Assays für die spezifischen Wachstumsrate und Zelle-Bindungsfähigkeit Rotavirus

Zusammenfassung

Hier präsentieren wir Ihnen zwei Protokolle, einer für die Messung der spezifischen Wachstumsrate und die andere für die Zelle-Bindungsfähigkeit Rotavirus mit dem Plaque-Assay und RT-qPCR. Diese Protokolle sind für die Bestätigung der unterschiedlichen Phänotypen Rotavirus-Sorten zur Verfügung.

Zusammenfassung

Rotavirus ist der wichtigste ätiologische Faktor für infantile Durchfall. Es ist ein RNA-Virus doppelsträngige (ds) und bildet eine genetisch vielfältige Bevölkerung, bekannt als Quasispezies aufgrund ihrer hohen Mutationsrate. Hier beschreiben wir, wie zur Messung der spezifischen Wachstumsrate und die Zelle-Bindungsfähigkeit Rotavirus als seine Phänotypen. Rotavirus ist behandelt mit Trypsin-Rezeptor der Zelle erkennen und dann in MA104 Zellkultur geimpft. Der Überstand, einschließlich virale Stammarten ist zeitweise gesammelt. Die Plaque-Assay dient zum Bestätigen der Virustiter (Plaque-bildende Einheit: Pfu) jeden gesammelten überstand. Die spezifischen Wachstumsrate wird durch den Einbau von Zeit-Kursdaten von Pfu/mL auf das modifizierte Modell Gompertz geschätzt. In der Zelle-Bindung-Assay sind MA104 Zellen in einer 24-Well-Platte mit Rotavirus infiziert und für 90 min bei 4 ° C für Rotaviren Adsorption an Zellrezeptoren inkubiert. Eine niedrige Temperatur hemmt Rotaviren vor der Invasion der Wirtszelle. Nach dem Waschen um ungebundene Virionen zu entfernen, wird die RNA Virionen befestigt an Zellrezeptoren gefolgt von cDNA Synthese und Reverse Transkription quantitative PCR (RT-qPCR) entzogen. Diese Protokolle können angewendet werden, für die Untersuchung der phänotypischen Unterschiede zwischen den Virenstämmen.

Einleitung

RNA-Viren bilden eine genetisch vielfältige Bevölkerung, bekannt als Quasispezies¹, wegen deren Mutationsrate,² , der höher ist als die DNA-basierten Organismen. Bevölkerungsstruktur in Quasispezies ist die Bevölkerung genetische Faktoren, wie Mutation, Selektionsdruck und Gendrift betroffen. Spannungen in einem einzigen genetischen Abstammung können unterschiedliche Phänotypen wegen der genetischen Vielfalt zeigen. Rachmadi Et Al. zeigte beispielsweise, dass freies Chlor Empfindlichkeit anders unter murinen Norovirus Stämmen war, die aus einem Plaque-gereinigte Stamm S7-PP3³entstanden.

Rotaviren (Gattung Rotavirus in Familie Reoviridae) sind unbehüllte ds RNA-Viren bilden Quasispezies². Neben der oben beschriebenen Bevölkerung Erbfaktoren betrifft Genom Reassortment die genetische Vielfalt der Rotavirus, da dieses Virus 11 segmentierten Genome⁴hat. Rotaviren verursachen Durchfall vor allem bei Säuglingen und Säuglingssterblichkeit im Jahr 2013 wurden über 250.000⁵geschätzt. Zwei Impfstoffe sind in mehreren Ländern im Einsatz und haben sich als wirksam bei der Verringerung der Belastung von Rotavirus-Infektion, aber einige Forscher diskutieren jetzt die Anwesenheit von Impfstoff-Flucht durch Mutation entstehende Variationen^{6,7,8, 9}. die Charakterisierung dieser Mutanten ist wichtig, die Impfstoff-Escape-Mechanismen zu verstehen.

Hier präsentieren wir Ihnen Protokolle für zwei Tests zur Bewertung der spezifischen Wachstumsrate und Zelle-Bindungsfähigkeit Rotavirus um die phänotypische Unterschiede zwischen den Sorten/Mutanten zu verstehen. Die Wachstumskurve der Rotaviren wurde in vorherigen Berichten¹⁰vorgestellt, aber Wachstumsparameter wie spezifischen Wachstumsrate sind in der Regel nicht gemessen. Eine Zelle-Bindung-Assay durchgeführt umfasst bisher immunofluorescent staining Technik¹¹. Wir zeigen hier einfachere Methoden der Nutzung des Plaque-Assay und RT-qPCR, die uns erlauben, den Unterschied in der viralen Phänotypen quantitativ zu diskutieren. Diese Methoden eignen sich für die Charakterisierung der Rotavirus Phänotypen und können schließlich dazu beitragen, den Bau neuer Impfstoffe für mehrere Genotypen.

Protokoll

1. mittlere Vorbereitung

1. Um ein Zellkulturmedium (Serum-haltigen Mittel) zu machen, fügen Sie 4,7 g des Adlers MEM Pulver zu 500 mL destilliertem Wasser hinzu. Autoklaven bei 120 ° C für 20 Minuten und lassen Sie die mittlere auf Zimmertemperatur abkühlen. Hinzufügen von fetalen Rinderserum (Endkonzentration: 10 %), L-Glutamin (2 mM), Penicillin Streptomycin (1 %) und Natriumbicarbonat (1,125 g/L). Lagerung bei 4 ° C für 1 Monat.
2. Bereiten Sie das serumfreien Medium für die Ausbreitung des Virus wie in Schritt 1.1, aber ohne die fötalen Rinderserum beschrieben. Lagerung bei 4 ° C für 1 Monat.
3. Sterilisieren Sie für die Plaque-Assay 100 mL des Adlers MEM Medium (Phenol-rot-haltigen) durch Autoklavieren. Lassen Sie das Medium auf Raumtemperatur abkühlen, und fügen Sie dann 2 % FBS, 2 % Penicillin-Streptomycin, 4 mM L-Glutamin und 2,25 g/L Nahco3₃. Shop bei 4 ° C.
4. Sterilisieren Sie für die Plaque-Assay 100 mL 2,5 % Agarose-Gel von Autoklaven. Bereiten Sie das Gel am selben Tag, den die Plaque-Assay durchgeführt wird. Speichern Sie das Gel bei 47 ° C im Wasserbad.

2. die Zellkultur

1. Ein Cryotube mit MA104-Zell-Linien aus dem Flüssigstickstoff-Behälter zu entfernen. Legen Sie die Cryotube in einem Wasserbad bei 37 ° C Auftauen der Zellen. 20 mL Serum-haltigen Medium in einem T75 Kolben 1 mL Zellsuspension hinzufügen. 2 oder 3 Tage inkubieren Sie die Küvette in einem Inkubator bei 37 ° C und 5 % CO₂ .
   Hinweis: Die endgültige Zellkonzentration in der Suspension ist etwa 10⁶ Zellen/mL.
2. Sobald die Zelle Monolage 80 % Konfluenz erreicht, den Überstand zu entfernen und Waschen der Zellen zweimal mit 5 mL 1 x Dulbeccos PBS (Phosphat gepufferte Kochsalzlösung).
3. 4 mL 0,05 % Trypsin-EDTA in den Kolben und Inkubation bei 37 ° C für 5 min um die Zellen aus der Flasche zu lösen. Übertragen Sie die Zellsuspension auf eine 15 mL-Tube und Zentrifuge bei 190 X g für 5 min.
4. Den Überstand verwerfen und Aufschwemmen der gebeizte Zellen (10⁶ ) in 1 mL Serum-haltigen Mittel bereit in 1.1. Die resuspendierte Zellen bei 100fach verdünnt mit dem Medium.
5. Geben Sie 3 mL verdünnter Zellsuspension in jedem 6-Brunnen (für die Plaque-Assay) oder 24-Well-Platten (für die Zelle-Bindung-Assay), beziehungsweise. 2 oder 3 Tage inkubieren Sie die Platten in einem Inkubator bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf.
   Hinweis: T75 Kolben eignet sich der Zeitverlauf Proben zu sammeln, weil das Probenvolumen des Überstands (1 mL) im Vergleich zum Gesamtvolumen überstand (30 mL) ignoriert werden kann. Unterdessen ist die infektiöse Titer des Virus in jedem Überstand der Plaque-Assay gemessen die in der Regel durchgeführt wird, mit einer 6-Well-Platte. Eine 24-Well-Platte ist für die Zelle-Bindung-Assay genutzt werden.

3. spezifische Wachstumsrate von Rotavirus

Hinweis: Rhesus-Rotavirus (RRV, Genotyp: G3P[3]) ist in diesem Protokoll verwendet, weil RRV schnell und einfach Plaques mit MA104 Zellen bilden kann.

1. Ort ein Röhrchen mit 1 mL der Suspension Virus (10⁷ Pfu/mL) in einem serumfreien Medium gespeichert bei-80 ° C in einem Wasserbad bei 37 ° C Auftauen. 1 mL der Virus Aussetzung (endgültige Trypsin Konzentration ist 4 µg/mL) und dann Wirbel fügen Sie 1 µg/µL Trypsin aus Schweinen Bauchspeicheldrüse hinzu. Inkubieren Sie die Virus-Aussetzung bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf für 30 min.
   Hinweis: Trypsin aus anderen Quellen verwendet werden, aber die Wirkung auf Rotaviren Infektiosität muss vorab getestet werden.
2. Verdünnen Sie die aktivierte Virus-Suspension mit einem serumfreien Medium die Multiplizität der Infektion (MOI) auf 0,1 Pfu/Zelle anpassen.
3. Hinzufügen 1 mL verdünnten Virus Suspension MA104 Zelllinien (80 % Zusammenfluss) in einem T75 Kolben 3 Tage nach der Beschichtung (2.1) Zelle, Inkubation bei 37 ° C für 1 h und schütteln der Flasche alle 15 min.
4. Fügen Sie dann 30 mL 0,13 µg/mL Trypsin aus Schweinen Bauchspeicheldrüse in den Kolben-haltigem serumfreien Medium. Inkubieren Sie die Flasche bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf.
5. Sammeln Sie 1 mL der Überstand in den Kolben bei 0, 6, 12, 18, 24 und 36 (bzw. 48) h nach der Infektion (Hpi) und ersetzen Sie den Überstand in den 1,5 mL Röhrchen mit einer Pipette zu.
6. Das Einfrieren (-80 ° C) führen und bei 37 ° C Zyklus dreimal in einem Wasserbad schmelzen. Zentrifugieren Sie die Rohre bei 12.600 X g für 10 min bei 4 ° C. Den Überstand zu sammeln.
7. Filtern des Überstands mit einem destillierten 0,2 µm-Filter, die Zelle Bruchteil zu entfernen. Lagern Sie der Überstand-80 ° C im Kühlschrank, bis die Plaque-Assay für die Messung der Virustiter zuweisen.
8. Legen Sie die Röhrchen mit den gesammelten überstand (Schritt 3.5) in einem Wasserbad bei 37 ° C. Eine 1 mL 10-divisibel verdünnten Probe 4 µg/mL Trypsin hinzu und bei 37 ° C für 30 min inkubieren.
9. Während der 30 min Inkubation in 3,8 zunächst die Plaque-Assay für die Messung der Virustiter von Zeit Kurs Proben (Schritt 3,5) erreicht, waschen Sie die MA104 Zellen zweimal in einem 6-Well-Platte mit 2 mL 1 X PBS nach dem Entfernen der Serum-haltigen Medium.
10. Seriell Verdünnen der inkubierten Proben mit einem serumfreien Medium und 1 mL der verdünnten Probe in jede Vertiefung zu impfen. Brüten Sie die Platte für 90 min bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigten Dampf, und schütteln Sie die Platte alle 15 min.
11. Entfernen Sie nach der Inkubation das Inokulum aus 6-Well-Platte. Das Medium vorbereitet (Schritt 1.3) fügen Sie 4 µg/mL Trypsin hinzu. Geben Sie sanft aber sofort 3 mL des Mediums gemischt mit Agarosegel (das Verhältnis ist 1:1) in jedem.
12. Lassen bei Raumtemperatur für mehr als 10 min (bis das Agarosegel fest wird) und inkubieren Sie 2 Tage bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf.
    Hinweis: Gießen Sie das Medium gemischt mit Agar vom Rand des Brunnens.
13. Fügen Sie 1 mL der 0,015 % neutrale rote Lösung verdünnt mit 1 X PBS in jede Vertiefung und Inkubation bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf. Entfernen des Farbstoffs nach 3 h und 1 Tag bei 37 ° C und 5 % CO₂ unter der gesättigte Dampf inkubieren.
14. Am nächsten Tag, die Anzahl der Tafeln in jede Vertiefung und berechnen der Pfu/mL. Überprüfen Sie sorgfältig die Zelle Zusammenfluss vor der Plaque-Assay um die Plakette Zahlen zu gewährleisten.

(4) Zelle-Bindung-Assay

Hinweis: Dieses Protokoll basiert auf der Gilling Bericht¹³.

1. Fügen Sie 1 µg/µL Trypsin aus Schweinen Bauchspeicheldrüse zu 1 mL des Virus Aussetzung (endgültige Trypsin Konzentration ist 4 µg/mL) und dann Wirbel hinzu (auf die gleiche Weise wie in 2.1). Verdünnen Sie die Virus-Suspension mit einem serumfreien Medium MOI 1 Pfu/Zelle anpassen.
2. Dann waschen Sie die MA104 Zellen zweimal auf 24-Well-Platte mit 1 ml Tris gepufferte Kochsalzlösung (TBS; 2,53 g/L Tris-base, 6,54 g/L NaCl, 0,3 g/L KCl, 0,046 g/l Na₂HPO₄ , 1 L mit destilliertem Wasser zu erreichen).
3. 100 µL der verdünnten Virus Aussetzung in jede Vertiefung einer 24-Well-Platte mit Zellen zu impfen, und bei 4 ° C für 90 min, mit sanft schütteln alle 15 min inkubieren.
4. Das Inokulum Virus zu entfernen und Waschen der Zellen zweimal mit 1 mL TBS. Um die doppelsträngige RNA (ds) das Rotavirus zu extrahieren, hinzufügen, 140 µL 1 x PBS und 560 µL RNA-Extraktionspuffer (siehe Tabelle der Materialien) in jede Vertiefung. Mischen Sie angemessen mit einer Pipette (über 10 X oder bis der Dunst oder Verunreinigungen der Zellen in den Puffer nicht gesehen werden kann).
5. Legen Sie nach der Genesung der doppelte gestrandeten RNS (DsRNA) laut Protokoll des Herstellers die 1,5 mL Röhrchen mit der DsRNA-Extrakt auf einem Heizblock bei 95 ° C für 5 min zu denaturieren DsRNA, und dann sofort die Rohre auf Eis legen und inkubieren Sie für mehr als 2 min.
6. Synthese die cDNA mithilfe einer reversen Transkription kit (siehe Tabelle der Materialien). Ein PCR-Röhrchen mit 16 µl Gemisch (Tabelle 1) 4 µL denaturierten virale RNA-Lösung hinzu und mischen Sie es sorgfältig mit einer Pipette um nicht Bläschen zu erzeugen. Spin-down der Rohre.
7. Durchführen der reversen Transkription mit einem Thermocycler unter der Bedingung, die in Tabelle 2dargestellt. Wenn die cDNA nicht sofort verwendet wird, speichern Sie die PCR-Röhrchen mit der cDNA bei-20 ° C bis zu 1 Jahr.
8. Für quantitative PCR Primer verwenden (Forward; 5'-ACCATCTACACATGACCCTC-3', Reverse; 5'-GGTCACATAACGCCCC-3")¹⁴ und einer Sonde einfügen einen Quencher (qPCR Sonden; 5'- / FAM/ATGAGCACA/Durstlöscher/ATAGTTAAAAGCTAACACTGTCAA/TAMRA/3"), targeting der 963 – 1049 Region NSP3 Genomabschnitt Rotavirus (ST3 Stamm, GenBank: X81436).
   Hinweis: Quencher ist in der Sonde, entworfen von Zeng Et Al.¹⁴ eingefügt.
9. Verdünnen Sie das standard Plasmid seriell (10¹ bis 10⁶ Kopien/mL) mit PCR grade Wasser der qPCR-Mischung (Tabelle 3) und den master-Mix (20 µL/Probe) für qPCR nach Tabelle 4zu machen.
10. Der Brunnen einer 96-Well-PCR-Platte 20 µL des master Mix hinzu, und mischen Sie dann 5 µL cDNA Proben oder 5 µL des standard Plasmids durch Pipettieren 10 Mal. Starten Sie die Reaktion der qPCR-System gemäß den Bedingungen, die in Tabelle 4dargestellt.
11. Zur Berechnung des Rotavirus Genoms gebunden an die Zelloberfläche MA104 durchführen Sie linearen Regression zwischen Ct-Werte und die bekannten Genom ein standard Plasmid und schätzen Sie die Probennummer Genom. Dann berechnen Sie das Verhältnis von Virion Zahlen Bindung an Zellen (G-_t) mit denen in der ersten Inokulum (G₀).

Ergebnisse

Ein Überblick über zwei Protokolle zu den spezifischen Wachstumsrate und Zelle-Bindung Assay Plaque-gereinigte RRV Stämme zeigt in Figur 1A und 2A.

In der Probe für die spezifischen Wachstumsrate erreicht die endgültige Virustiter mehr als 10⁷ Pfu/mL auf den T75 Kolben zu propagieren. Wenn die maximale Konzentration niedriger als 10⁷ Pfu/mL ist, kann die MA104 Zelle nicht konfluierende geworden oder RRV war nicht gut von Trypsin aktiviert. Einige Modelle stehen zur Abschätzung der spezifischen Wachstumsrate über die infektiöse Gerätedaten. In diesem Protokoll wird die modifizierte Gompertz Modell¹² als Beispiel verwendet;

wo N₀ (10⁴ Pfu/mL in dieser Studie) und N_t (10⁴ 10⁸ Pfu/ml) sind die infektiösen Virustiter (Pfu/mL) bei 0 und t (Beispiel: 0, 6, 12, 18, 24, 36) Hpi, bzw. A ist der asymptotischen Wert [Log (N∞/n₀ )] (Beispiel: 3 bis 4), µ ist der spezifischen Wachstumsrate [1/h] und e ist die Napier konstante λ beträgt die Verzögerung [h]. Modellparameter ergeben sich durch die Solver-Funktion der Analyse-Software, die die Summe der Quadrate der Differenz zwischen den beobachteten und modellierten Werten minimiert. Im Beispiel in Abbildung 1 bder spezifischen Wachstumsrate (µ) wird auf geschätzt [1/h] 0.197 und die Verzögerung (λ) beträgt 6,61 [h] mit der zuletzt quadratische Methode um ein modifiziertes Gompertz-Modell und die relative Virustiter über die stationäre Phase nach der ursprünglichen Titer ( Log-Skala) (A) ist 3.15 [Log (N∞/n₀)]. Wir haben insgesamt 6 Rotaviren Klone getestet, und die geschätzten Werte der spezifischen Wachstumsrate reichte von 0,19 bis 0,27 [1/h]. Diese geschätzten Werte verlässlich sind, da der Koeffizient der Entschlossenheit Werte in der Modell-Armatur mehr als nur 0,98 ist.

RRV Virionen binden an Zelloberflächen waren ca. 10³ Kopien/mL (verbindliche Effizienz war ca. 1 %) bei der Verwendung einer 24-Well-Platte für die Zelle-Bindung-Assay (Abb. 2 b). Der Test erfolgt in der Regel drei Mal für jede Probe, und einige Probleme wie über Wasch- und unzureichende Aktivierung des RRV von Trypsin können auftreten, wenn eine große Varianz in der Kopienzahl in einer Probe beobachtet wird. Der Ct-Wert von mehr als ca. 36,0 qPCR ist nicht besser und wird betrachtet, um unter einer Nachweisgrenze in unserem qPCR-Zustand.

	Volumen / 1 Reaktion
5 x PrimeScript Puffer	4.0 ΜL
PrimeScript RT Enzym Mix I	1,0 ΜL
Oligo-dT-Primer	1,0 ΜL
Zufällige 6 mers	4.0 ΜL
Deionisiertes destilliertes Wasser	6.0 ΜL
SsRNA Probe	4.0 ΜL
Insgesamt	20.0 ΜL

Tabelle 1: Meister Mischen Zusammensetzung für die cDNA-Synthese des Rotavirus Genoms.

Temperatur [° C]	Zeit
37	15 min
42	15 min
85	5 s
4	∞

Tabelle 2: Reaktion Zustand für die cDNA-Synthese des Rotavirus Genoms.

	Volumen/1 Reaktion
Premix Taq	12,5 ΜL
Forward Primer (10 µM)	0,5 ΜL
Rückwärts-Primer (10 µM)	0,5 ΜL
Sonde (10 µM)	0,5 ΜL
Referenz-Farbstoff II	0,5 ΜL
Deionisiertes destilliertes Wasser	5,5 ΜL
cDNA-Probe	5,0 ΜL
Insgesamt	25 ΜL

Tabelle 3: Master Mischen Zusammensetzung für die quantitative PCR Rotavirus ein Genom.

Temperatur [° C]	Zeit
95	5 min
94	20 s	45-Zyklus
60	1 min
72	5 min

Tabelle 4: Reaktion Bedingung für die quantitative PCR Rotavirus ein Genom.

Abbildung 1: Schematische Übersicht über die Schätzung der Rotavirus-Wachstum und die Wachstumskurve Rotavirus. (A) die infektiöse Einheit Rotavirus ist mit dem Plaque-Assay gemessen. (B) die Kurve (blaue Linie) wurde durch die veränderte Gompertz-Modell basierend auf Beobachtungsdaten in unserem Labor (weißer Kreis) angenähert. Die spezifischen Wachstumsrate [µ]; [h^-1], 0.197 lag Periode (λ); 6,61 [h], die relative Virustiter über die stationäre Phase nach der anfänglichen Titer (Log-Skala) (A); 3.15 [Log (N∞/n₀)]. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Abbildung 2: Schematische Übersicht und repräsentatives Ergebnis der Zelle-Bindung-Assay fünf RRV Stämme von Plaketten in unserem Labor gereinigt. (A) A Kultur Zellplatte mit Rotaviren geimpft wird bei 4 ° C für die Hemmung der Virus-Invasion in Zellen inkubiert. Nach Inkubation und entfernen die ungebundenen Viruspartikel auf Zellen die Anzahl der Genome aus gebundenen Viruspartikel an der Zelloberfläche mit RT-qPCR zu quantifizieren. (B) das Ergebnis der Zelle-Bindung-Assay wurde als verbindliche Wirkungsgrad (%), die das Verhältnis von gebundenen Viruspartikel an die Anwesenden in das Inokulum wurde angezeigt. Mutige Bar: Median, Ende der Boxen: Quartil Abweichung, Zeilenende: maximale und minimale. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Diskussion

Unser Protokoll zur Messung der spezifischen Wachstumsrate ist einfacher als die vorherigen und kann für andere Viren angepasst werden, es sei denn, ihre Zellkultursystem noch nicht feststeht. In dieser Studie verwendeten wir RRV (G3P[3]) weil diese Sorte Plaques einfacher als menschliche Rotaviren bilden kann bei der Verwendung der MA104-Zell-Linien. Einige menschliche Rotavirus-Stämme können nicht in diese Zelllinie Plaque bilden. Daher kann anstelle der Plaque-Assay, der Schwerpunkt bilden Einheit (FFU) Assay¹⁵ oder Median Gewebekultur infektiöse Dosis (TCID50) Assay für viele Rotaviren Stämme¹⁶angewendet werden. Die vorgestellte Protokoll zur Ermittlung der spezifischen Wachstumsrate kann verwendet werden, für andere Virustypen aber eignet sich nicht für Viren, für die keine etablierten Zellkultursystem ermittelt wird. Bevor das Experiment für die spezifischen Wachstumsrate, es ist besser, im Voraus wissen, wann die infektiöse Virustiter zu steigen beginnt und erreicht die stationäre Phase in eine Vorprüfung. Wenn zu viele Plaketten vorhanden sind, sollten die Plaque-Assay durchgeführt werden, wieder nach dem Ändern der Verdünnung der Virusproben. Die Stunden nach der Infektion (Hpi) Proben zu sammeln sind auch wichtig, weil die Neigung der exponentiellen Wachstumsphase unterschätzt werden kann, wenn der richtige Zeitpunkt, die stationäre Phase zu erreichen, ist verfehlt. Bei der Angleichung durch die geänderte Gompertz-Modell sollte eine Bestimmungskoeffizient immer berechnet und überprüft werden. Wenn die Fitness auf das modifizierte Modell Gompertz niedrig ist, können andere Modelle wie die modifizierte logistisches Modell¹² vorzuziehen.

Im Umgang mit Zellen, wenn Sie das Mittel "oder" Virus Inokulum zu entfernen, die PBS für Wasch- oder Agarose-Gel für die Plaque-Assay muss umgehend hinzugefügt werden jeweils von einer Zellplatte Kultur, die Zellen von Trockenheit zu verhindern. Zur gleichen Zeit müssen Sie vorsichtig gießen Sie PBS oder Agarose Zellen nicht, von Brunnen zu lösen. Dieser Schritt ist der wichtigste in beiden Tests (Schritt 3,9 und 3.11). Wenn die Plaque-Assay zu viele Proben hat, empfehlen wir unterteilen das Agarosegel (100 mL, die jeweils maximal empfohlene ist) in mehreren mittleren Flaschen und Flaschen Warmhalten, bis kurz vor dem Einsatz seit Agarose Gel innerhalb von ca. 10 min bei Zimmer erstarrt ist Temperatur. Da Trypsin anfällig für hohe Temperaturen¹⁷ist, sollte eine Trypsin-Lösung zu einem Medium und Agarose für die Plaque-Assay ausreichend abgekühlt hinzugefügt werden.

In der Zelle-Bindung-Assay erfolgen die Inkubation für Virus Bindung an Zellen bei 4 ° C, Invasion der Zellen zu verhindern. Nach der Gilling Methode¹³sind Zellen anfällig für Trocknung bei niedrigen Temperaturen, so sanft schütteln notwendig, alle 15 Minuten während der Inkubation. Das RNA-Extraktion-Kit hier verwendete kann für andere Kits ersetzt werden. Die Neigung der Standardkurve in RT-qPCR sollte ungefähr 3.3, und der Bestimmungskoeffizient sollte mehr sein als 0,98. Im Vergleich zu dem Fluoreszenzmikroskop, die Lokalisierung von Viren in Zellen zu visualisieren, ist der Test schneller und einfacher zu bedienen, weil die Bindung von Leuchtstoffen auf Viren nicht notwendig ist.

Vor kurzem, menschlichen Darm Enteroid (HIE), zeigen eine ähnliche zelluläre Zusammensetzung und Funktion als menschlichen Magen-Darm-Epithel, verfügbar für Rotaviren Ausbreitung¹⁸geworden. Die Verwendung von Holiday Inn Express kann ermöglichen, die spezifischen Wachstumsrate und Zelle-Bindungsfähigkeit nicht kultivierbarer Stämme Rotavirus zu bewerten. Darüber hinaus können beide hier beschriebenen Experimente zur Bewertung der Wirkungen der Droge auf beiden Phänotypen¹⁹angewendet werden. Die hier vorgestellten Protokolle machen es möglich, die Veränderungen im Phänotyp Parameterwerte von Rotavirus-Stämmen unter unterschiedlichen Bedingungen quantitativ zu diskutieren.

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
7500 Real Time PCR System	Applied Biosystems		qPCR
Agar-EPI	Nakalai Tesque, Inc	01101-34	Plaque assay
Disodium Hydrogenphosphate	Wako Pure Chemical Corporation	194-02875	Cell binding assay
Eagle's MEM "Nissui"	Nissui Pharmaceutical Co., Ltd	_05900	Cell culture
Eagle's MEM "Nissui"	Nissui Pharmaceutical Co., Ltd	_05901	Plaque assay
EasYFlask 75 cm2	Thermo Scientific	156499	Cell culture
Fetal bovine Serim, qualified, USDA-approved regions	Gibco	10437028	Cell culture and Plaque assay
Forward / Reverse primers	Eurofins Genomics		qPCR
L-Glutamine, 200 mM Solution	Gibco	2530081	Cell culture and Plaque assay
Neutral Red	Wako Pure Chemical Corporation	140-00932	Plaque assay
PBS (-) "Nissui"	Nissui Pharmaceutical Co., Ltd	_05913	Cell culture and Plaque assay
Penicillin-Streptomycin, Liguid	Gibco	15140122	Cell culture and Plaque assay
Potassium Chloride	Wako Pure Chemical Corporation	163-03545	Cell binding assay
Premix ExTaq (Perfect Real Time)	TAKARA Bio Inc.	RR039A	qPCR
PrimeScriptTN RT reagent Kit (Perfect Real Time)	TAKARA Bio Inc.	RR037A	cDNA synthesis
PrimeTime qPCR Probes	Medical and Biological Laboratories Co., Ltd.		qPCR
QIAamp Viral RNA Mini Kit	QIAGEN	52904	RNA extraction
Sodium Bicarbonate	Wako Pure Chemical Corporation	199-05985	Cell culture and Plaque assay
Sodium Chloride	Wako Pure Chemical Corporation	198-01675	Cell binding assay
Tissue culture plates 24-well plate	TPP	92024	Cell binding assay
Tissue culture plates 6-well plate	TPP	92006	Plaque assay
Trizma base	SIGMA-ALDRICH	T1503	Cell binding assay
Trypsin from porcine pancrease	SIGMA-ALDRICH	T0303-1G	Activate for rotavirus
Trypsin-EDTA (0.05 %), phenol red	Gibco	25300054	Cell culture
Vertical 96-Well Thermal Cycler	Applied Biosystems		cDNA synthesis