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The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Currently there is no curative treatment for metastatic clear cell renal cell cancer, the commonest variant of the disease. A key factor in this treatment ...

University of Edinburgh

&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x7684; Csr &#xFF08;&#x78B3;&#x5B58;&#x50A8;&#x89C4;&#x7BA1;&#xFF09; &#x662F;&#x5168;&#x7403;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x5236;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x81EA;&#x6211;&#xFF0C;homodimeric RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x5C0F; Rna (sRNAs &#xFF1B;CsrB &#x548C;&#x4E2D;&#x56FD;&#x8BC1;&#x76D1;&#x4F1A;) &#x8FD9;&#x4E00;&#x804C;&#x80FD;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x81EA;&#x6211;&#x62EE;&#x6297;&#x5242;&#x7531;&#x87AF;&#x5408;&#x8FD9;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x548C; CsrD&#xFF0C;CsrB &#x548C;&#x4E2D;&#x56FD;&#x8BC1;&#x76D1;&#x4F1A;&#x9000;&#x5316;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x9176; E.&#x81EA;&#x6211;&#x98CE;&#x9669;&#x4E3A;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x56E0;&#x7D20;&#x6291;&#x5236; glgC&#x3001; cstA&#xFF0C;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x5176;&#x9886;&#x8896;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x548C;&#x9632;&#x6B62;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A; pgaA &#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x3002;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6291;&#x5236;&#x88AB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x5BF9;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684; mRNA &#x7A33;&#x5B9A;&#x4F5C;&#x51FA;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x5148;&#x524D;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x8BB0;&#x5F55;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5305;&#x542B;&#x591A;&#x4E2A;&#x81EA;&#x6211;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x7279;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7684;&#x91CD;&#x91CF;&#x77E9;&#x9635;&#x641C;&#x7D22;&#x8BA1;&#x5212;&#x662F;&#x4F7F;&#x7528;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7F51;&#x7AD9; mRNA &#x4E2D;&#x5236;&#x5B9A;&#x7684;&#x3002;&#x6B64;&#x641C;&#x7D22;&#x5DE5;&#x5177;&#x786E;&#x5B9A;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x91CD;&#x53E0; hfq &#x95EA;&#x8000;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA;&#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x6709;&#x65AF;&#x5C14;&#x7EB3; mRNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684; RNA &#x4F34;&#x4FA3;&#x3002;&#x8FD9;&#x5047;&#x5B9A;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7F51;&#x7AD9;&#x5339;&#x914D;&#x6280;&#x672F;&#x6D3E;&#x751F;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7F51;&#x7AD9;&#x534F;&#x5546;&#x4E00;&#x81F4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D; 12 8 &#x4E2A;&#x804C;&#x4F4D;&#x3002;&#x4ECE;&#x51DD;&#x80F6;&#x6D41;&#x52A8; shift &#x548C;&#x8DB3;&#x8FF9;&#x5316;&#x9A8C;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x81EA;&#x6211;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x4E13;&#x95E8;&#x5230;&#x6B64;&#x7AD9;&#x70B9; hfq &#x9886;&#x8896;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x4E2D;&#x3002;Toeprint &#x548C;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7ED3;&#x679C;&#x663E;&#x793A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x6291;&#x5236; Hfq &#x5408;&#x6210;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x7ADE;&#x4E89;&#x6027;&#x963B;&#x6B62;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x3002;&#x81EA;&#x6211;&#x7684;&#x4E2D;&#x65AD;&#x9020;&#x6210;&#x9AD8;&#x67B6;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE; hfq&#39;-&#39; &#x5E73;&#x79FB;&#x878D;&#x5408;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x8FC7;&#x8868;&#x8FBE;&#x6291;&#x5236;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8FD9;&#x79CD;&#x878D;&#x5408;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E5F;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9; hfq mRNA &#x7A33;&#x5B9A;&#x7531;&#x81EA;&#x6211;&#x72EC;&#x7ACB;&#x673A;&#x5236;&#x8FDB;&#x5165;&#x5E73;&#x7A33;&#x671F;&#x589E;&#x957F;&#x65F6;&#x3002;&#x4E92;&#x52A8;&#x7684;&#x81EA;&#x6211;&#x4E0E; hfq mRNA &#x662F;&#x81EA;&#x6211;&#x8C03;&#x8282;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x542B;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x81EA;&#x6211;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4F8B;&#x5B50;&#x3002;

&#x81EA;&#x6211;&#x6291;&#x5236;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; hfq &#x901A;&#x8FC7;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x5355;&#x4E2A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x91CD;&#x53E0;&#x7684;&#x95EA;&#x8000;-&#x8FBE;&#x5C14;&#x52A0;&#x8BFA;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8D77;&#x59CB;&#x3002;

Csr (carbon storage regulation) of Escherichia coli is a global regulatory system that consists of CsrA, a homodimeric RNA binding protein, two noncoding small RNAs (sRNAs; CsrB and CsrC) that function as CsrA antagonists by sequestering this protein, and CsrD, a specificity factor that targets CsrB and CsrC for degradation by RNase E. CsrA inhibits translation initiation of glgC, cstA, and pgaA by binding to their leader transcripts and preventing ribosome binding. Translation inhibition is thought to contribute to the observed mRNA destabilization. Each of the previously known target transcripts contains multiple CsrA binding sites. A position-specific weight matrix search program was developed using known CsrA binding sites in mRNA. This search tool identified a potential CsrA binding site that overlaps the Shine-Dalgarno sequence of hfq, a gene that encodes an RNA chaperone that mediates sRNA-mRNA interactions. This putative CsrA binding site matched the SELEX-derived binding site consensus sequence in 8 out of 12 positions. Results from gel mobility shift and footprint assays demonstrated that CsrA binds specifically to this site in the hfq leader transcript. Toeprint and cell-free translation results indicated that bound CsrA inhibits Hfq synthesis by competitively blocking ribosome binding. Disruption of csrA caused elevated expression of an hfq'-'lacZ translational fusion, while overexpression of csrA inhibited expression of this fusion. We also found that hfq mRNA is stabilized upon entry into stationary-phase growth by a CsrA-independent mechanism. The interaction of CsrA with hfq mRNA is the first example of a CsrA-regulated gene that contains only one CsrA binding site.

CsrA inhibits translation initiation of Escherichia coli hfq by binding to a single site overlapping the Shine-Dalgarno sequence.

La RSE (r&egrave;glement de stockage de carbone) d&#39;Escherichia coli est un syst&egrave;me r&eacute;glementaire mondial qui se compose de l&#39;ACRVM, une prot&eacute;ine de liaison de la RNA homodim&egrave;re, petits ARN non codants de deux (sRNAs ; CsrB et CCRS) qui fonctionnent comme des antagonistes de l&#39;ACRVM par s&eacute;questration de cette prot&eacute;ine et CsrD, un facteur de sp&eacute;cificit&eacute; qui cible CsrB et CsrC pour la d&eacute;gradation par la RNase E. CsrA inhibe l&#39;initiation de la traduction de glgC, l&#39;ACTS et ARAG en liant &agrave; leurs relev&eacute;s de notes de chef et emp&ecirc;chant la fixation du ribosome. Inhibition de la traduction est pens&eacute;e pour contribuer &agrave; la d&eacute;stabilisation des ARNm observ&eacute;e. Chacun des transcriptions cibles pr&eacute;c&eacute;demment connus contient de multiples sites de liaison du CsrA. Un programme de recherche de matrice de poids position sp&eacute;cifique a &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute; en utilisant les sites connus de liaison ACRVM en ARNm. Cet outil de recherche a identifi&eacute; un site potentiel de liaison ACRVM qui chevauche la s&eacute;quence Shine-Dalgarno de hfq, un g&egrave;ne qui code un chaperon de RNA qui intervient dans les interactions de sRNA-ARNm. Ce site putatif de liaison ACRVM &eacute;gal&eacute; la s&eacute;quence site liaison d&eacute;riv&eacute; de SELEX dans 8 des 12 positions. R&eacute;sultats d&#39;essais de Maj et empreinte de mobilit&eacute; gel ont montr&eacute; qu&#39;ACRVM se lie sp&eacute;cifiquement &agrave; ce site &agrave; la transcription du chef hfq. Toeprint et r&eacute;sultats de traduction acellulaire a indiqu&eacute; que li&eacute; ACRVM inhibe la synth&egrave;se de Hfq par blocage comp&eacute;titif fixation du ribosome. Perturbation de l&#39;ACRVM caus&eacute; une expression &eacute;lev&eacute;e d&#39;un hfq&#39;-&#39; fusion translationnelle lacZ, tandis que la surexpression de l&#39;ACRVM inhib&eacute;e expression de cette fusion. Nous avons &eacute;galement constat&eacute; que hfq que mRNA est stabilis&eacute; d&egrave;s l&#39;entr&eacute;e en phase stationnaire de croissance par un m&eacute;canisme ind&eacute;pendant de l&#39;ACRVM. L&#39;interaction de l&#39;ACRVM avec hfq mRNA est le premier exemple d&#39;un g&egrave;ne ACRVM r&eacute;glement&eacute;s qui contient uniquement un site de liaison du CsrA.

ACRVM inhibe l&#39;initiation de la traduction de Escherichia coli hfq en se liant &agrave; un site unique qui se chevauchent la s&eacute;quence Shine-Dalgarno.

CSR (CO2-Speicher-Verordnung) von Escherichia coli ist ein global Regulierungssystem, das besteht aus CsrA, ein Homodimeric RNA verbindliches Protein, zwei nichtkodierende kleine RNAs (sRNAs; CsrB und CsrC) diese Funktion als CsrA Antagonisten durch dieses Protein und CsrD absondern, ein Besonderheit-Faktor, der CsrB und CsrC f&uuml;r Abbau von RNase E. CsrA abzielt hemmt &Uuml;bersetzung Einleitung GlgC und CstA PgaA durch Bindung an ihre F&uuml;hrer-Transkripte und Ribosom Bindung zu verhindern. &Uuml;bersetzung Hemmung ist gedacht, um mit der beobachteten mRNA-Destabilisierung beitragen. Jeder der bisher bekannten Ziel-Transkripte enth&auml;lt mehrere CsrA-Bindungsstellen. Ein Position-spezifische Gewicht-Matrix-Such-Programm wurde mit bekannte CsrA Bindungsstellen in mRNA entwickelt. Diese Such-Tool identifiziert eine potenzielle CsrA-Bindungsstelle, die die Shine-Dalgarno-Sequenz der Hfq &uuml;berlappt, ein Gen, das eine Anstandsdame RNA codiert, die sRNA-mRNA Wechselwirkungen vermittelt. Diese vermeintliche CsrA-Bindungsstelle entsprechend die SELEX gewonnenen Bindung-Website-Konsensus-Sequenz in 8 von 12 Positionen. Ergebnisse von Gel-Mobilit&auml;t-Verschiebung und Fu&szlig;abdruck-Assays gezeigt, dass CsrA speziell auf diesen Standort in der Hfq F&uuml;hrer Abschrift bindet. Toeprint und zellfreien &Uuml;bersetzungsergebnisse erkl&auml;rt, dass die gebundenen CsrA Hfq Synthese hemmt kompetitiv blockiert Ribosom binden. Unterbrechung der CsrA verursacht erh&ouml;hten Ausdruck einer Hfq&#39;-&#39; LacZ translational Fusion, w&auml;hrend eine &Uuml;berexpression von CsrA gehemmt Ausdruck von dieser Fusion. Wir fanden auch, dass Hfq mRNA stabilisiert ist beim Eintritt in die station&auml;re Phase Wachstum durch einen CsrA-unabh&auml;ngigen Mechanismus. Die Interaktion von CsrA mit Hfq mRNA ist das erste Beispiel eines CsrA regulierten Gens, die nur eine CsrA-Bindungsstelle enth&auml;lt.

CsrA hemmt &Uuml;bersetzung Einleitung Escherichia coli Hfq durch Bindung an einen einzigen Standort, die &Uuml;berlappung der Shine-Dalgarno-Sequenz.

CSR (regolamento di stoccaggio del carbonio) di Escherichia coli &egrave; un sistema di regolamentazione globale che consiste di CsrA, un&#39;ereditaria RNA binding protein, due non codificante piccolo RNAs (sRNAs; CsrB e CsrC) che funzionano come antagonisti CsrA sequestrando questa proteina e CsrD, un fattore di specificit&agrave; che gli obiettivi CsrB e CsrC per la degradazione di RNAsi E. CsrA inibisce iniziazione traduzione di glgC, cstA e pgaA associando al loro trascrizioni leader e prevenendo il legame del ribosoma. Inibizione della traduzione &egrave; pensato per contribuire alla destabilizzazione mRNA osservati. Ciascuna delle trascrizioni precedentemente conosciuta destinazione contiene molteplici siti di legame CsrA. Un programma di ricerca posizione-specifico peso matrix &egrave; stato sviluppato utilizzando noti siti di legame CsrA in mRNA. Questo strumento di ricerca identificato un potenziale sito di legame CsrA che si sovrappone la sequenza di Shine-Dalgarno di hfq, un gene che codifica un chaperone di RNA che media le interazioni sRNA-mRNA. Questo sito di legame CsrA putativo abbinato la sequenza consenso del sito Associazione derivato da SELEX in 8 di 12 posizioni. Risultati da gel mobilit&agrave; shift e impronta dosaggi hanno dimostrato che CsrA si lega specificamente a questo sito nella trascrizione hfq leader. Toeprint e traduzione senza cellula risulta indicato che associato CsrA inibisce la sintesi Hfq bloccando competitivamente il legame del ribosoma. Interruzione del csrA causato elevata espressione di un hfq&#39;-&#39; traslazionale fusione lacZ, mentre sovraespressione di csrA inibito espressione di questa fusione. Abbiamo anche trovato che hfq che mRNA &egrave; stabilizzata con l&#39;entrata in fase stazionaria di crescita da un meccanismo indipendente dal CsrA. L&#39;interazione del CsrA con hfq mRNA &egrave; il primo esempio di un gene CsrA-regolato che contiene solo un sito di legame di CsrA.

CsrA inibisce iniziazione traduzione di Escherichia coli hfq legandosi a un singolo sito sovrapponendo la sequenza di Shine-Dalgarno.

&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306E; Csr &#xFF08;&#x70AD;&#x7D20;&#x8CAF;&#x8535;&#x898F;&#x5236;&#xFF09; &#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x3001;2 &#x5C0F;&#x3055;&#x306A; Rna &#xFF08;sRNAs; &#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F; (fig3) RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x898F;&#x5236;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;CsrB &#x3068; CsrC) &#x3053;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7814;&#x7A76;&#x958B;&#x767A;&#x30BB;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x9694;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30F3;&#x30BF;&#x30B4;&#x30CB;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB; glgC&#x3001;cstA&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C0;&#x30FC;&#x6210;&#x7E3E;&#x306E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3059;&#x308B; pgaA &#x306E; CsrB &#x3068; CsrC RNase E. &#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x52A3;&#x5316;&#x3092;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x89B3;&#x6E2C; mRNA &#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x5316;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x5404;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x56FA;&#x6709;&#x91CD;&#x91CF;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x691C;&#x7D22;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x306F; mRNA &#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB; &#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3; &ndash; &#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30EB;&#x30CE;&#x914D;&#x5217; hfq &#x306E;&#x91CD;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3001;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; &#x30B9;&#x30EB;&#x30CA; mRNA &#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B; RNA &#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30F3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D; SELEX &#x6D3E;&#x751F;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; &#x30B3;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; 8 &#x306E;&#x3046;&#x3061; 12 &#x306E;&#x30DD;&#x30B8;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C1;&#x3002;&#x30B2;&#x30EB;&#x306E;&#x79FB;&#x52D5;&#x6027;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x3068;&#x30D5;&#x30C3;&#x30C8; &#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30C8; &#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; hfq &#x30EA;&#x30FC;&#x30C0;&#x30FC;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Toeprint &#x3068;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x7FFB;&#x8A33;&#x7D50;&#x679C;&#x7AF6;&#x4E89;&#x529B;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044; Hfq &#x5408;&#x6210;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x306E;&#x6DF7;&#x4E71;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x9AD8;&#x67B6;&#x5F0F;&#x3001;hfq &#x306E; &#39;-&#39; &#x904E;&#x5270;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3057;&#x305F;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x878D;&#x5408;&#x306A;&#x304C;&#x3089; lacZ &#x4E26;&#x9032;&#x878D;&#x5408;&#x3002;&#x307E;&#x305F; mRNA &#x304C;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068; hfq &#x9759;&#x6B62;&#x76F8;&#x6210;&#x9577;&#x306B;&#x5165;&#x308B;&#x6642;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044; hfq &#x3068; mRNA &#x306F; 1 &#x3064;&#x3060;&#x3051;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x4F8B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7FFB;&#x8A33;&#x958B;&#x59CB;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC; hfq &#x30B7;&#x30E3;&#x30A4;&#x30F3; &ndash; &#x30C0;&#x30EB;&#x30AC;&#x30EB;&#x30CE;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x91CD;&#x8907;&#x3059;&#x308B; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3078;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC758; Csr (&#xD0C4;&#xC18C; &#xC800;&#xC7A5;&#xC18C; &#xADDC;&#xC81C;)&#xC740; CsrA, homodimeric RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xB450; noncoding &#xC791;&#xC740; RNAs (sRNAs;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xADDC;&#xC81C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; CsrB &#xBC0F; CsrC)&#xC774; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; CsrD sequestering &#xC758;&#xD574; CsrA &#xAE38; &#xD56D; &#xC81C;&#xC640; &#xADF8; &#xAE30;&#xB2A5; Csrb&#xACFC; RNase E. Csra&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC131;&#xB2A5; &#xC800;&#xD558; CsrC &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD55C;&#xB2E4; glgC, cstA, &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC790; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; &#xACE0; &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558; &#xC5EC; Pgaa&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;. &#xBC88;&#xC5ED; &#xC5B5;&#xC81C;&#xB294; &#xAD00;&#xCC30; &#xB41C; mRNA &#xBD88;&#xC548;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xC0DD;&#xAC01;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C; &#xAC01;&#xAC01; &#xC5EC;&#xB7EC; CsrA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;. &#xC704;&#xCE58; &#xD2B9;&#xC815; &#xBB34;&#xAC8C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; Mrna&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; CsrA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB3C4;&#xAD6C; hfq &#xAD11;&#xD0DD; Dalgarno &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC911;&#xCCA9; &#xD558;&#xB294; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; CsrA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;, sRNA Mrna&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; RNA &#xBCF4;&#xD638;&#xC790;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC774; &#xC0C1; CsrA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; 8 12 &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD569;&#xC758; SELEX &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC21C;&#xC11C; &#xC77C;&#xCE58;. &#xC824; &#xC774;&#xB3D9;&#xC131; &#xBCC0;&#xD654; &#xBC0F; &#xACF5;&#xAC04; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC; &#xC2DC;&#xC5F0; CsrA hfq &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC790; &#xB300; &#xBCF8;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC774; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Toeprint &#xBC0F; &#xC140; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBC88;&#xC5ED; &#xACB0;&#xACFC; &#xB098;&#xD0C0;&#xB09C; &#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; CsrA &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xACBD;&#xC7C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xB2E8; &#xD558; &#xC5EC; Hfq &#xD569;&#xC131;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C;. Csra&#xC758; &#xC7A5;&#xC560; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD55C; hfq&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2DD; &#39;-&#39;&#xC774; &#xC735;&#xD569;&#xC758; &#xC800;&#xD574; csrA &#xC2DD;&#xC758; overexpression &#xB3D9;&#xC548; lacZ &#xBCC0;&#xD658; &#xD4E8;&#xC804;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; CsrA &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACE0;&#xC815; &#xC704;&#xC0C1; &#xC131;&#xC7A5;&#xC73C;&#xB85C; &#xD56D;&#xBAA9;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xADF8; hfq mRNA &#xC548;&#xC815;&#xD654;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; hfq&#xC640; Csra&#xC758; mRNA CsrA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD558;&#xB098;&#xB9CC; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; CsrA &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xCD5C;&#xCD08;&#xC758; &#xC608;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

CsrA &#xAD11;&#xD0DD; Dalgarno &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC911;&#xCCA9; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xC5EC; Escherichia&#xC758; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; hfq&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xB97C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD55C;&#xB2E4;.

RSE (Reglamento de almacenamiento de carbono) de Escherichia coli es un sistema regulatorio global que consiste en CsrA, una prote&iacute;na de uni&oacute;n a RNA homodim&eacute;ricas, dos los small RNAs (contiene; CsrB y CsrC) que funcionan como antagonistas de la CsrA por el secuestro de esta prote&iacute;na y la democracia, un factor de especificidad que se dirige a CsrB y CsrC degradaci&oacute;n por la RNasa E. CsrA inhibe la iniciaci&oacute;n de la traducci&oacute;n de glgC y cstA pgaA al atascamiento de las transcripciones de sus l&iacute;der e impedir la Uni&oacute;n del ribosoma. Inhibici&oacute;n de la traducci&oacute;n est&aacute; pensada para contribuir a la desestabilizaci&oacute;n de ARNm observado. Cada una de las transcripciones de destino conocido contiene m&uacute;ltiples sitios de uni&oacute;n de la CsrA. Se desarroll&oacute; un programa de b&uacute;squeda de matriz de peso posici&oacute;n espec&iacute;fica utilizando conocidos sitios de uni&oacute;n de CsrA en mRNA. Esta herramienta de b&uacute;squeda identific&oacute; un sitio de Uni&oacute;n CsrA potencial que se superpone la secuencia Shine-Dalgarno de hfq, un gen que codifica una chaperona de RNA que media las interacciones sRNA-mRNA. Este sitio de uni&oacute;n de supuesta CsrA hab&iacute;a emparejado la secuencia de consenso del sitio enlace derivados de SELEX en 8 de 12 posiciones. Resultados de ensayos de cambio y huella de movilidad gel demostr&oacute; que CsrA se une espec&iacute;ficamente a este sitio en la transcripci&oacute;n de l&iacute;der hfq. Toeprint y resultados de la traducci&oacute;n sin c&eacute;lulas indican que limite CsrA inhibe la s&iacute;ntesis de Hfq bloqueando competitivamente la Uni&oacute;n del ribosoma. Interrupci&oacute;n de la csrA causado elevada expresi&oacute;n de un hfq&#39;-&#39; fusi&oacute;n traduccional de lacZ, mientras que la sobreexpresi&oacute;n de expresi&oacute;n csrA inhibido de esta fusi&oacute;n. Tambi&eacute;n encontramos hfq que mRNA se estabiliza al entrar en la fase estacionaria de crecimiento por un mecanismo independiente de la CsrA. La interacci&oacute;n de la CsrA con hfq mRNA es el primer ejemplo de un gen regulado CsrA que contiene solamente un sitio de uni&oacute;n de la CsrA.

CsrA inhibe la iniciaci&oacute;n de la traducci&oacute;n de Escherichia coli hfq atando a un solo sitio superposici&oacute;n la secuencia Shine-Dalgarno.

&#x86CB;&#x767D;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x7EC4;&#x6210;&#x4EC5;&#x7EA6; 1%&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x5F88;&#x591A;&#xFF0C;&#x5176;&#x4F59;&#x7684; 99%&#x5DF2;&#x88AB;&#x957F;&#x65F6;&#x95F4;&#x5047;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x5783;&#x573E; DNA&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x5F88;&#x5C11;&#x6216;&#x6CA1;&#x6709;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x610F;&#x4E49;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x5728;&#x4E00;&#x7FA4;&#x4E0E;&#x5386;&#x53F2;&#x4E0A;&#x7684;&#x6700;&#x4F4E;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x7C7B;&#x522B;&#x7684;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; DNA &#x6BD4;&#x7956;&#x4F20;&#x7684;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x56E0;&#x5B50;&#x66F4;&#x7F13;&#x6162;&#x5730;&#x6F14;&#x5316;&#xFF0C;&#x6240;&#x4EE5;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x91CD;&#x5927;&#x8FDB;&#x5316;&#x7EA6;&#x675F;&#x3002;&#x6839;&#x636E;&#x63A5;&#x8FD1;&#x4E2D;&#x6027;&#x7684;&#x7406;&#x8BBA;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x671F;&#x671B;&#x770B;&#x5230;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x4E2D;&#x7684;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x5E8F;&#x5217;&#x7C7B;&#x578B;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x9650;&#x5236;&#x6BD4;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#xFF0C;&#x88AB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x6709;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x7684;&#x7EC4;&#x7684;&#x8F83;&#x4F4E;&#x7EA7;&#x522B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9;&#x662F;&#x8BB8;&#x591A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7C7B;&#x578B;&#x68C0;&#x67E5;&#xFF0C;&#x6700;&#x6781;&#x7AEF;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x88AB; 5&#39; &#x5F02;&#x5E38;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x5176;&#x5728;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x7684;&#x7EA6;&#x675F;&#x662F;&#x53EA;&#x6709;&#x7EA6;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x3002;&#x5947;&#x602A;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x8FC7;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x9AD8;&#x7EA6;&#x675F;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x67D0;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x7C7B;&#x4EBA;&#x7269;&#x79CD;&#xFF0C;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#x5E74;&#x5229;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;&#x7EA6;&#x675F;&#x5728;&#x54EA;&#x91CC;&#x591A;&#x500D;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#x3002;&#x8FD9;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x8D85;&#x8FC7;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E94;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x5E74;&#x5229;&#x5730;&#x70B9;&#x6709;&#x6548;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x5728;&#x9009;&#x5BF9;&#x3002;&#x5728;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x5E74;&#x5229;&#x5730;&#x70B9;&#x9AD8;&#x7EA6;&#x675F;&#x8868;&#x660E;&#x66F4;&#x590D;&#x6742;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7ED3;&#x6784;&#x6BD4;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#x548C;&#x6307;&#x793A;&#xFF0C;&#x68C0;&#x6D4B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x65B9;&#x6CD5; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528; d (N) /d (S) &#x6BD4;&#xFF09;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E2D;&#x7ACB;&#x7684;&#x6807;&#x51C6;&#x7684;&#x5E74;&#x5229;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6709;&#x504F;&#x4F30;&#x8BA1;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x5728;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x3002;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6211;&#x4EEC;&#x7EA6;&#x675F;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x53D7;&#x5230;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x5426;&#x5B9A;&#x9009;&#x62E9;&#x7684; 5.4%&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x548C;&#x6709;&#x4E09;&#x500D;&#x90A3;&#x4E48;&#x591A;&#x7EA6;&#x675F;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x86CB;&#x767D;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x5185;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9;&#x3002;&#x5305;&#x62EC;&#x7F16;&#x7801;&#x548C;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F30;&#x8BA1;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6709;&#x5BB3;&#x7A81;&#x53D8;&#x901F;&#x7387; U = 4.2&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6839;&#x636E;&#x4E58;&#x6CD5;&#x6A21;&#x578B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x8D1F;&#x8F7D;&#x662F;&#x7EA6; 99%&#x7684;&#x539F;&#x59CB;&#x4EBA;&#x3002;

&#x6709;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x5730;&#x53D7;&#x9650;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x6709;&#x5BB3;&#x7A81;&#x53D8;&#x7387;&#x5CA9;&#x753B;&#x548C; murid &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;

Protein-coding sequences make up only about 1% of the mammalian genome. Much of the remaining 99% has been long assumed to be junk DNA, with little or no functional significance. Here, we show that in hominids, a group with historically low effective population sizes, all classes of noncoding DNA evolve more slowly than ancestral transposable elements and so appear to be subject to significant evolutionary constraints. Under the nearly neutral theory, we expected to see lower levels of selective constraints on most sequence types in hominids than murids, a group that is thought to have a higher effective population size. We found that this is the case for many sequence types examined, the most extreme example being 5'UTRs, for which constraint in hominids is only about one-third that of murids. Surprisingly, however, we observed higher constraints for some sequence types in hominids, notably 4-fold sites, where constraint is more than twice as high as in murids. This implies that more than about one-fifth of mutations at 4-fold sites are effectively selected against in hominids. The higher constraint at 4-fold sites in hominids suggests a more complex protein-coding gene structure than murids and indicates that methods for detecting selection on protein-coding sequences (e.g., using the d(N)/d(S) ratio), with 4-fold sites as a neutral standard, may lead to biased estimates, particularly in hominids. Our constraint estimates imply that 5.4% of nucleotide sites in the human genome are subject to effective negative selection and that there are three times as many constrained sites within noncoding sequences as within protein-coding sequences. Including coding and noncoding sites, we estimate that the genomic deleterious mutation rate U = 4.2. The mutational load predicted under a multiplicative model is therefore about 99% in hominids.

Distributions of selectively constrained sites and deleterious mutation rates in the hominid and murid genomes.

Les s&eacute;quences codant les prot&eacute;ines repr&eacute;sentent seulement environ 1 % du g&eacute;nome chez les mammif&egrave;res. Une grande partie des 99 % restants a &eacute;t&eacute; longtemps consid&eacute;r&eacute;e comme ADN poubelle, avec peu ou pas de signification fonctionnelle. Ici, nous montrons que dans les hominid&eacute;s, un groupe qui a historiquement bas taille effective des populations, toutes les classes de l&#39;ADN non codant &eacute;voluent plus lentement que les &eacute;l&eacute;ments transposables ancestrales et semblent donc &ecirc;tre soumis &agrave; d&#39;importantes contraintes &eacute;volutives. En vertu de la th&eacute;orie presque neutre, nous nous attendions &agrave; voir des niveaux inf&eacute;rieurs de contraintes s&eacute;lectives sur la plupart des types de s&eacute;quence dans les hominid&eacute;s que mourides, un groupe qui est pens&eacute; pour avoir une taille effective de la population plus &eacute;lev&eacute;e. Nous avons trouv&eacute; que c&#39;est le cas pour de nombreux types de s&eacute;quence examin&eacute;s, l&#39;exemple le plus extr&ecirc;me est 5&#39; UTR, pour lequel contrainte dans les hominid&eacute;s est seulement environ un tiers de celle des mourides. &Eacute;tonnamment, cependant, nous avons observ&eacute; des contraintes plus &eacute;lev&eacute;es pour certains types de s&eacute;quence dans les hominid&eacute;s, notamment par sites, o&ugrave; la contrainte est deux fois plus &eacute;lev&eacute; que dans des mourides. Cela implique que plus qu&#39;environ un cinqui&egrave;me des mutations &agrave; 4 x sites ont &eacute;t&eacute; choisis efficacement contre les hominid&eacute;s. La contrainte sup&eacute;rieure &agrave; 4 x sites hominid&eacute;s sugg&egrave;re une structure des g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines plus complexe que les mourides et indique que les m&eacute;thodes de d&eacute;tection de s&eacute;lection sur les s&eacute;quences codant pour des prot&eacute;ines (p. ex., en utilisant le ratio de /d (S) d (N)), avec 4 x sites comme une norme neutre, peut conduire &agrave; des estimations biais&eacute;es, particuli&egrave;rement dans les hominid&eacute;s. Nos estimations de contrainte impliquent que 5,4 % des sites de nucl&eacute;otide du g&eacute;nome humain sont soumis &agrave; une s&eacute;lection n&eacute;gative apparente et qu&#39;il y a trois fois plus de contrainte des sites au sein de s&eacute;quences non codantes, comme dans les s&eacute;quences codant pour des prot&eacute;ines. Y compris les sites codantes et non codantes, nous estimons que la mutation d&eacute;l&eacute;t&egrave;re g&eacute;nomique noter U = 4,2. La charge mutationnelle pr&eacute;vue selon un mod&egrave;le multiplicatif est donc environ de 99 % chez les hominid&eacute;s.

R&eacute;partition des sites s&eacute;lectivement contraints et des taux de mutation d&eacute;l&eacute;t&egrave;re dans les g&eacute;nomes d&#39;hominid&eacute;s et mouride.

Protein-kodierenden Sequenzen machen nur etwa 1 % der S&auml;ugetier-Genom. Ein Gro&szlig;teil der restlichen 99 % hat lange angenommen worden Junk-DNA, mit wenig oder gar keine funktionelle Bedeutung. Hier zeigen wir, dass in Hominiden, eine Gruppe mit historisch niedrige effektive Bev&ouml;lkerung Gr&ouml;&szlig;en, alle Klassen der nichtkodierende DNA entwickeln sich langsamer als Vorfahren &uuml;bertragbar Elemente und also zu erheblichen evolution&auml;ren Einschr&auml;nkungen zu sein scheinen. Nach der fast neutrale Theorie erwarteten wir untere Ebenen des selektiven Einschr&auml;nkungen f&uuml;r die meisten Sequenztypen in Hominiden als Murids, eine Gruppe zu sehen, die gedacht wird, um eine h&ouml;here effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e haben. Wir fanden, dass dies der Fall f&uuml;r viele Folgetypen untersucht, das extremste Beispiel ist 5&#39;UTRs, f&uuml;r die Einschr&auml;nkung im Hominiden nur etwa ein Drittel der Murids ist. &Uuml;berraschend, jedoch wir beobachteten h&ouml;here Einschr&auml;nkungen f&uuml;r einige folgen in Hominiden, insbesondere 4fach gefaltete Seiten, wo Einschr&auml;nkung mehr als doppelt so hoch wie in Murids ist. Dies bedeutet, dass mehr als etwa ein F&uuml;nftel der Mutationen an 4fach gefaltete Standorten effektiv gegen in Hominiden ausgew&auml;hlt sind. Die h&ouml;here Einschr&auml;nkung 4fach gefaltete Standorten in Hominiden schl&auml;gt eine komplexere Protein-kodierenden Genstruktur als Murids und angibt, die Methoden zur Erkennung Auswahl auf Protein-kodierenden Sequenzen (z. B. mithilfe des d (N) / d (S)-Verh&auml;ltnis), mit 4fach gefaltete Seiten als neutrale Standard, kann zu verzerrten Sch&auml;tzungen, insbesondere im Hominiden f&uuml;hren. Unsere Sch&auml;tzungen Einschr&auml;nkung bedeuten, dass 5,4 % Nukleotid-Sites im menschlichen Genom effektive negative Auswahl unterliegen und gibt es drei Mal so viele Websites innerhalb nichtkodierende Sequenzen als innerhalb der Protein-kodierenden Sequenzen eingeschr&auml;nkt. Einschlie&szlig;lich der Kodierung und nichtkodierende Standorte, wir sch&auml;tzen, dass die genomische sch&auml;dliche Mutation bewerten U = 4.2. Die Mutationszucht Belastung unter ein multiplikatives Modell vorhergesagt ist daher etwa 99 % in Hominiden.

Verteilungen von selektiv eingeschr&auml;nkte Sites und sch&auml;dlichen Mutation Preise in den Hominiden und Muriden Genomen.

Sequenze codificanti proteine costituiscono soltanto circa 1% del genoma dei mammiferi. Gran parte del restante 99% &egrave; stato assunto a lungo per essere DNA spazzatura, con poco o nessun significato funzionale. Qui, ci mostrano che in ominidi, un gruppo con storicamente bassa dimensione effettiva della popolazione, tutte le classi di DNA non codificante si evolvono pi&ugrave; lentamente di elementi trasponibili ancestrali e quindi sembrano essere soggetti a vincoli evolutivi significativi. Secondo la teoria quasi neutra, ci aspettavamo di vedere livelli pi&ugrave; bassi di vincoli selettivi sulla maggior parte dei tipi di sequenza in ominidi rispetto Murid, un gruppo che &egrave; pensato per avere una dimensione effettiva popolazione superiore. Abbiamo trovato che questo &egrave; il caso per molti tipi di sequenza esaminati, l&#39;esempio pi&ugrave; estremo &egrave; 5&#39;UTRs, per il quale vincolo di ominidi &egrave; soltanto circa un terzo di muridi. Sorprendentemente, per&ograve;, abbiamo osservato i vincoli pi&ugrave; elevati per alcuni tipi di sequenza in ominidi, in particolare siti 4 volte, dove il vincolo &egrave; pi&ugrave; di due volte alta come Murid. Questo implica che pi&ugrave; di circa un quinto delle mutazioni in siti 4 volte sono selezionati in modo efficace contro in ominidi. Il vincolo superiore a 4 volte siti in ominidi suggerisce una struttura pi&ugrave; complessa gene codificanti proteine di muridi e indica che metodi per il rilevamento di selezione su sequenze codificanti proteine (ad esempio, utilizzando il rapporto di /d (S) d (N)), con 4 volte siti come standard neutro, pu&ograve; portare a stime distorte, particolarmente in ominidi. Nostre stime vincolo implicano che 5,4% dei siti di nucleotidi nel genoma umano sono soggetti a selezione negativa efficace e che ci sono tre volte come molti vincolati siti all&#39;interno di sequenze non codificante come all&#39;interno di sequenze codificanti proteine. Compresi i siti di codifica e non codificante, si stima che la mutazione deleteria genomic Vota U = 4,2. Il carico mutazionale predetto sotto un modello moltiplicativo &egrave; quindi circa il 99% di ominidi.

Distribuzioni di siti vincolati in modo selettivo e tassi di mutazione deleteria nel genoma ominide e murid.

&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x7D04; 1% &#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B8B;&#x308A;&#x306E; 99 &#xFF05; &#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x3001;&#x3042;&#x308B;&#x3044;&#x306F;&#x5168;&#x304F;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x610F;&#x7FA9;&#x3092;&#x30B8;&#x30E3;&#x30F3;&#x30AF; DNA &#x306B;&#x9577;&#x3044;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x4EBA;&#x985E;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3068;&#x6B74;&#x53F2;&#x7684;&#x306B;&#x4F4E;&#x3044;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; DNA &#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306F;&#x5148;&#x7956;&#x4EE3;&#x3005; &#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3063;&#x3068;&#x3086;&#x3063;&#x304F;&#x308A;&#x9032;&#x5316;&#x3057;&#x3001;&#x3060;&#x304B;&#x3089;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x6761;&#x4EF6;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307B;&#x307C;&#x4E2D;&#x6027;&#x306E;&#x7406;&#x8AD6;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x578B;&#x3072;&#x3068;&#x79D1;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x3001;&#x9AD8;&#x3044;&#x5B9F;&#x52B9;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3088;&#x308A;&#x4E0B;&#x4F4D;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x53C2;&#x7167;&#x3057;&#x3066;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x306B;&#x671F;&#x5F85;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x304C;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x578B;&#x306E; 5&#39; &#x306E;&#x3072;&#x3068;&#x79D1;&#x306E;&#x5236;&#x7D04;&#x304C;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x306E;&#x7D04; 3 &#x5206;&#x306E; 1 &#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x3059; UTRs &#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x6700;&#x3082;&#x6975;&#x7AEF;&#x306A;&#x4F8B;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x9A5A;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x5236;&#x7D04;&#x3092;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x578B;&#x3067;&#x3072;&#x3068;&#x79D1;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x89B3;&#x6E2C;&#x5236;&#x7D04;&#x3067;&#x3059;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306E; 2 &#x500D;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x9AD8; 4 &#x500D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3002;&#x3072;&#x3068;&#x79D1;&#x306E; 4 &#x500D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D04; 5 &#x5206;&#x306E; 1 &#x3092;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x9078;&#x629E;&#x3057;&#x305F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3072;&#x3068;&#x79D1;&#x306E; 4 &#x500D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x5236;&#x7D04;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x3088;&#x308A;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9; (d (N)/d (S) &#x6BD4;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x306A;&#x3069;&#x3001;) 4 &#x500D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x4E2D;&#x7ACB;&#x7684;&#x306A;&#x6A19;&#x6E96;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306F;&#x3001;&#x539F;&#x4EBA;&#x305F;&#x3061;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x306B;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5236;&#x7D04;&#x898B;&#x7A4D;&#x3082;&#x308A;&#x306F; 5.4 &#xFF05; &#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x8CA0;&#x306E;&#x6DD8;&#x6C70;&#x304C;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3001;3 &#x500D;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x3053;&#x3068;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x5185;&#x306E;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x5185;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x63A8;&#x5B9A;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x3084;&#x7FFB;&#x8A33;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6709;&#x5BB3;&#x306A;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x7387;&#x306F; U 4.2 =&#x3002;&#x4E0B;&#x306F;&#x4E57;&#x6CD5;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x8CA0;&#x8377;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x539F;&#x4EBA;&#x305F;&#x3061;&#x3067;&#x7D04; 99 &#xFF05; &#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x306B;&#x5236;&#x7D04;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3068;&#x733F;&#x3068;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x985E;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6709;&#x5BB3;&#x306A;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x7387;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;

&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC57D; 1%&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB098;&#xBA38;&#xC9C0; 99% &#xC815;&#xB3C4;&#xC758; &#xAE34; &#xAC70;&#xC758; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD558;&#xAC8C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC758;&#xBBF8;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC815;&#xD06C; DNA &#xC218; &#xC0DD;&#xAC01; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC790;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBCF4;&#xC5EC; hominids, &#xADF8;&#xB8F9;&#xC640; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB0AE;&#xC740; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;, noncoding DNA&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xC870;&#xC0C1; transposable &#xC694;&#xC18C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB290;&#xB9AC;&#xAC8C; &#xC9C4;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB798;&#xC11C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC9C4;&#xD654; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74;&#xC774; &#xC801;&#xC6A9; &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. &#xAC70;&#xC758; &#xC911;&#xB9BD; &#xC774;&#xB860;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; murids, &#xB192;&#xC740; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0DD;&#xAC01; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB8F9; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xB0AE;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; hominids&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD615;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D;&#xC744; &#xBCFC; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xC608;&#xC0C1;. &#xC774;&#xAC83;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xD615; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD558; &#xACE0;, &#xB418; &#xACE0; 5&#39; Utr, &#xC788;&#xB294; hominids&#xC758; &#xC81C;&#xC57D;&#xC740; 3 &#xBD84;&#xC758; 1&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; murids&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xADF9;&#xB2E8;&#xC801;&#xC778; &#xC608;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCF00;&#xC774;&#xC2A4;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xB180;&#xB78D;&#xAC8C;&#xB3C4;,, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAD00;&#xCC30; hominids, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xD615;&#xB3C4; &#xC0C1;&#xC704; &#xC81C;&#xC57D; &#xD2B9;&#xD788; &#xC81C;&#xC57D;&#xC740; &#xC774;&#xC0C1; murids&#xC640; &#xAC19;&#xC774; &#xB192;&#xC740; &#xB450; &#xBC88; 4-fold &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;. &#xC774; &#xC758;&#xBBF8;&#xB97C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; hominids&#xC758; 4-fold &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xC57D; 1 / 5 &#xC774;&#xC0C1;. Hominids 4-fold &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB192;&#xC740; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; murids &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC880; &#xB354; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC74C;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC10;&#xC9C0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC120;&#xD0DD; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, d (N) /d (S) &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;), &#xC911;&#xB9BD; &#xD45C;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; 4-fold &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; &#xD2B9;&#xD788; hominids&#xC758;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD3B8;&#xD5A5;&#xB41C; &#xCD94;&#xC815;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C8; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; &#xACAC;&#xC801; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; 5.4% &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC120;&#xD0DD; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; noncoding &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558;&#xB294; &#xC138; &#xBC30; &#xB9CE;&#xC740; &#xC554;&#xC2DC;. &#xCF54;&#xB529; &#xBC0F; noncoding &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC608;&#xC0C1; &#xAC8C;&#xB188; &#xD574;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC728; U = 4.2. &#xACF1;&#xC148; &#xBAA8;&#xB378; &#xC608;&#xCE21; mutational &#xBD80;&#xD558; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; hominids&#xC758; &#xC57D; 99% &#xC774;&#xB2E4;.

&#xC120;&#xD0DD;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; hominid &#xBC0F; murid &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xD574;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC728;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC;.

Secuencias de codificaci&oacute;n de prote&iacute;nas constituyen s&oacute;lo alrededor del 1% del genoma mam&iacute;fero. Gran parte del 99% restante ha asumido durante mucho tiempo ser ADN basura, con poca o ninguna significaci&oacute;n funcional. A continuaci&oacute;n, os mostramos que en los hom&iacute;nidos, un grupo con hist&oacute;ricamente bajo tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n, todas las clases de ADN codifica evolucionan m&aacute;s lentamente que los elementos transponibles ancestrales y as&iacute; parecen estar sujeta a limitaciones evolutivas significativas. Bajo la teor&iacute;a casi neutral, esper&aacute;bamos ver niveles m&aacute;s bajos de restricciones selectivas en m&aacute;s tipos de secuencia en los hom&iacute;nidos que m&uacute;ridos, un grupo que se cree que tienen un mayor tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n. Encontramos que este es el caso para muchos tipos de secuencia examinado, el ejemplo m&aacute;s extremo es 5&#39; incoe, que restricci&oacute;n en los hom&iacute;nidos es solamente cerca de un tercio de los m&uacute;ridos. Sorprendentemente, sin embargo, observamos mayores restricciones para algunos tipos de secuencia en los hom&iacute;nidos, en particular 4 veces sitios, donde la restricci&oacute;n es m&aacute;s de dos veces tan alto como en m&uacute;ridos. Esto implica que m&aacute;s de aproximadamente una quinta parte de mutaciones en sitios 4 veces seleccionan eficazmente contra en los hom&iacute;nidos. La mayor restricci&oacute;n en sitios 4 veces en los hom&iacute;nidos sugiere una estructura m&aacute;s compleja de gene de prote&iacute;na-codificaci&oacute;n que m&uacute;ridos e indica que m&eacute;todos para detectar selecci&oacute;n en secuencias de codificaci&oacute;n de prote&iacute;nas (por ejemplo, mediante la relaci&oacute;n de /d (S) (N) d), con 4 veces sitios como neutral est&aacute;ndar, puede llevar a estimaciones sesgadas, particularmente en los hom&iacute;nidos. Nuestras estimaciones de restricci&oacute;n implican que 5,4% de sitios de nucle&oacute;tidos en el genoma humano est&aacute;n sujetos a selecci&oacute;n negativa eficaz y que hay tres veces m&aacute;s limitados sitios dentro de secuencias codifica como dentro de secuencias de codificaci&oacute;n de prote&iacute;nas. Incluyendo sitios de codificaci&oacute;n y codifica, estimamos que la mutaci&oacute;n delet&eacute;rea gen&oacute;mica tarifa U = 4.2. La carga mutacional predicha bajo un modelo multiplicativo es por lo tanto cerca de 99% en los hom&iacute;nidos.

Distribuci&oacute;n de sitios selectivamente limitados y las tasas de mutaci&oacute;n delet&eacute;rea en los genomas de hom&iacute;nido y murido.

Wir entwickeln eine Inferenz-Methode, die ungef&auml;hre Bayes-Berechnung (ABC), mutagenen Parameter gleichzeitig zu sch&auml;tzen und selektive Einschr&auml;nkung auf der Grundlage von Nukleotid-Divergenz f&uuml;r Protein-kodierenden Gene zwischen Paaren von Arten verwendet. Unsere Simulationen Modell explizit CpG Hypermutability und &Uuml;bergang vs. Transversion teilhabende Vorurteile zusammen mit negativen und positiven Selektion an den Standorten Synonym und nonsynonymous. Wir bewerten die Methode von Simulationen, in denen wahre, die bedeuten Parameterwerte sind bekannt und zeigen, dass es halbwegs unvoreingenommene Parametersch&auml;tzungen produziert, solange Sequenzen nicht zu kurz sind und Sequenz-Divergenz nicht zu niedrig ist. Wir zeigen, dass die Verwendung der quadratischen Regression innerhalb ABC bietet eine Verbesserung &uuml;ber lineare Regression, sondern die gewichtete Regression hat wenig Einfluss auf die Effizienz des Verfahrens. Wir wenden die Methode um mutagenen und selektive Einschr&auml;nkung Parameter in Datens&auml;tzen der Protein-kodierenden Gene entnommen die Genomsequenzen von Primaten, Murids und Fleischfresser zu sch&auml;tzen. Sch&auml;tzungen der CpG-Hypermutability sind wesentlich h&ouml;her bei Primaten als Murids und Fleischfresser. Nonsynonymous Website selektive Einschr&auml;nkung ist wesentlich h&ouml;her in Murids und Beutegreifer als Primaten und autosomal nonsynonymous Einschr&auml;nkung ist h&ouml;her als X-Chromsome Einschr&auml;nkung in allen Taxa. In Primaten, Beutegreifer und M&auml;useartige erkennen wir erhebliche selektive Einschr&auml;nkung an Synonym Standorten. Synonym Website selektive Einschr&auml;nkung ist schw&auml;chste in Murids, ein &uuml;berraschendes Ergebnis, man bedenkt, dass die Muriden wirksame Bev&ouml;lkerung wahrscheinlich erheblich h&ouml;her sein als die anderen beiden Taxa sind.

Vorliegen einer Mutation Parameter und selektive Einschr&auml;nkung in S&auml;ugetieren kodierende Sequenzen durch ungef&auml;hre Bayes-Berechnung.

&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x5BF9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD1;&#x4F3C;&#x8D1D;&#x53F6;&#x65AF;&#x8BA1;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5; &#xFF08;ABC&#xFF09; &#x540C;&#x65F6;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7A81;&#x53D8;&#x53C2;&#x6570;&#x548C;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5206;&#x6B67;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x4E0A;&#x7684;&#x63A8;&#x7406;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684;&#x663E;&#x5F0F;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#x592E;&#x4EBA;&#x6C11;&#x653F;&#x5E9C; hypermutability &#x548C;&#x7ECF;&#x6D4E;&#x8F6C;&#x578B;&#x4E0E;&#x98A0;&#x6362;&#x7A81;&#x53D8;&#x504F;&#x89C1;&#x4EE5;&#x53CA;&#x7ECF;&#x8425;&#x540C;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8;&#x548C;&#x7F51;&#x7AD9;&#x4E0A;&#x7684;&#x6D88;&#x6781;&#x548C;&#x79EF;&#x6781;&#x9009;&#x62E9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC4;&#x4F30;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x6A21;&#x62DF;&#x54EA;&#x4E9B;&#x771F;&#x6B63;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x53C2;&#x6570;&#x503C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x548C;&#x663E;&#x793A;&#x5B83;&#x4EA7;&#x751F;&#x5408;&#x7406;&#x4E0D;&#x504F;&#x4E0D;&#x501A;&#x7684;&#x53C2;&#x6570;&#x4F30;&#x8BA1;&#xFF0C;&#x53EA;&#x8981;&#x5E8F;&#x5217;&#x5E76;&#x4E0D;&#x592A;&#x77ED;&#x5E8F;&#x5217;&#x5DEE;&#x5F02;&#x4E0D;&#x662F;&#x592A;&#x4F4E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A; ABC &#x5185;&#x7684;&#x4E8C;&#x6B21;&#x56DE;&#x5F52;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x7EBF;&#x6027;&#x56DE;&#x5F52;&#xFF0C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x6539;&#x8FDB;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8BE5;&#x52A0;&#x6743;&#x7684;&#x56DE;&#x5F52;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x5C0F;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5E94;&#x7528;&#x8981;&#x5728;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x3001; &#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#xFF0C;&#x548C;&#x98DF;&#x8089;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x548C;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x53C2;&#x6570;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4E2D;&#x592E;&#x4EBA;&#x6C11;&#x653F;&#x5E9C; hypermutability &#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x662F;&#x5728;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x4E2D;&#x5927;&#x5927;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#x548C;&#x98DF;&#x8089;&#x52A8;&#x7269;&#x3002;&#x7A81;&#x53D8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x662F;&#x5728;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#x548C;&#x98DF;&#x8089;&#x52A8;&#x7269;&#x5927;&#x5927;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#xFF0C;&#x548C;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x663E;&#x6027;&#x9057;&#x4F20;&#x7A81;&#x53D8;&#x7EA6;&#x675F;&#x662F;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x6240;&#x6709;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4E2D;&#x7684; X &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x7EA6;&#x675F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x6D4B;&#x91CD;&#x5927;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x540C;&#x4E49;&#x8BCD;&#x5730;&#x76D8;&#x5728;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x3001; &#x8089;&#x98DF;&#x52A8;&#x7269;&#x548C; murid &#x556E;&#x9F7F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x3002;&#x540C;&#x4E49;&#x8BCD;&#x7F51;&#x7AD9;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x662F;&#x7EC4;&#x9F20;&#x79D1;&#x5316;&#x77F3;&#xFF0C;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x60CA;&#x8BB6;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#xFF0C;&#x8003;&#x8651; murid &#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x8FDC;&#x8FDC;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4E2D;&#x6700;&#x5F31;&#x7684;&#x3002;

&#x7A81;&#x53D8;&#x53C2;&#x6570;&#x548C;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x7EA6;&#x675F;&#x63A8;&#x7406;&#x7684;&#x8FD1;&#x4F3C;&#x8D1D;&#x53F6;&#x65AF;&#x8BA1;&#x7B97;&#x3002;

We develop an inference method that uses approximate Bayesian computation (ABC) to simultaneously estimate mutational parameters and selective constraint on the basis of nucleotide divergence for protein-coding genes between pairs of species. Our simulations explicitly model CpG hypermutability and transition vs. transversion mutational biases along with negative and positive selection operating on synonymous and nonsynonymous sites. We evaluate the method by simulations in which true mean parameter values are known and show that it produces reasonably unbiased parameter estimates as long as sequences are not too short and sequence divergence is not too low. We show that the use of quadratic regression within ABC offers an improvement over linear regression, but that weighted regression has little impact on the efficiency of the procedure. We apply the method to estimate mutational and selective constraint parameters in data sets of protein-coding genes extracted from the genome sequences of primates, murids, and carnivores. Estimates of CpG hypermutability are substantially higher in primates than murids and carnivores. Nonsynonymous site selective constraint is substantially higher in murids and carnivores than primates, and autosomal nonsynonymous constraint is higher than X-chromsome constraint in all taxa. We detect significant selective constraint at synonymous sites in primates, carnivores, and murid rodents. Synonymous site selective constraint is weakest in murids, a surprising result, considering that murid effective population sizes are likely to be considerably higher than the other two taxa.

Inference of mutation parameters and selective constraint in mammalian coding sequences by approximate Bayesian computation.

Nous d&eacute;veloppons une m&eacute;thode d&#39;inf&eacute;rence qui utilise approximative calcul bay&eacute;sien (ABC) pour &eacute;valuer simultan&eacute;ment les param&egrave;tres mutationnels et contrainte s&eacute;lective sur la base de la divergence des nucl&eacute;otides des g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines entre paires d&#39;esp&egrave;ces. Nos simulations mod&egrave;le explicitement CpG HYPERMUTABILIT&Eacute; et transition vs transversion biais mutationnel ainsi que de la s&eacute;lection n&eacute;gative et positive, op&eacute;rant sur des sites synonymes et non-synonymes. Nous &eacute;valuons la m&eacute;thode par simulation dans laquelle moyenne vraie valeurs de param&egrave;tre sont connues et montrent qu&#39;elle produit des estimations raisonnablement sans biais aussi longtemps que les s&eacute;quences ne sont pas trop courts et la divergence des s&eacute;quences n&#39;est pas trop faible. Nous montrons que l&#39;utilisation de r&eacute;gression quadratique dans ABC offre une am&eacute;lioration sur la r&eacute;gression lin&eacute;aire, mais cette r&eacute;gression pond&eacute;r&eacute;e a peu d&#39;impact sur l&#39;efficacit&eacute; de la proc&eacute;dure. Nous appliquons la m&eacute;thode pour estimer les param&egrave;tres de contrainte mutationnel et s&eacute;lective dans les ensembles de donn&eacute;es de g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines extraites les s&eacute;quences du g&eacute;nome de primates, les mourides et carnivores. Estimations de CpG HYPERMUTABILIT&Eacute; sont sensiblement plus &eacute;lev&eacute;es chez les primates que les mourides et les carnivores. Site non-synonyme contrainte s&eacute;lective est sensiblement plus &eacute;lev&eacute; dans les mourides et les carnivores que les primates, et contrainte non-synonymes autosomique est sup&eacute;rieure &agrave; la contrainte de X-chromosome chez tous les taxons. Nous d&eacute;tectons importante contrainte s&eacute;lective aux sites synonymes de primates, les carnivores et les rongeurs murid&eacute;s. Site synonyme contrainte s&eacute;lective est plus faible dans les mourides, un r&eacute;sultat surprenant, &eacute;tant donn&eacute; que la taille effective des populations mourides est susceptible d&#39;&ecirc;tre consid&eacute;rablement plus &eacute;lev&eacute; que les deux autres taxons.

Inf&eacute;rence des param&egrave;tres de la mutation et de contrainte s&eacute;lective dans les s&eacute;quences codantes mammif&egrave;res par calcul approximatif de bay&eacute;sien.

Sviluppiamo un metodo di inferenza che utilizza vincolo selettivo sulla base della divergenza nucleotidica e approssimativo calcolo bayesiano (ABC) per stimare simultaneamente i parametri mutazionali di geni codificanti proteine tra coppie di specie. Nostre simulazioni modello esplicitamente CpG hypermutability e transizione vs transversion mutazionale biases insieme a selezione negativa e positiva sui siti nonsynonymous e sinonimi di funzionamento. Valutiamo il metodo di simulazioni che significa vero i valori dei parametri sono noti e mostrano che produce stime dei parametri ragionevolmente imparziale fintanto che non sono troppo brevi sequenze e divergenza di sequenza non &egrave; troppo basso. Ci mostrano che l&#39;uso di Regressione quadratica entro ABC offre un miglioramento sulla regressione lineare, ma tale regressione ponderata ha poco impatto sull&#39;efficienza della procedura. Applichiamo il metodo per stimare i parametri di vincolo mutazionale e selettiva in insiemi di dati di geni codificanti proteine estratte dalle sequenze del genoma dei primati, muridi e carnivori. Le stime di CpG hypermutability sono sostanzialmente superiori nei primati muridi e carnivori. Sito nonsynonymous vincolo selettivo &egrave; sostanzialmente superiore in muridi e carnivori primati e vincolo nonsynonymous autosomica &egrave; superiore a X-chromsome vincolo in tutti i taxa. Rileviamo significativo vincolo selettivo presso siti sinonimi di primati, carnivori e roditori murid. Sito sinonimo vincolo selettivo &egrave; pi&ugrave; debole di muridi, un risultato sorprendente, considerando che dimensioni effettiva popolazione murid sono considerevolmente pi&ugrave; elevati rispetto le altri due taxa.

Inferenza dei parametri di mutazione e vincolo selettivo in mammiferi sequenze codificanti da approssimativo calcolo bayesiano.

&#x8FD1;&#x4F3C;&#x306E;&#x30D9;&#x30A4;&#x30BA;&#x8A08;&#x7B97; &#xFF08;ABC&#xFF09; &#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; &#x30C0;&#x30A4;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30A7;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7A2E;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x63A8;&#x8AD6;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x660E;&#x793A;&#x7684;&#x306B; CpG hypermutability &#x3068;&#x610F;&#x7FA9;&#x5909;&#x7570;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3068;&#x540C;&#x7FA9;&#x3068;&#x55C5;&#x899A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x52D5;&#x4F5C;&#x6B63;&#x3068;&#x8CA0;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x5BFE;&#x9077;&#x79FB;&#x3092;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x771F;&#x306E;&#x610F;&#x5473;&#x3067;&#x306E;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x5024;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x8DB3;&#x308A;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x767A;&#x6563;&#x304C;&#x4F4E;&#x3059;&#x304E;&#x308B;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x3044;&#x9650;&#x308A;&#x3001;&#x5408;&#x7406;&#x7684;&#x306B;&#x516C;&#x5E73;&#x306A;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x63A8;&#x5B9A;&#x5024;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;ABC &#x5185;&#x4E8C;&#x6B21;&#x56DE;&#x5E30;&#x5F0F;&#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x6539;&#x5584;&#x7DDA;&#x5F62;&#x56DE;&#x5E30;&#x4E0A;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x91CD;&#x307F;&#x4ED8;&#x3051;&#x56DE;&#x5E30;&#x3001;&#x624B;&#x9806;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x3068;&#x8089;&#x98DF;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x62D8;&#x675F;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;CpG hypermutability &#x306E;&#x898B;&#x7A4D;&#x3082;&#x308A;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x985E;&#x8089;&#x98DF;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x3067;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x55C5;&#x899A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x304C;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x985E;&#x8089;&#x98DF;&#x52D5;&#x7269;&#x3067;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x512A;&#x6027;&#x55C5;&#x899A;&#x5236;&#x7D04;&#x304C; X &#x67D3;&#x8272;&#x5236;&#x7D04;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x3001;&#x8089;&#x98DF;&#x52D5;&#x7269;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x91CE;&#x9F20;&#x306B;&#x540C;&#x7FA9;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x540C;&#x7FA9;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x306F;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x306D;&#x305A;&#x307F;&#x985E;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x304C;&#x4ED6;&#x306E; 2 &#x7FA4;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x9AD8;&#x304F;&#x306A;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x8003;&#x3048;&#x308B;&#x3001;&#x610F;&#x5916;&#x306A;&#x7D50;&#x679C;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x5F31;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3068;&#x8FD1;&#x4F3C;&#x306E;&#x30D9;&#x30A4;&#x30BA;&#x8A08;&#x7B97;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x5236;&#x7D04;&#x306E;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC; &#xC885; &#xC30D; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB300;&#xB7B5;&#xC801;&#xC778; &#xBCA0;&#xC774;&#xC9C0;&#xC548; &#xACC4;&#xC0B0; (ABC)&#xB97C; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; mutational &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xCD94;&#xC815; &#xBC0F; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xCC28;&#xC774; &#xADFC;&#xAC70; &#xD558; &#xC5EC; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xCD94; &#xBC29;&#xBC95; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xBA85;&#xC2DC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xBAA8;&#xB378; CpG hypermutability &#xBC0F; transversion mutational &#xD3B8;&#xACAC; &#xB3D9;&#xC758;&#xC5B4;&#xC640; nonsynonymous &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B4;&#xC601; &#xD558;&#xB294; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC120;&#xD0DD; &#xD568;&#xAED8; &#xB300; &#xC804;&#xD658;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC9C4;&#xC815;&#xD55C; &#xC758;&#xBBF8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xAC12; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xB108;&#xBB34; &#xC9E7;&#xC740; &#xD558; &#xACE0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC1C;&#xC0B0;&#xC740; &#xB108;&#xBB34; &#xB0AE;&#xC740; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xD569;&#xB9AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACF5;&#xD3C9;&#xD55C; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xCD94;&#xC815; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xD45C;&#xC2DC; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xD558; &#xC5EC; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBCF4;&#xC5EC; ABC&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xCC28; &#xD68C;&#xADC0;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC120;&#xD615; &#xD68C;&#xADC0; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xAC1C;&#xC120;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8;&#xAC00; &#xC911;&#xB41C; &#xD68C;&#xADC0; &#xD504;&#xB85C;&#xC2DC;&#xC800;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xC9C0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xAC00; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958;, murids, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC721; &#xC2DD; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; mutational &#xBC0F; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xCD94;&#xC815; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. CpG hypermutability&#xC758; &#xACAC;&#xC801;&#xC740; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; murids&#xC640; &#xC721; &#xC2DD; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB192;&#xC740; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Nonsynonymous &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; murids&#xC640; &#xC721; &#xC2DD; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;, &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB192;&#xC740; &#xC774;&#xBA70; &#xC0C1; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; nonsynonymous &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74;&#xC774; &#xBAA8;&#xB4E0; taxa&#xC5D0; X chromsome &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958;, &#xC721; &#xC2DD;, murid &#xC124;&#xCE58;&#xB958;&#xC5D0; &#xB3D9;&#xC758;&#xC5B4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74; &#xAC10;&#xC9C0;. &#xB3D9;&#xC758;&#xC5B4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D;&#xC740; murids, murid &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; taxa &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB192;&#xC744; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xACE0;&#xB824; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B4; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0; &#xC57D;&#xD55C;.

&#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218; &#xBC0F; &#xB300;&#xB7B5;&#xC801;&#xC778; &#xBCA0;&#xC774;&#xC9C0;&#xC548; &#xACC4;&#xC0B0; &#xD558; &#xC5EC; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801; &#xC81C;&#xC57D; &#xC870;&#xAC74;&#xC744; &#xC720;&#xCD94; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Desarrollamos un m&eacute;todo de inferencia que usa c&oacute;mputo aproximado de bayesiano (ABC) al mismo tiempo estimar par&aacute;metros mutacionales y restricci&oacute;n selectiva sobre la base de divergencia de nucle&oacute;tidos de genes prote&iacute;na-codificaci&oacute;n entre pares de especies. Nuestras simulaciones modelo expl&iacute;citamente HIPERMUTABILIDAD CpG y transici&oacute;n vs sesgos mutacional transversi&oacute;n junto con selecci&oacute;n negativa y positiva en sitios sin&oacute;nimos y nonsynonymous. Evaluamos el m&eacute;todo por simulaciones en que hacen verdadero valores de los par&aacute;metros son conocidos y mostrar que produce razonablemente imparcial par&aacute;metros estimados como secuencias no son demasiado cortas y divergencia de la secuencia no es demasiado baja. Mostramos que el uso de regresi&oacute;n cuadr&aacute;tica en ABC ofrece una mejora sobre la regresi&oacute;n lineal, pero esa regresi&oacute;n ponderada tiene poco impacto en la eficacia del procedimiento. Aplicamos el m&eacute;todo para estimar par&aacute;metros de restricci&oacute;n selectiva y mutacional en conjuntos de datos de genes prote&iacute;na-codificaci&oacute;n extra&iacute;dos de las secuencias del genoma de primates, m&uacute;ridos y carn&iacute;voros. Estimaciones de CpG HIPERMUTABILIDAD son sustancialmente superiores en primates m&uacute;ridos y carn&iacute;voros. Restricci&oacute;n selectiva del sitio nonsynonymous es substancialmente m&aacute;s alta en m&uacute;ridos y carn&iacute;voros de primates, y un autosoma restricci&oacute;n nonsynonymous es superior a X-chromsome restricci&oacute;n en todos los taxones. Detectamos importante restricci&oacute;n selectiva en sitios Sin&oacute;nimos en primates, carn&iacute;voros y roedores murido. Restricci&oacute;n selectiva de sitio sin&oacute;nimo es m&aacute;s d&eacute;bil en m&uacute;ridos, un resultado sorprendente, teniendo en cuenta que tama&ntilde;os de poblaci&oacute;n efectiva murido suelen ser considerablemente m&aacute;s alto que los otros dos taxa.

Inferencia de par&aacute;metros de mutaci&oacute;n y restricci&oacute;n selectiva en secuencias de codificaci&oacute;n mam&iacute;feras por el c&oacute;mputo aproximado de bayesiano.

Lel Eory

MRC Human Genetics Unit,
MRC IGMM,
MRC Human Genetics Unit, MRC IGMM

University of Edinburgh

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

Lel Eory

MRC Human Genetics Unit,MRC IGMM,MRC Human Genetics Unit, MRC IGMM

University of Edinburgh

The Use of Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) to Explore Protein Expression Variation within Individual Renal Cell Cancers

MRC Human Genetics Unit,
MRC IGMM,
MRC Human Genetics Unit, MRC IGMM