In eukaryotischen Zellen wird neu transkribierte mRNA als Vorläufer-mRNA oder Prä-mRNA bezeichnet. Jede Prä-mRNA erhält zwei wichtige Modifikationen. Einer am 5' Ende des Moleküls, der als Kappe bezeichnet wird, und einer am 3' Ende des Moleküls, der als Schwanz bezeichnet wird.

Die Fünf-Prim-Kappe besteht aus einem einzelnen 7-Methylguanosin, einem modifizierten Guaninnukleotid, das über eine Triphosphatbindung an das erste Nukleotid der Prä-mRNA gebunden ist. Eine spezifische Sequenz von Nukleotiden gegen Ende des Prä-mRNA-Transkripts, üblicherweise A, A, U, A, A, A, genannt Polyadenylierungssignal, rekrutiert ein RNA-Bindungsprotein und steuert ein Enzym, eine Endonuklease, um das Transkript am Drei-Prim-Ende der Signalsequenz zu schneiden. Ein anderes Enzym, die Polyadenylatpolymerase, fügt dann eine lange Reihe von Adeninnukleotiden (bis zu 200) an das Drei-Prim-Ende des Transkripts an.

Die 5' Kappe und der 3' Poly-A-Schwanz schützen die Enden des Transkripts vor Abbau. Der 3' Schwanz signalisiert auch dem Transport von Molekülen, dass das mRNA-Transkript bereit ist, den Zellkern zu verlassen. Außerhalb des Zellkerns hilft die 5' Kappe dem Ribosom, sich an das Transkript zu binden, damit es mit der Translation beginnen kann. Die letzte wesentliche Änderung an einem RNA-Transkript ist die Entfernung von nicht-kodierenden Sequenzen, die als Introns bezeichnet werden. Ein Komplex aus Proteinen und RNA, genannt Spleißosom, sucht nach Markern an den Enden der Introns, schneidet die Introns aus dem Transkript heraus und fügt die verbleibenden Exons zusammen, die Sequenzen, die für Proteine kodieren. Exon - Exon