Beginnen Sie mit dem Herunterladen der Struktur des Protein-Protein-Komplexes. Navigieren Sie dazu auf die Startseite der Proteindatenbank und geben Sie die PDB-ID in das Hauptsuchfeld ein. Klicken Sie auf der Hauptseite der Struktur auf Dateien herunterladen und dann auf biologische Assemblierung 1, um die Dateien im PDB-gz-Format herunterzuladen.
Öffnen Sie die heruntergeladene Struktur in UCSF Chimera. Navigieren Sie zu Tools, dann Struktur/Bearbeitung und klicken Sie auf Change Chain IDs. Benennen Sie die zweite Kette, die ursprünglich als A gekennzeichnet war, in B um.Klicken Sie dann auf Favoriten, gefolgt von der Modellgruppe.
Wählen Sie das Modell mit den beiden Ketten aus und klicken Sie auf die Schaltfläche Gruppieren/Gruppierung aufheben, um jede Kette in ein anderes Modell zu unterteilen. Wählen Sie als Nächstes die beiden Modelle aus und klicken Sie auf die Schaltfläche Kopieren/Kombinieren. Geben Sie einen neuen Namen für das kombinierte Modell ein, aktivieren Sie Quellmodelle schließen, und klicken Sie auf OK.
Klicken Sie auf Auswählen, dann auf Verketten und bestätigen Sie, dass die Ketten im Dimer nun als A und B identifiziert sind.Klicken Sie auf Datei und speichern Sie PDB, um die bearbeitete Struktur als neue PDB-Datei zu speichern. Um das Zielsegment im Ligandenprotein zu identifizieren, navigieren Sie zum BUDE Alanine Scan Server. Klicken Sie auf die Schaltfläche Datei auswählen unter Struktur, Hochladen und Hochladen der gespeicherten PDB-Datei.
Überprüfen Sie auf der nächsten Seite, ob die Struktur korrekt geladen wurde, und geben Sie einen Namen für den Job auf dem Server ein. Legen Sie die Ketten A als Rezeptor und B als Liganden fest und klicken Sie auf die Schaltfläche Scan starten, um den Auftrag zu senden. Sobald der Job abgeschlossen ist, klicken Sie auf Ergebnisse anzeigen, um die Ergebnisseite zu öffnen.
Wählen Sie aus der Rückstandsliste den Abschnitt der Rückstände aus, der voraussichtlich besser mit der Zielbindungsoberfläche interagiert. Mit Hilfe dieses Protokolls wurde ein Aminosäuresegment vorhergesagt, das mit der IRF5-Bindungsoberfläche interagiert. Mit Hilfe der computergestützten Alanin-Scanning-Mutagenese wurde ein 13-Aminosäure-Segment von den Positionen 424 bis 436 vorhergesagt, wobei das PLXIS-Motiv bei Arginin 432 begann.
