rna 干扰的实际应用: 口服双链 rna 在脂质体载体为蟑螂

摘要

本手稿通过口服双链 RNA 包裹在脂质体中, 证明了德国蟑螂中肠内基因表达的耗竭。

摘要

rna 干扰在揭示众多基因的生物学功能方面得到了广泛的应用, 并被设想为一种害虫控制工具, 其主要基因表达被打乱。虽然报告了不同的方法, 如注射, 喂养和浸泡, 成功地交付双链 RNA (dsRNA), 通过口服 dsRNA 的 rna 干扰的效率在不同的昆虫群中是高度可变的。德国蟑螂, 德国的大蠊, 对 dsRNA 的注射高度敏感, 正如此前发表的许多研究显示的那样。本研究描述了用脂质体载体包裹 dsRNA 的方法, 足以延缓中肠果汁对 dsRNA 的降解。值得注意的是, 脂质体包覆的 dsRNA 的连续喂养大大降低了中肠蛋白的表达, 导致了蟑螂的死亡。总之, dsRNA lipoplexes 的配制和利用, 保护 dsRNA 免受核酸的危害, 是今后害虫防治的一种实用方法。

引言

rna 干扰已被证明是一种有效的方法来击倒基因表达通过一个机制的转录后沉默途径触发的 dsRNA 分子在许多真核生物¹。在过去的十年中, rna 干扰已经成为一个有用的工具来研究基因从发展到行为的功能, 通过消耗特定基因的表达, 通过注射和/或喂养 dsRNA 在昆虫的各种分类器^2,3。由于损耗效应的特殊性和鲁棒性, 目前正在将 rna 干扰的应用视为害虫控制管理的潜在策略^4,5。然而, 在昆虫种类之间, rna 干扰的效率差别很大, 这取决于不同基因的靶向和传递方法。越来越多的证据表明, 由 ribonucleases 降解的 dsRNA 的不稳定性是 rna 干扰^5、6的有限功效的一个关键因素。例如, Manduca 天蛾中的低干扰敏感度被解释为: 与血淋巴混合的 dsRNA 在1小时的⁷中迅速退化。同样, 中肠碱性核酸的存在, 有效地降低了摄取 dsRNA, 在不同的昆虫顺序中与低 rna 干扰效率有很强的相关性^8,9,10。

dsRNA 的口头交付对于在害虫防治战略中应用 rna 干扰特别有趣, 但尚未开发出一种延缓中肠核酸降解 dsRNA 的方法, 这将有可能确保有效通过喂食进行 rna 干扰。然而, dsRNA 的口服的对停止响应是通过喂养大量的 dsRNA ,例如50µg在家蚕, 或连续喂养8天 (总共8µg dsRNA) 的蝗虫物种。德国蟑螂,德国 germinica, 对通过 dsRNA^11,12,13,14的注入而对 rna 的干扰非常敏感, 但对 dsRNA 通过喂食没有响应。最近, 林等。(2017) 证明了脂质体载体封装的 dsRNA 成功地进行了 rna 干扰, 以击倒中肠中的α蛋白基因表达, 并触发德国蟑螂¹⁵的显著死亡率。由于中肠 dsRNA 的降解是口服 rna 干扰的限制因素, 脂质体载体作为一种保护 dsRNA 免受降解的载体, 在肠道内具有较强核酸酶活性的其他昆虫中很容易被应用。值得注意的是, 选择特定转染试剂的原因 (参见材料表) 我们作为脂质体载体在目前的协议是, 它已被测试的昆虫细胞线转染较少的毒性, 根据制造商的说明。通过对不同脂质体转染系统的比较 Gharavi et 。(2013)¹⁶中, 转染小干扰 RNA (siRNA) 的效率大约与其他昆虫17、18中用于 dsRNA 传送系统的其他商用系统之间的效果大致相同..此外, 我们的喂养方法是足够小心, 以确保每只蟑螂摄取适量的 dsRNA, 结果是稳健的和确认的。总之, 本协议和结果表明, 使用 dsRNA lipoplexes 提高了 dsRNA 的稳定性, 为 rna 干扰的策略设计开辟了大门, 这是今后害虫防治的一个有前途的途径。

研究方案

1. dsRNA 的合成和制备

1. 确定目标基因 3 ' 未翻译区域中的 dsRNA 目标点。dsTub 用于靶向α蛋白 (盆) 基因 (基因库加入号: KX228233), dsEGFP 作为负 dsRNA 控制是设计从序列的增强绿色荧光蛋白 (EGFP;基因库加入号码: LC311024)。
2. 进行标准 PCR 扩增, 合成 dsRNA 模板与基因特异引物包含 T7 启动程序序列 (5 '-TAATACGACTCACTATAGGG-3 ')。PCR 扩增条件和引物信息是由林et报告的。(2017)¹² (请参见材料表)。
3. 按照制造商的说明, 使用 T7 转录套件 (参见材料表) 进行 dsRNA 准备。
   注意:要产生高数量的 dsRNA, 混合两个反应在一个管 (总共40µL), 并孵化在37°c 过夜。
4. 将2µL 的 DNase (参见材料表) 添加到 dsRNA 样本中, 15 分钟37摄氏度, 以消化 DNA 模板。
5. 添加200µL 萃取试剂 (参见材料表) 和40µL 氯仿, 然后是涡流。
6. 离心机为10分钟在 1.3万 x g 在4°c, 然后收集上清 (150 µL) 在一个新的离心管。
7. 在冰上加入150µL 异丙醇并孵化15分钟, 沉淀 dsRNA。
8. 离心机15分钟在 1.3万 x g 在4°c, 然后去除上清。
9. 添加200µL 70% 乙醇, 以洗涤 dsRNA 丸。离心机为10分钟在 1.3万 x g 在4°c。
10. 除去乙醇, 重复乙醇洗涤步骤。
11. 用离心真空浓缩器去除乙醇和干 dsRNA 颗粒3分钟, 然后并用重悬 dsRNA 无 RNase 水。
12. 用微体积紫外-可见光分光光度计 (参见材料表) 确定纯化 dsRNA 的数量, 并根据制造商的说明调整到所需浓度 (例如, 0.25 µg/µL, 以准备dsRNA lipoplexes)。
13. 将 dsRNA 样品存放在摄氏-20 摄氏度, 长达3月。

2. dsRNA Lipoplexes 的制备

1. 通过添加4µL 5% 葡萄糖溶液稀释4µL 的转染试剂 (参见材料表)。通过添加4µL 5% 葡萄糖溶液稀释4µL 的 dsRNA (1 µg)。
2. 立即将稀释脂质体试剂溶液加入稀释后的 dsRNA 溶液中。漩涡简单地混合, 然后孵育15分钟在25摄氏度。
   注意:不要以相反的顺序混合解决方案。
3. dsRNA lipoplexes 已经准备好使用了。使用1小时内准备, 并在1小时后丢弃。
   注意:根据制造商的指示, 应尽快使用 lipoplexes。

3. 从血淋巴和中肠果汁中收集胞外酶

1. 昆虫盐水缓冲液 (10x 库存)
   1. 混合900毫升双蒸馏水, 109.3 克氯化钠, 15.7 克氯化钾, 6.3 克 CaCl₂, 8.3 g 氯化镁₂· 6H₂O。
   2. 将 pH 值调整为 6.8, 并填充至1000毫升。
2. 血淋巴收集
   1. 麻醉在冰上的蟑螂, 直到他们不移动3分钟。
   2. 用两个手指 (拇指和食指) 抓住蟑螂, 把蟑螂的腹侧打开。
   3. 使用解剖剪刀切断后腿髋部的尖端。
      注意:切断髋和转子之间的连接交叉口。另一部分的髋部切除术对收集血淋巴的效率较低。
   4. 用中指轻轻挤压腹部, 用10µL 微从切口收集血淋巴出血。
   5. 从几个蟑螂 (5 个人) 的血淋巴池中离心管。
      注意:把离心管放在冰上以防黑化。从一只雄性蟑螂身上获得的血淋巴平均容积为 2-3 µL。
   6. 十年代用台式离心机简单地旋转血淋巴。
   7. 转移所需血淋巴量 (即, 10 µL), 并将其与50µL 1x 昆虫盐水缓冲液混合。
   8. 离心机为10分钟在 1000 x g 在4°c 下包囊。将上清液转移到干净的离心管上。
   9. 通过测量 A280¹⁵, 用微体积紫外-可见光分光光度计定量测定总蛋白浓度。
   10. 调整每个样品具有相同的蛋白质浓度 (6 毫克/µL 的总蛋白)。
3. 中肠果汁系列
   1. 麻醉把蟑螂放在冰上。用昆虫引脚将蟑螂腹侧用冷1x 昆虫盐缓冲器固定在解剖板上。
   2. 用细镊子解剖腹部。将整个肠道 (包括前, 中, 后肠道) 移到新鲜的盘子里, 1x 昆虫盐缓冲。
   3. 取出前肠和后肠道, 迅速将中肠转移至含有100µL 昆虫盐水缓冲液的离心管。
   4. midguts 从六只蟑螂在同一管, 和漩涡十年代。
   5. 离心机为10分钟, 在 1000 x g 在4°c, 包囊和肠道组织的旋转。将上清液转移到干净的离心管上。
   6. 通过测量 A280¹⁵, 用微体积紫外-可见光分光光度计定量测定总蛋白浓度。
   7. 调整每个样品具有相同的蛋白质浓度 (6 毫克/µL 的总蛋白)。

4. dsRNA 降解试验

1. 新鲜地准备4µL 赤裸 dsRNA 或 dsRNA lipoplexes (1 µg)。
2. 混合 dsRNA 溶液与10µL 的昆虫盐水缓冲 (控制), 提取酶的血淋巴, 或中肠果汁。
3. 添加2µL EGTA (20 毫米) 或无 RNase 水, 以分离样品作为控制酶活性的抑制。
4. 孵育1小时或更长 (6, 12, 或24小时) 在25°c。
5. 加入200µL 萃取试剂和40µL 氯仿, 然后涡流。
6. 离心机为10分钟在 1.3万 x g 在4°c, 然后收集上清 (150 µL) 在一个新的离心管。
7. 在冰上加入150µL 异丙醇并孵化15分钟, 沉淀 dsRNA。
8. 离心机15分钟在 1.3万 x g 在4°c, 然后去除上清。
9. 添加200µL 70% 乙醇, 以洗涤 dsRNA 丸。离心机为10分钟在 1.3万 x g 在4°c。
10. 除去乙醇, 重复乙醇洗涤步骤。
11. 用离心真空浓缩器将乙醇和干 dsRNA 颗粒去除3分钟并用重悬 dsRNA, 10 µL 无 RNase 水。
12. 在1.5% 琼脂糖凝胶上通过凝胶电泳检查 dsRNA 的完整性。

5. dsRNA 的口服管理

1. 在广告随意饮食中保持蟑螂 (狗周)。在 dsRNA 摄入实验前一天, 从蟑螂那里夺走了水的供应。
2. 用挠性钳抓住它的翅膀 (图 1,步骤 5) 来抓蟑螂。
   注意:不要抓蟑螂的身体部位。
3. 准备 dsRNA lipoplexes, 以及裸 dsRNA, 以供喂养, 如第2节所述。
   注意:dsRNA lipoplexes 应在进食前准备新鲜。
4. 饲料4µL dsRNA lipoplexes 或裸 dsRNA (250 吴) 与微。
5. 慢慢地吸管 dsRNA 溶液的水滴靠近蟑螂的口器, 让蟑螂完全摄取水滴。
6. 每天进行两次摄取实验 (1 小时后灯亮起, 1 小时熄灯前) 持续8天或16天。
   注意:所有蟑螂获得水只有通过手动喂养 dsRNA 溶液或控制试剂 (例如, 核酸酶免费水, 葡萄糖溶液, 脂质体试剂) 在摄取实验。
7. 在16天的 dsRNA 实验后, 给蟑螂提供水瓶。

6. 评估击倒

1. 在选择的时间点 (2, 9, 17 天后 dsRNA 摄取化验), 收集 dsEGFP 和 dsTub 处理的昆虫和解剖所选择的组织 (例如, 中肠)。
2. 进行定量实时 pcr (qRT pcr)。qRT-PCR 扩增条件和引物信息的报告, 林et al。(2017)¹²。
3. 每天评估控制和 dsRNA 治疗的昆虫, 以检查死亡率和清除不再移动的蟑螂。

结果

在图 1中介绍了 dsRNA 口头交付协议的简化方案, 其中显示了准备 dsRNA lipoplexes 的关键步骤。

为了研究脂质体载体对 dsRNA 降解的保护作用, 对B...................dsTub lipoplexes 在中肠果汁中进行了一种前体检测, dsRNA随后对1.5% 琼脂糖凝胶进行了分析。图 2显示了在B. 小蠊...

讨论

本协议提出了一种有效的 rna 干扰方法, 通过口服 dsRNA lipoplexes, 包括防止核糖核酸消化在中肠果汁的德国蟑螂。正如在其他昆虫种类的研究中所显示的, 通过口服 dsRNA 的干扰效应很差, 主要是由于 dsRNA^8,9,10的退化。该协议产生脂质体, 作为保护性的工具, 在口头交付 dsRNA 抗降解的肠道。此外, dsRNA lipoplexes 的制备方法简单, 易于应...

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
GenJe Plus DNA in vitro Transfection reagent	SignaGen	SL100499	for lipoplexes preparation
Blend Taq plus	TOYOBO	BTQ-201	for PCR
Fast SYBR Green Master Mix	ABI	4385612	for qPCR
FirstChoice RLM-RACE Kit	Invitrogen	AM1700	for 3' UTR identification
MEGAscript T7 Transcription Kit	Invitrogen	AMB13345	for dsRNA synthesis
TURBO DNase	Invitrogen	AM2239	remove DNA template from dsRNA
TRIzol	Invitrogen	15596018	for dsRNA or total RNA extraction
RQ1 RNase-Free Dnase	Promega	M6101	remove DNA template from total RNA
chloroform	Sigma-Aldrich	C2432	for dsRNA or total RNA extraction
2-Propanol	Sigma-Aldrich	I9516	for dsRNA or total RNA extraction
ethanol	Sigma-Aldrich	24102	for dsRNA or total RNA extraction
Diethyl pyrocarbonate, DEPC	Sigma-Aldrich	D5758	for RNase free water preparation
glucose solution	Sigma-Aldrich	G3285	for lipoplexes preparation
Sodium chloride, NaCl	Sigma-Aldrich	S7653	insect saline buffer formula
Potassium chloride, KCl	Sigma-Aldrich	P9333	insect saline buffer formula
Calcium chloride, CaCl2	Sigma-Aldrich	C1016	insect saline buffer formula
Magnesium chloride hexahydrate, MgCl2.6H2O	Sigma-Aldrich	M2670	insect saline buffer formula
EGTA	Sigma-Aldrich	E3889	enzyme inhibitor
dissecting scissor	F.S.T.		cockroach dissection
fine tweezers	F.S.T.		cockroach dissection
flexible tweezer	F.S.T.		cockroach holding
pipetman	RAININ	P10	sample preparation
microcentrifuge tube	Axygen	MCT175C, PCR02C	sample preparation
pipette tip	Axygen		sample preparation
vortexter	Digisystem	vm1000	sample preparation
Minispin centrifuge	The Gruffin Group	GMC 206	for liquid spin down
Centrifuge	ALC	PK121R	sample preparation
pH meter	JENCO	6071	for pH adjust
micro-volume spectrophotometer	Quawell	Q3000	nucleic acid quantitative
PCR Thermal cycler	ABI	2720	for template PCR or  dsRNA synthesis incubation
quantitative real-time PCR	ABI	StepOne plus	gene expression quantitative
Centrifugal Vacuum Concentrators	eppendorf	5301	for dsRNA or total RNA extraction
Multipette	eppendorf	xstream	for real-time PCR sample loading
Agarose I	amresco	0710	for nucleic acid electrophoresis
tub gene specfifc forward preimer	tri-I biotech		GGG ACA AGC CGG AGT GCA GA
tub gene specfifc reverse preimer	tri-I biotech		TCC TGC TCC TGT CTC GCT GA
dsTub template forward primer	tri-I biotech		TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA CAA GCC GGA GTG CAG
dsTub template reverse primer	tri-I biotech		TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGT CCT GCT CCT GTC TCG CTG
dsEGFP template forward preimer	tri-I biotech		TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGT ATG GTG AGC AAG GGC GAG GAG
dsEGFP template reverse preimer	tri-I biotech		TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGT GGC GGA TCT TGA AGT TCA CC
tub qPCR forward primer	tri-I biotech		GGA CCG CAT CAG GAA ACT GGC
tub qPCR reverse preimer	tri-I biotech		CCA CAG ACA GCC TCT CCA TGA GC
ef1 qPCR forward primer	tri-I biotech		CGC TTG AGG AAA TCA AGA AGG A
ef1 qPCRreverse preimer	tri-I biotech		CCT GCA GAG GAA GAC GAA G