Waschen Sie zunächst die RNA-Templating C-Stern-Kondensate, indem Sie die Lösung der extrahierten Kondensate mindestens fünf Minuten lang absetzen lassen. Extrahieren Sie dann beim Pipettieren von der Oberseite des Flüssigkeitsspiegels, um die Kondensatentfernung zu minimieren, etwa die Hälfte des Volumens des Überstands. Das gleiche Volumen von 0,3 molaren Natriumchlorid in Tris-EDTA wird hinzugefügt, um den entfernten Überstand zu ersetzen, und durch Pipettieren mischen.
Wiederholen Sie den Zyklus der Entfernung des Überstands und des Pufferwechsels für insgesamt drei Zyklen. Für das T7-Transkriptionsgemisch wird eine Stammlösung von 10 millimolaren DFHBI in Dimethylsulfoxid hergestellt. Verdünnen Sie dann ein Aliquot auf eine Endkonzentration von 600 Mikromolar mit RNAse und DNAse freiem Wasser.
Tauen Sie die Komponenten des Transkriptionskits auf Eis auf. Pipettieren Sie dann mit sterilen Pipettenspitzen die angezeigten Komponenten bei Raumtemperatur in ein autoklaviertes Mikrozentrifugenröhrchen. Mischen Sie die Lösung vorsichtig durch Pipettieren und verwenden Sie sie sofort für die Synthese des RNA-Transkripts.
Pipettieren Sie dazu 3,3 Mikroliter der gewaschenen Kondensate, die aus RNA-Templating C-Stars hergestellt wurden, in eine Kammer, die für die Mikroskopie geeignet ist. Und fügen Sie das Gesamtvolumen der frisch zubereiteten Transkriptionsmischung hinzu. Nehmen Sie Mikroskopiebilder für eine Dauer von 18 Stunden auf, beginnend unmittelbar nach der Zugabe des Transkriptionsgemisches zu den Kondensaten.
Für die Transkription von RNA-Aptameren wurde ein erfolgreiches Ergebnis durch die Zunahme der Fluoreszenz des Florigens im Laufe der Zeit mittels Mikroskopie bestätigt.
