Amplicon-Based Next-Generation Sequencing of Non-Squamous Non-Small Cell Lung Cancer

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September 8th, 2023

DOI :

10.3791/200725-v

September 8th, 2023

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Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

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Para comenzar, descongele todos los reactivos de secuenciación a temperatura ambiente durante 30 minutos, encienda el secuenciador e inicie sesión en el sistema. Selle la placa de 96 pocillos que contiene muestras purificadas de ADN y ARN FFPE con una lámina de placa adhesiva de PCR y cárguela en el secuenciador. De acuerdo con las instrucciones del secuenciador, instale todos los consumibles en la plataforma respectiva.

Inspeccione el tubo tres de la tira dos HD en busca de precipitaciones. Si el tubo contiene precipitados, desaloje el tubo o agitando suavemente la tira. Gire las tiras uno y tres boca abajo y hacia atrás tres o cuatro veces para quitar las cuentas, sostenga las tiras en un extremo con el sello de la tira orientado hacia arriba.

A continuación, gire la tira hacia abajo con un rápido movimiento del brazo centrífugo y termine dando un movimiento brusco de la muñeca, centrifugando las tiras a 300 G durante 15 segundos. Después de cerrar el sistema, instale las puertas de la bahía de reactivos de secuenciación y cierre la puerta.

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