Bei der Massenspektroskopie werden Amine fragmentiert, wobei Ausgangsionen mit ungeraden Molekülgewichten entstehen. Dieses beobachtete Massenspektrum folgt der Stickstoffregel: Ein Molekül mit einer ungeraden Anzahl an Stickstoffatomen erzeugt ein Mutterion mit einem ungeraden Molekulargewicht. Die restlichen Bruchstücke haben eine gleichmäßige Masse.
Amine werden durch α-Spaltung fragmentiert, wodurch stickstoffhaltige Kationen – Iminiumionen – und Alkylradikale entstehen. Massenspektren aromatischer und zyklischer aliphatischer Amine zeigen starke Molekülionenpeaks, azyklische aliphatische Amine zeigen jedoch schwächere Molekülionenpeaks.
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