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Standardized Method for High-throughput Sterilization of Arabidopsis Seeds

Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) seedlings often need to be grown on sterile media. This requires prior seed sterilization to prevent the growth of ...

The Ohio State University

&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x53CD;&#x6620;&#x4E86;&#x5176;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x5386;&#x53F2;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5F71;&#x54CD;&#x5176;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x8F68;&#x8FF9;&#x3002;&#x5B83;&#x9650;&#x5236;&#x4E86;&#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x548C;&#x63ED;&#x793A;&#x8FC7;&#x53BB;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x52A8;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x4E86;&#x89E3;&#x5B83;&#x662F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x9009;&#x62E9;&#x4E0B;&#x7684;&#xFF0C;&#x9884;&#x6D4B;&#x4EBA;&#x53E3;&#x6270;&#x52A8;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x6216;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x52A8;&#x7684;&#x524D;&#x63D0;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x672C;&#x6587;&#x7814;&#x7A76;&#x4E86;&#x62DF;&#x5357;&#x82A5;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E00;&#x5957; 5,707 &#x690D;&#x7269;&#x4ECE;&#x5728;&#x5168;&#x7403;&#x8303;&#x56F4;&#x5185;&#x6536;&#x96C6;&#x548C;&#x5728; 149 &#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E; A.&#x5357;&#x82A5;&#x540C;&#x65F6;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD; self-fertilizes 97%&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#xFF0C;&#x6709;&#x672C;&#x5730;&#x7EC4;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5DEE;&#x522B;&#x5F88;&#x5927;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x5F02;&#x4EA4;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x5927;&#x5927;&#x9650;&#x5236;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x6742;&#x5408;&#x6027;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x4EE5;&#x4EA7;&#x751F;&#x76F8;&#x5F53;&#x5927;&#x7684;&#x5730;&#x65B9; haplotypic &#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x5176;&#x672C;&#x673A;&#x7684;&#x6B27;&#x4E9A;&#x533A;&#x57DF; A.&#x5357;&#x82A5;&#x6CA1;&#x6709;&#x5BF9;&#x5E94;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7684;&#x7ECF;&#x5178;&#x6982;&#x5FF5;&#x7684;&#x81EA;&#x7136;&#x4F11;&#x606F;&#x5C55;&#x54C1;&#x8FDE;&#x7EED;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x4E0A;&#x7684;&#x8DDD;&#x79BB;&#x3002;&#x4E0E;&#x6B64;&#x76F8;&#x53CD;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5728;&#x5317;&#x7F8E;&#xFF0C;&#x5B83;&#x5B58;&#x5728;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&#x5916;&#x6765;&#x7269;&#x79CD;&#xFF0C;A.&#x5357;&#x82A5;&#x5C55;&#x54C1;&#x5F88;&#x5C11;&#x6216;&#x6CA1;&#x6709;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x5728;&#x5927;&#x9646;&#x89C4;&#x6A21;&#x4F46;&#x5730;&#x65B9;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x5EF6;&#x4F38;&#x6570;&#x767E;&#x516C;&#x91CC;&#x7684;&#x8DDD;&#x79BB;&#x3002;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x586B;&#x5145;&#x65B0;&#x7684;&#x6816;&#x606F;&#x5730;&#x8303;&#x56F4;&#x540E;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x4E45;&#x4FBF;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x672C;&#x8EAB;&#x7684;&#x8DDD;&#x79BB;&#x9694;&#x79BB;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x5B83;&#x8FD8;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E86;&#x5F88;&#x591A;&#x6807;&#x51C6;&#x7684;&#x79CD;&#x7FA4;&#x9057;&#x4F20;&#x5B66;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x9002;&#x7528;&#x6027;&#x95EE;&#x9898;&#x3002;&#x57FA;&#x4E8E;&#x79BB;&#x6563;&#x96C6;&#x7FA4;&#x53EF;&#x4E92;&#x6362;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6A21;&#x578B;&#x5C06;&#x662F;&#x4E0D;&#x5B89;&#x9002;&#x5E94;&#x751F;&#x7269;&#x5982; A.&#x5357;&#x82A5;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x8FDE;&#x7EED;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x591A;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x7684;&#x8DDD;&#x79BB;&#x3002;

&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x5728;&#x62DF;&#x5357;&#x82A5;&#x4E2D;&#x7684;&#x5C0F;&#x6570;&#x4F4D;&#x6570;&#x3002;

The population structure of an organism reflects its evolutionary history and influences its evolutionary trajectory. It constrains the combination of genetic diversity and reveals patterns of past gene flow. Understanding it is a prerequisite for detecting genomic regions under selection, predicting the effect of population disturbances, or modeling gene flow. This paper examines the detailed global population structure of Arabidopsis thaliana. Using a set of 5,707 plants collected from around the globe and genotyped at 149 SNPs, we show that while A. thaliana as a species self-fertilizes 97% of the time, there is considerable variation among local groups. This level of outcrossing greatly limits observed heterozygosity but is sufficient to generate considerable local haplotypic diversity. We also find that in its native Eurasian range A. thaliana exhibits continuous isolation by distance at every geographic scale without natural breaks corresponding to classical notions of populations. By contrast, in North America, where it exists as an exotic species, A. thaliana exhibits little or no population structure at a continental scale but local isolation by distance that extends hundreds of km. This suggests a pattern for the development of isolation by distance that can establish itself shortly after an organism fills a new habitat range. It also raises questions about the general applicability of many standard population genetics models. Any model based on discrete clusters of interchangeable individuals will be an uneasy fit to organisms like A. thaliana which exhibit continuous isolation by distance on many scales.

The scale of population structure in Arabidopsis thaliana.

La structure de la population d&#39;un organisme refl&egrave;te son histoire &eacute;volutive et influe sur sa trajectoire &eacute;volutive. Il contraint la combinaison de la diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique et r&eacute;v&egrave;le les tendances des derni&egrave;re flux g&eacute;niques. Comprendre, c&#39;est une condition sine qua non pour d&eacute;tecter les r&eacute;gions g&eacute;nomiques sous s&eacute;lection, pr&eacute;dire l&#39;effet des perturbations de la population ou mod&eacute;lisation des flux de g&egrave;nes. Cet article examine la structure de la population mondiale d&eacute;taill&eacute;e d&#39;Arabidopsis thaliana. &Agrave; l&#39;aide d&#39;un ensemble de 5 707 plantes r&eacute;colt&eacute;es dans le monde entier et g&eacute;notyp&eacute; &agrave; 149 SNP, nous montrons qu&#39;alors que chez a. thaliana comme une esp&egrave;ce self-fertilizes 97 % du temps, il existe une variation consid&eacute;rable entre les groupes locaux. Ce niveau d&#39;allogamie grandement limite l&#39;h&eacute;t&eacute;rozygotie observ&eacute;e mais est suffisant pour g&eacute;n&eacute;rer la diversit&eacute; haplotypique local consid&eacute;rable. Nous trouvons aussi que dans son aire de r&eacute;partition eurasienne a. thaliana montre isolation continue de distance &agrave; toutes les &eacute;chelles g&eacute;ographiques sans pauses naturelles correspondant aux notions classiques de populations. En revanche, en Am&eacute;rique du Nord, l&agrave; o&ugrave; elle existe comme une esp&egrave;ce exotique, a. thaliana pi&egrave;ces de structure de la population peu ou pas &agrave; une &eacute;chelle continentale mais les locaux d&#39;isolement par la distance qui s&#39;&eacute;tend des centaines de km. Ceci sugg&egrave;re un mod&egrave;le pour le d&eacute;veloppement de l&#39;isolement par la distance qui peut s&#39;&eacute;tablir peu apr&egrave;s que l&#39;organisme remplit une nouvelle gamme d&#39;habitat. Elle soul&egrave;ve &eacute;galement des questions au sujet de l&#39;applicabilit&eacute; g&eacute;n&eacute;rale de nombreux mod&egrave;les de g&eacute;n&eacute;tique des populations standard. Tout mod&egrave;le bas&eacute; sur des grappes discr&egrave;tes d&#39;individus interchangeables sera un ajustement mal &agrave; l&#39;aise comme chez a. thaliana, les organismes qui pr&eacute;sentent une isolation continue par la distance de nombreuses &eacute;chelles.

L&#39;&eacute;chelle de la structure de la population chez Arabidopsis thaliana.

Die Bev&ouml;lkerungsstruktur des Organismus spiegelt seine Entstehungsgeschichte und seine evolution&auml;re Flugbahn beeinflusst. Es schr&auml;nkt die Kombination der genetischen Vielfalt und Muster der Vergangenheit Genfluss offenbart. Zu verstehen ist eine Voraussetzung f&uuml;r die Erkennung von genomische Regionen unter Auswahl, Vorhersage der Wirkung von Bev&ouml;lkerung St&ouml;rgr&ouml;&szlig;en oder Modellierung Genfluss. Dieses Paper untersucht die Struktur der detaillierten Weltbev&ouml;lkerung von Arabidopsis Thaliana. Mit einem Satz von 5.707 Pflanzen von auf der ganzen Welt gesammelt und genotypisierten bei 149 SNPs, wir zeigen, dass w&auml;hrend A. Thaliana wie eine Art 97 % der Zeit Self-fertilizes, es erhebliche Unterschiede zwischen lokalen Gruppen gibt. Diese Ebene der Auskreuzung stark begrenzt beobachteten Heterozygosit&auml;t reicht aber erhebliche lokale Haplotypic Vielfalt erzeugen. Wir finden auch, dass in seiner Eurasischen Verbreitungsgebiet A. Thaliana kontinuierliche Isolierung von Entfernung, in jede geographische Skala ohne nat&uuml;rlichen Pausen entsprechen den klassischen Vorstellungen der Bev&ouml;lkerung aufweist. In Nordamerika, wo sie als exotischen Arten existiert, Exponate A. Thaliana dagegen wenig oder gar keine Bev&ouml;lkerungsstruktur zu einer kontinentalen Skala, aber lokale Isolation nach Entfernung, die Hunderte von km erweitert. Dies deutet auf ein Muster f&uuml;r die Entwicklung der Isolation nach Entfernung, die sich etablieren kann, kurz nachdem ein Organismus einen neuen Lebensraum-Bereich f&uuml;llt. Es wirft auch Fragen &uuml;ber die allgemeine Anwendbarkeit vieler Norm Populationsgenetik-Modelle. Jedes Modell, basierend auf diskrete Clustern von austauschbaren Personen werden an Organismen wie A. Thaliana ein ungutes anpassen, die kontinuierliche Isolierung durch Abstand auf vielen Skalen aufweisen.

Das Ausma&szlig; der Bev&ouml;lkerungsstruktur in Arabidopsis Thaliana.

La struttura della popolazione di un organismo riflette la sua storia evolutiva e influenza la sua traiettoria evolutiva. Essa vincola la combinazione di diversit&agrave; genetica e rivela i modelli del passato flusso genico. Capire &egrave; un prerequisito per individuare regioni genomiche sotto selezione, predire l&#39;effetto di disturbi della popolazione o modellazione flusso genico. Questo articolo esamina la struttura dettagliata della popolazione globale di Arabidopsis thaliana. Utilizzando un set di 5.707 piante raccolti da tutto il mondo e genotipizzati a 149 SNPs, mostriamo che mentre a. thaliana come una specie self-fertilizes 97% del tempo, c&#39;&egrave; una considerevole variazione tra gruppi locali. Questo livello di outcrossing notevolmente limita eterozigosit&agrave; osservata ma &egrave; sufficiente a generare diversit&agrave; haplotypic locale considerevole. Troviamo anche che nel suo areale eurasiatico a. thaliana esibisce isolamento continuo dalla distanza ad ogni scala geografica senza pause naturali corrispondenti a nozioni classiche delle popolazioni. Al contrario, in America del Nord, dove esiste come una specie esotica, a. thaliana esibisce poca o nessuna struttura della popolazione in una scala continentale ma locale isolamento dalla distanza che si estende a centinaia di km. Questo suggerisce un modello per lo sviluppo dell&#39;isolamento dalla distanza che pu&ograve; affermarsi poco dopo che un organismo si riempie una nuova gamma di habitat. Solleva anche questioni circa l&#39;applicabilit&agrave; generale di molti modelli standard genetica di popolazione. Qualsiasi modello basato su cluster discreti di individui intercambiabili sar&agrave; un adattamento a disagio a organismi come a. thaliana che esibiscono isolamento continuo di distanza su molte scale.

La scala della struttura della popolazione in Arabidopsis thaliana.

&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x8ECC;&#x8DE1;&#x3092;&#x5F71;&#x97FF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x304C;&#x56FA;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x904E;&#x53BB;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6D41;&#x308C;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x6DD8;&#x6C70;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3001;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x64FE;&#x4E71;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6D41;&#x308C;&#x3092;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x524D;&#x63D0;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7A3F;&#x306F;&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E16;&#x754C;&#x4E2D;&#x304B;&#x3089;&#x53CE;&#x96C6;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 5,707 &#x690D;&#x7269;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;149 SNPs &#x3067;&#x767A;&#x75C7;&#x8A98;&#x56E0;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x7A2E; 97 &#xFF05; &#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x3001;self-fertilizes &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB; &#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x81EA;&#x7136;&#x4EA4;&#x96D1;&#x5927;&#x5E45;&#x89B3;&#x6E2C;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x63A5;&#x5408;&#x6027;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB; haplotypic &#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5341;&#x5206;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30CD;&#x30A4;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306E;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3067;&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x9023;&#x7D9A;&#x7D76;&#x7E01;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x898F;&#x6A21;&#x3067;&#x306E;&#x96C6;&#x56E3;&#x306E;&#x53E4;&#x5178;&#x7684;&#x306A;&#x6982;&#x5FF5;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;&#x4F11;&#x61A9;&#x306A;&#x3057;&#x5C55;&#x793A;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x3069;&#x3053;&#x306B;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BE;&#x30C1;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x7A2E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x5317;&#x7C73;&#x3067;&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x3001;&#x3042;&#x308B;&#x3044;&#x306F;&#x5168;&#x304F;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x5927;&#x9678;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x62E1;&#x5F35;&#x6570;&#x767E; km &#x306E;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3067;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x307E;&#x3082;&#x306A;&#x304F;&#x6709;&#x6A5F;&#x4F53;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x751F;&#x606F;&#x5730;&#x7BC4;&#x56F2;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x5F8C;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x81EA;&#x8EAB;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9694;&#x96E2;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x96C6;&#x56E3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B66;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x9069;&#x7528;&#x6027;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x8CEA;&#x554F;&#x3092;&#x767A;&#x751F;&#x3055;&#x305B;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4EA4;&#x63DB;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x96E2;&#x6563;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306F;&#x4E0D;&#x5B89;&#x306A;&#x30D5;&#x30A3;&#x30C3;&#x30C8;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9023;&#x7D9A;&#x7D76;&#x7E01;&#x3092;&#x8868;&#x308F;&#x3059;&#x751F;&#x7269;&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B7;&#x30ED;&#x30A4;&#x30CC;&#x30CA;&#x30BA;&#x30CA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3002;

&#xC720; &#xAE30;&#xCCB4;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C; &#xBC18;&#xC601; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xADA4;&#xC801;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE69;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xACB0;&#xD569;&#xC744; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558; &#xACE0; &#xACFC;&#xAC70; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xC120;&#xD0DD; &#xC544;&#xB798; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xAC80;&#xCD9C;, &#xC778;&#xAD6C; &#xAD50;&#xB780;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xB610;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC758; &#xD544;&#xC218; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC885;&#xC774; Arabidopsis thaliana&#xC758; &#xC0C1;&#xC138;&#xD55C; &#xC138;&#xACC4; &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138;&#xACC4; &#xAC01;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1;&#xD55C; 5,707 &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; 149 Snp&#xC5D0;&#xC11C; genotyped, &#xC6B0;&#xB9AC; A. thaliana&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC885; self-fertilizes&#xC758; &#xC2DC;&#xAC04;, 97%&#xB85C;&#xB294; &#xB85C;&#xCEEC; &#xADF8;&#xB8F9; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBCC0;&#xD654; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Outcrossing&#xC758;&#xC774; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAD00;&#xCC30;&#xB41C; heterozygosity &#xC81C;&#xD55C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xB85C;&#xCEEC; haplotypic &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xAE30;&#xC5D0; &#xCDA9;&#xBD84;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xB124;&#xC774;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; A. thaliana &#xC778;&#xAD6C;&#xC758; &#xACE0;&#xC804;&#xC801;&#xC778; &#xAC1C;&#xB150;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xC790;&#xC5F0; &#xD734;&#xC2DD; &#xC5C6;&#xC774; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xADDC;&#xBAA8;&#xC758; &#xAC70;&#xB9AC; &#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC808;&#xC5F0; &#xC804;&#xC2DC; &#xADF8; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB300;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xBD81;&#xBBF8; &#xC9C0;&#xC5ED;, &#xC5B4;&#xB514; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC774;&#xAD6D;&#xC801;&#xC778; &#xC885;&#xC73C;&#xB85C; &#xC874;&#xC7AC;, A. thaliana &#xB300;&#xB959; &#xC2A4;&#xCF00;&#xC77C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB85C;&#xCEEC; &#xACA9;&#xB9AC; &#xAC70;&#xB9AC;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC218;&#xBC31; km&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; &#xC5C6;&#xAC70;&#xB098; &#xC804;&#xD600; &#xC5C6;&#xB294; &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870; &#xC804;&#xC2DC;. &#xC774; &#xC9C1;&#xD6C4;&#xC5D0; &#xC720; &#xAE30;&#xCCB4;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC11C;&#xC2DD; &#xC9C0; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xCC44;&#xC6C1;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC790;&#xC2E0;&#xC744; &#xC124;&#xC815;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC70;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACA9;&#xB9AC; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xB9CE;&#xC740; &#xD45C;&#xC900; &#xC778;&#xAD6C; &#xC720;&#xC804;&#xD559; &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC801;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBB38;&#xC744; &#xC62C;&#xB9BD;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD50;&#xD658;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xBAA8;&#xB378; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC808;&#xC5F0; &#xAC70;&#xB9AC; &#xB9CE;&#xC740; &#xBE44;&#xB298;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC804;&#xC2DC;&#xB294; A. thaliana&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC744; &#xBD88;&#xC548; &#xD558; &#xAC8C; &#xB9DE;&#xB294; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Arabidopsis thaliana &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xADDC;&#xBAA8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La estructura de la poblaci&oacute;n de un organismo refleja su historia evolutiva e influye en su trayectoria evolutiva. Limita la combinaci&oacute;n de la diversidad gen&eacute;tica y revela patrones del pasado de flujo g&eacute;nico. Comprenderlo es un prerrequisito para la detecci&oacute;n de regiones gen&oacute;micas bajo selecci&oacute;n, predecir los efectos de las perturbaciones de la poblaci&oacute;n o modelado de flujo g&eacute;nico. Este documento examina la estructura de la poblaci&oacute;n mundial detallada de Arabidopsis thaliana. Utilizando un conjunto de 5.707 plantas recogidas de todo el mundo y genotipo en 149 SNPs, mostramos que mientras a. thaliana como una especie self-fertilizes 97% de los casos, existe una considerable variaci&oacute;n entre grupos locales. Este nivel de exogamia grandemente limita la heterocigosidad observada pero es suficiente para generar diversidad considerable haplotypic local. Tambi&eacute;n encontramos que en su gama de Eurasia nativo a. thaliana exhibe continuo aislamiento por distancia en cada escala geogr&aacute;fica sin pausas naturales correspondientes a las nociones cl&aacute;sicas de las poblaciones. Por el contrario, en Am&eacute;rica del norte, donde existe como una especie ex&oacute;tica, a. thaliana exhibe poca o ninguna estructura de la poblaci&oacute;n en una escala continental pero local aislamiento por distancia que se extiende cientos de kil&oacute;metros. Esto sugiere un patr&oacute;n para el desarrollo de aislamiento por distancia que puede establecerse a poco despu&eacute;s de que un organismo llena una nueva gama de h&aacute;bitat. Tambi&eacute;n plantea preguntas sobre la aplicabilidad general de muchos modelos de gen&eacute;tica de la poblaci&oacute;n est&aacute;ndar. Cualquier modelo basado en grupos discretos de individuos intercambiables ser&aacute; un ajuste inquieto a organismos como a. thaliana que exhiben continuo aislamiento por distancia en muchas escalas.

La escala de la estructura de la poblaci&oacute;n en Arabidopsis thaliana.

Growing healthy plants is essential for the advancement of Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) research. Over the last 20 years, the Arabidopsis Biological Resource Center (ABRC) has collected and developed a series of best-practice protocols, some of which are presented in this chapter. Arabidopsis can be grown in a variety of locations, growth media, and environmental conditions. Most laboratory accessions and their mutant or transgenic derivatives flower after 4-5 weeks and set seeds after 7-8 weeks, under standard growth conditions (soil, long day, 23 ºC). Some mutant genotypes, natural accessions, and Arabidopsis relatives require strict control of growth conditions best provided by growth rooms, chambers, or incubators. Other lines can be grown in less-controlled greenhouse settings. Although the majority of lines can be grown in soil, certain experimental purposes require utilization of sterile solid or liquid growth media. These include the selection of primary transformants, identification of homozygous lethal individuals in a segregating population, or bulking of a large amount of plant material. The importance of controlling, observing, and recording growth conditions is emphasized and appropriate equipment required to perform monitoring of these conditions is listed. Proper conditions for seed harvesting and preservation, as well as seed quality control, are also described. Plant transformation and genetic crosses, two of the methods that revolutionized Arabidopsis genetics, are introduced as well.

Handling Arabidopsis plants: growth, preservation of seeds, transformation, and genetic crosses.

Trypanosoma evansi is a monomorphic protist that can infect horses and other animal species of economic importance for man. Like the bloodstream form of the closely related species Trypanosoma brucei, T. evansi depends exclusively on glycolysis for its free-energy generation. In T. evansi as in other kinetoplastid organisms, the enzymes of the major part of the glycolytic pathway are present within organelles called glycosomes, which are authentic but specialized peroxisomes. Since T. evansi does not undergo stage-dependent differentiations, it occurs only as bloodstream forms, it has been assumed that the metabolic pattern of this parasite is identical to that of the bloodstream form of T. brucei. However, we report here the presence of two additional enzymes, phosphoenolpyruvate carboxykinase and PPi-dependent pyruvate phosphate dikinase in T. evansi glycosomes. Their colocalization with glycolytic enzymes within the glycosomes of this parasite has not been reported before. Both enzymes can make use of PEP for contributing to the production of ATP within the organelles. The activity of these enzymes in T. evansi glycosomes drastically changes the model assumed for the oxidation of glucose by this parasite.

Luz Rivero

Arabidopsis Biological Resource Center,
Center for Applied Plant Sciences,
Arabidopsis Biological Resource Center, Center for Applied Plant Sciences

The Ohio State University

Standardized Method for High-throughput Sterilization of Arabidopsis Seeds

Luz Rivero

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Arabidopsis Biological Resource Center,Center for Applied Plant Sciences,Arabidopsis Biological Resource Center, Center for Applied Plant Sciences

The Ohio State University

Standardized Method for High-throughput Sterilization of Arabidopsis Seeds

Arabidopsis Biological Resource Center,
Center for Applied Plant Sciences,
Arabidopsis Biological Resource Center, Center for Applied Plant Sciences