L'initiation de la traduction est complexe car elle implique plusieurs molécules. L'ARNt initiateur, les sous-unités ribosomiques et les facteurs d'initiation eucaryotes (eIF) doivent tous s'assembler sur le codon d'initiation de l'ARNm. Ce processus consiste en plusieurs étapes qui sont médiées par différents eIF.

Tout d'abord, l'ARNt initiateur doit être sélectionné dans le pool d'ARNt élongateurs par le facteur d'initiation eucaryote 2 (eIF2). L'ARNt initiateur (Met-ARNt) a conservé des éléments de séquence comprenant des bases modifiées à des positions spécifiques. Cela rend Met-ARNi différent des autres

ARNt transportant la méthionine.

Ensuite, le complexe ternaire eIF2/GTP/Met-tRNAi et d'autres eIF se lient à la petite sous-unité ribosomique pour former un complexe de pré-initiation 43S. Avant que le complexe de pré-initiation ne lie l'ARNm, pour s'assurer qu'un ARNm correctement traité est traduit, la cellule utilise la reconnaissance de la coiffe initiale en 5’ de l'ARNm par la sous-unité eIF4E de eIF4F.

La plupart des ARNm eucaryotes sont monocistroniques, c'est-à-dire qu'ils ne codent qu'une seule protéine. Une fois que le complexe de pré-initiation est lié à l'ARNm, le complexe avance pour rechercher le premier triplet AUG, qui se trouve généralement à 50 100 nucléotides en aval de la coiffe 5′- terminale.

Au cours de cette analyse, les nucléotides adjacents au codon de départ affectent l'efficacité de la reconnaissance des codons. Si le site de reconnaissance est sensiblement différent de la séquence de reconnaissance consensus (5&#-ACCAUGG-3ʹ), le complexe de pré-initiation peut sauter le premier triplet AUG dans l'ARNm et continuer le balayage jusqu'au prochain AUG. Ce phénomène est connu sous le nom de “leaky scanning.” Plusieurs virus, tels que le virus du papillome humain, utilisent le balayage à fuite comme mécanisme prédominant lors de la traduction. D'autres cellules l'utilisent également fréquemment pour produire plusieurs protéines à partir de la même molécule d'ARNm.

Les ribosomes bactériens peuvent s'assembler directement sur un codon d'initiation situé plusieurs nucléotides en aval de la séquence Shine-Dalgarno. Ainsi, une seule molécule d'ARNm bactérien peut coder pour plusieurs protéines différentes, ce qui rend les ARNm polycistroniques bactériens.