В клетках эукариотов, факторы транскрипции белки, которые могут быть связаны с ДНК и регулировать экспрессию генов. Чтобы начать транскрипцию, для каждой РНК-полимеразы требуется несколько различных белков, называющихся общими факторами транскрипции, чтобы связаться с регионами-промоторами. Например, первый и самый большой из этих белков, TFIID, привязывается к региону TATA который встречается в большинстве промоторов.

Наряду с другими белками, они рекрутируют полимеразу к региону-промотору и образуют комплекс пре-инициации. Специфическая транскрипция с другой стороны, может соединиться с дистальными регуляторными областями, которые называются сайтами-энхансерами вдали от места начала транскрипции, иногда на тысячи пар оснований выше или ниже гена, и индуцируют более высокую скорость транскрипции. В процессе, называемом петляние, цепочка ДНК будет изгибаться таким образом, чтобы позволить транскрипционным факторам, связанным с сайтами-энхансерами установить белок-белковые взаимодействия с белками-посредниками и комплексом пре-инициации.

Специфические факторы транскрипции, которые связаны с сайтами-энхансерами для продвижения транскрипции называются активаторами, в то время как те, которые блокируют или уменьшают транскрипцию, называются репрессорами. Наличие специфических факторов транскрипции и дистальных регуляторных элементов допускает дифференциальное выражение генов, такое как включение или выключение разных генов в ходе раннего развития, чтобы определить, будет ли клетка кожной или нейронной, а также скоординировать транскрипцию связанных функциональных генов. Более 1, 500 различных факторов транскрипции было идентифицировано у человека;они регулируют широкий диапазон критических генов, от определения клеточных типов на ранних этапах развития до ответа клетки в различных условиях окружающей среды.