واعترف الدكتور ستيفن عضو مجلس محلي، والدكتور ديفيد ورقة، وايرين ماكري بامتنان للمساعدة في الفحص المجهري. وقد تم تمويل هذا البحث من خلال منحة من مبادرة بحوث المحاصيل الاختصاص NIFA، جائزة وزارة الزراعة الأميركية SCRI-SREP منحة رقم 2009-02484. قدمت برينا Kinash، كيفن كينلوتش، ميغان ليونارد جوزيف ماكولوم، ماريا McSharry ونيكول Sallee المساعدة التقنية ممتازة ومناقشات مدروس.

<ol>
	<li>Gregory, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+implications+of+plastic+debris+in+marine+settings+-+entanglement,+ingestion,+smothering,+hangers-on,+hitch-hiking+and+alien+invasions.">Environmental implications of plastic debris in marine settings - entanglement, ingestion, smothering, hangers-on, hitch-hiking and alien invasions.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2013-2025 (2009).</li><li>Teuten, E. L., Saquing, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transport+and+release+of+chemicals+from+plastics+to+the+environment+and+to+wildlife.">Transport and release of chemicals from plastics to the environment and to wildlife.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2027-2045 (2009).</li><li>Thompson, R. C., Moore, C. J., vom Saal, F. S., Swan, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plastics+the+environment+and+human+health:+current+consensus+and+future+trends.">Plastics the environment and human health: current consensus and future trends.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2153-2166 (2009).</li><li>ASTM D 883. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Standard terminology relating to plastics. , (1991).</li><li>SO 472. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Plastics - vocabulary, amendment 3. General terms and terms relating to degradable plastics. , (1993).</li><li>Krzan, A., Hemjinda, S., Miertus, S., Corti, A., Chiellini, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardization+and+certification+in+the+area+of+environmentally+degradable+plastics.">Standardization and certification in the area of environmentally degradable plastics.</a> Polymer Degradation and Stability. 91, 2819-2833 (2006).</li><li>Shogren, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+mulches+from+renewable+resources.">Biodegradable mulches from renewable resources.</a> Journal of Sustainable Agriculture. 16, 33-47 (2000).</li><li>Takakura, T., Fang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Climate under cover. , 1-10 (2001).</li><li>Miles, C., Hayes, D., Brodhagen, M., Lee, J., Wszelaki, A., Moore-Kucera, J., Wallace, R., Marsh, T., Inglis, D., van Steenbergen, F., Tuinhof, A., Knoop, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plastic+mulches,+biodegradable+alternatives,+China+and+US.">Plastic mulches, biodegradable alternatives, China and US.</a> Transforming Landscapes, Transforming Lives: The Business of Sustainable Water Buffer Management. , (2011).</li><li>Song, J. H., Murphy, R. J., Narayan, R., Davies, G. B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+and+compostable+alternatives+to+conventional+plastics.">Biodegradable and compostable alternatives to conventional plastics.</a> Transactions of the Royal Society B. 364, 2127-2139 (2009).</li><li>Hayes, D. G., Dharmalingam, S., Wadsworth, L. C., Leonas, K. K., Miles, C., Inglis, D. A., Khemani, K. C., Scholz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+agricultural+mulches+derived+from+biopolymers.">Biodegradable agricultural mulches derived from biopolymers.</a> Degradable polymers and materials, principles and practice. ACS Symposium Series. 1114, 201-223 (2012).</li><li>Ojeda, T. F. M., Dalmolin, E., Forte, M. M. C., Jacques, R. J. S., Bento, F. M., Camargo, F. A. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abiotic+and+biotic+degradation+of+oxo-biodegradable+polyethylenes.">Abiotic and biotic degradation of oxo-biodegradable polyethylenes.</a> Polymer Degradation and Stability 94. , 965-970 (2009).</li><li>van der Zee, M., Lendlein, A., Sisson, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analytical+methods+for+monitoring+biodegradation+processes+of+environmentally+degradable+polymers.">Analytical methods for monitoring biodegradation processes of environmentally degradable polymers.</a> Handbook of Biodegradable Polymers. , 263-281 (2011).</li><li>Narayan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Misleading+claims+and+misuse+of+standards+continues+to+proliferate+in+the+nascent+bioplastics+industry+space.">Misleading claims and misuse of standards continues to proliferate in the nascent bioplastics industry space.</a> BioPlastics. 01/10, (2010).</li><li>ASTM D 5338-98. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+determining+aerobic+biodegradation+of+plastic+materials+under+controlled+composting+conditions.">Standard test method for determining aerobic biodegradation of plastic materials under controlled composting conditions.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 504-509 (1998).</li><li>ASTM D 5988-03. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+determining+aerobic+biodegradation+in+soil+of+plastic+materials+or+residual+plastic+materials+after+composting.">Standard test method for determining aerobic biodegradation in soil of plastic materials or residual plastic materials after composting.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 354-358 (2003).</li><li>ASTM D 6954-04. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+guide+for+exposing+and+testing+plastics+that+degrade+in+the+environment+by+a+combination+of+oxidation+and+biodegradation.">Standard guide for exposing and testing plastics that degrade in the environment by a combination of oxidation and biodegradation.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 748-753 (2004).</li><li>ASTM G21-96. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+practice+for+determining+resistance+of+synthetic+polymeric+materials+to+fungi.">Standard practice for determining resistance of synthetic polymeric materials to fungi.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 433-437 (2002).</li><li>ISO 846. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Plastics - evaluation of the action of microorganisms. , 1-22 (1997).</li><li>Russell, J. R., Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradation+of+polyester+polyurethane+by+endophytic+fungi.">Biodegradation of polyester polyurethane by endophytic fungi.</a> Applied and Environmental Microbiology. 77, 6076-6084 (2011).</li><li>Maeda, H., Yamagata, Y., Abe, K., Hasegawa, F., Machida, M., Ishioka, R., Gomi, K., Nakajima, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+and+characterization+of+a+biodegradable+plastic-degrading+enzyme+from+Aspergillus+oryzae.">Purification and characterization of a biodegradable plastic-degrading enzyme from Aspergillus oryzae.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 67, 778-788 (2005).</li><li>Tokiwa, Y., Calabia, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradability+and+biodegradation+of+poly(lactide.">Biodegradability and biodegradation of poly(lactide.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 72, 244-251 (2006).</li><li>Karjomaa, S., Suortti, T., Lempi&#228;inen, R., Selin, J. -. F., It&#228;vaara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+degradation+of+poly-(L-lactic+acid)+oligomers.">Microbial degradation of poly-(L-lactic acid) oligomers.</a> Polymer Degradation and Stability. 59, 333-336 (1998).</li><li>Miles, C., Wallace, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deterioration+of+potentially+biodegradable+alternatives+to+black+plastic+mulch+in+three+tomato+production+regions.">Deterioration of potentially biodegradable alternatives to black plastic mulch in three tomato production regions.</a> HortScience. 47 (9), 1270-1277 (2012).</li><li>Hedh, J., Wallander, H., Erland, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ectomycorrhizal+mycelial+species+composition+in+apatite+amended+and+non-amended+mesh+bags+buried+in+a+phosphorus-poor+spruce+forest.">Ectomycorrhizal mycelial species composition in apatite amended and non-amended mesh bags buried in a phosphorus-poor spruce forest.</a> Mycological Research. 112, 681-688 (2008).</li><li>Wallander, H., Hagerberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Do+ectomycorrhizal+fungi+have+a+significant+role+inweathering+of+minerals+in+forest+soil?.">Do ectomycorrhizal fungi have a significant role inweathering of minerals in forest soil?.</a> , (2003).</li><li>Hehemann, J. -. H., Correc, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+and+structural+characterization+of+the+complex+agarolytic+enzyme+system+from+the+marine+bacterium+Zobellia+galactanivorans.">Biochemical and structural characterization of the complex agarolytic enzyme system from the marine bacterium Zobellia galactanivorans.</a> Journal of Biological Chemistry. 287, 30571-30584 (2012).</li><li>Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+marine+agar-digesting+bacteria.">Studies on marine agar-digesting bacteria.</a> Journal of Bacteriology. 42 (4), 527-559 (1941).</li><li>Hirsch, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+life+at+extremely+low+nutrient+levels.">Microbial life at extremely low nutrient levels.</a> Advances in Space Research. 6, 287-298 (1986).</li><li>Wainwright, M., Adam, T., Barakah, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+the+role+of+oligotrophic+micro-organisms+in+biodeterioration.">A review of the role of oligotrophic micro-organisms in biodeterioration.</a> International Biodeterioration and Biodegradation. 31, 1-13 (1993).</li><li>Wainwright, M., Barakah, R., Al-Turk, I., Ali, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oligotrophic+micro-organisms+in+industry,+medicine,+and+the+environment.">Oligotrophic micro-organisms in industry, medicine, and the environment.</a> Science Progress. 75, 313-322 (1991).</li><li>Parkinson, S. M., Wainwright, M., Killham, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+on+oligotrophic+growth+of+fungi+on+silica+gel.">Observations on oligotrophic growth of fungi on silica gel.</a> Mycological Research. 93 (4), 529-534 (1989).</li><li>Hill, T., Kafer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protocols+for+Aspergillus+minimal+medium:+trace+element+and+minimal+medium+salt+stock+solutions.">Improved protocols for Aspergillus minimal medium: trace element and minimal medium salt stock solutions.</a> Fungal Genetics Newsletter. 48, 20-21 (2001).</li><li>Hutner, S. H., Provasoli, L., Schatz, A., Haskins, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Some+approaches+to+the+study+of+the+role+of+metals+in+the+metabolism+of+microorganisms.">Some approaches to the study of the role of metals in the metabolism of microorganisms.</a> Proceedings of the American Philosophical Society. 94, 152-170 (1950).</li><li>Affeldt, K. J., Brodhagen, M., Keller, N. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aspergillus+oxylipin+signaling+and+quorum+sensing+pathways+depend+on+G+protein-coupled+receptors.">Aspergillus oxylipin signaling and quorum sensing pathways depend on G protein-coupled receptors.</a> Toxins. 4, 695-6171 (2012).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular cloning: a laboratory manual. , (2001).</li><li>Marzluf, G. A., Reddy, C. A., Beveridge, T. J., Breznak, J. A., Marzluf, G. A., Schmidt, T. M., Snyder, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiology,+metabolism,+and+molecular+aspects+of+filamentous+fungi.">Physiology, metabolism, and molecular aspects of filamentous fungi.</a> Methods for General and Molecular Microbiology. , 952-964 (2007).</li><li>Peters, J. E., Reddy, C. A., Beveridge, T. J., Breznak, J. A., Marzluf, G. A., Schmidt, T. M., Snyder, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+transfer+in+Gram-negative+bacteria.">Gene transfer in Gram-negative bacteria.</a> Methods for General and Molecular Microbiology. , 735-755 (2007).</li><li>Yabannavar, A. V., Bartha, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+assessment+of+biodegradability+of+plastic+films+in+soil.">Methods for assessment of biodegradability of plastic films in soil.</a> Applied and Environmental Microbiology. 60 (10), 3608-3614 (1994).</li></ol>

يعلن الكتاب أنه ليس لديهم مصالح مالية المتنافسة.

وصف الإجراء يمثل هنا تقنية تمرير أول لعزل degraders BDM المحتملة من التربة، وكان يستخدم بنجاح لعزل الفطريات من BDMs مدفونة في التربة لمدة سبعة أشهر. نمت الفطريات عندما reinoculated على المواد BDM جديدة من نفس النوع، مشيرا إلى أن الفطريات المعزولة كانت في الواقع المستعمرين، وأن هذه ?...

وقد اعتبر تدهور تاريخيا سمة غير مرغوب فيه من البوليمرات البلاستيكية، بسبب انهيار تقصير فترة حياة المنتج والمتانة. في الآونة الأخيرة، جعلت الوعي بالمشاكل البيئية التي عرضتها النفايات البلاستيكية في البيئة الطبيعية 1،2،3 البلاستيك القابلة للتحلل بديلا جذابا لمواد البلاستيكية التقليدية. تدهور (كما هو موضح التغييرات الهيكلية، والتجزؤ، وانخفاض في الوزن الجزيئي، والنزاهة، وقوة 4،5) تحدث عبر سلسلة من الأحداث، بما في ذلك العمليات غير الحيوية (الضغط الحراري، صور للأكسدة، والتحلل والتآكل والضغط الميكانيكي)، والتحلل البيولوجي 6. بينما العمليات غير الحيوية يمكن تغيير حجم جزء وخصائص البلاستيك، يطلب من الكائنات الحية الدقيقة للتمعدن في نهاية المطاف إلى الماء وثاني أكسيد الكربون (في الظروف الهوائية) و / أو الميثان (تحت الظروف اللاهوائية). A مكانة كبيرة لل<html> البلاستيك القابلة للتحلل موجود في الزراعة، حيث تستخدم الجراثيم من البلاستيك لمنع نمو الأعشاب الضارة، والإبقاء على رطوبة التربة وزيادة درجات حرارة التربة 7،8. وتغطي مئات الآلاف من الأفدنة في الولايات المتحدة وحدها مع الجراثيم البلاستيك 9، بما في ذلك الجراثيم تتكون من البلاستيك القابلة للتحلل. بعد موسم نمو المحاصيل، وخيارات للتخلص من الجراثيم القابلة للتحلل (BDMs) تشمل التخلص منها في موقع لطمر النفايات، الحرق لاستعادة الطاقة 10، والتدهور عن طريق التسميد، أو تدهور في التربة بعد الحراثة 11. من هذه، أقل مصير كثيفة العمالة والحرث BDMs في التربة، ولكن دون تدهور كفاءة وتمعدن خلال أشهر غير المحاصيل (عموما في فصل الشتاء)، يمكن أن تبقى شظايا البلاستيك وتتداخل مع معدات الزراعية خلال فصل الربيع الحرث والزرع، و لا تزال قائمة في البيئة حيث أنها تؤثر بشكل كبير على الحياة البرية، والحياة النباتية، ومجهريات البقعة 1،2،3،10. SS = &quot;jove_content&quot;&gt; على الرغم من أن العديد من المنتجات البلاستيكية، بما في ذلك الأفلام المهاد الزراعية، تحمل تسمية &quot;تحلل&quot; أو &quot;سماد&quot;، في الممارسة العملية، قد تدهور وتمعدن تكون فعالة جدا و / أو ناقصة جدا بالنسبة التحلل في التربة لتكون بديلا عمليا للتخلص من هذه المنتجات. على سبيل المثال، حققت بولي اثيلين أوكسو القابلة للتحلل فقط 12.4٪ تمعدن بعد سنة واحدة من التجوية وثلاثة أشهر لاحقة في 58 ° C قعت السماد، وأقل من نصف هذا المبلغ من تمعدن عندما كانت درجة الحرارة 25 ° C السماد 12. في فصل الشتاء، ودرجات حرارة التربة في معظم المواقع تكون أقل من أي من هذه الحرارة، ويفترض أن يؤدي إلى أقل من ذلك النشاط الميكروبي وبالتالي، أقل تمعدن. بالإضافة إلى إبطاء معدلات التدهور، وقد أدى سوء استخدام مصطلح &quot;قابلة للتحلل&quot; إلى عدم الثقة في هذه المنتجات من قبل المستهلكين 13،14، بما في ذلك تلك الموجودة في الصناعة الزراعية. التحلل البيولوجي هو التحويلمن البوليمرات لثاني أكسيد الكربون (و / أو الميثان) والماء 14 بواسطة طبيعيا الكائنات الحية الدقيقة 4. ولذلك، يجب أن تقاس تحلل كيميائيا، وجمعية المادية من الكائنات الحية الدقيقة مع ركيزة لا يعني التحلل الميكروبي تلك المواد. كجزء من جهد يرمي إلى دراسة الاستعمال المستدام للBDMs في الزراعة، ركزت هذه الدراسة على اكتشاف الكائنات الدقيقة الأصلي إلى التربة الزراعية التي تستعمر وتتحلل BDMs المتاحة تجاريا. وقد نشرت طرق الاختبار القياسية لقياس كيميائيا انهيار البلاستيك القابلة للتحلل عن طريق غير الحيوية والبيولوجية 15،16،17. ومع ذلك، وهذه الأساليب لا تعالج تدهور البلاستيك حسب الأنواع الميكروبية الفردية، أو توفير وسائل لعزلتهم. منهجية يشبه هنا بصورة أوثق الطرق القياسية المصممة لتقييم البلاستيك لمقاومة انهيار الميكروبية بعد بتلقيح العينات مع الجراثيم الفطرية18،19. عندما تعرف تركيبات من مواد بلاستيكية ومصدر المادة الخام متوفرا، البلاستيك مسحوق يمكن تعليقها في وسائل الاعلام القائمة على أجار وتدهور يحددها التصور مناطق المقاصة 13. وقد استخدمت هذه الطريقة سابقا لتحديد الكائنات الدقيقة التي تحط من البوليمرات مثل البولي يوريثان 20، بولي (بوتيلين سوسينات-CO-أديبات) 21، وبولي (حمض اللبنيك) 22. ينطوي على طريقة مماثلة تعليق البلاستيك مسحوق نقي في وسط سائل حيث البلاستيك هو مصدر وحيد للكربون 20،23. في حين أن هذه الأساليب لديها ميزة نظام محدد، فإنها تحاكي سيئة تدهور الوضع الطبيعي من BDMs في. أولا، يتم توزيع مساحة السطح بشكل مختلف لأن BDMs لا تفرق في الجسيمات الصغيرة في جميع أنحاء مصفوفة التربة، ولكن بدلا من ذلك، بيعها واستخدامها كأداة الأفلام. الثانية، والتركيب الكيميائي لBDMs يختلف عن البوليمرات نقية. BDMs تحتوي عموما المضافة مثلالحشو، والمواد البلاستيكية، وتلوينات، وهذه الإضافات قد تؤثر على نمو الميكروبات، وبالتالي، فإن معدل تمعدن. لهذا السبب، ولأن تكوين بعض الأفلام التجارية في هذه الدراسة كانت الملكية، فيلم من البلاستيك في شكله حقل جاهزة استخدمت لعزل الفطريات والبكتيريا. للبساطة، يتم وصف الأساليب أدناه فقط للفطريات، مع تعديلات لاحظت عند الاقتضاء عن العزلة البكتيرية. في دراسة أجريت مؤخرا 24، واستخدمت ثلاث BDMs المتاحة تجاريا وفيلم واحد التجريبية في المواقع الزراعية في ثلاث مناطق مختلفة من الولايات المتحدة لموسم زراعي واحد، وضعت في وقت لاحق في شبكة (250 ميكرون) أكياس ودفنها لفصل الشتاء واحد في التربة في نفس المواقع. 250 فتحات شبكة ميكرون تسمح خيوط فطرية لاختراق مع استبعاد الجذور ومعظم الحيوانات التربة، وتقليل زحف التربة 25،26. مواد النايلون منع تدهور التربة في كيس. بعد الحفر، وتم انتشال العزلات ungal من قطعة BDM وتقييمها للنمو على الحد الأدنى من المتوسط ​​بدون مصدر الكربون عدا آغار و 5 سم × 5 سم مربع سطح تطهيرها من جديد، فيلم BDM غير المستخدمة التي كان قبل تطهيرها. لا يمكن تعقيمها معظم المواد البلاستيكية المستخدمة عن الأفلام دون فقدان النزاهة، كان يستخدم ضوء الأشعة فوق البنفسجية لذلك لقتل أي خلايا الجرثومية الموجودة على البلاستيك. ISO 846 19 توصي سطح disinfesting في الايثانول 70٪ والتجفيف لاحقة، ولكن في حالة استخدام هذه الطريقة، يجب على المرء أن ضمان عدم وجود عنصر أو المضافة من الفيلم يتأثر سلبا من الإيثانول. منذ BDMs يتم تصنيع يفترض على تحمل أشعة الشمس، الأشعة فوق البنفسجية تم اختياره كوسيلة من وسائل التطهير. وقد تم اختيار العزلات التي نمت على BDM قطعة أفضل من التركيز على الحد الأدنى من المتوسط ​​وحده لمزيد من الدراسة. يستخدم أجار، السكاريد التي تنتجها الطحالب البحرية، لترسيخ وسائل الإعلام الميكروبية لأنها لم تستخدم عادة من قبل أيضي زراعيا وليس طبياالكائنات الدقيقة قادرة، ولكن تم عزلها أجار تحليل الماء الأنزيمات من البكتيريا البحرية 27 و أجار تحليل الماء البكتيريا أيضا تم عزلها من التربة 28. البوليمرات BDM وأجار كلاهما يتوقع أن تكون ركائز نادرة للإنزيمات تفرزها فطريات التربة، والتي لم تتطور في البيئات التي تحتوي على هذه البوليمرات كمصادر المغذيات المحتملة، ولكن كلا ركائز موجودة في لوحة الأحيائي الموصوفة هنا (الخطوة 7). الفطريات التي تستخدم BDMs ولكن ليس أجار كمصدر الكربون يمكن أن تكون متباينة من الفطريات التي تستخدم أجار فقط، وذلك بمقارنة نمو على أجار طدت المتوسطة التي تحتوي على ط) مصدر الكربون إضافة أي باستثناء أجار (مراقبة سلبية)، والثاني) BDM أفلام (تجريبية) والثالث) الجلوكوز (مراقبة إيجابية). ومن المتوقع نمو جميع العزلات على الحد الأدنى من المتوسط ​​بالإضافة إلى الجلوكوز؛ الفطريات لا الناتجة عن الجلوكوز التي تحتوي على لوحات قد لا تكون قادرة على النمو على الحد الأدنى من المتوسط ​​خاصة استخدمت في التجربة. Potentiشركة بي دي إم degraders يجب أن ينمو على أجار طدت الحد الأدنى من المتوسط ​​+ فيلم BDM أفضل مما كانت تنمو على أجار طدت الحد الأدنى من المتوسط ​​وحدها. الفطريات التي تنمو على لوحات متوسطة الحد الأدنى هي أجار degraders أو oligotrophs، ومن المتوقع أيضا أن ينمو على أجار المرتبطة الأفلام BDM في لوحات الأحيائي، ولكن ليس على الأفلام أنفسهم (ما لم تكن مصادفة أيضا تتحلل البوليمرات BDM). للقضاء على إمكانية رؤية نمو الجراثيم بسبب استخدام أجار وليس من BDMs، تابعنا الفحص الأولي من أجل الاستعمار BDM على لوحات أجار مع الأحيائي في تعريف المتوسطة مرق (الخطوة 9). قطعة BDM يمثل مصدر الكربون الوحيد المعروف في أنابيب الاختبار الأحيائي. بعد الفحص الأولي، وعلى إحياء مخزونات الجلسرين من العزلات، شكلت بعض فطر شحيحة ولكن مرئية في المتوسط ​​تعريف السائل التي لا تحتوي على مصدر الكربون المعروفة. واقترحت هذه النتائج أن بعض العزلات المكتسبة كانت oligotrophs - الكائنات الحية التي تنمو عن طريق الكسح كميات صغيرة جدا من الكربون، والنيتروجين، والمواد المغذية الأخرى الذائبة سواء في البيئة المائية أو القائمة كما المتطايرة في الهواء 29،30،31. تحديد الأنواع عن طريق تحليل الحمض النووي 18S الريباسي يؤيد هذا الرأي، حيث أن العديد من العزلات يقابل أجناس الفطرية ذكرت سابقا أن تظهر قلة التغذية 32. Oligotrophs، والتي هي عادة الفطور الرمامة، تتطلب مجموعة واسعة من القدرات الأيضية لاستخدام الركيزة في طائفة من البيئات 30. وبالتالي، فإنه ليس من المستغرب أن نفس الفطريات المعزولة من نحن BDMs (ويفترض تتطلب قدرات غير عادية الأنزيمية) أظهرت قدرات قليل التغذية، وكانت قادرة على النمو على ملوثات نزرة مثل زيوت الجلد من بصمات الأصابع والغبار والمواد المتطايرة أو التتبع في الهواء. ونظرا لعزلة oligotrophs، خلصنا إلى أن النمو على سطح BDM وحدها لا يمكن أن تستخدم للاستدلال BDM انهيار. وصف أساليب تعكس هذه الوثيقة جهودنا لالشوريreen المستعمرين BDM الأم من التربة الزراعية لانهيار النية الحسنة BDM.

<table border="1">
<tbody>
 <tr>
 <td>Reagent Name</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalog Number</td>
 <td>Comments</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Potato Dextrose Agar</td>
 <td>Becton Dickinson</td>
 <td>8X05491</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Agar</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP 1423-2</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Chloramphenicol</td>
 <td>Acros Organics</td>
 <td>200-287-4</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Glutaraldehyde</td>
 <td>Electon Microscopy Sciences</td>
 <td>16216-10</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Molecular sieve</td>
 <td>Fisher </td>
 <td>M-8892</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Ethanol</td>
 <td>Pharmco-Aaper</td>
 <td>E200</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Contrex</td>
 <td>Decon Labs, Inc.</td>
 <td>5204</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Parafilm M</td>
 <td>Pechiney Plastic Packaging</td>
 <td>S37440</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Mineral salts for buffers and media</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>Various</td>
 <td>Various vendors sell these reagents</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

isolation of native soil microorganisms with potential for breaking down biodegradable plastic mulch films used in agriculture

الفطريات الأصلي إلى التربة الزراعية التي استعمرت المهاد (BDM) الأفلام القابلة للتحلل متاحة تجاريا تم عزل وتقييمها لإمكانية التحلل والبلاستيك. عادة، عندما يكون معروفا تركيبات من مواد بلاستيكية ومصدرا من المواد الأولية المتاحة، البلاستيك مسحوق يمكن تعليقها في وسائل الاعلام القائمة على أجار وتدهور يحددها التصور مناطق المقاصة. ومع ذلك، فإن هذا النهج يحاكي سيئة تدهور الوضع الطبيعي من BDMs في. أولا، لا تفرق BDMs كما الجسيمات الصغيرة في جميع أنحاء مصفوفة التربة. ثانيا، لا تباع BDMs تجاريا باسم البوليمرات نقية، ولكن بدلا عن الأفلام التي تحتوي على مواد مضافة (مثل الحشو، والمواد البلاستيكية والأصباغ) التي قد تؤثر على نمو الجراثيم. واستخدمت الإجراءات الوارد ذكرها هنا للالعزلات تم الحصول عليها من الأفلام المهاد دفن التربة. تم اختبار العزلات الفطرية المكتسبة من BDMs حفرها بشكل فردي للنمو على قطعة من جديد، BDMs تطهيرها وضعت فوق المتوسطة المحددة التي لا تحتوي على الكربون مصدر هxcept أجار. تم اختبار العزلات التي نمت على BDMs أخرى في وسط سائل حيث كانت BDMs الوحيد مصدر الكربون المضافة. بعد ما يقرب من عشرة أسابيع، تم تقييم الاستعمار الفطرية وتدهور BDM بواسطة المجهر الإلكتروني. وقد تم تحديد العزلات عبر تحليل الحمض النووي الريبي الريباسي تسلسل الجين. يصف هذا التقرير الأساليب لعزل الفطرية، ولكن تم عزل البكتيريا أيضا استخدام هذه الأساليب عن طريق استبدال وسائل الإعلام المناسبة للبكتيريا. منهجيتنا يجب أن تكون مفيدة للدراسات التحقيق في انهيار الأفلام البلاستيكية سليمة أو المنتجات التي المواد الأولية البلاستيكية هي إما غير معروفة أو غير متوفرة. ومع ذلك نهجنا لا يوفر طريقة الكمي لمقارنة معدلات تدهور BDM.

في دراسة أجريت مؤخرا 24، أربعة مكررات كل من ثلاثة BDMs المتاحة تجاريا المسمى &quot;تحلل&quot;، بالإضافة إلى الفيلم التجريبي والتحكم البلاستيك التقليدية، وضعت على التربة كما المهاد لإنتاج الطماطم في ربيع عام 2010 في ماونت فيرنون، WA، نوكسفيل، TN، ووبوك، تكساس. في خريف عام 2...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture at JoVE.com

Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

الأفلام البلاستيكية المسمى &quot;تحلل&quot; متوفرة تجاريا للاستخدام الزراعي والجراثيم. الحرث يمثل طريقة التخلص جذابة، ولكن تدهور في الظروف الميدانية غير مفهومة. وكان الغرض من هذه الدراسة إلى تطوير أساليب لعزل الفطريات التربة الأصلية والبكتيريا التي تستعمر الأفلام نشارة البلاستيك بعد الدفن المجال.

عزل الكائنات الدقيقة في التربة الأصلية مع المحتملة لتحطيم القابلة للتحلل أفلام الجرثومة البلاستيكية المستخدمة في الزراعة

Fungi native to agricultural soils that colonized commercially available biodegradable mulch (BDM) films were isolated and assessed for potential to ...

isolation-native-soil-microorganisms-with-potential-for-breaking-down

Research

JoVE Journal

Biology

30.4K Views.  Western Washington University. الأفلام البلاستيكية المسمى "تحلل" متوفرة تجاريا للاستخدام الزراعي والجراثيم. الحرث يمثل طريقة التخلص جذابة، ولكن تدهور في الظروف الميدانية غير مفهومة. وكان الغرض من هذه الدراسة إلى تطوير أساليب لعزل الفطريات التربة الأصلية والبكتيريا التي تستعمر الأفلام...

Video: Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

Plastic Embedding and Sectioning of Xenopus laevis Embryos

Plastic sections maintain true tissue morphology in thin sections of tissue that can be immunostained with fluorescent secondary antibodies, making this method more useful than paraffin-embedded or frozen sections for many types of tissue. The method for staining, plastic embedding, and sectioning is demonstrated in this video.

البلاستيك وتضمينها Sectioning الجنين المورق القيطم

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts from different plant tissues was first reported more than 40 years ago 1 and has since been adapted to study a variety of cellular processes, such as subcellular localization of proteins, isolation of intact organelles and targeted gene-inactivation by double stranded RNA interference (RNAi) 2-5. Most of the protoplast isolation protocols use leaf tissues of mature Arabidopsis (e.g. 35-day-old plants) 2-4. We modified existing protocols by employing 14-day-old Arabidopsis seedlings. In this procedure, one gram of 14-day-old seedlings yielded 5 106-107 protoplasts that remain intact at least 96 hours. The yield of protoplasts from seedlings is comparable with preparations from leaves of mature Arabidopsis, but instead of 35-36 days, isolation of protoplasts is completed in 15 days. This allows decreasing the time and growth chamber space that are required for isolating protoplasts when mature plants are used, and expedites the downstream studies that require intact protoplasts.

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

This video shows a procedure for isolating intact protoplasts from tissues of 14-day-old seedlings of Arabidopsis. Given that the isolated protoplasts remain intact for at least 96h and are isolated from seedlings instead of one-month-old mature plants, this procedure expedites assays requiring intact protoplasts.

عزلة Protoplasts من أنسجة لمدة 14 يوما من عمره الشتلات thaliana Arabidopsis</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) plasmid. A. rhizogenes can cause hairy root formation on plant tissues and form composite plants after transformation. On these composite plants, some of the regenerated roots are transgenic, carrying the wild type T-DNA and the engineered binary vector; while the shoots are still non-transgenic, serving to provide energy and growth support. These hairy root composite plants will not produce transgenic seeds, but there are a number of important features that make these composite plants very useful in plant research. First, with a broad host range,A. rhizogenes can transform many plant species, especially dicots, allowing genetic engineering in a variety of species. Second, A. rhizogenes infect tissues and explants directly; no tissue cultures prior to transformation is necessary to obtain composite plants, making them ideal for transforming recalcitrant plant species. Moreover, transgenic root tissues can be generated in a matter of weeks. For Medicago truncatula, we can obtain transgenic roots in as short as three weeks, faster than normal floral dip Arabidopsis transformation. Overall, the hairy root composite plant technology is a versatile and useful tool to study gene functions and root related-phenotypes. Here we demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species M. truncatula.

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

We demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species Medicago truncatula.

جيل من النباتات في المركب Medicago truncatula تستخدم لفحوصات Nodulation

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) ...

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide resolution. This technique captures miRNAs by attaching 3&#8217; and 5&#8217; oligonucleotide adapters to miRNA molecules and allows de novo miRNA discovery. Coupling with powerful next-generation sequencing platforms, miR-Seq has been instrumental in the study of miRNA biology. However, significant biases introduced by oligonucleotide ligation steps have prevented miR-Seq from being employed as an accurate quantitation tool. Previous studies demonstrate that biases in current miR-Seq methods often lead to inaccurate miRNA quantification with errors up to 1,000-fold for some miRNAs1,2. To resolve these biases imparted by RNA ligation, we have developed a small RNA ligation method that results in ligation efficiencies of over 95% for both 3&#8217; and 5&#8242; ligation steps. Benchmarking this improved library construction method using equimolar or differentially mixed synthetic miRNAs, consistently yields reads numbers with less than two-fold deviation from the expected value. Furthermore, this high-efficiency miR-Seq method permits accurate genome-wide miRNA profiling from in vivo total RNA samples2.

MicroRNAs (miRNAs) are a widely conserved class of regulatory molecules. Here we describe a miRNA cloning method that relies upon two potent ligation steps followed by high-throughput sequencing. Our method permits accurate genome-wide quantitation of miRNAs.

ربط ذات كفاءة عالية من الحمض النووي الريبي الجزيئات الصغيرة لالرنا الميكروي الكميات من قبل التسلسل الإنتاجية العالية

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Visualization and Quantification of Mesenchymal Cell Adipogenic Differentiation Potential with a Lineage Specific Marker

Several dyes are currently available for use in detecting differentiation of mesenchymal cells into adipocytes. Dyes, such as Oil Red O, are cheap, easy to use and widely utilized by laboratories analyzing the adipogenic potential of mesenchymal cells. However, they are not specific to changes in gene transcription. We have developed a gene-specific differentiation assay to analyze when a mesenchymal cell has switched its fate to an adipogenic lineage. Immuno-labelling against fatty acid binding protein-4 (FABP4), a lineage-specific marker of adipogenic differentiation, enabled visualization and quantification of differentiated cells. The ability to quantify adipogenic differentiation potential of mesenchymal cells in a 96 well microplate format has promising implications for a number of applications. Hundreds of clinical trials involve the use of adult mesenchymal stromal cells and it is currently difficult to correlate therapeutic outcomes within and especially between such clinical trials. This simple high-throughput FABP4 assay provides a quantitative assay for assessing the differentiation potential of patient-derived cells and is a robust tool for comparing different isolation and expansion methods. This is particularly important given the increasing recognition of the heterogeneity of the cells being administered to patients in mesenchymal cell products. The assay also has potential utility in high throughput drug screening, particularly in obesity and pre-diabetes research.

Traditional methods of assessing adipogenic differentiation are cheap and easy to use, but are not specific to changes in gene expression. We have developed an assay to quantify mesenchymal cell differentiation into mature adipocytes using a lineage specific marker. This assay has diverse applications across basic research and clinical medicine.

والتصور والتقدير الكمي للخلايا الوسيطة أديبوجينيك التمايز المحتملة مع علامة نسب المحددة

Several dyes are currently available for use in detecting differentiation of mesenchymal cells into adipocytes. Dyes, such as Oil Red O, are cheap, easy ...

Micron-scale Phenotyping Techniques of Maize Vascular Bundles Based on X-ray Microcomputed Tomography

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a 'sample preparation protocol' for maize materials (i.e., stem, leaf, and root) suitable for ordinary microcomputed tomography (micro-CT) scanning. Based on high-resolution CT images of maize stem, leaf, and root, we describe two protocols for the phenotypic analysis of vascular bundles: (1) based on the CT image of maize stem and leaf, we developed a specific image analysis pipeline to automatically extract 31 and 33 phenotypic traits of vascular bundles; (2) based on the CT image series of maize root, we set up an image processing scheme for the three-dimensional (3-D) segmentation of metaxylem vessels, and extracted two-dimensional (2-D) and 3-D phenotypic traits, such as volume, surface area of metaxylem vessels, etc. Compared with traditional manual measurement of vascular bundles of maize materials, the proposed protocols significantly improve the efficiency and accuracy of micron-scale phenotypic quantification.

We provide a novel method to improve the X-ray absorption contrast of maize tissue suitable for ordinary microcomputed tomography scanning. Based on CT images, we introduce a set of image-processing workflows for different maize materials to effectively extract microscopic phenotypes of vascular bundles of maize.

تقنيات Phenotyping ميكرون-مقياس الذرة حزم وعائية استناداً إلى التصوير المقطعي بالأشعة السينية ميكروكومبوتيد

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a ...

Repeatable Stair-step Assay to Access the Allelopathic Potential of Weedy Rice (Oryza sativa ssp.)

Weed competition contributes significantly to yield losses in cropping systems worldwide. The evolution of resistance in many weed species to continuously applied herbicides has presented the need for additional management methods. Allelopathy is a physiological process that some plant species possess that provide the plant with an advantage over its neighbors. Allelopathic crop varieties would be equipped with the ability to suppress the growth of surrounding competitors, thus reducing potential yield loss due to weed interference. This paper focuses on the construction and operation of a stair-step assay used for the screening of the allelopathic potential of a donor species (Oryza sativa) against a receiver weed species (Echinochloa crus-galli) in a greenhouse setting. The structure described in this paper serves as a stand for the plant samples and incorporates a timed watering system for the accumulation and distribution of allelochemicals. Allelochemicals produced by the plant roots are allowed to flow downward through a series of four pots separately into a collection tank and recycled back to the top plant through electric pumps. This method of screening provides an avenue for the allelochemicals from the donor plant to reach receiver plants without any resource competition, thus allowing quantitative measurement of the allelopathic potential of the selected donor plant. The allelopathic potential is measurable through the height reduction of the receiver plants. Preliminary screening data for the effectiveness of this method demonstrated height reduction in the receiver species, barnyardgrass (E. crus-galli), and thus the presence of allelopathic residues from the donor plant, weedy rice (Oryza sativa).

Repeatable Stair-step Assay to Access the Allelopathic Potential of Weedy Rice Oryza sativa ssp.

Allelopathy has shown promise as a useful supplemental weed control strategy in cropping systems. To determine the allelopathic potential of a desired plant specimen, a stair-step screening method is provided.

قابلة للتكرار درج خطوة اسياك للوصول إلى الإمكانات الأليباثية من الأرز Weedy(أوريزا sativa ssp.)

Weed competition contributes significantly to yield losses in cropping systems worldwide. The evolution of resistance in many weed species to continuously ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify transcriptional regulatory networks that govern developmental processes it is necessary to measure the spatial and temporal gene expression profiles of these individual cell types. Therefore, insight into the spatio-temporal control of gene expression is essential to gain understanding of how biological and developmental processes are regulated. Here, we describe a laser-capture microdissection (LCM) method to isolate small number of cells from three barley embryo organs over a time-course during germination followed by transcript profiling. The method consists of tissue fixation, tissue processing, paraffin embedding, sectioning, LCM and RNA extraction followed by real-time PCR or RNA-seq. This method has enabled us to obtain spatial and temporal profiles of seed organ transcriptomes from varying numbers of cells (tens to hundreds), providing much greater tissue-specificity than typical bulk-tissue analyses. From these data we were able to define and compare transcriptional regulatory networks as well as predict candidate regulatory transcription factors for individual tissues. The method should be applicable to other plant tissues with minimal optimization.

Presented here is a protocol for laser-capture microdissection (LCM) of plant tissues. LCM is a microscopic technique for isolating areas of tissue in a contamination-free manner. The procedure includes tissue fixation, paraffin embedding, sectioning, LCM and RNA extraction. RNA is used in the downstream tissue-specific, temporally resolved analysis of transcriptomes.

الليزر التقاط Microdissection RNA تسلسل لتحليل التعبير الجيني المكاني والزماني محددة في النباتات

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Isolation of Primary Rat Hepatocytes with Multiparameter Perfusion Control

Primary hepatocytes are widely used in basic research on liver diseases and for toxicity testing in vitro. The two-step collagenase perfusion procedure for primary hepatocyte isolation is technically challenging, especially in portal vein cannulation. The procedure is also prone to occasional contamination and variations in perfusion conditions due to difficulties in the assembly, optimization, or maintenance of the perfusion setup. Here, a detailed protocol for an improved two-step collagenase perfusion procedure with multiparameter perfusion control is presented. Primary rat hepatocytes were successfully and reliably isolated by taking the necessary technical precautions at critical steps of the procedure, and by reducing the operational difficulty and mitigating the variability of perfusion parameters through the adoption of a special intravenous catheter, standardized sterile disposable tubing, temperature control, and real-time monitoring and alarm system. The isolated primary rat hepatocytes consistently exhibit high cell viability (85%-95%), yield (2-5 x 108 cells per 200-300 g rat) and functionality (albumin, urea and CYP activity). The procedure was complemented by an integrated perfusion system, which is compact enough to be set up in the laminar flow hood to ensure aseptic operation.

This protocol details the use of a special intravenous catheter, standardized sterile disposable tubing, temperature control complemented by real-time monitoring, and an alarm system for two-step collagenase perfusion procedure to improve the consistency in the viability, yield, and functionality of isolated primary rat hepatocytes.

عزل خلايا كبد الفئران الأولية مع التحكم في التروية متعدد المعلمات

Primary hepatocytes are widely used in basic research on liver diseases and for toxicity testing in vitro. The two-step collagenase perfusion procedure ...

Application of Passive Head Motion to Generate Defined Accelerations at the Heads of Rodents

Exercise is widely recognized as effective for various diseases and physical disorders, including those related to brain dysfunction. However, molecular mechanisms behind the beneficial effects of exercise are poorly understood. Many physical workouts, particularly those classified as aerobic exercises such as jogging and walking, produce impulsive forces at the time of foot contact with the ground. Therefore, it was speculated that mechanical impact might be implicated in how exercise contributes to organismal homeostasis. For testing this hypothesis on the brain, a custom-designed ''passive head motion'' (hereafter referred to as PHM) system was developed that can generate vertical accelerations with controlled and defined magnitudes and modes and reproduce mechanical stimulation that might be applied to the heads of rodents during treadmill running at moderate velocities, a typical intervention to test the effects of exercise in animals. By using this system, it was demonstrated that PHM recapitulates the serotonin (5-hydroxytryptamine, hereafter referred to as 5-HT) receptor subtype 2A (5-HT2A) signaling in the prefrontal cortex (PFC) neurons of mice. This work provides detailed protocols for applying PHM and measuring its resultant mechanical accelerations at rodents' heads.

The present protocol describes a custom-designed ''passive head motion'' system, which reproduces mechanical accelerations at rodents' heads generated during their treadmill running at moderate velocities. It allows dissecting mechanical factors/elements from the beneficial effects of physical exercise.

تطبيق حركة الرأس السلبية لتوليد تسارع محدد عند رؤوس القوارض

Exercise is widely recognized as effective for various diseases and physical disorders, including those related to brain dysfunction. However, molecular ...