Measuring Frailty in HIV-infected Individuals. Identification of Frail Patients is the First Step to Amelioration and Reversal of Frailty

A simple, validated protocol consisting of a battery of tests is available to identify elderly patients with frailty syndrome. This syndrome of decreased ...

University of Arizona

A PCR-based genotyping system that detects divergence of IS100 locations within the Yersinia pestis genome was used to characterize a large collection of isolates of different biovars and geographical origins. Using sequences derived from the glycerol-negative biovar orientalis strain CO92, a set of 27 locus-specific primers was designed to amplify fragments between the end of IS100 and its neighboring gene. Geographically diverse members of the orientalis biovar formed a homogeneous group with identical genotype with the exception of strains isolated in Indochina. In contrast, strains belonging to the glycerol-positive biovar antiqua showed a variety of fingerprinting profiles. Moreover, strains of the biovar medievalis (also glycerol positive) clustered together with the antiqua isolates originated from Southeast Asia, suggesting their close phylogenetic relationships. Interestingly, a Manchurian biovar antiqua strain Nicholisk 51 displayed a genotyping pattern typical of biovar orientalis isolates. Analysis of the glycerol pathway in Y. pestis suggested that a 93-bp deletion within the glpD gene encoding aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase might account for the glycerol-negative phenotype of the orientalis biovar. The glpD gene of strain Nicholisk 51 did not possess this deletion, although it contained two nucleotide substitutions characteristic of the glpD version found exclusively in biovar orientalis strains. To account for this close relationship between biovar orientalis strains and the antiqua Nicholisk 51 isolate, we postulate that the latter represents a variant of this biovar with restored ability to ferment glycerol. The fact that such a genetic lesion might be repaired as part of the natural evolutionary process suggests the existence of genetic exchange between different Yersinia strains in nature. The relevance of this observation on the emergence of epidemic Y. pestis strains is discussed.

Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD).

Un syst&egrave;me de g&eacute;notypage bas&eacute;es sur la PCR qui d&eacute;tecte les divergence de IS100 endroits dans le g&eacute;nome de Yersinia pestis a &eacute;t&eacute; utilis&eacute; pour caract&eacute;riser une grande collection de souches de diff&eacute;rents biovars et les origines g&eacute;ographiques. &Agrave; l&#39;aide de s&eacute;quences d&eacute;riv&eacute;es du biovar glyc&eacute;rol n&eacute;gatif orientalis souche CO92, un ensemble de 27 amorces sp&eacute;cifiques d&#39;un locus a &eacute;t&eacute; con&ccedil;u pour amplifier des fragments entre la fin du IS100 et son g&egrave;ne voisin. Membres g&eacute;ographiquement diversifi&eacute;s du biovar orientalis forment un groupe homog&egrave;ne avec des g&eacute;notypes identiques &agrave; l&#39;exception des souches isol&eacute;es en Indochine. En revanche, souches appartenant &agrave; la glyc&eacute;rol-positif biovar antiqua a montr&eacute; une vari&eacute;t&eacute; des empreintes digitales des profils. En outre, souches du biovar medievalis (&eacute;galement positif de glyc&eacute;rol) group&eacute;es ainsi que les isolats d&#39;antiqua provenaient de l&#39;Asie du sud-est, sugg&eacute;rant leurs &eacute;troites relations phylog&eacute;n&eacute;tiques. Fait int&eacute;ressant, une souche d&#39;antiqua biovar Manchurian Nicholisk 51 affiche un patron de g&eacute;notypage typique du biovar orientalis isole. Analyse de la voie de glyc&eacute;rol dans Y. pestis a sugg&eacute;r&eacute; que le ph&eacute;notype de glyc&eacute;rol-n&eacute;gatif de la biovar orientalis pourrait expliquer une d&eacute;l&eacute;tion de 93-pb du g&egrave;ne glpD codant a&eacute;robie glyc&eacute;rol-3-phosphate d&eacute;shydrog&eacute;nase. Le g&egrave;ne glpD de la souche Nicholisk 51 ne poss&eacute;dait pas de cette suppression, m&ecirc;me si elle contenait deux substitutions nucl&eacute;otidiques caract&eacute;ristiques de la version de glpD trouve exclusivement dans les souches biovar orientalis. Pour tenir compte de cette relation &eacute;troite entre le biovar orientalis souches et l&#39;antiqua Nicholisk 51 isoler, nous postulons que cette derni&egrave;re repr&eacute;sente une variante de ce biovar avec restaur&eacute; aptitude &agrave; fermenter le glyc&eacute;rol. Le fait qu&#39;une telle l&eacute;sion g&eacute;n&eacute;tique pourrait &ecirc;tre r&eacute;par&eacute;e dans le cadre du processus &eacute;volutionnaire naturel sugg&egrave;re l&#39;existence d&#39;&eacute;changes g&eacute;n&eacute;tiques entre diff&eacute;rentes souches de Yersinia dans la nature. On discute de la pertinence de cette observation sur l&#39;&eacute;mergence de souches &eacute;pid&eacute;miques de pestis Y..

Variabilit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique de Yersinia pestis isole comme pr&eacute;dit par g&eacute;notypage IS100 bas&eacute;es sur la PCR et l&#39;analyse des g&egrave;nes structuraux codant glyc&eacute;rol-3-phosphate d&eacute;shydrog&eacute;nase (glpD).

Un sistema basato su PCR genotyping che rileva la divergenza di posizioni IS100 all&#39;interno del genoma di Yersinia pestis &egrave; stato utilizzato per caratterizzare una grande collezione di isolati di biovar differenti e le origini geografiche. Utilizzando sequenze derivati dal glicerolo negativa biovar orientalis strain CO92, un set di primer specifico locus 27 &egrave; stato progettato per amplificare frammenti tra la fine del IS100 e relativo gene vicini. Membri geograficamente diversificati dei biovar orientalis formarono un gruppo omogeneo con genotipo identico, ad eccezione dei ceppi isolati in Indocina. Al contrario, ceppi appartenenti al glicerolo-positivo biovar antiqua ha mostrato una variet&agrave; di profili le impronte digitali. Inoltre, ceppi dei biovar medievalis (anche glicerolo positiva) raggruppati insieme l&#39;antiqua isolati provenuti da sud-est asiatico, suggerendo loro stretti rapporti filogenetici. &Egrave; interessante notare che, un ceppo di antiqua biovar Manchurian Nicholisk 51 visualizzato un modello di genotipizzazione tipico di biovar orientalis isolati. Analisi del percorso glicerolo in Y. pestis suggerito che 93-bp delezione nel gene glpD che codifica per aerobica glicerolo-3-fosfato deidrogenasi potrebbe spiegare il fenotipo di glicerolo negativa della biovar orientalis. Il gene glpD di ceppo Nicholisk 51 non possiede questa eliminazione, anche se conteneva due sostituzioni nucleotidiche caratteristiche della versione glpD trovata esclusivamente in biovar orientalis ceppi. Per tenere conto di questa stretta relazione tra biovar orientalis ceppi e l&#39;antiqua Nicholisk 51 isolare, abbiamo postulato che quest&#39;ultimo rappresenta una variante di questo biovar con restaurato capacit&agrave; di fermentare il glicerolo. Il fatto che una tale lesione genetica potrebbe essere riparata come parte del processo evolutivo naturale suggerisce l&#39;esistenza di scambio genetico tra diversi ceppi di Yersinia in natura. La rilevanza di questa osservazione sull&#39;emersione dell&#39;epidemie ceppi di Y. pestis &egrave; discusso.

Variabilit&agrave; genetica di Yersinia pestis isolati come predetto da genotyping IS100 basati sulla PCR e l&#39;analisi dei geni strutturali che codificano glicerolo-3-fosfato deidrogenasi (glpD).

Chromosome 19 has the highest gene density of all human chromosomes, more than double the genome-wide average. The large clustered gene families, corresponding high G + C content, CpG islands and density of repetitive DNA indicate a chromosome rich in biological and evolutionary significance. Here we describe 55.8 million base pairs of highly accurate finished sequence representing 99.9% of the euchromatin portion of the chromosome. Manual curation of gene loci reveals 1,461 protein-coding genes and 321 pseudogenes. Among these are genes directly implicated in mendelian disorders, including familial hypercholesterolaemia and insulin-resistant diabetes. Nearly one-quarter of these genes belong to tandemly arranged families, encompassing more than 25% of the chromosome. Comparative analyses show a fascinating picture of conservation and divergence, revealing large blocks of gene orthology with rodents, scattered regions with more recent gene family expansions and deletions, and segments of coding and non-coding conservation with the distant fish species Takifugu.

The DNA sequence and biology of human chromosome 19.

Chromosome 19 a la plus forte densit&eacute; de g&egrave;ne de tous les chromosomes humains, plus du double de la moyenne genome-wide. Mis en cluster les grandes familles de g&egrave;nes, correspondant haut de G + C contenu, &icirc;les de CpG et de densit&eacute; d&#39;ADN r&eacute;p&eacute;titif indiquent un chromosome riche en signification biologique et &eacute;volutive. Nous d&eacute;crivons ici 55,8 millions de paires de base de haute pr&eacute;cision s&eacute;quence fini repr&eacute;sentant 99,9 % de la portion d&#39;euchromatine du chromosome. Manuelle curation de locus r&eacute;v&egrave;le 1 461 g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines et 321 pseudog&egrave;nes. Parmi ceux-ci sont les g&egrave;nes impliqu&eacute;s directement dans des d&eacute;sordres mend&eacute;liens, y compris l&#39;hypercholest&eacute;rol&eacute;mie familiale et diab&egrave;te insulino-r&eacute;sistant. Presque un quart de ces g&egrave;nes appartiennent &agrave; des familles dispos&eacute;es en tandem, qui englobe plus de 25 % du chromosome. Analyses comparatives montrent une image fascinante de conservation et de divergence, r&eacute;v&eacute;lant des grands blocs de g&egrave;ne niveau sur des rongeurs, dispers&eacute;s r&eacute;gions avec la plus r&eacute;cente expansion famille de g&egrave;ne et des suppressions et des segments de codage et non-codantes de conservation avec les esp&egrave;ces de poissons &eacute;loign&eacute;s Takifugu.

La s&eacute;quence d&#39;ADN et de la biologie du chromosome humain 19.

Cromosoma 19 ha la pi&ugrave; alta densit&agrave; genica di tutti i cromosomi umani, pi&ugrave; del doppio della media di genome-wide. Cluster le grandi famiglie di gene, corrispondente in alto G + C contenuto, isole CpG e densit&agrave; di DNA ripetitivo indicano un cromosoma ricco di significato biologico ed evolutivo. Qui descriviamo 55,8 milioni paia di basi della sequenza finito altamente accurato che rappresentano il 99,9% della porzione euchromatin del cromosoma. Curatela manuale di loci del gene rivela 1.461 geni codificanti proteine e 321 pseudogeni. Tra questi ci sono geni direttamente implicati nei disordini mendeliani, inclusa ipercolesterolemia familiare e diabete insulino-resistente. Quasi un quarto di questi geni appartengono a famiglie tandemly organizzate, che comprende oltre il 25% del cromosoma. Analisi comparative mostrano un quadro affascinante della conservazione e divergenza, rivelando grandi blocchi di gene orthology con roditori, sparse regioni con le pi&ugrave; recenti espansioni famiglia genica e delezioni e segmenti di codifica e non codificanti conservazione con le specie di pesci lontani Takifugu.

La sequenza del DNA e la biologia umana cromosoma 19.

DNA microarrays encompassing the entire genome of Yersinia pestis were used to characterize global regulatory changes during steady-state vegetative growth occurring after shift from 26 to 37 degrees C in the presence and absence of Ca2+. Transcriptional profiles revealed that 51, 4, and 13 respective genes and open reading frames (ORFs) on pCD, pPCP, and pMT were thermoinduced and that the majority of these genes carried by pCD were downregulated by Ca2+. In contrast, Ca2+ had little effect on chromosomal genes and ORFs, of which 235 were thermally upregulated and 274 were thermally downregulated. The primary consequence of these regulatory events is profligate catabolism of numerous metabolites available in the mammalian host.

Temporal global changes in gene expression during temperature transition in Yersinia pestis.

Puces &agrave; ADN qui englobe la totalit&eacute; du g&eacute;nome de Yersinia pestis ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;es pour caract&eacute;riser les changements r&eacute;glementaires mondiales durant la croissance v&eacute;g&eacute;tative stationnaire survenant apr&egrave;s Maj de 26 &agrave; 37 degr&eacute;s C en pr&eacute;sence et en absence de Ca2 +. Profils de transcriptionnelles a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que 51, 4 et 13 g&egrave;nes respectifs et des cadres ouverts de lecture (ORF) sur pCD, PPSP et pMT ont &eacute;t&eacute; thermoinduced et que la majorit&eacute; de ces g&egrave;nes port&eacute;s par pCD sont r&eacute;prim&eacute;s par le Ca2 +. En revanche, Ca2 + a peu d&#39;effet sur les g&egrave;nes chromosomiques et ORF, dont 235 thermiquement surexprim&eacute;es et 274 ont &eacute;t&eacute; thermiquement r&eacute;prim&eacute;s. La premi&egrave;re cons&eacute;quence de ces &eacute;v&eacute;nements r&eacute;glementaires est d&eacute;bauch&eacute; catabolisme de nombreux m&eacute;tabolites disponibles chez l&#39;h&ocirc;te mammif&egrave;re.

Temps variations globales de l&#39;expression g&eacute;nique au cours de la transition de temp&eacute;rature &agrave; Yersinia pestis.

Microarrays del DNA che comprende l&#39;intero genoma di Yersinia pestis sono stati utilizzati per caratterizzare i cambiamenti normativi globali durante la crescita vegetativa stazionario che si verificano dopo il passaggio da 26 a 37 gradi C in presenza e in assenza di Ca2 +. Profili trascrizionali ha rivelato che, 51, 4 e 13 geni rispettivi e open reading frame (ORF) su, pCD, pPCP e pMT erano thermoinduced e che la maggior parte di questi geni trasportati da pCD era downregolata di Ca2 +. Al contrario, Ca2 + ha avuto poco effetto sui geni cromosomici e ORFs, di cui 235 erano termicamente sovraregolati e 274 erano termicamente downregolata. La conseguenza principale di questi eventi normativi &egrave; dissoluto catabolismo di numerosi metaboliti disponibile nell&#39;host di mammiferi.

Temporale globale cambiamenti nell&#39;espressione genica durante la transizione di temperatura in Yersinia pestis.

Recurrent perirectal abscess.

Abc&egrave;s p&eacute;ri-rectal r&eacute;currentes.

Ascesso perirectal ricorrenti.

Ent&eacute;rovirus enc&eacute;phalite est une neuroinfection rare plus souvent diagnostiqu&eacute;e chez les enfants dans le contexte des flamb&eacute;es &eacute;pid&eacute;miques enteroviral. Il a des caract&eacute;ristiques cliniques pl&eacute;omorphes, s&eacute;v&eacute;rit&eacute; variable et une certaine susceptibles de causer des s&eacute;quelles neuropsychologiques particuli&egrave;rement chez les nourrissons. Certains sous-types sont extr&ecirc;mement s&eacute;v&egrave;res avec un taux de mortalit&eacute; de jusqu&#39;&agrave; 25 % en agissant sur le tronc c&eacute;r&eacute;bral. Ces sous-types viennent habituellement avec des conclusions tr&egrave;s pr&eacute;cises sur la neuro-imagerie. Nous pr&eacute;sentons un cas p&eacute;diatrique d&#39;enc&eacute;phalite diffuse tr&egrave;s probablement enteroviral dans la nature, avec quelques particularit&eacute;s concernant la forme clinique grave, les aspects de la neuro-imagerie et les s&eacute;quelles neuropsychologiques en raison de l&#39;&eacute;volution d&eacute;crite rarement vers enc&eacute;phalomalacie.

Enc&eacute;phalite enteroviral grave compliqu&eacute;e par enc&eacute;phalomalacie--pr&eacute;sentation de cas.

Enteroviral encephalitis is a rare neuroinfection more often diagnosed in children within the context of enteroviral epidemic outbreaks. It has pleomorphic clinical features, variable severity and a definite potential to cause neuropsychological sequelae especially in infants. Some subtypes are extremely severe with a mortality rate of up to 25% by affecting the brain stem. These subtypes usually come with highly specific findings on neuroimaging. We present a paediatric case of diffuse encephalitis most likely enteroviral in nature, with some particular features concerning the severe clinical form, the neuroimaging aspects and the neuropsychological sequelae due to the rarely described evolution towards encephalomalacia.

Severe enteroviral encephalitis complicated by encephalomalacia--case presentation.

Encefalite classica &egrave; una rara neuroinfection pi&ugrave; spesso diagnosticata nei bambini all&#39;interno del contesto dei focolai epidemici classica. Ha caratteristiche cliniche pleomorfo, gravit&agrave; variabile e un potenziale definito a provocare sequele neuropsicologiche soprattutto nei neonati. Alcuni sottotipi sono estremamente gravi, con un tasso di mortalit&agrave; del 25% che colpisce il tronco encefalico. Questi sottotipi vengono solitamente con risultati altamente specifici sul neuroimaging. Presentiamo un caso pediatrico di encefalite diffusa probabilmente classica in natura, con alcune caratteristiche particolari riguardanti la forma clinica grave, gli aspetti di neuroimaging e le sequele neuropsicologiche a causa dell&#39;evoluzione raramente descritto verso encefalomalacia.

Grave encefalite classica complicata da encefalomalacia - presentazione caso.

Whipple disease is a disorder caused by Tropheryma whipplei, a ubiquitous Gram-positive bacillus. In addition to gastrointestinal manifestations, many other systems may be involved in Whipple disease. Pulmonary hypertension (PH) is a rare manifestation of Whipple disease, and its clinical course is not well established. We report a case of a 45-year-old woman who presented with typical gastrointestinal manifestations of Whipple disease, which was diagnosed by duodenal biopsy. She was also noted to have elevated pulmonary arterial pressures on transthoracic echocardiography. There was no evidence of left-sided valvular disease, hypertrophy, or dyskinesis, and there was no evidence of endocarditis. The patient was started on intravenous ceftriaxone for 6 weeks and then transitioned to oral trimethoprim-sulfamethoxazole for a year. The patient demonstrated clinical improvement, endoscopic and histologic improvement, and also resolution of PH. This is the third reported case of PH that is convincingly secondary to Whipple disease that resolved after appropriate antibiotic therapy.

Resolution of Whipple Disease-Induced Pulmonary Hypertension Following Antibiotic Therapy.

Maladie de Whipple est une maladie due &agrave; Tropheryma whipplei, un bacille Gram positif omnipr&eacute;sent. En plus des manifestations gastro-intestinales, beaucoup d&#39;autres syst&egrave;mes peut-&ecirc;tre &ecirc;tre impliqu&eacute;s dans la maladie de Whipple. Hypertension pulmonaire (HP) est une manifestation rare de la maladie de Whipple, et son &eacute;volution clinique n&#39;est pas bien &eacute;tablie. Nous rapportons le cas d&#39;une femme de 45 ans qui pr&eacute;sent&eacute;e des manifestations gastro-intestinales typiques de la maladie de Whipple, qui a &eacute;t&eacute; diagnostiqu&eacute; par biopsie duod&eacute;nale. Elle a aussi not&eacute;e &agrave; ont &eacute;lev&eacute; des pressions art&eacute;rielles pulmonaires sur l&#39;&eacute;chocardiographie transthoracique. Il n&#39;y n&#39;avait aucun signe de maladie valvulaire c&ocirc;t&eacute; gauche, hypertrophie ou dyskinesis, et il n&#39;y n&#39;avait aucune preuve d&#39;endocardite. Le patient a commenc&eacute; sur la ceftriaxone par voie intraveineuse pendant 6 semaines et puis est pass&eacute; &agrave; la trim&eacute;thoprime-sulfam&eacute;thoxazole orale pendant un an. Le patient a d&eacute;montr&eacute; d&#39;am&eacute;lioration clinique, am&eacute;lioration endoscopique et histologique et aussi la r&eacute;solution du PH. C&#39;est le troisi&egrave;me cas signal&eacute; de PH qui est convaincante secondaire &agrave; la maladie de Whipple r&eacute;solus apr&egrave;s une antibioth&eacute;rapie appropri&eacute;e.

R&eacute;solution de Whipple Disease-Induced Pulmonary Hypertension suite &agrave; une antibioth&eacute;rapie.

Malattia di Whipple &egrave; un disturbo causato da molte altre, un bacillo Gram-positivo onnipresente. Oltre alle manifestazioni gastrointestinali, molti altri sistemi possono essere coinvolti nella malattia di Whipple. Ipertensione polmonare (PH) &egrave; una rara manifestazione della malattia di Whipple, e il suo decorso clinico non &egrave; ben definito. Riportiamo un caso di una donna di 45 anni che ha presentato con manifestazioni gastrointestinali tipici della malattia di Whipple, che &egrave; stata diagnosticata con biopsia duodenale. Lei &egrave; stato anche osservata per avere elevate pressioni arteriose polmonare su ecocardiografia transtoracica. Non non c&#39;era nessuna evidenza di malattia valvolare di sinistra-parteggiato, ipertrofia o discinesie, e non non c&#39;era nessuna prova di endocardite. Il paziente &egrave; stato iniziato su ceftriaxone per via endovenosa per 6 settimane e quindi la transizione a orale trimetoprim-sulfametossazolo per un anno. Il paziente ha dimostrato il miglioramento clinico, il miglioramento endoscopico e istologico e anche risoluzione di PH. Questo &egrave; il terzo caso riportato di PH che &egrave; in modo convincente secondaria a malattia di Whipple che ha risolto dopo appropriata terapia antibiotica.

Anca Georgescu

Division of Infectious Diseases

University of Arizona

Measuring Frailty in HIV-infected Individuals. Identification of Frail Patients is the First Step to Amelioration and Reversal of Frailty

Anca Georgescu

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University of Arizona

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Division of Infectious Diseases