Les allèles sont des formes différentes du même gène. Les humains et les autres organismes diploïdes héritent de deux allèles de chaque gène, un de chaque parent.

Un allèle est récessif si ses effets sont masqués par un autre allèle au même emplacement de gène. Par exemple, les plants de petits pois peuvent avoir des fleurs violettes ou blanches. Dans ce cas, les fleurs blanches sont récessives puisqu’une seule copie de l’allèle pour les fleurs violettes donnera lieu à un plant avec des fleurs violettes, même si elles ont également l’allèle pour les fleurs blanches.

Si un organisme présente un trait récessif connu, il est simple de déterminer le génotype de l’organisme — sa paire d’allèles hérités. Un seul génotype, pp (deux allèles récessifs), produit des fleurs blanches.

Pour un organisme ayant un trait dominant, comme un plant de petits pois avec des fleurs violettes, déterminer le génotype n’est pas aussi simple. Deux génotypes, PP et Pp, produisent des fleurs violettes.

Les scientifiques utilisent des croisements de contrôle pour déterminer les génotypes d’organismes présentant des traits dominants simples. Un croisement de contrôle implique la reproduction, ou le croisement, de l’organisme en question avec un autre qui affiche l’équivalent récessif de son trait dominant.

Dans un croisement de contrôle pour un plant de petits pois avec des fleurs violettes, le plant est multiplié avec un plant de petits pois qui a des fleurs blanches (génotype pp). La couleur de fleur de la progéniture résultante révèle si le parent avec des fleurs violettes est homozygote (PP) ou hétérozygote (Pp).

Si le plant est homozygote, tous les descendants hériteront d’un de ses allèles P dominants et de l’un des allèles récessifs p de l’autre parent. Puisque les allèles dominants masquent les allèles récessifs, tous les descendants auront des fleurs violettes, le trait dominant.

Cependant, si le plant est hétérozygote, environ 50 % de la progéniture héritera de son allèle récessif p, avec un autre allèle récessif de l’autre parent. Par conséquent, environ la moitié de la progéniture de ce croisement aura des fleurs blanches. De cette façon, les croisements de contrôle peuvent révéler des génotypes parentaux inconnus.