Name: a computational method to quantify fly circadian activity
Uploaded: 2017-10-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity at JoVE.com

ونحن ممتنون ستانيسﻻف لازوبولو للحصول على مساعدة مع محتوى الفيديو.

1-قياس يطير الحركة استخدام المورفولوجية نشاط رصد (السد) ملاحظة: لمزيد من التفاصيل، انظر المرجع 5.
<ol><li>تحضير الفردية يطير أنابيب مع الأغذية في نهاية واحدة والقطن على الآخر. ينبغي مختومة النهاية مع الطعام لمنع الطعام من الجفاف.
	وضع <ol><li>ز 5-6 من الأغذية ذبابة في كوب 50 مل. قطع الطعام إلى قطع صغيرة حتى يكون من السهل أن تذوب عليه.</li>
		<li>32 توصيل أنابيب زجاجية الفردية مع شريط المطاطي.</li>
		<li>تذوب المواد الغذائية في الكأس بالتدفئة في فرن ميكروويف لوقف س. 10-15 الميكروويف كل 5 s ويهز الكأس لضمان ذوبان متساوية من المواد الغذائية بعناية.</li>
		<li>بينما الغذاء لا يزال السائل، وضع أنابيب فردية معدّة في الكأس مع الغذاء. نقل الأنابيب صعودا ونزولاً حتى أنها تملأ على قدم المساواة-</li>
		<li>السماح الطعام يبرد وترسيخ لحوالي 1 حاء</li>
		<li>بعد الأغذية الصلبة، إزالة الأنابيب مع الغذاء من الكأس.</li>
		<li>ختم الجهة التي تحتوي على الأغذية باستخدام الشمع. أولاً، بعناية تنظيف أنبوب استخدام منشفة ورقية، ثم اضغط على الأنبوب ضد الشمع. بصريا التحقق من جودة الختم، وإذا لزم الأمر، كرر الختم مرة أخرى.</li>
		<li>إغلاق الطرف الآخر من الأنبوبة بالقطن؛ والقطن سوف تسمح بالهواء من خلال الذهاب بينما حفظ يطير مؤمنة في الأنبوب.</li>
	</ol></li> <li>مكان ذبابة واحدة في كل أنبوبة الفردية ووضع الأنابيب في السد.</li>
	شاشات <li>مكان في حاضنة تحافظ على درجة حرارة ثابتة والرطوبة. استناداً إلى التجربة، يحدد شروط الضوء/الظلام السليم كما يلي.
	<ol><li>لتجارب الضوء/الظلام إبقاء الذباب في دائرة الضوء/الظلام للتجربة كلها. لا تستخدم في اليوم الأول من القياسات في التحليل-</li>
		<li>لتجارب الظلام المستمر، أولاً إبقاء الذباب لمدة يومين في ظروف الضوء/الظلام الرائعة ومزامنة الساعات ثم قم بالتبديل إلى الظلام المستمر. لا تستخدم القياسات من أول يوم من الظلام المستمر في التحليل-</li>
	</ol></li> <li>جمع أربعة أيام على الأقل من البيانات التي يمكن استخدامها في التحليل- 
	ملاحظة: نظام السد سيتم إخراج ملف واحد مع تسجيل الحركة من الذباب جميع في جهاز العرض.</li>
</ol> 2. تحليل بيانات <ol><li>تقسيم الشاشة ملف الإخراج إلى ملفات نشاط ذبابة واحدة متعددة؛ ويجب أن يكون كل ملف عمود واحد &#39;.txt &#39; الملف مع مقياس الحركة يطير فردية.</li>
	<li>تشغيل &#39; ModelFitPS3.m &#39; وظيفة في نافذة أوامر Matlab مع معلمات الإدخال التالية: <ol><li>سامبلينجراتي، لتعيين الفاصل الزمني العينة البيانات في ثوان. على سبيل المثال، إذا تم قياس نشاط كل دقيقة، أدخل 60 كما سامبلينجراتي.</li>
		<li>بالنسبة bin_interval، تعيين الفاصل الزمني بالدقائق التي سيتم إهمال البيانات للتصور أفضل؛ والفاصل بن الموصى به 20-30 دقيقة</li>
		<li>الاتجاه، أدخل &#34; 1 &#34; إذا تبين البيانات اتجاه خط الأساس و &#34; 0 &#34; خلاف ذلك؛ وسوف ديترينديد البيانات مع الاتجاه أولاً عن طريق المناسب أمر ثان متعدد الحدود ثم طرح عليه من البيانات-</li>
	</ol></li> <li>في نافذة منبثقة، حدد ملف نشاط ذبابة واحدة. 
	ملاحظة: المؤامرة الأولى هي طيف الطاقة البيانات، وليس مؤامرة النشاط المألوفة. من الطيف السلطة المرسومة، تحديد الفترة الأولية تي 0: أما انقر بزر الماوس الأيمن في ذروة الإيقاعية، أو بالزر الأيمن للماوس على ذروة النغمة التوافقية الثانية (حول ر 0/2)-</li>
	<li>على الأرض فتح البيانات، تحقق من إذا الصباح والمساء قمم هي تصور جيد. إذا لم يكن كذلك، تغيير قيمة bin_interval بالحق النقر في أي مكان في الرسم البياني وإدخال قيمة جديدة في مربع الحوار bin_interval. البرنامج سيتم رسم البيانات مع القيمة الجديدة للفاصل الزمني. لقبول القيمة bin_interval، غادر انقر في أي مكان على الرسم البياني.</li>
	<li>البرنامج سيتم إعادة رسم البيانات مرة أخرى وإظهار الأيام الخمسة الأولى من النشاط. فوق هذه الأرض، في ذروة م الأولى التي سيتم استخدامها في التحليل (في بعض الأحيان من الضروري تخطي يوم واحد أو يومين)- 
	ملاحظة: هذا البرنامج سيتم رسم الرسم البياني ابتداء من الذروة صباح المنتقاة. خطوط زرقاء وحمراء وسوف تظهر الموضع التقريبي ه الذروة والذروة يوم م المقبل، على التوالي، استناداً إلى الفترة التي تم تحديدها في الخطوة 2، 4-</li>
	<li>على نفس الرسم البياني، اختر البيانات لتناسب أولية للبيانات مع النموذج: اضغط على النقاط التالية (في هذا الأمر؛ علما أن الموقع انقر فوق سيتم الإشارة إليها بنجمة حمراء على الجزء السفلي): الذروة (ط) "أعلى م"؛ (ثانيا) نهاية ذروة م؛ (ثالثا) بداية أوج ه؛ (رابعا) أعلى من أوج ه؛ (ت) نهاية أوج ه؛ (سادسا) أعلى ذروة اليوم التالي م.</li>
	<li>ملاحظة أن البرنامج يقدم الآن طيف الطاقة. 
	ملاحظة: يرد على محور x الآن في التردد.
	<ol><li>في النافذة المفتوحة مع طيف الطاقة، واختيار النقاط التي سيتم استخدامها لتركيب التعبير تحليلياً عن طيف الطاقة النموذجي. وشهدت الفترة اكتشفت في الخطوة 2، 4 هو مع خط أحمر. لاختيار أنسب نقاط، أولاً تحديد تقريبا الفترة الأولية، مشابهة إلى الخطوة 2، 4. ثم باستخدام شريط التمرير، تهذيب الفترة الأولية القيمة حيث يشير المناسب (سيظهر مع دوائر حمراء، سوف تظهر بعد تحريك مربع التمرير) مغلقة لقيم الذروة.</li>
	</ol></li> <li>بعد التحديد المرئي الذروة، انقر فوق &#34; قبول &#34; والبرنامج سوف يصلح النقاط المحددة مع التعبير التحليلي لحساب المعايير النموذجية-</li>
	<li>علما بأن المعلمات والطيفية خطأ صالح يتم حفظها إلى الملف &#34; model_fit_parameters.txtŔ البرنامج بالإضافة إلى ذلك سيتم حفظ الأرقام 2 مع يناسب البيانات الحركية ولها طيف الطاقة.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Pittendrigh, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+systems:+general+perspective.">Circadian systems: general perspective.</a> Biological Rhythms. II, 57-80 (1981).</li><li>Zhang, E. E., Kay, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clocks+not+winding+down:+unravelling+circadian+networks.">Clocks not winding down: unravelling circadian networks.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 11 (11), 764-776 (2010).</li><li>Tataroglu, O., Emery, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+ticks+of+the+Drosophila+circadian+clock.">The molecular ticks of the Drosophila circadian clock.</a> Curr Opin Insect Sci. 7, 51-57 (2015).</li><li>Plautz, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+Drosophila+period+gene+transcription+in+living+animals.">Quantitative analysis of Drosophila period gene transcription in living animals.</a> J Biol Rhythms. 12 (3), 204-217 (1997).</li><li>Chiu, J. C., Low, K. H., Pike, D. H., Yildirim, E., Edery, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+locomotor+activity+to+study+circadian+rhythms+and+sleep+parameters+in+Drosophila.">Assaying locomotor activity to study circadian rhythms and sleep parameters in Drosophila.</a> J Vis Exp. (43), e2157 (2010).</li><li>Helfrich-F&#246;rster, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+control+of+morning+and+evening+components+in+the+activity+rhythm+of+Drosophila+melanogaster--sex-specific+differences+suggest+a+different+quality+of+activity.">Differential control of morning and evening components in the activity rhythm of Drosophila melanogaster--sex-specific differences suggest a different quality of activity.</a> J Biol Rhythms. 15 (2), 135-154 (2000).</li><li>Dautzenberg, F. M., Neysari, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Irreversible+binding+kinetics+of+neuropeptide+Y+ligands+to+Y2+but+not+to+Y1+and+Y5+receptors.">Irreversible binding kinetics of neuropeptide Y ligands to Y2 but not to Y1 and Y5 receptors.</a> Pharmacology. 75 (1), 21-29 (2005).</li><li>Lazopulo, A., Syed, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mathematical+model+provides+mechanistic+links+to+temporal+patterns+in+Drosophila+daily+activity.">A mathematical model provides mechanistic links to temporal patterns in Drosophila daily activity.</a> BMC Neuroscience. 17 (1), 14 (2016).</li><li>Donelson, N., Kim, E. Z., Slawson, J. B., Vecsey, C. G., Huber, R., Griffith, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+positional+tracking+for+long-term+analysis+of+Drosophila+sleep+and+locomotion+using+the+&amp;#34;tracker&amp;#34;+program.">High-resolution positional tracking for long-term analysis of Drosophila sleep and locomotion using the &amp;#34;tracker&amp;#34; program.</a> PloS ONE. 7 (5), e37250 (2012).</li><li>Schlichting, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Neural+Network+Underlying+Circadian+Entrainment+and+Photoperiodic+Adjustment+of+Sleep+and+Activity+in+Drosophila.">A Neural Network Underlying Circadian Entrainment and Photoperiodic Adjustment of Sleep and Activity in Drosophila.</a> J Neurosci. 36 (35), 9084-9096 (2016).</li><li>Guo, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+neuron+feedback+controls+the+Drosophila+sleep-activity+profile.">Circadian neuron feedback controls the Drosophila sleep-activity profile.</a> Nature. 536 (7616), 292-297 (2016).</li></ol>

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

ويعرض هذا العمل إرشادات لاستخدام أداة حسابية التي توفر وصفاً كمياً لنمط الحركة يطير. الأداة تناسبها بيانات الحركة مع نموذج رياضي يتكون من أربع عبارات الأسى معا تصف بالشكل والحجم من قمم م وه. يتم الحصول على القيم النهائية لمعلمات نموذج من تركيب أطياف الطاقة للبيانات، حيث يمكن تجنب استخدام البيانات الخام أرتيفاكتوال الآثار التي يمكن أن تفرض البيانات binning أو تصفية على قيم المعلمة. يمكن استخدام معلمات النموذج ثم بمواصلة دراسة الحركة يطير والآليات التي تؤدي إلى قمم النشاط.
ويمكن تقييم نوعية التركيب بطريقتين: بالملاحظة البصرية طيف طاقة تناسب و باستخدام الخطأ المناسب (باقي مجموع المربعات) التي يتم حسابها جنبا إلى جنب مع المعلمات. واحدة من العوامل الرئيسية التي تؤثر نوعية تناسب هو تحديد فترة الإيقاعية T0 (الخطوة 2.8 من البروتوكول). هذه القيمة T0 يؤثر على تقدير قمم في معلمات الطيف ونموذج السلطة. خطوة رئيسية أخرى تؤثر نوعية تناسب اختيار نقطة البداية لتناسب أولية للبيانات (الخطوة 2.7 من البروتوكول)، منذ تيم وقيم Tه تم تعريفها من خلال هذا التحديد. يمكن للمستخدم استكشاف عدة نتائج تناسب باختيار أيام مختلفة من النشاط لتعريف تيم وره.
لدينا نموذج يركز على محاكاة السلوك الحركي وصفاً جيدا على مدار الساعة التي تسيطر مع قمم بارزة اثنين من النشاط. هذا السلوك الملاحظ في الضوء/الظلام وفي ظروف الظلام المستمر، مما يجعل النهج المطبقة على هذين النوعين من التجارب. ومع ذلك، النموذج لا تراعي في ضوء الاندفاع مدفوعة من النشاط ولوحظ في بعض التجارب الضوء/الظلام. قيد آخر ينشأ من استخراج المعلمات نموذج التي تتطلب إدخال المستخدم (خطوات 2.7 2.9 من البروتوكول). حيث يتم الحصول على معلمات تيمورهر0 من إدخال المستخدم، يجب أن يتم تحليل كل نشاط ذبابة يدوياً. بالإضافة إلى ذلك، من المستحسن استخدام الأسلوب مع الأنشطة الفردية بدلاً من السكان في المتوسط تسجيل، منذ إجراء حساب المتوسطات تخفي العديد من الاختلافات الفردية الهامة في الحركة يطير. رغم أنها قد تبدو مرهقة لعدد كبير من الذباب، من خلال تحليل الأنشطة يطير على حدة، يحصل المستخدم على قيمة المعلومات الإحصائية حول درجة تباين المعلمة داخل مجموعة من الحيوانات. للتغاضي عن هذه الفوائد، من الممكن لتوليد الحركة يطير من السكان في المتوسط وتحليلها للحصول على قيم المعلمات متوسط.
النموذج المستخدم في هذا العمل نسخة محسنة من الموجي من جهودنا البحثية السابقة8. وخلافا للنموذج السابق، فقد المعلمات منفصلة لمرتفعات ذروة م وه، حم وحه، على التوالي. ويبين النموذج الجديد كما هو متوقع اتفاق أفضل مع بيانات نشاط الطيران، منذ الصباح والمساء قمم وعادة ما يكون ارتفاعات مختلفة.
لا يقتصر هذا التحليل أن يطير الحركة تقاس بتقنية الأشعة تحت الحمراء. أساليب أخرى، مثل الفيديو-تتبع، وإنتاج أنماط مشابهة للنشاط اليومي يطير مع قمم م وه عرض ديناميات الأسية ل صعود واضمحلال9. يمكن تطبيق الأداة مناقشتها هنا سهولة هذه مجموعات البيانات البديلة، وكذلك.
الطريقة التي تمت مناقشتها هنا يوضحها تسجيلات الحركي يطير بهدف ربط المخرجات السلوكية يطير إلى الآليات الأساسية التي تنظم السلوك اليومي والتحكم في نمط النشاط ثنائي الصيغة. عدة دراسات أجريت مؤخرا بهدف تحديد الخلايا العصبية وركائز هذا الشكل م ونشاط ه قمم10،11. المحققون التلاعب بها نشاط بعض الجماعات العصبية وتحليل دورها في تشكيل الذروة المسائية بمراقبة التغييرات في مرحلة الذروة ه والارتفاع. في نموذجنا، يحدد معلمات حه أوج ه الذروة، تيه يعطي عرض الذروة، والمعلمات بER وباد وصف الشكل ذروة. كما ورد في المرجع8، في سياق بيوكيميائية حه قد تشير إلى قياس مستويات neuropeptides صندوق التوفير الوطني و ITP، بينما قد تمثل بER وباد معدلات الإفراج عنهم والتدهور. معا، ويمكن أن تكون هذه المعلمات المستخدمة في المستقبل دراسات لتحسين الاتصال السلوك يطير مع نيورومودولاتوري إشارة، نحو وصف متكامل لأنماط ثنائي الصيغة في إيقاعات الحركي يطير.

على مدار الساعة الإيقاعية مذبذب بيوكيميائية ذاتية مع فترة من حوالي 24 ساعة وفي كل مكان تقريبا في الحيوانات والنباتات1،2. ويساعد على مدار الساعة مزامنة العمليات الداخلية للكائن الحي والسلوك بدوره الظلام الضوء الخارجي. ودرست التركيبة الجينية لعقارب الساعة الإيقاعية منذ الستينات على نطاق واسع باستخدام ذبابة الفاكهة، ميلانوجاستير دال. في هذه الحشرة، جوهر على مدار الساعة الإيقاعية يتكون من أربعة من البروتينات: الفترة والخالدة، وعلى مدار الساعة، ودورة. وتشكل هذه المكونات الأساسية جنبا إلى جنب مع جزيئات أخرى حلقة التغذية مرتدة التي تنتج ذبذبات جيبية ما يقرب من ساعة الجينات3،4. الساعة الإيقاعية في الذباب هو درس على نطاق واسع باستخدام تسجيلات الحركي multiday حيث تم الكشف عن نشاط الطيران مع شعاع أشعة تحت حمراء واحد معبر في منتصف الأنبوب الفردية5. ذبابة نموذجية تسجيل لديها نمط ثنائي الصيغة معقدة مع قمم كذلك متميزين هما: الذروة صباح (م) الذي يبدأ في نهاية الليل وتم كحد أقصى عند تشغيل أضواء؛ والمساء الذروة (ه) أن يبدأ في نهاية اليوم وقد كحد أقصى عند إيقاف الأضواء6. من المثير للاهتمام، على شكل مثل هذا التسجيل السلوكية يختلف كثيرا عن الذبذبات جيبية بسيطة يلاحظ على المستوى الجزيئي، مما يوحي عمل آليات إضافية للمساهمة في الأنماط الزمانية الملاحظة. لفهم أفضل لهذه الآليات الخفية، قمنا بتطوير أداة حسابية يوفر وصفاً كمياً للأنماط الزمانية.
في عملنا، تعرف إيقاعات الحركي من حيث الموجي الذي يحاكي نمط النشاط يطير. حيث لا يمكن استخدام موجات جيبية بسيطة نموذج الإيقاعي التغييرات الملحوظة في النشاط، قمنا باختبار مختلف الأشكال إشارة اختيار واحد أبسط من أن يلتقط جميع السمات البارزة في التسجيلات. يتم التحكم بسلوك الإيقاعية ذبابة الفاكهة بنشاط الخلايا العصبية على مدار الساعة التي غالباً ما تكون أنماط الأسية ل التفعيل والتعطيل7. ديناميات الأسى والتحليل البصري للبيانات دفعتنا إلى بناء نموذج مع عبارات الأسى تتألف من الدعاة الأربعة مع تسعة معايير مستقلة وتشبه نمط النشاط يطير8. بالإضافة إلى البيانات الحركية، ونحن نحلل أيضا طيف الطاقة. يظهر الطيف نشاط ذبابة نموذجي قمم متعددة التوافقيات ر02، 3 ر0، إلخ، بالإضافة إلى الذروة الأساسية المتوقعة في فترة الإيقاعية ر0. ووفقا لنظرية فورييه، تنتج فقط موجه جيبية نقية ذروة واحدة في أطياف الطاقة، بينما تظهر أكثر تعقيداً من الطول الموجي قمم متعددة الأطياف في التوافقيات للفترة الأولية (الشكل 1). ولذلك، نظراً لنمط الزمانية غير الجيبية في نشاط الطيران8، طيف طاقة الذروة متعددة من البيانات المتوقع رياضيا ولا تعني بالضرورة وجود فترات متعددة من التذبذب. الأهم من ذلك، يظهر طيف الطاقة الموجي النموذج المقترح أيضا قمم في جميع التوافقيات للفترة الأولية، مماثلة للتسجيلات الحركي يطير، مما يؤكد عالية الدقة التي يصف نموذجنا يطير البيانات في الوقت المناسب وفي تواتر.
في قرارات الوقت لبضع دقائق أو أقل، ونشاط ذبابة تظهر بيانات صاخبة، مما يجعل من الصعب على استخراج المعلمات مباشرة من البيانات الخام. Binning البيانات في فواصل زمنية أطول يمكنك تقليل مستوى الضوضاء، ولكن، يمكن تغيير البيانات بطرق يمكن أن تؤثر على تقدير معلمات النموذج. أننا لذلك الحصول على المعلمات من أطياف الطاقة من التسجيلات، استخدام تعبير تحليلي لأطياف الطاقة المتوقعة المحسوبة من تحويل فورييه ل الدالة نموذج8 (انظر ملف إضافي 1 للمرجع8). هذا النهج للحصول على المعلمات من أطياف الطاقة تعطي قيم المعلمة دقيقة دون أي تلاعب إضافية، مثل binning أو تصفية البيانات الخام النشاط. تفاصيل رياضية نموذجية والتطبيقات للبيانات من نوع البرية ومتحولة موصوفة في مرجع8. المقدمة هنا يركز البروتوكول على التعليمات خطوة بخطوة لاستخدام الأداة الحسابية.

<table><tbody><tr><td>Drosophila Activity Monitor</td><td>TriKinetics</td><td>DAM2, DAM5</td><td>Measures fly locootion using single infrared beam</td></tr><tr><td>MatLab</td><td>Mathworks</td><td></td><td>Computing environment and programming language, MatLab should include Optimization and Symbolic Math toolboxes</td></tr><tr><td>Drosophila melanogaster&amp;nbsp;</td><td></td><td>per[S], per[L], iso31(wild type)</td><td>Our analysis can be performed with fly mutants of any circadian period</td></tr></tbody></table>

a computational method to quantify fly circadian activity

وفي معظم الحيوانات والنباتات، الساعات الإيقاعية تنسق العمليات الجزيئية والسلوكية ومزامنتها بدوره الضوء الظلام اليومية. الآليات الأساسية التي تكمن وراء هذا التحكم الزمني هي دراسة على نطاق واسع باستخدام ذبابة الفاكهة melanogaster المورفولوجية ككائن نموذج. في الذباب، عادة هو درس على مدار الساعة من خلال تحليل تسجيل الحركي multiday. هذا تسجيل يظهر نمط ثنائي الصيغة معقدة مع اثنين من قمم النشاط: ذروة صباح اليوم الذي يحدث حول الفجر، وذروة مساء الذي يحدث حول الغسق. تشكل معا هذه القمم اثنين الموجي الذي يختلف كثيرا عن ذبذبات جيبية الملاحظ في الجينات على مدار الساعة، مما يوحي بأن آليات بالإضافة إلى عقارب الساعة آثاراً عميقة في إنتاج أنماط الملاحظ في البيانات السلوكية. هنا ونحن توفر إرشادات حول استخدام أسلوب حسابي وضعت مؤخرا أن رياضيا ويصف أنماط الزمانية في نشاط الطيران. الأسلوب الذي يناسب بيانات النشاط مع الموجي نموذجي يتكون من أربع عبارات الأسى وتسع معلمات المستقلة التي تصف تماما في الشكل وحجم صباح والمساء قمم النشاط. معلمات المستخرجة يمكن أن تساعد في توضيح الآليات الحركية من ركائز التي تكمن وراء أنماط النشاط ثنائي الصيغة عادة الملاحظ في إيقاعات الحركي يطير.

الطريقة المعروضة هنا يسمح التحديد الكمي للسمات الرئيسية في نمط الحركة يطير. ويتحقق القياس الكمي باحتواء البيانات المتعلقة بالنشاط مع نموذج الذي يتكون من أربع عبارات الأسى:
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/55977/55977eq1.jpg">
النموذج يحتوي على معلمات المستقلة التسعة التي تصف نمط النشاط. تعريف معلمات بMD،بMR، وباد،وبER معدلات تسوس صباح (MD)، ارتفاعا صباح اليوم (السيد)، المساء تسوس (اد)، وارتفاع مساء (ER)، على التوالي. معلمة T0 يحدد الفترة الإيقاعية وتيم وتيه تعريف عرض قمم م وه حم وحه تعريف مرتفعات القمم م وه.
يتم الحصول على قيم المعلمات من البيانات لم يتم تصفيتها في بضع خطوات (الشكل 2). أولاً، يتم تحديد فترة الإيقاعية من طيف الطاقة النشاط (الخطوة 2، 4 من البروتوكول). ثم، يتم استخراج قيم المعلمات الأولية من الحركة التسجيل عن طريق المناسب فإنه مع F(t) (خطوات 2.5 2.6 من البروتوكول). هذه القيم بمثابة guess الأولية لتركيب طيف الطاقة البيانات مع تعبير تحليلية المستمدة في8 (ملف إضافي 1 في المرجع8) بأخذ تحويل فورييه من F(t):
<img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/55977/55977eq2.jpg">
حيث Tn = T0/n، مع n = 1,2,3... وهو T0 فترة الإيقاعية (خطوات 2.7 2.8 من البروتوكول). باستخدام تناسب الطيفية، يتم استخراج المعلمات نموذج من الحركة يطير دون تصفية أو binning. تركيب طيف الطاقة تنتج القيم النهائية لمعلمات النموذج، التي تستخدم فيما بعد لبناء الشكل النهائي F(t)، أي، ونموذج ليطير إيقاعات الحركي.
في النموذج، يمكن المعلمات ب أما سلبية أو إيجابية، والتي تعكس الانحناء لعبارات الأسى المطابق. المعلمات بMD وبER إيجابية عندما تكون الدعاة محدب والسلبية الدعاة مقعرة، بينما المعلمات بMR وباد إيجابية عندما الدعاة مقعرة والسلبية عند الأساسات محدبة. بشكل عام، للدعاة يصف ذروة م، يشير إلى الزيادة في المعلمات ب أبطأ ارتفاع أو الانحلال، للدعاة يصف أوج ه، يشير إلى الزيادة في معلمات ب أسرع من ارتفاع أو الانحلال.
ويبين الشكل 3 أمثلة ليناسب التي حصلت عليها هذه الخوارزمية. يتم تركيبها الذري الطيفي T0 والتوافقيات من 2 ر0ر010 (الشكل 3A). أخرى التوافقيات عادة مرتفعات أقل من مستوى الأهمية 0.05 وذلك لا تستخدم في التحليل. يتم استخدام المعلمات التي تم الحصول عليها من احتواء الطيفية لبناء نموذج للحركة يطير (الشكل 3B، الأحمر). يعمل الأسلوب للنوع المتوحش الذباب (الشكل 3، لوحات أعلى) وطفرات الإيقاعية مع تغيير طول الفترة (الشكل 3، لوحات الأوسط والسفلي). لاتصالات بين نموذج والبيولوجيا الأساسية وأمثلة إضافية، الرجوع إلى لازوبولو وآخرون. 8 يتم حفظ نتائج من الإجراء المناسب إلى ملف بالترتيب التالي: بMD،بMR،بER،باد، ر0،/Tمر0, Tه /T0، حم، حه (الجدول 1). كما يحفظ البرنامج إلى ملف الإخراج الخطأ المناسب لتناسب الطيفية، 'خطأ'، الذي يحسب كمجموع المربعات من المخلفات (باقي مجموع المربعات) تطبيع بمربع الحد أقصى طيف الطاقة البيانات.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55977/55977fig1.jpg"> 
الشكل 1 . السلطة أطياف مختلفة الطول الموجي. ووفقا لنظرية فورييه، يظهر فقط موجه جيبية ذروة واحدة في قطاع طاقة، بينما الطول الموجي أكثر تعقيداً، مثل موجه مربعة أو مسننة، تظهر قمم إضافية في التوافقيات للفترة الأولية. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55977/55977fig1large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55977/55977fig2.jpg"> 
الشكل 2 . التمثيل التخطيطي خوارزمية استخراج المعلمة- يتم الحصول على قيم المعلمة الأخيرة من المناسب طيف الطاقة. منذ الإجراء المناسب الذي يمكن أن تكون حساسة لابتداء من القيم، الخوارزمية يستخدم القيم الأولية المحسوبة من بيانات الحركة والاستكمال في استخدام الطيف السلطة. يتم استخدام قيم المعلمة النهائية لبناء F(t) التي تصف البيانات. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55977/55977fig2large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55977/55977fig3.jpg"> 
الشكل 3 . نتائج تمثيلية للطريقة التي يوضحها يطير الحركة باستخدام نموذج الموجي. (A) معلمات النموذج يتم استخراجها من المناسب قمم العشرة الأولى من طيف الطاقة. (ب) يتم استخدام المعلمات التي يتم الحصول عليها لبناء نموذج للنشاط. يمكن تطبيق الأسلوب إلى نوع البرية الذباب (لوحات العلوي) أو طفرات قصيرة (لوحات الأوسط) والطويل (الألواح السفلي) circadian إيقاعات. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55977/55977fig3large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>يطير الوراثي</td>
			<td>بMD (1/دقيقة)</td>
			<td>بالسيد (1/دقيقة)</td>
			<td>باد (1/دقيقة)</td>
			<td>بER (1/دقيقة)</td>
			<td>T0 (دقيقة)</td>
			<td>تيم/T0</td>
			<td>تيه/T0</td>
			<td>حم</td>
			<td>حه</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>نوع البرية</td>
			<td>0.0094</td>
			<td>0.2077</td>
			<td>-0.0383</td>
			<td>0.0606</td>
			<td>1438</td>
			<td>0.1528</td>
			<td>0.0833</td>
			<td>5.2238</td>
			<td>8.7185</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>المسخ الإيقاعية قصيرة</td>
			<td>0.015</td>
			<td></td></tr></tbody></table>> 0.0086
			<td>0.5353</td>
			<td>0.0227</td>
			<td>1130</td>
			<td>0.1404</td>
			<td>0.2632</td>
			<td>6.5481</td>
			<td>7.3757</td>
		
		<tr>
			<td>المسخ الإيقاعية منذ فترة طويلة</td>
			<td>0.0069</td>
			<td>0.0151</td>
			<td>0.1035</td>
			<td>0.9238</td>
			<td>1701</td>
			<td>0.2299</td>
			<td>0.2644</td>
			<td>7.2541</td>
			<td>3.415</td>
		</tr>
	

الجدول 1. مثال لمعلمات المستخرجة من تركيب أطياف الطاقة هو مبين في الشكل 3. البرنامج بإخراج قيم المعلمة النهائية للملف "model_parameters.txt" كما هو موضح في الجدول.

Watch this Scientific Journal Video about A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity at JoVE.com

A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity

طريقة حسابية لقياس النشاط الإيقاعية يطير

وتقدم طريقة لقياس السمات الزمنية الرئيسية ينظر في إيقاعات الحركية الإيقاعية يطير. ويتحقق القياس الكمي باحتواء النشاط يطير مع الموجي نموذج متعدد حدودي. تصف معلمات النموذج بالشكل وحجم صباح والمساء قمم النشاط اليومي.

In most animals and plants, circadian clocks orchestrate behavioral and molecular processes and synchronize them to the daily light-dark cycle. ...

a-computational-method-to-quantify-fly-circadian-activity

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Behavior

5.9K Views.  University of Miami. وتقدم طريقة لقياس السمات الزمنية الرئيسية ينظر في إيقاعات الحركية الإيقاعية يطير. ويتحقق القياس الكمي باحتواء النشاط يطير مع الموجي نموذج متعدد حدودي. تصف معلمات النموذج بالشكل وحجم صباح والمساء قمم النشاط اليومي.

Video: A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity

Assaying Locomotor Activity to Study Circadian Rhythms and Sleep Parameters in Drosophila

Most life forms exhibit daily rhythms in cellular, physiological and behavioral phenomena that are driven by endogenous circadian (&equiv;24 hr) pacemakers or clocks. Malfunctions in the human circadian system are associated with numerous diseases or disorders. Much progress towards our understanding of the mechanisms underlying circadian rhythms has emerged from genetic screens whereby an easily measured behavioral rhythm is used as a read-out of clock function. Studies using Drosophila have made seminal contributions to our understanding of the cellular and biochemical bases underlying circadian rhythms. The standard circadian behavioral read-out measured in Drosophila is locomotor activity. In general, the monitoring system involves specially designed devices that can measure the locomotor movement of Drosophila. These devices are housed in environmentally controlled incubators located in a darkroom and are based on using the interruption of a beam of infrared light to record the locomotor activity of individual flies contained inside small tubes. When measured over many days, Drosophila exhibit daily cycles of activity and inactivity, a behavioral rhythm that is governed by the animal's endogenous circadian system. The overall procedure has been simplified with the advent of commercially available locomotor activity monitoring devices and the development of software programs for data analysis. We use the system from Trikinetics Inc., which is the procedure described here and is currently the most popular system used worldwide. More recently, the same monitoring devices have been used to study sleep behavior in Drosophila. Because the daily wake-sleep cycles of many flies can be measured simultaneously and only 1 to 2 weeks worth of continuous locomotor activity data is usually sufficient, this system is ideal for large-scale screens to identify Drosophila manifesting altered circadian or sleep properties.

Assaying Locomotor Activity to Study Circadian Rhythms and Sleep Parameters in Drosophila

We describe procedures for recording daily locomotor activity rhythms of Drosophila and subsequent data analysis. Locomotor activity rhythms are a reliable behavioral output of animal circadian clocks and are used as the standard readout of clock function when studying circadian mutants or examining how the environment regulates the circadian system.

يعاير نشاط الحركي لدراسة ايقاعات كل يوم والمعلمات في النوم ذبابة الفاكهة</em

Most life forms exhibit daily rhythms in cellular, physiological and behavioral phenomena that are driven by endogenous circadian (&equiv;24 hr) ...

Neuroscience

Measuring Circadian and Acute Light Responses in Mice using Wheel Running Activity

Circadian rhythms are physiological functions that cycle over a period of approximately 24 hours (circadian- circa: approximate and diem: day)1, 2. They are responsible for timing our sleep/wake cycles and hormone secretion. Since this timing is not precisely 24-hours, it is synchronized to the solar day by light input. This is accomplished via photic input from the retina to the suprachiasmatic nucleus (SCN) which serves as the master pacemaker synchronizing peripheral clocks in other regions of the brain and peripheral tissues to the environmental light dark cycle3-7. The alignment of rhythms to this environmental light dark cycle organizes particular physiological events to the correct temporal niche, which is crucial for survival8. For example, mice sleep during the day and are active at night. This ability to consolidate activity to either the light or dark portion of the day is referred to as circadian photoentrainment and requires light input to the circadian clock9. Activity of mice at night is robust particularly in the presence of a running wheel. Measuring this behavior is a minimally invasive method that can be used to evaluate the functionality of the circadian system as well as light input to this system. Methods that will covered here are used to examine the circadian clock, light input to this system, as well as the direct influence of light on wheel running behavior.

This article will review methods that can be used to determine circadian function and light responsiveness in mice.

قياس ردود الإيقاعية الخفيفة والحادة في الفئران باستخدام نشاط عجلة دوارة

Circadian rhythms are physiological functions that cycle over a period of approximately 24 hours (circadian- circa: approximate and diem: day)1, 2.  They ...

Quantitative Measurement of the Immune Response and Sleep in Drosophila

A complex interaction between the immune response and host behavior has been described in a wide range of species. Excess sleep, in particular, is known to occur as a response to infection in mammals 1 and has also recently been described in Drosophila melanogaster2. It is generally accepted that sleep is beneficial to the host during an infection and that it is important for the maintenance of a robust immune system3,4. However, experimental evidence that supports this hypothesis is limited4, and the function of excess sleep during an immune response remains unclear. We have used a multidisciplinary approach to address this complex problem, and have conducted studies in the simple genetic model system, the fruitfly Drosophila melanogaster. We use a standard assay for measuring locomotor behavior and sleep in flies, and demonstrate how this assay is used to measure behavior in flies infected with a pathogenic strain of bacteria. This assay is also useful for monitoring the duration of survival in individual flies during an infection. Additional measures of immune function include the ability of flies to clear an infection and the activation of NF&kappa;B, a key transcription factor that is central to the innate immune response in Drosophila. Both survival outcome and bacterial clearance during infection together are indicators of resistance and tolerance to infection. Resistance refers to the ability of flies to clear an infection, while tolerance is defined as the ability of the host to limit damage from an infection and thereby survive despite high levels of pathogen within the system5. Real-time monitoring of NF&kappa;B activity during infection provides insight into a molecular mechanism of survival during infection. The use of Drosophila in these straightforward assays facilitates the genetic and molecular analyses of sleep and the immune response and how these two complex systems are reciprocally influenced.

Quantitative Measurement of the Immune Response and Sleep in Drosophila

To understand a link between the immune response and behavior, we describe a method to measure locomotor behavior in Drosophila during bacterial infection as well as the ability of flies to mount an immune response by monitoring survival, bacterial load, and real-time activity of a key regulator of innate immunity, NF&kappa;B.

قياس كمية الاستجابة المناعية والنوم في<em&gt; ذبابة الفاكهة</em

A complex interaction between the immune response and  host behavior has been described in a wide range of species. Excess sleep, in  particular, is known ...

Immunology and Infection

Determination of the Spontaneous Locomotor Activity in Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster has been used as an excellent model organism to study environmental and genetic manipulations that affect behavior. One such behavior is spontaneous locomotor activity. Here we describe our protocol that utilizes Drosophila population monitors and a tracking system that allows continuous monitoring of the spontaneous locomotor activity of flies for several days at a time. This method is simple, reliable, and objective and can be used to examine the effects of aging, sex, changes in caloric content of food, addition of drugs, or genetic manipulations that mimic human diseases.

Determination of the Spontaneous Locomotor Activity in Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster are useful in studying genetic or environmental manipulations that affect behaviors such as spontaneous locomotor activity.&#160; Here we describe a protocol that utilizes monitors with infrared beams and data analysis software to quantify spontaneous locomotor activity.&#160;

تحديد العفوي الحركي آخر في<em&gt; ذبابة الفاكهة السوداء البطن</em

Drosophila melanogaster has been used as an excellent model organism to study environmental and genetic manipulations that affect behavior. One such ...

A Low-cost Method for Analyzing Seizure-like Activity and Movement in Drosophila

Video tracking systems have been used widely to analyze Drosophila melanogaster movement and detect various abnormalities in locomotive behavior. While these systems can provide a wealth of behavioral information, the cost and complexity of these systems can be prohibitive for many labs. We have developed a low-cost assay for measuring locomotive behavior and seizure movement in D. melanogaster. The system uses a web-cam to capture images that can be processed using a combination of inexpensive and free software to track the distance moved, the average velocity of movement and the duration of movement during a specified time-span. To demonstrate the utility of this system, we examined a group of D. melanogaster mutants, the Bang-sensitive (BS) paralytics, which are 3-10 times more susceptible to seizure-like activity (SLA) than wild type flies. Using this novel system, we were able to detect that the BS mutant bang senseless (bss) exhibits lower levels of exploratory locomotion in a novel environment than wild type flies. In addition, the system was used to identify that the drug metformin, which is commonly used to treat type II diabetes, reduces the intensity of SLA in the BS mutants.

A Low-cost Method for Analyzing Seizure-like Activity and Movement in Drosophila

Using a webcam and a combination of free and inexpensive software programs, locomotive patterns in Drosophila melanogaster can be analyzed to detect differences in the speed, distance, and time of various motor activities.

وهناك طريقة منخفضة التكلفة لتحليل مثل الاستيلاء آخر والحركة في<em&gt; ذبابة الفاكهة</em

Video tracking systems have been used widely to analyze Drosophila melanogaster movement and detect various abnormalities in locomotive behavior. While ...

Single-cell Resolution Fluorescence Live Imaging of Drosophila Circadian Clocks in Larval Brain Culture

The circadian pacemaker circuit orchestrates rhythmic behavioral and physiological outputs coordinated with environmental cues, such as day/night cycles. The molecular clock within each pacemaker neuron generates circadian rhythms in gene expression, which underlie the rhythmic neuronal functions essential to the operation of the circuit. Investigation of the properties of the individual molecular oscillators in different subclasses of pacemaker neurons and their interaction with neuronal signaling yields a better understanding of the circadian pacemaker circuit. Here, we present a time-lapse fluorescent microscopy approach developed to monitor the molecular clockwork in clock neurons of cultured Drosophila larval brain. This method allows the multi-day recording of the rhythms of genetically encoded fluorescent circadian reporters at single-cell resolution. This setup can be combined with pharmacological manipulations to closely analyze real-time response of the molecular clock to various compounds. Beyond circadian rhythms, this multipurpose method in combination with powerful Drosophila genetic techniques offers the possibility to study diverse neuronal or molecular processes in live brain tissue.

Single-cell Resolution Fluorescence Live Imaging of Drosophila Circadian Clocks in Larval Brain Culture

The goal of this protocol is to establish ex vivo Drosophila larval brain culture optimized to monitor circadian molecular rhythms with long-term fluorescence time-lapse imaging. The application of this method to pharmacological assays is also discussed.

Fluorescence القرار خلية واحدة تعيش تصوير ساعات الإيقاعية المورفولوجية في الدماغ اليرقات الثقافة

The circadian pacemaker circuit orchestrates rhythmic behavioral and physiological outputs coordinated with environmental cues, such as day/night cycles. ...

The Sleep Nullifying Apparatus: A Highly Efficient Method of Sleep Depriving Drosophila

Sleep homeostasis, the increase in sleep observed following sleep loss, is one of the defining criteria used to identify sleep throughout the animal kingdom. As a consequence, sleep deprivation and sleep restriction are powerful tools that are commonly used to provide insight into sleep function. Nonetheless, sleep deprivation experiments are inherently problematic in that the deprivation stimulus itself may be the cause of observed changes in physiology and behavior. Accordingly, successful sleep deprivation techniques should keep animals awake and, ideally, result in a robust sleep rebound without also inducing a large number of unintended consequences. Here, we describe a sleep deprivation technique for Drosophila melanogaster. The Sleep Nullifying Apparatus (SNAP) administers a stimulus every 10s to induce negative geotaxis. Although the stimulus is predictable, the SNAP effectively prevents &#62;95% of nighttime sleep even in flies with high sleep drive. Importantly, the subsequent homeostatic response is very similar to that achieved using hand-deprivation. The timing and spacing of the stimuli can be modified to minimize sleep loss and thus examine non-specific effects of the stimulus on physiology and behavior. The SNAP can also be used for sleep restriction and to assess arousal thresholds. The SNAP is a powerful sleep disruption technique that can be used to better understand sleep function.

The Sleep Nullifying Apparatus: A Highly Efficient Method of Sleep Depriving Drosophila

Sleep deprivation is a powerful tool to investigate sleep function and regulation. We describe a protocol to sleep deprive Drosophila using the Sleep Nullifying Apparatus, and to determine the extent of rebound sleep induced by deprivation.

جهاز إبطال النوم: طريقة فعالة للغاية لحرمان الدروزوفيلا من النوم

Sleep homeostasis, the increase in sleep observed following sleep loss, is one of the defining criteria used to identify sleep throughout the animal ...

Measurement of Larval Activity in the Drosophila Activity Monitor

Drosophila larvae are used in many behavioral studies, yet a simple device for measuring basic parameters of larval activity has not been available. This protocol repurposes an instrument often used to measure adult activity, the TriKinetics Drosophila activity monitor (MB5 Multi-Beam Activity Monitor) to study larval activity. The instrument can monitor the movements of animals in 16 individual 8 cm glass assay tubes, using 17 infrared detection beams per tube. Logging software automatically saves data to a computer, recording parameters such as number of moves, times sensors were triggered, and animals&#8217; positions within the tubes. The data can then be analyzed to represent overall locomotion and/or position preference as well as other measurements. All data are easily accessible and compatible with basic graphing and data manipulation software. This protocol will discuss how to use the apparatus, how to operate the software and how to run a larval activity assay from start to finish.

Measurement of Larval Activity in the Drosophila Activity Monitor

This report describes a method for measuring Drosophila larval activity using the TriKinetics Drosophila Activity Monitor. The device employs infrared beams to detect movements of up to 16 individual animals. Data can be analyzed to represent motion parameters including rates and the positions of the animals within the assay chambers.

قياس اليرقات آخر في<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; مراقبة النشاط

Drosophila larvae are used in many behavioral studies, yet a simple device for measuring basic parameters of larval activity has not been available. This ...

Biology

Analysis of Circadian Photoresponses in Drosophila Using Locomotor Activity

Circadian rhythms are only beneficial to animals if they can be synchronized by changes of ambient conditions. Light and temperature are two dominant environmental parameters that synchronize animal circadian clocks. In Drosophila circadian photo-responses are mediated by a solely blue light photoreceptor named CRYPTOCHROME (CRY). Upon photoreception, CRY changes its conformation and initiates the proteosomal dependent degradation of TIMELESS (TIM). TIM is an important pacemaker protein, thus degradation of TIM will reset the circadian clock. Under constant light conditions (LL), wild type flies quickly become arrhythmic because of the constant degradation of TIM, while flies bearing defects with circadian photo-responses will still be rhythmic. Thus LL triggered arrhythmicity has been used for screening of components in circadian light input pathways. A brief short light pulse in the night can also dramatically shift phases of circadian rhythms. As expected, this phase shift response is reduced in flied with defects in circadian photoresponse. Thus analyzing locomotion behavior rhythmicity under LL or phase changes after short light pulse in constant darkness (DD) are two major methods to study circadian photoresponse. Here we describe how to design and analyze LL and phase response experiments. LL arrhythmicity is suitable for screening light input pathways mutants, whereas phase response validates the results and provide further information for light sensitivity.

Drosophila locomotor activity is a robust and quantitative measurement of circadian photo-responses. We describe protocols for designing behavior experiments for circadian photo-responses and analyzing the data. Studying the circadian photo-responses is important for dissecting the neuronal and molecular mechanisms of light entrainment.

Circadian rhythms are only beneficial to animals if they can be synchronized by changes of ambient conditions. Light and temperature are two dominant ...

Circadian Entrainment of Drosophila Melanogaster

Nearly universal among organisms, circadian rhythms coordinate biological activity to earth&#39;s orbit around the sun. To identify factors creating this rhythm and to understand the resulting outputs, entrainment of model organisms to defined circadian time-points is required. Here we detail a procedure to entrain many Drosophila to a defined circadian rhythm. Furthermore, we detail post-entrainment steps to prepare samples for immunofluorescence, nucleic acid, or protein extraction-based analysis.

Here, we detail how to synchronize Drosophila to a circadian day. This is the first, and most important step necessary for studying biological rhythms and chronobiology.

Circadian Entrainment من دروسوفيليا ميلانوغاستر

Nearly universal among organisms, circadian rhythms coordinate biological activity to earth&#39;s orbit around the sun. To identify factors creating this ...

طريقة حسابية لقياس النشاط الإيقاعية يطير

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

يعاير نشاط الحركي لدراسة ايقاعات كل يوم والمعلمات في النوم ذبابة الفاكهة

قياس ردود الإيقاعية الخفيفة والحادة في الفئران باستخدام نشاط عجلة دوارة

قياس كمية الاستجابة المناعية والنوم في

تحديد العفوي الحركي آخر في

وهناك طريقة منخفضة التكلفة لتحليل مثل الاستيلاء آخر والحركة في

Fluorescence القرار خلية واحدة تعيش تصوير ساعات الإيقاعية المورفولوجية في الدماغ اليرقات الثقافة

جهاز إبطال النوم: طريقة فعالة للغاية لحرمان الدروزوفيلا من النوم

قياس اليرقات آخر في

Analysis of Circadian Photoresponses in Drosophila Using Locomotor Activity

Circadian Entrainment من دروسوفيليا ميلانوغاستر