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Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

MIT - Massachusetts Institute of Technology

&#x4E2D;&#x5927;&#x63D2;&#x5165;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E93; rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5305;&#x542B;&#x514B;&#x9686;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x9274;&#x522B;&#x56F0;&#x96BE;&#xFF0C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x4E3B;&#x673A;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; RNA (rRNA) &#x548C; rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9AD8;&#x80CC;&#x666F;&#x7684;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x6311;&#x6218;&#xFF0C;&#x819C;&#x6742;&#x4EA4;&#x6CD5;&#x88AB;&#x4E3A;&#x4E86;&#x67E5;&#x660E;&#x6240;&#x6709;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA; rRNA &#x542B; fosmid &#x65E0;&#x6027;&#x7CFB;&#x4ECE;&#x4E03;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x526F;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D; DNA&#x3002;&#x4ECE; 101,376 &#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x7B5B;&#x9009;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 751 rDNA &#x5305;&#x542B;&#x514B;&#x9686;&#xFF0C;&#x5728;&#x5927;&#x7EA6; 60 &#x4E0D;&#x540C; clades &#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x7EC4;&#x3002;&#x53EA;&#x6709;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x7EC4;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7F55;&#x89C1;&#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x514B;&#x6C0F;&#x76F8;&#x5173;&#x5E8F;&#x5217;&#x5305;&#x542B;&#x5047;&#x5B9A;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x5E72;&#x9884;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4E03;&#x4E2A;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE;&#x8BA2;&#x5355; Myxococcales &#x5728;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42;&#x751F;&#x5883;&#x4E2D;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x3002;&#x5206;&#x5C42;&#x3001; &#x7279;&#x5B9A;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7ED3;&#x6784;&#x663E;&#x7136;&#x5728;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B;&#x548C;&#x8BED;&#x4F53;&#x6587;&#x5B97;&#x65CF;&#x5185;&#x3002;&#x76F8;&#x53CD;&#xFF0C;Alcanivorax &#x548C;&#x6839;&#x7624;&#x83CC;&#x5C5E;&#x4E00;&#x4E9B; eurybathyal &#x6210;&#x5458;&#x5171;&#x4EAB;&#x4ECE;&#x8868;&#x9762;&#x6C34;&#x57DF;&#x88AB;&#x5206;&#x53D1;&#x5230; 4000 &#x7C73;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x5C0F;&#x4E9A;&#x57FA;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x8BA4;&#x8BC6;&#x5230;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4E00;&#x4E9B;&#x72EC;&#x7279;&#x3001; &#x6DF1;&#x5EA6;&#x5206;&#x5C42;&#x5206;&#x533A;&#xFF0C;&#x5C0A;&#x656C;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x5F00;&#x653E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x79CD;&#x7FA4;&#x4ECE;&#x8499;&#x7279;&#x96F7;&#x6E7E;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x4E2D;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x5206;&#x6790;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x4E00;&#x4E9B;&#x504F;&#x89C1;&#x662F;&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7279;&#x5B9A;&#x8C31;&#x7CFB;&#x4E2D; fosmid &#x514B;&#x9686;&#x6062;&#x590D;&#x660E;&#x663E;&#xFF0C;&#x6574;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7EC4;&#x6062;&#x590D;&#x548C;&#x5206;&#x5E03;&#x90FD;&#x4E0E;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4ECE;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x6E90; DNA &#x76F4;&#x63A5;&#x730E;&#x67AA;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4FDD;&#x6301;&#x4E00;&#x81F4;&#x3002;

&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; DNA &#x542B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x4ECE; 4000 &#x7C73;&#x7684;&#x5782;&#x76F4;&#x5ED3;&#x7EBF;&#x5728;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x526F;&#x70ED;&#x5E26;&#x73AF;&#x6D41;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

High-throughput identification of rRNA gene-containing clones in large insert metagenomic libraries is difficult, because of the high background of host ribosomal RNA (rRNA) and rRNA genes. To address this challenge, a membrane hybridization method was developed to identify all bacterial small subunit rRNA-containing fosmid clones of microbial community DNA from seven different depths in the North Pacific Subtropical Gyre. Out of 101,376 clones screened, 751 rDNA-containing clones were identified that grouped in approximately 60 different clades. Several rare sequences only remotely related to known groups were detected, including a Wolbachia-related sequence containing a putative intron or intervening sequence, as well as seven sequences from Order Myxococcales not previously detected in pelagic habitats. Stratified, depth-specific population structure was evident within both cultured and uncultured lineages. Conversely, some eurybathyal members of the genera Alcanivorax and Rhizobium shared identical small subunit ribosomal DNA sequences that were distributed from surface waters to the 4000 m depth. Comparison with similar analyses in Monterey Bay microbial communities revealed previously recognized, as well as some distinctive, depth-stratified partitioning that distinguished coastal from open ocean bacterioplankton populations. While some bias was evident in fosmid clone recovery in a few particular lineages, the overall phylogenetic group recovery and distributions were consistent with previous studies, as well as with direct shotgun sequence data from the same source DNA.

Phylogenetic analyses of ribosomal DNA-containing bacterioplankton genome fragments from a 4000 m vertical profile in the North Pacific Subtropical Gyre.

&#xC0; haut d&#xE9;bit identification de g&#xE8;ne de l&#x26;#39;ARNr contenant des clones dans les grandes biblioth&#xE8;ques m&#xE9;tag&#xE9;nomiques d&#x26;#39;insertion est difficile, en raison de l&#x26;#39;arri&#xE8;re-plan &#xE9;lev&#xE9; de l&#x26;#39;h&#xF4;te l&#x26;#39;ARN ribosomal (ARNr) et les g&#xE8;nes ARNr. Pour relever ce d&#xE9;fi, une m&#xE9;thode d&#x26;#39;hybridation membrane a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; pour identifier tous les sous-unit&#xE9; bact&#xE9;rienne petite ARNr contenant de l&#x26;#39;ADN des clones fosmide communaut&#xE9; microbienne de sept diff&#xE9;rentes profondeurs dans la gyre subtropicale du Pacifique Nord. Sur 101,376 clones cribl&#xE9;s, 751 ADNr contenant clones ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s regroup&#xE9;s dans environ 60 diff&#xE9;rents clades. Plusieurs s&#xE9;quences rares ne distance li&#xE9;es &#xE0; des groupes connus ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;s, comprenant une s&#xE9;quence li&#xE9;e Wolbachia contenant une putatif intron ou s&#xE9;quence interm&#xE9;diaire, ainsi que sept s&#xE9;quences de Commande Myxococcales pas pr&#xE9;alablement d&#xE9;tect&#xE9; dans des milieux p&#xE9;lagique. Stratifi&#xE9;, structure de la population profondeur sp&#xE9;cifique &#xE9;tait &#xE9;vident dans les lign&#xE9;es &#xE0; la fois cultiv&#xE9;s et incultes. Inversement, certains membres de la eurybathyal Alcanivorax genres et Rhizobium partag&#xE9; identiques petites s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN ribosomal de sous-unit&#xE9;s qui ont &#xE9;t&#xE9; distribu&#xE9;s dans les eaux de surface &#xE0; la profondeur de 4000 m. Comparaison avec des analyses similaires dans les communaut&#xE9;s microbiennes Monterey Bay a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; pr&#xE9;c&#xE9;demment reconnu, ainsi que certains distinctif, la profondeur, stratifi&#xE9; partitionnement qui distingue c&#xF4;ti&#xE8;re de l&#x26;#39;oc&#xE9;an ouvert populations bact&#xE9;rioplancton. Alors que certains biais &#xE9;tait &#xE9;vidente dans la r&#xE9;cup&#xE9;ration clone fosmide dans quelques lign&#xE9;es peu particulier, la reprise globale du groupe phylog&#xE9;n&#xE9;tique et les distributions sont compatibles avec les &#xE9;tudes ant&#xE9;rieures, ainsi qu&#x26;#39;avec les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence directe de fusil de chasse de l&#x26;#39;ADN m&#xEA;me source.

Analyses phylog&#xE9;n&#xE9;tiques des ribosomique ADN contenant des fragments de g&#xE9;nome bact&#xE9;rioplancton &#xE0; partir d&#x26;#39;un profil vertical M 4000 dans le Pacifique Nord gyre subtropicale

Hochdurchsatz-Identifizierung von rRNA-gen-haltigen Klone in gro&szlig;en Insert durchgef&uuml;hrte metagenomische Bibliotheken ist schwierig, wegen der hohen Hintergrund der Host Ribosomale RNA (rRNA) und rRNA gene. Um dieser Herausforderung zu begegnen, wurde eine Membran-Hybridisierung-Methode entwickelt, um alle bakteriellen kleine Untereinheit rRNA-haltigen Fosmid Klone der mikrobiellen Gemeinschaft DNA von sieben verschiedenen Tiefen in den subtropischen North Pacific Gyre zu identifizieren. Aus 101.376-Klone, geschirmt, 751 rDNA-haltigen Klone wurden identifiziert, die in ca. 60 verschiedenen Kladen gruppiert. Mehrere seltene Sequenzen, die nur aus der Ferne mit Bezug zu bekannten Gruppen gefunden, einschlie&szlig;lich einer Wolbachia-bezogene Sequenz enthalten ein mutma&szlig;liches Intron oder interveniert Sequenz sowie sieben Sequenzen aus Bestellung Myxococcales pelagische Lebensr&auml;ume nicht zuvor erkannt. Geschichtete, Tiefe-spezifische Bev&ouml;lkerungsstruktur zeigte sich innerhalb sowohl kultivierten und ungebildeten &Uuml;bertragungslinien. Umgekehrt teilten einige Eurybathyal Mitglieder der Gattungen Alcanivorax und Kn&ouml;llchenbakterien identische kleine Untereinheit ribosomale DNA-Sequenzen, die an die 4000 m Tiefe von Oberfl&auml;chengew&auml;ssern verteilt wurden. Vergleich mit &auml;hnlichen Analysen in Monterey Bay Mikrobengemeinschaften offenbart Tatbest&auml;nden, sowie einige markante, Tiefe geschichtet Partitionierung, die K&uuml;sten von offenen Ozean Bacterioplankton Populationen unterschieden. W&auml;hrend einige Vorurteile in Fosmid Klon Erholung in wenigen bestimmten &Uuml;bertragungslinien offensichtlich war, waren die insgesamt phylogenetische Gruppe Erholung und Distributionen konsistent mit fr&uuml;heren Studien sowie mit direkter Schrotflinte Sequenzdaten aus der gleichen Quelle DNA.

Phylogenetische Analysen der ribosomal DNA-haltigen Bacterioplankton Genom Fragmente aus einem 4000 m vertikalen Profil der subtropischen North Pacific Gyre.

High-throughput identificazione di cloni di contenenti gene rRNA in grande inserto metagenomica librerie &egrave; difficile, a causa della alta background dei geni rRNA e host RNA ribosomiale (rRNA). Per affrontare questa sfida, un metodo di ibridazione della membrana &egrave; stato sviluppato per identificare tutte le subunit&agrave; piccola batterica contenenti rRNA fosmid cloni della comunit&agrave; microbica del DNA da sette diverse profondit&agrave; nel North Pacific Gyre subtropicale. Fuori 101.376 cloni selezionati, sono stati identificati 751 cloni contenenti rDNA che raggruppati in circa 60 differenti cladi. Parecchie sequenze rare solo lontanamente correlati ai gruppi conosciuti sono stati rilevati, tra cui una sequenza di Wolbachia correlati contenenti un introne putativo o intervenendo sequenza, cos&igrave; come sette sequenze da Myxococcales ordine precedentemente non rilevati in habitat pelagico. Struttura stratificata, profondit&agrave; specifici della popolazione era evidente entro lignaggi colti e incolti. Al contrario, alcuni membri di eurybathyal dei generi Alcanivorax e Rhizobium condiviso identiche subunit&agrave; piccola ribosomal DNA sequences che sono stati distribuiti da acque di superficie fino alla profondit&agrave; di 4000 m. Confronto con analisi simili in comunit&agrave; microbiche Monterey Bay ha rivelata in precedenza riconosciuto, cos&igrave; come alcuni distintivi, stratificate profondit&agrave; partizionamento che distingue costiere da popolazioni di bacterioplankton oceano aperto. Mentre alcuni pregiudizi era evidente nel recupero clone fosmid in qualche particolare lignaggi, il recupero di gruppo nel complesso filogenetica e distribuzioni erano coerenti con gli studi precedenti, nonch&eacute; con i dati di sequenza diretta fucile dalla stessa fonte del DNA.

Analisi filogenetiche di ribosomal DNA bacterioplankton genoma frammenti contenenti da un profilo verticale 4000 m nella North Pacific Gyre subtropicale.

&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x633F;&#x5165;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x540C;&#x5B9A;&#x305F;&#x3081;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;RNA&#xFF08;rRNA&#xFF09;&#x3068;rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B0;&#x30E9;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C9;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x306E;&#x306F;&#x56F0;&#x96E3;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x819C;&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x6CD5;&#x306F;&#x3001;&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306E;7&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6DF1;&#x3055;&#x304B;&#x3089;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;DNA&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;rRNA&#x3092;&#x542B;&#x6709;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;101376&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x3001;751&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x304C;&#x7D04;60&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306B;&#x5206;&#x985E;&#x3055;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x306E;&#x307F;&#x304C;&#x30EA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C8;&#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7A00;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306F;&#x9060;&#x6D0B;&#x306E;&#x751F;&#x606F;&#x5730;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x63A8;&#x5B9A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4ECB;&#x5728;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x6CE8;&#x6587;Myxococcales&#x304B;&#x3089;7&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30DC;&#x30EB;&#x30D0;&#x30AD;&#x30A2;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6210;&#x5C64;&#x3001;&#x6DF1;&#x3055;&#x7279;&#x6709;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x57F9;&#x990A;&#x3057;&#x3001;&#x672A;&#x57F9;&#x990A;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x9006;&#x306B;&#x3001;&#x5C5E;Alcanivorax&#x3068;&#x6839;&#x7C92;&#x83CC;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;eurybathyal&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;4000&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x306B;&#x5730;&#x8868;&#x6C34;&#x304B;&#x3089;&#x914D;&#x5E03;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x540C;&#x4E00;&#x306E;&#x5C0F;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;DNA&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30D9;&#x30A4;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x3082;&#x5916;&#x6D0B;bacterioplankton&#x96C6;&#x56E3;&#x304B;&#x3089;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306E;&#x533A;&#x5225;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x72EC;&#x7279;&#x306E;&#x3001;&#x6DF1;&#x3055;&#x6210;&#x5C64;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;Fosmid&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x306B;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x306E;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7FA4;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3068;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x540C;&#x200B;&#x200B;&#x3058;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;DNA&#x304B;&#x3089;&#x76F4;&#x63A5;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;

&#x5317;&#x592A;&#x5E73;&#x6D0B;&#x4E9C;&#x71B1;&#x5E2F;&#x5FAA;&#x74B0;&#x3067;4000 M&#x925B;&#x76F4;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;DNA&#x542B;&#x6709;Bacterioplankton&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;

&#xD070; &#xC0BD;&#xC785; metagenomic &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD074;&#xB860; Rrna&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC740; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; ribosomal RNA (rRNA)&#xACFC; rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC30;&#xACBD; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC5B4;&#xB835;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xB9C9; &#xAD50; &#xC7A1; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; rRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; fosmid &#xD074;&#xB860; &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; 7 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xAE4A;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; DNA&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 751 RDNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xD074;&#xB860; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4; 101,376 &#xD074;&#xB860; &#xC0C1;&#xC601;, &#xBC16;&#xC73C;&#xB85C; &#xC57D; 60 &#xB2E4;&#xB978; clades&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654;. &#xB9CC; &#xC6D0;&#xACA9;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD76C;&#xADC0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; Wolbachia &#xAD00;&#xB828; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; putative intron &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xB610;&#xB294; &#xC21C;&#xC11C;, &#xAC1C;&#xC785;&#xC73C;&#xB85C; &#xC6D0;&#xC591; &#xC11C;&#xC2DD; &#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB41C; &#xC21C;&#xC11C; Myxococcales&#xC5D0;&#xC11C; 7 &#xAC1C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCE35; &#xD654;, &#xAE4A;&#xC774; &#xD2B9;&#xC815; &#xC778;&#xAD6C; &#xAD6C;&#xC870; &#xAD50;&#xC591; &#xBC0F; &#xBBF8; &#xD608;&#xD1B5; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xB300;&#xB85C;, Alcanivorax&#xC640; Rhizobium &#xC18D;&#xC758; eurybathyal &#xBA64;&#xBC84; &#xC77C;&#xBD80; &#xACF5;&#xC720; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xC791;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; ribosomal DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; 4000 m &#xAE4A;&#xC774; &#xBB3C; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC30;&#xD3EC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C;, &#xAE4A;&#xC774; &#xCE35; &#xD654; &#xBD84;&#xD560; &#xC800;&#xBA85;&#xD55C; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4; bacterioplankton &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC778;&#xC2DD; &#xBC1D;&#xD600; &#xBAAC;&#xD14C;&#xB808;&#xC774; &#xBCA0;&#xC774; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xBE44;&#xAD50;. &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB294; &#xBD84;&#xBA85; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xD2B9;&#xC815; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; fosmid &#xBCF5;&#xC81C; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xC5D0;, &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; phylogenetic &#xADF8;&#xB8F9; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xBC0F; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310; DNA &#xAC19;&#xC740; &#xC18C;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C1;&#xC811; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC774;&#xC804;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC870;&#xAC01;&#xC758; ribosomal DNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; bacterioplankton &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD81;&#xD55C;&#xC774; &#xD0DC;&#xD3C9;&#xC591; &#xC544;&#xC5F4;&#xB300; &#xC120;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; 4000 m &#xC138;&#xB85C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D;.

De alto rendimiento de identificaci&#xF3;n de rRNA gen que contiene los clones en grandes bibliotecas de inserci&#xF3;n metagenomic es dif&#xED;cil, debido a la alta fondo de anfitri&#xF3;n ARN ribos&#xF3;mico (ARNr) y los genes rRNA. Para hacer frente a este desaf&#xED;o, un m&#xE9;todo de hibridaci&#xF3;n de membrana fue desarrollado para identificar todos los subunidad peque&#xF1;a rRNA bacteriano que contiene los clones de ADN fosmid comunidad microbiana de siete diferentes profundidades en el Pac&#xED;fico Norte giro subtropical. Fuera de 101.376 clones seleccionados, 751 rDNA que contienen los clones que se identificaron agrupadas en aproximadamente 60 subtipos diferentes. Varias secuencias raras s&#xF3;lo remotamente relacionados con grupos conocidos fueron detectados, incluyendo una secuencia Wolbachia relacionada contiene un intr&#xF3;n putativo o secuencia de intervenci&#xF3;n, as&#xED; como siete secuencias de Orden Myxococcales no previamente detectado en h&#xE1;bitats pel&#xE1;gicos. Estratificado, la profundidad espec&#xED;fica estructura de la poblaci&#xF3;n era evidente dentro de los linajes, tanto cultos e incultos. Por el contrario, algunos miembros de la eurybathyal Alcanivorax y Rhizobium comparten id&#xE9;nticas secuencias de subunidad peque&#xF1;a ribosomal DNA que se distribuyeron de las aguas superficiales a la profundidad de 4000 m. La comparaci&#xF3;n con an&#xE1;lisis similares de las comunidades microbianas de la Bah&#xED;a de Monterey revel&#xF3; reconocido previamente, as&#xED; como algunos distintivo, profundidad estratificada divisi&#xF3;n que distingu&#xED;a a las poblaciones costeras del oc&#xE9;ano abierto bacterioplancton. Mientras que algunos sesgo fue evidente en la recuperaci&#xF3;n clon fosmid en unos pocos linajes particulares, la recuperaci&#xF3;n filogen&#xE9;tico grupo global y distribuciones fueron consistentes con estudios previos, as&#xED; como con los datos directos de escopeta de secuencia del ADN misma fuente.

Filogen&#xE9;ticos an&#xE1;lisis de Ribosomal que contienen fragmentos de ADN del genoma de bacterioplancton un perfil de 4000 m de desnivel en el Pac&#xED;fico Norte giro subtropical

Tsultrim Palden

Division of Biological Engineering,
Department of Civil and Environmental Engineering,
Division of Biological Engineering, Department of Civil and Environmental Engineering

MIT - Massachusetts Institute of Technology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Tsultrim Palden

Division of Biological Engineering,Department of Civil and Environmental Engineering,Division of Biological Engineering, Department of Civil and Environmental Engineering

MIT - Massachusetts Institute of Technology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Division of Biological Engineering,
Department of Civil and Environmental Engineering,
Division of Biological Engineering, Department of Civil and Environmental Engineering