首先，在斐济打开一个多通道 Z 堆栈映像，然后打开所需的生物传感器分析脚本文件。单击脚本编辑器窗口中的“运行”以运行脚本。然后在出现的对话窗口中输入请求的信息。
选择分子和分母的通道号进行比率计算。对于靶向 HyPer7 的线粒体，分子是 488 纳米激发的通道，分母是 405 纳米激发的通道。如果存在，则选择透射光图像的通道号，如果没有，则选择零。
然后选择所需的背景减法方法。如果背景均匀，请单击选择图像区域以测量图像中的背景级别。然后，选择所需的噪声减法，以减少检测器读数的随机变化。
单击选择图像区域。选择固定值选项以输入先前测量的噪声水平，如果成像条件保持不变，该噪声水平通常效果良好。为了准确、一致地检测线粒体，请选择阈值算法，例如 Otsu 或最大熵。
对实验中的所有图像使用相同的算法，但要确保准确识别线粒体。然后选择每个单元格的感兴趣区域数。例如，如果测量母芽差异，请选择两个。
选择将保存测量值和比率图像的输出文件夹。对于背景或噪点校正，请选择“选择图像区域”。按照提示使用矩形 ROI 工具绘制背景区域，然后单击“确定”。
在分析单个细胞或亚细胞区域时，根据明场图像绘制感兴趣的区域。ROI 不需要精确匹配细胞轮廓，因为只会测量 ROI 内的阈值线粒体。创建每个 ROI 后，按 T 将选定的 ROI 添加到 ROI 管理器。
选中 ROI 管理器中的“全部显示”以记录标记的单元格。每个添加的区域都将在 ROI 管理器列表中显示为编号项。如果每个单元格分析多个 ROI，请以相同的顺序标记每个分析单元格的 ROI。
将所有所需的 ROI 添加到 ROI 管理器后，单击“标记单元格”对话框窗口中的“确定”。接下来，选择测量表格式。在“多度量”对话框窗口中，选中“测量所有切片”和“每切片一行”选项，以生成具有所需格式的表格。
使用流程多 ROI 表。rscript 来处理使用 one-row-per-slice 选项创建的表。不要选中 append-results 选项。
使用脚本将输出文件保存到所选文件夹。现在在斐济打开比率 Z 堆栈图像以生成彩色比率图像。然后打开colorize_ratio_image。
ijm 脚本文件，然后单击脚本编辑器窗口中的 Run。将出现一个对话窗口，提示输入请求的信息。在未调制选项中，所有线粒体像素都以相同的亮度显示。
有些图像可能会出现噪点，因为昏暗和明亮的像素会影响图像的比例。使用强度调制选项来降低噪音。在最小值和最大显示值方法中，选择接近实验中观察到的平均最小值和最大值的值。
为确保一致性，请使用相同的成像条件采集所有图像，并使用相同的最小值和最大值显示所有图像。然后选择投影模式以投影 Z 堆栈并在着色前显示整个线粒体群。对于最大强度投影，请选择最大值。
若要创建平均强度投影，请选择“平均值”。最后，选择要保存彩色图像的文件夹。如果选择了“未调制”选项，请在出现的对话窗口中选择配色方案。
利用斐济内置的火或彩虹RGB查找表或ImageJ的LUT格式的任何所需查找表。使用脚本将输出文件保存到所选文件夹。标记HyPer7的线粒体的氧化还原比例显示出对过氧化氢浓度的剂量依赖性反应，在1-2毫摩尔外加过氧化氢时达到平台期。
在酵母细胞内观察到线粒体过氧化氢的差异。与母细胞相比，在芽中的线粒体中检测到过氧化氢生物传感器读数的统计学显着降低。
