Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

University of British Columbia

&#x8010;&#x7532;&#x6C27;&#x897F;&#x6797;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC; (MRSA) &#x611F;&#x67D3;&#x6240;&#x81F4;&#x7684;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x8D85;&#x8FC7;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x5728;&#x7F8E;&#x56FD;&#xFF0C;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x548C;&#x7814;&#x7A76;&#x8FDB;&#x5C55;&#x8FEB;&#x5207;&#x9700;&#x8981;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x96BE;&#x9898;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6027;&#x9274;&#x8FA8; MRSA 252 &#x533B;&#x9662;&#x83B7;&#x5F97;&#x6027;&#x5E94;&#x53D8;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;-&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9A;&#x91CF;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7ED3;&#x5408;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x62C9;&#x4E0B;&#x6218;&#x7565;&#x6765;&#x533A;&#x5206;&#x5177;&#x4F53;&#x4ECE;&#x975E;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x975E;&#x540C;&#x5C0F;&#x53EF;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x6D89;&#x53CA; 608 MRSA &#x86CB;&#x767D; 13,219 &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x8FDE;&#x7EED;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x6B64;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7F51;&#x7EDC; (PIN) &#x5C55;&#x54C1;&#x7684;&#x65E0;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7279;&#x5F81;&#x5B58;&#x5728;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8FDE;&#x63A5;&#x7684;&#x96C6;&#x7EBF;&#x5668;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x4E34;&#x5E8A;&#x4E0E;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6297;&#x83CC;&#x76EE;&#x6807;&#x88AB;&#x67E5;&#x8BE2;&#x65F6;&#x5728;&#x7F51;&#x7EDC;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x901A;&#x5E38;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4F19;&#x4F34;&#x5468;&#x8FB9;&#x804C;&#x4F4D;&#x7684; PIN&#x3002;&#x4E0E;&#x6B64;&#x76F8;&#x53CD;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x6B64; MRSA PIN &#x7684;&#x96C6;&#x7EBF;&#x5668;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6240;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x6027;&#x548C;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x88AB;&#x4EBA;&#x5FFD;&#x7565;&#x7684;&#x836F;&#x7269;&#x9776;&#x70B9;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5B9E;&#x8BC1;&#x7684; MRSA 252 PIN &#x7528;&#x4E8E;&#x6807;&#x8BC6;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5F88;&#x591A;&#x53EF;&#x4EE5;&#x88AB;&#x89C6;&#x4E3A;&#x51C6;&#x6297;&#x83CC;&#x836F;&#x7269;&#x9776;&#x6807;&#x3002;

&#x8010;&#x7532;&#x6C27;&#x897F;&#x6797;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x6620;&#x5C04;&#x3002;

Mortality attributable to infection with methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has now overtaken the death rate for AIDS in the United States, and advances in research are urgently needed to address this challenge. We report the results of the systematic identification of protein-protein interactions for the hospital-acquired strain MRSA-252. Using a high-throughput pull-down strategy combined with quantitative proteomics to distinguish specific from nonspecific interactors, we identified 13,219 interactions involving 608 MRSA proteins. Consecutive analyses revealed that this protein interaction network (PIN) exhibits scale-free organization with the characteristic presence of highly connected hub proteins. When clinical and experimental antimicrobial targets were queried in the network, they were generally found to occupy peripheral positions in the PIN with relatively few interacting partners. In contrast, the hub proteins identified in this MRSA PIN that are essential for network integrity and stability have largely been overlooked as drug targets. Thus, this empirical MRSA-252 PIN provides a rich source for identifying critical proteins essential for network stability, many of which can be considered as prospective antimicrobial drug targets.

Mapping the protein interaction network in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.

Mortalit&eacute; attribuable &agrave; l&#39;infection &agrave; Staphylococcus aureus r&eacute;sistant &agrave; la m&eacute;thicilline (SARM) a maintenant d&eacute;pass&eacute; le taux de mortalit&eacute; du sida aux Etats-Unis, et les avanc&eacute;es de la recherche sont urgent &agrave; relever ce d&eacute;fi. Nous rapportons les r&eacute;sultats de l&#39;identification syst&eacute;matique des interactions prot&eacute;ine-prot&eacute;ine pour la souche nosocomiales SARM-252. En utilisant une strat&eacute;gie de pull-down de haut d&eacute;bit combin&eacute;e avec la prot&eacute;omique quantitative d&#39;&eacute;tablir une distinction sp&eacute;cifique des Interactiens non sp&eacute;cifiques, nous avons identifi&eacute; 13 219 interactions impliquant les prot&eacute;ines de SARM 608. Les analyses cons&eacute;cutives ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; que ce r&eacute;seau d&#39;interactions prot&eacute;iques (NIP) pr&eacute;sente une organisation sans &eacute;chelle avec la pr&eacute;sence caract&eacute;ristique des prot&eacute;ines hautement connect&eacute;s moyeu. Lorsque les cibles antimicrobiennes cliniques et exp&eacute;rimentales ont &eacute;t&eacute; interrog&eacute;s dans le r&eacute;seau, ils ont &eacute;t&eacute; trouv&eacute;s g&eacute;n&eacute;ralement &agrave; occuper des postes p&eacute;riph&eacute;riques &agrave; la broche avec relativement peu de partenaires qui interagissent. En revanche, les prot&eacute;ines de moyeu identifi&eacute;s dans cette broche de SARM qui sont essentiels pour l&#39;int&eacute;grit&eacute; du r&eacute;seau et de stabilit&eacute; ont largement &eacute;t&eacute; n&eacute;glig&eacute;e comme cibles de m&eacute;dicaments. Ainsi, cette broche de SARM-252 empirique fournit une source riche pour l&#39;identification des prot&eacute;ines critiques essentiels pour la stabilit&eacute; du r&eacute;seau, dont beaucoup peuvent &ecirc;tre consid&eacute;r&eacute;s comme cibles de m&eacute;dicaments antimicrobiens prospective.

Cartographie du r&eacute;seau d&#39;interactions prot&eacute;iques &agrave; Staphylococcus aureus r&eacute;sistant &agrave; la m&eacute;thicilline.

Sterblichkeit zur&uuml;ckzuf&uuml;hren auf eine Infektion mit Methicillin-resistenten Staphylococcus Aureus (MRSA) hat jetzt die Sterblichkeitsrate f&uuml;r AIDS in den Vereinigten Staaten &uuml;berholt, und Fortschritte in der Forschung sind dringend notwendig, um dieser Herausforderung zu begegnen. Wir berichten &uuml;ber die Ergebnisse der systematischen Identifikation von Protein-Protein Interaktionen f&uuml;r die Belastung nosokomiale MRSA-252. Verwenden eine Hochdurchsatz-Pulldown-Strategie kombiniert mit quantitative Proteomik spezifische von unspezifischen Interaktoren unterscheiden, haben wir 13.219 Interaktionen Beteiligung 608 MRSA-Proteine identifiziert. Aufeinander folgenden Analysen ergeben, dass dieses Protein Interaktion Netzwerk (PIN) skalenfreies Organisation mit der charakteristischen Anwesenheit von stark vernetzten Hub-Proteinen aufweist. Als klinische und experimentelle antimikrobielle Ziele im Netzwerk abgefragt wurden, waren im allgemeinen fanden sie periphere Positionen im PIN mit relativ wenigen interagierenden Partnern zu besetzen. Im Gegensatz dazu die Nabe-Proteine, die in dieser MRSA-PIN identifiziert, die entscheidend f&uuml;r die Integrit&auml;t des Netzwerks sind und Stabilit&auml;t als Droge-Ziele weitgehend &uuml;bersehen worden. Also k&ouml;nnen dieser empirischen MRSA-252-PIN eine reiche Quelle sieht f&uuml;r Netzstabilit&auml;t wesentlich kritischer Proteine zu identifizieren, viele davon als potenzielle antimikrobielle Droge-Ziele betrachtet werden.

Zuordnung des Protein-Interaktion-Netzwerks in Methicillin-resistente Staphylococcus Aureus.

Mortalit&agrave; attribuibile all&#39;infezione da Staphylococcus aureus meticillino-resistente (MRSA) ha ora superato il tasso di mortalit&agrave; per AIDS negli Stati Uniti, e i progressi nella ricerca sono urgentemente necessarie per affrontare questa sfida. Riportiamo i risultati dell&#39;identificazione sistematica delle interazioni della proteina-proteina per il ceppo nosocomiali MRSA-252. Utilizzando una strategia pull-down ad alta velocit&agrave; combinata con proteomica quantitativa per distinguere specifiche da Interactiani aspecifici, abbiamo identificato 13.219 interazioni che coinvolgono 608 proteine MRSA. Analisi consecutive ha rivelato che questa rete di interazione della proteina (PIN) esibisce organizzazione scale-free con la caratteristica presenza di proteine altamente connessi hub. Clinici e sperimentali obiettivi antimicrobici sono stati interrogati in rete, si trovavano in genere ad per occupare posizioni periferiche nel perno con relativamente poche parti interagenti. Al contrario, le proteine di hub identificate in questo PIN MRSA che sono essenziali per l&#39;integrit&agrave; della rete e stabilit&agrave; in gran parte sono stati trascurati come obiettivi farmacologici. Cos&igrave;, questo PIN MRSA-252 empirica fornisce una ricca fonte per l&#39;identificazione di proteine critiche essenziali per la stabilit&agrave; della rete, molte delle quali pu&ograve; essere considerati come bersagli potenziali farmaci antimicrobici.

Mappatura della rete di interazione della proteina in Staphylococcus aureus meticillino-resistente.

&#x30E1;&#x30C1;&#x30B7;&#x30EA;&#x30F3;&#x8010;&#x6027;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC; (MRSA) &#x611F;&#x67D3;&#x306B;&#x8D77;&#x56E0;&#x3059;&#x308B;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x306F;&#x4ECA;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30E1;&#x30EA;&#x30AB;&#x5408;&#x8846;&#x56FD;&#x30A8;&#x30A4;&#x30BA;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x3092;&#x8FFD;&#x3044;&#x8D8A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x304C;&#x6025;&#x52D9;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x9662;&#x5185;&#x3072;&#x305A;&#x307F; MRSA 252 &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7684;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x975E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x7279;&#x5B9A;&#x533A;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3066;&#x3001;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30D7;&#x30EB;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;608 MRSA &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x542B;&#x3080; 13,219 &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9023;&#x7D9A;&#x5206;&#x6790;&#x3053;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF; (PIN) &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB; &#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x63A5;&#x7D9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30CF;&#x30D6;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x81E8;&#x5E8A;&#x3067;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x6297;&#x83CC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3067;&#x7167;&#x4F1A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x5C11;&#x6570;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30CA;&#x30FC;&#x3092;&#x30D4;&#x30F3;&#x3067;&#x5468;&#x8FBA;&#x6A5F;&#x5668;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x308B;&#x304C;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x306E; MRSA &#x30D4;&#x30F3;&#x3067;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30CF;&#x30D6;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306F;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x6574;&#x5408;&#x6027;&#x306B;&#x3068;&#x3063;&#x3066;&#x304D;&#x308F;&#x3081;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x898B;&#x843D;&#x3068;&#x3055;&#x5275;&#x85AC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7D4C;&#x9A13;&#x7684; MRSA 252 &#x30D4;&#x30F3; &#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x306A;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306B;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x3001;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x6297;&#x83CC;&#x85AC;&#x306E;&#x5275;&#x85AC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8003;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E1;&#x30C1;&#x30B7;&#x30EA;&#x30F3;&#x8010;&#x6027;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3002;

&#xC0AC;&#xB9DD;&#xB960;&#xACFC; &#xBA54; &#xD2F0; &#xC2E4;&#xB9B0; &#xB0B4;&#xC131; &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4;&#xC0C1;&#xAD6C;&#xADE0; (MRSA) &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xBBF8;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0AC;&#xB9DD;&#xB960;&#xC744; &#xC81C;&#xCE58;&#xACE0; &#xC9C0;&#xAE08; &#xBC0F; &#xBC1C;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC774; &#xBB38;&#xC81C; &#xD574;&#xACB0;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xAE34;&#xAE09; &#xD558; &#xAC8C; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBCD1;&#xC6D0;&#xC744; &#xC778;&#xC218; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; MRSA-252&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xC2DD;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xBCF4;&#xACE0;. 608 MRSA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; 13,219 &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC77C;&#xBC18; &#xC778;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; &#xAD6C;&#xBCC4; &#xC591;&#xC801; proteomics&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xD480; &#xB2E4;&#xC6B4; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5F0;&#xC18D; &#xBD84;&#xC11D; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; (&#xD540;)&#xC774; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xD5C8;&#xBE0C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xC870;&#xC9C1; &#xADDC;&#xBAA8; &#xBB34;&#xB8CC; &#xC804;&#xC2DC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC784;&#xC0C1; &#xBC0F; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD56D;&#xADE0; &#xB300;&#xC0C1; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0; &#xCFFC;&#xB9AC; &#xB41C; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD30C;&#xD2B8;&#xB108;&#xC640; &#xD540;&#xC758; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xC790;&#xB9AC;&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558; &#xAC8C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xD5C8;&#xBE0C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC774; MRSA &#xD540;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xBB34;&#xACB0;&#xC131;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xBC0F; &#xC758;&#xC57D;&#xD488; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC04;&#xACFC; &#xB418; &#xC548;&#xC815;&#xC131;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xACBD;&#xD5D8;&#xC801; MRSA-252 &#xD540;&#xC774; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;, &#xB9CE;&#xC740; &#xAC04;&#xC8FC; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xD56D;&#xADE0; &#xC57D;&#xBB3C;&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C;.

&#xBA54; &#xD2F0; &#xC2E4;&#xB9B0; &#xB0B4;&#xC131; &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xB9E4;&#xD551;.

Mortalidad atribuible a la infecci&oacute;n con Staphylococcus aureus meticilino-resistente (MRSA) ahora ha superado la tasa de mortalidad por SIDA en los Estados Unidos, y avances en la investigaci&oacute;n se necesitan urgentemente para hacer frente a este desaf&iacute;o. Divulgamos los resultados de la identificaci&oacute;n sistem&aacute;tica de las interacciones prote&iacute;na-prote&iacute;na para la cepa adquirida en el hospital MRSA-252. Usando una estrategia de pull-down de alto rendimiento combinada con prote&oacute;mica cuantitativa distinguir espec&iacute;ficos de interactianos inespec&iacute;ficos, identificamos 13.219 interacciones con prote&iacute;nas MRSA 608. An&aacute;lisis consecutivos revelaron que esta red de interacci&oacute;n de la prote&iacute;na (PIN) exhibe organizaci&oacute;n sin escala con la caracter&iacute;stica presencia de prote&iacute;nas de eje altamente conectados. Cuando se pregunt&oacute; objetivos antimicrobianas cl&iacute;nicas y experimentales en la red, generalmente se encontraban para ocupar posiciones perif&eacute;ricas en el perno con relativamente pocos socios interact&uacute;an. En cambio, las prote&iacute;nas de eje identificadas en este PIN de MRSA que son esenciales para la integridad de la red y estabilidad haber escapado en gran parte como dianas farmacol&oacute;gicas. As&iacute;, este PIN emp&iacute;rica de MRSA-252 proporciona una rica fuente para identificar prote&iacute;nas cr&iacute;ticas esenciales para la estabilidad de la red, muchos de los cuales pueden considerarse como objetivos de futuros medicamentos antimicrobianos.

Mapeo de la red de interacci&oacute;n de la prote&iacute;na en methicillin-resistant Staphylococcus aureus.

Novel classes of antimicrobials are needed to address the challenge of multidrug-resistant bacteria such as methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Using the architecture of the MRSA interactome, we identified pyruvate kinase (PK) as a potential novel drug target based upon it being a highly connected, essential hub in the MRSA interactome. Structural modeling, including X-ray crystallography, revealed discrete features of PK in MRSA, which appeared suitable for the selective targeting of the bacterial enzyme. In silico library screening combined with functional enzymatic assays identified an acyl hydrazone-based compound (IS-130) as a potent MRSA PK inhibitor (50% inhibitory concentration [IC50] of 0.1 μM) with >1,000-fold selectivity over human PK isoforms. Medicinal chemistry around the IS-130 scaffold identified analogs that more potently and selectively inhibited MRSA PK enzymatic activity and S. aureus growth in vitro (MIC of 1 to 5 μg/ml). These novel anti-PK compounds were found to possess antistaphylococcal activity, including both MRSA and multidrug-resistant S. aureus (MDRSA) strains. These compounds also exhibited exceptional antibacterial activities against other Gram-positive genera, including enterococci and streptococci. PK lead compounds were found to be noncompetitive inhibitors and were bactericidal. In addition, mutants with significant increases in MICs were not isolated after 25 bacterial passages in culture, indicating that resistance may be slow to emerge. These findings validate the principles of network science as a powerful approach to identify novel antibacterial drug targets. They also provide a proof of principle, based upon PK in MRSA, for a research platform aimed at discovering and optimizing selective inhibitors of novel bacterial targets where human orthologs exist, as leads for anti-infective drug development.

Identification of pyruvate kinase in methicillin-resistant Staphylococcus aureus as a novel antimicrobial drug target.

&#x6211;&#x4EEC;&#x6700;&#x8FD1;&#x5DF2;&#x6620;&#x5C04;&#x8010;&#x7532;&#x6C27;&#x897F;&#x6797;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC; (MRSA)&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x5176;&#x65E0;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x751F;&#x5B58;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8FDE;&#x63A5;&#x7684;&#x96C6;&#x7EBF;&#x5668;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x7279;&#x6027;&#x5B58;&#x5728;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x7F51;&#x7EDC;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x662F;&#x5BF9;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8FD9;&#x7C7B;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x76EE;&#x6807;&#xFF0C;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x4E19;&#x916E;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176; (PK) &#x9AD8;&#x5EA6;&#x70C8;&#x6027;&#x7684;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x53D1;&#x8FBE;&#x56FD;&#x5BB6;&#x7684;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x8868;&#x660E;&#x5B8C;&#x6210;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x4EBA;&#x7C7B; orthologues &#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x9176;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x4E8E;&#x914D;&#x4F53;&#x7684; cheminformatic &#x7A7A;&#x95F4;&#x63A2;&#x7D22;&#x7684;&#x5316;&#x5B66;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7B5B;&#x9009;&#x7531;&#x6700;&#x521D;&#x751F;&#x6210;&#x7684; micromolar &#x547D;&#x4E2D;&#x5468;&#x56F4;&#x5DF2;&#x53D1;&#x73B0;&#x94C5; 91nM &#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x662F; 130&#x3002;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x5BFC;&#x81F4;&#x90A3;&#x91CC;&#x662F; 130 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x8BE5;&#x63A5;&#x53E3;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E9A;&#x57FA; tetrameric MRSA PK &#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x65B0;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x53E3;&#x888B;&#x4E0D;&#x5B58;&#x5728;&#x5426;&#x5219;&#x4E3A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4EBA;&#x7C7B; orthologues &#x4E2D;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6709;&#x6548;&#x5730;&#x7528;&#x4E8E;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x6291;&#x5236;&#x7EC6;&#x83CC; PK&#x3002;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x5408;&#x6210;&#x4FEE;&#x6539;&#x7684;&#x662F; 130&#xFF0C;&#x9075;&#x5FAA;&#x57FA;&#x4E8E;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684; MRSA PK &#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x4E0E;&#x6297;&#x83CC;&#x6027;&#x80FD;&#x5927;&#x4E3A;&#x6539;&#x5584;&#x3002;&#x8003;&#x8651;&#x660E;&#x663E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x65B0;&#x578B;&#x6297;&#x83CC;&#x76EE;&#x6807;&#x548C;&#x540C;&#x6E90;&#x6297;&#x83CC;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x6700;&#x8FD1;&#x62A5;&#x544A;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x5BF9;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x4E00;&#x4EE3;&#x65B0;&#x7684;&#x6297;&#x83CC;&#x836F;&#x7269;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x4EF7;&#x503C;&#x7684;&#x89C2;&#x70B9;&#x3002;&#x540C;&#x6837;&#x503C;&#x5F97;&#x6CE8;&#x610F;&#xFF0C;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x6210;&#x679C;&#x7A81;&#x51FA;&#x4E25;&#x683C;&#x57FA;&#x4E8E; cheminformatics &#x7684;&#x52D8;&#x63A2;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;

Cheminformatics &#x9A71;&#x52A8;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x3001; Nanomolar &#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x5BF9;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x4E19;&#x916E;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176;&#x3002;

We have recently mapped the protein interaction network of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), which revealed its scale-free organization with characteristic presence of highly connected hub proteins that are critical for bacterial survival. Here we report the discovery of inhibitors that are highly potent against one such hub target, staphylococcal pyruvate kinase (PK). Importantly, the developed compounds demonstrate complete selectivity for the bacterial enzyme compared to all human orthologues. The lead 91nM inhibitor IS-130 has been identified through ligand-based cheminformatic exploration of a chemical space around micromolar hits initially generated by experimental screening. The following crystallographic study resulted in identification of a tetrameric MRSA PK structure where IS-130 is bound to the interface between the protein's subunits. This newly described binding pocket is not present in otherwise highly similar human orthologues and can be effectively utilized for selective inhibition of bacterial PK. The following synthetic modifications of IS-130, guided by structure-based molecular modeling, resulted in the development of MRSA PK inhibitors with much improved antimicrobial properties. Considering a notable lack of recent reports on novel antibacterial targets and cognate antibacterial compounds, this study provides a valuable perspective on the development of a new generation of antimicrobials. Equally noteworthy, the results of the current work highlight the importance of rigorous cheminformatics-based exploration of the results of high-throughput experiments.

Cheminformatics-Driven Discovery of Selective, Nanomolar Inhibitors for Staphylococcal Pyruvate Kinase.

Nous avons r&eacute;cemment cartographi&eacute; le r&eacute;seau d&#39;interactions prot&eacute;iques de Staphylococcus aureus r&eacute;sistant &agrave; la m&eacute;thicilline (SARM), qui a r&eacute;v&eacute;l&eacute; son organisation sans &eacute;chelle avec pr&eacute;sence caract&eacute;ristique des prot&eacute;ines hautement connect&eacute;s moyeu qui sont essentielles pour la survie des bact&eacute;ries. Nous rapportons ici la d&eacute;couverte d&#39;inhibiteurs qui sont tr&egrave;s puissants contre un tel objectif de moyeu, staphylocoques pyruvate kinase (PK). Ce qui est important, les compos&eacute;s d&eacute;velopp&eacute;s montrent s&eacute;lectivit&eacute; complete pour l&#39;enzyme bact&eacute;rienne par rapport &agrave; tous les orthologues humains. Le principal inhibiteur de 91nM IS-130 a &eacute;t&eacute; identifi&eacute; gr&acirc;ce &agrave; l&#39;exploration ax&eacute;e sur le ligand cheminformatic un espace chimique autour micromolaires hits g&eacute;n&eacute;r&eacute; initialement par d&eacute;pistage exp&eacute;rimental. L&#39;&eacute;tude cristallographique suivante a permis l&#39;identification d&#39;une structure de SARM PK t&eacute;tram&egrave;re o&ugrave; NP-130 est li&eacute; &agrave; l&#39;interface entre les sous-unit&eacute;s de la prot&eacute;ine. Cette poche de liaison nouvellement d&eacute;crit n&#39;est pas pr&eacute;sente dans orthologues humains sinon tr&egrave;s similaires et peut &ecirc;tre utilis&eacute;e efficacement pour l&#39;inhibition s&eacute;lective de la PK. bact&eacute;rienne Les modifications suivantes synth&eacute;tiques de IS-130, guid&eacute; par mod&eacute;lisation mol&eacute;culaire bas&eacute;e sur la structure, a entra&icirc;n&eacute; le d&eacute;veloppement d&#39;inhibiteurs de SARM PK et propri&eacute;t&eacute;s antimicrobiennes beaucoup am&eacute;lior&eacute;es. Si l&#39;on consid&egrave;re un manque notable de rapports r&eacute;cents sur les nouvelles cibles antibact&eacute;riennes et apparent&eacute;s compos&eacute;s antibact&eacute;riens, cette &eacute;tude fournit une perspective int&eacute;ressante sur le d&eacute;veloppement d&#39;une nouvelle g&eacute;n&eacute;ration d&#39;agents antimicrobiens. Tout aussi remarquable, les r&eacute;sultats des travaux en cours soulignent l&#39;importance d&#39;exploration de base cheminformatics rigoureuse des r&eacute;sultats des exp&eacute;riences de haut d&eacute;bit.

Cheminformatics ax&eacute;e sur la d&eacute;couverte de s&eacute;lectifs, inhibiteurs de nanomolaires staphylococcique Pyruvate kinase.

Wir haben vor kurzem das Protein-Interaktion-Netzwerk von Methicillin-resistenten Staphylococcus Aureus (MRSA), zugeordnet, die skalenfreies Organisation mit charakteristischen Pr&auml;senz der hochgradig vernetzten Hub-Proteine aufgedeckt, die kritisch f&uuml;r bakterielle &uuml;berleben. Hier berichten wir &uuml;ber die Entdeckung von Inhibitoren, die hochwirksame gegen einen solchen Hub-Ziel, Staphylokokken Pyruvatkinase (PK) sind. Wichtig ist, zeigen die entwickelten Verbindungen komplette Selektivit&auml;t f&uuml;r das bakterielle Enzym im Vergleich zu allen menschlichen Orthologues. Die f&uuml;hren 91nM Inhibitor IS-130 wurde durch Ligand-basierte Cheminformatic Erforschung eines chemischen Raumes um micromolar Schocks, die zun&auml;chst die durch experimentelle Screening identifiziert. Die folgende kristallographische Studie ergab Identifizierung einer tetrameren MRSA PK-Struktur, wo IS-130 an der Schnittstelle zwischen der Protein-Untereinheiten gebunden ist. Diese Tasche neu beschriebene Bindung ist nicht in ansonsten sehr &auml;hnlichen menschlichen Orthologues und effektiv verwendet werden kann, f&uuml;r selektive Hemmung der bakteriellen PK Folgenden synthetischen &Auml;nderungen von IS-130, geleitet von Struktur-basierte Molekulare Modellierung, f&uuml;hrte zu der Entwicklung von MRSA PK-Inhibitoren mit deutlich verbesserten antimikrobiellen Eigenschaften. In Anbetracht einer betr&auml;chtlichen Mangel an die j&uuml;ngsten Berichte &uuml;ber neuartige antibakterielle Ziele und verwandten antibakterielle Verbindungen liefert diese Studie eine wertvolle Perspektive auf die Entwicklung einer neuen Generation von Antibiotika. Ebenso bemerkenswert, die Ergebnisse der aktuellen Arbeit unterstreichen die Bedeutung der strengen Chemoinformatik basierende Erforschung der Ergebnisse der Hochdurchsatz Experimenten.

Chemoinformatik-gesteuerte Entdeckung der selektiven, Nanomolar Inhibitoren f&uuml;r Staphylokokken Pyruvatkinase.

Noi abbiamo recentemente mappato la rete di interazione della proteina di-Staphylococcus aureus meticillino resistente (MRSA), che ha rivelato la sua organizzazione scale-free con caratteristica presenza di proteine altamente connessi hub che sono fondamentali per la sopravvivenza batterica. Qui riportiamo la scoperta degli inibitori che sono altamente potente contro una tale destinazione hub, stafilococciche piruvato chinasi (PK). Cosa importante, i composti sviluppati dimostrano completa selettivit&agrave; per l&#39;enzima batterico rispetto a tutte le umane orthologues. Il piombo 91nM inibitore IS-130 &egrave; stato identificato attraverso ligand-based cheminformatic esplorazione di uno spazio chimico intorno micromolari colpisce inizialmente generato dalla proiezione sperimentale. Il seguente studio cristallografico portato nell&#39;identificazione di una struttura tetramerica di MRSA PK dove IS-130 &egrave; associato all&#39;interfaccia tra le subunit&agrave; della proteina. Questa tasca di legame appena descritto non &egrave; presente in orthologues altrimenti altamente simile umano e pu&ograve; essere utilizzata efficacemente per inibizione selettiva di PK batterica Le seguenti modifiche sintetiche di IS-130, guidati da modellazione molecolare basata su struttura, ha portato allo sviluppo di inibitori di MRSA PK con propriet&agrave; antimicrobiche molto migliorato. Considerando una notevole mancanza di recenti relazioni su nuovi bersagli antibatterici e cognate composti antibatterici, questo studio fornisce un prezioso punto di vista sullo sviluppo di una nuova generazione di farmaci antimicrobici. Altrettanto degno di nota, i risultati del lavoro corrente sottolineano l&#39;importanza di rigorosa basata su chemioinformatica esplorazione dei risultati degli esperimenti di alto-rendimento.

Chemioinformatica-Driven Discovery di selettivi, inibitori nanomolari per stafilococcico piruvato chinasi.

&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x6700;&#x8FD1;&#x305D;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB; &#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x306B;&#x3068;&#x3063;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x63A5;&#x7D9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30CF;&#x30D6;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30C1;&#x30B7;&#x30EA;&#x30F3;&#x8010;&#x6027;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC; (MRSA) &#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;1 &#x3064;&#x306E;&#x30CF;&#x30D6; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x6027;&#x30D4;&#x30EB;&#x30D3;&#x30F3;&#x9178;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC; &#xFF08;PK&#xFF09; &#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5F37;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x306F;&#x3001;&#x958B;&#x767A;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x4EBA;&#x9593;&#x7B2C;&#x30AA;&#x30FC;&#x30BD;&#x30ED;&#x30AC;&#x30B9;&#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x9078;&#x629E;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x925B; 91nM &#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306F; 130 &#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9; cheminformatic &#x63A2;&#x67FB;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x6700;&#x521D;&#x306B;&#x751F;&#x6210;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E2;&#x30EB;&#x5B89;&#x6253;&#x5468;&#x56F2;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x30B9;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B21;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x5B66;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x306F; 130 &#x3069;&#x3053;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x9593;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30A4;&#x30B9;&#x306B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 4 &#x6B21; MRSA PK &#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x7D50;&#x679C;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x304F;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7D50;&#x5408;&#x30DD;&#x30B1;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x4EE5;&#x5916;&#x306E;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x4EBA;&#x9593;&#x7B2C;&#x30AA;&#x30FC;&#x30BD;&#x30ED;&#x30AC;&#x30B9;&#x3067;&#x5B58;&#x5728;&#x305B;&#x305A;&#x3001;PK &#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x963B;&#x5BB3;&#x3092;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B21;&#x306E;&#x5408;&#x6210;&#x4FEE;&#x6B63; IS-130 &#x69CB;&#x9020;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x5206;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x4ED8;&#x304D;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6297;&#x83CC;&#x7279;&#x6027;&#x3068; MRSA PK &#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3002;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6297;&#x83CC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x540C;&#x65CF;&#x6297;&#x83CC;&#x6027;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x306E;&#x9855;&#x8457;&#x306A;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x3092;&#x8003;&#x616E;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x6297;&#x83CC;&#x85AC;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x4E16;&#x4EE3;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x8CB4;&#x91CD;&#x306A;&#x8996;&#x70B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5747;&#x7B49;&#x306B;&#x9855;&#x8457;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4ED5;&#x4E8B;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x53B3;&#x5BC6;&#x306A;&#x30B1;&#x30E2;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x63A2;&#x67FB;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30CA;&#x30CE;&#x30E2;&#x30EB; &#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x6027;&#x30D4;&#x30EB;&#x30D3;&#x30F3;&#x9178;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;, &#x30B1;&#x30E2;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x99C6;&#x52D5;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xBA54; &#xD2F0; &#xC2E4;&#xB9B0; &#xB0B4;&#xC131; &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4;&#xC0C1;&#xAD6C;&#xADE0; (MRSA) &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xC0DD;&#xC874;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xD5C8;&#xBE0C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xADDC;&#xBAA8; &#xC5C6;&#xB294; &#xC870;&#xC9C1; &#xACF5;&#xAC1C;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xB9E4;&#xD551; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD558;&#xB098; &#xAC19;&#xC740; &#xD5C8;&#xBE0C; &#xB300;&#xC0C1;, &#xD3EC;&#xB3C4; pyruvate &#xD0A4; (PK)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC800; &#xD574;&#xC81C;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC744; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC740;, &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB41C; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; orthologues&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC138;&#xADE0; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC644;&#xBCBD; &#xD55C; &#xC120;&#xD0DD;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9AC;&#xB4DC; 91nM &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; IS-130 micromolar &#xC548;&#xD0C0; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC2EC;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCC98;&#xC74C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xD654;&#xD559; &#xACF5;&#xAC04;&#xC758; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xAE30;&#xBC18; cheminformatic &#xD0D0;&#xD5D8;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC74C; crystallographic &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; &#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4; IS-130 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xC5B4;&#xB514; tetrameric MRSA PK &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;. &#xC774; &#xC0C8;&#xB85C; &#xC124;&#xBA85;&#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD3EC;&#xCF13; &#xADF8;&#xB807;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC73C;&#xBA74; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; orthologues&#xC5D0; &#xACE0; &#xC138;&#xADE0; PK.&#xC758; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC800;&#xD574;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC6A9; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4; IS-130, &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xBC18; &#xBD84;&#xC790; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC720;&#xB3C4;&#xC758; &#xB2E4;&#xC74C; &#xD569;&#xC131; &#xC218;&#xC815; &#xD6E8;&#xC52C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD56D;&#xADE0; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; MRSA PK &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4;. &#xC18C;&#xC124; &#xD56D;&#xADE0; &#xB300;&#xC0C1;&#xACFC; &#xB3D9;&#xC871; &#xD56D;&#xADE0; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD5C;&#xADFC; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC758; &#xC8FC;&#xBAA9;&#xD560; &#xB9CC;&#xD55C; &#xBD80;&#xC871;&#xC744; &#xACE0;&#xB824; &#xD558;&#xBA74;&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C; antimicrobials&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC138;&#xB300;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAD00;&#xC810;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB3D9;&#xB4F1; &#xD558; &#xAC8C; &#xC8FC;&#xBAA9;&#xD560; &#xB9CC;&#xD55C;, &#xD604;&#xC7AC; &#xC791;&#xC5C5;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xC5C4;&#xACA9;&#xD55C; cheminformatics &#xAE30;&#xBC18; &#xD0D0;&#xC0AC;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131; &#xAC15;&#xC870;.

&#xC120;&#xD0DD;&#xC758; Cheminformatics &#xAD6C;&#xB3D9; &#xBC1C;&#xACAC;, &#xD3EC;&#xB3C4; Pyruvate &#xD0A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; Nanomolar &#xC800; &#xD574;&#xC81C;.

Recientemente nos hemos trazado la red de interacci&oacute;n de la prote&iacute;na de methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), que revel&oacute; su organizaci&oacute;n sin escala con la caracter&iacute;stica presencia de prote&iacute;nas de eje altamente conectados que son cr&iacute;ticas para la supervivencia bacteriana. Aqu&iacute; divulgamos el descubrimiento de los inhibidores que son altamente potentes contra un tal objetivo de eje, estafilococia piruvato kinasa (PK). Lo importante, los compuestos desarrollados demuestran selectividad completa para la enzima bacteriana en comparaci&oacute;n con todos los orthologues humanos. El inhibidor de la 91nM del plomo es-130 se ha identificado a trav&eacute;s de la exploraci&oacute;n de cheminformatic basadas en el ligando de un espacio qu&iacute;mico alrededor de micromolar hits inicialmente generado por la investigaci&oacute;n experimental. El siguiente estudio cristalogr&aacute;fico dio lugar a la identificaci&oacute;n de una estructura de MRSA PK tetram&eacute;rica que IS-130 est&aacute; enlazado con la interfaz entre las subunidades de la prote&iacute;na. Este bolsillo enlace nuevamente descrito no est&aacute; presente en orthologues humano muy similares y puede ser utilizado con eficacia para la inhibici&oacute;n selectiva de PK bacteriana Las siguientes modificaciones sint&eacute;ticas de IS-130, guiados por el modelado molecular basadas en la estructura, resultaron en el desarrollo de inhibidores de MRSA PK con propiedades antimicrobianas mucho mejoras. Teniendo en cuenta una notable falta de informes recientes sobre nuevas dianas antibacterianos y compuestos antibacterianos cognados, este estudio proporciona una valiosa perspectiva sobre el desarrollo de una nueva generaci&oacute;n de agentes antimicrobianos. Igualmente notable, los resultados de los trabajos actuales destacan la importancia de exploraci&oacute;n cheminformatics rigurosa de los resultados de experimentos de alto rendimiento.

Basadas en cheminformatics descubrimiento de selectivas, Nanomolar inhibidores de piruvatocinasa estafiloc&oacute;cica.

Human granulocyte macrophage colony-stimulating factor (hGM-CSF) is a haematopoietic growth factor and proinflammatory cytokine. Recombinant hGM-CSF is important not only as a research tool but also as a biotherapeutic. However, rhGM-CSF expressed in E. coli is known to form inclusion bodies of misfolded, aggregated protein. Refolding and subsequent purification of rhGM-CSF from inclusion bodies is difficult with low yields of bioactive protein being produced. Here we describe a method for the isolation, refolding and purification of bioactive rhGM-CSF from inclusion bodies. The method is straightforward, not requiring extensive experience in protein refolding nor purification and using standard laboratory equipment.

A simplified method for the efficient refolding and purification of recombinant human GM-CSF.

The origin of pathogenic autoantibodies remains unknown. Idiopathic pulmonary alveolar proteinosis is caused by autoantibodies against granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF). We generated 19 monoclonal autoantibodies against GM-CSF from six patients with idiopathic pulmonary alveolar proteinosis. The autoantibodies used multiple V genes, excluding preferred V-gene use as an etiology, and targeted at least four nonoverlapping epitopes on GM-CSF, suggesting that GM-CSF is driving the autoantibodies and not a B-cell epitope on a pathogen cross-reacting with GM-CSF. The number of somatic mutations in the autoantibodies suggests that the memory B cells have been helped by T cells and re-entered germinal centers. All autoantibodies neutralized GM-CSF bioactivity, with general correlations to affinity and off-rate. The binding of certain autoantibodies was changed by point mutations in GM-CSF that reduced binding to the GM-CSF receptor. Those monoclonal autoantibodies that potently neutralize GM-CSF may be useful in treating inflammatory disease, such as rheumatoid arthritis and multiple sclerosis, cancer, and pain.

Linda Jackson

Department of Microbiology and Immunology,
Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology,
Department of Microbiology and Immunology, Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology

University of British Columbia

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Linda Jackson

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Department of Microbiology and Immunology,Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology,Department of Microbiology and Immunology, Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology

University of British Columbia

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Department of Microbiology and Immunology,
Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology,
Department of Microbiology and Immunology, Michael Smith Laboratories Centre for High-Throughput Biology