نحن نعترف الدكتور هارولد دفوراك لإجراء مناقشات مفيدة بما في ذلك الاقتراح في محاولة التثبيت في 37 ° C PFA. وأيد هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة منح P01 CA92644 وبموجب عقد من المؤسسة الوطنية لأبحاث السرطان.

1. الثقافة الخلية على الكولاجين المغلفة القرص زجاج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الأقراص مكان الزجاج (12 مليمتر في القطر) في وعاء زجاجي (4 أوقية) والأوتوكلاف لتعقيم الأقراص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع 25 مل 70٪ من الإيثانول في أنبوب 50 مل الصقر ووضعه في غطاء ثقافة الخلية. هذا الحل يمكن إعادة استخدامها عدة مرات حتى مستوى الحل ينخفض ​​إلى 20 مل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع ملقط حاد مع نقطة غرامة اضافية في الإيثانول 70٪ لمدة 5 دقائق قبل استخدامه للتعامل مع القرص الزجاج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة بعناية ملقط من الأنبوب وأغلق الغطاء، ثم ضع برفق الإيثانول تعامل ملقط على رأس الأنبوب إلى الهواء الجاف لمدة 2 دقيقة. لا تسمح غيض من ملقط للمس أي شيء في غطاء محرك السيارة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام ملقط معقم للاستيلاء على قرص واحد زجاجية معقمة للخروج من جرة الزجاج ووضعه في بئر من 24 لوحة جيدا ثقافة الخلية. كرر حتى تم ملؤها العدد المطلوب من الآبار مع أقراص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع 500 ميكرولتر من محلول الكولاجين البقري (50 نانوغرام / مل) في كل بئر يحتوي على قرص من الزجاج ووضعه في 37 درجة مئوية، 5٪ CO 2 خلية ثقافة حاضنة لمدة 30 دقيقة على الأقل. ليس هناك ضرر في الحضانة لفترة أطول. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحصاد HUVEC (الخلايا البطانية الوريد السري الإنسان) أو PC3 (الخلايا السرطانية في البروستاتا) التي كانت تزرع بالفعل في 150 ملم وحة الثقافة الخلية من خلال trypsinization ومنع النشاط التربسين باستخدام كاملة المتوسطة ثقافتها. جمع الخلايا في أنبوب 15 مل الصقر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حساب عدد الخلايا والتأكد من جدوى أكبر من 90٪. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بيليه الخلايا بواسطة الطرد المركزي في 200 x ج لمدة 10 دقيقة في 4 درجات مئوية. إزالة طاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام مستنبت لتمييع الخلايا إلى 10 5 خلية / مل. وضع الخلايا على الجليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نضح الكولاجين في غطاء محرك السيارة خلية ثقافة ووضع بلطف 500 ميكرولتر من تعليق خلية إلى كل بئر التي تم precoated الأقراص الزجاج مع الكولاجين. سوف 5 × 10 4 خلايا / جيد في 24 لوحة جيدا تعطي 60٪ أسيوطluency لHUVEC و 30٪ confluency للخلايا PC3. ملاحظة: إضافة المزيد من تعليق خلية لأعلى كثافة الخلية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ثقافة الخلايا في 37 درجة مئوية، 5٪ CO 2 الحاضنة لمدة 1 ساعة، 2 ساعة، 4 ساعة، 6 ساعة، أو 24 ساعة لتتبع أنشطة nanopodia ومرور الخلية. عادة، سوف الخلايا نعلق على القرص الزجاج في أول 30 دقيقة، ثم البدء في استقطاب وتهاجر في الساعة الأولى، وإجراء التفاعلات بين الخلايا وانقسام الخلايا في الساعات التالية. </li></ol> 2. تثبيت الخلية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كل بئر ستحتاج 500 ميكرولتر PFA 4٪ (بارافورمالدهيد) لإصلاح الخلايا. إما تصنيعها تجاريا أو تقدم طازجة PFA 4٪ يمكن استخدامها. حساب كمية PFA اللازمة استنادا إلى عدد من الآبار على استعداد، ووضع منهاج العمل في أنبوب 15 مل الصقر. تنبيه: امتصاص العرق هو مادة مسرطنة مشتبه بهم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع أنبوب الصقر في موقف الستايروفوم التي كانت بالفعل في مكان في الحاضنة 37 درجة مئوية. ترك الأنبوب في الحاضنة لمدة 30 دقيقة إلى الحربم حتى PFA إلى 37 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع وسادة التدفئة في غطاء محرك السيارة والثقافة، وتشغيله. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إخراج 24 لوحة جيدا ثقافة الخلية وPFA prewarmed للخروج من الحاضنة ووضعه على رأس وسادة التدفئة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام يدا واحدة لنضح المتوسطة من بئر، وعلى الفور بعد استخدام اليد الأخرى إلى الشريحة بلطف 500 ميكرولتر PFA في البئر من خلال الحافة جيدا. لتسهيل الطموح، إمالة لوحة الثقافة في حوالي 45 درجة، يميل ضد موقف الستايروفوم بحيث أنها مستقرة في هذه الزاوية. وسوف يسهل هذا الطموح وإضافة PFA حل لالبئر من دون إزعاج الخلايا في الثقافة. هذه هي الخطوة الأكثر أهمية للحفاظ على بنية الخلية الأصلية للأنشطة الخلية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر العملية حتى تلقوا جميع الآبار مع قرص الزجاج PFA. ملاحظة: ستكون جميع الخطوات التي تحتاج إلى تغيير الحل موجود مسبقا من البئر تطبيق إجراءات الطموح نفسه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع لوحة في 37 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. </li&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> تأخذ اللوحة إلى غطاء محرك السيارة والثقافة، وإمالة ضد الستايروفوم كما هو موضح في الخطوة 2.5. استخدام يد واحدة لنقل بلطف PFA من البئر في أنبوب جمع؛ استخدام اليد الأخرى لوضع مباشرة بعد ذلك لا يقل عن 500 غرفة درجة الحرارة PBS ميكرولتر في البئر. بعد أن تم غسلها جميع الآبار، والعودة وتكرار الغسيل PBS مرة أخرى في كل جيدا. إفراغ PFA جمعها في وعاء النفايات الخطرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد عازلة تمنع المحكمة الجنائية الدولية بإضافة 2٪ مصل بقري جنيني لبرنامج تلفزيوني. يضاف 0.04٪ أزيد الصوديوم (20٪ من تمييع الحل الأسهم) كمادة حافظة. تنبيه: أزيد الصوديوم هو مركب سام. ويمكن تخزين المخزن المؤقت في 4 درجة مئوية لفترة طويلة من الزمن دون التلوث الجرثومي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مع لوحة الثقافة لا يزال يميل ضد موقف، مرة أخرى من خلال كل دورة الشفط جيدا لإزالة برنامج تلفزيوني ومباشرة بعد ذلك بإضافة 500 ميكرولتر من المحكمة الجنائية الدولية عرقلة العازلة. الخلايا هي الآن جاهزة للتلوين المناعي. إذا لزم الأمر، وخلايا ثابتة يمكن تخزينها في الثلاجة 4 ° C لمدة أسبوع دون خسارة كبيرة من البروتين TM4SF1. </li></ol> 3. TM4SF1 المناعي تلون Nanopodia <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في كل بئر، واستبدال العازلة حجب 500 ميكرولتر المحكمة الجنائية الدولية مع عازلة تمنع جديدة تحتوي على 0.01٪ تريتون X-100 والسماح لها الجلوس في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 ساعة. لا تستخدم أعلى من 0.03٪ تريتون X-100 كما أنه سيتم إزالة TM4SF1 من أغشية الخلايا. PBS غسلها الخلايا من الخطوة 2.10 يمكن نقلها مباشرة إلى المخزن المؤقت حجب تحتوي على تريتون إذا كان على استعداد لتلطيخ أن تبدأ على الفور. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمييع الأساسية المضادة للTM4SF1 (أو المضادة للCD9) الأجسام المضادة إلى 0.5 ميكروغرام / مل في المحكمة الجنائية الدولية عرقلة العازلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في كل بئر، وإزالة ICC/0.01٪ تريتون العازلة واستبدالها 300 ميكرولتر من الحل لمكافحة TM4SF1 الضد. احتضان 2 ساعة في درجة حرارة الغرفة أو ترك بين عشية وضحاها في 4 درجات مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل كل بئر مع ما لا يقل عن 500 ميكرولتر PBS. تكرار 3X؛ في كل مرة تعطي في LeAST 5 دقائق من الوقت الحضانة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد الأجسام المضادة وphalloidin حل الثانوي في المحكمة الجنائية الدولية عرقلة العازلة، وذلك باستخدام 1،000 مرة التخفيف من اليكسا 488 المسمى حمار مكافحة فأر الضد الثانوية (2 ميكروغرام / مل تركيز النهائي) و 1،000 س التخفيف من phalloidin (50 نانوغرام / مل تركيز النهائي). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة برنامج تلفزيوني وإضافة 300 ميكرولتر من الأجسام المضادة الثانوية وحل phalloidin إلى كل بئر واحتضان لمدة 2 ساعة أو ترك الأمر بين عشية وضحاها في 4 درجات مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تكرار PBS غسل الخطوات مع ما لا يقل عن 5 دقائق في الحضانة غسل. في غسل الماضي، وترك كل بئر في برنامج تلفزيوني لمدة 1 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إسقاط قطرة واحدة (~ 10 ميكرولتر) من مكافحة تتلاشى تصاعد وسائل الاعلام على شريحة زجاجية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> منحنى غيض من 19 G 1 ½ حقنة في الإبرة 90 درجة عن طريق الضغط بلطف على سطح صلب. استخدام يد واحدة لعقد إبرة محني ورفع بلطف صعودا قرص الزجاج من البئر، واستخدام اليد الأخرى لفهم القرص باستخدام ملقط حادة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحويل القرص الزجاج و# 160؛ وجهه لأسفل السماح للاتصال الجانب خلية الإعلام متزايدة على شريحة زجاجية. وضع بلطف قرص الزجاج واتركها تجف بين عشية وضحاها في مكان مظلم في درجة حرارة الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انتقل إلى صورة ملطخة nanopodia المناعي، أو تخزين الشرائح في مربع الشريحة في -20 درجة مئوية. ستبقى الشرائح للعرض لمدة بضعة أشهر في -20 درجة مئوية. </li></ol>

<ol>
	<li>Chhabra, E. S., Higgs, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+many+faces+of+actin:+matching+assembly+factors+with+cellular+structures.">The many faces of actin: matching assembly factors with cellular structures.</a> Nat. Cell Biol. 9, 1110-1121 (2007).</li><li>Shih, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+L6+protein+TM4SF1+is+critical+for+endothelial+cell+function+and+tumor+angiogenesis.">The L6 protein TM4SF1 is critical for endothelial cell function and tumor angiogenesis.</a> Cancer Res. 69, 3272-3277 (2009).</li><li>Zukauskas, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TM4SF1:+a+tetraspanin-like+protein+necessary+for+nanopodia+formation+and+endothelial+cell+migration.">TM4SF1: a tetraspanin-like protein necessary for nanopodia formation and endothelial cell migration.</a> Angiogenesis. 14, 345-354 (2011).</li><li>Hellstrom, I., Beaumier, P. L., Hellstrom, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antitumor+effects+of+L6,+an+IgG2a+antibody+that+reacts+with+most+human+carcinomas.">Antitumor effects of L6, an IgG2a antibody that reacts with most human carcinomas.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 7059-7063 (1986).</li><li>Jang, Y. Y., Ye, Z., Cheng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+and+stem+cell+research.">Molecular imaging and stem cell research.</a> Mol. Imag. 10, 111-122 (2011).</li><li>Hemler, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tetraspanin+functions+and+associated+microdomains.">Tetraspanin functions and associated microdomains.</a> Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6, 801-811 (2005).</li><li>Vasile, E., Tomita, Y., Brown, L. F., Kocher, O., Dvorak, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+expression+of+thymosin+beta-10+by+early+passage+and+senescent+vascular+endothelium+is+modulated+by+VPF/VEGF:+evidence+for+senescent+endothelial+cells+in+vivo+at+sites+of+atherosclerosis.">Differential expression of thymosin beta-10 by early passage and senescent vascular endothelium is modulated by VPF/VEGF: evidence for senescent endothelial cells in vivo at sites of atherosclerosis.</a> FASEB. 15, 458-466 (2001).</li><li>Itoh, T. J., Hotani, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microtubule+dynamics+and+the+regulation+by+microtubule-associated+proteins+(MAPs).">Microtubule dynamics and the regulation by microtubule-associated proteins (MAPs).</a> Uchu Seibutsu Kagaku. 18, 116-117 (2004).</li><li>Caplow, M., Shanks, J., Ruhlen, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temperature-jump+studies+of+microtubule+dynamic+instability.">Temperature-jump studies of microtubule dynamic instability.</a> J. Biol. Chem. 263, 10344-10352 (1988).</li><li>Pollice, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+paraformaldehyde+and+methanol+fixation+for+simultaneous+flow+cytometric+analysis+of+DNA,+cell+surface+proteins,+and+intracellular+proteins.">Sequential paraformaldehyde and methanol fixation for simultaneous flow cytometric analysis of DNA, cell surface proteins, and intracellular proteins.</a> Cytometry. 13, 432-444 (1992).</li><li>Macarulla, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Membrane+solubilization+by+the+non-ionic+detergent+triton+X-100.+A+comparative+study+including+model+and+cell+membranes.">Membrane solubilization by the non-ionic detergent triton X-100. A comparative study including model and cell membranes.</a> Revista Espanola de Fisiologia. 45 Suppl, 1-8 (1989).</li><li>Koley, D., Bard, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Triton+X-100+concentration+effects+on+membrane+permeability+of+a+single+HeLa+cell+by+scanning+electrochemical+microscopy+(SECM).">Triton X-100 concentration effects on membrane permeability of a single HeLa cell by scanning electrochemical microscopy (SECM).</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 16783-16787 (2010).</li><li>Chang, Y. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD13+(aminopeptidase+N)+can+associate+with+tumor-associated+antigen+L6+and+enhance+the+motility+of+human+lung+cancer+cells.">CD13 (aminopeptidase N) can associate with tumor-associated antigen L6 and enhance the motility of human lung cancer cells.</a> Int. J. Cancer. 116, 243-252 (2005).</li></ol>

أعلن عن أي تضارب في المصالح.

Nanopodia قنوات رقيقة الغشاء الخلوي أن نعلق بحزم إلى matrix خلال TMED ويمكن أن تمتد أكثر من 100 ميكرون من خلية المحمول الاستقطاب لاستشعار البيئة والتفاعلات بين الخلايا توسط 2،3. Nanopodia التمسك مصفوفة بقوة حتى يتم ترك مخلفات وراء بينما يتحرك بعيدا الخلية (الشكلان 1 و <...

خلال الاستقطاب للحركة، والخلايا الحيوانية توسيع مجموعة متنوعة من الديناميكية، نتوءات غشاء من سطوحها، بما في ذلك أرجل كاذبة خيطية، أقدام صفاحية والألياف التراجع، والكشكشة 1. تمت إضافتها مؤخرا إلى هذه القائمة كانت nanopodia، وهو نوع المعترف بها حديثا رقيقة (100-300 ميكرون في القطر)، ممدود (50-100 ميكرون تصل إلى الطويل) الغشاء الذي الإسقاط توفير قنوات الغشاء لتمديد الهياكل F-الأكتين مثل أرجل كاذبة خيطية والألياف التراجع، وأنه وصمة عار بإيجابية مع TM4SF1 (عبر الغشاء-4-L-ستة أسرة-1) في البطانية والورم الخلايا المستزرعة 2،3. TM4SF1 هو بروتين مع مثل tetraspanin طوبولوجيا التي كانت تعرف أصلا باعتبارها مستضد الخلايا السرطانية 4 قبل اكتشاف جزيء أن العلامات البيولوجية هو الخلايا البطانية التي تلعب دورا أساسيا في تكاثر الخلايا البطانية والهجرة 2،3. وكشف المناعي تلطيخ أن TM4SF1 المترجمة إلى perinucالحويصلات ولير لغشاء البلازما، ويتم تخصيبها في TM 4SF1 ه nriched omains د الدقيقة (TMED). TMED مرساة nanopodia إلى matrix والحاضر في نمط النطاقات متباعدة بصورة منتظمة من 1-3 طول TMED / ميكرون من nanopodia. Nanopodia تمتد عادة من الأمام مما يؤدي خلية وراء خلية الخلفية خلال الاستقطاب للحركة. نظرا لطبيعة ملتصقة شركة من TMED، nanopodia غير قادرين على التراجع مرة أخرى إلى الخلية وهو يتحرك بعيدا؛ وبالتالي التخلي عن بقايا nanopodia تتبع خارج مسار الحركة الخلوية. Nanopodia توفير قنوات لتمديد غشاء F-الأكتين والتراجع، والمواقع هي من التفاعلات بين الخلايا والاتصالات 2،3. هذه الخصائص يعني أن nanopodia توفير فرصة فريدة لدراسة الآليات الكامنة وراء التجمع F-الأكتين خلال الاستقطاب الخلوية، والاستشعار الخلوية للبيئة، وتحديد مسار واتجاه حركة الخلية، والتفاعلات بين الخلايا والثانية الاتصالات. نظرا لطبيعة مسعور للغاية من TMED وطبيعة الغشائي رقيقة وهشة من nanopodia، يحتاج إلى رعاية خاصة التي يتعين اتخاذها من أجل الحفاظ على TMED وnanopodia. تدمير nanopodia وإزالة TMED بالطرق المختبرية الشائعة هي الأسباب المحتملة لماذا ظهرت المنشورات ثلاث وستين فقط على TM4SF1 منذ أول اكتشاف لها في عام 1986 1 والافتقار التام إلى معرفة تخصيب TM4SF1 في 100-300 ميكرون microdomains على سطح الخلية حتى تقرير TM4SF1 في الخلايا البطانية في عام 2009 2. أساليب المناعية التقليدية عادة ما تستخدم المذيبات العضوية مثل الإيثانول والميثانول، الأسيتون أو لإصلاح الخلايا واستخدام 0.1٪ أو أعلى تركيز تريتون X-100 لpermeabilize الخلايا 5. تنفيذ الدراسات وصفها هنا ثلاثة تغييرات كبيرة في الطريقة التقليدية للكشف عن TMED وnanopodia: (ط) استخدام 37 درجة مئوية 4٪ PFA وإصلاح الخلايا في 3776؛ مئوية الحاضنة، (ب) تطبيق لطيف درجة حرارة الغرفة PBS الغسيل، و (ج) استخدام أقل من 0.03٪ تريتون X-100 فقط لفترة وجيزة لpermeabilize الخلايا قبل إضافة الأجسام المضادة الأولية، كما تريتون X-100 أعلى من 0.03٪ سيتم استخراج TM4SF1. جميع tetraspanins تشكيل microdomains على غشاء الخلية 6 و بعض colocalize مع TMED في البطانية وخلايا الورم 2،3. كما يتم التعبير عن tetraspanins مثل CD9، CD81، وCD151 بتواجد مطلق، وبروتوكول تلطيخ الموصوفة هنا يمكن أن تمتد إلى العديد من أنواع مختلفة من الخلايا التي تفتقر TM4SF1 للدراسات وظيفة nanopodia.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1597">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">glass discs&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:133px;">12-545-82&#160;</td>
			<td style="width:983px;">12-mm diameter</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">glass jar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-912-310</td>
			<td>Certified Clean Clear Glass Straight-Sided Jars, 4 oz.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">glass slide</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:133px;">12-544-1</td>
			<td>Fisherfinest Premium Plain Glass Microscope Slides</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">50-ml falcon tube&#160;</td>
			<td style="width:160px;">BD Falcon</td>
			<td style="width:133px;">352070</td>
			<td>50-ml high-clarity polypropylene conical centrifuge tube, 16,000 rcf rating. Sterile.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">15-ml falcon tube with Styrofoam rack</td>
			<td style="width:160px;">Corning</td>
			<td style="width:133px;">430790</td>
			<td>Corning 15-ml PP Centrifuge Tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Sharp forceps&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td style="width:133px;">13-812-42</td>
			<td>Dissecting Extra-Fine-Pointed Splinter Forceps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">24-well cell culture plate</td>
			<td style="width:160px;">BD Bioscience</td>
			<td style="width:133px;">353047</td>
			<td>24-well Cell Culture Plate</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">150-mm cell culture plate&#160;</td>
			<td style="width:160px;">BD Bioscience</td>
			<td style="width:133px;">353025</td>
			<td>150-mm cell culture plate&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">19G 1 &#189; syringe needle&#160;</td>
			<td style="width:160px;">BD Bioscience</td>
			<td style="width:133px;">309635</td>
			<td>19G 1 &#189;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Name of Reagent</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">ethanol</td>
			<td>Decon Laboratories, Inc.</td>
			<td>2701</td>
			<td>Decon&#39;s Pure Ethanol 200 Proof</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">collagen solution&#160;</td>
			<td style="width:160px;">BD Bioscience</td>
			<td style="width:133px;">354249</td>
			<td>Collagen I, High Concentration, rat tail, 100 mg</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">trypsin/EDTA</td>
			<td style="width:160px;">Cellgro</td>
			<td style="width:133px;">25-053-CI</td>
			<td><a name="RANGE!D15">0.25% Trypsin-EDTA 1X</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">DMEM</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>11965-092</td>
			<td>DMEM high glucose (1X), liquid, with L-glutamine, without sodium pyruvate</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">10X PBS</td>
			<td style="width:160px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:133px;">75889 5 LT</td>
			<td style="width:983px;">PBS, 10X Solution, pH 7.4</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">PFA (paraformaldehyde)</td>
			<td style="width:160px;">Affymetrix</td>
			<td style="width:133px;">19943 1 LT</td>
			<td>4% in PBS</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">FBS</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F4135-500ML</td>
			<td><a name="RANGE!D19">Fetal Bovine Serum</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">EGM2-MV</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>CC-3162</td>
			<td>EGM-2 BulletKit, EBM-2 Basal Medium 500 ml and EGM-2 SingleQuot Kit Suppl. &#38; Growth Factors</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:133px;">T8787</td>
			<td>Triton X-100</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaN3</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:133px;">S2002-25G</td>
			<td>solubilized in water. 4% stock solution and working concentration is 0.4%.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">mouse anti-human TM4SF1 antibody&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Millipore</td>
			<td style="width:133px;">MAB3127</td>
			<td>Epitope is located in extracellular domain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">mouse anti-human CD9 antibody&#160;</td>
			<td style="width:160px;">BD Bioscience</td>
			<td style="width:133px;">555370</td>
			<td>Epitope is located in extracellular domain</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:323px;">Alexa Fluor 488 Donkey anti-mouse 2nd antibody</td>
			<td style="width:160px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:133px;">A-21202</td>
			<td>Alexa Fluor 488 Donkey Anti-Mouse IgG (H+L)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Phalloidin</td>
			<td style="width:160px;">Chemicon</td>
			<td style="width:133px;">90324</td>
			<td>Rhodamine-conjugated Phalloidin</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">anti-fade mounting media&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:133px;">P-36931</td>
			<td>ProLong Gold Antifade Reagent with DAPI</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Buffers and solutions</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">70% ethanol&#160;</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td>17.5 ml of ethanol (200 proof) 
			7.5 ml of double deionized water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">10X PBS (make 200 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">20 ml of 10X PBS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">180 ml of double deionized water</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">20% Triton X-100 (make 20 ml)&#160;</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">4 ml</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">16 ml double deionized water</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:323px;">4% NaN3 (make 25 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:323px;">1 g of NaN3</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">25 ml of double deionized water</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:323px;">50 ng/ml bovine collagen solution in PBS (make 5 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Make stock soln. of 50 &#956;g/ml (50 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">830 &#956;l of Collage I (3 mg)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">50 ml PBS&#160;</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">ICC Blocking Buffer (50 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">49 ml PBS</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td style="width:983px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">2% FBS (add 1 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td style="width:983px;"></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:323px;">0.04% NaN3 (add 100 &#956;l of 4% NaN3)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:323px;">ICC Blocking Buffer/0.01% Triton X-100 (make 50 ml)</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">50 ml of ICC Blocking Buffer&#160;</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">25 &#956;l of 20% Triton X-100</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Name of Cell</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">HUVEC&#160;</td>
			<td style="width:160px;">Lonza&#160;</td>
			<td>C2517A</td>
			<td><a href="http://www.lonza.com/products-services/bio-research/primary-and-stem-cells/human-cells-and-media/endothelial-cells-and-media/huvec-human-umbilical-vein-endothelial-cells.aspx">http://www.lonza.com/products-services/bio-research/primary-and-stem-cells/human-cells-and-media/endothelial-cells-and-media/huvec-human-umbilical-vein-endothelial-cells.aspx</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">PC3</td>
			<td style="width:160px;">ATCC</td>
			<td style="width:133px;">CRL-1435</td>
			<td><a href="http://www.atcc.org/products/all/CRL-1435.aspx#85786B46AA23451B94BC5D45200673F7">http://www.atcc.org/products/all/CRL-1435.aspx#85786B46AA23451B94BC5D45200673F7</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Name of Equipment</td>
			<td style="width:160px;"></td>
			<td style="width:133px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">cell culture hood</td>
			<td style="width:160px;">NuAIRE</td>
			<td style="width:133px;">Nu-425-600</td>
			<td>NU-425 (Series 60) BIOLOGICAL SAFETY CABINET&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:323px;">37 &#176;C, 5% CO2 cell culture incubator&#160;</td>
			<td style="width:160px;">CellStar</td>
			<td style="width:133px;">QWJ300DABA&#160;</td>
			<td>Cellstar CO2 Water Jacketed Incubator</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:323px;">heating pad&#160;</td>
			<td>K&#38;H Manufacturing</td>
			<td style="width:133px;">1020</td>
			<td style="width:983px;">K&#38;H Lectro Kennel Heated Pad with Free Fleece Cover (http://www.amazon.com/Lectro-Kennel-Heat-Pad-22-5x28-5-In/dp/B000PSRN20/ref=pd_bxgy_petsupplies_img_y)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">centrifuge</td>
			<td style="width:160px;">Sorvall&#160;</td>
			<td style="width:133px;">T6000B&#160;</td>
			<td>Sorvall T6000 (B) Benchtop Centrifuge</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hemacytometer</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:133px;">Z359629</td>
			<td>Bright-Line Hemacytometer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

nanopodia - thin, fragile membrane projections with roles in cell movement and intercellular interactions

الخلايا الملتصقة في ثقافة الحفاظ على حالة الاستقطاب لدعم الحركة والتفاعلات بين الخلايا. Nanopodia هي رقيقة، ممدود، إلى حد كبير، F-الأكتين سلبية التوقعات في غشاء الخلايا البطانية والسرطان الذي يمكن تصور خلال TM4SF1 (عبر الغشاء-4-L-ستة أسرة-1) المناعي تلطيخ. مجموعات TM4SF1 في 100-300 ميكرون قطر TMED (TM 4SF1 ه nriched omains د الصغرى) التي تحتوي على 3 إلى ما يصل إلى 14 فرد TM4SF1 الجزيئات. يتم ترتيب TMED بشكل متقطع على طول nanopodia في تباعد العادية من 1-3 TMED في μ م وترسيخ nanopodia إلى المصفوفة. وهذا يتيح nanopodia تمديد أكثر من 100 μ م من قيادة الجبهة أو زائدة الجزء الخلفي من الخلايا البطانية أو ورم الاستقطاب، ويسبب بقايا الغشاء أن تترك وراءها على MATRالتاسع عندما يتحرك الخلية بعيدا. تم التغاضي TMED وnanopodia بسبب هشاشتها الشديدة والحساسية لدرجة الحرارة. غسل الروتينية وتعطيل تثبيت الهيكل. يتم الاحتفاظ Nanopodia من قبل التثبيت المباشر في بارافورمالدهيد (PFA) عند 37 درجة مئوية، تليها التعرض قصيرة إلى 0.01٪ تريتون X-100 قبل تلطيخ. Nanopodia فتح آفاقا جديدة في بيولوجيا الخلية: يعدون لإعادة تشكيل فهمنا لكيفية خلايا الشعور بيئتهم، كشف وتحديد الخلايا الأخرى على مسافة، والشروع في التفاعلات بين الخلايا في اتصال وثيق، وآليات الإشارات المشاركة في الحركة، والانتشار، والخلية الاتصالات الخلية. قد تكون الأساليب التي يتم تطويرها لدراسة nanopodia TM4SF1 المستمدة من المفيد للدراسات nanopodia التي تشكل في أنواع الخلايا الأخرى من خلال وكالة tetraspanins الكلاسيكية، ولا سيما CD9 أعرب بتواجد مطلق، CD81، وCD151.

لخطوة 1: إذا الخلايا (مثل HUVEC وPC3 المستخدمة في هذه الدراسة) هي قادرة على النمو بشكل طبيعي، وسوف نعلق على خلايا القرص المغلفة الكولاجين في غضون 30 دقيقة بعد هم المصنف، استقطاب وتصبح المحمول بعد ذلك بقليل، وتوسيع nanopodia قبل مسيرتهم الحرك?...

Watch this Scientific Journal Video about Nanopodia - Thin, Fragile Membrane Projections with Roles in Cell Movement and Intercellular Interactions at JoVE.com

Nanopodia - Thin, Fragile Membrane Projections with Roles in Cell Movement and Intercellular Interactions

Nanopodia قنوات غشاء رقيق ولكنها هشة التي تمتد ما يصل الى 100 ميكرون من قيادة الجبهة الخلفية أو زائدة الخلية والشعور البيئة الخلوية. ويلزم تثبيت مباشرة عند 37 درجة مئوية، وغسل لطيف، وتجنب المذيبات العضوية مثل الإيثانول والميثانول، أو الأسيتون وارتفاع تريتون X-100 تركيزات مراعاة هذه الهياكل الخلوية.

Nanopodia - رقيقة، غشاء التوقعات الهشة مع الأدوار في حركة التفاعلات بين الخلايا الخليوي و

Adherent cells in culture maintain a polarized state to support movement and intercellular interactions. Nanopodia are thin, elongated, largely ...

nanopodia-thin-fragile-membrane-projections-with-roles-cell-movement

Research

JoVE Journal

Biology

10.2K Views.  Harvard Medical School.  Nanopodia قنوات غشاء رقيق ولكنها هشة التي تمتد ما يصل الى 100 ميكرون من قيادة الجبهة الخلفية أو زائدة الخلية والشعور البيئة الخلوية. ويلزم تثبيت مباشرة عند 37 درجة مئوية، وغسل لطيف، وتجنب المذيبات العضوية مثل الإيثانول والميثانول، أو الأسيتون وا...

Video: Nanopodia - Thin, Fragile Membrane Projections with Roles in Cell Movement and Intercellular Interactions

Studying Membrane Biogenesis with a Luciferase-Based Reporter Gene Assay

To study the coordination of different lipid synthesis pathways during membrane biogenesis it is useful to work with an experimental system where membrane biogenesis occurs rapidly and in an inducible manner. We have found that phagocytosis of latex beads is practical for these purposes as cells rapidly synthesize membrane lipids to replenish membrane pools lost as  wrapping material  during particle engulfment. Here, we describe procedures for studying changes in phagocytosis-induced gene expression with a luciferase-based reporter gene approach using the Dual-Glo  Luciferase Assay System from Promega.

Here, we describe procedures for studying changes in phagocytosis-induced gene expression with a luciferase-based reporter gene approach using the Dual-GloTM Luciferase Assay System from Promega.

دراسة النشوء الأحيائي الأغشية مع الفحص الجيني مراسل Luciferase المستندة

To study the coordination of different lipid synthesis pathways during membrane biogenesis it is useful to work with an experimental system where membrane ...

The MultiBac Protein Complex Production Platform at the EMBL

Proteomics research revealed the impressive complexity of eukaryotic proteomes in unprecedented detail. It is now a commonly accepted notion that proteins in cells mostly exist not as isolated entities but exert their biological activity in association with many other proteins, in humans ten or more, forming assembly lines in the cell for most if not all vital functions.1,2 Knowledge of the function and architecture of these multiprotein assemblies requires their provision in superior quality and sufficient quantity for detailed analysis. The paucity of many protein complexes in cells, in particular in eukaryotes, prohibits their extraction from native sources, and necessitates recombinant production. The baculovirus expression vector system (BEVS) has proven to be particularly useful for producing eukaryotic proteins, the activity of which often relies on post-translational processing that other commonly used expression systems often cannot support.3 BEVS use a recombinant baculovirus into which the gene of interest was inserted to infect insect cell cultures which in turn produce the protein of choice. MultiBac is a BEVS that has been particularly tailored for the production of eukaryotic protein complexes that contain many subunits.4 A vital prerequisite for efficient production of proteins and their complexes are robust protocols for all steps involved in an expression experiment that ideally can be implemented as standard operating procedures (SOPs) and followed also by non-specialist users with comparative ease. The MultiBac platform at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) uses SOPs for all steps involved in a multiprotein complex expression experiment, starting from insertion of the genes into an engineered baculoviral genome optimized for heterologous protein production properties to small-scale analysis of the protein specimens produced.5-8 The platform is installed in an open-access mode at EMBL Grenoble and has supported many scientists from academia and industry to accelerate protein complex research projects.

Protein complexes catalyze key cellular functions. Detailed functional and structural characterization of many essential complexes requires recombinant production. MultiBac is a baculovirus/insect cell system particularly tailored for expressing eukaryotic proteins and their complexes. MultiBac was implemented as an open-access platform, and standard operating procedures developed to maximize its utility.

على البروتين MultiBac مجمع منصة الإنتاج في EMBL

Proteomics  research revealed the impressive complexity of eukaryotic proteomes in  unprecedented detail. It is now a commonly accepted notion that ...

Live Imaging Assay for Assessing the Roles of Ca2+ and Sphingomyelinase in the Repair of Pore-forming Toxin Wounds

Plasma membrane injury is a frequent event, and wounds have to be rapidly repaired to ensure cellular survival. Influx of Ca2+ is a key signaling event that triggers the repair of mechanical wounds on the plasma membrane within ~30 sec. Recent studies revealed that mammalian cells also reseal their plasma membrane after permeabilization with pore forming toxins in a Ca2+-dependent process that involves exocytosis of the lysosomal enzyme acid sphingomyelinase followed by pore endocytosis. Here, we describe the methodology used to demonstrate that the resealing of cells permeabilized by the toxin streptolysin O is also rapid and dependent on Ca2+ influx. The assay design allows synchronization of the injury event and a precise kinetic measurement of the ability of cells to restore plasma membrane integrity by imaging and quantifying the extent by which the liphophilic dye FM1-43 reaches intracellular membranes. This live assay also allows a sensitive assessment of the ability of exogenously added soluble factors such as sphingomyelinase to inhibit FM1-43 influx, reflecting the ability of cells to repair their plasma membrane. This assay allowed us to show for the first time that sphingomyelinase acts downstream of Ca2+-dependent exocytosis, since extracellular addition of the enzyme promotes resealing of cells permeabilized in the absence of Ca2+.

Live Imaging Assay for Assessing the Roles of Ca2+ and Sphingomyelinase in the Repair of Pore-forming Toxin Wounds

Live imaging of cells exposed to the lipophilic dye FM1-43 allows precise determination of the kinetics by which pore-forming toxins are removed from the plasma membrane. This is a sensitive assay that can be used to assess requirements for Ca2+, sphingomyelinase and other factors on plasma membrane repair.

يعيش التصوير الفحص لتقييم أدوار كا<sup&gt; 2 +</sup&gt; وSphingomyelinase في إصلاح مسام تشكيل الجروح السمية

Plasma membrane injury is a frequent event, and wounds have to be rapidly repaired to ensure cellular survival. Influx of Ca2+ is a key signaling event ...

Gap Junctional Intercellular Communication: A Functional Biomarker to Assess Adverse Effects of Toxicants and Toxins, and Health Benefits of Natural Products

This protocol describes a scalpel loading-fluorescent dye transfer (SL-DT) technique that measures intercellular communication through gap junction channels, which is a major intercellular process by which tissue homeostasis is maintained. Interruption of gap junctional intercellular communication (GJIC) by toxicants, toxins, drugs, etc. has been linked to numerous adverse health effects. Many genetic-based human diseases have been linked to mutations in gap junction genes. The SL-DT technique is a simple functional assay for the simultaneous assessment of GJIC in a large population of cells. The assay involves pre-loading cells with a fluorescent dye by briefly perturbing the cell membrane with a scalpel blade through a population of cells. The fluorescent dye is then allowed to traverse through gap junction channels to neighboring cells for a designated time. The assay is then terminated by the addition of formalin to the cells. The spread of the fluorescent dye through a population of cells is assessed with an epifluorescence microscope and the images are analyzed with any number of morphometric software packages that are available, including free software packages found on the public domain. This assay has also been adapted for in vivo studies using tissue slices from various organs from treated animals. Overall, the SL-DT assay can serve a broad range of in vitro pharmacological and toxicological needs, and can be potentially adapted for high throughput set-up systems with automated fluorescence microscopy imaging and analysis to elucidate more samples in a shorter time.

This protocol describes a scalpel loading-fluorescent dye transfer technique that measures intercellular communication through gap junction channels. Gap junctional intercellular communication is a major cellular process by which tissue homeostasis is maintained and disruption of this cell signaling has adverse health effects.

الفجوة صلي بين الخلايا الاتصالات: العلامات البيولوجية الوظيفية لتقييم التأثيرات السلبية للالسميات والسموم، والصحة فوائد المنتجات الطبيعية

This protocol describes a scalpel loading-fluorescent dye transfer (SL-DT) technique that measures intercellular communication through gap junction ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm allows for the routine imaging of nanoscale biological complexes and processes. This increase in resolution also means that methods popular in electron microscopy, such as single-particle analysis, can readily be applied to super-resolution fluorescence microscopy. By combining this analytical approach with super-resolution optical imaging, it becomes possible to take advantage of the molecule-specific labeling capacity of fluorescence microscopy to generate structural maps of molecular elements within a metastable structure. To this end, we have developed a novel algorithm &#8212; VirusMapper &#8212; packaged as an easy-to-use, high-performance, and high-throughput ImageJ plugin. This article presents an in-depth guide to this software, showcasing its ability to uncover novel structural features in biological molecular complexes. Here, we present how to assemble compatible data and provide a step-by-step protocol on how to use this algorithm to apply single-particle analysis to super-resolution images.

This manuscript uses the Fiji-based open-source software package VirusMapper to apply single-particle analysis to super-resolution microscopy images in order to generate precise models of nanoscale structure.

المصدر المفتوح تحليل واحد الجسيمات لسوبر قرار المجهري مع VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

Flash-and-Freeze: A Novel Technique to Capture Membrane Dynamics with Electron Microscopy

Cells constantly change their membrane architecture and protein distribution, but it is extremely difficult to visualize these events at a temporal and spatial resolution on the order of ms and nm, respectively. We have developed a time-resolved electron microscopy technique, &#34;flash-and-freeze,&#34; that induces cellular events with optogenetics and visualizes the resulting membrane dynamics by freezing cells at defined time points after stimulation. To demonstrate this technique, we expressed channelrhodopsin, a light-sensitive cation channel, in mouse hippocampal neurons. A flash of light stimulates neuronal activity and induces neurotransmitter release from synaptic terminals through the fusion of synaptic vesicles. The optogenetic stimulation of neurons is coupled with high-pressure freezing to follow morphological changes during synaptic transmission. Using a commercial instrument, we captured the fusion of synaptic vesicles and the recovery of the synaptic vesicle membrane. To visualize the sequence of events, large datasets were generated and analyzed blindly, since morphological changes were followed in different cells over time. Nevertheless, flash-and-freeze allows the visualization of membrane dynamics in electron micrographs with ms temporal resolution.

We developed a novel technique in electron microscopy, &#34;flash-and-freeze,&#34; that enables the visualization of membrane dynamics with ms temporal resolution. This technique combines the optogenetic stimulation of neurons with high-pressure freezing. Here, we demonstrate the procedures and describe the protocols in detail.

فلاش وتجميد: تقنية جديدة لالتقاط غشاء حيوية مع المجهر الإلكتروني

Cells constantly change their membrane architecture and protein distribution, but it is extremely difficult to visualize these events at a temporal and ...

Pulling Membrane Nanotubes from Giant Unilamellar Vesicles

The reshaping of the cell membrane is an integral part of many cellular phenomena, such as endocytosis, trafficking, the formation of filopodia, etc. Many different proteins associate with curved membranes because of their ability to sense or induce membrane curvature. Typically, these processes involve a multitude of proteins making them too complex to study quantitatively in the cell. We describe a protocol to reconstitute a curved membrane in vitro, mimicking a curved cellular structure, such as the endocytic neck. A giant unilamellar vesicle (GUV) is used as a model of a cell membrane, whose internal pressure and surface tension are controlled with micropipette aspiration. Applying a point pulling force on the GUV using optical tweezers creates a nanotube of high curvature connected to a flat membrane. This method has traditionally been used to measure the fundamental mechanical properties of lipid membranes, such as bending rigidity. In recent years, it has been expanded to study how proteins interact with membrane curvature and the way they affect the shape and the mechanics of membranes. A system combining micromanipulation, microinjection, optical tweezers, and confocal microscopy allows measurement of membrane curvature, membrane tension, and the surface density of proteins, concurrently. From these measurements, many important mechanical and morphological properties of the protein-membrane system can be inferred. In addition, we lay out a protocol of creating GUVs in the presence of physiological salt concentration, and a method of quantifying the surface density of proteins on the membrane from fluorescence intensities of labeled proteins and lipids.

Many proteins in the cell sense and induce membrane curvature. We describe a method to pull membrane nanotubes from lipid vesicles to study the interaction of proteins or any curvature-active molecule with curved membranes in vitro.

سحب الأنابيب النانوية الأغشية من الحويصلات أونيلاميلار العملاقة

The reshaping of the cell membrane is an integral part of many cellular phenomena, such as endocytosis, trafficking, the formation of filopodia, etc. Many ...

Assessing Protein Interactions in Live-Cells with FRET-Sensitized Emission

F&#246;rster Resonance Energy Transfer (FRET) is the radiationless transfer of energy from an excited donor to an acceptor molecule and depends upon the distance and orientation of the molecules as well as the extent of overlap between the donor emission and acceptor absorption spectra. FRET permits to study the interaction of proteins in the living cell over time and in different subcellular compartments. Different intensity-based algorithms to measure FRET using microscopy have been described in the literature. Here, a protocol and an algorithm are provided to quantify FRET efficiency based on measuring both the sensitized emission of the acceptor and quenching of the donor molecule. The quantification of ratiometric FRET in the living cell not only requires the determination of the crosstalk (spectral spill-over, or bleed-through) of the fluorescent proteins but also the detection efficiency of the microscopic setup. The protocol provided here details how to assess these critical parameters.

F&#246;rster Resonance Energy Transfer (FRET) between two fluorophore molecules can be used for studying protein interactions in the living cell. Here, a protocol is provided as to how to measure FRET in live cells by detecting sensitized emission of the acceptor and quenching of the donor molecule using confocal laser scanning microscopy.

تقييم تفاعلات البروتين في الخلايا الحية مع انبعاث الحنق الحساس

F&#246;rster Resonance Energy Transfer (FRET) is the radiationless transfer of energy from an excited donor to an acceptor molecule and depends upon the ...

Neutron Spin Echo Spectroscopy as a Unique Probe for Lipid Membrane Dynamics and Membrane-Protein Interactions

Lipid bilayers form the main matrix of cell membranes and are the primary platform for nutrient exchange, protein-membrane&#160;interactions, and viral budding, among other vital cellular processes. For efficient biological activity, cell membranes should be rigid enough to maintain the integrity of the cell and its compartments yet fluid enough to allow membrane components, such as proteins and functional domains, to diffuse and interact. This delicate balance of elastic and fluid membrane properties, and their impact on biological function, necessitate a better understanding of collective membrane dynamics over mesoscopic length and time scales of key biological processes, e.g., membrane deformations and protein binding events. Among the techniques that can effectively probe this dynamic range is neutron spin echo (NSE) spectroscopy. Combined with deuterium labeling, NSE can be used to directly access bending and thickness fluctuations as well as mesoscopic dynamics of select membrane features. This paper provides a brief description of the NSE technique and outlines the procedures for performing NSE experiments on liposomal membranes, including details of sample preparation and deuteration schemes, along with instructions for data collection and reduction. The paper also introduces data analysis methods used to extract key membrane parameters, such as the bending rigidity modulus, area compressibility modulus, and in-plane viscosity. To illustrate the biological importance of NSE studies, select examples of membrane phenomena probed by NSE are discussed, namely, the effect of additives on membrane bending rigidity, the impact of domain formation on membrane fluctuations, and the dynamic signature of membrane-protein interactions.

This paper describes the protocols for sample preparation, data reduction, and data analysis in neutron spin echo (NSE) studies of lipid membranes. Judicious deuterium labeling of lipids enables access to different membrane dynamics on mesoscopic length and time scales, over which vital biological processes occur.

النيوترون تدور صدى الطيف كمسبار فريد لديناميات الغشاء الدهني والتفاعلات الغشاء البروتين

Lipid bilayers form the main matrix of cell membranes and are the primary platform for nutrient exchange, protein-membrane&#160;interactions, and viral ...

Isolation of Cardiac and Vascular Smooth Muscle Cells from Adult, Juvenile, Larval and Embryonic Zebrafish for Electrophysiological Studies

Zebrafish have long been used as a model vertebrate organism in cardiovascular research. The technical difficulties of isolating individual cells from the zebrafish cardiovascular tissues have been limiting in studying their electrophysiological properties. Previous methods have been described for dissection of zebrafish hearts and isolation of ventricular cardiac myocytes. However, the isolation of zebrafish atrial and vascular myocytes for electrophysiological characterization was not detailed. This work describes new and modified enzymatic protocols that routinely provide isolated juvenile and adult zebrafish ventricular and atrial cardiomyocytes, as well as vascular smooth muscle (VSM) cells from the bulbous arteriosus, suitable for patch-clamp experiments. There has been no literary evidence of electrophysiological studies on zebrafish cardiovascular tissues isolated at embryonic and larval stages of development. Partial dissociation techniques that allow patch-clamp experiments on individual cells from larval and embryonic hearts are demonstrated.

The present protocol describes the acute isolation of viable cardiac and vascular smooth muscle cells from adult, juvenile, larval, and embryonic zebrafish (Danio rerio), suitable for electrophysiological studies.

عزل خلايا العضلات الملساء القلبية والوعائية عن أسماك الزرد البالغة واليافعة واليرقات والجنينية للدراسات الكهروفسيولوجية

Zebrafish have long been used as a model vertebrate organism in cardiovascular research. The technical difficulties of isolating individual cells from the ...