Beginnen Sie mit der Einrichtung des Automatisierungsarbeitsplatzes. Integrieren Sie eine Mikroplatten-Beleuchtungsvorrichtung, wie z. B. eine OptoPlate, die einen bequemen Zugriff auf den Robotergreifarm ermöglicht. Verarbeiten Sie als Nächstes eine Tabellenkalkulation mit dem verfügbaren MATLAB-Skript, um die optoPlate zu programmieren.
Führen Sie das Lichtstimulationsprogramm aus, indem Sie auf die optoPlate blinken. Um den Roboter zu programmieren, beheben Sie mögliche Fehler, um die ordnungsgemäße Funktion des Trägers und der LabWare-Definitionen sicherzustellen. Führen Sie eine leere Platte mehrmals durch die Skriptschleife, um die Fähigkeit des Robotergreifarms zu überprüfen, die Platte genau aufzunehmen und zu platzieren.
Wählen Sie als Nächstes Kolonien aus den Platten aus, um die Probenplatte einzurichten. Dann impfen Sie sie in drei Milliliter synthetisches komplettes Medium in Glaskulturröhrchen. Inkubieren Sie diese Kulturen über Nacht bei 30 Grad Celsius auf einer Walzentrommel im Dunkeln.
In der Küvette werden 200 Mikroliter der Kultur in einem Milliliter synthetischem Komplettmedium verdünnt. Zeichnen Sie die optische Dichte mit einem Spektralphotometer auf. Als nächstes wird jede Kultur über Nacht in Glaskulturröhrchen auf eine optische Dichte von 0,1 verdünnt.
Pipettieren Sie die verdünnten Kulturen in eine 96-Well-Platte. Schließen Sie Vertiefungen mit leeren Medien und nicht fluoreszierenden Zellen als Negativkontrollen ein. Inkubieren Sie die Probenplatte in einem Schüttel-Inkubator bei 30 Grad Celsius für fünf Stunden.
Legen Sie nun die Probenplatte auf den Heater Shaker. Starten Sie das Automatisierungsskript, indem Sie auf Ausführen klicken. Sobald die erste Messung auf dem Plattenleser aufgezeichnet wurde, starten Sie das Lichtstimulationsprogramm, indem Sie die Steckdosenleiste des Beleuchtungsgeräts einschalten.
Die Fluoreszenzwerte über die Zeit für einen optogenetischen Stamm zeigten, dass das Gesamtfluoreszenzniveau proportional zum Tastverhältnis der Lichtstimulation war. Die entsprechenden optischen Dichtewerte waren konsistent, was darauf hindeutet, dass das Wachstum von unterschiedlichen Lichtverhältnissen nicht beeinflusst wurde. Verschiedene optogenetische Stämme reagierten unterschiedlich auf Variationen der Lichtpulsintensität, der Periode und des Tastverhältnisses.
