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Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

MIT - Massachusetts Institute of Technology

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&#x571F;&#x58E4;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6355;&#x98DF;&#x80FD;&#x529B;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;

Myxococcus xanthus genetic mutants with characterized phenotypes were analysed for the ability to prey on susceptible bacteria. Quantification of predatory ability was scored by a newly developed method under conditions in which prey bacteria provided the only source of nutrients. These results were corroborated by data derived using a previously published protocol that measures predation in the presence of limited external nutrients. First, early developmental regulatory mutants were examined, because their likely functions in assessing the local nutrient status were predicted to be also important for predation. The results showed that predation efficiency is reduced by 64-80 % for mutants of three A-signalling components, AsgA, AsgC and AsgE, but not for AsgB. This suggests that an Asg regulon function that is separate from A-signal production is needed for predation. Besides the Asg components, mutations in the early developmental genes sdeK and csgA were also consistently observed to reduce predatory efficacy by 36 and 33 %, respectively. In contrast, later developmental components, such as DevRS, 4406 and PhoP4, did not appear to play significant roles in predation. The predatory abilities of mutants defective for motility were also tested. The data showed that adventurous, but not social, motility is required for predation in the assay. Also, mutants for components in the chemotaxis-like Frz system were found to be reduced in predation efficiency by between 62 and 85 %. In sum, it was demonstrated here that defects in development and development-related processes affect the ability of M. xanthus to prey on other bacteria.

Mutations affecting predation ability of the soil bacterium Myxococcus xanthus.

Myxococcus xanthus g&eacute;n&eacute;tiques mutants avec des ph&eacute;notypes caract&eacute;ris&eacute;s ont &eacute;t&eacute; analys&eacute;s pour la capacit&eacute; de se nourrissent des bact&eacute;ries sensibles. Quantification de la capacit&eacute; de pr&eacute;dateur a &eacute;t&eacute; marqu&eacute;e par une m&eacute;thode nouvellement mis au point dans des conditions o&ugrave; la proie bact&eacute;ries a fourni la seule source d&#39;&eacute;l&eacute;ments nutritifs. Ces r&eacute;sultats ont &eacute;t&eacute; corrobor&eacute;s par les donn&eacute;es obtenues &agrave; l&#39;aide d&#39;un protocole d&eacute;j&agrave; publi&eacute; qui mesure la pr&eacute;dation en pr&eacute;sence de nutriments externes limit&eacute;s. Des mutants r&eacute;glementaires tout d&#39;abord, au d&eacute;but du d&eacute;veloppement ont &eacute;t&eacute; examin&eacute;s, parce que leurs fonctions probables pour &eacute;valuer le statut nutritif local ont &eacute;t&eacute; pr&eacute;dites d&#39;&ecirc;tre aussi important que la pr&eacute;dation. Les r&eacute;sultats ont montr&eacute; que l&#39;efficacit&eacute; de la pr&eacute;dation est r&eacute;duite de 64 &agrave; 80 % pour des mutants de trois composants A signalisation, relatives, CDM et AsgE, mais pas pour AsgB. Ceci sugg&egrave;re qu&#39;une fonction du r&eacute;gulon Asg qui est s&eacute;par&eacute;e de la production du signal-A est n&eacute;cessaire pour la pr&eacute;dation. En plus des composants de l&#39;Asg, les mutations du d&eacute;but du d&eacute;veloppement de g&egrave;nes sdeK et ACPS ont &eacute;t&eacute; observ&eacute;es aussi r&eacute;guli&egrave;rement afin de r&eacute;duire l&#39;efficacit&eacute; pr&eacute;datrice de 36 % et 33 % respectivement. En revanche, plus tard du d&eacute;veloppement composants, tels que DevRS, 4406 et PhoP4, ne semblent pas jouer un r&ocirc;le important dans la pr&eacute;dation. Les capacit&eacute;s pr&eacute;datrices des mutants d&eacute;ficients pour la motilit&eacute; ont aussi &eacute;t&eacute; test&eacute;es. Les donn&eacute;es ont montr&eacute; qu&#39;aventureux, mais pas sociale, motilit&eacute; est requise pour la pr&eacute;dation dans l&#39;essai. Aussi, des mutants pour les composants dans le syst&egrave;me Frz chimiotactisme trouv&eacute;es de r&eacute;duire l&#39;efficacit&eacute; de la pr&eacute;dation par entre 62 % et 85 %. En somme, il a &eacute;t&eacute; d&eacute;montr&eacute; ici que les d&eacute;fauts dans le d&eacute;veloppement et les processus li&eacute;s au d&eacute;veloppement affectent la capacit&eacute; de M. xanthus &agrave; d&#39;autres bact&eacute;ries se nourrissent.

Mutations affectant la capacit&eacute; de la pr&eacute;dation de la bact&eacute;rie du sol Myxococcus xanthus.

Mutationen, welche die Pr&#xE4;dation F&#xE4;higkeit des Bodenbakterium Myxococcus xanthus.

Myxococcus mutanti genetici di xanthus con fenotipi caratterizzati sono stati analizzati per la capacit&agrave; di preda su batteri sensibili. Quantificazione della capacit&agrave; predatoria &egrave; stato segnato da un metodo di recente sviluppato in condizioni in cui preda batteri forniti l&#39;unica fonte di nutrienti. Questi risultati sono stati corroborati da dati derivati utilizzando un protocollo precedentemente pubblicato che misura la predazione in presenza di sostanze nutritive esterne limitate. Sono stati esaminati prime, all&#39;inizio dello sviluppo normativi mutanti, perch&eacute; le loro funzioni probabilmente nel valutare lo stato nutrizionale locale erano predetto anche essere importante per la predazione. I risultati hanno mostrato che l&#39;efficienza di predazione &egrave; ridotto di 64-80% mutanti di tre componenti A segnalazione, AsgA, AsgC e AsgE, ma non per AsgB. Questo suggerisce che una funzione di Regulone di Asg &egrave; separata dalla produzione di un segnale &egrave; necessaria per la predazione. Oltre ai componenti di Asg, mutazioni nei primi geni dello sviluppo sdeK e csgA sono state osservate anche costantemente per ridurre efficacia predatoria di 36 e 33%, rispettivamente. In contrasto, pi&ugrave; tardi sviluppo componenti, quali DevRS, 4406 e PhoP4, non sembrano giocano un ruolo significativo nella predazione. Sono state testate anche le abilit&agrave; predatorie di mutanti difettosi per la motilit&agrave;. I dati hanno mostrato che avventuroso, ma non sociale, la motilit&agrave; &egrave; richiesto per predazione nel dosaggio. Inoltre, mutanti per componenti del sistema Frz chemiotassi-come sono stati trovati per essere ridotto in efficienza della predazione fra 62 e 85%. In somma, &egrave; stato dimostrato qui che difetti di sviluppo e dei processi relativi allo sviluppo possono influenzare la capacit&agrave; di M. xanthus predano altri batteri.

Mutazioni che colpiscono il suolo batterio Myxococcus xanthus capacit&agrave; predazione.

Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x5909;&#x7570;&#x80FD;&#x529B;&#x4E0A;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x3084;&#x3059;&#x3044;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x6355;&#x98DF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6355;&#x98DF;&#x80FD;&#x529B;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x306E;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7D30;&#x83CC;&#x6355;&#x98DF;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x65B0;&#x958B;&#x767A;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5F97;&#x70B9;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5916;&#x90E8;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x6355;&#x98DF;&#x63AA;&#x7F6E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x516C;&#x958B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x78BA;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB;&#x6804;&#x990A;&#x72B6;&#x614B;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305D;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3082;&#x6355;&#x98DF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x306E;&#x3067;&#x6700;&#x521D;&#x3001;&#x65E9;&#x671F;&#x898F;&#x5236;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;3 A &#x4FE1;&#x53F7;&#x6210;&#x5206;&#x3001;AsgA&#x3001;AsgC&#x3001;AsgE&#x3001;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;AsgB&#x3001;&#x6355;&#x98DF;&#x52B9;&#x7387;&#x304C; 64 80 &#xFF05; &#x6E1B;&#x984D;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F; A &#x4FE1;&#x53F7;&#x751F;&#x7523;&#x304B;&#x3089;&#x500B;&#x5225; Asg &#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30ED;&#x30F3;&#x95A2;&#x6570;&#x6355;&#x98DF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Asg &#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x5909;&#x7570;&#x521D;&#x671F;&#x767A;&#x9054;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50; sdeK &#x3068; csgA &#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C; 36 &#x3068; 33 &#xFF05; &#x306E;&#x6355;&#x98DF;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3082;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;.&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x5F8C;&#x3067;&#x767A;&#x9054;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8; DevRS&#x3001;4406 &#x3068; PhoP4&#x3001;&#x6355;&#x98DF;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x518D;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6B20;&#x640D;&#x5909;&#x7570;&#x682A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x904B;&#x52D5;&#x306E;&#x6355;&#x98DF;&#x80FD;&#x529B;&#x3082;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x5192;&#x967A;&#x3001;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x306A;&#x3044;&#x793E;&#x4F1A;&#x904B;&#x52D5;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3067;&#x6355;&#x98DF;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x5909;&#x7570;&#x682A;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x51B7;&#x51CD;&#x5EAB;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6355;&#x98DF;&#x52B9;&#x7387; 62 &#x3068; 85 &#xFF05; &#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x958B;&#x767A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x6B20;&#x9665; M. &#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5408;&#x8A08;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x4E0A;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x6355;&#x98DF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x571F;&#x58CC;&#x7D30;&#x83CC; Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x306E;&#x6355;&#x98DF;&#x80FD;&#x529B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3002;

&#xAC10;&#xC5FC; &#xC138;&#xADE0;&#xC5D0; &#xBA39;&#xC774; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; Myxococcus xanthus &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC774; phenotypes&#xACFC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC721; &#xC2DD; &#xB2A5;&#xB825;&#xC758; &#xBD80; &#xB7C9; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC758; &#xC720;&#xC77C;&#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xBA39;&#xC774; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C8;&#xB85C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xB41C; &#xB41C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xB4DD;&#xC810; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD3EC;&#xC2DD; &#xC81C;&#xD55C; &#xC678;&#xBD80; &#xC601;&#xC591;&#xBD84;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB97C; &#xCE21;&#xC815; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xC2DC; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB4B7;&#xBC1B;&#xCE68; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB85C;&#xCEEC; &#xC601;&#xC591; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xD3C9;&#xAC00; &#xC788;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB610;&#xD55C; &#xD3EC;&#xC2DD; &#xC911;&#xC694;&#xD560; &#xAC83; &#xC608;&#xCE21; &#xD588;&#xB2E4; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8;, &#xCD08;&#xAE30; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xADDC;&#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; AsgA, AsgC &#xBC0F; AsgE, 3 A &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xBD80;&#xD488;&#xC758; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; AsgB &#xD3EC;&#xC2DD; &#xD6A8;&#xC728; 64-80%&#xB85C; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; A &#xC2E0;&#xD638; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xBCC4;&#xB3C4;&#xB85C; Asg regulon &#xD568;&#xC218;&#xB97C; &#xD3EC;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xAC83;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Asg &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC678;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xCD08;&#xAE30; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; sdeK &#xBC0F; Csga&#xC758; &#xBCC0;&#xC774; &#xAC01;&#xAC01; 36, 33%&#xB85C; &#xC721; &#xC2DD; &#xD6A8;&#xB2A5;&#xC744; &#xC904;&#xC774;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB610;&#xD55C; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xB098;&#xC911; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xB4F1;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; DevRS, 4406 PhoP4, &#xD3EC;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB098;&#xD0C0;&#xB098;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xACB0;&#xD568;&#xC774; &#xC788;&#xB294; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xC57D;&#xD0C8; &#xB2A5;&#xB825; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB3C4; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xBAA8;&#xD5D8;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xD558;&#xC9C0; &#xC0AC;&#xD68C; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xD3EC;&#xC2DD; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694;&#xB294;. &#xB610;&#xD55C;, chemotaxis &#xAC19;&#xC740; &#xB0C9;&#xB3D9; &#xACE0; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; 62&#xC640; 85% &#xC0AC;&#xC774; &#xC758;&#xD574; &#xD3EC;&#xC2DD; &#xD6A8;&#xC728; &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC694;&#xCEE8;&#xB300;, &#xC2DC;&#xC5F0; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xC5EC;&#xAE30; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBC0F; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xAD00;&#xB828; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4; &#xACB0;&#xD568; M.&#xC758; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xBA39;&#xC774;.

&#xD1A0;&#xC591; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xD3EC;&#xC2DD; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;.

Se analizaron mutantes gen&eacute;ticos de Myxococcus xanthus con fenotipos caracterizados por la posibilidad de que se alimentan de bacterias susceptibles. Cuantificaci&oacute;n de capacidad depredadora lo marc&oacute; un m&eacute;todo desarrollado recientemente en condiciones en que se aprovechan bacterias proporcionadas la &uacute;nica fuente de nutrientes. Estos resultados fueron corroborados por los datos obtenidos mediante un protocolo previamente publicado que mide depredaci&oacute;n en presencia de nutrientes externos limitadas. Primeros, principios del desarrollo reglamentarios mutantes fueron examinados, porque sus funciones probables para evaluar el estado nutricional local se predijeron que tambi&eacute;n es importante para la depredaci&oacute;n. Los resultados mostraron que la eficiencia de la depredaci&oacute;n se reduce por 64-80% para mutantes de tres componentes A se&ntilde;alizaci&oacute;n, AsgA y AsgC AsgE, pero no para AsgB. Esto sugiere que una funci&oacute;n del regul&oacute;n Asg independiente de producci&oacute;n de una se&ntilde;al es necesaria para la depredaci&oacute;n. Adem&aacute;s de los componentes de Asg, constantemente se observaron mutaciones en el temprano desarrollo de genes sdeK y csgA para reducir eficacia depredadora de 36 y 33%, respectivamente. En contraste, m&aacute;s tarde desarrollo componentes, tales como DevRS, 4406 y PhoP4, no parecen jugar un papel importante en la depredaci&oacute;n. Tambi&eacute;n se analizaron las capacidades depredadoras de mutantes defectuosos para motilidad. Los datos mostraron aventureros, pero no social, motilidad es necesaria para la depredaci&oacute;n en el ensayo. Tambi&eacute;n, mutantes para componentes del sistema de Frz quimiotaxis-como encontraron a reducirse en la eficiencia de la depredaci&oacute;n por entre 62 y 85%. En suma, se demostr&oacute; aqu&iacute; que defectos en los procesos relacionados con el desarrollo y desarrollo afectan la habilidad de M. xanthus presa en otras bacterias.

Mutaciones que afectan la capacidad de depredaci&oacute;n de la bacteria Myxococcus xanthus de suelo.

&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x4E0E;&#x8868;&#x5F81;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x6210;&#x5458; SdeK &#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;BrgE&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x88AB;&#x8BA4;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x4F7F;&#x7528;&#x9175;&#x6BCD;&#x53CC;&#x6742;&#x4EA4;&#x5C4F;&#x5E55;&#xFF0C;SdeK &#x4EA4;&#x4E92;&#x7684;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8C37;&#x80F1;&#x7518;&#x80BD; S-&#x8F6C;&#x79FB;&#x9176; (GST) &#x4E0B;&#x62C9;&#x5217;&#x8868;&#x4E2D;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x3002;&#x989D;&#x5916;&#x7684;&#x9175;&#x6BCD;&#x53CC;&#x6742;&#x4EA4;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A; BrgE &#x4F18;&#x5148;&#x4EA4;&#x4E92;&#x6307;&#x8BA4;&#x6C28;&#x57FA;&#x672B;&#x7AEF;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x57DF;&#x7684; SdeK&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x4E0E;&#x7FA7;&#x57FA;&#x672B;&#x7AEF;&#x6FC0;&#x9176;&#x57DF;&#x3002;BrgE &#x63D2;&#x5165;&#x5E94;&#x53D8;&#x662F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x88AB;&#x963B;&#x6B62;&#xFF0C;&#x5728;&#x805A;&#x5408;&#x4E0E;&#x4E18;&#x5F62;&#x6210;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x6240;&#x793A;&#xFF0C;50-fold &#x5728;&#x53EF;&#x884C;&#x5B62;&#x5B50;&#x751F;&#x4EA7;&#x4E0E;&#x7236;&#x6BCD;&#x7684;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x4E0B;&#x8DCC;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8868;&#x578B;&#x662F;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E; sdeK &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x3002;BrgE &#x7A81;&#x53D8;&#x4E5F;&#x6539;&#x53D8;&#x7684; Tn5 &#x62C9;&#x4E01;&#x7F8E;&#x6D32;&#x548C;&#x52A0;&#x52D2;&#x6BD4;&#x53D1;&#x5C55;&#x6807;&#x5FD7;&#x4E5F;&#x662F;&#x53D7;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684; SdeK &#x7684;&#x793A;&#x4F8B;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A; brgE sdeK &#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5DF2;&#x6BD4;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E00;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE; BrgE &#x548C; SdeK &#x9020;&#x7530;&#x89C4;&#x7BA1;&#x4EA7;&#x5B62;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E4B;&#x4E00;&#x66F4;&#x4E25;&#x91CD;&#x4EA7;&#x5B62;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;&#x603B;&#x4E4B;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E; BrgE &#x8FD0;&#x4F5C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x8F85;&#x52A9;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x76F4;&#x63A5;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230; SdeK &#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x672B;&#x7AEF;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x57DF;&#x523A;&#x6FC0; SdeK &#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x901A;&#x8DEF;&#x3002;

BrgE &#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x8C03;&#x8282;&#x5668;&#x3002;

We report here the identification and characterization of a member of the Myxococcus xanthus SdeK signal transduction pathway, BrgE. This protein was identified as an SdeK-interacting component using a yeast two-hybrid screen, and we further confirmed this interaction by the glutathione S-transferase (GST) pulldown assay. Additional yeast two-hybrid analyses revealed that BrgE preferentially interacts with the putative amino-terminal sensor domain of SdeK, but not with the carboxy-terminal kinase domain. A brgE insertion strain was shown to be blocked in development between aggregation and mound formation, and decreased by 50-fold in viable spore production compared with the parental wild type. These phenotypes are similar to those of sdeK mutants. The brgE mutation also altered expression of a sample of Tn5 lac developmental markers that are also SdeK regulated. Finally, we demonstrated that a brgE sdeK double mutant has a more severe sporulation defect than either of the two single mutants, suggesting that BrgE and SdeK act synergistically to regulate wild-type levels of sporulation. In sum, these data suggest that BrgE operates as an auxiliary factor to stimulate the SdeK signal transduction pathway by directly binding to the amino-terminal sensor domain of SdeK.

BrgE is a regulator of Myxococcus xanthus development.

Nous rapportons ici l&#39;identification et la caract&eacute;risation d&#39;un membre de la Myxococcus xanthus SdeK voie de transduction de signal, BrgE. Cette prot&eacute;ine a &eacute;t&eacute; identifi&eacute;e comme une composante SdeK-interaction &agrave; l&#39;aide d&#39;un &eacute;cran de deux-hybride de levure, et nous a encore confirm&eacute; cette interaction par le dosage de pulldown glutathion S-transf&eacute;rase (GST). Analyses-hybride de levure suppl&eacute;mentaires ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; que la BrgE interagit pr&eacute;f&eacute;rentiellement avec le domaine putatif amino-terminale capteur de SdeK, mais pas avec le domaine carboxy-terminal kinase. Une souche d&#39;insertion brgE a &eacute;t&eacute; montr&eacute;e &agrave; &ecirc;tre bloqu&eacute; dans le d&eacute;veloppement entre l&#39;agr&eacute;gation et la formation de monticule et diminu&eacute;e de la production des spores viables en 50 fois par rapport &agrave; la souche sauvage parentale. Ces ph&eacute;notypes sont semblables &agrave; celles des mutants sdeK. La mutation brgE &eacute;galement alt&eacute;ration de l&#39;expression d&#39;un &eacute;chantillon de perfectionnement marqueurs de lac Tn5 qui sont aussi SdeK r&eacute;glement&eacute;. Enfin, nous avons d&eacute;montr&eacute; qu&#39;un brgE sdeK double mutant a un d&eacute;faut de la sporulation plus grave qu&#39;un des deux mutants simples, sugg&eacute;rant que BrgE et SdeK agissent en synergie pour r&eacute;guler les niveaux de type sauvage de la sporulation. En somme, ces r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que la BrgE fonctionne comme un facteur auxiliaire pour stimuler la voie de transduction de signal SdeK en liant directement au domaine amino-terminale capteur de SdeK.

BrgE est un r&eacute;gulateur du d&eacute;veloppement de Myxococcus xanthus.

BrgE ist ein Regulator des xanthus Entwicklung.

Riportiamo qui l&#39;identificazione e la caratterizzazione di un membro del xanthus di Myxococcus via di trasduzione dei segnali SdeK, BrgE. Questa proteina &egrave; stata identificata come un componente SdeK-interagire usando uno schermo di due-ibrido del lievito, e abbiamo ulteriormente confermato questa interazione dal dosaggio pulldown glutatione S-transferasi (GST). Ulteriore lievito due-ibrido analisi hanno evidenziato che BrgE preferenzialmente interagisce con il dominio putativo amminico-terminale sensore di SdeK, ma non con il dominio carbossi-terminale chinasi. Un ceppo di inserimento brgE &egrave; stato dimostrato di essere bloccato nello sviluppo tra aggregazione e formazione tumulo e diminuito dalla produzione di spore vitali in 50 volte confrontato con il parentale wild type. Questi fenotipi sono simili a quelli di sdeK mutanti. La mutazione brgE anche alterata espressione di un campione di Tn5 lac developmental marcatori che sono anche SdeK regolato. Infine, abbiamo dimostrato che un brgE sdeK doppio mutante ha un difetto pi&ugrave; grave di sporulazione di entrambi i due mutanti singoli, suggerendo che BrgE e SdeK agiscono in sinergia per regolare i livelli di selvaggio-tipo di sporulazione. In somma, questi dati suggeriscono che BrgE opera come un fattore ausiliario per stimolare il pathway di trasduzione del segnale SdeK legandosi direttamente al dominio amino-terminale sensore di SdeK.

BrgE &egrave; un regolatore di sviluppo xanthus di Myxococcus.

&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x540C;&#x5B9A;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x89E3;&#x6790; Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x5831;&#x544A; SdeK &#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3001;BrgE&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306F;&#x9175;&#x6BCD; 2 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;SdeK &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30BF;&#x30C1;&#x30AA;&#x30F3; s-&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; (GST) &#x30D7;&#x30EB;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3; &#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3053;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x8FFD;&#x52A0;&#x9175;&#x6BCD; 2 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9;&#x89E3;&#x6790; BrgE &#x304C;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306B;&#x3084;&#x308A;&#x53D6;&#x308A;&#x3059;&#x308B;&#x30DA;&#x30A4;&#x30B8;&#x30A2;&#x30F3; &#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E; SdeK &#x304C;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30AD;&#x30B7;&#x672B;&#x7AEF;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3067;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;BrgE &#x633F;&#x5165;&#x3072;&#x305A;&#x307F;&#x958B;&#x767A;&#x96C6;&#x7D04;&#x3068;&#x30DE;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3057;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EC;&#x30F3;&#x30BF;&#x30EB;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066; 50-fold &#x3067;&#x5B9F;&#x884C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x80DE;&#x5B50;&#x751F;&#x7523;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E; sdeK &#x306B;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;BrgE &#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x898F;&#x5236; SdeK &#x306B;&#x3082; Tn5 lac &#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x7684;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x5909;&#x5316;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;brgE sdeK &#x306E;&#x4E8C;&#x91CD;&#x5909;&#x7570; BrgE &#x3068; SdeK &#x304C;&#x76F8;&#x4E57;&#x7684;&#x3067;&#x884C;&#x52D5;&#x3092;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506; 2 &#x3064;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3088;&#x308A;&#x53B3;&#x3057;&#x3044;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x6B20;&#x9665;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5408;&#x8A08;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F; BrgE SdeK &#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE; &#x30BF;&#x30FC;&#x30DF;&#x30CA;&#x30EB; &#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x76F4;&#x63A5;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A; SdeK &#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3092;&#x523A;&#x6FC0;&#x3059;&#x308B;&#x88DC;&#x52A9;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

BrgE &#x306F;&#x3001;Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC; &#xBCF4;&#xACE0; &#xC5EC;&#xAE30; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558; &#xACE0; SdeK &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xACBD;&#xB85C;, BrgE. &#xC774; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xD6A8; &#xBAA8; 2 &#xC7A1;&#xC885; &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; SdeK &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xB354; glutathione S-&#xC804;&#xC774; (GST) &#xD480; &#xB2E4;&#xC6B4; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC758;&#xD574;&#xC774; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xD6A8; &#xBAA8; 2 &#xC7A1;&#xC885; &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; BrgE carboxy &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xD0A4; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xD558;&#xC9C0; SdeK, &#xC0C1; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC13C;&#xC11C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC6B0;&#xC120;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC791;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. BrgE &#xC0BD;&#xC785; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC9D1;&#xACC4;&#xC640; &#xB9C8;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xD615;&#xC131; &#xC0AC;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC28;&#xB2E8; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xBD80;&#xBAA8;&#xC758; &#xC57C;&#xC0DD; &#xD0C0;&#xC785;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; 50-fold&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD589; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xD3EC;&#xC790; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACE0;&#xAE30;&#xB294; sdeK &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xADF8;&#xB4E4;&#xACFC; &#xC720;&#xC0AC; &#xD558;. BrgE &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB610;&#xD55C; Tn5 &#xB77D; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xB9C8;&#xCEE4; SdeK &#xADDC;&#xC81C;&#xB3C4; &#xC788;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; &#xBCC0;&#xACBD;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; brgE sdeK &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; BrgE &#xBC0F; SdeK &#xD3EC;&#xC790; &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xC218;&#xC900; &#xADDC;&#xC81C; synergistically &#xD589;&#xB3D9;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xB450; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC911; &#xD558;&#xB098; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC2EC;&#xD55C; &#xD3EC;&#xC790; &#xD615;&#xC131; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC694;&#xCEE8;&#xB300;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; BrgE Sdek&#xC758; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC13C;&#xC11C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; &#xC9C1;&#xC811; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xC5EC; SdeK &#xC2E0;&#xD638; &#xBCC0;&#xD658; &#xD1B5;&#xB85C; &#xC790;&#xADF9; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xC870; &#xC694;&#xC18C;&#xB85C; &#xC791;&#xB3D9; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

BrgE Myxococcus xanthus &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xC774;&#xB2E4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Aqu&iacute; divulgamos la identificaci&oacute;n y caracterizaci&oacute;n de un miembro de la Myxococcus xanthus v&iacute;a de transducci&oacute;n de la se&ntilde;al de SdeK, BrgE. Esta prote&iacute;na fue identificada como un componente de interacci&oacute;n con SdeK con una pantalla de dos-h&iacute;brido de la levadura, y adem&aacute;s confirmamos esta interacci&oacute;n mediante los an&aacute;lisis de telecine glutati&oacute;n S-transferasa (GST). An&aacute;lisis de dos h&iacute;bridos de levadura adicional revelaron que BrgE preferencial interact&uacute;a con el dominio de la supuesta amino-terminal sensor de SdeK, pero no con el dominio carboxi-terminal quinasa. Una cepa de inserci&oacute;n brgE fue mostrada a bloquearse en desarrollo entre agregaci&oacute;n y formaci&oacute;n del mont&iacute;culo y disminuida por producci&oacute;n de esporas viables en ha, en comparaci&oacute;n con el tipo salvaje parental. Estos fenotipos son similares a los de sdeK mutantes. La mutaci&oacute;n de brgE tambi&eacute;n alter&oacute; la expresi&oacute;n de una muestra de marcadores del desarrollo de Tn5 lac que tambi&eacute;n son SdeK regulado. Finalmente, demostramos que un brgE sdeK doble mutante tiene un defecto de esporulaci&oacute;n m&aacute;s severo que cualquiera de los dos mutantes individuales, sugiriendo que BrgE y SdeK act&uacute;an de forma sin&eacute;rgica para regular los niveles de tipo salvaje de esporulaci&oacute;n. En Resumen, estos datos sugieren que BrgE funciona como un factor auxiliar para estimular la v&iacute;a de transducci&oacute;n de se&ntilde;al de SdeK enlazando directamente al dominio amino-terminal sensor de SdeK.

BrgE es un regulador del desarrollo de Myxococcus xanthus.

&#x5728;&#x62C9;&#x8428;&#x57FA;&#x56E0;&#x63D2;&#x5165;&#x5B8C;&#x5168;&#x963B;&#x6B62;&#x53D1;&#x5C55;&#x805A;&#x5408;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x4EA7;&#x5B62;&#x540C;&#x65F6;&#x4E5F;&#x51CF;&#x5C11;&#x4E86; 0.3%&#x7684;&#x743C;&#x8102;&#x8868;&#x9762;&#x4E0A;&#x7FA4;&#x6269;&#x5F20;&#x3002;&#x6B64;&#x5904;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x62C9;&#x8428;&#x662F;&#x80DE;&#x5916;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x548C;&#x793E;&#x4F1A;&#x6ED1;&#x7FD4;&#x52A8;&#x529B;&#x3002;

&#x62C9;&#x8428;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x548C;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x52A8;&#x529B;&#x6240;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684;&#x3002;

An insertion in the rasA gene entirely blocked developmental aggregation and sporulation in Myxococcus xanthus while also reducing swarm expansion on a 0.3% agar surface. Data presented here demonstrate that rasA is required for extracellular fibril formation and social gliding motility.

RasA is required for Myxococcus xanthus development and social motility.

Une insertion dans le g&egrave;ne de la rasA a enti&egrave;rement bloqu&eacute; l&#39;agr&eacute;gation du d&eacute;veloppement et la sporulation chez Myxococcus xanthus tout en r&eacute;duisant les essaim expansion sur une surface d&#39;agar de 0,3 %. Les donn&eacute;es pr&eacute;sent&eacute;es ici montrent que rasA est requis pour la formation de fibrilles extracellulaires et sociale mobilit&eacute; par glissement.

RasA est n&eacute;cessaire pour le d&eacute;veloppement de Myxococcus xanthus et mobilit&eacute; sociale.

Eine Einf&uuml;gung des RasA-Gens blockiert vollst&auml;ndig Entwicklungsst&ouml;rungen Aggregation und Sporenbildung in Myxococcus Xanthus und gleichzeitig die Schwarm-Erweiterung auf einer 0,3 % Agar-Oberfl&auml;che reduzieren. Hier vorgestellte Daten zeigen, dass RasA f&uuml;r extrazellul&auml;re Fibrille Bildung und soziale gleiten Motilit&auml;t ist.

RasA ist f&uuml;r Myxococcus Xanthus-Entwicklung und soziale Beweglichkeit erforderlich.

Un inserimento del gene rasA bloccato interamente dello sviluppo, aggregazione e sporulazione in Myxococcus xanthus riducendo anche sciame espansione su una superficie di 0,3% agar. I dati qui presentati dimostrano che rasA &egrave; richiesto per la formazione di fibrillare extracellulare e sociale gliding motilit&agrave;.

RasA &egrave; necessaria per lo sviluppo Myxococcus xanthus e motilit&agrave; sociale.

&#x30E9;&#x30B5;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x633F;&#x5165;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x767A;&#x9054;&#x306E;&#x96C6;&#x7D04;&#x3068;&#x3082;&#x7FA4;&#x308C;&#x62E1;&#x5F35; 0.3% &#x5BD2;&#x5929;&#x8868;&#x9762;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210; Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x3067;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x63D0;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30E9;&#x30B5;&#x304C;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x306E;&#x7DDA;&#x7DAD;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x793E;&#x4F1A;&#x904B;&#x52D5;&#x3092;&#x6ED1;&#x7A7A;&#x3092;&#x30C7;&#x30E2;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E9;&#x30B5; Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x958B;&#x767A;&#x3068;&#x793E;&#x4F1A;&#x904B;&#x52D5;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

RasA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC0BD;&#xC785; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC9D1;&#xACC4; &#xBC0F; &#xB5BC; &#xD655;&#xC7A5; 0.3 %agar &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC904;&#xC774;&#xBA74;&#xC11C; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xD3EC;&#xC790; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xCC28;&#xB2E8;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xADF8; rasA &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; fibril &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC774;&#xBA70; &#xC0AC;&#xD68C; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xD65C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Rasa&#xAC00; Myxococcus xanthus &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xD68C; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una inserci&oacute;n en el gene de la rasA totalmente hab&iacute;a bloqueado agregaci&oacute;n del desarrollo y esporulaci&oacute;n de Myxococcus xanthus reduciendo tambi&eacute;n la expansi&oacute;n de enjambre en una superficie de agar de 0,3%. Datos presentados aqu&iacute; demuestran que Rasa es necesaria para la formaci&oacute;n fibrilar extracelular y deslizamiento de la movilidad social.

RasA se requiere para el desarrollo de Myxococcus xanthus y movilidad social.

&#x78F7;&#x9178;&#x8C03;&#x8282;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x8F6C;&#x5F55;&#x3001; &#x590D;&#x6742;&#xFF0C;&#x9700;&#x8981;&#x81F3;&#x5C11;&#x56DB;&#x4E2A;&#x53CC;&#x7EC4;&#x5206;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x9A7E;&#x8F66;&#x4EBA;&#x58EB;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x62A5;&#x9053;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x4E0E;&#x8868;&#x5F81;&#x4E00;&#x4E2A; TCS&#xFF0C;&#x6307;&#x5B9A; PhoP4&#xFF0C;&#x4E00;&#x540D;&#x6210;&#x5458;&#x3002;phoP4 &#x63D2;&#x5165;&#x548C;&#x5E27;&#x4E2D;&#x5220;&#x9664;&#x682A;&#x9020;&#x6210;&#x5B62;&#x5B50;&#x7684;&#x53EF;&#x884C;&#x6027;&#x7684;&#x8FD1;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6570;&#x91CF;&#x7EA7;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x964D;&#x4F4E;&#x548C;&#x51CF;&#x5C11;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x53D1;&#x5C55;&#x7279;&#x5B9A;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x78F7;&#x9178;&#x76D0;&#x9650;&#x5236;&#x4E0B; 80-90%&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x82AF;&#x7247;&#x548C;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E; PhoP4 &#x4E5F;&#x662F;&#x9700;&#x8981;&#x9002;&#x5F53;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; pstSCAB &#x666E;&#x65E0;&#x673A;&#x78F7;&#x540C;&#x5316;&#x57FA;&#x56E0;&#x64CD;&#x7EB5;&#x5B50;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x3002;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x6848;&#x4EF6;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E09;&#x4E2A; M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF; Pho &#x4EA4;&#x901A;&#xFF0C;phoP4 &#x5468;&#x56F4;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x533A;&#x57DF;&#x4E0D;&#x5305;&#x542B;&#x5408;&#x4F5C;&#x4F19;&#x4F34;&#x7EC4;&#x6C28;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x9175;&#x6BCD;&#x53CC;&#x6742;&#x4EA4;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A; PhoP4 &#x4E0E; PhoR2&#xFF0C;Pho2 TCS &#xFF1B; &#x7EC4;&#x6C28;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176;&#x8FDB;&#x884C;&#x76F8;&#x4E92;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;phoP4 &#x548C; phoR2 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x67D0;&#x4E9B;&#x8868;&#x578B;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x8868;&#x660E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4EA4;&#x4E92;&#x4E0E;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#xFF0C;PhoP4-&#x4E0D;&#x660E;&#xFF0C;&#x7EC4;&#x6C28;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176;&#x3002;

&#x9700;&#x8981;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x540E;&#x671F;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x7684;&#x54CD;&#x5E94;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784; PhoP4&#x3002;

Phosphate regulation is complex in the developmental prokaryote Myxococcus xanthus, and requires at least four two-component systems (TCSs). Here, the identification and characterization of a member of one TCS, designated PhoP4, is reported. phoP4 insertion and in-frame deletion strains caused spore viability to be decreased by nearly two orders of magnitude, and reduced all three development-specific phosphatase activities by 80-90 % under phosphate-limiting conditions. Microarray and quantitative PCR analyses demonstrated that PhoP4 is also required for appropriate expression of the predicted pstSCAB-phoU operon of inorganic phosphate assimilation genes. Unlike the case for the other three M. xanthus Pho TCSs, the chromosomal region around phoP4 does not contain a partner histidine kinase gene. Yeast two-hybrid analyses reveal that PhoP4 interacts reciprocally with PhoR2, the histidine kinase of the Pho2 TCS; however, the existence of certain phenotypic differences between phoP4 and phoR2 mutants suggests that PhoP4 interacts with another, as-yet unidentified, histidine kinase.

The response regulator PhoP4 is required for late developmental events in Myxococcus xanthus.

R&egrave;glement de phosphate est complexe chez le procaryote developmental Myxococcus xanthus et n&eacute;cessite au moins quatre syst&egrave;mes bi-composants (TCSs). Ici, l&#39;identification et la caract&eacute;risation d&#39;un membre d&#39;un TC, d&eacute;sign&eacute; PhoP4, est signal&eacute;e. phoP4 d&#39;insertion et dans le cadre de souches de suppression caus&eacute; la viabilit&eacute; des spores &ecirc;tre diminu&eacute; de presque deux ordres de grandeur et r&eacute;duit les trois activit&eacute;s de phosphatase de d&eacute;veloppement sp&eacute;cifique de 80 &agrave; 90 % sous limitation de phosphate des conditions. Microarray et les analyses PCR quantitatives a montr&eacute; que PhoP4 est &eacute;galement n&eacute;cessaire pour l&#39;expression appropri&eacute;e de l&#39;op&eacute;ron pstSCAB-phoU pr&eacute;dite de g&egrave;nes d&#39;assimilation de phosphate inorganique. Contrairement au cas de l&#39;autre trois M. xanthus Pho TCSs, la r&eacute;gion chromosomique autour phoP4 ne contient-elle pas un partenaire histidine kinase gene. Les analyses de deux-hybride de levure r&eacute;v&egrave;lent que PhoP4 interagit r&eacute;ciproquement avec PhoR2, l&#39;histidine kinase du SDC Pho2 ; Toutefois, l&#39;existence de certaines diff&eacute;rences ph&eacute;notypiques entre les mutants phoP4 et phoR2 sugg&egrave;re que PhoP4 interagit avec un autre, comme-encore non identifi&eacute;s, histidine kinase.

Le r&eacute;gulateur de r&eacute;ponse PhoP4 est n&eacute;cessaire pour des &eacute;v&eacute;nements tardifs du d&eacute;veloppement chez Myxococcus xanthus.

Phosphat-Verordnung ist in der Entwicklungsbiologie Prokaryoten Myxococcus Xanthus komplex und erfordert mindestens vier zwei-Komponenten-Systeme (TCSs). Hier wird die Identifizierung und Charakterisierung eines Mitglieds einer TCS, benannt PhoP4, berichtet. phoP4 einlegen und im Rahmen l&ouml;schen Belastungen verursacht Spore Lebensf&auml;higkeit um fast zwei Gr&ouml;&szlig;enordnungen vermindert werden und reduziert alle drei Entwicklung-spezifische Phosphatase-Aktivit&auml;ten um 80-90 % unter Phosphat einschr&auml;nkenden Bedingungen. Microarray und quantitative PCR-Analysen zeigten, dass PhoP4 auch f&uuml;r die entsprechenden Ausdruck von den vorhergesagten PstSCAB-PhoU-Operon von anorganischen Phosphat-Assimilation-Genen erforderlich ist. Anders als bei den anderen drei M. Xanthus Pho TCSs, die chromosomale Region um phoP4 enth&auml;lt kein Partner-Histidin-Kinase-gen. Hefe-zwei-Hybrid-Analysen zeigen, dass PhoP4 sich gegenseitig mit PhoR2, das Histidin-Kinase der TCS Pho2 interagiert; bestimmte ph&auml;notypische Unterschiede zwischen phoP4 und phoR2 Mutanten legt jedoch nahe, dass PhoP4 mit einem anderen, als interagiert-bisher nicht identifizierten, Histidin-Kinase.

Der Antwort-Regler PhoP4 ist f&uuml;r sp&auml;te Entwicklungsst&ouml;rungen Veranstaltungen in Myxococcus Xanthus erforderlich.

Regolamento di fosfato &egrave; complessa nella Prokaryota developmental Myxococcus xanthus e richiede almeno quattro sistemi del due-componente (TCSs). Qui, l&#39;identificazione e la caratterizzazione di un membro di una TC, designato PhoP4, &egrave; segnalato. phoP4 inserimento e nel telaio eliminazione ceppi causato vitalit&agrave; spora di essere diminuita di quasi due ordini di grandezza e ridotto tutte le attivit&agrave; di sviluppo specifiche fosfatasi tre da 80-90% sotto fosfato-limitando le condizioni. Microarray e analisi PCR quantitative hanno dimostrato che PhoP4 &egrave; anche richiesto per adeguata espressione dell&#39;operone predetto pstSCAB-phoU dei geni di assimilazione di fosfato inorganico. A differenza del caso per gli altri tre M. xanthus Pho TCSs, la regione cromosomica intorno phoP4 non contengono un gene di chinasi istidina partner. Analisi di due-ibrido del lievito rivelano che PhoP4 reciprocamente interagisce con PhoR2, la chinasi istidina del TCS Pho2; Tuttavia, l&#39;esistenza di talune differenze fenotipiche tra phoP4 e phoR2 mutanti suggerisce che PhoP4 interagisce con un altro, come-ancora non identificato, chinasi istidina.

Il regolatore di risposta PhoP4 &egrave; richiesto per gli eventi dello sviluppo tardi in Myxococcus xanthus.

&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x898F;&#x5236;&#x306F;&#x3001;&#x767A;&#x9054;&#x306E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269; Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x3067;&#x8907;&#x96D1;&#x3067;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 4 &#x3064;&#x306E; 2 &#x6210;&#x5206;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0; (TCSs) &#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x540C;&#x5B9A;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x89E3;&#x6790; PhoP4&#x3001;&#x6307;&#x5B9A; 1 &#x3064;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x59D4;&#x54E1;&#x4F1A;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;phoP4 &#x633F;&#x5165;&#x3068;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x524A;&#x9664;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7D04; 2 &#x6841;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6E1B;&#x5C11;&#x306B;&#x80DE;&#x5B50;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x7387;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066; 3 &#x958B;&#x767A;&#x56FA;&#x6709;&#x30D5;&#x30A9;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5869;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067; 80-90 &#xFF05; &#x524A;&#x6E1B;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684; PCR &#x89E3;&#x6790; PhoP4 &#x307E;&#x305F;&#x7121;&#x6A5F;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x540C;&#x5316;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C; pstSCAB &#x30D7;&#x30FC; &#x30AA;&#x30DA;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x9069;&#x5207;&#x306A;&#x8868;&#x73FE;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x5834;&#x5408;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A; 3 M. &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC; TCSs phoP4 &#x5468;&#x308A;&#x306E;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x9818;&#x57DF;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30CA;&#x30FC; &#x30D2;&#x30B9;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3; &#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x9175;&#x6BCD; 2 &#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9;&#x89E3;&#x6790; PhoP4 &#x76F8;&#x4E92;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC; Pho2 TCS &#x306E; PhoR2 &#x3068;&#x5BFE;&#x8A71;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;PhoP4 &#x5225;&#x306E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5BFE;&#x8A71;&#x7279;&#x5B9A; phoP4 &#x304A;&#x3088;&#x3073; phoR2 &#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;-&#x307E;&#x3060;&#x6B63;&#x4F53;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3002;

&#x5FDC;&#x7B54;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF; PhoP4 Myxococcus &#x30B6;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x3067;&#x767A;&#x9054;&#x3059;&#x308B;&#x5F8C;&#x671F;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xC778;&#xC0B0; &#xC5FC; &#xADDC;&#xC81C; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC6D0;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C; Myxococcus xanthus&#xC758;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xACE0; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; 4 &#xAC1C;&#xC758; 2-&#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; (TCSs)&#xC774; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xD55C; TCS, PhoP4, &#xC9C0;&#xC815; &#xB41C; &#xBA64;&#xBC84;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. phoP4 &#xD504;&#xB808;&#xC784;&#xC5D0; &#xC0BD;&#xC785; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AD;&#xC81C; &#xAE34;&#xC7A5; &#xAC70;&#xC758; &#xB450; &#xBC30;&#xB098;, &#xAC10;&#xC18C; &#xD558; &#xD3EC;&#xC790;&#xC758; &#xC0DD;&#xC874; &#xB2A5;&#xB825;&#xC744; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xC778;&#xC0B0; &#xC5FC; &#xC81C;&#xD55C;&#xC5D0;&#xC11C; 80-90%&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xAD00;&#xB828; &#xC778;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C; &#xC870;&#xAC74;. Microarray &#xBC0F; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DC;&#xC5F0; Phop4&#xB294;&#xB3C4; &#xBB34;&#xAE30; &#xC778;&#xC0B0; &#xC5FC; &#xB3D9;&#xD654; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; pstSCAB phoU &#xC624; &#xD398;&#xB860;&#xC758; &#xC801;&#xC808; &#xD55C; &#xD45C;&#xD604;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694;. &#xB2E4;&#xB978; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC640; &#xB2EC;&#xB9AC; 3 M. &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xD3EC; TCSs phoP4 &#xC8FC;&#xBCC0; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xD3EC;&#xD568; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xD30C;&#xD2B8;&#xB108; &#xD788;&#xC2A4;&#xD2F0;&#xB518; &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;. &#xD6A8; &#xBAA8; 2 &#xC7A1;&#xC885; &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; PhoP4 PhoR2, Pho2 TCS; &#xD788;&#xC2A4;&#xD2F0;&#xB518; kinase&#xC640; &#xC2DC;&#xD504; &#xC791;&#xC6A9; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xD2B9;&#xC815; phenotypic &#xCC28;&#xC774;&#xC810; phoP4 &#xBC0F; phoR2 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; Phop4&#xB85C; &#xC11C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC81C;&#xC548;-&#xD788;&#xC2A4;&#xD2F0;&#xB518; &#xB2C8; &#xC544;&#xC9C1; &#xBBF8;&#xD655;&#xC778;&#xB41C;.

&#xC751;&#xB2F5; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; Phop4&#xB294; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xB2A6;&#xC740; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Reglamento de fosfato es complejo en la c&eacute;lula procariota desarrollo Myxococcus xanthus y requiere por lo menos cuatro sistemas de dos componentes (TCSs). Aqu&iacute;, la identificaci&oacute;n y caracterizaci&oacute;n de un miembro de un CCT, se&ntilde;ala PhoP4, se divulga. cepas de eliminaci&oacute;n de inserci&oacute;n y en el marco de phoP4 caus&oacute; viabilidad de esporas ser disminuido en casi dos &oacute;rdenes de magnitud y reduce todas las actividades de desarrollo espec&iacute;fico de la fosfatasa tres en 80-90% bajo limitaci&oacute;n de fosfato condiciones. Microarrays y an&aacute;lisis PCR cuantitativos demostraron que PhoP4 tambi&eacute;n es necesaria para la adecuada expresi&oacute;n del operon pstSCAB-phoU predicha de genes de asimilaci&oacute;n de fosfato inorg&aacute;nico. A diferencia del caso para las otras tres M. xanthus Pho TCSs, la regi&oacute;n cromos&oacute;mica alrededor de phoP4 no contiene un gen de histidina socio. Levadura dos-h&iacute;brido an&aacute;lisis revelan que PhoP4 interact&uacute;a rec&iacute;procamente con PhoR2, la cinasa de la histidina de la TCS Pho2; sin embargo, la existencia de ciertas diferencias fenot&iacute;picas entre phoP4 y phoR2 mutantes sugiere que PhoP4 interact&uacute;a con el otro, como-a&uacute;n no identificado, cinasa de la histidina.

El regulador de la respuesta PhoP4 se requiere para eventos finales del desarrollo de Myxococcus xanthus.

&#x4E2D;&#x5927;&#x63D2;&#x5165;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E93; rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5305;&#x542B;&#x514B;&#x9686;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x9274;&#x522B;&#x56F0;&#x96BE;&#xFF0C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x4E3B;&#x673A;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; RNA (rRNA) &#x548C; rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9AD8;&#x80CC;&#x666F;&#x7684;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x6311;&#x6218;&#xFF0C;&#x819C;&#x6742;&#x4EA4;&#x6CD5;&#x88AB;&#x4E3A;&#x4E86;&#x67E5;&#x660E;&#x6240;&#x6709;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA; rRNA &#x542B; fosmid &#x65E0;&#x6027;&#x7CFB;&#x4ECE;&#x4E03;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x526F;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D; DNA&#x3002;&#x4ECE; 101,376 &#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x7B5B;&#x9009;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 751 rDNA &#x5305;&#x542B;&#x514B;&#x9686;&#xFF0C;&#x5728;&#x5927;&#x7EA6; 60 &#x4E0D;&#x540C; clades &#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x7EC4;&#x3002;&#x53EA;&#x6709;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x7EC4;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7F55;&#x89C1;&#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x514B;&#x6C0F;&#x76F8;&#x5173;&#x5E8F;&#x5217;&#x5305;&#x542B;&#x5047;&#x5B9A;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x5E72;&#x9884;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4E03;&#x4E2A;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE;&#x8BA2;&#x5355; Myxococcales &#x5728;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42;&#x751F;&#x5883;&#x4E2D;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x3002;&#x5206;&#x5C42;&#x3001; &#x7279;&#x5B9A;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x663E;&#x7136;&#x5728;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B;&#x548C;&#x8BED;&#x4F53;&#x6587;&#x5B97;&#x65CF;&#x5185;&#x3002;&#x76F8;&#x53CD;&#xFF0C;Alcanivorax &#x548C;&#x6839;&#x7624;&#x83CC;&#x5C5E;&#x4E00;&#x4E9B; eurybathyal &#x6210;&#x5458;&#x5171;&#x4EAB;&#x4ECE;&#x8868;&#x9762;&#x6C34;&#x57DF;&#x88AB;&#x5206;&#x53D1;&#x5230; 4000 &#x7C73;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4E00;&#x4E9B;&#x72EC;&#x7279;&#x3001; &#x6DF1;&#x5EA6;&#x5206;&#x5C42;&#x5206;&#x533A;&#xFF0C;&#x5C0A;&#x656C;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x5F00;&#x653E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x79CD;&#x7FA4;&#x4ECE;&#x8499;&#x7279;&#x96F7;&#x6E7E;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x4E2D;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x5206;&#x6790;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x4E00;&#x4E9B;&#x504F;&#x89C1;&#x662F;&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7279;&#x5B9A;&#x8C31;&#x7CFB;&#x4E2D; fosmid &#x514B;&#x9686;&#x6062;&#x590D;&#x660E;&#x663E;&#xFF0C;&#x6574;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7EC4;&#x6062;&#x590D;&#x548C;&#x5206;&#x5E03;&#x90FD;&#x4E0E;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4ECE;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x6E90; DNA &#x76F4;&#x63A5;&#x730E;&#x67AA;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4FDD;&#x6301;&#x4E00;&#x81F4;&#x3002;

&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; DNA &#x542B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x4ECE; 4000 &#x7C73;&#x7684;&#x5782;&#x76F4;&#x5ED3;&#x7EBF;&#x5728;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x526F;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

High-throughput identification of rRNA gene-containing clones in large insert metagenomic libraries is difficult, because of the high background of host ribosomal RNA (rRNA) and rRNA genes. To address this challenge, a membrane hybridization method was developed to identify all bacterial small subunit rRNA-containing fosmid clones of microbial community DNA from seven different depths in the North Pacific Subtropical Gyre. Out of 101,376 clones screened, 751 rDNA-containing clones were identified that grouped in approximately 60 different clades. Several rare sequences only remotely related to known groups were detected, including a Wolbachia-related sequence containing a putative intron or intervening sequence, as well as seven sequences from Order Myxococcales not previously detected in pelagic habitats. Stratified, depth-specific population structure was evident within both cultured and uncultured lineages. Conversely, some eurybathyal members of the genera Alcanivorax and Rhizobium shared identical small subunit ribosomal DNA sequences that were distributed from surface waters to the 4000 m depth. Comparison with similar analyses in Monterey Bay microbial communities revealed previously recognized, as well as some distinctive, depth-stratified partitioning that distinguished coastal from open ocean bacterioplankton populations. While some bias was evident in fosmid clone recovery in a few particular lineages, the overall phylogenetic group recovery and distributions were consistent with previous studies, as well as with direct shotgun sequence data from the same source DNA.

Phylogenetic analyses of ribosomal DNA-containing bacterioplankton genome fragments from a 4000 m vertical profile in the North Pacific Subtropical Gyre.

&#xC0; haut d&#xE9;bit identification de g&#xE8;ne de l&#x26;#39;ARNr contenant des clones dans les grandes biblioth&#xE8;ques m&#xE9;tag&#xE9;nomiques d&#x26;#39;insertion est difficile, en raison de l&#x26;#39;arri&#xE8;re-plan &#xE9;lev&#xE9; de l&#x26;#39;h&#xF4;te l&#x26;#39;ARN ribosomal (ARNr) et les g&#xE8;nes ARNr. Pour relever ce d&#xE9;fi, une m&#xE9;thode d&#x26;#39;hybridation membrane a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; pour identifier tous les sous-unit&#xE9; bact&#xE9;rienne petite ARNr contenant de l&#x26;#39;ADN des clones fosmide communaut&#xE9; microbienne de sept diff&#xE9;rentes profondeurs dans la gyre subtropicale du Pacifique Nord. Sur 101,376 clones cribl&#xE9;s, 751 ADNr contenant clones ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s regroup&#xE9;s dans environ 60 diff&#xE9;rents clades. Plusieurs s&#xE9;quences rares ne distance li&#xE9;es &#xE0; des groupes connus ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;s, comprenant une s&#xE9;quence li&#xE9;e Wolbachia contenant une putatif intron ou s&#xE9;quence interm&#xE9;diaire, ainsi que sept s&#xE9;quences de Commande Myxococcales pas pr&#xE9;alablement d&#xE9;tect&#xE9; dans des milieux p&#xE9;lagique. Stratifi&#xE9;, structure de la population profondeur sp&#xE9;cifique &#xE9;tait &#xE9;vident dans les lign&#xE9;es &#xE0; la fois cultiv&#xE9;s et incultes. Inversement, certains membres de la eurybathyal Alcanivorax genres et Rhizobium partag&#xE9; identiques petites s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN ribosomal de sous-unit&#xE9;s qui ont &#xE9;t&#xE9; distribu&#xE9;s dans les eaux de surface &#xE0; la profondeur de 4000 m. Comparaison avec des analyses similaires dans les communaut&#xE9;s microbiennes Monterey Bay a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; pr&#xE9;c&#xE9;demment reconnu, ainsi que certains distinctif, la profondeur, stratifi&#xE9; partitionnement qui distingue c&#xF4;ti&#xE8;re de l&#x26;#39;oc&#xE9;an ouvert populations bact&#xE9;rioplancton. Alors que certains biais &#xE9;tait &#xE9;vidente dans la r&#xE9;cup&#xE9;ration clone fosmide dans quelques lign&#xE9;es peu particulier, la reprise globale du groupe phylog&#xE9;n&#xE9;tique et les distributions sont compatibles avec les &#xE9;tudes ant&#xE9;rieures, ainsi qu&#x26;#39;avec les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence directe de fusil de chasse de l&#x26;#39;ADN m&#xEA;me source.

Analyses phylog&#xE9;n&#xE9;tiques des ribosomique ADN contenant des fragments de g&#xE9;nome bact&#xE9;rioplancton &#xE0; partir d&#x26;#39;un profil vertical M 4000 dans le Pacifique Nord gyre subtropicale

Hochdurchsatz-Identifizierung von rRNA-gen-haltigen Klone in gro&szlig;en Insert durchgef&uuml;hrte metagenomische Bibliotheken ist schwierig, wegen der hohen Hintergrund der Host Ribosomale RNA (rRNA) und rRNA gene. Um dieser Herausforderung zu begegnen, wurde eine Membran-Hybridisierung-Methode entwickelt, um alle bakteriellen kleine Untereinheit rRNA-haltigen Fosmid Klone der mikrobiellen Gemeinschaft DNA von sieben verschiedenen Tiefen in den subtropischen North Pacific Gyre zu identifizieren. Aus 101.376-Klone, geschirmt, 751 rDNA-haltigen Klone wurden identifiziert, die in ca. 60 verschiedenen Kladen gruppiert. Mehrere seltene Sequenzen, die nur aus der Ferne mit Bezug zu bekannten Gruppen gefunden, einschlie&szlig;lich einer Wolbachia-bezogene Sequenz enthalten ein mutma&szlig;liches Intron oder interveniert Sequenz sowie sieben Sequenzen aus Bestellung Myxococcales pelagische Lebensr&auml;ume nicht zuvor erkannt. Geschichtete, Tiefe-spezifische Bev&ouml;lkerungsstruktur zeigte sich innerhalb sowohl kultivierten und ungebildeten &Uuml;bertragungslinien. Umgekehrt teilten einige Eurybathyal Mitglieder der Gattungen Alcanivorax und Kn&ouml;llchenbakterien identische kleine Untereinheit ribosomale DNA-Sequenzen, die an die 4000 m Tiefe von Oberfl&auml;chengew&auml;ssern verteilt wurden. Vergleich mit &auml;hnlichen Analysen in Monterey Bay Mikrobengemeinschaften offenbart Tatbest&auml;nden, sowie einige markante, Tiefe geschichtet Partitionierung, die K&uuml;sten von offenen Ozean Bacterioplankton Populationen unterschieden. W&auml;hrend einige Vorurteile in Fosmid Klon Erholung in wenigen bestimmten &Uuml;bertragungslinien offensichtlich war, waren die insgesamt phylogenetische Gruppe Erholung und Distributionen konsistent mit fr&uuml;heren Studien sowie mit direkter Schrotflinte Sequenzdaten aus der gleichen Quelle DNA.

Phylogenetische Analysen der ribosomal DNA-haltigen Bacterioplankton Genom Fragmente aus einem 4000 m vertikalen Profil der subtropischen North Pacific Gyre.

High-throughput identificazione di cloni di contenenti gene rRNA in grande inserto metagenomica librerie &egrave; difficile, a causa della alta background dei geni rRNA e host RNA ribosomiale (rRNA). Per affrontare questa sfida, un metodo di ibridazione della membrana &egrave; stato sviluppato per identificare tutte le subunit&agrave; piccola batterica contenenti rRNA fosmid cloni della comunit&agrave; microbica del DNA da sette diverse profondit&agrave; nel North Pacific Gyre subtropicale. Fuori 101.376 cloni selezionati, sono stati identificati 751 cloni contenenti rDNA che raggruppati in circa 60 differenti cladi. Parecchie sequenze rare solo lontanamente correlati ai gruppi conosciuti sono stati rilevati, tra cui una sequenza di Wolbachia correlati contenenti un introne putativo o intervenendo sequenza, cos&igrave; come sette sequenze da Myxococcales ordine precedentemente non rilevati in habitat pelagico. Struttura stratificata, profondit&agrave; specifici della popolazione era evidente entro lignaggi colti e incolti. Al contrario, alcuni membri di eurybathyal dei generi Alcanivorax e Rhizobium condiviso identiche subunit&agrave; piccola ribosomal DNA sequences che sono stati distribuiti da acque di superficie fino alla profondit&agrave; di 4000 m. Confronto con analisi simili in comunit&agrave; microbiche Monterey Bay ha rivelata in precedenza riconosciuto, cos&igrave; come alcuni distintivi, stratificate profondit&agrave; partizionamento che distingue costiere da popolazioni di bacterioplankton oceano aperto. Mentre alcuni pregiudizi era evidente nel recupero clone fosmid in qualche particolare lignaggi, il recupero di gruppo nel complesso filogenetica e distribuzioni erano coerenti con gli studi precedenti, nonch&eacute; con i dati di sequenza diretta fucile dalla stessa fonte del DNA.

Analisi filogenetiche di ribosomal DNA bacterioplankton genoma frammenti contenenti da un profilo verticale 4000 m nella North Pacific Gyre subtropicale.

&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x633F;&#x5165;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x540C;&#x5B9A;&#x305F;&#x3081;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;RNA&#xFF08;rRNA&#xFF09;&#x3068;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B0;&#x30E9;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C9;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x306E;&#x306F;&#x56F0;&#x96E3;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x819C;&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x6CD5;&#x306F;&#x3001;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306E;7&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6DF1;&#x3055;&#x304B;&#x3089;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;DNA&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;rRNA&#x3092;&#x542B;&#x6709;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;101376&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x3001;751&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x304C;&#x7D04;60&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306B;&#x5206;&#x985E;&#x3055;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x306E;&#x307F;&#x304C;&#x30EA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C8;&#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7A00;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306F;&#x9060;&#x6D0B;&#x306E;&#x751F;&#x606F;&#x5730;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x63A8;&#x5B9A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4ECB;&#x5728;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x6CE8;&#x6587;Myxococcales&#x304B;&#x3089;7&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30DC;&#x30EB;&#x30D0;&#x30AD;&#x30A2;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6210;&#x5C64;&#x3001;&#x6DF1;&#x3055;&#x7279;&#x6709;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x57F9;&#x990A;&#x3057;&#x3001;&#x672A;&#x57F9;&#x990A;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x9006;&#x306B;&#x3001;&#x5C5E;Alcanivorax&#x3068;&#x6839;&#x7C92;&#x83CC;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;eurybathyal&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;4000&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x306B;&#x5730;&#x8868;&#x6C34;&#x304B;&#x3089;&#x914D;&#x5E03;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x540C;&#x4E00;&#x306E;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;DNA&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30D9;&#x30A4;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x3082;&#x5916;&#x6D0B;bacterioplankton&#x96C6;&#x56E3;&#x304B;&#x3089;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306E;&#x533A;&#x5225;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x72EC;&#x7279;&#x306E;&#x3001;&#x6DF1;&#x3055;&#x6210;&#x5C64;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x306B;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x306E;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7FA4;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3068;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x540C;&#x200B;&#x200B;&#x3058;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;DNA&#x304B;&#x3089;&#x76F4;&#x63A5;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;

&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#x3067;4000 M&#x925B;&#x76F4;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;DNA&#x542B;&#x6709;Bacterioplankton&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;

&#xD070; &#xC0BD;&#xC785; metagenomic &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD074;&#xB860; Rrna&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC740; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; ribosomal RNA (rRNA)&#xACFC; rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC30;&#xACBD; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB835;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xB9C9; &#xAD50; &#xC7A1; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; rRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; fosmid &#xD074;&#xB860; &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; 7 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xAE4A;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; DNA&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 751 RDNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xD074;&#xB860; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4; 101,376 &#xD074;&#xB860; &#xC0C1;&#xC601;, &#xBC16;&#xC73C;&#xB85C; &#xC57D; 60 &#xB2E4;&#xB978; clades&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654;. &#xB9CC; &#xC6D0;&#xACA9;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD76C;&#xADC0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; Wolbachia &#xAD00;&#xB828; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; putative intron &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xB610;&#xB294; &#xC21C;&#xC11C;, &#xAC1C;&#xC785;&#xC73C;&#xB85C; &#xC6D0;&#xC591; &#xC11C;&#xC2DD; &#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB41C; &#xC21C;&#xC11C; Myxococcales&#xC5D0;&#xC11C; 7 &#xAC1C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCE35; &#xD654;, &#xAE4A;&#xC774; &#xD2B9;&#xC815; &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870; &#xAD50;&#xC591; &#xBC0F; &#xBBF8; &#xD608;&#xD1B5; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xB300;&#xB85C;, Alcanivorax&#xC640; Rhizobium &#xC18D;&#xC758; eurybathyal &#xBA64;&#xBC84; &#xC77C;&#xBD80; &#xACF5;&#xC720; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; ribosomal DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; 4000 m &#xAE4A;&#xC774; &#xBB3C; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC30;&#xD3EC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C;, &#xAE4A;&#xC774; &#xCE35; &#xD654; &#xBD84;&#xD560; &#xC800;&#xBA85;&#xD55C; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4; bacterioplankton &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC778;&#xC2DD; &#xBC1D;&#xD600; &#xBAAC;&#xD14C;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xBE44;&#xAD50;. &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB294; &#xBD84;&#xBA85; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xD2B9;&#xC815; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; fosmid &#xBCF5;&#xC81C; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xC5D0;, &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; phylogenetic &#xADF8;&#xB8F9; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xBC0F; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310; DNA &#xAC19;&#xC740; &#xC18C;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C1;&#xC811; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC774;&#xC804;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC870;&#xAC01;&#xC758; ribosomal DNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; bacterioplankton &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; 4000 m &#xC138;&#xB85C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D;.

De alto rendimiento de identificaci&#xF3;n de rRNA gen que contiene los clones en grandes bibliotecas de inserci&#xF3;n metagenomic es dif&#xED;cil, debido a la alta fondo de anfitri&#xF3;n ARN ribos&#xF3;mico (ARNr) y los genes rRNA. Para hacer frente a este desaf&#xED;o, un m&#xE9;todo de hibridaci&#xF3;n de membrana fue desarrollado para identificar todos los subunidad peque&#xF1;a rRNA bacteriano que contiene los clones de ADN fosmid comunidad microbiana de siete diferentes profundidades en el Pac&#xED;fico Norte giro subtropical. Fuera de 101.376 clones seleccionados, 751 rDNA que contienen los clones que se identificaron agrupadas en aproximadamente 60 subtipos diferentes. Varias secuencias raras s&#xF3;lo remotamente relacionados con grupos conocidos fueron detectados, incluyendo una secuencia Wolbachia relacionada contiene un intr&#xF3;n putativo o secuencia de intervenci&#xF3;n, as&#xED; como siete secuencias de Orden Myxococcales no previamente detectado en h&#xE1;bitats pel&#xE1;gicos. Estratificado, la profundidad espec&#xED;fica estructura de la poblaci&#xF3;n era evidente dentro de los linajes, tanto cultos e incultos. Por el contrario, algunos miembros de la eurybathyal Alcanivorax y Rhizobium comparten id&#xE9;nticas secuencias de subunidad peque&#xF1;a ribosomal DNA que se distribuyeron de las aguas superficiales a la profundidad de 4000 m. La comparaci&#xF3;n con an&#xE1;lisis similares de las comunidades microbianas de la Bah&#xED;a de Monterey revel&#xF3; reconocido previamente, as&#xED; como algunos distintivo, profundidad estratificada divisi&#xF3;n que distingu&#xED;a a las poblaciones costeras del oc&#xE9;ano abierto bacterioplancton. Mientras que algunos sesgo fue evidente en la recuperaci&#xF3;n clon fosmid en unos pocos linajes particulares, la recuperaci&#xF3;n filogen&#xE9;tico grupo global y distribuciones fueron consistentes con estudios previos, as&#xED; como con los datos directos de escopeta de secuencia del ADN misma fuente.

Filogen&#xE9;ticos an&#xE1;lisis de Ribosomal que contienen fragmentos de ADN del genoma de bacterioplancton un perfil de 4000 m de desnivel en el Pac&#xED;fico Norte giro subtropical

&#x57FA;&#x4E8E; fosmid &#x548C;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA; rRNA &#x57FA;&#x56E0; PCR &#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x7684;&#x4E24;&#x79CD;&#x6587;&#x5316;&#x72EC;&#x7ACB;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5728;&#x963F;&#x62C9;&#x65AF;&#x52A0;&#x65BD;&#x62C9;&#x5FB7;&#x62C9;&#x592B;&#x5F62;&#x6210;&#x751F;&#x7269;&#x964D;&#x89E3;&#xFF0C;mesothermic &#x6CB9;&#x6C14;&#x50A8;&#x5C42;&#x5185;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x548C;&#x53E4;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x68C0;&#x67E5;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x67D0;&#x4E9B;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x6392;&#x65A5;&#xFF0C;&#x6574;&#x4F53;&#x662F;&#x7531;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6062;&#x590D;&#x7259;&#x5468;&#x75C5;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5B9A;&#x6027;&#x5B58;&#x5728;&#x663E;&#x8457;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x9A7B;&#x5730;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x81F3;&#x5C11; 14 &#x7EA7;&#x52A8;&#x7269;&#x95E8;&#x8C31;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x53F6;&#x83CA;&#x4E0A; Firmicutes&#xFF0C;&#x5360; 36.2%&#x542B;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA; rRNA &#x57FA;&#x56E0; (SSU(+)) fosmid &#x514B;&#x9686;&#x786E;&#x5B9A;&#x3002;&#x8BED;&#x4F53;&#x6587;&#x5206;&#x90E8;&#x6210;&#x5458;&#x4E5F;&#x662F;&#x4F17;&#x591A;&#x548C;&#x7EC4;&#x6210; SSU(+) fosmid &#x514B;&#x9686;&#x7684; 35.2%&#x3002;&#x4ECE;&#x57DF;&#x53E4;&#x7EA6;&#x5360;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x6240;&#x6709; SSU(+) fosmids&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x5176;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7F16;&#x53F7;&#x76F8;&#x82E5;&#x8FD9;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x4E2D;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x3002;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6240;&#x6709;&#x53E4;&#x83CC;&#x65E0;&#x6027;&#x7CFB;&#x7531;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6062;&#x590D;&#x4E86;&#x6709;&#x5173;&#x4EA7;&#x7532;&#x70F7;&#x83CC;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F; acetoclastic &#x4EA7;&#x7532;&#x70F7;&#x83CC;&#xFF0C;&#x7EC6;&#x83CC; fosmid &#x514B;&#x9686;&#x7684;&#x591A;&#x5143;&#x5316;&#x9644;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E; Synergistes &#x7684;&#x786B;&#x9178;&#x76D0;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x964D;&#x4F4E;&#x5230;&#x918B;&#x9178;&#x916F;&#x539F;&#x6CB9;&#x4E2D;&#x7684;&#x957F;&#x94FE;&#x7FA7;&#x9178;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7684; Firmicutes&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x918B;&#x9178;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7532;&#x70F7;&#x751F;&#x4EA7;&#x4E3A;&#x4E3B;&#x8981;&#x7EC8;&#x7AEF;&#x7535;&#x5B50;&#x63A5;&#x6536;&#x5668;&#x8FD9;&#x5730;&#x4E0B;&#x538C;&#x6C27;&#x98DF;&#x54C1;&#x94FE;&#x4E2D;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x4E2D;&#x95F4;&#x4EE3;&#x8C22;&#x4EA7;&#x7269;&#x3002;

&#x5177;&#x6709;&#x4E24;&#x4E2A;&#x72EC;&#x7ACB;&#x5206;&#x5B50;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8868;&#x5F81;&#x751F;&#x4EA7;&#x4ECE;&#x963F;&#x62C9;&#x65AF;&#x52A0; mesothermic &#x6CB9;&#x6C14;&#x50A8;&#x5C42;&#x7684;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;

The phylogenetic diversity of Bacteria and Archaea within a biodegraded, mesothermic petroleum reservoir in the Schrader Bluff Formation of Alaska was examined by two culture-independent methods based on fosmid and small-subunit rRNA gene PCR clone libraries. Despite the exclusion of certain groups by each method, there was overall no significant qualitative difference in the diversity of phylotypes recovered by the two methods. The resident Bacteria belonged to at least 14 phylum-level lineages, including the polyphyletic Firmicutes, which accounted for 36.2% of all small-subunit rRNA gene-containing (SSU(+)) fosmid clones identified. Members of uncultured divisions were also numerous and made up 35.2% of the SSU(+) fosmid clones. Clones from domain Archaea accounted for about half of all SSU(+) fosmids, suggesting that their cell numbers were comparable to those of the Bacteria in this microbial community. In contrast to the Bacteria, however, nearly all archaeal clones recovered by both methods were related to methanogens, especially acetoclastic methanogens, while the plurality of bacterial fosmid clones was affiliated with Synergistes-like acetogenic Firmicutes that possibly degrade longer-chain carboxylic acid components in the crude oil to acetate. These data suggest that acetate may be a key intermediary metabolite in this subsurface anaerobic food chain, which leads to methane production as the primary terminal electron sink.

Characterizing microbial diversity in production water from an Alaskan mesothermic petroleum reservoir with two independent molecular methods.

La diversit&#xE9; phylog&#xE9;n&#xE9;tique des bact&#xE9;ries et des arch&#xE9;es dans un biod&#xE9;grad&#xE9;s, r&#xE9;servoir de p&#xE9;trole m&#xE9;sothermique dans la Formation de Bluff Schrader de l&#x26;#39;Alaska a &#xE9;t&#xE9; examin&#xE9; par deux ind&#xE9;pendants de la culture des m&#xE9;thodes bas&#xE9;es sur fosmide et petite sous-unit&#xE9; d&#x26;#39;ARNr banques de g&#xE8;nes clones de PCR. Malgr&#xE9; l&#x26;#39;exclusion de certains groupes par chaque m&#xE9;thode, il n&#x26;#39;y avait pas de diff&#xE9;rence significative globale qualitative dans la diversit&#xE9; de phylotypes r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9;s par les deux m&#xE9;thodes. Les bact&#xE9;ries r&#xE9;sidentes appartenaient &#xE0; au moins 14 phylum niveau lignages, y compris les Firmicutes polyphyl&#xE9;tiques, qui repr&#xE9;sentaient 36,2% de tous les petite sous-unit&#xE9;-g&#xE8;ne de l&#x26;#39;ARNr contenant (SSU (+)) clones fosmide identifi&#xE9;. Les membres des divisions incultes &#xE9;taient &#xE9;galement nombreux et faites en hausse de 35,2% de la SSU (+) des clones fosmide. Les clones de Archaea domaine repr&#xE9;sentaient environ la moiti&#xE9; de tous les SSU (+) fosmides, ce qui sugg&#xE8;re que leurs num&#xE9;ros de cellulaires &#xE9;taient comparables &#xE0; celles des bact&#xE9;ries pr&#xE9;sentes dans cette communaut&#xE9; microbienne. Contrairement aux bact&#xE9;ries, cependant, presque tous les clones archaea r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9;s par les deux m&#xE9;thodes ont &#xE9;t&#xE9; li&#xE9;s &#xE0; m&#xE9;thanog&#xE8;nes, en particulier les bact&#xE9;ries m&#xE9;thanog&#xE8;nes acetoclastic, tandis que la pluralit&#xE9; des clones bact&#xE9;riens fosmide a &#xE9;t&#xE9; affili&#xE9; &#xE0; Synergistes-comme Firmicutes ac&#xE9;tog&#xE8;nes que de d&#xE9;grader &#xE0; plus longue cha&#xEE;ne d&#x26;#39;acides carboxyliques dans les composants l&#x26;#39;huile brute &#xE0; l&#x26;#39;ac&#xE9;tate. Ces donn&#xE9;es sugg&#xE8;rent que l&#x26;#39;ac&#xE9;tate de peut-&#xEA;tre un m&#xE9;tabolite interm&#xE9;diaire cl&#xE9; dans cette cha&#xEE;ne alimentaire sous-sol ana&#xE9;robie, ce qui conduit &#xE0; la production de m&#xE9;thane que l&#x26;#39;&#xE9;vier terminal d&#x26;#39;&#xE9;lectrons primaire.

Caract&#xE9;risation de la diversit&#xE9; microbienne dans l&#x26;#39;eau de production &#xE0; partir d&#x26;#39;un r&#xE9;servoir de p&#xE9;trole de l&#x26;#39;Alaska m&#xE9;sothermique avec deux ind&#xE9;pendants m&#xE9;thodes mol&#xE9;culaires

Die phylogenetische Vielfalt von Bakterien und Archaeen innerhalb einer Messung, Mesothermic Erd&ouml;l Stausee im Schrader Bluff Formation Alaska wurde von zwei kulturunabh&auml;ngig Methoden auf der Grundlage von Fosmid und klein-Untereinheit rRNA gen PCR Klon Bibliotheken untersucht. Trotz der Ausschluss bestimmter Gruppen jede Methode gab es insgesamt keine wesentlicher qualitativer Unterschied in der Verschiedenheit der Phylotypen wiederhergestellt, indem die beiden Methoden. Die ans&auml;ssigen Bakterien geh&ouml;rte mindestens 14 Stamm-Ebene-Linien, einschlie&szlig;lich der polyphyletic Firmicutes, was 36,2 % von ganz klein-Untereinheit rRNA-gen-haltigen (SSU(+))-Fosmid-Klone identifiziert. Mitglieder der ungebildeten Divisionen waren auch zahlreiche und 35,2 % der SSU(+) Fosmid Klone aus. Klone aus Dom&auml;ne Archaea entfielen rund die H&auml;lfte aller SSU(+) Fosmids, was darauf hindeutet, dass ihre Zell-Zahlen vergleichbar mit denen der Bakterien in dieser mikrobiellen Gemeinschaft waren. Im Gegensatz zu den Bakterien jedoch fast alle reitenden Klone wiederhergestellt, indem beide Methoden betrafen Methanogens, besonders Acetoclastic Methanogens, w&auml;hrend die Pluralit&auml;t der bakteriellen Fosmid Klone mit Synergistes-&auml;hnlichen Acetogenic Firmicutes angeschlossen wurde, die m&ouml;glicherweise l&auml;ngere Kette Carbons&auml;ure-Komponenten in das Roh&ouml;l Acetat abgebaut. Diese Daten legen nahe, dass Acetat ein wichtiger Vermittler Metabolit in diesem Untergrund anaeroben Nahrungskette, m&ouml;glicherweise Methan-Produktion als die prim&auml;re terminal Elektron-Senke f&uuml;hrt.

Charakterisierung mikrobieller Vielfalt in Produktion Wasser aus einem Alaskan Mesothermic Erd&ouml;l-Reservoir mit zwei unabh&auml;ngigen Molekulare Methoden.

La diversit&agrave; filogenetica dei batteri e Archaea all&#39;interno di un serbatoio di petrolio mesothermic biodegradazione, nella formazione di Bluff Schrader dell&#39;Alaska &egrave; stata esaminata da due metodi di coltura-indipendente basati su fosmid e piccole subunit&agrave; rRNA gene PCR clone librerie. Nonostante l&#39;esclusione di determinati gruppi di ciascun metodo, non c&#39;era nel complesso nessuna significativa differenza qualitativa nella diversit&agrave; delle phylotypes recuperato dai due metodi. I batteri residenti appartenevano ad almeno 14 lignaggi phylum-livello, tra cui il Firmicutes polifiletici, che rappresentavano il 36,2% di tutte le piccole subunit&agrave; rRNA gene-contenenti (SSU(+)) fosmid cloni identificati. Membri delle divisioni incolti erano anche numerose e fatto il 35,2% dei cloni fosmid SSU(+). Cloni dal dominio Archaea rappresentato per circa la met&agrave; di tutti i SSU(+) fosmids, suggerendo che i loro numeri di cellulare erano paragonabili a quelle dei batteri in questa comunit&agrave; microbica. In contrasto con i batteri, tuttavia, quasi tutti i cloni di archaeal recuperati da entrambi i metodi erano imparentati con methanogens, specialmente acetoclastic methanogens, mentre la pluralit&agrave; dei cloni fosmid batterica &egrave; stata affiliata con Synergistes-come acetogeni Firmicutes che possibilmente degradare componenti acidi carbossilici a catena pi&ugrave; lunga in petrolio greggio di acetato. Questi dati suggeriscono che l&#39;acetato pu&ograve; essere un metabolita intermediario chiave in questa catena alimentare anaerobica sottosuolo, che conduce alla produzione di metano come il dissipatore principale terminale degli elettroni.

Che caratterizzano la diversit&agrave; microbica nell&#39;acqua di produzione da un serbatoio di petrolio dell&#39;Alaska mesothermic con due metodi molecolari indipendenti.

&#x30A2;&#x30E9;&#x30B9;&#x30AB;&#x5DDE;&#x306E;&#x30B7;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C0;&#x30FC;&#x30D6;&#x30E9;&#x30D5;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x751F;&#x5206;&#x89E3;&#x3001;mesothermic&#x77F3;&#x6CB9;&#x8CAF;&#x7559;&#x5C64;&#x5185;&#x306E;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3084;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x5B66;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306F;fosmid&#x3068;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;PCR&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;2&#x3064;&#x306E;&#x30AB;&#x30EB;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5404;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x9664;&#x5916;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x56DE;&#x53CE;phylotypes&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x6709;&#x610F;&#x306A;&#x5B9A;&#x6027;&#x7684;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x306F;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5E38;&#x99D0;&#x7D30;&#x83CC;&#x304C;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#xFF08;SSU&#xFF08;+&#xFF09;&#xFF09;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;36.2&#xFF05;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x305F;&#x591A;&#x7CFB;&#x7D71;Firmicutes&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;14&#x9580;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6559;&#x990A;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x90E8;&#x9580;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3082;&#x591A;&#x6570;&#x3044;&#x305F;&#x3068;SSU&#x306E;35.2&#xFF05;&#xFF08;+&#xFF09;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x4F5C;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x304B;&#x3089;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x540C;&#x7B49;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;SSU&#xFF08;+&#xFF09;fosmids&#x306E;&#x7D04;&#x534A;&#x5206;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3067;&#x9577;&#x9396;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x6210;&#x5206;&#x3092;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3055;&#x305B;&#x308B;Synergistes&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9162;&#x9178;&#x751F;&#x6210;Firmicutes&#x3068;&#x63D0;&#x643A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9593;&#x306B;&#x7D30;&#x83CC;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x56DE;&#x53CE;&#x3057;&#x3001;&#x307B;&#x307C;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x30E1;&#x30BF;&#x30F3;&#x3001;acetoclastic&#x30E1;&#x30BF;&#x30F3;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x9162;&#x9178;&#x306B;&#x539F;&#x6CB9;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x9162;&#x9178;&#x304C;&#x4E3B;&#x7AEF;&#x672B;&#x306E;&#x96FB;&#x5B50;&#x30B7;&#x30F3;&#x30AF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30F3;&#x751F;&#x6210;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x5730;&#x4E0B;&#x5ACC;&#x6C17;&#x98DF;&#x7269;&#x9023;&#x9396;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7269;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x8005;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;

&#x3064;&#x306E;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x624B;&#x6CD5;&#x3068;&#x30A2;&#x30E9;&#x30B9;&#x30AB;&#x306E;Mesothermic&#x306E;&#x77F3;&#x6CB9;&#x8CAF;&#x7559;&#x5C64;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x7523;&#x6C34;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x308B;

&#xC288; &#xB808;&#xC774;&#xB354; &#xBE14; &#xB7EC;&#xD504; &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xC54C;&#xB798;&#xC2A4;&#xCE74;&#xC5D0;&#xC11C; biodegraded, mesothermic &#xC11D;&#xC720; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC640; &#xACE0;&#xC138;&#xADE0; phylogenetic &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; fosmid&#xC640; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; PCR &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xAE30;&#xBC18;&#xD55C; 2 &#xBB38;&#xD654; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xC870;&#xC0AC; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xAC01; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD2B9;&#xC815; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xBC30;&#xC81C;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB294; phylotypes&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0; &#xD070; &#xC9C8;&#xC801; &#xCC28;&#xC774;. &#xC0C1;&#xC8FC; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD3EC;&#xD568; (SSU(+)) fosmid &#xBCF5;&#xC81C; &#xD655;&#xC778;&#xC758; 36.2%&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xB294; polyphyletic Firmicutes&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; 14 &#xBB38; &#xC218;&#xC900; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xC18D;&#xD55C;. &#xBC40;&#xACFC; &#xC0AC;&#xB2E8;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; SSU(+) fosmid &#xD074;&#xB860;&#xC758; 35.2%&#xB97C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xACE0;&#xC138;&#xADE0; &#xBAA8;&#xB4E0; SSU(+) fosmids&#xC758; &#xC808;&#xBC18; &#xC815;&#xB3C4; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xD578;&#xB4DC;&#xD3F0; &#xBC88;&#xD638; &#xADF8; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xD588;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD074;&#xB860;. &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xB2EC;&#xB9AC;, &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB294; &#xAC70;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; archaeal &#xD074;&#xB860; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4; methanogens, &#xD2B9;&#xD788; acetoclastic methanogens &#xC138;&#xADE0; fosmid &#xD074;&#xB860;&#xC758; &#xBCF5;&#xC218;&#xB294; Synergistes &#xAC19;&#xC740; acetogenic &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC800;&#xD558; &#xCD08; &#xC0B0; &#xC6D0;&#xC720;&#xC758; &#xAE34; &#xCCB4;&#xC778; carboxylic &#xC0B0; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; Firmicutes&#xC640; &#xC81C;&#xD734; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC544;&#xC138;&#xD14C;&#xC774;&#xD2B8; &#xD45C;&#xBA74; &#xD610; &#xAE30;&#xC131; &#xC2DD;&#xD488; &#xCCB4;&#xC778;, &#xAE30;&#xBCF8; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC804;&#xC790; &#xC2F1;&#xD06C;&#xB85C; &#xBA54;&#xD0C4; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAC8C; &#xD0A4; &#xC911;&#xAC04; &#xB300;&#xC0AC; &#xC0B0;&#xBB3C;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xBD84;&#xC790; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB85C; &#xC54C;&#xB798;&#xC2A4;&#xCE74; mesothermic &#xC11D;&#xC720; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xBB3C;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;.

La diversidad filogen&#xE9;tica de bacterias y arqueas dentro de un dep&#xF3;sito de biodegradaci&#xF3;n, el petr&#xF3;leo mesot&#xE9;rmico en la Formaci&#xF3;n Schrader Bluff de Alaska fue examinado por dos independientes cultura de los m&#xE9;todos basados &#x200B;&#x200B;en fosmid y peque&#xF1;a subunidad rRNA genes bibliotecas de clones de PCR. A pesar de la exclusi&#xF3;n de ciertos grupos por cada m&#xE9;todo, no era en general no hubo diferencias significativas en la diversidad cualitativa de filotipos recuperados por los dos m&#xE9;todos. Las bacterias residentes pertenec&#xED;an a por lo menos 14 a nivel de filo-linajes, incluyendo los Firmicutes polifil&#xE9;tico, que representaron el 36,2% de toda la subunidad peque&#xF1;a rRNA gen que contiene (SSU (+)) fosmid clones identificados. Los miembros de las divisiones incultos tambi&#xE9;n eran numerosos y compuesto por el 35,2% de la SSU (+) fosmid clones. Los clones de dominio Archaea representaron aproximadamente la mitad de todas las SSU (+) fosmids, lo que sugiere que su n&#xFA;mero de c&#xE9;lulas fueron comparables a los de las bacterias en esta comunidad microbiana. En contraste con las bacterias, sin embargo, casi todos los clones Arqueales recuperados por ambos m&#xE9;todos se relaciona con metan&#xF3;genos, especialmente metan&#xF3;genos acetoclastic, mientras que la pluralidad de los clones bacterianos fosmid fue afiliada con Synergistes-como Firmicutes acetog&#xE9;nicas que posiblemente degradan los componentes de cadena larga de &#xE1;cidos carbox&#xED;licos en el aceite crudo a acetato. Estos datos sugieren que el acetato puede ser un intermediario clave en este metabolito cadena alimentaria subsuelo anaer&#xF3;bico, lo que conduce a la producci&#xF3;n de metano como el disipador de terminal de electrones primario.

Caracterizaci&#xF3;n de la diversidad microbiana de producci&#xF3;n de agua de un embalse de Alaska mesot&#xE9;rmico Petr&#xF3;leo con dos m&#xE9;todos moleculares independientes

&#x8C03;&#x67E5;&#x65F6;&#x95F4;&#x3001; &#x7A7A;&#x95F4;&#x4E0E;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x53D8;&#x5F02;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x6269;&#x5927;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4EE3;&#x7406;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x9635;&#x5217; &#xFF08;&#x9488;&#x5BF9;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7247;&#x6BB5;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x82AF;&#x7247;&#xFF09;&#x3001; &#x8BC4;&#x4F30;&#x5B83;&#x5BF9;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x65F6;&#x95F4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6837;&#x672C;&#x6765;&#x81EA;&#x8499;&#x7279;&#x5229;&#x6E7E;&#x3002;&#x6269;&#x5C55;&#x7684;&#x6570;&#x7EC4;&#x5F88;&#x591A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B;&#x548C;&#x8BED;&#x4F53;&#x6587;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x76EE;&#x6807; 268 &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x3002;&#x6570;&#x7EC4;&#x6240;&#x8861;&#x91CF;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x4E30;&#x5EA6;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E; pyrosequence &#x7684;&#x4E30;&#x5EA6; (&#x7EBF;&#x6027;&#x56DE;&#x5F52; R(2) = 0.85-0.91&#xFF0C;P &lt; 0.0001)&#x3002;&#x4ECE; &sim;4 &#x5E74;&#x5728;&#x8499;&#x7279;&#x5229;&#x6E7E;&#x4E0E;&#x9635;&#x5217;&#xFF0C;&#x8DE8;&#x8D8A;&#x900F;&#x5149;&#x533A; &#xFF08;0 m&#xFF09;&#xFF0C;&#x5BA1;&#x67E5;&#x4E86;&#x4E94;&#x5341;&#x4E03;&#x4E2A;&#x6837;&#x54C1;&#x8868;&#x9762;&#x7684;&#x57FA;&#x5730;&#x6DF7;&#x5408;&#x5C42; (30 &#x7C73;) &#x548C; subphotic &#x533A; &#xFF08;200 &#x7C73;&#xFF09;&#x3002;&#x6269;&#x5927;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4EE3;&#x7406;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x9635;&#x5217;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x5F88;&#x5927;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x663E;&#x793A;&#x4FE1;&#x53F7; (95 &#x4E2A; 268 &#x76EE;&#x6807;&#x76EE;&#x524D;&#x5728; &ge; 1 &#x793A;&#x4F8B;&#xFF09;&#x3002;&#x591A;&#x5E74;&#x7684;&#x793E;&#x4F1A;&#x8C03;&#x67E5;&#x663E;&#x793A;&#x4E00;&#x81F4;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#x5C0F;&#x7EC4;&#x7684;&#x5171;&#x540C;&#x5B58;&#x5728;&#x548C;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x5728;&#x8499;&#x7279;&#x5229;&#x6E7E;&#x3001; &#x9AD8;&#x53D8;&#x5F02;&#x6027;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x6D45;&#x6BD4;&#x6DF1;&#x6837;&#x54C1;&#x548C;&#x66F4;&#x591A;&#x77AC;&#x53D8;&#x6D77;&#x6D0B;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x7684;&#x5076;&#x53D1;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x3002;&#x6700;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x5F3A;&#x5E55;&#x5F0F;&#x4E0A;&#x6D8C;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x540E;&#x8FBE;&#x5230;&#x9876;&#x5CF0;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4EE3;&#x7406;&#x9635;&#x5217;&#x80FD;&#x529B;&#x5BC6;&#x5207;&#x8DDF;&#x8E2A;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x6709;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x8868;&#x660E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x5185;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#xFF0C;&#x5728;&#x67D0;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x7FA4;&#x96C6;&#x7684;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x6216;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5B66;&#x7684;&#x5B63;&#x8282;&#x3002;&#x867D;&#x7136; 51 &#x8015;&#x5730;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#x76EE;&#x6807; &#xFF08;&#x5360; 19%&#x7684;&#x6570;&#x7EC4;&#xFF09; &#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x548C;&#x603B;&#x76EE;&#x6807;&#x4FE1;&#x53F7; &#xFF08;85%&#x548C; &sim;92%&#x5206;&#x522B;) &#x6765;&#x81EA;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#xFF0C;&#x5F80;&#x5F80;&#x90A3;&#x4E9B;&#x6765;&#x81EA;&#x8499;&#x7279;&#x5229;&#x6E7E;&#x3002;&#x6570;&#x7EC4;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x5177;&#x6210;&#x672C;&#x6548;&#x76CA;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5; (&sim; 15 &#x7F8E;&#x5143;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x9635;&#x5217;&#xFF09; &#x6D4B;&#x91CF;&#x81EA;&#x7136;&#x53F2;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x8C31;&#x7CFB;&#x3002;

&#x4F7F;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4EE3;&#x7406;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x82AF;&#x7247;&#x7684;&#x8499;&#x7279;&#x5229;&#x6E7E;&#x6CBF;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x8D85;&#x5FAE;&#x578B;&#x65F6;&#x95F4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

To investigate the temporal, spatial and phylogenetic resolution of marine microbial community structure and variability, we designed and expanded a genome proxy array (an oligonucleotide microarray targeting marine microbial genome fragments and genomes), evaluated it against metagenomic sequencing, and applied it to time-series samples from the Monterey Bay. The expanded array targeted 268 microbial genotypes across much of the known diversity of cultured and uncultured marine microbes. The target abundances measured by the array were highly correlated to pyrosequence-based abundances (linear regression R(2) = 0.85-0.91, P < 0.0001). Fifty-seven samples from âˆ¼4 years in Monterey Bay were examined with the array, spanning the photic zone (0 m), the base of the surface mixed layer (30 m) and the subphotic zone (200 m). A significant portion of the expanded genome proxy array's targets showed signal (95 out of 268 targets present in â‰¥ 1 sample). The multi-year community survey showed the consistent presence of a core group of common and abundant targeted taxa at each depth in Monterey Bay, higher variability among shallow than deep samples, and episodic occurrences of more transient marine genotypes. The abundance of the most dominant genotypes peaked after strong episodic upwelling events. The genome-proxy array's ability to track populations of closely related genotypes indicated population shifts within several abundant target taxa, with specific populations in some cases clustering by depth or oceanographic season. Although 51 cultivated organisms were targeted (representing 19% of the array) the majority of targets detected and of total target signal (85% and âˆ¼92% respectively) were from uncultivated genotypes, often those derived from Monterey Bay. The array provided a relatively cost-effective approach (âˆ¼$15 per array) for surveying the natural history of uncultivated lineages.

Time-series analyses of Monterey Bay coastal microbial picoplankton using a 'genome proxy' microarray.

Pour enqu&#xEA;ter sur la r&#xE9;solution temporelle, spatiale et phylog&#xE9;n&#xE9;tique de la structure des communaut&#xE9;s microbiennes marines et de la variabilit&#xE9;, nous avons con&#xE7;u et d&#xE9;velopp&#xE9; un r&#xE9;seau de proxy g&#xE9;nome (un micror&#xE9;seau oligonucl&#xE9;otide ciblant marins fragments de g&#xE9;nomes microbiens et des g&#xE9;nomes), il a &#xE9;valu&#xE9; contre s&#xE9;quen&#xE7;age m&#xE9;tag&#xE9;nomique, et l&#x26;#39;a appliqu&#xE9; &#xE0; temps &#xE9;chantillons de la s&#xE9;rie de la baie de Monterey. La gamme &#xE9;tendue cibl&#xE9;e 268 g&#xE9;notypes microbiennes dans une grande partie de la diversit&#xE9; connue de culture et inculte microbes marins. Les abondances cibles mesur&#xE9;es par le r&#xE9;seau ont &#xE9;t&#xE9; fortement corr&#xE9;l&#xE9;e &#xE0; pyrosequence bas&#xE9;s sur l&#x26;#39;abondance (r&#xE9;gression lin&#xE9;aire R (2) = 0.85 au 0.91, P &#x26;lt;0,0001). Cinquante-sept &#xE9;chantillons de ~ 4 ans dans la baie de Monterey ont &#xE9;t&#xE9; examin&#xE9;s avec le tableau, couvrant la zone photique (0 m), la base de la couche m&#xE9;lang&#xE9;e de surface (30 m) et la zone subphotic (200 m). Une partie importante des objectifs de la matrice g&#xE9;nome &#xE9;largi proxy a montr&#xE9; de signal (95 sur 268 cibles pr&#xE9;sentes dans l&#x26;#39;&#xE9;chantillon &#x2265; 1). L&#x26;#39;enqu&#xEA;te communautaire pluriannuel a montr&#xE9; la pr&#xE9;sence constante d&#x26;#39;un groupe restreint de taxons cibl&#xE9;e commune et abondante &#xE0; chaque profondeur dans la baie de Monterey, une plus grande variabilit&#xE9; parmi les peu profondes que les &#xE9;chantillons profonds, et les occurrences &#xE9;pisodiques de g&#xE9;notypes plus marins de passage. L&#x26;#39;abondance des g&#xE9;notypes les plus dominantes ont atteint un sommet apr&#xE8;s de fortes &#xE9;pisodiques des &#xE9;v&#xE9;nements d&#x26;#39;upwelling. La capacit&#xE9; de la matrice du g&#xE9;nome proxy pour suivre les populations de g&#xE9;notypes &#xE9;troitement li&#xE9;s indiqu&#xE9; les d&#xE9;placements de population au sein de taxons cible de plusieurs abondante, avec des populations sp&#xE9;cifiques, dans certains cas de clustering par la profondeur ou la saison oc&#xE9;anographiques. Bien que 51 organismes cultiv&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; cibl&#xE9;s (soit 19% du r&#xE9;seau) la majorit&#xE9; des cibles d&#xE9;tect&#xE9;es et du signal cible totale (85% et ~ 92%, respectivement) &#xE9;taient de g&#xE9;notypes non cultiv&#xE9;s, souvent ceux issus de la baie de Monterey. Le tableau fourni une approche relativement rentable (~ 15 $ par tableau) pour l&#x26;#39;arpentage de l&#x26;#39;histoire naturelle des lign&#xE9;es incultes.

Les s&#xE9;ries chronologiques Les analyses de la baie de Monterey Picoplancton microbienne du littoral &#xE0; l&#x26;#39;aide de puces &#xE0; ADN un &#xAB;proxy g&#xE9;nome&#xBB;

Um die zeitliche, r&auml;umliche und phylogenetische Aufl&ouml;sung der marine mikrobielle Gemeinschaftsstruktur und Variabilit&auml;t zu untersuchen, wir entwickelt und erweitert ein Genom Proxyarray (ein Oligonukleotid-Microarray targeting marine mikrobiellen Genoms Fragmente und Genome) es gegen durchgef&uuml;hrte metagenomische Sequenzierung ausgewertet und wendete sie auf Zeitreihen Proben von der Monterey Bay. Das erweiterte Array gezielt 268 mikrobielle Genotypen in weiten Teilen der bekannten Vielfalt der kultivierten und ungebildeten Meeresmikroben. Die Ziel-H&auml;ufigkeiten gemessen vom Array wurden auf Pyrosequence basierenden H&auml;ufigkeiten stark korreliert (lineare Regression Optionsbildschirm = 0,85-0.91, P &lt; 0,0001). Siebenundf&uuml;nfzig Proben aus &sim;4, die Jahre in Monterey Bay mit dem Array &uuml;ber die photic Zone (0 m), untersucht wurden gemischt die Basis der Oberfl&auml;che Schicht (30 m) und der subphotic Zone (200 m). Ein erheblicher Teil der erweiterten Genoms Proxyarray Ziele zeigte Signal (95 von 268 Ziele pr&auml;sentieren in &ge; 1 Probe). Die mehrj&auml;hrigen Community-Umfrage zeigte die konsequente Pr&auml;senz einer Kerngruppe Common und reichlich gezielte Taxa in jeder Tiefe in Monterey Bay, h&ouml;here Variabilit&auml;t unter flach als tiefe Samples und episodische vorkommen mehr vor&uuml;bergehenden marinen Genotypen. Die F&uuml;lle der dominierenden Genotypen erreichte Nachereignisse starke episodische Auftrieb. Das Genom-Proxy-Array F&auml;higkeit, Populationen von eng verfolgen bezogene Genotypen lie&szlig;en erkennen, dass die Bev&ouml;lkerung innerhalb mehrerer reichlich Ziel Taxa, mit bestimmten Populationen in einigen F&auml;llen clustering von Tiefe oder ozeanographische Saison wechselt. Obwohl 51 kultivierte Organismen gerichtet waren (f&uuml;r 19 % des Arrays) die Mehrheit der Ziele erkannt und der gesamten Ziel signalisieren (85 % und &sim;92 % beziehungsweise) von Wildpflanze Genotypen, oft diejenigen von Monterey Bay abgeleitet wurden. Das Array zur Verf&uuml;gung gestellt, eines relativ kosteng&uuml;nstigen Ansatzes (&sim;$ 15 pro Array) f&uuml;r die Vermessung der Naturgeschichte des unbebauten &Uuml;bertragungslinien.

Zeitreihen-Analysen der Bakterio-und Monterey Bay K&uuml;ste mikrobielle Virioplankton mit einem Microarray &#39;Genom Proxy&#39;.

Per indagare la risoluzione temporale, spaziale e filogenetica della comunit&agrave; microbica Marina struttura e variabilit&agrave;, abbiamo progettato e ampliato una matrice di proxy del genoma (un microarray di oligonucleotidi targeting genomi e frammenti di genoma microbico marini), valutata metagenomica sequenziamento e applicato a campioni di serie temporali dalla baia di Monterey. La matrice espansa mirati 268 genotipi microbiche in gran parte della diversit&agrave; nota dei microbi marini colti e incolti. L&#39;abbondanza di destinazione misurata dalla matrice era altamente correlato ad abbondanza basata su pyrosequence (regressione lineare R(2) = 0,85-0,91, P &lt; 0.0001). Cinquantasette campioni da &sim;4 anni in Monterey Bay sono stati esaminati con la matrice, che attraversa la zona fotica (0 m), la base della superficie misto strato (30 m) e la zona subphotic (200 m). Una parte significativa degli obiettivi della matrice espansa genoma proxy ha mostrato il segnale (95 di 268 obiettivi presentano in &ge; 1 campione). L&#39;indagine comunitaria pluriennale ha mostrato la presenza costante di un gruppo ristretto di comuni e abbondanti taxa mirati ad ogni profondit&agrave; nella baia di Monterey, maggiore variabilit&agrave; tra superficiale rispetto profondi campioni ed episodiche occorrenze di genotipi marini transitori pi&ugrave;. L&#39;abbondanza dei genotipi pi&ugrave; dominanti raggiunse dopo eventi forte risalita episodica. Capacit&agrave; della matrice del genoma-proxy per monitorare le popolazioni di strettamente correlati genotipi indicata la popolazione si sposta all&#39;interno di diversi taxa abbondanti target, con popolazioni specifiche, in alcuni casi clustering di profondit&agrave; o Oceanografico stagione. Sebbene 51 organismi coltivati sono stati mirati (che rappresentano il 19% della matrice) la maggior parte dei bersagli rilevati e di target totale di segnale (85% e &sim;92% rispettivamente) sono stati da genotipi incolti, spesso quelli derivati dalla Monterey Bay. La matrice fornito un approccio relativamente conveniente (&sim;$ 15 per array) per la misurazione della storia naturale dei lignaggi incolti.

Analisi time-series di Monterey Bay costiere microbica picoplankton usando un microarray &#39;proxy genoma&#39;.

&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x5909;&#x52D5;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x7684;&#x3001;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7CFB;&#x7D71;&#x5B66;&#x7684;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x8A2D;&#x8A08;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5C55;&#x958B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#xFF08;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x65AD;&#x7247;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x6A19;&#x7684;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#xFF09;&#x3001;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x308C;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6642;&#x9593;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30D9;&#x30A4;&#x304B;&#x3089;&#x30B7;&#x30EA;&#x30FC;&#x30BA;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3002;&#x62E1;&#x5F35;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x57F9;&#x990A;&#x3057;&#x3001;&#x6559;&#x990A;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;268&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3067;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;pyrosequence&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D0;&#x30F3;&#x30C0;&#x30F3;&#x30B9;&#xFF08;&#x7DDA;&#x5F62;&#x56DE;&#x5E30;R&#xFF08;2&#xFF09;= 0.85&#x304B;&#x3089;0.91&#x3001;P &#x26;lt;0.0001&#xFF09;&#x306B;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30D9;&#x30A4;&#x3067;&#x301C;&#x6B73;&#x304B;&#x3089;4&#x6B73;&#x307E;&#x3067;&#x306E;57&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306F;&#x6709;&#x5149;&#x5C64;&#xFF08;0 m&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x8868;&#x5C64;&#x6DF7;&#x5408;&#x5C64;&#xFF08;30 m&#xFF09;&#x3068;subphotic&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#xFF08;200&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#xFF09;&#x306E;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306B;&#x307E;&#x305F;&#x304C;&#x308B;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x305F;&#x3002;&#x62E1;&#x5F35;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x3001;&#x4FE1;&#x53F7;&#xFF08;&#x2265;1&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;268&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x306E;95&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#xFF09;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x8907;&#x6570;&#x5E74;&#x306E;&#x793E;&#x4F1A;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x6E7E;&#x3001;&#x6DF1;&#x3044;&#x8A66;&#x6599;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x6D45;&#x3044;&#x9AD8;&#x304B;&#x3063;&#x3070;&#x3089;&#x3064;&#x304D;&#x3084;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x4E00;&#x6642;&#x7684;&#x306A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x30A8;&#x30D4;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C9;&#x51FA;&#x73FE;&#x306E;&#x5404;&#x6DF1;&#x3055;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306E;&#x30B3;&#x30A2;&#xB7;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30A8;&#x30D4;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C9;&#x6E67;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x5F8C;&#x306B;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x9054;&#x3057;&#x3001;&#x6700;&#x3082;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3002;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x306E;&#x96C6;&#x56E3;&#x3092;&#x8FFD;&#x8DE1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x3055;&#x3084;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5B63;&#x7BC0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x96C6;&#x56E3;&#x3067;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x5185;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x79FB;&#x52D5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 51&#x683D;&#x57F9;&#x751F;&#x7269;&#x304C;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#xFF08;&#x914D;&#x5217;&#x306E;19&#xFF05;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#xFF09;&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#xFF08;85&#xFF05;&#x301C;92&#xFF05;&#xFF09;&#x304C;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x578B;&#x3001;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x6E7E;&#x306B;&#x7531;&#x6765;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x81EA;&#x7136;&#x53F2;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x8CBB;&#x7528;&#x5BFE;&#x52B9;&#x679C;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#xFF08;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3054;&#x3068;&#x306B;&#x301C;$ 15&#xFF09;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x26;quot;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x26;quot;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x6E7E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30D4;&#x30B3;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x6642;&#x7CFB;&#x5217;&#x5206;&#x6790;

&#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC801;, &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xBC0F; phylogenetic &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC870;&#xC0AC;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC124;&#xACC4; &#xAC8C;&#xB188; &#xD504;&#xB85D;&#xC2DC; &#xBC30;&#xC5F4; (&#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC870;&#xAC01;&#xACFC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; oligonucleotide microarray) &#xD655;&#xC7A5;, metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xD3C9;&#xAC00; &#xACE0; &#xBAAC;&#xD14C;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xACC4;&#xC5F4; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9;. &#xD655;&#xC7A5; &#xB41C; &#xBC30;&#xC5F4; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAD50;&#xC591; &#xBC0F; &#xBBF8; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; 268 &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; genotypes&#xC744; &#xB300;&#xC0C1; &#xC73C;&#xB85C;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCE21;&#xC815; &#xB300;&#xC0C1; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB294;&#xB370; &#xD588;&#xB2E4; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4;&#xAC00; &#xB192;&#xC740; pyrosequence &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB294;&#xB370; (&#xC120;&#xD615; &#xD68C;&#xADC0; R(2) 0.85-0.91, P = &lt; 0.0001). &sim;4 &#xB144; &#xBAAC;&#xD2B8;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774; &#xBE5B; &#xC601;&#xC5ED; (0m)&#xC5D0; &#xAC78;&#xCE5C; &#xBC30;&#xC5F4;&#xACFC; &#xD568;&#xAED8; &#xC870;&#xC0AC; &#xB410;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; 50-7 &#xC0D8;&#xD50C; &#xD45C;&#xBA74; &#xAE30;&#xC9C0; &#xD63C;&#xD569; &#xB808;&#xC774;&#xC5B4; (30m)&#xC640; subphotic &#xC601;&#xC5ED; (200 m). &#xD655;&#xC7A5; &#xB41C; &#xAC8C;&#xB188; &#xD504;&#xB85D;&#xC2DC; &#xBC30;&#xC5F4; &#xBAA9;&#xD45C;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9; &#xBD80;&#xBD84; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC; &#xC2E0;&#xD638; (95 268 &#xBAA9;&#xD45C; &#xC81C;&#xC2DC;&#xC5D0; &ge; 1 &#xC0D8;&#xD50C;). &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD574; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C; &#xC870;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xB530;&#xB974;&#xBA74; &#xC77C;&#xBC18;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC77C;&#xAD00; &#xB41C; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xBAAC;&#xD14C;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774;, &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xB192;&#xC740; &#xBCC0;&#xB3D9;&#xC131;&#xC5D0; &#xAC01; &#xAE4A;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; taxa &#xAE4A;&#xC740; &#xC0D8;&#xD50C;&#xACFC; &#xB354; &#xACFC;&#xB3C4; &#xD574;&#xC591; genotypes&#xC758; &#xC5D0;&#xD53C;&#xC18C;&#xB4DC; &#xD56D;&#xBAA9; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC595;&#xC740;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; genotypes &#xD48D;&#xC694;&#xC758; &#xC815;&#xC810;&#xC5D0; &#xAC15;&#xD55C; &#xC5D0;&#xD53C;&#xC18C;&#xB4DC; upwelling &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8; &#xD6C4;. &#xC778;&#xAD6C;&#xB97C; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xCD94;&#xC801;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xAC8C;&#xB188; &#xD504;&#xB85D;&#xC2DC; &#xBC30;&#xC5F4; genotypes &#xD45C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xAE4A;&#xC774; &#xB610;&#xB294; &#xD574;&#xC591; &#xC2DC;&#xC98C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xACBD;&#xC6B0;&#xB3C4; &#xD2B9;&#xC815; &#xC778;&#xAD6C;&#xC640; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xB300;&#xC0C1; taxa &#xB0B4; &#xC778;&#xAD6C; &#xC774;&#xB3D9; &#xAD00;&#xB828;. (&#xBC30;&#xC5F4;&#xC758; 19%&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294;) 51 &#xC7AC;&#xBC30; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xB97C; &#xD45C;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD588;&#xB2E4; &#xD558;&#xB354;&#xB77C;&#xB3C4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB300;&#xC0C1; &#xBC0F; &#xC804;&#xCCB4; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC2E0;&#xD638; (85%&#xC640; &sim;92% &#xAC01;&#xAC01;) &#xADF8;&#xB294; &#xBAAC;&#xD14C;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xC885;&#xC885; &#xBBF8; &#xAC1C; genotypes&#xC5D0;&#xC11C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBE44;&#xC6A9; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xBC30;&#xC5F4; (&sim; &#xBC30;&#xC5F4; &#xB2F9; $15) &#xBBF8; &#xAC1C;&#xC758; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xC790;&#xC5F0;&#xC758; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;.

&#xBAAC;&#xD2B8;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774; &#xD574;&#xC548; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; picoplankton &#39;&#xAC8C;&#xB188; &#39; &#xD504;&#xB85D;&#xC2DC; microarray&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xACC4;&#xC5F4; &#xBD84;&#xC11D;.

Para investigar la resoluci&#xF3;n temporal, espacial y filogen&#xE9;ticos de la estructura de la comunidad microbiana marina y la variabilidad, se dise&#xF1;&#xF3; y se expandi&#xF3; una amplia representaci&#xF3;n del genoma (una microarrays de oligonucle&#xF3;tidos dirigido marinos fragmentos del genoma microbiano y genomas), evalu&#xF3; la secuenciaci&#xF3;n metagen&#xF3;mica contra, y lo aplic&#xF3; a tiempo muestras de la serie de la bah&#xED;a de Monterey. La matriz ampliada dirigido 268 genotipos microbianos en gran parte de la diversidad conocida de los microbios marinos cultivados e incultos. Las abundancias objetivo medido por la matriz est&#xE1;n altamente correlacionados con base pyrosequence-abundancia de regresi&#xF3;n lineal (R (2) = 0,85 a 0,91, P &#x26;lt;0,0001). Cincuenta y siete muestras de ~ 4 a&#xF1;os en la Bah&#xED;a de Monterey fueron examinados con la matriz, que abarca la zona f&#xF3;tica (0 m), la base de la capa superficial de mezcla (30 m) y la zona subphotic (200 m). Una parte importante de los objetivos de la matriz del genoma de proxy ampliada mostr&#xF3; la se&#xF1;al (95 de 268 objetivos presentes en &#x2265; 1 muestra). La encuesta de la comunidad de varios a&#xF1;os se observ&#xF3; la presencia constante de un grupo de taxones espec&#xED;fica com&#xFA;n y abundante en cada uno de profundidad en la bah&#xED;a de Monterey, una mayor variabilidad entre las muestras superficiales que profundas, y los sucesos epis&#xF3;dicos de m&#xE1;s genotipos marinos transitorios. La abundancia de los genotipos m&#xE1;s dominantes alcanz&#xF3; su punto m&#xE1;ximo despu&#xE9;s de fuertes eventos epis&#xF3;dicos de surgencia. La capacidad de la matriz del genoma de proxy para realizar un seguimiento de las poblaciones de genotipos estrechamente relacionados con cambios en la poblaci&#xF3;n indicada en varios taxones de destino abundante, con poblaciones espec&#xED;ficas, en algunos casos por la profundidad de clustering o la estaci&#xF3;n oceanogr&#xE1;fica. A pesar de 51 organismos cultivados fueron blanco (representando el 19% de la matriz), la mayor&#xED;a de los objetivos de detectar y de la se&#xF1;al de meta total (85% y ~ 92%, respectivamente) fueron de los genotipos no cultivados, con frecuencia los derivados de la Bah&#xED;a de Monterey. La matriz proporciona un enfoque coste-efectivo (~ $ 15 por conjunto) para analizar la historia natural de los linajes no cultivadas.

Los an&#xE1;lisis de series temporales del fitoplancton de Monterey Bay Coastal microbiana utilizando microarrays un &#x26;quot;proxy genoma &#x26;#39;

Vinh D. Pham

Division of Biological Engineering,
Department of Civil and Environmental Engineering,
Division of Biological Engineering, Department of Civil and Environmental Engineering

MIT - Massachusetts Institute of Technology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Vinh D. Pham

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Division of Biological Engineering,Department of Civil and Environmental Engineering,Division of Biological Engineering, Department of Civil and Environmental Engineering

MIT - Massachusetts Institute of Technology

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