الكتاب أود أن أشكر أعضاء الماضية من مختبر الشركة: سام كيو كيم، كاثرين Plichta وفيكتوريا ميراندا طومسون لمساهماتها في تحسين العديد من هذه البروتوكولات. نعترف دعم مؤسسة العلوم الوطنية (منح IOS-0840932-0724978 وIOS) لSP المالية.

1. التربة جمع العينات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> النظر تغطي مساحة لا تقل عن 2 - 4 م 2 لكل موقع أخذ العينات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع عينات من التربة على عمق لا يقل عن 15 سم (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تأخذ ما لا يقل عن 5 عينات عشوائية داخل هذا المجال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يستغرق 3 عينات فرعية لكل عينة. اعتمادا على الهدف من الدراسة، إما الجمع بين العينات الفرعية أو الاحتفاظ بها منفصلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع كل عينة في كيس من البلاستيك. النظر المزدوج التعبئة لتجنب تسريب عينات (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عينات التسمية مع علامة للماء. وتشمل المعلومات التالية من كل موقع أخذ العينات: معلومات عن الموقع (بما في ذلك محلة / المنطقة / اسم الموقع GPS وتنسيق المعلومات)، وتاريخ، والموئل، والغطاء النباتي المرتبطة، ودرجة الحرارة، والارتفاع، الخ ملاحظة: إذا كان ذلك ممكنا، وجمع و / أو تسجيل وجود الحشرات أو غيرها من اللافقاريات التي تم جمعها مع العينة لتحديد اللاحقة. قد يمثلونها الناطور المحتملةالمضيفين آل EPN. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أدوات جمع نظيفة بين العينات عن طريق غسل جيدا بالماء و / أو تطهير لهم مع الايثانول 70٪ أو 0.5٪ محلول التبييض. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحفاظ على العينات في برودة (8-15 درجة مئوية) أثناء النقل إلى المختبر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخذ جزء من العينة التربة لتحليلها للحصول على معلومات عن تكوين التربة، والملمس، والرطوبة، والموصلية الكهربائية أو غيرها من المعلمات التربة المطلوب. </li></ol> 2 عزل النيماتودا من عينات التربة: الحشرات الاصطياد وتقنيات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة أي حطام (أي. والصخور، وقطع من الخشب أو اللحاء والأوراق وغيرها) التي تم جمعها مع العينات الخاصة بك لتجنب التلوث مع الكائنات الحية الدقيقة saprobic. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة الماء لترطيب التربة وتسهيل حركة الديدان الخيطية. ملاحظة: استخدام زجاجة رذاذ لزيادة ببطء مستوى الرطوبة في التربة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع ما يقرب من 200-250 مل من التربة الرطبة في وعاء من البلاستيك نظيفة مع غطاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة الطعوم الحشرات. تنظر 5-10 الحشرات على سطح التربة من كل عينة (الشكل 5). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغطية الحاويات مع غطاء وتحويل الحاويات رأسا على عقب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحفاظ على الحاويات في الظلام وعلى RT (عادة 22-25 درجة مئوية). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحقق حاويات كل 2 - 3 أيام وإزالة الحشرات الميتة. ملاحظة: إضافة الحشرات صحية إضافية إلى كل حاوية لمزيد من الاصطياد لعينة من التربة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة الحشرات الميتة من الحاويات. وعادة ما يتم مطفول الجثامين مع البني أو مغرة تلوين بواسطة steinernematids، بينما مطفول الطوب الأحمر إلى الأرجواني الداكن الجثث التي كتبها heterorhabditids: ملاحظة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف الجثث في الماء المعقم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الجثث في فخ الأبيض تعديل لاسترداد الديدان الخيطية ذرية (انظر الإجراء أدناه). </li></ol> 3 النيماتودا الشفاء من الجثامين المصابة: تعديل فخ الأبيض <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الجزء العلوي من 50 (أو 60) ملم بقطر. طبق بتري داخل صحن أكبر (100 مم). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعيين خطيئة واحدةغلي ورق الترشيح دائرية (WHATMAN رقم 1) داخل صحن أصغر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان الجثث على ورقة الترشيح من طبق أصغر مما الجثث يقين لا تلمس بعضها البعض لتجنب أي تلوث. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ملء الخارجي (أكبر) طبق بتري مع كاليفورنيا. 20 مل من الماء المقطر العقيمة. لا تضيف الماء في الصحن الذي يحمل الجثث. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغطية طبق بيتري كبيرة ومحتوياته مع غطاء (الشكل 6). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمية الأطباق وفقا لذلك. إضافة المعلومات التالية: اسم الديدان الخيطية (الأنواع / عزل)، تاريخ الإصابة (العدوى تم تعيين التاريخ) وتاريخ الفخ (هذا هو التاريخ الذي يقع في فخ متابعة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تبقي فخ في RT حتى يحدث ظهور مراحل الأحداث المعدية (نقابة الصحفيين العراقيين). هذه العملية يمكن أن تستغرق ما بين 10 - 25 يوما تبعا للأنواع الديدان الخيطية و / أو سلالة النظر فيها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حصاد المياه مع نقابة الصحفيين العراقيين عن طريق إزالة الطبق أكبر من فخ وسكب الماء مع الديدان الخيطية في كوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح الديدان الخيطية إلى صب على الجزء السفلي من بايكر. قد تستغرق هذه العملية بضع دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> صب الماء بعناية، مما يجعل التأكد من الديدان الخيطية تبقى في قاع الكأس. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف الديدان الخيطية من خلال إضافة المزيد من الماء والسماح لصب الديدان الخيطية. هذه الخطوة يمكن أن تتكرر 2-3 مرات حتى المياه غير النظيفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الديدان الخيطية التعليق في قارورة زراعة الأنسجة (250 مل). الحفاظ على تركيز التعليق إلى 1،000 - 3،000 الديدان الخيطية / مل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مخزن قارورة مع الديدان الخيطية التعليق في غرفة باردة أو في الحاضنة بين 10-20 درجة مئوية. ملاحظة: تحقق من تخزين قوارير دوريا كما الصلاحية من EPN هو متغير. عادة steinernematids يمكن تخزينها ل6-12 أشهر دون الحاجة إلى subculturing، في حين قد تتطلب heterorhabditids أكثر الفحوصات الدورية. </li></ol>

<ol>
	<li>Bedding, R. A., Akhurst, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+technique+for+the+detection+of+insect+parasitic+rhabditid+nematodes+in+soil.">A simple technique for the detection of insect parasitic rhabditid nematodes in soil.</a> Nematologica. 21, 109-110 (1975).</li><li>Boemare, N. E., Akhurst, R. A., Dworkin, M., Falkow, S., Rosenberg, E., Schleifer, K. -. H., Stackebrandt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Genera Photorhabdus and Xenorhabdus. In The Prokaryotes. , 473-488 (2007).</li><li>Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Entomopathogenic Nematology. , (2002).</li><li>Gaugler, R., Kaya, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Entomopathogenic Nematode s in Biological Control. , (1990).</li><li>Hazir, S., Keskin, N., Stock, S. P., Kaya, H. K., &#214;zcan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+distribution+of+entomopathogenic+nematodes+(Rhabditida:+Steinernematidae+and+Heterorhabditidae)+in+Turkey.">Diversity and distribution of entomopathogenic nematodes (Rhabditida: Steinernematidae and Heterorhabditidae) in Turkey.</a> Biodiversit., &amp; Conservation. 12, 375-386 (2003).</li><li>Kaya, H. K., Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes.">Entomopathogenic nematodes.</a> Annual Review of Entomology. 38, 181-206 (1993).</li><li>Kaya, H. K., Stock, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Techniques in insect nematology. In Manual of techniques in insect pathology. , 281-324 (1997).</li><li>Lacey, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Manual of techniques in invertebrate pathology. , (2012).</li><li>McCoy, C. W., Shapiro-Ilan, D., Duncan, L., Nguyen, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes+and+other+natural+enemies+as+mortality+factors+for+larvae+of+Diaprepes+abbreviatus+(Coleoptera:+Curculionidae).">Entomopathogenic nematodes and other natural enemies as mortality factors for larvae of Diaprepes abbreviatus (Coleoptera: Curculionidae).</a> Biological Control. 19, 182-190 (2000).</li><li>Meyling, N. V., Eilenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Occurrence+and+distribution+of+soil+borne+entomopathogenic+fungi+within+a+single+organic+agroecosystem.">Occurrence and distribution of soil borne entomopathogenic fungi within a single organic agroecosystem.</a> Agriculture, ecosystem., &amp; environment. 113, 336-341 (2006).</li><li>Poinar, G. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Taxonomy and biology of Steinernematidae and Heterorhabditidae. In: Entomopathogenic Nemtaodes in Biological. , 23-61 (1990).</li><li>Stock, S. P., Gress, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+phylogenetic+relationships+of+entomopathogenic+nematodes+(Steinernematidae+and+Heterorhabditidae)+from+the+Sky+Islands+of+southern+Arizona.">Diversity and phylogenetic relationships of entomopathogenic nematodes (Steinernematidae and Heterorhabditidae) from the Sky Islands of southern Arizona.</a> Journal of invertebrate pathology. 92, 66-72 (2006).</li><li>Stock, S. P., Hunt, D. J., Grewal, P. S., Ehlers, R. U., Shapiro-Ilan, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nematode+morphology+and+systematics.">Nematode morphology and systematics.</a> Nematodes as biological control agents. CAB International Publishing. , 3-43 (2005).</li><li>Stock, S. P., Goodrich&#8211;Blair, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes+and+their+bacterial+symbionts:+The+inside+out+of+a+mutualistic+association.">Entomopathogenic nematodes and their bacterial symbionts: The inside out of a mutualistic association.</a> Symbiosis. 46, 65-75 (2008).</li><li>Stuart, R. J., Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patchiness+in+populations+of+entomopathogenic+nematodes.">Patchiness in populations of entomopathogenic nematodes.</a> Journal of Invertebrate Pathology. 64, 39-45 (1994).</li><li>White, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+obtaining+infective+nematode+larvae+from+cultures.">A method for obtaining infective nematode larvae from cultures.</a> Science. 66, 302-303 (1927).</li></ol>

أعلن عن أي تضارب في المصالح.

هذه التظاهرة هي الأولى من عرضين التي تصف عددا من التقنيات التي تستخدم عادة لدراسة EPN والبكتيريا التكافلية بهم. هذه التقنيات تمثل الخطوات الرئيسية لإنشاء ناجحة الثقافات EPN في المختبر وتشكل أيضا الأساس لاختبارات بيولوجية أخرى التي توظف EPN كما الكائنات نموذج للبحوث. <...

وترتبط العديد من الديدان الخيطية مع الحشرات، وتتراوح التفاعلات التي تستضيفهم من المفيد أن يضر. هنا، ونحن نركز على مجموعة من الديدان الخيطية التي هي مسببات الأمراض من الحشرات، المعروف أيضا باسم الديدان الخيطية الممرضة للحشرات (أو EPN). الديدان الخيطية عائلتين ينتمون إلى هذه المجموعة من الديدان الخيطية: Steinernematidae وHeterorhabditidae 11،13. تأثير المسببة للأمراض التي هي في الواقع التي يمنحها تفاعلها مع البكتيريا اللاهوائية الاختيارية المعوي (البكتيريا Xenorhabdus اقترانه steinernematids والبكتيريا Photorhabdus اقترانه heterorhabditids) 2. وتنقلها البكتيريا من المضيف الحشرات إلى آخر عن طريق المرحلة الخيطية حرة المعيشة فقط، والأحداث المعدية المرحلة الثالثة (المعروف أيضا باسم الأحداث داور، الأحداث المعدية أو IJ)، التي تعيش في التربة. مرة واحدة داخل الحشرة، والديدان الخيطية الافراج عن البكتيريا في الدملمف الحشرة التي تقتل الحشرات المضيف عن طريق تسمم الدم واسعة النطاق. البكتيريا أيضاتتحلل الأنسجة الحشرة وتصبح مصدر الغذاء النيماتودا &quot;، والسماح لهم حتى تنضج وتتكاثر. عادة، يتم إنتاج واحد أو جيلين من الديدان الخيطية الكبار داخل جيفة الحشرات. ذرية من الجيل الكبار reassociates مشاركة مع عدد قليل من الخلايا البكتيرية في أكثر متخصصون بطريقة من العلاقة السابقة الغذائية الخاصة بهم، ورعاية هذه الخلايا في الأمعاء لأنها الخروج من الذبيحة الحشرات في التربة حيث أنها سوف تنتظر الحشرات آخر لتتطفل 6،11،14 (الشكل 1). منذ اكتشافه في عام 1927، وقد نظرت EPN بدائل المبيدات الكيميائية قيمة لأنها يمكن أن تتطفل مجموعة واسعة من الحشرات التي هي الآفات الزراعية 3،4،5. ومع ذلك، على مدى العقدين الماضيين، وقد تم التعرف على هذه الديدان الخيطية والبكتيريا التكافلية التي كنظام نموذج مرن لدراسة الجوانب البيولوجية والإيكولوجية والتطورية المضيف ميكروب interactioنانوثانية 14. الهدف من هذا العرض هو إظهار الأساليب والتقنيات المستخدمة الأكثر شيوعا لعينات التربة وعزل EPN. مجموعة متنوعة من الأدوات متاحة ويمكن استخدامها لجمع عينات من التربة بما في ذلك: معدات استخراج عينات جوفية التربة، والمسجات، حفارات آخر ثقب، بريمة، وأنابيب أخذ العينات، معاول جهة، من بين أمور أخرى (الشكل 2). اعتمادا على الغرض من الدراسة، واستراتيجيات أخذ العينات اثنين يمكن اعتبار: أ) الطبقية، ب) أخذ العينات العشوائية (الشكل 3). عادة ما يتم استخدام العينة الطبقية كجزء من دراسة مكثفة في منطقة معينة أو demarked على مدى فترة معينة من الزمن. بشكل عام، يتم demarked على القطع وتؤخذ عينات من التربة على فترات المنصوص عليها في القطع على مدى فترة من الزمن (الشكل 3A) 15. واستخدمت العينة العشوائية عموما عندما تركز على منطقة واسعة. وقد استخدمت هذه الاستراتيجية أخذ العينات لدراسة تنوع EPN وROM منطقة جغرافية واسعة أو المنطقة (الشكل 3B) 12. ويمكن النظر في عدد من العوامل اعتمادا على التركيز في الدراسة بما في ذلك مجموعة متنوعة من المرتفعات، والقوام التربة والموائل (مثل.، الحقول المزروعة والغابات والمراعي والحدائق، والشواطئ، والمناطق المتشاطئة، الخ). نقدم لك مجموعة من تقنية الاصطياد الحشرات، التي وصفت في الأصل من قبل الفراش وAkhurst 1 ويمثل بديلا بسيطة وانتقائية لاسترداد EPN من عينات التربة. هذا هو إجراء انتقائي يقوم على فرضية أن الديدان الخيطية (المرحلة IJ) سوف ينجذب إلى مضيف الحشرات وتتطفل عليه. ويمكن أيضا أن تعتبر هذه التقنية لعزل مسببات الأمراض الأخرى مثل الحشرات والفطريات، والبكتيريا 8،10. نحن أيضا تدليل على تعديل فخ الأبيض الأسلوب الذي يستخدم لاسترجاع الديدان الخيطية ذرية من المضيفين الحشرات المصابة 7،14. هذا هو جهد التقىهود التي توفر ميزة استرجاع على &#39;نظيفة&#39; الخيطية ذرية خالية من الحطام من جثث الحشرات المهينة. وأخيرا، فإن التقنيات الموضحة والمبينة في هذه المادة تتوافق مع تلك تصور و / أو أجريت في مختبرنا وكذلك تلك التي وصفها العديد من الزملاء والمتعاونين.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1119">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:309px;">Company</td>
			<td style="width:241px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:299px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:271px;">Galleria mellonella</td>
			<td style="width:309px;">Timberline</td>
			<td style="width:241px;">http://www.timberlinefisheries.com/ProductDetails.asp?ProductCode=WAXLG</td>
			<td>for insect baiting technique</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:271px;">Filter Paper, 55mm Grade 1 Cellulose</td>
			<td style="width:309px;">Whatman/VWR</td>
			<td>28450-048</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">60 x 15 mm Petri Dishes</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>25384-092</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">100 x 15 Petri Dishes</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">25384-088</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:271px;">ZIPloc Plastic Bags</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:271px;">Mechanical Pipettor P1000, P200 ml</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>89130-562; 89130-566&#160;</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">pippetor tips 1000ml, 200 ml</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">16466-004 ; 53510</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Bleach</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td>N/A</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Sodium Hypochlorite</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td>N/A</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">70% Ethyl alochol</td>
			<td style="width:309px;">AAPER</td>
			<td>17212945</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="18">
			<td height="18" style="height:18px;width:271px;">Shovels</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Tubular soil sampler</td>
			<td>Accuproducts</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Soil Probe, long handle</td>
			<td>Nupla&#160;</td>
			<td style="width:241px;">PRB4T 69401 Classic</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:271px;">Measuring tape</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Flagging tape, various colors</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">tissue culture flasks</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">Falcon, 29185-304&#160;</td>
			<td>White trap, collection of EPN</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:271px;">wash bottles, Polyethylene, Wide Mouth</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>16650-107</td>
			<td>White trap, collection of EPN</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

soil sampling and isolation of entomopathogenic nematodes (steinernematidae, heterorhabditidae)

النيماتودا الممرضة للحشرات (الملقب EPN) تمثل مجموعة من الديدان الخيطية، التي تقطن التربة التي تتطفل مجموعة واسعة من الحشرات. هذه الديدان الخيطية تنتمي إلى عائلتين: Steinernematidae وHeterorhabditidae. حتى الآن، وقد وصفت أكثر من 70 نوعا في Steinernematidae وهناك حوالي 20 نوعا في Heterorhabditidae. النيماتودا دينا شراكة متبادلة مع البكتيريا المعوية ومعا بمثابة مجمع الحشرات القوية التي تقتل مجموعة واسعة من أنواع الحشرات. هنا، ونحن نركز على تقنيات تعتبر الأكثر شيوعا لجمع EPN من التربة. الجزء الثاني من هذا العرض يركز على تقنية الاصطياد الحشرات، وهو النهج المتبع على نطاق واسع لعزل EPN من عينات التربة، وتعديل فخ الأبيض الأسلوب الذي يستخدم لاسترداد هذه الديدان الخيطية من الحشرات المصابة. هذه الأساليب والتقنيات هي الخطوات الرئيسية لإنشاء الناجح لEPN عبادةالقوام في المختبر وأيضا تشكل الأساس لاختبارات بيولوجية الأخرى التي تنظر في هذه النيماتودا كما الكائنات نموذج للبحوث في التخصصات البيولوجية الأخرى. التقنيات المعروضة في هذا العرض تتوافق مع تلك التي يؤديها و / أو تضعها أعضاء SP المختبر المالية فضلا عن تلك التي وصفها العديد من الكتاب.

التربة جمع العينات المرحلة الثالثة والأحداث المعدية من EPN هي مراحل المعيشة الحرة الوحيدة في دورة حياة هذه الديدان الخيطية &quot;التي تتواجد في التربة (الشكل 1). لذا، وجمع عينات من التربة هي طريقة فعالة جدا لاسترداد هذه الدي?...

Watch this Scientific Journal Video about Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae at JoVE.com

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae

النيماتودا الممرضة للحشرات هي الديدان الإسطوانية-تقطن التربة التي تتطفل مجموعة واسعة من الحشرات. ونحن لشرح طرق أخذ العينات المستخدمة لعزل هذه النيماتودا من التربة باستخدام اثنين من التقنيات: والاصطياد والحشرات فخ الأبيض تعديل، لاسترداد الديدان الخيطية من عينات التربة والحشرات الجثث المصابة، على التوالي.

أخذ العينات التربة والنيماتودا الممرضة للحشرات عزل (Steinernematidae، Heterorhabditidae)

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to ...

soil-sampling-isolation-entomopathogenic-nematodes-steinernematidae

Research

JoVE Journal

Environment

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

24.7K Views.  University of Arizona.  النيماتودا الممرضة للحشرات هي الديدان الإسطوانية-تقطن التربة التي تتطفل مجموعة واسعة من الحشرات. ونحن لشرح طرق أخذ العينات المستخدمة لعزل هذه النيماتودا من التربة باستخدام اثنين من التقنيات: والاصطياد والحشرات فخ الأبيض تعديل، لاسترداد ...

Video: Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes and soil organic matter formation to small-scale stable-isotope biomarker probing. Coupling multiple stable isotopes such as 13C with 15N, 18O or&#160;2H has the potential to reveal even more information about complex stoichiometric relationships during biogeochemical transformations. Isotope labeled plant material has been used in various studies of litter decomposition and soil organic matter formation1-4. From these and other studies, however, it has become apparent that structural components of plant material behave differently than metabolic components (i.e. leachable low molecular weight compounds) in terms of microbial utilization and long-term carbon storage5-7. The ability to study structural and metabolic components separately provides a powerful new tool for advancing the forefront of ecosystem biogeochemical studies. Here we describe a method for producing 13C and 15N labeled plant material that is either uniformly labeled throughout the plant or differentially labeled in structural and metabolic plant components.
Here, we present the construction and operation of a continuous 13C and 15N labeling chamber that can be modified to meet various research needs. Uniformly labeled plant material is produced by continuous labeling from seedling to harvest, while differential labeling is achieved by removing the growing plants from the chamber weeks prior to harvest. Representative results from growing Andropogon gerardii Kaw demonstrate the system&#39;s ability to efficiently label plant material at the targeted levels. Through this method we have produced plant material with a 4.4 atom%13C and 6.7 atom%15N uniform plant label, or material that is differentially labeled by up to 1.29 atom%13C and 0.56 atom%15N in its metabolic and structural components (hot water extractable and hot water residual components, respectively). Challenges lie in maintaining proper temperature, humidity, CO2 concentration,&#160;and light levels in an airtight 13C-CO2 atmosphere for successful plant production. This chamber description represents a useful research tool to effectively produce uniformly or differentially multi-isotope labeled plant material for use in experiments on ecosystem biogeochemical cycling.

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

This method explains how to build and operate a continuous 13C and 15N isotope labeling chamber for uniform or differential plant tissue labeling. Representative results from metabolic and structural labeling of Andropogon gerardii are discussed.

تصميم وتشغيل المستمر<sup&gt; 13</sup&gt; C و<sup&gt; 15</sup&gt; N غرفة صفها الموحدة لأو التفاضلية، الأيض والإنشائية، مصنع النظائر وصفها

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

Integrated Field Lysimetry and Porewater Sampling for Evaluation of Chemical Mobility in Soils and Established Vegetation

Potentially toxic chemicals are routinely applied to land to meet growing demands on waste management and food production, but the fate of these chemicals is often not well understood. Here we demonstrate an integrated field lysimetry and porewater sampling method for evaluating the mobility of chemicals applied to soils and established vegetation. Lysimeters, open columns made of metal or plastic, are driven into bareground or vegetated soils. Porewater samplers, which are commercially available and use vacuum to collect percolating soil water, are installed at predetermined depths within the lysimeters. At prearranged times following chemical application to experimental plots, porewater is collected, and lysimeters, containing soil and vegetation, are exhumed. By analyzing chemical concentrations in the lysimeter soil, vegetation, and porewater, downward leaching rates, soil retention capacities, and plant uptake for the chemical of interest may be quantified. Because field lysimetry and porewater sampling are conducted under natural environmental conditions and with minimal soil disturbance, derived results project real-case scenarios and provide valuable information for chemical management. As chemicals are increasingly applied to land worldwide, the described techniques may be utilized to determine whether applied chemicals pose adverse effects to human health or the environment.

Field lysimetry and porewater sampling allow researchers to evaluate the fate of chemicals applied to soils and established vegetation. The goal of this protocol is to demonstrate how to install required instrumentation and collect samples for chemical analysis during integrated field lysimetry and porewater sampling experiments.

Lysimetry متكاملة الميدانية وأخذ العينات Porewater لتقييم التنقل الكيميائية في التربة والغطاء النباتي تأسست

Potentially toxic chemicals are routinely applied to land to meet growing demands on waste management and food production, but the fate of these chemicals ...

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

Bacteriophage isolation from environmental samples has been performed for decades using principles set forth by pioneers in microbiology. The isolation of phages infecting Arthrobacter hosts has been limited, perhaps due to the low success rate of many previous isolation techniques, resulting in an underrepresented group of Arthrobacter phages available for study. The enrichment technique described here, unlike many others, uses a filtered extract free of contaminating bacteria as the base for indicator bacteria growth, Arthrobactersp. KY3901, specifically. By first removing soil bacteria the target phages are not hindered by competition with native soil bacteria present in initial soil samples. This enrichment method has resulted in dozens of unique phages from several different soil types and even produced different types of phages from the same enriched soil sample isolate. The use of this procedure can be expanded to most nutrient rich aerobic media for the isolation of phages in a vast diversity of interesting host bacteria.

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

We present an enrichment protocol for the isolation of bacteriophages infecting bacteria in the Arthrobacter genus. This enrichment protocol produces fast and reproducible results for the isolation and amplification of Arthrobacter phages from soil isolates.

تقنية التخصيب الأمثل للعزل<em&gt; الفصلاء</em&gt; أنواع الجراثيم من عزلات عينة التربة

Bacteriophage isolation from environmental samples has been performed for decades using principles set forth by pioneers in microbiology. The isolation of ...

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including Pristionchus pacificus display complex behaviors, the most striking of which is the predation of other nematode larvae. However, as these behaviors are absent in the model organism Caenorhabditis elegans, they have thus far only recently been described in detail along with the development of reliable behavioral assays 1. These predatory behaviors are dependent upon phenotypically plastic but fixed mouth morphs making the correct identification and categorization of these animals essential. In P. pacificus there are two mouth types, the stenostomatous and eurystomatous morphs 2, with only the wide mouthed eurystomatous containing an extra tooth and being capable of killing other nematode larvae. Through the isolation of an abundance of size matched prey larvae and subsequent exposure to predatory nematodes, assays including both "corpse assays" and "bite assays" on correctly identified mouth morph nematodes are possible. These assays provide a means to rapidly quantify predation success rates and provide a detailed behavioral analysis of individual nematodes engaged in predatory feeding activities. In addition, with the use of a high-speed camera, visualization of changes in pharyngeal activity including tooth and pumping dynamics are also possible.

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Behavioral assays provide powerful tools for understanding neuronal function. Here we present several protocols for quantifying predatory feeding behavior found in the model nematode Pristionchus pacificus and its relatives. Additionally, we provide methods for analyzing predatory feeding adaptations including mouth structures and teeth.

يعاير سلوكيات التغذية المفترسة في<em&gt; Pristionchus</em&gt; والديدان الخيطية أخرى

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a series of incubators. A temperature gradient is passively established across the surface of the table between the heated and cooled ends and is lost quickly at distances above the surface. Since temperature is only controlled on the table surface, experiments are restricted to shallow containers, such as Petri dishes, placed on the table. Welding continuous aluminum vertical strips or gussets perpendicular to the surface of a table enables temperature control in depth via convective heat flow. Soil in the channels between gussets was maintained across a gradient of temperatures allowing a greater diversity of experimentation. The gusseted design was evaluated by germinating oat, lettuce, tomato, and melon seeds. Soil temperatures were monitored using individual, battery-powered dataloggers positioned across the table. LED lights installed in the lids or along the sides of the gradient table create a controlled temperature chamber where seedlings can be grown over a range of temperatures. The gusseted design enabled accurate determination of optimum temperatures for fastest germination rate and the highest percentage germination for each species. Germination information from gradient table experiments can help predict seed germination and seedling growth under the adverse soil conditions often encountered during field crop production. Temperature effects on seed germination, seedling growth, and soil ecology can be tested under controlled conditions in a laboratory using a gusseted thermogradient table.

Traditional thermogradient tables create a range of temperatures across the surface. Welding gussets perpendicular to the surface of a thermogradient table will control temperature in depth increasing possible research applications.

والجدول Gusseted Thermogradient لتنظيم درجة الحرارة التربة لتقييم نمو النبات ومراقبة العمليات التربة

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonate (CaCO3) profiles. The objective is to describe a simple conceptual model and detailed protocol for repeatable field and laboratory measurements of these quantities. Here, accurate elevation is measured using a ground-based differential global positioning system (GPS); other data acquisition methods could be applied to the same basic method. Soil samples are collected from prescribed depth intervals and analyzed in the lab using an efficient and precise modified pressure-calcimeter method for quantitative analysis of inorganic carbon concentration. Standard statistical methods are applied to point data, and representative results show significant correlations between changes in soil surface layer CaCO3 and changes in elevation consistent with the conceptual model; CaCO3 generally decreased in depositional areas and increased in erosional areas. Maps are derived from point measurements of elevation and soil CaCO3 to aid analyses. A map of erosional and depositional patterns at the study site, a rain-fed winter wheat field cropped in alternating wheat-fallow strips, shows the interacting effects of water and wind erosion affected by management and topography. Alternative sampling methods and depth intervals are discussed and recommended for future work relating soil erosion and deposition to soil CaCO3.

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonates. Repeatable methods for field and laboratory measurements of these quantities and data analysis methods are described here.

قياس وتحديد أنماط من تآكل التربة وترسب المتصلة بتركيزات كربونات التربة تحت الإدارة الزراعية

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Wastewater Irrigation Impacts on Soil Hydraulic Conductivity: Coupled Field Sampling and Laboratory Determination of Saturated Hydraulic Conductivity

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. Rather than discharging treated wastewater to a stream, and thereby directly impacting the stream quality, the effluent is applied to forested and cropped land managed by the University. Concerns related to reductions in soil hydraulic conductivity occur when considering wastewater reuse. The methodology described in this manuscript, matching soil sample size with the size of the laboratory-based hydraulic conductivity measurement apparatus, provides the benefits of a relatively rapid collection of samples with the benefits of controlled laboratory boundary conditions. The results suggest that there may have been some impact of wastewater reuse on the soil&#39;s ability to transmit water at deeper depths in the depressional areas of the site. Most of the reductions in the soil hydraulic conductivity in the depressions appear to be related to the depth from which the sample was collected, and by inference, associated with the soil structural and textural differences.

Here we present a methodology which matches a soil sample size and a hydraulic conductivity measurement device to prevent the so-called wall flow along the inside of the soil container from being erroneously included in water flow measurements. Its use is demonstrated with samples collected from a wastewater irrigation site.

مياه الري الآثار على الموصلية الهيدروليكية التربة: إلى جانب أخذ العينات الميدانية ومختبر تصميم الموصلية الهيدروليكية المشبعة

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The purpose of this manuscript is to provide detail on how to rapidly sample soil, rhizosphere, and endosphere of replicated field trials and analyze changes that may occur in the microbial communities due to sample type, treatment, and plant genotype. The experiment used to demonstrate these methods consists of replicated field plots containing two, pure, warm-season grasses (Panicum virgatum and Andropogon gerardii) and a low-diversity grass mixture (A. gerardii, Sorghastrum nutans, and Bouteloua curtipendula). Briefly, plants are excavated, a variety of roots are cut and placed in phosphate buffer, and then shaken to collect the rhizosphere. Roots are brought to the laboratory on ice and surface sterilized with bleach and ethanol (EtOH). The rhizosphere is filtered and concentrated by centrifugation. Excavated soil from around the root ball is placed into plastic bags and brought to the lab where a small amount of soil is taken for DNA extractions. DNA is extracted from roots, soil, and rhizosphere and then amplified with primers for the V4 region of the 16S rRNA gene. Amplicons are sequenced, then analyzed with open access bioinformatics tools. These methods allow researchers to test how the microbial community diversity and composition varies due to sample type, treatment, and plant genotype. Using these methods along with statistical models, the representative results demonstrate there are significant differences in microbial communities of roots, rhizosphere, and soil. Methods presented here provide a complete set of steps for how to collect field samples, isolate, extract, quantify, amplify, and sequence DNA, and analyze microbial community diversity and composition in replicated field trials.

Excavation of plant roots from the field as well as processing of samples into endosphere, rhizosphere, and soil are described in detail, including DNA extraction and data analysis methods. This paper is designed to enable other laboratories to use these techniques for the study of soil, endosphere, and rhizosphere microbiomes.

عزل وتحليل المجتمعات الميكروبية في التربة، رهيزوسفيري، وجذور في تجارب الأعشاب المعمرة

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it regulates the gravity-driven soil movement induced by runoff and tillage activities. The recent application of Light Detection and Ranging (LiDAR) data holds promise for generating high spatial resolution topographic metrics that can be used to investigate soil property variability. In this study, fifteen topographic metrics derived from LiDAR data were used to investigate topographic impacts on redistribution of soil and spatial distribution of soil organic carbon (SOC). Specifically, we explored the use of topographic principal components (TPCs) for characterizing topography metrics and stepwise principal component regression (SPCR) to develop topography-based soil erosion and SOC models at site and watershed scales. Performance of SPCR models was evaluated against stepwise ordinary least square regression (SOLSR) models. Results showed that SPCR models outperformed SOLSR models in predicting soil redistribution rates and SOC density at different spatial scales. Use of TPCs removes potential collinearity between individual input variables, and dimensionality reduction by principal component analysis (PCA) diminishes the risk of overfitting the prediction models. This study proposes a new approach for modeling soil redistribution across various spatial scales. For one application, access to private lands is often limited, and the need to extrapolate findings from representative study sites to larger settings that include private lands can be important.

Landscape processes are critical components of soil formation and play important roles in determining soil properties and spatial structure in landscapes. We propose a new approach using stepwise principal component regression to predict soil redistribution and soil organic carbon across various spatial scales.

استخدام المكونات الرئيسية للارتقاء بمستوى نماذج الطبوغرافية لتعيين الكربون العضوي في التربة وإعادة توزيع الأراضي

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...

Estimation of Crystalline Cellulose Content of Plant Biomass using the Updegraff Method

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a significant role in plant growth and development by providing strength, rigidity, rate and direction of cell growth, cell shape maintenance, and protection from biotic and abiotic stressors. The cell wall is primarily composed of cellulose, lignin, hemicellulose and pectin. Recently plant cell walls have been targeted for the second-generation biofuel and bioenergy production. Specifically, the cellulose component of the plant cell wall is used for the production of cellulosic ethanol. Estimation of cellulose content of biomass is critical for fundamental and applied cell wall research. The Updegraff method is simple, robust, and the most widely used method for the estimation of crystalline cellulose content of plant biomass. The alcohol insoluble crude cell wall fraction upon treatment with Updegraff reagent eliminates the hemicellulose and lignin fractions. Later, the Updegraff reagent resistant cellulose fraction is subjected to sulfuric acid treatment to hydrolyze the cellulose homopolymer into monomeric glucose units. A regression line is developed using various concentrations of glucose and used to estimate the amount of the glucose released upon cellulose hydrolysis in the experimental samples. Finally, the cellulose content is estimated based on the amount of glucose monomers by colorimetric anthrone assay.

The Updegraff method is the most widely used method for the cellulose estimation. The main purpose of this demonstration is to provide a detailed Updegraff protocol for estimation of cellulose content in plant biomass samples.

تقدير محتوى السليلوز البلوري للكتلة الحيوية النباتية باستخدام طريقة Updegraff

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a ...