cleanrooms are equipped with facilities for silicon cleaning, however many components of DNA origami buffers and solutions are often not allowed in them due to contamination concerns. This manuscript describes the set-up and protocol for in-lab, small-scale silicon cleaning for researchers who do not have access to a cleanroom or would like to incorporate processes that could cause contamination of a cleanroom CMOS clean bench. Additionally, variables for regulating coverage are discussed and how to recognize and avoid common sample preparation problems is described.

Reproducible cleaning processes for substrates used in DNA origami research are described, including bench-top RCA cleaning and derivatization of silicon oxide. Protocols for surface preparation, DNA origami deposition, drying parameters, and simple experimental set-ups are illustrated.

إعداد ميكا والسيليكون ركائز لDNA اوريغامي التحليل والتجريب

The designed nature and controlled, one-pot synthesis of DNA origami provides exciting opportunities in many fields, particularly nanoelectronics. Many of ...

Deacetylation Assays to Unravel the Interplay between Sirtuins (SIRT2) and Specific Protein-substrates

Acetylation has emerged as an important post-translational modification (PTM) regulating a plethora of cellular processes and functions. This is further supported by recent findings in high-resolution mass spectrometry based proteomics showing that many new proteins and sites within these proteins can be acetylated. However the identity of the enzymes regulating these proteins and sites is often unknown. Among these enzymes, sirtuins, which belong to the class III histone lysine deacetylases, have attracted great interest as enzymes regulating the acetylome under different physiological or pathophysiological conditions. Here we describe methods to link SIRT2, the cytoplasmic sirtuin, with its substrates including both in vitro and in vivo deacetylation assays. These assays can be applied in studies focused on other members of the sirtuin family to unravel the specific role of sirtuins and are necessary in order to establish the regulatory interplay of specific deacetylases with their substrates as a first step to better understand the role of protein acetylation. Furthermore, such assays can be used to distinguish functional acetylation sites on a protein from what may be non-regulatory acetylated lysines, as well as to examine the interplay between a deacetylase and its substrate in a physiological context.

Deacetylation Assays to Unravel the Interplay between Sirtuins SIRT2 and Specific Protein-substrates

This protocol describes the required steps to execute in vitro and in vivo deacetylation assays in order to establish the role of proteins as specific deacetylation substrates for sirtuins and further study the role of reversible - lysine acetylation as a post-translational modification.

Deacetylation فحوصات لكشف تفاعل بين Sirtuins (SIRT2) ومحددة البروتين ركائز

Acetylation has emerged as an important post-translational modification (PTM) regulating a plethora of cellular processes and functions. This is further ...

A Method to Manipulate Surface Tension of a Liquid Metal via Surface Oxidation and Reduction

Controlling interfacial tension is an effective method for manipulating the shape, position, and flow of fluids at sub-millimeter length scales, where interfacial tension is a dominant force. A variety of methods exist for controlling the interfacial tension of aqueous and organic liquids on this scale; however, these techniques have limited utility for liquid metals due to their large interfacial tension.
Liquid metals can form soft, stretchable, and shape-reconfigurable components in electronic and electromagnetic devices. Although it is possible to manipulate these fluids via mechanical methods (e.g., pumping), electrical methods are easier to miniaturize, control, and implement. However, most electrical techniques have their own constraints: electrowetting-on-dielectric requires large (kV) potentials for modest actuation, electrocapillarity can affect relatively small changes in the interfacial tension, and continuous electrowetting is limited to plugs of the liquid metal in capillaries.
Here, we present a method for actuating gallium and gallium-based liquid metal alloys via an electrochemical surface reaction. Controlling the electrochemical potential on the surface of the liquid metal in electrolyte rapidly and reversibly changes the interfacial tension by over two orders of magnitude ( &#820;500 mN/m to near zero). Furthermore, this method requires only a very modest potential (&#60; 1 V) applied relative to a counter electrode. The resulting change in tension is due primarily to the electrochemical deposition of a surface oxide layer, which acts as a surfactant; removal of the oxide increases the interfacial tension, and vice versa. This technique can be applied in a wide variety of electrolytes and is independent of the substrate on which it rests.

We present a method to control the interfacial energy of a liquid metal in an electrolyte via electrochemical deposition (or removal) of a surface oxide layer. This simple method can control the capillary behavior of gallium-based liquid metals by tuning the interfacial energy rapidly, significantly, and reversibly using modest voltages.

A طريقة لمعالجة التوتر السطحي من المعدن السائل عن طريق الأكسدة السطحية والحد من

Controlling interfacial tension is an effective method for manipulating the shape, position, and flow of fluids at sub-millimeter length scales, where ...

Coulomb Explosion Imaging as a Tool to Distinguish Between Stereoisomers

This article shows how the COLTRIMS (Cold Target Recoil Ion Momentum Spectroscopy) or the "reaction microscope" technique can be used to distinguish between enantiomers (stereoisomers) of simple chiral species on the level of individual molecules. In this approach, a gaseous molecular jet of the sample expands into a vacuum chamber and intersects with femtosecond (fs) laser pulses. The high intensity of the pulses leads to fast multiple ionization, igniting a so-called Coulomb Explosion that produces several cationic (positively charged) fragments. An electrostatic field guides these cations onto time- and position-sensitive detectors. Similar to a time-of-flight mass spectrometer, the arrival time of each ion yields information on its mass. As a surplus, the electrostatic field is adjusted in a way that the emission direction and the kinetic energy after fragmentation lead to variations in the time-of-flight and in the impact position on the detector.
Each ion impact creates an electronic signal in the detector; this signal is treated by high-frequency electronics and recorded event by event by a computer. The registered data correspond to the impact times and positions. With these data, the energy and the emission direction of each fragment can be calculated. These values are related to structural properties of the molecule under investigation, i.e. to the bond lengths and relative positions of the atoms, allowing to determine molecule by molecule the handedness of simple chiral species and other isomeric features.

For small chiral species, Coulomb Explosion Imaging provides a new approach to determine the handedness of individual molecules.

تصوير الانفجار كولومب كأداة للتمييز بين الفراغية

This article shows how the COLTRIMS (Cold Target Recoil Ion Momentum Spectroscopy) or the "reaction microscope" technique can be used to distinguish ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the evaluation of DNA-magnetic particles binding via dynamic light scattering (DLS) and electrophoretic light scattering (ELS). Analysis by DLS provides valuable information on the physicochemical properties of particles including particle size, polydispersity, and zeta potential. The latter describes the surface charge of the particle which plays major role in electrostatic binding of materials such as DNA. Here, a comparative analysis exploits three chemical modifications of nanoparticles and microparticles and their effects on DNA binding and elution. Chemical modifications by branched polyethylenimine, tetraethyl orthosilicate and (3-aminopropyl)triethoxysilane are investigated. Since DNA exhibits a negative charge, it is expected that zeta potential of particle surface will decrease upon binding of DNA. Forming of clusters should also affect particle size. In order to investigate the efficiency of these particles in isolation and elution of DNA, the particles are mixed with DNA in low pH (~6), high ionic strength and dehydration environment. Particles are washed on magnet and then DNA is eluted by Tris-HCl buffer (pH = 8). DNA copy number is estimated using quantitative polymerase chain reaction (PCR). Zeta potential, particle size, polydispersity and quantitative PCR data are evaluated and compared. DLS is an insightful and supporting method of analysis that adds a new perspective to the process of screening of particles for DNA isolation.

This protocol describes the synthesis of magnetic particles and evaluation of their DNA-binding properties via dynamic and electrophoretic light scattering. This method focuses on monitoring changes in particle size, their polydispersity and zeta potential of particle surface which play major role in binding of materials such as DNA.

الحمض النووي-المغناطيسي الجسيمات ربط التحليل بتشتت الضوء الديناميكي والغرواني الكهربي

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Rapid Nanoprobe Signal Enhancement by In Situ Gold Nanoparticle Synthesis

The use of nanoprobes such as gold, silver, silica or iron-oxide nanoparticles as detection reagents in bioanalytical assays can enable high sensitivity and convenient colorimetric readout. However, high densities of nanoparticles are typically needed for detection. The available synthesis-based enhancement protocols are either limited to gold and silver nanoparticles or rely on precise enzymatic control and optimization. Here, we present a protocol to enhance the colorimetric readout of gold, silver, silica, and iron oxide nanoprobes. It was observed that the colorimetric signal can be improved by up to a 10000-fold factor. The basis for such signal enhancement strategies is the chemical reduction of Au3+ to Au0. There are several chemical reactions that enable the reduction of Au3+ to Au0. In the protocol, Good&#39;s buffers and H2O2 are used and it is possible to favor the deposition of Au0 onto the surface of existing nanoprobes, in detriment of the formation of new gold nanoparticles. The protocol consists of the incubation of the microarray with a solution consisting of chloroauric acid and H2O2 in 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 6 buffer following the nanoprobe-based detection assay. The enhancement solution can be applied to paper and glass-based sensors. Moreover, it can be used in commercially available immunoassays as demonstrated by the application of the method to a commercial allergen microarray. The signal development requires less than 5 min of incubation with the enhancement solution and the readout can be assessed by naked eye or low-end image acquisition devices such as a table-top scanner or a digital camera.

Rapid Nanoprobe Signal Enhancement by In Situ Gold Nanoparticle Synthesis

In this work, a protocol for signal enhancement of nanoprobe-based biosensing is presented. The protocol is based on the reduction of chloroauric acid onto the surface of existing nanoprobes that consist of gold, silver, silica or iron-oxide nanoparticles.

تعزيز السريع نانوبروبي إشارة بتوليف نانوحبيبات الذهب في الموقع

The use of nanoprobes such as gold, silver, silica or iron-oxide nanoparticles as detection reagents in bioanalytical assays can enable high sensitivity ...

Solvothermal Synthesis of MIL-96 and UiO-66-NH2 on Atomic Layer Deposited Metal Oxide Coatings on Fiber Mats

Metal-organic frameworks (MOFs), which contain reactive metal clusters and organic ligands allowing for large porosities and surface areas, have proven effective in gas adsorption, separations, and catalysis. MOFs are most commonly synthesized as bulk powder, requiring additional processes to adhere them to functional devices and fabrics that risk decreasing the powder porosity and adsorption capacity. Here, we demonstrate a method of first coating fabrics with metal oxide films using atomic layer deposition (ALD). This process creates conformal films of controllable thickness on each fiber, while providing a more reactive surface for MOF nucleation. By submerging the ALD coated fabric in solution during solvothermal MOF synthesis, the MOFs create a conformal, well-adhered coating on the fibers, resulting in a MOF-functionalized fabric, without additional adhesion materials that may block MOF pores and functional sites. Here we demonstrate two solvothermal synthesis methods. First, we form a MIL-96(Al) layer on polypropylene fibers using synthetic conditions that convert the metal oxide to MOF. Using initial inorganic films of varying thicknesses, diffusion of the organic linker into the inorganic allows us to control the extent of MOF loading on the fabric. Second, we perform a solvothermal synthesis of UiO-66-NH2 in which the MOF nucleates on the conformal metal oxide coating on polyamide-6 (PA-6) fibers, thereby producing a uniform and conformal thin film of MOF on the fabric. The resulting materials can be directly incorporated into filter devices or protective clothing and eliminate the maladroit qualities of loose powder.

Solvothermal Synthesis of MIL-96 and UiO-66-NH2 on Atomic Layer Deposited Metal Oxide Coatings on Fiber Mats

Metal-organic frameworks are effective in gas storage and heterogeneous catalysis, but typical synthesis methods result in loose powders that are difficult to incorporate into smart materials. We demonstrate a method of first coating fabrics with ALD metal oxides, resulting in conformal films of MOF on the fabrics during solvothermal synthesis.

أودعت توليف سولفوثيرمال من شركة مالونغوشي-96 والارجان-66-NH2 في ذرية طبقة الطلاء أكسيد المعدن على حصائر الألياف

Metal-organic frameworks (MOFs), which contain reactive metal clusters and organic ligands allowing for large porosities and surface areas, have proven ...