Bone Mask Generation from 3D Slicer Generated File and Statistical Analysis of Identified Bone Erosion in Rheumatoid Arthritis Patients

首先，启动 3D Slicer 软件。要输入已识别的骨侵蚀部位的图像，请单击 3D 切片器窗口上标有“数据”的按钮。然后按“选择文件”添加并找到单个图像以添加文件。

要一次导入整个图像目录，请按“选择要添加的目录”选项，然后搜索并插入首选目录。接下来，单击 3D 切片器工具栏的下拉菜单。将光标悬停在骨骼分析模块上，然后单击自动掩码。

在选项卡 步骤 2 自动遮罩，从输入音量下拉菜单中选择一个输入音量。在输出分割下拉菜单中选择 Create New Label Map Volume。如果首选其他输出标签，请单击“创建新标签映射体积为”并提供所需的标签。

在给定的文本框中输入要屏蔽的骨骼数量，然后从算法下拉菜单中选择 ORMR 或 Dual Threshold。单击“获取掩码”以运行算法，并在相应的图像目录中输出结果。如果图像包含多个骨骼，则将为每个骨骼保存一个单独的蒙版。

若要将二进制掩码导入 3D 切片器，请将掩码文件复制到 BAM 文件夹中的加载掩码目录中。返回 3D 切片器窗口，然后单击选项卡 步骤 3 手动校正.要加载掩码文件并自动将其转换为切片器分段，请单击“加载”。

要对蒙版进行更改，请使用手动校正选项卡中提供的工具。要开始统计分析，请单击工具栏下拉菜单中的侵蚀体积模块。加载图像及其相应的蒙版。

选择输入图像和掩码，创建输出分割，然后将种子点放置在侵蚀上。单击“获取侵蚀”按钮以启动侵蚀测量算法。如果自动检测到的侵蚀体积的大小和形状不令人满意，请在“步骤 5 手动校正”选项卡下手动编辑它们。

现在单击标有“步骤6：统计”的选项卡，将计算机数据导出到电子表格文件中。接下来，在标有“输入侵蚀”的下拉菜单中输入侵蚀体积。现在，在主音量菜单下的文本框中提供灰度图像及其体素宽度（以毫米为单位）。

单击“获取统计信息”，在位于 BAM 文件夹中的“侵蚀输出数据目录”中生成电子表格文件。