在真核细胞中， 转录因子是可与DNA结合 并调节基因表达的蛋白质。 为了启动转录， 每种RNA聚合酶需要几种称为 一般转录因子的不同蛋白质, 以结合启动子区域。 例如，这些蛋白质中的第一个和最大的, 称为TFIID, 将与大多数启动子中 发现的TATA盒区域结合。

与其他蛋白质一起， 它们将聚合酶募集到启动子区域, 并形成预启动复合体。 另一方面，特异性转录因子, 可与称为增强子位点的远端调节区域结合， 远离转录起始点， 有时在基因 上游或下游有数千个碱基对， 并且诱导更高的转录速率。 在称为环化的过程中， DNA链将以 允许转录因子与增强子位点结合 与介体蛋白和预引发复合物建立蛋白质 - 蛋白质相互作用的方式弯曲。

与增强子位点结合以促进转录 的特定转录因子被称为激活剂， 而阻断或减少转录的 那些被称为阻遏物。 特定转录因子 和远端调控元件的存在 允许差异基因表达， 例如在早期发育期间打开或关闭不同基因 以确定细胞是否将成为 皮肤细胞或神经元 以及相关功能基因 的协调转录。 从发育早期的细胞类型 的确定到对不同环境条件的 细胞响应中的广泛的关键基因， 已经在人类中鉴定出 超过1,500种不同的转录因子 用以调节。