The authors would like to thank the Biomarker Imaging&#160;Research Laboratory (BIRL) at Sunnybrook Research Institute for their histology services. Support for this work was provided by the Terry Fox Foundation, the Canadian Breast Cancer Foundation&#8208;the Prairie&#8208;NWT as well as a CIHR grant, #MOP-97996.

1. العينة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استئصال الغدد الثديية جراحيا من النوع البري CDH1 وكذلك الفئران Igfbp7 الصفرية ثلاثة أيام بعد ظهور الرضاعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنتشر الغدد على الشرائح الزجاجية للمساعدة في استعادة الأم التشكل الغدة الثديية. </li></ol> 2. تثبيت ومعالجة الأنسجة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إصلاح الغدد الثديية في محايدة مخزنة PFA 4٪ O / N عند 4 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخزين الغدد في الايثانول 70٪ قبل معالجة الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الغدد إلى أشرطة معالجة الأنسجة الصغيرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معالجة الأنسجة باستخدام معالج الأنسجة الآلي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يذوى الأنسجة في زيادة الإيثانول والزيلين الحمامات من الايثانول 70٪ لمدة 45 دقيقة، 2 مرات في الايثانول 95٪ لمدة 45 دقيقة، 3 مرات في الإيثانول بنسبة 100٪ لمدة 1 ساعة و 2 مرات في الزيلين لمدة 45 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تتخلل الأنسجة مع البارافين 3 مرات لمدة 1 ساعة في كل من فراغ مع الضغوط التي مورست. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تضمين الأنسجة في البارافين لتشكيل كتل، لباجتزاء. </li></ol> 3. الأنسجة وBlockface التصوير <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تقليم كتل البارافين باستخدام مشراح الدوارة حتى تتم إزالة البارافين الزائدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام آلة الطحن العمودي لحفر ثقوب 1 ملم في اثنين على الأقل من زوايا كتلة البارافين عمودي على الكاسيت. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جبل كتلة الأنسجة على مشراح الدوارة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد نظام التصوير blockface 19 أمام مبضع للفحص المجهري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التقاط صورة blockface الضوئية قبل باجتزاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قطع شرائط من أربعة أقسام في 5 ميكرون سمك على مشراح. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل أشرطة إلى حمام الماء البارد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فصل أقسام الثاني والرابع من الشريط وجبل لهم على شرائح المجهر. اختيار الفروع الثاني والرابع ويوفر وجود فجوة بين أبواب 5 ميكرون. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> توسيع كل قسم في حمام ماء دافئ (48 درجة مئوية) لunwrinkle ذلك، ثم إعادة تركيب، فإنه على شريحة المجهر. ملاحظة: Cاوتينغ وتركيب وunwrinkling الأقسام يسبب بعض التشوهات فى القسم، مثل المسيل للدموع، أضعاف، وانكماش، والتوسع. هذه التحف تعقيد تسجيل المقاطع الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وصمة عار المقاطع مع H &amp; E باستخدام الملطخ التلقائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ساترة الشرائح باستخدام coverslipper التلقائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> رقمنة الشرائح باستخدام الأنسجة الماسح الضوئي الشريحة الرقمية في قرار الفائدة. لهذا البروتوكول هو 20x والتكبير والقرار هو 0.47 ميكرون. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أسفل أخذ عينات من الأنسجة الصور لهذا القرار من الصور blockface، 18 ميكرومتر. </li></ol></li></ol> 4. صورة التسجيل <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإنقسام الصورة واختيار نقطة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في blockface الصور قياس القيم بكسل من الثقوب التسجيل واستخدام متوسط ​​القيمة باعتباره عتبة الثابتة لقطاع الثقوب تسجيل في زوايا كتلة البارافين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> منذ يمكن أيضا مجزأة بعض أجزاء إضافيةباستخدام عتبة ثابتة، استخدم دائرية ومجال الكائنات مجزأة للعثور على الثقوب وتجاهل الكائنات إضافية. للقيام بذلك، وكتابة رمز صغير والعثور على نسبة (س 4π منطقة) / (محيط) 2 للكائنات مجزأة. هذه النسبة لكائنات الجولة هو 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لكل الغدة الثديية، حدد صورة واحدة blockface كمرجع ومحاذاة بقية الصور blockface إلى المرجع باستخدام مركز ثقوب التسجيل وتقنيات التسجيل القائم على المعالم السياحية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للصور blockface الانحياز، يدويا شريحة أو استخراج أنسجة من الخلفية. استخدام الكائن الأكثر كبير في قناع لبقية البروتوكول. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لH &amp; E متابعة أقسام الخطوات التالية لتجزئة التلقائي. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام تقنية 20 أوتسو مستوى العتبة إلى صور جزء من الخلفية وخلق أقنعة ثنائي من الصور الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد واختيار الكائن الأكثر كبيرة في كل قناع باستخدام ساعةistogram من الكائنات المسمى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخراج بكسل واحد نقاط الحدود واسعة من كل من الأنسجة وأقنعة blockface. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام التعليمات البرمجية سلسلة الخوارزمية 21، لتمثيل نقاط الحدود عن طريق سلسلة من piecewise الخطية تناسبها. </li></ol></li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التسجيل الأولي جامدة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام خوارزمية فورييه واصفات 22، للعثور على جامدة الأولي تحويل بين نقاط الحدود من الأنسجة والصور blockface يناظرها. ويشمل هذا الأولي تحويل الترجمة، وتناوب على نطاق العوامل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحويل كل صورة الأنسجة مع التحويل الأولية التي تم الحصول عليها من الخطوة السابقة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنقيح التسجيل جامدة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة المقاطع انحناء حافة عالية من كفاف الأنسجة باستخدام المتداول مرشح الكرة 23. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد 500 نقطة من نقاط الحدود المتبقية الأنسجة عشوائيا باستخدام توزيع موحد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحويل لالأنسجة نقاط الحدود عشوائي مع التحول الأولية التي تم الحصول عليها من واصفات فورييه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد مجموعة كاملة من blockface نقاط الحدود واستخدام تكرارية أقرب نقاط (ICP) خوارزمية 24 للعثور على التحول جامدة بين نقاط blockface الحدود، والمقصد، والأنسجة نقاط الحدود عشوائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحويل الصور الأنسجة الانحياز الحصول عليها من الخطوة السابقة وكومة من الصور الأنسجة الانحياز يخلق حجم الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام البرمجيات 3D التصور لخلق صورة بصرية من حجم الأنسجة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عرض كومة من الصور في التكبير 5X <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أسفل أخذ عينات من الأنسجة الصور الأصلية إلى 5x التكبير. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المحاصيل في المنطقة من الاهتمام في واحدة من الصور الأنسجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حساب الموقع في تلك المنطقة في الصور الأخرى الأنسجة 5X باستخدام مزيج من التحولات جامدة من خطوتين التسجيل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اقتصاص ريجيإضافات تهم نفس المنطقة في جميع الصور حجم الأنسجة الأخرى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخيرا تحسين المواءمة بين المناطق يدويا. كتابة البرنامج الذي يعلو صورتين ويسمح لاختيار القيم للتناوب وترجمة واحدة من الصور أكثر من الآخر ومن ثم يقوم بحفظ الصورة تحولت عند قبول المحاذاة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عرض رزمة من المناطق الأنسجة 5X محاذاة باستخدام برنامج 3D التصور. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Sunkin, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+Atlas:+An+integrated+spatiotemporal+port+for+exploring+the+central+nervous+system.">Brain Atlas: An integrated spatiotemporal port for exploring the central nervous system.</a> Nucleic Acids Research. 41, 996-1008 (2012).</li><li>Shen, E. H., Overly, C. C., Jones, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Human+Brain+Atlas:+Comprehensive+gene+expression+mapping+of+the+human+brain.">The Allen Human Brain Atlas: Comprehensive gene expression mapping of the human brain.</a> Trends in Neurosciences. 35 (12), 711-714 (2012).</li><li>Trifunovi&#263;, D., Karali, M., Camposampiero, D., Ponzin, D., Banfi, S., Marigo, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+RNA+expression+atlas+of+retinitis+pigmentosa+genes+in+human+and+mouse+retinas.">A high-resolution RNA expression atlas of retinitis pigmentosa genes in human and mouse retinas.</a> Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 49 (6), 2330-2336 (2008).</li><li>Evdokimova, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IGFBP7+binds+to+the+IGF-1+receptor+and+blocks+its+activation+by+insulin-like+growth+factors.">IGFBP7 binds to the IGF-1 receptor and blocks its activation by insulin-like growth factors.</a> Science Signaling. 5 (255), 92 (2012).</li><li>Burger, A., Leyland-Jones, B., Banerjee, K., Spyropoulos, D., Seth, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Essential+roles+for+IGFBP-3+and+IGFBP-rP1+in+breast+cancer.">Essential roles for IGFBP-3 and IGFBP-rP1 in breast cancer.</a> European J. Cancer. 41 (11), 1515-1527 (2005).</li><li>Amemiya, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin+like+growth+factor+binding+protein-7+reduces+growth+of+human+breast+cancer+cells+and+xenografted+tumors.">Insulin like growth factor binding protein-7 reduces growth of human breast cancer cells and xenografted tumors.</a> Breast Cancer Res Treat. 126 (2), 373-384 (2011).</li><li>Benatar, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IGFBP7+reduces+breast+tumor+growth+by+induction+of+senescence+and+apoptosis+pathways.">IGFBP7 reduces breast tumor growth by induction of senescence and apoptosis pathways.</a> Breast Cancer Res Treat. 133 (2), 563-573 (2012).</li><li>Bardinet, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-registration+of+histological,+optical+and+MR+data+of+the+human+brain.">Co-registration of histological, optical and MR data of the human brain.</a> Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention-Part I. , 548-555 (2002).</li><li>Jacobs, M. A., Windham, J. P., Soltanian-Zadeh, H., Peck, D. J., Knight, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Registration+and+warping+of+magnetic+resonance+images+to+histological+sections.">Registration and warping of magnetic resonance images to histological sections.</a> Medical Physics. 26 (8), 1568-1578 (1999).</li><li>Zhan, Y., Ou, Y., Feldman, M., Tomaszeweski, J., Davatzikos, C., Shen, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Registering+histologic+and+MR+images+of+prostate+for+image-based+cancer+detection.">Registering histologic and MR images of prostate for image-based cancer detection.</a> Academic radiology. 14 (11), 1367-1381 (2007).</li><li>Dauguet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+stained+histological+slices+and+3D+non-linear+registration+with+in+vivo+MRI+for+whole+baboon+brain.">Three-dimensional reconstruction of stained histological slices and 3D non-linear registration with in vivo MRI for whole baboon brain.</a> Journal of Neuroscience Methods. 164 (1), 191-204 (2007).</li><li>Lazebnik, R. S., Lancaster, T. L., Breen, M. S., Lewin, J. S., Wilson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+registration+using+needle+paths+and+point+landmarks+for+evaluation+of+interventional+MRI+treatments.">Volume registration using needle paths and point landmarks for evaluation of interventional MRI treatments.</a> IEEE Transactions on Medical Imaging. 22 (5), 653-660 (2003).</li><li>Breen, M. S., Lazebnik, R. S., Wilson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+registration+of+magnetic+resonance+image+data+to+histological+sections+with+model-based+evaluation.">Three-dimensional registration of magnetic resonance image data to histological sections with model-based evaluation.</a> Annals of Biomedical Engineering. 33 (8), 1100-1112 (2005).</li><li>Mori, H., Borowsky, A. D., Bhat, R., Ghajar, C. M., Seiki, M., Bissell, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The American Journal of Pathology. 180 (6), 2249-2256 (2012).</li><li>Gibb, M., Gilbert, D., Heiner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+three-dimensional+histology+of+the+heart.">Resolving the three-dimensional histology of the heart.</a> Computational Methods in Systems Biology. , 2-16 (2012).</li><li>Wu, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+virtual+microscopy+of+colorectal+biopsies.">Three-dimensional virtual microscopy of colorectal biopsies.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 129 (4), 507-510 (2005).</li><li>Arganda-Carreras, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+Reconstruction+of+histological+sections:+Application+to+mammary+gland+tissue.">3D Reconstruction of histological sections: Application to mammary gland tissue.</a> Microscopy Research and Technique. 73 (11), 1019-1029 (2010).</li><li>Song, Y., Treanor, D., Bulpitt, A. J., Magee, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+reconstruction+of+multiple+stained+histology+images.">3D reconstruction of multiple stained histology images.</a> Journal of Pathology Informatics. 4 (2), 7 (2013).</li><li>Shojaii, R., Karavardanyan, T., Yaffe, M., Martel, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+histology+image+registration.">Validation of histology image registration.</a> SPIE Medical Imaging. 7962, 79621E, doi:10.1117/12.878762. 7962 (7962E), (2011).</li><li>Ridler, T. W., Calvard, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Picture+thresholding+using+an+iterative+selection+method.">Picture thresholding using an iterative selection method.</a> IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics. 8 (8), 630-632 (1978).</li><li>Freeman, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer+processing+of+line-drawing+images.">Computer processing of line-drawing images.</a> ACM Computing Surveys (CSUR. 6 (1), 57-97 (1974).</li><li>Giardina, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accuracy+of+curve+approximation+by+harmonically+related+vectors+with+elliptical+loci).">Accuracy of curve approximation by harmonically related vectors with elliptical loci).</a> Computer Graphics and Image Processing. 6 (3), 277-285 (1977).</li><li>Shojaii, R., Martel, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+edge+point+selection+method+for+registration+of+histology+images.">A novel edge point selection method for registration of histology images.</a> Optical Tissue Image analysis in Microscopy, Histopathology and Endoscopy. (OPTIMHisE) Workshop, MICCAI. , (2009).</li><li>Besl, P., McKay, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+registration+of+3-D+shapes.">A method for registration of 3-D shapes.</a> IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 14 (2), 239-256 (1992).</li><li>Chatterjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Igfbp7+causes+precocious+involution+in+lactating+mouse+mammary+gland.">Loss of Igfbp7 causes precocious involution in lactating mouse mammary gland.</a> PLoS ONE. 9 (2), e87858 (2013).</li><li>Manjunath, B. S., Chellappa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unsupervised+texture+segmentation+using+Markov+random+field+models.">Unsupervised texture segmentation using Markov random field models.</a> IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 13 (5), 478-482 (1991).</li><li>Krishnamachari, S., Chellappa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiresolution+Gauss-Markov+random+field+models+for+texture+segmentation.">Multiresolution Gauss-Markov random field models for texture segmentation.</a> IEEE Transactions on Image Processing: a publication of the IEEE Signal Processing Society. 6 (2), 251-267 (1997).</li></ol>

The authors have nothing to disclose

في هذه الدراسة، قمنا بتطوير سير عمل تسجيل الصورة لإعادة بناء وحدة تخزين الأنسجة 3D من المسلسل صور الأنسجة 2D، والتي لا تتطلب المعالم الداخلية تم اختيارها عشوائيا أو علامات إيمانية مزروع داخل الأنسجة، والتي قد تشوه الأنسجة. من خلال طريقة وصفها، وتستخدم الصور الضوئية blo...

IGFBP7 (الأنسولين مثل عامل النمو ملزمة البروتين 7) هو عضو في الأسرة البروتين ملزمة IGF، ولقد ثبت لربط مستقبلات IGF1 4. ومن المعروف أسفل التنظيم من IGFBP7 أن يرتبط بسوء التشخيص بسرطان الثدي في 5، في حين أن إعادة إدخال IGFBP7 في نماذج ورم طعم أجنبي يمنع كثيرا من الأورام النمو من 6 إلى استحثاث موت الخلايا المبرمج والشيخوخة الخلوية 7. من أجل دراسة آثار IGFPB7، أنشئ الماوس Igfbp7 فارغة 5 (بيانات غير منشورة). في حين أن هذه الفئران لا تتطور الأورام، فإنها تظهر تغيرات في الأنسجة من المبيض والعضلات والكبد وكذلك عيوب في الزخرفة التنموية الغدة الثديية (بيانات غير منشورة). وأشير النمط الظاهري عيب أول ما الفئران فارغة ذات أحجام أصغر القمامة وغير قادرين على الحفاظ على الفضلات كبيرة متعددة (بيانات غير منشورة). كميات الأنسجة 3D لديها القدرة على توفير المعلومات حول عملية مفيدةايون للالتحليلات الكمية والنسبية وتقييم نتائج مرضية في الصور الطبية الحجمي. متحد البؤر ثلاثي الأبعاد، يمكن أن اثنين من الفوتون المجهري توفير مستوى عال من الدقة خلية المعلومات المورفولوجية للغدة على مدى 14 المحلية، لكنه لا يملك حقل محدود من عرض وعمق. يوفر إعادة الإعمار حجم الأنسجة مزيد من المعلومات على حد المكانية أكبر بكثير. باستخدام الأساليب التقليدية ومن المتوقع بعض التشويه أثناء إعداد المقاطع النسيجية، مثل الانكماش والتوسع، والدموع، والطيات. هذه التشوهات تجعل من الصعب على تسجيل الصور النسيجي المسلسل في كومة 3D لإعادة بناء وحدة تخزين 3D. حيث بلغ عدد أقسام متتالية مع العيوب يزيد من أوجه التشابه بين أبواب سليمة يتم تقليل وبالتالي يجعل عملية التسجيل أكثر تعقيدا. وقد اقترحت أساليب مختلفة لتسجيل المقاطع النسيجية وخلق الأنسجة فو المستمرلوم. بعض التقنيات تعتمد على الاختلافات كثافة 8، وتستند الآخرين على شكل أقسام 9. بالنسبة لبعض العينات الهياكل التشريحية يمكن أن تستخدم جنبا إلى جنب مع المعالم 10،11 القائم على أساليب التسجيل معلما 12،13. ولكن هذه الهياكل الداخلية قد لا تكون قابلة للكشف في جميع أنحاء مجلدا كاملا وبالنسبة لبعض العينات لا يمكن تحديد الهياكل التشريحية موثوق بها. وقد استخدمت بعض الجماعات نهج تسجيل الزوج الحكيم وتسجيل الصور على التوالي الأنسجة واحد إلى آخر باستخدام ملامح أو الهياكل التشريحية 16-18. تسجيل أقسام الأنسجة المسلسل مع بعضها البعض دون استخدام صور المرجعية قد نشر خطأ التسجيل وتغيير الشكل الفعلي من حجم الأنسجة. يعتمد نهج تسجيل الزوج الحكيم على اتساق شكل أقسام الأنسجة والهياكل الداخلية في جميع أنحاء كومة من الصور؛ وبالتالي فإنه يتطلب أخذ عينات كثيفة من العينة، والتيربما ليس من الممكن دائما، على سبيل المثال، لالعينات السريرية. في هذا الخط نستخدم الصور blockface كمجموعة من الصور المرجعية لإعادة الإعمار حجم الأنسجة 19. تؤخذ الصور Blockface من كتل الأنسجة البارافين بعد تصاعد على مشراح وقبل أن يتم قطع كل قسم. وبالتالي، الأضرار التي لحقت الفردية قطع المقاطع المسلسل لا يتعارض مع تسجيل مقاطع المسلسل 8،11،15. نحن التقاط الصور blockface بطريقة مختلفة عن المجموعات الأخرى. يتم الحصول على صور الوجه كتلة البصرية بواسطة عدسة telecentric للقضاء أو التقليل برميل وتشويه المنظور، والذي يحدث عادة عند استخدام العدسات العادية في مجال البصريات. هذه هي واحدة من مزايا النهج المقترح على الطرق الأخرى المنشورة، والتي تؤدي التصوير blockface استخدام عدسات العادية. تؤخذ الصور في زاوية مائلة طفيف استخدام انعكاس سطح كتلة لتعزيز التباين بين TISSرق والبارافين سطح وإزالة ظلال الأنسجة في العمق، وتحت سطح البارافين. ويستخدم فلتر التصوير أيضا من استقطاب الضوء القادم من سطح كتلة وأنسجة لتحقيق التوازن في المقابل 19. لتصحيح تشريد كتلة على مشراح دوارة، يتم حفر 2-3 ثقوب في زوايا كتلة، والتي يمكن اكتشافها بسهولة في الصور blockface. يتم استخدام النقطة الوسطى من هذه الثقوب جنبا إلى جنب مع تسجيل جامدة على أساس تاريخية لمحاذاة الصور blockface.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="852">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">16% PFA</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td style="width:119px;">15710</td>
			<td style="width:295px;">16% Paraformaldehyde solution</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Small tissue processing cassettes</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td>CA95029-956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:260px;">Leica ASP300 Automated Tissue processor</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td>14047643515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">100% ethanol</td>
			<td style="width:179px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S25307B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Xylene</td>
			<td>VWR International&#160;</td>
			<td>CA95057-822</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Paraffin&#160;</td>
			<td style="width:179px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:119px;">39501006</td>
			<td>Paraplast Tissue Embedding Medium</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica EG 1160 Embedding Centre</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica rotary microtome</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Milling machine</td>
			<td style="width:179px;">Argo</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Microscope slides</td>
			<td style="width:179px;">VWR International&#160;</td>
			<td>CA48312-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">H&#38;E stain</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Automatic stainer</td>
			<td style="width:179px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Coverslips&#160;</td>
			<td style="width:179px;">VWR International&#160;</td>
			<td>48404-452</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">MEDITE RCM 7000 Glass Coverslipper</td>
			<td style="width:179px;">MEDITE</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica SCN400 slide scanner</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">MATLAB</td>
			<td style="width:179px;">MathWorks Inc</td>
			<td>MATLAB 2007b</td>
			<td>Development software</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:260px;">MeVisLab</td>
			<td style="width:179px;">MeVis Medical Solutions AG</td>
			<td>MeVisLab 2.1</td>
			<td>3D visualization software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

reconstruction of 3-dimensional histology volume and its application to study mouse mammary glands

إعادة الإعمار حجم الأنسجة يسهل دراسة شكل 3D وتغير حجم جهازا على مستوى macrostructures تتكون من الخلايا. ويمكن أن تستخدم أيضا للتحقيق والتحقق من صحة تقنيات وخوارزميات جديدة في التصوير الطبي والعلاجات الحجمي. إنشاء الأطالس 3D عالية الدقة من مختلف الأجهزة 1،2،3 هو تطبيق آخر من إعادة الإعمار حجم الأنسجة. وهذا يوفر موردا للتحقيق في هياكل الأنسجة والعلاقة المكانية بين مختلف الميزات الخلوية. نقدم نهجا تسجيل الصورة لاعادة الاعمار حجم الأنسجة، الذي يستخدم مجموعة من الصور الضوئية blockface. يمثل حجم الأنسجة التي أعيد بناؤها على شكل موثوق من العينة المجهزة مع عدم وجود خطأ تسجيل مرحلة ما بعد المعالجة نشر. تم تسجيل الهيماتوكسيلين ويوزين (H &amp; E) أقسام ملطخة اثنين من الغدد الثديية الماوس إلى صور blockface يناظرها باستخدام نقاط الحدود المستخرجة من إدغيس للعينة في الأنسجة وblockface الصور. تم تقييم دقة تسجيل بصريا. كما تم تقييم محاذاة macrostructures في الغدد الثديية بصريا في ارتفاع القرار. هذه الدراسة يحدد الخطوات المختلفة لهذا الخط تسجيل الصورة، بدءا من استئصال الغدة الثديية من خلال لإعادة الإعمار 3D حجم الأنسجة. بينما الأنسجة 2D الصور تكشف عن الاختلافات الهيكلية بين أزواج من المقاطع، ويوفر حجم الأنسجة 3D القدرة على تصور الاختلافات في الشكل والحجم من الغدد الثديية.

A شرك من تقنيات الفحص المجهري التقليدي هو أن فهم جهازا على المستوى المجهري يقتصر على حقل من رأي واحد في كل مرة. حتى تفشل &quot;مجموع الإفصاح&quot; الشرائح، والتي توفر أقسام الشريحة بأكملها، لتقديم معلومات ثلاثية الأبعاد. مع تطور الشريحة بأكملها، تقنيات المسح الضوئي الدينا...

Watch this Scientific Journal Video about Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands at JoVE.com

Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands

We present an image registration approach for 3-dimensional (3D) histology volume reconstruction, which facilitates the study of the changes of an organ at the level of macrostructures made up of cells . Using this approach, we studied the 3D changes between wild-type and Igfbp7-null mammary glands.

إعادة بناء 3 الأبعاد حجم الأنسجة وتطبيقاتها لدراسة ماوس الغدد الثديية

Histology volume reconstruction facilitates the study of 3D shape and volume change of an organ at the level of macrostructures made up of cells. It can ...

reconstruction-3-dimensional-histology-volume-its-application-to

Research

JoVE Journal

Biology

14.3K Views.  University of Toronto. We present an image registration approach for 3-dimensional (3D) histology volume reconstruction, which facilitates the study of the changes of an organ at the level of macrostructures made up of cells . Using this approach, we studied the 3D changes between wild-type and Igfbp7-null mammary glands. 

Video: Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands

Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of the visual system provide more empirical evidence for functional applications. Investigation into the sensory system provides information about the sensory capacity, learning and memory ability, and establishes known baseline behaviour in which to gauge deviations (Burghardt, 1977). However, unlike mammalian or avian systems, testing for learning and memory in a reptile species is difficult. Furthermore, using an operant paradigm as a psychophysical measure of sensory ability is likewise as difficult. Historically, reptilian species have responded poorly to conditioning trials because of issues related to motivation, physiology, metabolism, and basic biological characteristics. Here, I demonstrate an operant paradigm used a novel model lizard species, the Jacky dragon (Amphibolurus muricatus) and describe how to test peripheral sensitivity to salient speed and motion characteristics. This method uses an innovative approach to assessing learning and sensory capacity in lizards. I employ the use of random-dot kinematograms (RDKs) to measure sensitivity to speed, and manipulate the level of signal strength by changing the proportion of dots moving in a coherent direction. RDKs do not represent a biologically meaningful stimulus, engages the visual system, and is a classic psychophysical tool used to measure sensitivity in humans and other animals. Here, RDKs are displayed to lizards using three video playback systems. Lizards are to select the direction (left or right) in which they perceive dots to be moving. Selection of the appropriate direction is reinforced by biologically important prey stimuli, simulated by computer-animated invertebrates.

Testing visual sensitivity in lizards using an operant conditioning paradigm that employs video playback of random-dot kinematograms and computer-generated invertebrates.

اختبار الحساسية البصرية للسرعة واتجاه الحركة في السحالي

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

وسلم المشي رونغ العمل : نظام تسجيل النقاط وتطبيقها العملي.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Lens Transplantation in Zebrafish and its Application in the Analysis of Eye Mutants

The lens plays an important role in the development of the optic cup[1,2]. Using the zebrafish as a model organism, questions regarding lens development can be addressed. The zebrafish is useful for genetic studies due to several advantageous characteristics, including small size, high fecundity, short lifecycle, and ease of care. Lens development occurs rapidly in zebrafish. By 72 hpf, the zebrafish lens is functionally mature [3]. Abundant genetic and molecular resources are available to support research in zebrafish. In addition, the similarity of the zebrafish eye to those of other vertebrates provides basis for its use as an excellent animal model of human defects[4-7]. Several zebrafish mutants exhibit lens abnormalities, including high levels of cell death, which in some cases leads to a complete degeneration of lens tissues [8]. To determine whether lens abnormalities are due to intrinsic causes or to defective interactions with the surrounding tissues, transplantation of a mutant lens into a wild-type eye is performed. Using fire-polished metal needles, mutant or wild-type lenses are carefully dissected from the donor animal, and transferred into the host. To distinguish wild-type and mutant tissues, a transgenic line is used as the donor. This line expresses membrane-bound GFP in all tissues, including the lens. This transplantation technique is an essential tool in the studies of zebrafish lens mutants.

Lens development involves interactions with other tissues. Several zebrafish eye mutants are characterized by an abnormally small lens size. Here we demonstrate a lens transplantation experiment to determine whether this phenotype is due to intrinsic causes or defective interactions with tissues that surround the lens.

زرع عدسة في اسماك الزرد وتطبيقاتها في تحليل المسوخ العين

The lens plays an important role in the development of the optic cup[1,2]. Using the zebrafish as a model organism, questions regarding lens development ...

Mouse Mammary Epithelial Cells form Mammospheres During Lactogenic Differentiation

A phenotypic measure commonly used to determine the degree of lactogenic differentiation in mouse mammary epithelial cell cultures is the formation of dome shaped cell structures referred to as mammospheres 1. The HC11 cell line has been employed as a model system for the study of regulation of mammary lactogenic differentiation both in vitro and in vivo 2. The HC11 cells differentiate and synthesize milk proteins in response to treatment with lactogenic hormones. Following the growth of HC11 mouse mammary epithelial cells to confluence, lactogenic differentiation was induced by the addition of a combination of lactogenic hormones including dexamethasone, insulin, and prolactin, referred to as DIP. The HC11 cells induced to differentiate were photographed at times up to 120 hours post induction of differentiation and the number of mammospheres that appeared in each culture was enumerated. The size of the individual mammospheres correlates with the degree of differentiation and this is depicted in the images of the differentiating cells.

HC11 lactogenic differentiation can be characterized by the formation of domed structures referred to as mammospheres. The structures can be enumerated by phase contrast microscopy to aid in quantifying lactogenic differentiation.

الخلايا الظهارية الثديية شكل الماوس Mammospheres خلال التمايز المولد للبن

A phenotypic measure commonly used to determine the degree of lactogenic differentiation in mouse mammary epithelial cell cultures is the formation of ...

Evaluation of Mammary Gland Development and Function in Mouse Models

The human mammary gland is composed of 15-20 lobes that secrete milk into a branching duct system opening at the nipple. Those lobes are themselves composed of a number of terminal duct lobular units made of secretory alveoli and converging ducts1. In mice, a similar architecture is observed at pregnancy in which ducts and alveoli are interspersed within the connective tissue stroma. The mouse mammary gland epithelium is a tree like system of ducts composed of two layers of cells, an inner layer of luminal cells surrounded by an outer layer of myoepithelial cells denoted by the confines of a basement membrane2. At birth, only a rudimental ductal tree is present, composed of a primary duct and 15-20 branches. Branch elongation and amplification start at the beginning of puberty, around 4 weeks old, under the influence of hormones3,4,5. At 10 weeks, most of the stroma is invaded by a complex system of ducts that will undergo cycles of branching and regression in each estrous cycle until pregnancy2. At the onset of pregnancy, a second phase of development begins, with the proliferation and differentiation of the epithelium to form grape-shaped milk secretory structures called alveoli6,7. Following parturition and throughout lactation, milk is produced by luminal secretory cells and stored within the lumen of alveoli. Oxytocin release, stimulated by a neural reflex induced by suckling of pups, induces synchronized contractions of the myoepithelial cells around the alveoli and along the ducts, allowing milk to be transported through the ducts to the nipple where it becomes available to the pups 8. Mammary gland development, differentiation and function are tightly orchestrated and require, not only interactions between the stroma and the epithelium, but also between myoepithelial and luminal cells within the epithelium9,10,11. Thereby, mutations in many genes implicated in these interactions may impair either ductal elongation during puberty or alveoli formation during early pregnancy, differentiation during late pregnancy and secretory activation leading to lactation12,13. In this article, we describe how to dissect mouse mammary glands and assess their development using whole mounts. We also demonstrate how to evaluate myoepithelial contractions and milk ejection using an ex-vivo oxytocin-based functional assay. The effect of a gene mutation on mammary gland development and function can thus be determined in situ by performing these two techniques in mutant and wild-type control mice.

This method describes how to dissect and assess mammary gland development and function from mice. Excised mammary glands are assessed for the degree of development using whole mount while milk ejection is evaluated using an oxytocin-based myoepithelial cell contraction assay.

تقييم التنمية وظيفة الغدة الثديية في نماذج الماوس

The human mammary gland is composed of 15-20 lobes that secrete milk into a branching duct system opening at the nipple. Those lobes are themselves ...

Intraductal Injection for Localized Drug Delivery to the Mouse Mammary Gland

Herein we describe a protocol to deliver various reagents to the mouse mammary gland via intraductal injections. Localized drug delivery and knock-down of genes within the mammary epithelium has been difficult to achieve due to the lack of appropriate targeting molecules that are independent of developmental stages such as pregnancy and lactation. Herein, we describe a technique for localized delivery of reagents to the mammary gland at any stage in adulthood via intraductal injection into the nipples of mice. The injections can be performed on live mice, under anesthesia, and allow for a non-invasive and localized drug delivery to the mammary gland. Furthermore, the injections can be repeated over several months without damaging the nipple. Vital dyes such as Evans Blue are very helpful to learn the technique. Upon intraductal injection of the blue dye, the entire ductal tree becomes visible to the eye. Furthermore, fluorescently labeled reagents also allow for visualization and distribution within the mammary gland. This technique is adaptable for a variety of compounds including siRNA, chemotherapeutic agents, and small molecules.

A protocol for the non-invasive intraductal delivery of aqueous reagents to the mouse mammary gland is described. The method takes advantage of localized injection into the nipples of mammary glands targeting mammary ducts specifically. This technique is adaptable for a variety of compounds including siRNA, chemotherapeutic agents and small molecules.

حقن ينترادوكتال لتسليم المخدرات المترجمة إلى ماوس الغدة الثديية

Herein we describe a protocol to deliver various reagents to the mouse mammary gland via intraductal injections. Localized drug delivery and knock-down of ...

A Fluorescence-based Exonuclease Assay to Characterize DmWRNexo, Orthologue of Human Progeroid WRN Exonuclease, and Its Application to Other Nucleases

WRN exonuclease is involved in resolving DNA damage that occurs either during DNA replication or following exposure to endogenous or exogenous genotoxins. It is likely to play a role in preventing accumulation of recombinogenic intermediates that would otherwise accumulate at transiently stalled replication forks, consistent with a hyper-recombinant phenotype of cells lacking WRN. In humans, the exonuclease domain comprises an N-terminal portion of a much larger protein that also possesses helicase activity, together with additional sites important for DNA and protein interaction. By contrast, in Drosophila, the exonuclease activity of WRN (DmWRNexo) is encoded by a distinct genetic locus from the presumptive helicase, allowing biochemical (and genetic) dissection of the role of the exonuclease activity in genome stability mechanisms. Here, we demonstrate a fluorescent method to determine WRN exonuclease activity using purified recombinant DmWRNexo and end-labeled fluorescent oligonucleotides. This system allows greater reproducibility than radioactive assays as the substrate oligonucleotides remain stable for months, and provides a safer and relatively rapid method for detailed analysis of nuclease activity, permitting determination of nuclease polarity, processivity, and substrate preferences.

Exonucleases play critical roles in ensuring genome stability. Loss of WRN exonuclease function results in premature aging. Studying substrates and other requirements of the nuclease in vitro can help elucidate its role in vivo. Here we demonstrate a rapid and reproducible fluorescence-based assay to measure its nuclease activity.

WRN exonuclease is involved in resolving DNA damage that occurs either during DNA replication or following exposure to endogenous or exogenous genotoxins. ...

Application of Retinoic Acid to Obtain Osteocytes Cultures from Primary Mouse Osteoblasts

The need for osteocyte cultures is well known to the community of bone researchers; isolation of primary osteocytes is difficult and produces low cell numbers. Therefore, the most widely used cellular system is the osteocyte-like MLO-Y4 cell line.
The method here described refers to the use of retinoic acid to generate a homogeneous population of ramified cells with morphological and molecular osteocyte features.
After isolation of osteoblasts from mouse calvaria, all-trans retinoic acid (ATRA) is added to cell medium, and cell monitoring is conducted daily under an inverted microscope. First morphological changes are detectable after 2 days of treatment and differentiation is generally complete in 5 days, with progressive development of dendrites, loss of the ability to produce extracellular matrix, down-regulation of osteoblast markers and up-regulation of osteocyte-specific molecules.
Daily cell monitoring is needed because of the inherent variability of primary cells, and the protocol can be adapted with minimal variation to cells obtained from different mouse strains and applied to transgenic models. 
The method is easy to perform and does not require special instrumentation, it is highly reproducible, and rapidly generates a mature osteocyte population in complete absence of extracellular matrix, allowing the use of these cells for unlimited biological applications.

Treatment of primary mouse osteoblasts with retinoic acid produces a homogeneous population of ramified cells bearing morphological and molecular features of osteocytes. The method overcomes the difficulty of obtaining and maintaining primary osteocytes in culture, and can be advantageous to study cells derived from transgenic models.&#160;

تطبيق حمض الريتينويك الحصول الثقافات Osteocytes من الابتدائية ماوس خلايا الأوستيوبلاستس

The need for osteocyte cultures is well known to the community of bone researchers; isolation of primary osteocytes is difficult and produces low cell ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to large-scale screening formats in every step of a drug screen, including large-scale image analysis. Currently there is no ready-to-use and free image analysis software to meet this large-scale format. Most existing methods involve manually drawing the length and width of the imaged 3D spheroids, which is a tedious and time-consuming process. This study presents a high-throughput image analysis software application &#8211; SpheroidSizer, which measures the major and minor axial length of the imaged 3D tumor spheroids automatically and accurately; calculates the volume of each individual 3D tumor spheroid; then outputs the results in two different forms in spreadsheets for easy manipulations in the subsequent data analysis. The main advantage of this software is its powerful image analysis application that is adapted for large numbers of images. It provides high-throughput computation and quality-control workflow. The estimated time to process 1,000 images is about 15 min&#160;on a minimally configured laptop, or around 1 min&#160;on a multi-core performance workstation. The graphical user interface (GUI) is also designed for easy quality control, and users can manually override the computer results. The key method used in this software is adapted from the active contour algorithm, also known as Snakes, which is especially suitable for images with uneven illumination and noisy background that often plagues automated imaging processing in high-throughput screens. The complimentary &#8220;Manual Initialize&#8221; and &#8220;Hand Draw&#8221; tools provide the flexibility to SpheroidSizer in dealing with various types of spheroids and diverse quality images. This high-throughput image analysis software remarkably reduces labor and speeds up the analysis process. Implementing this software is beneficial for 3D tumor spheroids to become a routine in vitro model for drug screens in industry and academia.

We present a high-throughput image analysis software application to measure the size of three-dimensional tumor spheroids imaged with bright-field microscopy. This application provides a fast and effective way to examine the effects of therapeutic drugs on spheroids, which is beneficial for researchers who wish to use spheroids in drug screens.

عالية الإنتاجية تحليل صورة الأجسام الشبه الكروية ورم: A برمجيات صديقة للمستخدم التطبيق لقياس حجم الأجسام الشبه الكروية تلقائيا وبدقة

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

Measuring Pressure Volume Loops in the Mouse

Understanding the causes and progression of heart disease presents a significant challenge to the biomedical community. The genetic flexibility of the mouse provides great potential to explore cardiac function at the molecular level. The mouse&#39;s small size does present some challenges in regards to performing detailed cardiac phenotyping. Miniaturization and other advancements in technology have made many methods of cardiac assessment possible in the mouse. Of these, the simultaneous collection of pressure and volume data provides a detailed picture of cardiac function that is not available through any other modality. Here a detailed procedure for the collection of pressure-volume loop data is described. Included is a discussion of the principles underlying the measurements and the potential sources of error. Anesthetic management and surgical approaches are discussed in great detail as they are both critical to obtaining high quality hemodynamic measurements. The principles of hemodynamic protocol development and relevant aspects of data analysis are also addressed.

This manuscript describes a detailed protocol for the collection of pressure-volume data from the mouse.

قياس حجم حلقات الضغط في الماوس

Understanding the causes and progression of heart disease presents a significant challenge to the biomedical community. The genetic flexibility of the ...