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Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

University of Chicago

RNA &#x7269;&#x79CD; SHR1 &#x4E0E; Ni(2+) &#x6216; Pt(2+) &#x53D8;&#x6027;&#x805A;&#x4E19;&#x70EF;&#x9170;&#x80FA;&#x51DD;&#x80F6;&#x751F;&#x4EA7;&#x6162;&#x5F97;&#x591A;&#x672A;&#x53CD;&#x5E94; RNA &#x5728;&#x573A;&#x4EB2; (StrAv) &#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x8FC1;&#x79FB;&#x7684;&#x91D1;&#x5C5E;&#x6865;&#x590D;&#x6742; biocytin (epsilon-biotinoyl-L-&#x8D56;&#x6C28;&#x9178;) &#x53D1;&#x751F;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6682;&#x505C;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6620;&#x5C04;&#x786E;&#x5B9A; G79 &#x4E3A;&#x65E0;&#x529F;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x3002;G79 &#x662F; 3&#39; &#x7AEF;&#x7684;&#x662F;&#x51E0;&#x4E4E;&#x4E0E; SHR1 &#x4E00;&#x6837;&#x65E0;&#x529F;&#x7684; 37 &#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6838;&#x5FC3;&#x6BCD;&#x9898;&#x9644;&#x8FD1;&#x3002;SHR1 &#x4E0E; biocytin Pt(2+) &#x4EE5;&#x751F;&#x6210;&#x4E00;&#x79CD;&#x4EA7;&#x54C1;&#xFF0C;comigrates &#x4E0E; Ni(2+) &#x4EA7;&#x54C1;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FD9;&#x5C31;&#x662F;&#x7A33;&#x5B9A;&#x5F97;&#x591A;&#xFF0C;&#x9762;&#x524D;&#x53CD;&#x5E94;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4F7F;&#x7528;&#x5728;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7684;&#x91D1;&#x5C5E;&#x79BB;&#x5B50;&#x76EE;&#x524D;&#x5728;&#x4EA7;&#x54C1;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x94FE;&#x63A5;&#x5230;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x7684; RNA&#x3002;&#x652F;&#x6301;&#x6B64;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#xFF0C;SHR1 &#x663E;&#x793A;&#x4E3A; Ni(2+) &#x7684;&#x4EB2;&#x548C;&#x529B;&#x5F3A;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x91D1;&#x5C5E;&#x79BB;&#x5B50;&#x8272;&#x8C31;&#x4E2D;&#x3002;

Nickel2 +-&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684; RNA-&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x3002;

The RNA species SHR1 reacts with biocytin (epsilon-biotinoyl-L-lysine) in the presence of Ni(2+) or Pt(2+) to produce a metal-bridged complex that migrates more slowly than unreacted RNA in the presence of streptavidin (StrAv) on denaturing polyacrylamide gels. Mapping of reverse transcription pause sites identified G79 as a reactive nucleotide. G79 is near the 3' end of a 37 nucleotide core motif that is nearly as reactive as SHR1. SHR1 reacts with biocytin in the presence of Pt(2+) to yield a product that comigrates with the Ni(2+) product but that is much more stable, suggesting that the metal ion used in the reaction is present in the product, possibly linking the RNA to the amino acid. In support of this model, SHR1 shows a strong affinity for Ni(2+) in immobilized metal ion chromatography.

Nickel2+-mediated assembly of an RNA-amino acid complex.

Les esp&egrave;ces d&#39;ARN SHR1 r&eacute;agissent avec la biocytine (epsilon-biotinoyl-L-lysine) en pr&eacute;sence de tranche ou Pt(2+) pour produire un complexe avec un pont m&eacute;tallique qui migre plus lentement que le RNA n&#39;ayant pas r&eacute;agi en pr&eacute;sence de Streptavidine (StrAv) sur la d&eacute;naturation des gels de polyacrylamide. Cartographie des sites de transcription inverse pause identifi&eacute; G79 nucl&eacute;otide r&eacute;active. G79 est pr&egrave;s de l&#39;extr&eacute;mit&eacute; 3&#39; d&#39;un motif de base 37 nucl&eacute;otides qui est presque aussi r&eacute;actif comme SHR1. SHR1 r&eacute;agit avec la biocytine en pr&eacute;sence de Pt(2+) pour donner un produit qui migre avec le produit de la tranche, mais c&#39;est beaucoup plus stable, ce qui sugg&egrave;re que l&#39;ion m&eacute;tallique utilis&eacute;e dans la r&eacute;action est pr&eacute;sente dans le produit, &eacute;ventuellement liant l&#39;ARN &agrave; l&#39;acide amin&eacute;. &Agrave; l&#39;appui de ce mod&egrave;le, SHR1 pr&eacute;sente une forte affinit&eacute; pour la tranche de chromatographie des ions m&eacute;talliques immobilis&eacute;s.

Nickel2 +-m&eacute;di&eacute;e par l&#39;assemblage d&#39;un complexe d&#39;acides amin&eacute;s RNA.

Nickel2 +-vermittelte Anordnung eines RNA-Aminos&#xE4;ure-Komplex.

Le specie di RNA SHR1 reagisce con biocytin (epsilon-biotinoyl-L-lisina) in presenza di Ni(2+) o Pt(2+) per produrre un complesso metallo-bridged che migra pi&ugrave; lentamente di RNA non reagito alla presenza di streptavidina (StrAv) su denaturare i gel di poliacrilammide. Mappatura dei siti di trascrizione d&#39;inversione pausa identificata G79 come un nucleotide reattivo. G79 &egrave; vicino l&#39;estremit&agrave; 3&#39; di un motivo di nucleo del 37 nucleotide che &egrave; quasi come reattivo come SHR1. SHR1 reagisce con biocytin in presenza di Pt(2+) per produrre un prodotto che comigrates con il prodotto Ni(2+), ma che &egrave; molto pi&ugrave; stabile, suggerendo che lo ione metallico utilizzato nella reazione &egrave; presente nel prodotto, eventualmente collegando il RNA per l&#39;amminoacido. A sostegno di questo modello, SHR1 Mostra una forte affinit&agrave; per Ni(2+) in cromatografia dello ione del metallo immobilizzato.

Nickel2 +-mediata assemblaggio di un complesso di RNA-amino acido.

RNA &#x7A2E; SHR1 biocytin &#xFF08;&#x30A4;&#x30D7;&#x30B7;&#x30ED;&#x30F3;-biotinoyl L-&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;) Ni(2+) &#x307E;&#x305F;&#x306F; Pt(2+) &#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30AF;&#x30EA;&#x30EB;&#x30A2;&#x30DF;&#x30C9; &#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30AF;&#x30EA;&#x30EB;&#x30A2;&#x30DF;&#x30C9;&#x30B2;&#x30EB;&#x306E;&#x672A;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306E; RNA &#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30D7;&#x30C8;&#x30A2;&#x30D3;&#x30B8;&#x30F3; (StrAv) &#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3063;&#x3068;&#x3086;&#x3063;&#x304F;&#x308A;&#x79FB;&#x884C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x91D1;&#x5C5E;&#x67B6;&#x6A4B;&#x306E;&#x932F;&#x4F53;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x53CD;&#x5FDC;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9006;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x4F11;&#x6B62;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0; G79 &#x53CD;&#x5FDC;&#x6027;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;G79 &#x306F; SHR1 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x53CD;&#x5FDC;&#x6027;&#x3067;&#x3042;&#x308B; 37 &#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; &#x30B3;&#x30A2; &#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E; 3&#39; &#x7D42;&#x308F;&#x308A;&#x8FD1;&#x304F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;SHR1 biocytin &#x306F;&#x3001;Ni(2+) &#x88FD;&#x54C1;&#x306B; comigrates &#x304C;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x88FD;&#x54C1;&#x3092;&#x751F;&#x307F;&#x51FA;&#x3059; Pt(2+) &#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x53CD;&#x5FDC;&#x53CD;&#x4F5C;&#x7528;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x91D1;&#x5C5E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x304C;&#x88FD;&#x54C1;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F; RNA &#x306B;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3092;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3059;&#x308B; SHR1 &#x56FA;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x91D1;&#x5C5E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x3067; Ni(2+) &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Nickel2 +-RNA &#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3092;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

Biocytin polyacrylamide &#xC824; &#xBCC0;&#xC131;&#xC5D0; unreacted RNA streptavidin (StrAv)&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xB290;&#xB9AC;&#xAC8C; &#xB9C8;&#xC774;&#xADF8;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xD558;&#xB294; &#xAE08;&#xC18D; &#xB2E4;&#xB9AC; &#xCF64;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xD558;&#xB294; Ni(2+) &#xB610;&#xB294; pt(2+)&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; (&#xC5E1;&#xC2E4;&#xB860;-biotinoyl-L-lysine)&#xACFC; &#xBC18;&#xC751; &#xD558; &#xC5EC; RNA &#xC885; SHR1. &#xBC18;&#xC804; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC77C;&#xC2DC; &#xC911;&#xC9C0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB9E4;&#xD551; &#xC0AC;&#xD6C4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; G79 &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. G79 3&#39;&#xC740; &#xAC70;&#xC758; shr1&#xC73C;&#xB85C; &#xBC18;&#xC751; 37 &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD575;&#xC2EC; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xB05D; &#xADFC;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC788;&#xB2E4;.&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. SHR1 &#xC81C;&#xC548; &#xBC18;&#xC751;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xAE08;&#xC18D; &#xC774;&#xC628; &#xC81C;&#xD488;&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; RNA&#xB97C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD558; &#xAC8C; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; Ni(2+) &#xC81C;&#xD488; comigrates &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB354; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC81C;&#xD488;&#xC744; Pt(2+) &#xC874;&#xC7AC; biocytin &#xBC18;&#xC751;. &#xC774; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC9C0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; SHR1 &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC774;&#xC9C0; &#xAE08;&#xC18D; &#xC774;&#xC628; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xC5D0;&#xC11C; ni(2+)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xD55C; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Nickel2 +-&#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; RNA &#xC544;&#xBBF8;&#xB178; &#xC0B0;&#xC758; &#xC911;&#xC7AC;.

Las especies de RNA SHR1 reacciona con biocitina (epsilon-biotinoyl-L-lisina) en presencia de Ni(2+) o Pt(2+) para producir un complejo de metal-puente que migra m&aacute;s lentamente que el RNA sin reaccionar en presencia de estreptavidina (StrAv) en geles de poliacrilamida de desnaturalizaci&oacute;n. Mapeo de sitios de pausa de transcripci&oacute;n reversa hab&iacute;a identificado G79 como un nucle&oacute;tido reactivo. G79 est&aacute; cerca el extremo 3&#39; de un motivo de n&uacute;cleo de 37 nucle&oacute;tido que es casi tan reactivo como SHR1. SHR1 reacciona con biocitina en presencia de Pt(2+) para dar un producto que coemigra con el producto de Ni(2+) pero que es mucho m&aacute;s estable, sugiriendo que el ion met&aacute;lico utilizado en la reacci&oacute;n est&aacute; presente en el producto, posiblemente vincular el RNA con el amino&aacute;cido. En apoyo de este modelo, SHR1 muestra una afinidad fuerte para Ni(2+) en cromatograf&iacute;a de iones met&aacute;licos inmovilizados.

Nickel2 +-mediada por el montaje de un RNA-amino &aacute;cido complejo.

&#x5F53;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D7;&#x5230;&#x8425;&#x517B;&#x80C1;&#x8FEB;&#x65F6;&#xFF0C;&#x672A;&#x5145;&#x7535; chin &#x5982;&#x79EF;&#x7D2F;&#x548C;&#x6FC0;&#x6D3B; Gcn2p &#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x771F;&#x6838;&#x542F;&#x52A8;&#x56E0;&#x5B50;-2 &#xFF08;eIF2&#xFF09; &#x548C;&#x4E00;&#x822C;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x63A7;&#x5236;&#x901A;&#x8DEF;&#x3002;Gcn2p &#x540C;&#x6E90;&#x5230; histidyl tRNA &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x7684;&#x89C4;&#x7AE0;&#x57DF;&#x62DF;&#x5C06;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x672A;&#x5145;&#x7535; tRNA&#xFF0C;&#x76F4;&#x63A5;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684; Gcn2p&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x5E94;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6280;&#x672F;&#x5206;&#x6790; tRNA &#x5145;&#x7535;&#x5728;&#x9175;&#x6BCD; Gcn2p &#x54CD;&#x5E94;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x9965;&#x997F;&#x548C;&#x9AD8;&#x76D0;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x540E;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x53D8;&#x5316;&#x5E94;&#x529B;&#x4E0D;&#x662F;&#x76F4;&#x63A5;&#x94FE;&#x63A5;&#x5230;&#x8425;&#x517B;&#x4E0D;&#x826F;&#x75C7;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x82AF;&#x7247;&#x6280;&#x672F;&#x662F;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x682A;&#x88AB;&#x997F;&#x6B7B;&#x7684;&#x7EC4;&#x6C28;&#x9178;&#x3001; &#x4EAE;&#x6C28;&#x9178;&#x3001; &#x8272;&#x6C28;&#x9178;&#x548C;&#x8FC5;&#x901F;&#x8BF1;&#x4F7F; eIF2 &#x78F7;&#x9178;&#x5316; Gcn2p &#x6240;&#x793A;&#x3002;&#x6240;&#x6709; chin &#x5982;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x6536;&#x8D39;&#x6C34;&#x5E73;&#x8861;&#x91CF;&#x4E4B;&#x524D;&#x548C;&#x4E4B;&#x540E;&#x7684;&#x9965;&#x997F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA; Gcn2p &#x6FC0;&#x6D3B;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5185;&#x7684;&#x9965;&#x997F;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x6C34;&#x5E73;&#x5173;&#x8054;&#x4E0E; tRNA &#x6536;&#x8D39;&#x6709;&#x6240;&#x51CF;&#x5C11;&#x3002;&#x6709;&#x8DA3;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5728;&#x67D0;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;chin &#x5982;&#x4E0D;&#x63A7;&#x9965;&#x997F;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x6210;&#x4E3A; deacylated chin &#x5982;&#x88AB;&#x63A7;&#x9965;&#x997F;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66F4;&#x5FEB;&#x3002;&#x8FD9;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x672A;&#x5145;&#x7535; tRNA &#x6C34;&#x5E73;&#x53D1;&#x751F;&#x867D;&#x7136;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x975E;&#x997F;&#x79CD;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x7684;&#x80DE;&#x5185;&#x6C34;&#x5E73;&#x4FDD;&#x6301;&#x4E0D;&#x53D8;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x9AD8;&#x76D0;&#x5206;&#x80C1;&#x8FEB;&#x7684;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x4E2D;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C; chin &#x5982;&#x5145;&#x7535;&#x663E;&#x793A;&#x77AC;&#x95F4;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; Gcn2p &#x53EF;&#x4EE5;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x540C; tRNA &#x79CD;&#x7C7B;&#x5F88;&#x591A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x4E5F;&#x63CF;&#x7ED8; tRNA &#x5145;&#x7535;&#x3001; &#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x548C;&#x975E;&#x8425;&#x517B;&#x80C1;&#x8FEB;&#x590D;&#x6742;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5173;&#x7CFB;&#x6700;&#x597D;&#x88AB;&#x63ED;&#x793A;&#x6240;&#x6709; chin &#x5982;&#x7684;&#x6536;&#x8D39;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x540C;&#x65F6;&#x76D1;&#x6D4B;&#x3002;

TRNA &#x5145;&#x7535;&#x548C;&#x6D3B;&#x5316; eIF2 &#x6FC0;&#x9176; Gcn2p &#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

When cells are subjected to nutritional stress, uncharged tRNAs accumulate and activate Gcn2p phosphorylation of eukaryotic initiation factor-2 (eIF2) and the general amino acid control pathway. The Gcn2p regulatory domain homologous to histidyl-tRNA synthetases is proposed to bind to uncharged tRNA, directly contributing to activation of Gcn2p. Here we apply a microarray technology to analyze genome-wide changes in tRNA charging in yeast upon activation of Gcn2p in response to amino acid starvation and high salinity, a stress not directly linked to nutritional deficiency. This microarray technology is applicable for all eukaryotic cells. Strains were starved for histidine, leucine, or tryptophan and shown to rapidly induce Gcn2p phosphorylation of eIF2. The relative charging level of all tRNAs was measured before and after starvation, and Gcn2p activation and the intracellular levels of the starved amino acid correlate with the observed decrease in tRNA charging. Interestingly, in some cases, tRNAs not charged with the starved amino acid became deacylated more rapidly than tRNAs charged with the starved amino acid. This increase in uncharged tRNA levels occurred although the intracellular levels for these non-starved amino acids remained unchanged. Additionally, treatment of a wild-type strain with high salinity stress showed transient changes in the charging of several different tRNAs. These results suggest that Gcn2p can be activated by many different tRNA species in the cell. These results also depict a complex cellular relationship between tRNA charging, amino acid availability, and non-nutrient stress. These relationships are best revealed by simultaneous monitoring of the charging level of all tRNAs.

Genome-wide analysis of tRNA charging and activation of the eIF2 kinase Gcn2p.

Lorsque les cellules sont soumises &#xE0; un stress nutritionnel, ARNt non charg&#xE9;s d&#x26;#39;accumuler et d&#x26;#39;activer la phosphorylation de l&#x26;#39;initiation eucaryote Gcn2p facteur-2 (eIF2) et le g&#xE9;n&#xE9;ral voie amin&#xE9; ma&#xEE;trise de l&#x26;#39;acide. Le nom de domaine Gcn2p r&#xE9;glementaire homologue &#xE0; histidyl-ARNt synth&#xE9;tases est propos&#xE9; de se lier &#xE0; l&#x26;#39;ARNt non charg&#xE9;, contribuant ainsi directement &#xE0; l&#x26;#39;activation de Gcn2p. Ici, nous appliquons une technologie de micror&#xE9;seau d&#x26;#39;analyser l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome des changements dans l&#x26;#39;ARNt de charge dans la levure lors de l&#x26;#39;activation de Gcn2p en r&#xE9;ponse &#xE0; la famine d&#x26;#39;acides amin&#xE9;s et de la salinit&#xE9; &#xE9;lev&#xE9;e, un stress n&#x26;#39;est pas directement li&#xE9;e &#xE0; une carence nutritionnelle. Cette technologie des biopuces est applicable pour toutes les cellules eucaryotes. Les souches ont &#xE9;t&#xE9; affam&#xE9;s pour l&#x26;#39;histidine, la leucine, ou le tryptophane montr&#xE9; &#xE0; induire rapidement la phosphorylation de Gcn2p eIF2. Le niveau relatif de charge de tous les ARNt a &#xE9;t&#xE9; mesur&#xE9;e avant et apr&#xE8;s la famine, et l&#x26;#39;activation Gcn2p et les niveaux intracellulaires de l&#x26;#39;acide amin&#xE9; affam&#xE9; en corr&#xE9;lation avec la diminution observ&#xE9;e dans l&#x26;#39;ARNt charge. Fait int&#xE9;ressant, dans certains cas, les ARNt pas charg&#xE9;e avec l&#x26;#39;acide amin&#xE9; est devenu affam&#xE9; d&#xE9;sacyl&#xE9; plus rapidement que les ARNt charg&#xE9;s de l&#x26;#39;acide amin&#xE9; affam&#xE9;. Cette augmentation des niveaux d&#x26;#39;ARNt non charg&#xE9;s eu lieu bien que les niveaux intracellulaires de ces acides amin&#xE9;s non-affam&#xE9;s est rest&#xE9; inchang&#xE9;. En outre, le traitement d&#x26;#39;une souche de type sauvage avec le stress de la salinit&#xE9; &#xE9;lev&#xE9;e ont montr&#xE9; des changements transitoires de la charge de plusieurs ARNt diff&#xE9;rents. Ces r&#xE9;sultats sugg&#xE8;rent que Gcn2p peut &#xEA;tre activ&#xE9;e par de nombreuses esp&#xE8;ces d&#x26;#39;ARNt diff&#xE9;rents dans la cellule. Ces r&#xE9;sultats montrent &#xE9;galement une relation complexe entre les ARNt cellulaire charge, la disponibilit&#xE9; des acides amin&#xE9;s, et non-stress li&#xE9; aux nutriments. Ces relations sont le mieux r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; par la surveillance simultan&#xE9;e de l&#x26;#39;&#xE9;tat de charge de tous les ARNt.

L&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome analyse de la tarification ARNT et d&#x26;#39;activation de la kinase Gcn2p eIF2

Wenn Zellen Ern&auml;hrung Stress ausgesetzt sind, ungeladenen tRNAs ansammeln und aktivieren Sie Gcn2p Phosphorylierung von eukaryotischen Einleitung Faktor-2 (eIF2) und die allgemeine Aminos&auml;ure-Kontrolle-Pathway. Die Gcn2p-homologe, Histidyl-tRNA Synthetases regulatorische Dom&auml;ne wird vorgeschlagen, binden an ungeladenen tRNA, direkt zur Aktivierung des Gcn2p beitragen. Hier wenden wir eine Microarraytechnologie zur genomweiten &Auml;nderungen in tRNA aufladen in der Hefe bei der Aktivierung der Gcn2p als Reaktion auf Aminos&auml;ure Hunger und hohen Salzgehalt, analysieren eine Spannung, die nicht unmittelbar mit Fehlern&auml;hrung. Diese Microarraytechnologie ist anwendbar f&uuml;r alle eukaryotischen Zellen. St&auml;mme waren verhungert f&uuml;r Histidin, Leucin oder Tryptophan und gezeigt, um schnell Gcn2p Phosphorylierung von eIF2 induzieren. Die relativen F&uuml;llstand aller tRNAs gemessen wurde, vor und nach Hunger und Gcn2p Aktivierung und den intrazellul&auml;ren Ebenen der verhungert Aminos&auml;ure korrelieren mit der beobachtete R&uuml;ckgang der tRNA aufladen. Interessanterweise wurde in einigen F&auml;llen tRNAs nicht angeklagt die ausgehungerten Aminos&auml;ure Deacylated schneller als die ausgehungerten Aminos&auml;ure tRNAs angeklagt. Dieser Anstieg ungeladenen tRNA ist aufgetreten, obwohl die intrazellul&auml;ren Ebenen f&uuml;r diese Aminos&auml;uren nicht verhungert unver&auml;ndert geblieben. Dar&uuml;ber hinaus zeigten Behandlung ein Wildtyp-Stamm mit hohen Salzgehalt Stress vor&uuml;bergehende &Auml;nderungen in die Erhebung von mehrere verschiedene tRNAs. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Gcn2p durch viele verschiedene tRNA-Arten in der Zelle aktiviert werden kann. Diese Ergebnisse zeigen auch eine komplexe zellul&auml;re Beziehung zwischen tRNA aufladen, Aminos&auml;ure-Verf&uuml;gbarkeit und nicht-N&auml;hrstoff-Stress. Diese Beziehungen werden am besten durch eine gleichzeitige &Uuml;berwachung der F&uuml;llstand aller tRNAs aufgedeckt.

Genomweiten Analyse der tRNA Aufladung und Aktivierung der eIF2 Kinase Gcn2p.

Quando le cellule sono soggette a stress nutrizionali, uncharged tRNA si accumula e attiva Gcn2p fosforilazione del fattore di iniziazione eucariotica-2 (eIF2) e il percorso di controllo generale dell&#39;amminoacido. Il dominio normativo Gcn2p omologo di sintetasi del tRNA di histidyl &egrave; proposto da associare al tRNA uncharged, contribuendo direttamente all&#39;attivazione di Gcn2p. Qui applichiamo una tecnologia microarray per analizzare le modifiche genome-wide nel tRNA carica nel lievito all&#39;attivazione del Gcn2p in risposta alla fame di aminoacidi ed elevata salinit&agrave;, uno stress non direttamente legato alla carenza nutrizionale. Questa tecnologia di microarray &egrave; applicabile per tutte le cellule eucariotiche. Ceppi erano affamati di istidina, leucina o triptofano e dimostrati di indurre rapidamente Gcn2p fosforilazione di eIF2. Il livello di carico relativo di tutti i tRNA &egrave; stato misurato prima e dopo la fame, e Gcn2p attivazione e i livelli intracellulari di aminoacido affamato correlano con la diminuzione osservata nel caricamento del tRNA. &Egrave; interessante notare che, in alcuni casi, tRNA non caricate con l&#39;amminoacido affamato divenne deacylated pi&ugrave; rapidamente di quanto addebitato tRNA con l&#39;amminoacido affamato. Questo aumento dei livelli di tRNA scarichi si &egrave; verificato anche se i livelli intracellulari per questi aminoacidi non morti di fame &egrave; rimasto invariati. Inoltre, trattamento di un ceppo selvaggio-tipo con lo stress ad alta salinit&agrave; ha mostrato cambiamenti transitori nella carica dei diversi tRNA differenti. Questi risultati suggeriscono che la Gcn2p pu&ograve; essere attivato da molte specie differenti di tRNA nella cella. Questi risultati rappresentano anche un complesso rapporto cellulare tra tRNA ricarica, disponibilit&agrave; di aminoacidi e lo stress non-nutrienti. Queste relazioni sono meglio rivelate mediante il monitoraggio simultaneo del livello di carico di tutti i tRNA.

Analisi genome-wide di tRNA caricamento e attivazione della eIF2 chinasi Gcn2p.

&#x7D30;&#x80DE;&#x304C;&#x6804;&#x990A;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x3055;&#x3089;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x975E;&#x8377;&#x96FB;tRNA&#x306F;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x56E0;&#x5B50;2&#xFF08;EIF2&#xFF09;&#x3068;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x5236;&#x5FA1;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;Gcn2p&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x76F8;&#x540C;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C1;&#x30B8;&#x30EB;-tRNA&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#x306B;Gcn2p&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;Gcn2p&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x975E;&#x8377;&#x96FB;tRNA&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x98E2;&#x9913;&#x3084;&#x9AD8;&#x5869;&#x5206;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;&#x6804;&#x990A;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;Gcn2p&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x969B;&#x306B;&#x9175;&#x6BCD;&#x3067;&#x5145;&#x96FB;tRNA&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x771F;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x682A;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x3001;&#x30ED;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x98E2;&#x3048;&#x3068;&#x6025;&#x901F;&#x306B;EIF2&#x306E;Gcn2p&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3092;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;tRNA&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5145;&#x96FB;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x98E2;&#x9913;&#x306E;&#x524D;&#x5F8C;&#x306B;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;Gcn2p&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3068;&#x98E2;&#x9913;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x3067;&#x89B3;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x8208;&#x5473;&#x6DF1;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x98E2;&#x3048;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3067;&#x5145;&#x96FB;&#x3057;&#x306A;&#x3044;tRNA&#x306F;&#x98E2;&#x3048;&#x305F;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3068;tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x8131;&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x5316;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x975E;&#x98E2;&#x3048;&#x305F;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x5909;&#x308F;&#x3089;&#x306A;&#x3044;&#x3082;&#x306E;&#x306E;&#x3001;&#x8377;&#x96FB;tRNA&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x304C;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x9AD8;&#x5869;&#x5206;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x3068;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x682A;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x3067;&#x4E00;&#x6642;&#x7684;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;Gcn2p&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x306E;tRNA&#x7A2E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x3001;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x975E;&#x6804;&#x990A;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x9AD8;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x540C;&#x6642;&#x30E2;&#x30CB;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

EIF2&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;Gcn2p&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;tRNA&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x89E3;&#x6790;

&#xC138;&#xD3EC; &#xC601;&#xC591; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC1B;&#xAC8C; &#xB418; &#xBA74; uncharged tRNAs &#xCD95;&#xC801; &#xBC0F; &#xC9C4; &#xD575; &#xAC1C;&#xC2DC; &#xC694;&#xC778; 2 (eIF2)&#xC758; Gcn2p &#xC778; &#xC0B0;&#xD654; &#xBC0F; &#xC77C;&#xBC18; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD1B5;&#xB85C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;. Histidyl-tRNA synthetases &#xB3D9;&#xC885; Gcn2p &#xADDC;&#xC81C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; uncharged tRNA, gcn2p&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xC9C1;&#xC811; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; &#xC81C;&#xC548;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBCC0;&#xD654; Trna&#xB294; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xAE30;&#xC544;&#xC640; &#xB192;&#xC740; &#xC5FC; &#xBD84;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; gcn2p&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC5D0; &#xCDA9;&#xC804;&#xC5D0; microarray &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xC601;&#xC591; &#xACB0;&#xD54D;&#xC5D0; &#xC9C1;&#xC811; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; microarray &#xAE30;&#xC220;&#xC740; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC9C4; &#xD575; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAE34;&#xC7A5;&#xACFC; &#xD788;&#xC2A4;&#xD2F0;&#xB518;, &#xC2E0;, &#xB610;&#xB294; &#xD2B8;&#xB9BD;&#xD1A0;&#xD310;&#xC5D0; &#xAD76; &#xC8FC; &#xB824; &#xD588;&#xB2E4; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; Eif2&#xC758; Gcn2p &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;&#xB97C; &#xC720;&#xB3C4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB41C;. &#xAE30;&#xC544;, &#xC804;&#xD6C4; &#xBAA8;&#xB4E0; Trnas&#xC758; &#xC0C1;&#xB300; &#xCDA9;&#xC804; &#xC218;&#xC900; &#xCE21;&#xC815; &#xBC0F; Gcn2p &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xAD76; &#xC5B4; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xB0B4; &#xC218;&#xC900; &#xAD00;&#xCC30;&#xB41C; &#xAC10;&#xC18C; tRNA &#xCDA9;&#xC804;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828;. &#xD765;&#xBBF8;&#xB86D;&#xAC8C;&#xB3C4;, &#xC5B4;&#xB5A4; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; tRNAs &#xD558;&#xC9C0; &#xAD76; &#xC5B4; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xD610;&#xC758;&#xB85C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; deacylated tRNAs &#xAD76; &#xC5B4; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xAE34;&#xC7A5; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C;. Uncharged tRNA &#xC218;&#xC900;&#xC774; &#xC99D;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC774; &#xAD76; &#xC5B4; &#xBE44; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xB0B4; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC;. &#xB610;&#xD55C;, &#xB192;&#xC740; &#xC5FC; &#xBD84; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xC640; &#xC57C;&#xC0DD; &#xD615; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778;&#xC758; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB2E4;&#xB978; Trnas&#xC758; &#xCDA9;&#xC804;&#xC5D0; &#xACFC;&#xB3C4; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; Gcn2p &#xC140;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xB2E4;&#xB978; tRNA &#xC885;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB610;&#xD55C; &#xCDA9;&#xC804; tRNA, &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131; &#xBC0F; &#xBE44; &#xC601;&#xC591;&#xC18C; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xACC4; &#xBB18;&#xC0AC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAD00;&#xACC4;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; Trnas&#xC758; &#xCDA9;&#xC804; &#xB808;&#xBCA8;&#xC758; &#xB3D9;&#xC2DC; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC00;&#xC7A5; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;.

TRNA &#xCDA9;&#xC804; &#xBC0F; eIF2 &#xD0A4; gcn2p&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xC11D;.

Cuando las c&#xE9;lulas son sometidas a estr&#xE9;s nutricional, ARNt sin carga se acumulan y activar la fosforilaci&#xF3;n de la iniciaci&#xF3;n eucariota Gcn2p factor de-2 (eIF2) y el general de v&#xED;a de amino&#xE1;cidos de control. El dominio Gcn2p regulador hom&#xF3;loga a histidil-ARNt sintetasas se propone que se unen a tRNA no cargado, que contribuye directamente a la activaci&#xF3;n de Gcn2p. Aqu&#xED; se aplica una tecnolog&#xED;a de microarrays para analizar todo el genoma de los cambios en el tRNA de carga en la levadura de la activaci&#xF3;n de Gcn2p en respuesta a la carencia de amino&#xE1;cidos y alta salinidad, una tensi&#xF3;n que no est&#xE1;n directamente vinculadas a la deficiencia nutricional. Esta tecnolog&#xED;a de microarrays es aplicable a todas las c&#xE9;lulas eucariotas. Las cepas fueron ayunas durante histidina, leucina, o tript&#xF3;fano y demostrado que induce r&#xE1;pidamente fosforilaci&#xF3;n Gcn2p de eIF2. El nivel relativo de carga de todos los ARNt se midi&#xF3; antes y despu&#xE9;s de inanici&#xF3;n, y la activaci&#xF3;n Gcn2p y los niveles intracelulares del amino&#xE1;cido hambre se correlacionan con la disminuci&#xF3;n observada en el tRNA de carga. Curiosamente, en algunos casos, no ARNt cargado con el amino&#xE1;cido hambre se convirti&#xF3; en desacil&#xF3; m&#xE1;s r&#xE1;pidamente que los ARNt cargados con el amino&#xE1;cido hambre. Este aumento en los niveles de tRNA no cargadas se produjo aunque los niveles intracelulares de estos amino&#xE1;cidos no hambrientas se mantuvo sin cambios. Adem&#xE1;s, el tratamiento de una cepa de tipo salvaje con el estr&#xE9;s de alta salinidad mostr&#xF3; cambios transitorios en la carga de varios tRNAs diferentes. Estos resultados sugieren que Gcn2p puede ser activado por muchas especies diferentes de ARNt en la c&#xE9;lula. Estos resultados tambi&#xE9;n muestran una relaci&#xF3;n compleja entre el tRNA celular de carga, la disponibilidad de amino&#xE1;cidos, y el estr&#xE9;s no nutrientes. Estas relaciones se revela mejor mediante un control simult&#xE1;neo del nivel de carga de todos los ARNt.

Genoma en todo el an&#xE1;lisis de la carga de ARNt y la activaci&#xF3;n de la quinasa Gcn2p eIF2

&#x4E24;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x517B;&#x5206;&#x9065;&#x611F;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x901A;&#x8DEF;&#x3001; &#x603B;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x63A7;&#x5236; (GAAC) &#x548C;&#x96F7;&#x5E15;&#x9709;&#x7D20; &#xFF08;TOR&#xFF09;&#xFF0C;&#x76EE;&#x6807;&#x53C2;&#x4E0E;&#x517B;&#x5206;&#x5229;&#x7528;&#x7387;&#x63A7;&#x5236;&#x9175;&#x6BCD;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x9965;&#x997F;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x901A;&#x8FC7; Gcn2p &#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x56E0;&#x5B50; eIF2 &#x548C; GCN4&#xFF0C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x4F18;&#x60E0;&#x7FFB;&#x8BD1; GAAC&#x3002;TOR &#x611F;&#x5B98;&#x6C2E;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8C03;&#x8282;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; Gln3p &#x7B49;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x5730;&#x5740; GAAC &#x548C; TOR &#x8DEF;&#x5F84;&#x4E2D;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x9965;&#x997F;&#x548C;&#x96F7;&#x5E15;&#x9709;&#x7D20;&#x6CBB;&#x7597;&#x671F;&#x95F4;&#x6307;&#x6325;&#x9175;&#x6BCD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x96C6;&#x6210;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F1A;&#x53D1;&#x73B0; GAAC &#x662F; TOR &#x4FE1;&#x53F7;&#x9014;&#x5F84;&#xFF0C;&#x4E0E; Gcn4p &#x548C; Gln3p &#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x6548;&#x5E94;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x96F7;&#x5E15;&#x9709;&#x7D20;&#x6CBB;&#x7597;&#x671F;&#x95F4;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x8BB8;&#x591A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x867D;&#x7136; Gcn4p &#x6FC0;&#x6D3B; 57 &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5171;&#x540C;&#x6838;&#x5FC3;&#xFF0C;GAAC &#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x5E94;&#x529B;&#x5728;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x6307;&#x793A;&#x5B58;&#x5728;&#x5F88;&#x5927;&#x5DEE;&#x522B;&#x3002;&#x9664;&#x4E86;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x751F;&#x7269;&#x5408;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;Gln3p &#x4E0E; Gcn4p &#x4E00;&#x8D77;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x8F85;&#x52A9;&#x6C2E;&#x6E90;&#x5982; &gamma;-&#x6C28;&#x57FA;&#x4E01;&#x9178; (GABA) &#x540C;&#x5316;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;Gcn2p &#x6FC0;&#x6D3B;&#x540E;&#x8F6C;&#x79FB;&#x5230;&#x8F85;&#x52A9;&#x6C2E;&#x6E90;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x901A;&#x8FC7;&#x53CC;&#x91CD;&#x673A;&#x5236;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E00;&#xFF0C;Gcn2p &#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x4E00;&#x79CD;&#x673A;&#x5236;&#x6D89;&#x53CA; Sit4p &#x86CB;&#x767D;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x91CA;&#x653E; TOR &#x9547;&#x538B;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#xFF0C;&#x6B64; eIF2 &#x6FC0;&#x9176;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x9009;&#x62E9;&#x672A;&#x5145;&#x7535; chin &#x5982;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5728; GABA &#x4E2D;&#x671F;&#x8F6C;&#x5411;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x7D2F;&#x79EF;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7A81;&#x51FA;&#x4E86;&#x5176;&#x4E2D;&#x7684; GAAC &#x548C; TOR &#x9014;&#x5F84;&#x96C6;&#x6210;&#x5728;&#x4E00;&#x8D77;&#x4EE5;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#x4E0D;&#x65AD;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x6C2E;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x548C;&#x76F4;&#x63A5;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x6700;&#x4F18;&#x589E;&#x957F;&#x9002;&#x5E94;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x4E00;&#x4F53;&#x5316;&#x603B;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x63A7;&#x5236;&#x4E0E;&#x96F7;&#x5E15;&#x9709;&#x7D20; &#xFF08;TOR&#xFF09; &#x8C03;&#x63A7;&#x6C2E;&#x540C;&#x5316;&#x5728;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;

Two important nutrient-sensing and regulatory pathways, the general amino acid control (GAAC) and the target of rapamycin (TOR), participate in the control of yeast growth and metabolism during changes in nutrient availability. Amino acid starvation activates the GAAC through Gcn2p phosphorylation of translation factor eIF2 and preferential translation of GCN4, a transcription activator. TOR senses nitrogen availability and regulates transcription factors such as Gln3p. We used microarray analyses to address the integration of the GAAC and TOR pathways in directing the yeast transcriptome during amino acid starvation and rapamycin treatment. We found that GAAC is a major effector of the TOR pathway, with Gcn4p and Gln3p each inducing a similar number of genes during rapamycin treatment. Although Gcn4p activates a common core of 57 genes, the GAAC directs significant variations in the transcriptome during different stresses. In addition to inducing amino acid biosynthetic genes, Gcn4p in conjunction with Gln3p activates genes required for the assimilation of secondary nitrogen sources such as gamma-aminobutyric acid (GABA). Gcn2p activation upon shifting to secondary nitrogen sources is suggested to occur by means of a dual mechanism. First, Gcn2p is induced by the release of TOR repression through a mechanism involving Sit4p protein phosphatase. Second, this eIF2 kinase is activated by select uncharged tRNAs, which were shown to accumulate during the shift to the GABA medium. This study highlights the mechanisms by which the GAAC and TOR pathways are integrated to recognize changing nitrogen availability and direct the transcriptome for optimal growth adaptation.

Integration of general amino acid control and target of rapamycin (TOR) regulatory pathways in nitrogen assimilation in yeast.

Deux importants &#xE9;l&#xE9;ments nutritifs de d&#xE9;tection et de voies de r&#xE9;gulation, la ma&#xEE;trise de l&#x26;#39;acide amin&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;rale (GAAC) et la cible de la rapamycine (TOR), participer &#xE0; la ma&#xEE;trise de la croissance et le m&#xE9;tabolisme de la levure pendant les changements de la disponibilit&#xE9; des nutriments. La famine en acides amin&#xE9;s active le GAAC par la phosphorylation de Gcn2p eIF2 facteur de traduction et la traduction pr&#xE9;f&#xE9;rentiel de GCN4, un activateur de la transcription. TOR disponibilit&#xE9; de l&#x26;#39;azote sens et r&#xE9;glemente les facteurs de transcription tels que Gln3p. Nous avons utilis&#xE9; des analyses de micror&#xE9;seaux pour aborder l&#x26;#39;int&#xE9;gration des voies GAAC et TOR dans la direction du transcriptome de la levure pendant la famine acide amin&#xE9; et le traitement rapamycine. Nous avons constat&#xE9; que GAAC est un effecteur majeur de la voie TOR, avec Gcn4p et Gln3p chaque induisant un nombre similaire de g&#xE8;nes au cours du traitement rapamycine. Bien que Gcn4p active un tronc commun de 57 g&#xE8;nes, le GAAC dirige d&#x26;#39;importantes variations dans le transcriptome au cours de diff&#xE9;rentes contraintes. En plus de provoquer amin&#xE9;s g&#xE8;nes de biosynth&#xE8;se d&#x26;#39;acides, Gcn4p en conjonction avec les g&#xE8;nes s&#x26;#39;active Gln3p n&#xE9;cessaires &#xE0; l&#x26;#39;assimilation des sources d&#x26;#39;azote secondaires tels que l&#x26;#39;acide gamma-aminobutyrique (GABA). Activation Gcn2p lors du d&#xE9;placement des sources d&#x26;#39;azote secondaires est propos&#xE9; &#xE0; produire au moyen d&#x26;#39;un m&#xE9;canisme &#xE0; double. Tout d&#x26;#39;abord, Gcn2p est induite par la lib&#xE9;ration de la r&#xE9;pression TOR par un m&#xE9;canisme impliquant la prot&#xE9;ine phosphatase Sit4p. Deuxi&#xE8;mement, cette kinase est activ&#xE9;e par eIF2 s&#xE9;lectionnez ARNt non charg&#xE9;s, qui ont &#xE9;t&#xE9; pr&#xE9;sent&#xE9;s &#xE0; s&#x26;#39;accumuler au cours du quart au milieu de GABA. Cette &#xE9;tude met en &#xE9;vidence les m&#xE9;canismes par lesquels les voies GAAC et TOR sont int&#xE9;gr&#xE9;s &#xE0; reconna&#xEE;tre &#xE9;volution de la disponibilit&#xE9; d&#x26;#39;azote et de diriger le transcriptome pour l&#x26;#39;adaptation optimale de croissance.

Int&#xE9;gration de contr&#xF4;le de l&#x26;#39;acide amin&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;ral et de la cible de la rapamycine (TOR) dans les voies de r&#xE9;gulation assimilation de l&#x26;#39;azote dans la levure

Zwei wichtige N&auml;hrstoff-Sensorik und beh&ouml;rdlichen Wege, die allgemeine Aminos&auml;ure-Kontrolle (GAAC) und das Ziel des angiomiolipomas (TOR), Teilnahme bei der Kontrolle der Hefe Wachstum und Stoffwechsel w&auml;hrend &Auml;nderungen N&auml;hrstoff-Verf&uuml;gbarkeit. Aminos&auml;ure-Hunger wird die GAAC durch Gcn2p Phosphorylierung von &Uuml;bersetzung Faktor eIF2 und bevorzugte &Uuml;bersetzung von GCN4, eine Transkription-Aktivator aktiviert. TOR sp&uuml;rt Stickstoff Verf&uuml;gbarkeit und Transkriptionsfaktoren wie Gln3p regelt. Wir verwendet Microarray Analysen, um die Integration der GAAC und TOR Bahnen in der Leitung der Hefe Transkriptom w&auml;hrend Aminos&auml;ure Hunger und angiomiolipomas Behandlung ansprechen. Wir fanden, dass GAAC ein wichtiger Effektor des Signalweges TOR, mit Gcn4p und Gln3p ist jeder induzieren eine &auml;hnliche Zahl von Genen w&auml;hrend der angiomiolipomas Behandlung. Obwohl Gcn4p einen gemeinsamen Grundstock f&uuml;r 57 Gene aktiviert, leitet die GAAC erhebliche Variationen in das Transkriptom, w&auml;hrend verschiedene Spannungen. Neben induzierende Aminos&auml;ure biosynthetischen Gene, aktiviert Gcn4p in Verbindung mit Gln3p Genen, die f&uuml;r die Assimilation der sekund&auml;ren Stickstoff Quellen wie Gamma - Aminobutters&auml;ure (GABA) erforderlich. Gcn2p-Aktivierung bei der Umstellung auf sekund&auml;re Stickstoff Quellen wird vorgeschlagen, um mittels eines dualen Mechanismus auftreten. Zun&auml;chst wird die Gcn2p durch die Freisetzung von TOR Repression durch einen Mechanismus Sit4p Protein Phosphatase induziert. Zweitens wird dieser eIF2-Kinase durch ausw&auml;hlen ungeladenen tRNAs, aktiviert die gezeigt wurden, w&auml;hrend der Schicht auf das GABA-Medium zu sammeln. Diese Studie unterstreicht die Mechanismen, durch die die GAAC und TOR Wege integriert sind, um wechselnde Stickstoff-Verf&uuml;gbarkeit zu erkennen und direkt das Transkriptom f&uuml;r optimales Wachstum Anpassung.

Integration von allgemeinen Aminos&auml;ure-Steuerelement und Ziel des angiomiolipomas (TOR) Regulationsmechanismen in Stickstoff-Assimilation in der Hefe.

Due importanti percorsi nutrienti-sensing e normativi, il controllo generale dell&#39;amminoacido (GAAC) e il target di rapamicina (TOR), partecipare nel controllo della crescita di lievito e metabolismo durante le modifiche nella disponibilit&agrave; dei nutrienti. Amminoacido fame attiva la GAAC attraverso fosforilazione Gcn2p di traduzione fattore eIF2 e preferenziale traduzione di GCN4, un attivatore di trascrizione. TOR rileva la disponibilit&agrave; di azoto e regola i fattori di trascrizione come Gln3p. Abbiamo utilizzato l&#39;analisi di microarray per affrontare l&#39;integrazione dei percorsi GAAC e TOR nella regia del transcriptome lievito durante la fame dell&#39;amminoacido e trattamento rapamicina. Abbiamo trovato che GAAC &egrave; un importante effettore del percorso TOR, con Gcn4p e Gln3p ogni inducendo un simile numero di geni durante il trattamento rapamicina. Anche se Gcn4p si attiva un nucleo comune di 57 geni, la GAAC dirige variazioni significative in transcriptome durante diverse sollecitazioni. Oltre a indurre geni biosintetici degli aminoacidi, Gcn4p in collaborazione con Gln3p attiva geni necessari per l&#39;assimilazione delle fonti secondarie azoto come acido gamma - aminobutirrico (GABA). Gcn2p attivazione dopo il passaggio a fonti secondarie d&#39;azoto &egrave; suggerito a verificarsi mediante un duplice meccanismo. In primo luogo, Gcn2p &egrave; indotta dal rilascio di repressione TOR attraverso un meccanismo che coinvolge Sit4p fosfatasi della proteina. In secondo luogo, questa eIF2 chinasi &egrave; attivata da selezionare uncharged tRNA, che sono stati mostrati per accumulare durante lo spostamento verso il mezzo di GABA. Questo studio mette in evidenza i meccanismi da cui sono integrati i percorsi GAAC e TOR per riconoscere la disponibilit&agrave; di azoto mutevoli e diretto del transcriptome per adattamento ottimale crescita.

Integrazione del controllo generale dell&#39;amminoacido e bersaglio della rapamicina (TOR) vie regolarici nella assimilazione dell&#39;azoto in lievito.

&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6804;&#x990A;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x5236;&#x5FA1;&#xFF08;GAAC&#xFF09;&#x3068;&#x30E9;&#x30D1;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#xFF08;TOR&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x72B6;&#x6CC1;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x6642;&#x306E;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x3068;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306E;&#x5236;&#x5FA1;&#x306B;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x98E2;&#x9913;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x56E0;&#x5B50;EIF2&#x3068;GCN4&#x306E;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306A;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;Gcn2p GAAC&#x3092;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; TOR&#x611F;&#x899A;&#x7A92;&#x7D20;&#x306E;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x3084;Gln3p&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x98E2;&#x9913;&#x3084;&#x30E9;&#x30D1;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x6642;&#x306B;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x6307;&#x793A;&#x3059;&#x308B;GAAC&#x3068;TOR&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;GAAC&#x304C;Gcn4p&#x3068;Gln3p&#x30E9;&#x30D1;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x6642;&#x306E;&#x5404;&#x8A98;&#x5C0E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x6570;&#x3068;&#x3001;TOR&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30A8;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002; Gcn4p&#x306F;57&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x30B3;&#x30A2;&#x3092;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;GAAC&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x6642;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x5909;&#x52D5;&#x3092;&#x6307;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;Gln3p&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;Gcn4p&#x306F;&#x3001;&#x3B3;-&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x916A;&#x9178;&#xFF08;GABA&#xFF09;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x4E8C;&#x6B21;&#x7A92;&#x7D20;&#x6E90;&#x306E;&#x540C;&#x5316;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x4E8C;&#x7A92;&#x7D20;&#x6E90;&#x3078;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x6642;&#x306B;Gcn2p&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x4E8C;&#x91CD;&#x306E;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8D77;&#x3053;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305A;&#x3001;Gcn2p&#x306F;Sit4p&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30DB;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;TOR&#x5F3E;&#x5727;&#x306E;&#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x306E;EIF2&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x306F;&#x3001;GABA&#x5A92;&#x4F53;&#x3078;&#x306E;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x4E2D;&#x306B;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x9078;&#x629E;&#x8377;&#x96FB;tRNA&#x3092;&#x3001;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;GAAC&#x3068;TOR&#x7D4C;&#x8DEF;&#x304C;&#x5909;&#x5316;&#x7A92;&#x7D20;&#x306E;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x3001;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x6210;&#x9577;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x6307;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7D71;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x969B;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9175;&#x6BCD;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x7A92;&#x7D20;&#x540C;&#x5316;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x5236;&#x5FA1;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30E9;&#x30D1;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#xFF08;TOR&#xFF09;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;

&#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC601;&#xC591;&#xC18C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xD1B5;&#xB85C;, &#xC0B0; &#xC131; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC77C;&#xBC18; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; (GAAC)&#xC640; rapamycin (TOR)&#xC758; &#xB300;&#xC0C1; &#xC591;&#xBD84; &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#xC5D0; &#xD6A8; &#xBAA8; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xB300;&#xC0AC; &#xC81C;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC;. &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xAE30;&#xC544; GAAC &#xBC88;&#xC5ED; &#xC694;&#xC18C; Eif2&#xC758; Gcn2p &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;&#xC640; GCN4, &#xC804;&#xC0AC; &#xD65C;&#xC131; &#xC81C; &#xC6B0;&#xC120; &#xBC88;&#xC5ED;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD1A0;&#xB974; &#xC9C8;&#xC18C; &#xC5EC;&#xBD80;&#xB97C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xBC0F; Gln3p &#xB4F1;&#xC758; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778; &#xD1B5;&#xC81C; &#xD55C;&#xB2E4;. Microarray &#xBD84;&#xC11D; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xAE30;&#xC544;&#xC640; rapamycin &#xCE58;&#xB8CC; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xD6A8; &#xBAA8; transcriptome &#xC9C0;&#xC2DC;&#xC5D0; GAAC&#xC640; &#xD1A0;&#xB974; &#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xD1B5;&#xD569;&#xC744; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; GAAC &#xD1A0;&#xB974; &#xD1B5;&#xB85C; gcn4p&#xC640; gln3p&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xC774;&#xD399;&#xD130; &#xBC1C;&#xACAC; &#xAC01; rapamycin &#xCE58;&#xB8CC; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC218;&#xB97C; &#xC720;&#xB3C4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Gcn4p 57 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xCF54;&#xC5B4; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB418; &#xBA74;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC5EC; GAAC &#xB2E4;&#xB978; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xC548;&#xB294; transcriptome&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBCC0;&#xD654; &#xC9C0;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC720;&#xB3C4; &#xD558;&#xB294; &#xAC83; &#xC678;&#xC5D0; gln3p&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; Gcn4p &#xBCF4;&#xC870; &#xC9C8;&#xC18C; &#xC18C;&#xC2A4; &#xAC10;&#xB9C8;-aminobutyric &#xC0B0; (GABA) &#xB4F1;&#xC758; &#xB3D9;&#xD654;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Gcn2p &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xBCF4;&#xC870; &#xC9C8;&#xC18C; &#xC6D0;&#xBCF8;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB4C0;&#xC5BC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCAB;&#xC9F8;, gcn2p&#xB294; Sit4p &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD1A0;&#xB974; &#xC5B5;&#xC555;&#xC758; &#xBC29;&#xCD9C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC720;&#xBC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB458;&#xC9F8;,&#xC774; eIF2 &#xD0A4; GABA &#xB9E4;&#xCCB4;&#xC5D0; &#xADFC;&#xBB34; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xB204;&#xC801; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD588;&#xB2E4; &#xC120;&#xD0DD; uncharged Trnas&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xBCC0;&#xD654; &#xC9C8;&#xC18C; &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;&#xC744; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558; &#xACE0; &#xCD5C;&#xC801;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5; &#xC801;&#xC751; transcriptome &#xC9C1;&#xC811; GAAC&#xC640; &#xD1A0;&#xB974; &#xACBD;&#xB85C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD55C;&#xB2E4;.

&#xC77C;&#xBC18; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC81C;&#xC5B4; &#xBC0F; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC5D0; &#xC9C8;&#xC18C; &#xB3D9;&#xD654; rapamycin (TOR) &#xADDC;&#xC81C; &#xACBD;&#xB85C;&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xD1B5;&#xD569;.

Dos importantes nutrientes de detecci&#xF3;n y sistemas de regulaci&#xF3;n, el control general de amino&#xE1;cidos (GAAC) y el blanco de la rapamicina (TOR), participan en el control del crecimiento de la levadura y el metabolismo durante los cambios en la disponibilidad de nutrientes. Carencia de amino&#xE1;cidos activa el GAAC trav&#xE9;s de la fosforilaci&#xF3;n de eIF2 Gcn2p factor de traducci&#xF3;n y traducci&#xF3;n preferente de GCN4, un activador de la transcripci&#xF3;n. La disponibilidad de nitr&#xF3;geno TOR sentidos y regula factores de transcripci&#xF3;n como Gln3p. Se utiliz&#xF3; an&#xE1;lisis de microarrays para hacer frente a la integraci&#xF3;n de las v&#xED;as GAAC y de la TOR en la direcci&#xF3;n del transcriptoma de la levadura durante la hambruna de amino&#xE1;cidos y el tratamiento de la rapamicina. Se encontr&#xF3; que el GAAC es un efector principal de la v&#xED;a de TOR, con Gcn4p Gln3p y cada uno de inducci&#xF3;n de un n&#xFA;mero similar de genes durante el tratamiento con rapamicina. Aunque Gcn4p activa un n&#xFA;cleo com&#xFA;n de 57 genes, el GAAC dirige variaciones significativas en el transcriptoma durante los diferentes estreses. Adem&#xE1;s de la inducci&#xF3;n de genes de bios&#xED;ntesis de amino&#xE1;cidos &#xE1;cidos, Gcn4p junto con Gln3p activa los genes necesarios para la asimilaci&#xF3;n de las fuentes de nitr&#xF3;geno secundarios, tales como &#xE1;cido gamma-aminobut&#xED;rico (GABA). Activaci&#xF3;n Gcn2p a cambiar a fuentes de nitr&#xF3;geno secundario se sugiere que se produzca por medio de un mecanismo doble. En primer lugar, Gcn2p es inducida por la liberaci&#xF3;n de la represi&#xF3;n de la TOR a trav&#xE9;s de un mecanismo que implica la fosfatasa Sit4p prote&#xED;na. En segundo lugar, esta quinasa es activada por eIF2 selectos ARNt sin carga, que fueron demostrado que se acumulan durante el turno al medio de GABA. Este estudio pone de relieve los mecanismos por los cuales las v&#xED;as GAAC y de la TOR se integran para reconocer cambios en la disponibilidad de nitr&#xF3;geno y dirigir el transcriptoma para la adaptaci&#xF3;n &#xF3;ptima de crecimiento.

Integraci&#xF3;n de la Direcci&#xF3;n General de Control de amino&#xE1;cidos y de destino de la rapamicina (TOR) v&#xED;as de regulaci&#xF3;n en la asimilaci&#xF3;n de nitr&#xF3;geno en la levadura

&#x8FD1;&#x51E0;&#x5E74;&#x6765;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x5BC6;&#x96C6;&#x8FDB;&#x5C55;&#x4E2D;&#x6D4B;&#x91CF;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x8D21;&#x732E;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x51FA;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x4FDD;&#x5B88;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6548;&#x7387;&#x6CBF; mRNAs &#x8BA1;&#x7B97;&#x57FA;&#x4E8E;&#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C; tRNA &#x6C60;&#x4E4B;&#x95F4;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5927;&#x7EA6; 30-50 &#x5BC6;&#x7801;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5E73;&#x5747;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x4E0E;&#x6548;&#x7387;&#x4F4E;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#xFF0C;&#x6700;&#x540E;&#x5927;&#x7EA6; 50 &#x5BC6;&#x7801;&#x5B50;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x663E;&#x793A;&#x6700;&#x9AD8;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x3002;&#x8BE5;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x9884;&#x6D4B;&#x51FA;&#x6CBF;&#x9175;&#x6BCD;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6027;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x901F;&#x5EA6;&#x548C;&#x7ED3;&#x679C;&#xFF0C;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C; tRNA &#x6C60;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x6162;&quot;&quot;&#x5F00;&#x5934;&#x7684;&#x5761;&#x9053; mRNAs &#x5145;&#x5F53;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x7684;&#x540E;&#x671F;&#x9636;&#x6BB5;&#x5F62;&#x6210;&#x6700;&#x4F18;&#x548C;&#x9C81;&#x68D2;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#x6765;&#x51CF;&#x5C11;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x4EA4;&#x901A;&#x62E5;&#x5835;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5C3D;&#x91CF;&#x51CF;&#x5C11;&#x6210;&#x672C;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;

&#x63A7;&#x5236;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x8FDB;&#x5316;&#x4FDD;&#x6301;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

Recent years have seen intensive progress in measuring protein translation. However, the contributions of coding sequences to the efficiency of the process remain unclear. Here, we identify a universally conserved profile of translation efficiency along mRNAs computed based on adaptation between coding sequences and the tRNA pool. In this profile, the first approximately 30-50 codons are, on average, translated with a low efficiency. Additionally, in eukaryotes, the last approximately 50 codons show the highest efficiency over the full coding sequence. The profile accurately predicts position-dependent ribosomal density along yeast genes. These data suggest that translation speed and, as a consequence, ribosomal density are encoded by coding sequences and the tRNA pool. We suggest that the slow "ramp" at the beginning of mRNAs serves as a late stage of translation initiation, forming an optimal and robust means to reduce ribosomal traffic jams, thus minimizing the cost of protein expression.

An evolutionarily conserved mechanism for controlling the efficiency of protein translation.

Ces derni&#xE8;res ann&#xE9;es ont vu des progr&#xE8;s intensive dans la mesure de la traduction des prot&#xE9;ines. Toutefois, les contributions de s&#xE9;quences codantes de l&#x26;#39;efficacit&#xE9; du processus restent floues. Ici, nous identifions un profil universellement conserv&#xE9; de l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de traduction des ARNm long calcul&#xE9;s sur la base de l&#x26;#39;adaptation entre les s&#xE9;quences codantes et la piscine ARNt. Dans ce profil, les environ 30-50 premiers codons sont, en moyenne, traduit avec une faible efficacit&#xE9;. En outre, chez les eucaryotes, les quelque 50 derniers codons montrent la plus grande efficacit&#xE9; au cours de la s&#xE9;quence codante compl&#xE8;te. Le profil pr&#xE9;dit avec pr&#xE9;cision d&#xE9;pendant de la position le long de densit&#xE9; ribosomale g&#xE8;nes de la levure. Ces donn&#xE9;es sugg&#xE8;rent que la vitesse de translation et, en cons&#xE9;quence, la densit&#xE9; du ribosome sont cod&#xE9;es par des s&#xE9;quences codantes et la piscine ARNt. Nous sugg&#xE9;rons que la lente &#x26;quot;rampe&#x26;quot; au d&#xE9;but des ARNm sert un stade tardif de initiation de la traduction, formant un moyen optimal et robuste pour r&#xE9;duire les embouteillages ribosomal, minimisant ainsi le co&#xFB;t de l&#x26;#39;expression des prot&#xE9;ines.

Un m&#xE9;canisme &#xE9;volutives conserv&#xE9;es de lutte contre l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de la traduction des prot&#xE9;ines

Den letzten Jahren gab es intensive Fortschritte bei der Messung von Protein-&Uuml;bersetzung. Die Beitr&auml;ge der Codierung Sequenzen zur Effizienz des Prozesses bleiben jedoch unklar. Hier erkennen wir ein universell konservierten Profil der &Uuml;bersetzung Effizienz entlang mRNAs berechnet basierend auf Anpassung zwischen Codierung Sequenzen und der tRNA-Pool. In diesem Profil die ersten ca. 30-50 Codons sind, im Durchschnitt mit einem geringen Wirkungsgrad &uuml;bersetzt. In Eukaryoten, werden dar&uuml;ber hinaus in den letzten ca. 50 Codons h&ouml;chste Effizienz &uuml;ber die volle kodierende Sequenz anzeigen. Das Profil Vorhersage wegabh&auml;ngigen ribosomal Dichte entlang Hefe Gene. Diese Daten legen nahe, dass Hubgeschwindigkeit und folglich ribosomal Dichte durch die Kodierung der tRNA-Pool und Sequenzen codiert. Wir empfehlen die langsame &quot;Ramp&quot; am Anfang von mRNAs dient als ein Sp&auml;tstadium der &Uuml;bersetzung Initiation, bilden eine optimale und robuste Mittel zur Verringerung von ribosomal Staus, minimieren so die Kosten f&uuml;r die Proteinexpression.

Eine evolution&auml;r konservierte Mechanismus zur Steuerung der Effizienz der Protein-&Uuml;bersetzung.

Anni recenti hanno visto progressi intensivo nella traduzione di proteina di misurazione. Tuttavia, i contributi di sequenze per l&#39;efficienza del processo di codifica rimangono poco chiari. Qui, ci identifichiamo un profilo universalmente conservato dell&#39;efficienza della traduzione lungo mRNAs computato sulla base di adattamento tra codifica di sequenze e il pool di tRNA. In questo profilo, il primo di circa 30-50 codoni sono, in media, tradotto con una bassa efficienza. Inoltre, negli eucarioti, l&#39;ultima circa 50 codoni mostrano il pi&ugrave; alta efficienza sopra l&#39;intera sequenza codifica. Il profilo prevede accuratamente ribosomiale densit&agrave; dipendente dalla posizione lungo geni di lievito. Questi dati suggeriscono che velocit&agrave; di traduzione e, di conseguenza, densit&agrave; ribosomiale sono codificati dalla codifica di sequenze e il pool di tRNA. Suggeriamo che il lenta &quot;rampa&quot; all&#39;inizio dei mRNAs serve come una fase tardiva di inizio di traduzione, formando un mezzo robusto e ottimo per ridurre ingorghi ribosomiale, riducendo cos&igrave; al minimo il costo di espressione della proteina.

Un meccanismo evolutivamente conservato per controllare l&#39;efficienza della traduzione proteica.

&#x8FD1;&#x5E74;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x969B;&#x306B;&#x96C6;&#x4E2D;&#x7684;&#x306A;&#x9032;&#x5C55;&#x3092;&#x898B;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x5316;&#x306B;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5BC4;&#x4E0E;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x914D;&#x5217;&#x3068;tRNA&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x9593;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x8A08;&#x7B97;&#x3057;&#x305F;mRNA&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x7FFB;&#x8A33;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x7D04;30&#x301C;50&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x5E73;&#x5747;&#x7684;&#x306B;&#x4F4E;&#x52B9;&#x7387;&#x3067;&#x5909;&#x63DB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x7D04;50&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x914D;&#x5217;&#x4E0A;&#x306E;&#x6700;&#x9AD8;&#x52B9;&#x7387;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x9175;&#x6BCD;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x305F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x306E;&#x30B9;&#x30D4;&#x30FC;&#x30C9;&#x3068;&#x3001;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x306F;&#x914D;&#x5217;&#x3068;tRNA&#x306E;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;mRNA&#x306E;&#x5148;&#x982D;&#x3067;&#x9045;&#x3044; &#x26;quot;&#x30E9;&#x30F3;&#x30D7;&#x26;quot;&#x306F;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x6700;&#x5C0F;&#x9650;&#x306B;&#x6291;&#x3048;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x6E0B;&#x6EDE;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x3001;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x624B;&#x6BB5;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x200B;&#x200B;&#x958B;&#x59CB;&#x306E;&#x5F8C;&#x671F;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

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&#xCD5C;&#xADFC; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548; &#xCE21;&#xC815; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC88;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xC9D1;&#xC911;&#xC801;&#xC778; &#xBC1C;&#xC804;&#xC744; &#xBCF4;&#xC558;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC5D0; &#xCF54;&#xB529;&#xC758; &#xAE30;&#xC5EC; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; tRNA &#xD480; &#xC0AC;&#xC774; &#xC801;&#xC751; &#xAE30;&#xBC18; mRNAs &#xACC4;&#xC0B0; &#xB530;&#xB77C; &#xBC88;&#xC5ED; &#xD6A8;&#xC728;&#xC758; &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC5D0; &#xC57D; 30-50 codons, &#xD3C9;&#xADE0;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xB0AE;&#xC740; &#xD6A8;&#xC728;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC88;&#xC5ED; &#xB41C; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;, &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xC57D; 50 codons &#xC804;&#xCCB4; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xC548; &#xCD5C;&#xACE0; &#xD6A8;&#xC728;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xC744; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xD6A8; &#xBAA8; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB530;&#xB77C; &#xC704;&#xCE58; &#xC885;&#xC18D; ribosomal &#xBC00;&#xB3C4; &#xC608;&#xCE21;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xBC88;&#xC5ED; &#xC18D;&#xB3C4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xADF8; &#xACB0;&#xACFC;, ribosomal &#xBC00;&#xB3C4; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; tRNA &#xD480;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB290;&#xB9B0; &quot;&#xB7A8;&#xD504;&quot; &#xCC98;&#xC74C;&#xBD80;&#xD130; Mrnas&#xC758; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC758; &#xD6C4;&#xBC18; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xBE44;&#xC6A9; &#xCD5C;&#xC18C;&#xD654; ribosomal &#xAD50;&#xD1B5; &#xCCB4;&#xC99D;&#xC744; &#xC904;&#xC774;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xCD5C;&#xC801;&#xC758; &#xC218;&#xB2E8; &#xC81C;&#xC548;.

&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC88;&#xC5ED; &#xD6A8;&#xC728;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xC9C4;&#xD654; &#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;.

En los &#xFA;ltimos a&#xF1;os ha habido importantes avances en la medici&#xF3;n intensiva traducci&#xF3;n de prote&#xED;nas. Sin embargo, las contribuciones de las secuencias de codificaci&#xF3;n para la eficiencia del proceso no est&#xE1;n claros. En este sentido, se identifica un perfil universalmente conservadas de la eficiencia de la traducci&#xF3;n a lo largo de ARNm calculados sobre la base de la adaptaci&#xF3;n entre las secuencias de codificaci&#xF3;n y la piscina del tRNA. En este perfil, los primeros de aproximadamente 30 a 50 codones son, en promedio, traducido con una baja eficiencia. Adem&#xE1;s, en las c&#xE9;lulas eucariotas, los &#xFA;ltimos aproximadamente 50 codones muestran la mayor eficiencia en la secuencia de codificaci&#xF3;n completa. El perfil predice con precisi&#xF3;n la posici&#xF3;n dependiente de la densidad a lo largo de ribosomal genes de levadura. Estos datos sugieren que la velocidad de traducci&#xF3;n y, como consecuencia, la densidad ribos&#xF3;mico est&#xE1;n codificadas por las secuencias de codificaci&#xF3;n y la piscina ARNt. Sugerimos que el lento &#x26;quot;rampa&#x26;quot; en el comienzo de los ARNm sirve como una etapa tard&#xED;a de iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n, la formaci&#xF3;n de un medio &#xF3;ptimo y robusto para reducir los atascos de tr&#xE1;fico ribosomal, lo que minimiza el costo de la expresi&#xF3;n de la prote&#xED;na.

Un mecanismo conservado evolutivamente para controlar la eficiencia de la traducci&#xF3;n de prote&#xED;nas

&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x88AB;&#x5265;&#x593A;&#xFF0C;&#x5F53;&#x672A;&#x5145;&#x7535; chin &#x5982;&#x79EF;&#x7D2F;&#x548C;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5B88;&#x6052;&#x7684; GCN2 &#x86CB;&#x767D;&#x6FC0;&#x9176;&#x3002;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684; Gcn2p &#x5411;&#x4E0A;&#x8C03;&#x8282;&#x4E00;&#x822C;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x63A7;&#x5236;&#x9014;&#x5F84;&#x901A;&#x8FC7;&#x5E73;&#x79FB;&#x542F;&#x52A8;&#x56E0;&#x5B50; eIF2 &#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x3002;&#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#xFF0C;Gcn2p &#x662F; phosphorylates eIF2&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x79CD;&#x673A;&#x5236;&#x89C4;&#x8303;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x6FC0;&#x9176;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x4E86;&#x9175;&#x6BCD;&#x751F;&#x957F;&#x548C; tRNA aminoacylation &#x6216;&#x5145;&#x7535;&#xFF0C;&#x671F;&#x95F4;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x8017;&#x5C3D;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x548C;&#x7F3A;&#x4E4F; GCN2 &#x4E2D;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;tRNA &#x5145;&#x7535;&#x662F;&#x4F7F;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x91C7;&#x53D6;&#x63AA;&#x65BD;&#x6240;&#x6709;&#x6E38;&#x79BB; chin &#x5982;&#x8861;&#x91CF;&#x7684;&#x3002;&#x5B8C;&#x5168; prototrophic &#x5E94;&#x53D8;&#x548C;&#x5BF9;&#x5E94;&#x57FA;&#x56E0; gcn2 &#x4E09;&#x89D2;&#x6D32;&#xFF0C;&#x88AB;&#x7528;&#x6765;&#x7814;&#x7A76;&#x67AF;&#x7AED;&#x7684; 20 &#x79CD;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#xFF0C;&#x91CD;&#x70B9;&#x653E;&#x5728;&#x8DE8;&#x56FD;&#x6FC0;&#x8FDB;&#x515A;&#xFF0C;Arg&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x63D0;&#x4F9B;&#x597D;&#x5730;&#x6982;&#x8FF0;&#x4E86;&#x4ED6;&#x548C;&#x65B0;&#x9648;&#x4EE3;&#x8C22;&#x4E0D;&#x540C;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x5728;&#x4E00;&#x8D77;&#x7684;&#x4F4E;&#x6D53;&#x7F29;&#x94C0;&#x3002;

&#x7531; GCN2 eIF2 &#x6FC0;&#x9176;&#x901A;&#x8DEF;&#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x63A7;&#x5236;&#x3002;

When eukaryotic cells are deprived of amino acids, uncharged tRNAs accumulate and activate the conserved GCN2 protein kinase. Activated Gcn2p up-regulates the general amino acid control pathway through phosphorylation of the translational initiation factor eIF2. In Saccharomyces cerevisiae, Gcn2p is the only kinase that phosphorylates eIF2 to regulate translation through this mechanism. We addressed changes in yeast growth and tRNA aminoacylation, or charging, during amino acid depletion in the presence and absence of GCN2. tRNA charging was measured using a microarray technique which simultaneously measures all cytosolic tRNAs. A fully prototrophic strain, and its isogenic gcn2 Delta counterpart, were used to study depletion for each of the 20 amino acids, with a focus on Trp, Arg, His and Leu, which are metabolically distinct and together provide a good overview on amino acid metabolism.

Selective control of amino acid metabolism by the GCN2 eIF2 kinase pathway in Saccharomyces cerevisiae.

Lorsque des cellules eucaryotes sont priv&#xE9;s d&#x26;#39;acides amin&#xE9;s, des ARNt non charg&#xE9;s accumuler et activer le conserv&#xE9;e GCN2 prot&#xE9;ine kinase. Activ&#xE9; jusqu&#x26;#39;&#xE0; Gcn2p-r&#xE9;glemente le g&#xE9;n&#xE9;ral voie amin&#xE9; ma&#xEE;trise de l&#x26;#39;acide par la phosphorylation du facteur d&#x26;#39;initiation de traduction eIF2. Chez Saccharomyces cerevisiae, Gcn2p est la seule kinase qui phosphoryle eIF2 &#xE0; r&#xE9;guler la traduction gr&#xE2;ce &#xE0; ce m&#xE9;canisme. Nous avons abord&#xE9; les changements dans la croissance des levures et aminoacylation ARNt, ou de charge, au cours de l&#x26;#39;appauvrissement de l&#x26;#39;acide amin&#xE9; en pr&#xE9;sence et en absence de GCN2. ARNt charge a &#xE9;t&#xE9; mesur&#xE9;e en utilisant une technique qui mesure simultan&#xE9;ment puces tous les ARNt cytosoliques. Une souche prototrophe pleinement, et son homologue isog&#xE9;nique GCN2 Delta, ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s pour &#xE9;tudier l&#x26;#39;appauvrissement de chacun des 20 acides amin&#xE9;s, avec un accent sur Trp, Arg, His et Leu, qui sont m&#xE9;taboliquement distincts et, ensemble, donnent un bon aper&#xE7;u sur l&#x26;#39;acide amin&#xE9; m&#xE9;tabolisme.

Contr&#xF4;le s&#xE9;lectif de m&#xE9;tabolisme des acides amin&#xE9;s par le GCN2 eIF2 kinase chez Saccharomyces cerevisiae

Bei eukaryotische Zellen Aminos&auml;uren beraubt werden, ungeladenen tRNAs ansammeln und die konservierte Proteinkinase GCN2 zu aktivieren. Aktivierte Gcn2p regelt die allgemeinen Aminos&auml;ure-Kontrolle-Pathway durch Phosphorylierung von der translatorischen Einleitung Faktor eIF2 oben. In Saccharomyces Cerevisiae ist Gcn2p die einzige Kinase, das phosphorylates eIF2 &Uuml;bersetzung durch diesen Mechanismus zu regulieren. Wir behandelt &Auml;nderungen in Hefe Wachstum und tRNA Aminoacylation oder laden, w&auml;hrend Aminos&auml;ure Ersch&ouml;pfung in der Anwesenheit und Abwesenheit von GCN2. tRNA aufgeladen wurde gemessen mit einer Microarray-Technik, die gleichzeitig alle Zytosolische tRNAs misst. Eine voll prototrophic Belastung und Gegenst&uuml;ck Delta isogene gcn2 wurden zur Ersch&ouml;pfung f&uuml;r jede der 20 Aminos&auml;uren, mit Schwerpunkt auf Trp, Arg, studieren sein und Leu, die metabolisch unterschiedliche und zusammen geben einen guten &Uuml;berblick &uuml;ber Aminos&auml;urestoffwechsel.

Selektive Kontrolle der Aminos&auml;ure-Stoffwechsel durch die GCN2 eIF2 Kinase Pathway in Saccharomyces Cerevisiae.

Quando le cellule eucariote sono privi di aminoacidi, uncharged tRNA si accumula e attiva la chinasi di proteina GCN2 conservata. Attivato Gcn2p up-regola il percorso di controllo generale degli aminoacidi attraverso la fosforilazione dell&#39;iniziazione traslazionale fattore eIF2. In Saccharomyces cerevisiae, Gcn2p &egrave; l&#39;unica chinasi che fosforila eIF2 per regolare la traduzione tramite questo meccanismo. Abbiamo affrontato cambiamenti nella crescita del lievito e tRNA aminoacylation o in carica, durante la deplezione degli aminoacidi in presenza e in assenza di GCN2. tRNA di ricarica &egrave; stata misurata usando una tecnica microarray che misura contemporaneamente tutti i tRNA citosolico. Un ceppo completamente prototrophic e il suo omologo di Delta isogeni gcn2, sono stati utilizzati per studiare la deplezione per ognuno dei 20 amminoacidi, con un focus su Trp, Arg, sua e Leu, che sono metabolicamente distinte e insieme offrono una buona panoramica sul metabolismo degli aminoacidi.

Controllo selettivo del metabolismo degli aminoacidi con il sentiero GCN2 eIF2 chinasi in Saccharomyces cerevisiae.

&#x771F;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3092;&#x596A;&#x308F;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x975E;&#x8377;&#x96FB;tRNA&#x306F;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;GCN2&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;Gcn2p&#x306F;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x56E0;&#x5B50;EIF2&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x5236;&#x5FA1;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3002;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30ED;&#x30DF;&#x30BB;&#x30B9;&#xB7;&#x30BB;&#x30EC;&#x30D3;&#x30B7;&#x30A8;&#xFF08;Saccharomyces cerevisiae&#xFF09;&#x306B;&#x304A;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x3001;Gcn2p&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;EIF2&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x306E;&#x307F;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x3068;tRNA&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3001;GCN2&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x975E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x67AF;&#x6E07;&#x6642;&#x306B;&#x3001;&#x5145;&#x96FB;&#x3002; tRNA&#x306E;&#x5145;&#x96FB;&#x306F;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x8CEA;tRNA&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x512A;&#x308C;&#x305F;&#x6982;&#x8981;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x539F;&#x6804;&#x990A;&#x682A;&#x3068;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x540C;&#x8CEA;GCN2&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30F3;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AE;&#x30CB;&#x30F3;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3001;20&#x7A2E;&#x985E;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x67AF;&#x6E07;&#x3092;&#x52C9;&#x5F37;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x5F7C;&#x3068;Leu&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3002;

Saccharomyces cerevisiae&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;GCN2 EIF2&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x5FA1;

&#xC9C4; &#xD575; &#xC138;&#xD3EC;&#xB294; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC744; &#xBC15;&#xD0C8;, uncharged tRNAs &#xCD95;&#xC801; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; GCN2 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;. &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB41C; Gcn2p &#xCD5C;&#xB300;-&#xC870;&#xC808; &#xBCC0;&#xD658; &#xAC1C;&#xC2DC; &#xC778;&#xC790; Eif2&#xC758; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC77C;&#xBC18; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD1B5;&#xB85C;. Saccharomyces cerevisiae&#xC5D0;&#xC11C; Gcn2p phosphorylates Eif2&#xC774;&#xC774; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC88;&#xC5ED;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC77C;&#xD55C; &#xD0A4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD6A8; &#xBAA8; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; tRNA aminoacylation &#xB610;&#xB294; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; gcn2&#xC758; &#xBD80;&#xC7AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC18C;&#xBAA8; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xCDA9;&#xC804; &#xBCC0;&#xD654; &#xD574;&#xACB0;. tRNA &#xCDA9;&#xC804;&#xB294; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB4E0; cytosolic tRNAs microarray &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xCE21;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; prototrophic &#xAE34;&#xC7A5;&#xACFC; isogenic gcn2 &#xB378;&#xD0C0; &#xD30C;&#xD2F0;&#xC158;&#xCC98;&#xB7FC; &#xACE0;&#xAC08; &#xAC01; 20 &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;, Trp, Arg, &#xCD08;&#xC810;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACF5;&#xBD80;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD55C; &#xC790;&#xC2E0;&#xACFC; &#xB808;&#xC774; metabolically&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xD558;&#xB294; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xC88B;&#xC740; &#xAC1C;&#xC694;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

GCN2 eIF2 &#xB2C8; &#xD1B5;&#xB85C; Saccharomyces cerevisiae&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xB300;&#xC0AC;&#xC758; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC5B4;.

Cuando las c&#xE9;lulas eucariotas est&#xE1;n privadas de amino&#xE1;cidos, ARNt no cargadas acumular y activar la prote&#xED;na quinasa GCN2 conservada. Activado Gcn2p hasta regula el general v&#xED;a el control de amino &#xE1;cido a trav&#xE9;s de la fosforilaci&#xF3;n del factor de iniciaci&#xF3;n de la traducci&#xF3;n eIF2. En Saccharomyces cerevisiae, Gcn2p es la &#xFA;nica quinasa que fosforila eIF2 para regular la traducci&#xF3;n a trav&#xE9;s de este mecanismo. Hemos abordado los cambios en el crecimiento de levaduras y aminoacilaci&#xF3;n ARNt, o la carga, durante el agotamiento de amino&#xE1;cidos en presencia y ausencia de GCN2. ARNt carga se midi&#xF3; usando una t&#xE9;cnica de micromatriz que mide simult&#xE1;neamente todos los ARNt citos&#xF3;licas. Una cepa prototr&#xF3;fica plenamente, y su contraparte isog&#xE9;nica GCN2 Delta, se utilizaron para estudiar el agotamiento de cada uno de los 20 amino&#xE1;cidos, con un enfoque en Trp, Arg, His y Leu, que son metab&#xF3;licamente distintos y juntos proporcionan una buena visi&#xF3;n general sobre el &#xE1;cido amino metabolismo.

John Zaborske

Department of Biochemistry and Molecular Biology

University of Chicago

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

John Zaborske

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Department of Biochemistry and Molecular Biology

University of Chicago

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Department of Biochemistry and Molecular Biology