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High-throughput Quantitative Real-time RT-PCR Assay for Determining Expression Profiles of Types I and III Interferon Subtypes

Described in this report is a qRT-PCR assay for the analysis of seventeen human IFN subtypes in a 384-well plate format that incorporates highly specific ...

US Food and Drug Administration

Mycobacterium tuberculosis is a virulent intracellular pathogen that survives in macrophages even in the presence of an intact adaptive immune response. Type I IFNs have been shown to exacerbate tuberculosis in mice and to be associated with disease progression in infected humans. Nevertheless, the mechanisms by which type I IFNs regulate the host response to M. tuberculosis infection are poorly understood. In this study, we show that M. tuberculosis induces an IFN-related gene expression signature in infected primary human macrophages, which is dependent on host type I IFN signaling as well as the mycobacterial virulence factor, region of difference-1. We further demonstrate that type I IFNs selectively limit the production of IL-1β, a critical mediator of immunity to M. tuberculosis. This regulation occurs at the level of IL1B mRNA expression, rather than caspase-1 activation or autocrine IL-1 amplification and appears to be preferentially used by virulent mycobacteria since avirulent M. bovis bacillus Calmette-Guérin (BCG) fails to trigger significant expression of type I IFNs or release of mature IL-1β protein. The latter property is associated with decreased caspase-1-dependent IL-1β maturation in the BCG-infected macrophages. Interestingly, human monocytes in contrast to macrophages produce comparable levels of IL-1β in response to either M. tuberculosis or BCG. Taken together, these findings demonstrate that virulent and avirulent mycobacteria employ distinct pathways for regulating IL-1β production in human macrophages and reveal that in the case of M. tuberculosis infection the induction of type I IFNs is a major mechanism used for this purpose.

Mycobacterium tuberculosis triggers host type I IFN signaling to regulate IL-1β production in human macrophages.

Human I-IFNs include IFN-β and 13 independently regulated subtypes of IFN-α (I-IFNs). TLR7 and -9 induce I-IFNs, but it is unknown whether their subtype repertoire is similar. This study used new PCR arrays that selectively amplify individual I-IFN subtype genes of human and nonhuman primates to characterize the TLR7- and -9-mediated IFN response in vitro and in vivo. We show that in human PBMCs, TLR7 agonists induce a rapid burst of I-IFN transcripts, consisting primarily of IFN-α1/13, -α2, and -α14. In contrast, TLR9 agonists, regardless of the type used (CpG C-, B-, or D-ODN), prompted slower but sustained expression of IFN-α1/13, -α2, -α7, -α8, -α10, -α14, -α16, and -α21. These qualitative differences were translated downstream as differences in the pattern of IFN-inducible genes. In macaque PBMCs, imiquimod produced a short burst of IFN mRNA, dominated by IFN-α8, whereas C- or D-ODN induced a greater than tenfold increase in transcripts for all I-IFN subtypes by 12 h of culture. Differences were more evident in vivo, where TLR7 and -9 agonists induced significantly different levels of I-IFN transcripts in skin. Although the rates of gene transcription differed significantly for individual TLR9 agonists, their IFN-α subtype signature was almost identical, indicating that the type of receptor dictates the quality of the I-IFN response in vitro and in vivo. These results may underlie the differential therapeutic effects of TLR7 and -9 agonists and should inform future clinical studies.

TLR9 and TLR7 agonists mediate distinct type I IFN responses in humans and nonhuman primates in vitro and in vivo.

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Recent genome-wide association studies suggest distinct roles for 12 human interferon-alpha (IFN-Î±) and 3 IFN-Î» subtypes that may be elucidated by defining the expression patterns of these sets of genes. To overcome the impediment of high homology among each of the sets, we designed a quantitative real-time PCR assay that incorporates the use of molecular beacon and locked nucleic acid (LNA) probes, and in some instances, LNA oligonucleotide inhibitors. We then measured IFN subtype expression by human peripheral blood mononuclear cells and by purified monocytes, myeloid dendritic cells (mDC), plasmacytoid dendritic cells (pDC), and monocyte-derived macrophages (MDM), and -dendritic cells (MDDC) in response to poly I:C, lipopolysaccharide (LPS), imiquimod and CpG oligonucleotides. We found that in response to poly I:C and LPS, monocytes, MDM and MDDC express a subtype pattern restricted primarily to IFN-Î² and IFN-Î»1. In addition, while CpG elicited expression of all type I IFN subtypes by pDC, imiquimod did not. Furthermore, MDM and mDC highly express IFN-Î», and the subtypes of IFN-Î» are expressed hierarchically in the order IFN-Î»1 followed by IFN-Î»2, and then IFN-Î»3. These data support a model of coordinated cell- and ligand-specific expression of types I and III IFN. Defining IFN subtype expression profiles in a variety of contexts may elucidate specific roles for IFN subtypes as protective, therapeutic or pathogenic mediators.

Expression profiles of human interferon-alpha and interferon-lambda subtypes are ligand- and cell-dependent.

Des &eacute;tudes r&eacute;centes de genome-wide association sugg&egrave;rent des r&ocirc;les distincts pour 12 humain interf&eacute;ron-alpha (IFN-&alpha;) et IFN-&lambda; 3 sous-types qui peut &ecirc;tre &eacute;lucid&eacute; en d&eacute;finissant les patrons d&#39;expression de ces g&egrave;nes. Pour surmonter l&#39;obstacle de la forte homologie entre chacun des ensembles, nous avons con&ccedil;u une quantitative PCR en temps r&eacute;el qui incorpore l&#39;utilisation des phares mol&eacute;culaires et des sondes d&#39;acide nucl&eacute;ique verrouill&eacute; (LNA) et dans certains cas, les inhibiteurs d&#39;oligonucl&eacute;otide de LNA. Nous avons ensuite mesur&eacute; IFN sous-type expression par les cellules mononucl&eacute;aires de sang p&eacute;riph&eacute;rique humain purifi&eacute;s des monocytes, cellules dendritiques my&eacute;lo&iuml;des (mDC), plasmacytoides (pDC), les cellules dendritiques et macrophages d&eacute;riv&eacute;s de monocytes (MDM) et - les cellules dendritiques (CDMD) en r&eacute;ponse &agrave; poly je: C, lipopolysaccharide (LPS), imiquimod et oligonucl&eacute;otides CpG. Nous avons constat&eacute; qu&#39;en r&eacute;ponse &agrave; poly je: C et LPS, monocytes, MDM et CDMD express un motif de sous-type limit&eacute; principalement &agrave; l&#39;IFN-&beta; et IFN-&lambda;1. En outre, tandis que l&#39;expression de CpG a suscit&eacute; de tout type je sous-types IFN de pDC, imiquimod n&#39;a pas. En outre, MDM et mDC hautement expriment IFN-&lambda; et les sous-types d&#39;IFN-&lambda; sont exprim&eacute;s hi&eacute;rarchiquement dans l&#39;ordre IFN-&lambda;1 suivie par IFN-&lambda;2, puis IFN-&lambda;3. Ces donn&eacute;es prennent en charge un mod&egrave;le d&#39;expression coordonn&eacute;e et ligand-sp&eacute;cifiques des cellules de types I et III IFN. D&eacute;finition des profils d&#39;expression IFN sous-type dans une vari&eacute;t&eacute; de contextes peut &eacute;lucider des r&ocirc;les sp&eacute;cifiques pour les sous-types de IFN comme m&eacute;diateurs protectrices, th&eacute;rapeutiques ou pathog&egrave;nes.

Profils d&#39;expression de l&#39;interf&eacute;ron-alpha humain et sous-types de l&#39;interf&eacute;ron-lambda sont ligand et d&eacute;pendant des lymphocytes.

Neuere genomweiten Verband-Studien legen nahe, unterschiedliche Rollen f&uuml;r 12 menschlichen Interferon-Alpha (IFN-&alpha;) und 3 IFN-&lambda; Subtypen, die durch die Definition der Ausdrucksmuster dieser Gruppen von Genen aufgekl&auml;rt werden kann. Um die Behinderung durch hohe Homologie zwischen den einzelnen Sets zu &uuml;berwinden, haben wir eine quantitative Echtzeit-PCR-Assay, das beinhaltet die Verwendung von molekularen Leuchtfeuer und verschlossene Nukleins&auml;ure (LNA) Sonden, und in einigen F&auml;llen LNA-Oligonukleotid-Hemmer entwickelt. Wir messen dann IFN Untertyp Ausdruck von Menschenblut peripheren mononukle&auml;ren Zellen und gereinigten Monozyten, myeloide dendritische Zellen (mDC), Plasmacytoid von dendritischen Zellen (pDC), und Monozyte abgeleiteten Makrophagen (MDM) und -dendritische Zellen (MDDC) als Reaktion auf Poly ich: C, Lipopolysaccharid (LPS), Imiquimod und CpG-Oligonukleotiden. Wir fanden, dass als Reaktion auf Poly ich: C und LPS, Monozyten, MDM und MDDC Express eine Subtyp-Muster in erster Linie auf IFN-&beta; und IFN-&lambda;1 beschr&auml;nkt. Dar&uuml;ber hinaus w&auml;hrend der CpG entlockt Ausdruck aller Typ I IFN-Subtypen von pDC, Imiquimod nicht. Dar&uuml;ber hinaus MDM und mDC sehr schnelles IFN-&lambda; und die Untertypen von IFN-&lambda; werden in der Reihenfolge, die IFN-&lambda;1 gefolgt von IFN-&lambda;2 und IFN-&lambda;3 hierarchisch ausgedr&uuml;ckt. Diese Daten unterst&uuml;tzen ein Modell f&uuml;r die koordinierte und Ligand-zellspezifische Ausdruck der Typen I und III IFN. Definieren von IFN Untertyp Ausdruck Profilen in einer Vielzahl von Kontexten kann bestimmte Rollen f&uuml;r IFN-Subtypen als Schutz-, therapeutische oder pathogenen Vermittler erhellen.

Ausdruck profile menschlichen Interferon-Alpha und Interferon-Lambda-Untertypen sind Ligand und Zelle-abh&auml;ngige.

Recenti studi di associazione genome-wide suggeriscono ruoli distinti per 12 umana interferone-alfa (IFN-&alpha;) e 3 IFN-&lambda; subtypes che pu&ograve; essere chiarita definendo il pattern di espressione di questi insiemi di geni. Per superare l&#39;impedimento di elevata omologia tra ciascuno dei set, abbiamo progettato un dosaggio quantitativo PCR in tempo reale che incorpora l&#39;utilizzo di sonde di acido nucleico locked (LNA) e molecular beacon ed in alcuni casi, gli inibitori del oligonucleotide LNA. Abbiamo quindi misurato IFN sottotipo espressione di cellule mononucleari di sangue periferico umano purificati monociti, cellule dendritiche mieloidi (mDC), plasmacytoid (pDC), le cellule dendritiche e macrofagi monocyte-derivati (MDM) e - cellule dendritiche (MDDC) in risposta a poly sono: C, lipopolisaccaride (LPS), imiquimod e oligonucleotidi CpG. Abbiamo trovato che in risposta a poly sono: C e LPS, monociti, MDM e MDDC express un pattern di sottotipo limitato principalmente a IFN-&beta; e IFN-&lambda;1. Inoltre, mentre CpG manifesta espressione di tutti i tipo I sottotipi IFN da pDC, imiquimod non ha fatto. Inoltre, MDM e mDC altamente esprimono IFN-&lambda; e i sottotipi di IFN-&lambda; sono espressi in ordine gerarchico nell&#39;ordine di IFN-&lambda;1 seguita da IFN-&lambda;2 e &lambda;3 IFN. Questi dati supportano un modello di espressione di specifiche cellule e ligando coordinato dei tipi I e III IFN. Definizione di profili di espressione del sottotipo IFN in una variet&agrave; di contesti pu&ograve; chiarire ruoli specifici per i sottotipi di IFN come mediatori protettivi, terapeutici o patogeni.

Profili di espressione di interferone-alfa e l&#39;interferone-lambda sottotipi sono ligando e cellula-dipendente.

&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x95A2;&#x9023;&#x7814;&#x7A76;&#x304A;&#x52E7;&#x3081; 12 &#x4EBA;&#x9593;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30ED;&#x30F3;-&alpha; (IFN-&alpha;) &#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5F79;&#x5272;&#x3068; 3 IFN &lambda; &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5404;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x9AD8;&#x3044;&#x76F8;&#x540C;&#x6027;&#x306E;&#x969C;&#x5BB3;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;LNA &#x306E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x6291;&#x5236;&#x5264;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30D3;&#x30FC;&#x30B3;&#x30F3;&#x3068;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6838;&#x9178; (LNA) &#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x304C;&#x7D44;&#x307F;&#x8FBC;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0; PCR &#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x305D;&#x306E;&#x5F8C; IFN &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x767A;&#x73FE;&#x7CBE;&#x88FD;&#x5358;&#x7403;, &#x9AA8;&#x9AC4;&#x7CFB;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE; (mDC), &#x5F62;&#x8CEA;&#x7D30;&#x80DE;&#x69D8;&#x3067;&#x3072;&#x3068;&#x672B;&#x68A2;&#x8840;&#x5358;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE; (pDC) &#x3068;&#x5358;&#x7403;&#x7531;&#x6765;&#x30DE;&#x30AF;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8; (MDM) &#x3068; - &#x6A39;&#x72B6;&#x7D30;&#x80DE; (MDDC) &#x30DD;&#x30EA;&#x306B;&#x5FDC;&#x3048;&#x3066;&#x79C1;&#xFF1A; C &#x30EA;&#x30DD;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9; (LPS)&#x3001;imiquimod&#x3001;CpG &#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x30DD;&#x30EA; &#x30EC;&#x30B9;&#x30DD;&#x30F3;&#x30B9;&#x305D;&#x306E;&#x3067;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x79C1;&#x306F;: &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; &#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x5236;&#x9650;&#x3042;&#x308A; IFN &beta; &#x304A;&#x3088;&#x3073; IFN &lambda;1 &#x3092;&#x4E3B;&#x306B; C &#x304A;&#x3088;&#x3073; LP&#x3001;&#x5358;&#x7403;&#x3001;MDM &#x3068; MDDC &#x30A8;&#x30AF;&#x30B9;&#x30D7;&#x30EC;&#x30B9;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x8A98;&#x767A; CpG &#x5F0F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E; I &#x578B; IFN &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; pDC &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;imiquimod &#x3092;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;MDM &#x3068; mDC &#x9AD8; IFN &lambda; &#x3092;&#x8868;&#x73FE;&#x3057;&#x3001;IFN-&lambda;2 &#x304A;&#x3088;&#x3073; [IFN &lambda;3 &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;IFN &lambda; &#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x968E;&#x5C64;&#x7684;&#x306B; IFN &lambda;1 &#x7D9A;&#x3044;&#x3066;&#x9806;&#x756A;&#x3092;&#x8868;&#x73FE;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3057;&#x3001;III IFN &#x5354;&#x8ABF;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7279;&#x7570;&#x767A;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;IFN &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B; IFN &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3001;&#x6CBB;&#x7642;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x89E3;&#x660E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x4EBA;&#x9593;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30ED;&#x30F3;-&alpha; &#x3068;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30ED;&#x30F3; &#x30E9;&#x30E0;&#x30C0; &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306E;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x30BB;&#x30EB;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xCD5C;&#xADFC; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD611;&#xD68C; &#xC5F0;&#xAD6C; 12 &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xB860;-&#xC54C;&#xD30C; (IFN-&alpha;)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD558; &#xACE0; 3 IFN-&lambda; subtypes&#xC744; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD558; &#xC5EC; &#xD574;&#xBA85; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC01; &#xC9D1;&#xD569; &#xAC04;&#xC758; &#xB192;&#xC740; homology &#xC7A5;&#xC560;&#xB97C; &#xADF9;&#xBCF5; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBD84;&#xC790; &#xBE44;&#xCF58; &#xBC0F; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C; &#xC7A0;&#xAE34;&#xB41C; &#xD575; &#xC0B0; (LNA), &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;&#xB294; LNA oligonucleotide &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD1B5;&#xD569; &#xC815;&#xB7C9; &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR &#xC2DC;&#xD5D8;&#xC744; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB2E4;&#xC74C; IFN &#xD558;&#xC704; &#xC2DD;&#xC744; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xB9D0; &#xCD08; &#xD608;&#xC561; &#xB2E8; &#xC138;&#xD3EC; &#xACE0; &#xC815;&#xD654; monocytes, &#xACE8;&#xC218;&#xC131; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; (mDC), plasmacytoid&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCE21;&#xC815; &#xB41C; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; (pDC) &#xBC0F; monocyte &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xB300; &#xC2DD; &#xC138;&#xD3EC; (MDM) &#xBC0F;-&#xD3F4; &#xB9AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9C0;&#xC0C1; &#xC138;&#xD3EC; (MDDC) &#xB098;: C, lipopolysaccharide (LPS), imiquimod &#xBC0F; &#xD3EC;&#xC7A5; &#xC18C;&#xBE44;&#xC7AC; oligonucleotides. &#xC751;&#xB2F5; &#xD3F4; &#xB9AC;&#xC5D0; &#xADF8;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB098;: C&#xC640; LPS, monocytes, MDM &#xBC0F; MDDC &#xC775;&#xC2A4;&#xD504;&#xB808;&#xC2A4; &#xD558;&#xC704; &#xD328;&#xD134; IFN-&beta;&#xC640; IFN-&lambda;1&#xC73C;&#xB85C; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC81C;&#xD55C;. &#xB610;&#xD55C;, &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD3EC;&#xC7A5; &#xC18C;&#xBE44;&#xC7AC; elicited &#xC2DD;&#xC740; &#xB3D9;&#xC548; &#xC720;&#xD615; I IFN &#xD558;&#xC704; Pdc&#xC5D0; &#xC758;&#xD574;, imiquimod &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, MDM &#xBC0F; mDC &#xB192;&#xC740; IFN-&lambda;, &#xC775;&#xC2A4;&#xD504;&#xB808;&#xC2A4;&#xC640; IFN-&lambda;&#xC758; &#xD558;&#xC704; IFN-&lambda;2, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; IFN-&lambda;3&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; IFN-&lambda;1 &#xB2E4;&#xC74C; &#xC21C;&#xC11C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xD604; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; I &#xBC0F; III IFN &#xC870;&#xC815;&#xB41C; &#xC140; &#xBC0F; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xD2B9;&#xC815; &#xC2DD; &#xD615;&#xC2DD;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD669;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; IFN &#xD558;&#xC704; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xC815;&#xC758; &#xBCF4;&#xD638;, &#xCE58;&#xB8CC; &#xB610;&#xB294; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xC911;&#xC7AC;&#xC790;&#xB85C; IFN &#xD558;&#xC704; &#xC720;&#xD615;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC815; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xBA85;&#xB8CC; &#xD558; &#xAC8C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xB860;-&#xC54C;&#xD30C; &#xBC0F; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xB860; &#xB78C;&#xB2E4; &#xD558;&#xC704; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC740; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xBC0F; &#xC138;&#xD3EC; &#xC885;&#xC18D;.

Estudios de Asociaci&oacute;n de genoma recientes sugieren diferentes roles para 12 humano interfer&oacute;n-alfa (IFN-&alpha;) y &lambda;-IFN 3 subtipos que puede ser aclarado definiendo los patrones de expresi&oacute;n de estos conjuntos de genes. Para superar el impedimento de alta homolog&iacute;a entre cada uno de los conjuntos, hemos dise&ntilde;ado un ensayo PCR cuantitativo en tiempo real que incorpora el uso de marcador molecular y sondas de &aacute;cido nucleico bloqueado (LNA) y en algunos casos, inhibidores de oligonucle&oacute;tidos LNA. Luego medimos IFN subtipo expresi&oacute;n por las c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica por purificada monocitos, c&eacute;lulas dendr&iacute;ticas mieloides (mDC), plasmacytoid (pDC), las c&eacute;lulas dendr&iacute;ticas y macr&oacute;fagos derivados de monocitos (MDM) y - las c&eacute;lulas dendr&iacute;ticas (MDDC) en respuesta a poly me: C, lipopolisac&aacute;rido (LPS), imiquimod y oligonucle&oacute;tidos CpG. Encontramos que en respuesta a poly me: C y LPS, monocitos, MDM y MDDC express un patr&oacute;n de subtipo limitado principalmente a IFN-&beta; y del IFN-&lambda;1. Adem&aacute;s, mientras que la expresi&oacute;n de CpG sacado de todo tipo I subtipos IFN por el pDC, imiquimod no. Adem&aacute;s, MDM y mDC altamente expresan IFN-&lambda;, y los subtipos de IFN-&lambda; expresan jer&aacute;rquico en el orden de IFN-&lambda;1 seguido por IFN-&lambda;2 y luego IFN-&lambda;3. Estos datos apoyan un modelo de expresi&oacute;n espec&iacute;ficos de la c&eacute;lula y ligando coordinada de tipos I y III IFN. Definici&oacute;n de perfiles de expresi&oacute;n de subtipo IFN en una variedad de contextos puede aclarar funciones espec&iacute;ficas para los subtipos IFN como mediadores de protecci&oacute;n, terap&eacute;uticas o pat&oacute;genos.

Perfiles de expresi&oacute;n de interfer&oacute;n-alfa humana y subtipos de interfer&oacute;n-lambda son dependientes de ligando y celular.

&#x7315;&#x7334;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x4EF7;&#x503C;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x548C;&#x4E34;&#x5E8A;&#x524D;&#x671F;&#x6A21;&#x578B;&#x764C;&#x75C7;&#x548C;&#x4F20;&#x67D3;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x5982;&#x975E;&#x4EBA;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5171;&#x4EAB;&#x514D;&#x75AB;&#x9014;&#x5F84;&#x3002;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; (IFNs) &#x662F;&#x5173;&#x952E;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E2D;&#x56FA;&#x6709;&#x7684;&#x3001; &#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x7684;&#x514D;&#x75AB;&#x529B;&#xFF0C;&#x6240;&#x4EE5;&#x5916;&#x5468;&#x8840;&#x53CA;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x53EF;&#x80FD;&#x68DA;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x514D;&#x75AB;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x7315;&#x7334;&#x6709; 18 &#x7684;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D; 14 13 &#x4E0D;&#x540C;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &alpha; &#x4E9A;&#x578B;&#xFF0C;&#x548C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7528;&#x4E8E;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &beta; &#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x6570;&#x7EC4;&#x6765;&#x8BC4;&#x4F30;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &alpha; &#x4E9A;&#x578B;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &beta;&#x3001; &#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &gamma; &#x548C;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &lambda; 2 &#x5B50;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;&#x4E0E;&#x6B64;&#x6570;&#x7EC4;&#x8868;&#x8FBE;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x6BCF;&#x4E00;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x53EF;&#x91CF;&#x5316;&#x4E3A;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x53C2;&#x8003; (&#x7BA1;&#x5BB6;) &#x57FA;&#x56E0; (&Delta;Cq) &#x6216;&#x88C5;&#x8BBE;&#x4E8E;&#x5176;&#x81EA;&#x8EAB; 4 &#x70B9;&#x6807;&#x51C6;&#x66F2;&#x7EBF;&#x7684;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x91CF;&#x5316; (&#x6BCF;&#x4E2A;&#x96C6;&#x4F53;&#x5355;&#x4F4D; RNA &#x62F7;&#x8D1D;&#x6570;)&#x3002;&#x540E;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x4E0E;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x4E92;&#x8865; DNA &#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x4ECE;&#x5355;&#x53CD;&#x53D7;&#x4F53;&#x6FC0;&#x52A8;&#x5242;&#xFF0C;&#x54CD;&#x5E94; 3 &#x7315;&#x7334;&#x5916;&#x5468;&#x8840;&#x5355;&#x4E2A;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x548C;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x662F;&#x4E00;&#x81F4;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5355;&#x53CD;&#x523A;&#x6FC0;&#x4E0D;&#x540C;&#x800C;&#x6709;&#x6240;&#x4E0D;&#x540C;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5305;&#x62EC;&#x5355;&#x4E2A;&#x4E9A;&#x578B;&#x7684;&#x5E72;&#x6270;&#x7D20; &alpha; &#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x7269;&#x79CD;&#x6765;&#x8861;&#x91CF;&#xFF0C;&#x8BB8;&#x591A;&#x3002;

&#x6052;&#x6CB3;&#x7334;&#x7684;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x548C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5B9E;&#x65F6;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#x6570;&#x7EC4;&#x7C7B;&#x578B;&#x4E00;&#x3001; &#x4E8C;&#x548C;&#x4E09;&#x3001; &#x5E72;&#x6270;&#x7D20;&#x548C;&#x53CA;&#x5176;&#x5B50;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;

Rhesus macaques provide a valuable research and preclinical model for cancer and infectious diseases, as nonhuman primates share immune pathways with humans. Interferons (IFNs) are key cytokines in both innate and adaptive immunity, so a detailed analysis of gene expression in peripheral blood and tissues may shed insight into immune responses. Macaques have 18 IFN genes, of which 14 encode for 13 distinct IFN-Î± subtypes, and one for IFN-Î². Here, we developed a high-throughput array to evaluate each of the IFN-Î± subtypes, as well as IFN-Î², IFN-Î³ and 2 subtypes of IFN-Î». With this array, expression of each IFN species may be quantified as relative to a reference (housekeeping) gene (Î”Cq) or fitted to its own 4-point standard curve for absolute quantification (copy number per mass unit RNA). After validating the assay with IFN complementary DNA, we determined the IFN expression profile of peripheral blood mononuclear cells from 3 rhesus macaques in response to TLR agonists, and demonstrated that the profiles are consistent among animals. Furthermore, because the IFN expression profiles differ depending on the TLR stimuli, they suggest different biological functions for many of the IFN species measured, including individual subtypes of IFN-Î±.

High-throughput quantitative real-time polymerase chain reaction array for absolute and relative quantification of rhesus macaque types I, II, and III interferon and their subtypes.

Le macaque rh&eacute;sus fournit un mod&egrave;le pr&eacute;clinique et pr&eacute;cieuses recherches contre le cancer et les maladies infectieuses, comme les primates non humains partagent les voies immunitaires avec les humains. Interf&eacute;rons sont des cytokines cl&eacute;s dans l&#39;immunit&eacute; inn&eacute;e et adaptative, une analyse d&eacute;taill&eacute;e de l&#39;expression g&eacute;nique dans les tissus et le sang p&eacute;riph&eacute;rique peut faire la perspicacit&eacute; dans les r&eacute;ponses immunitaires. Macaques ont 18 g&egrave;nes IFN, dont 14 Encoder pour 13 sous-types distincts d&#39;IFN-&alpha; et l&#39;autre pour l&#39;IFN-&beta;. Ici, nous avons d&eacute;velopp&eacute; une gamme de haut d&eacute;bit afin d&#39;&eacute;valuer chacun des sous-types de l&#39;IFN-&alpha;, ainsi que IFN-&beta; et IFN-&gamma; 2 sous-types d&#39;IFN-&lambda;. Avec ce tableau, l&#39;expression de chaque esp&egrave;ce d&#39;IFN peut &ecirc;tre quantifi&eacute;e par rapport &agrave; un g&egrave;ne de r&eacute;f&eacute;rence (m&eacute;nage) (&Delta;Cq) ou mont&eacute;e sur sa propre courbe standard de 4 points pour la quantification absolue (nombre de copies par unit&eacute; de masse RNA). Apr&egrave;s avoir valid&eacute; le test avec IFN ADN compl&eacute;mentaire, nous d&eacute;terminer le profil d&#39;expression IFN de cellules mononucl&eacute;aires de sang p&eacute;riph&eacute;rique de 3 macaques rh&eacute;sus en r&eacute;ponse aux agonistes des TLR et a d&eacute;montr&eacute; que les profils correspondent chez les animaux. En outre, &eacute;tant donn&eacute; que les profils d&#39;expression IFN diff&egrave;rent selon les stimuli TLR, ils sugg&egrave;rent diff&eacute;rentes fonctions biologiques pour nombreuses esp&egrave;ces IFN mesur&eacute;s, y compris les diff&eacute;rents sous-types de l&#39;IFN-&alpha;.

Tableau de r&eacute;action en cha&icirc;ne de haut d&eacute;bit quantitative Real-Time polymerase pour quantification absolue et relative du macaque rh&eacute;sus types I, II et III, l&#39;interf&eacute;ron et leurs sous-types.

Rhesus-Makaken bieten eine wertvolle Forschung und pr&auml;klinischen Modell f&uuml;r Krebs und Infektionskrankheiten, wie nicht-menschlichen Primaten immun Wege mit Menschen zu teilen. Interferone (IFNs) sind wichtige Cytokines in beide angeborenen und erworbenen Immunit&auml;t, so eine detaillierte Analyse der Genexpression im peripheren Blut und Gewebe m&ouml;gen Einblick in Immunantworten vergossen. Makaken haben 18 IFN-Gene, von denen 14 f&uuml;r 13 verschiedene Subtypen von IFN-&alpha; und eine f&uuml;r IFN-&beta; codieren. Hier entwickelten wir eine Hochdurchsatz-Array, um jedem die Untertypen IFN-&alpha; und IFN-&beta;, IFN-&gamma; sowie 2 Subtypen von IFN-&lambda; zu bewerten. Mit diesem Array kann Ausdruck der IFN Arten relativ ein Verweis (Haushalt)-Gen (&Delta;Cq) quantifiziert oder eingebaut, um eine eigene 4-Punkt-Standardkurve f&uuml;r absolute Quantifizierung (Exemplarnummer pro Masse Einheit RNA). Nach der &Uuml;berpr&uuml;fung des Assays mit IFN komplement&auml;re DNA, haben wir bestimmt das IFN-Ausdruck-Profil der peripheren mononukle&auml;ren Blutzellen aus 3 Rhesus-Makaken als Reaktion auf TLR Agonisten und gezeigt, dass die Profile unter Tieren im Einklang stehen. Dar&uuml;ber hinaus, da die IFN-Ausdruck-profile je nach die TLR-Reize unterscheiden, empfehlen sie verschiedene biologische Funktionen f&uuml;r viele der IFN Arten gemessen, einschlie&szlig;lich der einzelne Subtypen des IFN-&alpha;.

Hochdurchsatz-quantitative Real-Time Polymerase-Kettenreaktion f&uuml;r absolute und relative Quantifizierung der Rhesusaffe Arraytypen I, II und III Interferon und ihre Subtypen.

Macachi Rhesus forniscono una preziosa ricerca e modello preclinico per cancro e malattie infettive, come primati condividono percorsi immune con gli esseri umani. Interferoni (IFN) sono citochine chiave nell&#39;immunit&agrave; innata e adattiva, quindi una dettagliata analisi di espressione genica nel sangue periferico e nei tessuti pu&ograve; capannone approfondita della risposta immunitaria. Macachi hanno 18 IFN geni, di cui 14 codificano per 13 distinti sottotipi di IFN-&alpha; e uno per IFN-&beta;. Qui, abbiamo sviluppato una matrice ad alta velocit&agrave; per valutare ogni i sottotipi di IFN-&alpha;, come IFN-&beta;, IFN-&gamma; e 2 sottotipi di IFN-&lambda;. Con questa matrice, espressione di ogni specie IFN pu&ograve; essere quantificato rispetto a un gene di riferimento (housekeeping) (&Delta;Cq) o dotato di una propria curva standard 4 punti per la quantificazione assoluta (copia numero per unit&agrave; di massa RNA). Dopo la convalida del dosaggio con IFN DNA complementare, abbiamo determinato il profilo di espressione di IFN di cellule mononucleari di sangue periferico da 3 macachi rhesus in risposta agli agonisti TLR e ha dimostrato che i profili siano coerenti tra gli animali. Inoltre, poich&eacute; i profili di espressione IFN differiscono a seconda degli stimoli TLR, essi suggeriscono diverse funzioni biologiche per molte specie IFN misurata, tra cui diversi sottotipi di IFN-&alpha;.

Matrice reazione a catena della polimerasi in tempo reale quantitativa high-throughput per la quantificazione assoluta e relativa di macaco rhesus tipi I, II e III l&#39;interferone e relativi sottotipi.

&#x30D2;&#x30C8;&#x4EE5;&#x5916;&#x306E;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x514D;&#x75AB;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x5171;&#x6709;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30A2;&#x30AB;&#x30B2;&#x30B6;&#x30EB;&#x8CB4;&#x91CD;&#x306A;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x524D;&#x81E8;&#x5E8A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x304C;&#x3093;&#x3084;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672B;&#x68A2;&#x8840;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7D44;&#x7E54;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x304C;&#x514D;&#x75AB;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3092;&#x6D41;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30ED;&#x30F3; &#xFF08;Ifn&#xFF09; &#x81EA;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x3068;&#x9069;&#x5FDC;&#x514D;&#x75AB;&#x3067;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AB;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x30AD;&#x30FC;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30CB;&#x30DB;&#x30F3;&#x30B6;&#x30EB;&#x306E; 14 13 &#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B; IFN &alpha; &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3068; IFN &beta; &#x7528;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3001;18 &#x306E; IFN &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E; IFN &alpha; &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B; IFN &beta;&#x3001;IFN-&gamma; &#x304A;&#x3088;&#x3073; IFN &lambda; &#x306E; 2 &#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x5F0F;&#x5404; IFN &#x7A2E;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x53C2;&#x7167; (&#x30CF;&#x30A6;&#x30B9;&#x30AD;&#x30FC;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;) &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066; (&Delta;Cq) &#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x72EC;&#x81EA; 4 &#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x66F2;&#x7DDA;&#x7D76;&#x5BFE;&#x5B9A;&#x91CF; (&#x8CEA;&#x91CF;&#x5358;&#x4F4D; RNA &#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x756A;&#x53F7;) &#x3092;&#x88C5;&#x5099;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;IFN &#x306E;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684; dna &#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x691C;&#x8A3C;&#x5F8C; 3 &#x30A2;&#x30AB;&#x30B2;&#x30B6;&#x30EB; TLR &#x30A2;&#x30B4;&#x30CB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x5FDC;&#x3048;&#x3066;&#x672B;&#x68A2;&#x8840;&#x5358;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E; IFN &#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304C;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x8A3C;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;IFN &#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB; TLR &#x523A;&#x6FC0;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x751F;&#x4F53;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E; IFN-&alpha; &#x306E;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6E2C;&#x5B9A;, IFN &#x7A2E;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30A2;&#x30AB;&#x30B2;&#x30B6;&#x30EB;&#x306E;&#x7D76;&#x5BFE;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x91CF;&#x7684;&#x306A;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;&#x306E;&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x9023;&#x9396;&#x53CD;&#x5FDC;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4; &#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; I&#x3001;II &#x3068; III &#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30ED;&#x30F3;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3002;

&#xBD89;&#xC740; &#xD138; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; nonhuman &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACBD;&#xB85C; &#xACF5;&#xC720; &#xC554;&#xACFC; &#xC804;&#xC5FC; &#xC131; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xADC0;&#xC911; &#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBC0F; &#xC804; &#xC784;&#xC0C1; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Interferons (IFNs) &#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xBC0F; &#xC801;&#xC751;&#xD615; &#xBA74;&#xC5ED; &#xD0A4; cytokines &#xB418;&#xBBC0;&#xB85C; &#xB9D0; &#xCD08; &#xD608;&#xC561;&#xACFC; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xC0C1;&#xC138;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC18;&#xC751;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xD758;&#xB838;&#xB2E4; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;&#xB294; 14 13 &#xAC00;&#xC9C0; IFN-&alpha; &#xD558;&#xC704; &#xBC0F; IFN-&beta;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; 18 IFN &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC758; &#xAC01; IFN-&alpha; &#xD558;&#xC704; IFN-&beta;, IFN-&gamma;&#xC640; IFN-&lambda; 2 &#xD558;&#xC704; &#xD3C9;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC774; &#xBC30;&#xC5F4; IFN &#xC885; &#xAC01;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; &#xCC38;&#xC870; (&#xAC00;&#xC0AC;) &#xC720;&#xC804;&#xC790; (&Delta;Cq)&#xB97C; &#xAE30;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xACC4;&#xB7C9; &#xB610;&#xB294; &#xC808;&#xB300; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654; (RNA &#xB300;&#xB7C9; &#xB2E8;&#xC704;&#xB2F9; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xBC88;&#xD638;)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; 4 &#xC810; &#xD45C;&#xC900; &#xACE1;&#xC120; &#xC790;&#xCCB4;&#xC5D0; &#xC7A5;&#xCC29; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. IFN &#xBCF4;&#xC644; dna &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD55C; &#xD6C4; TLR agonists&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; 3 &#xBD89;&#xC740; &#xD138; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xB9D0; &#xCD08; &#xD608;&#xC561; &#xB2E8; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; IFN &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xAD00; &#xB418; &#xAC8C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, IFN &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; TLR &#xC790;&#xADF9;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2E4;&#xB974;&#xBBC0;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC81C;&#xC548; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB9CE;&#xC740; IFN-&alpha;&#xC758; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xD558;&#xC704;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xCE21;&#xC815;, IFN &#xC885;.

&#xBD89;&#xC740; &#xD138; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;&#xC758; &#xC808;&#xB300; &#xBC0F; &#xC0C1;&#xB300; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC815;&#xB7C9; &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC5F0;&#xC1C4; &#xBC18;&#xC751; &#xBC30;&#xC5F4; &#xD615;&#xC2DD; I, II, &#xBC0F; III &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xB860; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD558;&#xC704;.

Macacos rhesus proporcionan una valiosa investigaci&oacute;n y modelo precl&iacute;nico para c&aacute;ncer y enfermedades infecciosas, como primates no humanos comparten v&iacute;as inmunes con los seres humanos. Interferones (IFN) son citoquinas clave en la inmunidad tanto innata y adaptativa, por lo que un an&aacute;lisis detallado de la expresi&oacute;n g&eacute;nica en sangre perif&eacute;rica y los tejidos pueden verter la penetraci&oacute;n en las respuestas inmunitarias. Macacos tienen 18 genes IFN, de los cuales 14 codificar para 13 distintos subtipos de IFN-&alpha; y para el IFN-&beta;. Aqu&iacute;, hemos desarrollado una gama de alto rendimiento para evaluar a cada uno de los subtipos de IFN-&alpha;, as&iacute; como IFN-&beta;, IFN-&gamma; y 2 subtipos de IFN-&lambda;. Con este conjunto, expresi&oacute;n de cada especie IFN puede ser cuantificado como en relaci&oacute;n con un gen de referencia (limpieza) (&Delta;Cq) o equipada para su propia curva est&aacute;ndar de 4 puntos para la cuantificaci&oacute;n absoluta (n&uacute;mero de copias por unidad de masa RNA). Despu&eacute;s de validar el ensayo con ADN complementario de IFN, determinamos el perfil de expresi&oacute;n de IFN de c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica de 3 macacos rhesus en respuesta a los agonistas de TLR y demostr&oacute; que los perfiles son consistentes entre animales. Adem&aacute;s, porque los perfiles de expresi&oacute;n de IFN difieren dependiendo de los est&iacute;mulos TLR, sugieren diferentes funciones biol&oacute;gicas para muchas de las especies IFN medidas, incluyendo los subtipos de IFN-&alpha;.

Matriz de la reacci&oacute;n en cadena de polimerasa en tiempo real cuantitativa de alto rendimiento para cuantificaci&oacute;n absoluta y relativa de macaco rhesus tipos I, II y III interfer&oacute;n y sus subtipos.

Kevin D. Kirschman

Center for Biologics Evaluation and Research

US Food and Drug Administration

High-throughput Quantitative Real-time RT-PCR Assay for Determining Expression Profiles of Types I and III Interferon Subtypes