La transposition est une forme spécialisée de recombinaison dans laquelle les éléments génétiques tels que les segments chromosomiques sont déplacés d'une position du génome à une autre. Ces éléments mobiles sont appelés transposons ou gènes sauteurs. Chaque transposon contient une séquence codant pour une enzyme appelée transposase en plus d'autres gènes, ainsi que de courtes séquences flanquantes qui sont des compléments inverses les uns des autres.

Il existe trois types de transposition. Dans le premier type, connu sous le nom de transposition non réplicative ou conservatrice, le gène codant la transposase produit l'enzyme dimérique qui se clive à de courtes séquences inversées qui bordent un transposon d'ADN. Ensuite, les séquences inversées se rassemblent pour former une boucle d'ADN qui peut être insérée dans un chromosome cible par des coupes médiées par la transposase.

Dans le deuxième type appelé transposition réplicative, la transposase clive à la fois les terminaux du transposon et l'ADN cible. Ensuite, les extrémités trois prime du transposon et les extrémités cinq prime de l'ADN cible sont reliées de façon covalente dans une étape appelée transfert de brin. Cela crée un intermédiaire où l'extrémité cinq prime du transposon est encore attachée à l'ADN donneur.

Les extrémités non liées sont utilisées comme des amorces par l'ADN polymérase pour répliquer le transposon. Cet intermédiaire est appelé un cointégré. Les enzymes appelées résolvases clivent l'intermédiaire au niveau du site de résolution interne générant des ADN donneurs et cibles qui ont chacun une copie du transposon.

Dans le troisième type de transposition, l'élément transposable est d'abord transcrit dans un intermédiaire d'ARN connu comme rétrotransposon. L'ARN est recopié dans une séquence d'ADN par transcription inverse, puis inséré dans un site cible. Malgré leurs différents mécanismes, ces trois processus peuvent modifier la structure génomique et potentiellement la fonction de l'ADN cible.