Zu Beginn bilden Sie die gefärbten, von SW1222 abgeleiteten Organoidproben mit einem Epifluoreszenzmikroskop bei 10x ab. Verwenden Sie nur die Kanäle Rhod und DAPI. Starten Sie die ImageJ-Software und klicken Sie auf Plugin, gefolgt von Makros.
Führen Sie dann aus, um den ImageJ ROI-Konverter auszuführen. py-Datei von der GitHub-Website Cell Pose. Wenn ein Fenster erscheint, wählen Sie die erste Datei aus dem Doppelpunkt-Organoid-Ordner aus und klicken Sie auf Öffnen.
Wählen Sie dann den Seg. npy-Datei, die der ersten Datei entspricht, und klicken Sie auf Öffnen. Drücken Sie anschließend im ROI-Manager-Fenster auf Alles auswählen und drücken Sie auf Messen.
Klicken Sie nun auf Datei und anschließend auf Speichern unter im Ergebnisfenster, um die Ergebnisse zu speichern. Wiederholen Sie die Bildkonvertierung für dasselbe Bild im Ordner für das Dickdarm-Organoid-Lumen. Laden Sie dann die Origin Pro-Software, klicken Sie auf Daten und dann auf Importdatei, um den Importassistenten zu finden.
Wählen Sie beide CSV-Dateien aus, die den organoid- und lumenförmigen Eigenschaften für dasselbe Bild entsprechen. Kopieren Sie die lumenförmigen Eigenschaften in die Spalte mit den Kolonieergebnissen, um jede Lumenmessung mit der entsprechenden Kolonie zu koppeln. Teilen Sie in einer neuen Spalte die Flächen des Lumens und der Kolonie, um die relative Lumenfläche der entsprechenden Kolonie zu erhalten.
Wählen Sie die Spalte aus, die der Kreisförmigkeit jeder Kolonie und der Lumenfläche entspricht. Klicken Sie dann nacheinander auf Plot, Basic 2D und Scatter. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Zeichnungsfenster und wählen Sie Details Zeichnung.
Klicken Sie auf die Registerkarte Schwerpunkt-Pro und wählen Sie die Optionen mit der Aufschrift Schwerpunktpunkt für Teilmenge anzeigen, Verbindung zu Datenpunkten verbinden und Ellipse anzeigen. Die in 2D kultivierten Zellen wiesen eine sehr hohe Variation in der Koloniezirkularität auf. Die in Matrigel kultivierten Zellen wiesen eine umfangreichere Verteilung für die relative Größe des Lumens auf.
