Em células eucarióticas, o mRNA recém-transcrito é chamado de mRNA precursor, ou pré-mRNA. Cada pré-mRNA recebe duas modificações importantes. Um na extremidade cinco-prime da molécula, chamada a tampa cap, e outro na extremidade de três prime da molécula, chamada de cauda.

A cap de cinco prime é composta de uma única 7-metilguanosina, um nucleotídeo de guanina modificado, que está ligado ao primeiro nucleotídeo do pré-mRNA por uma ligação trifosfato. Uma sequência específica de nucleotídeos em direção ao final do pré-mRNA transcrito, geralmente A, A, U, A, A, A, chamado de sinal de poliadenilação, que recruta uma proteína de ligação de RNA, e dirige uma enzima, uma endonuclease, para cortar a transcrição na extremidade dos três primes da sequência de sinal. Uma enzima diferente, a poliadenilato polimerase, em seguida, adiciona uma longa cadeia de nucleotídeos de adenina, até 200, para o final dos três primes da transcrição.

O limite dos cinco primes e a cauda poli-A de três prime protege as extremidades da transcrição da degradação. A cauda de três primes também sinaliza para as moléculas de transporte que a transcrição do mRNA está pronta para deixar o núcleo. Fora do núcleo, o limite de cinco primes ajuda o ribossoma a se anexar para a transcrição, então pode começar a tradução.

A última grande mudança para uma transcrição de RNA é a remoção de sequências não codificantes chamadas intrões. Um complexo de proteínas e RNA, chamado de spliceossoma, procura por marcadores no final dos intrões, corta os intrões da transcrição, e une os exões restantes, os quais são as sequências desse código para proteínas.