Bei der Ionisierung erzeugen aromatische Verbindungen ein Molekülion, das als markanter Peak in ihren Massenspektren beobachtet wird. Beispielsweise erscheint der Molekülionenpeak für Benzol bei einem Masse-zu-Ladung-Verhältnis von 78, während Toluol bei einem Masse-zu-Ladung-Verhältnis von 92 beobachtet wird. Das Molekülion Benzol ist hochstabil und unterliegt keiner weiteren Fragmentierung, da eine erhebliche Energiemenge erforderlich ist, um die aromatische Stabilität des Benzolrings zu zerstören. Im Gegensatz dazu kann das Molekülion von alkylsubstituierten Benzolen wie Toluol fragmentiert werden, indem ein Wasserstoffatom verloren geht, wodurch ein benzylisches Carbokation entsteht. Dieses Carbokation kann sich neu anordnen und das resonanzstabilisierte Tropyliumkation bilden, das in den Massenspektren als starker Peak erscheint. Im Fall von Toluol wird dieser starke Peak bei einem Masse-zu-Ladung-Verhältnis von 91 beobachtet.
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