附属器官是那些参与食物消化的器官，但不像口、胃或肠那样与食物直接接触。附属器官向消化道分泌酶以促进食物的分解。

唾液腺

唾液腺分泌唾液，唾液是一种复杂的液体，含有部分水、粘液和淀粉酶。淀粉酶是一种消化酶，甚至在淀粉和其他碳水化合物到达胃之前就开始分解它们。

肝、胆、胰

肝脏、胆囊和胰腺是参与消化的其它附属器官。这三种酶都通过一系列称为胆管的通道进入小肠的十二指肠。肝胆共同作用，将胆汁释放到十二指肠。肝脏产生胆汁，但需要时储存在胆囊中分泌。

胆汁是水、胆盐、胆固醇和胆红素的混合物。胆盐含有疏水区和亲水区，使其能与脂肪和水结合。因此，它会将大的脂肪球分解成较小的脂肪球，这一过程称为乳化。胆红素是肝脏从红血球中分解血红蛋白时积累的废物。球蛋白被循环利用，含有铁的血红素被排出胆汁。胆红素的存在使粪便呈棕色。

胆石是形成于胆囊或连接胆管的胆汁聚集物。胆固醇结石主要由胆汁中的胆固醇构成。色素结石是由胆红素形成的。大多数结石形成时没有事先征兆;然而，如果结石卡在胆管中，就会出现严重的症状，如胆囊或胰腺发炎、发热、呕吐和黄疸胆。囊切除术是主要的治疗方法，其长期副作用很小。

胰腺分泌几种酶脂肪酶。将较小的脂肪球分解成脂肪酸和甘油三酯。胰蛋白酶和糜蛋白酶将蛋白质分解成肽。然后羧肽酶将这些肽分解成单独的氨基酸。胰腺也会释放淀粉酶来消化剩余的碳水化合物。