Commencez par lancer le logiciel d’exploitation du microscope. Sous l’onglet Configuration, choisissez le type de plaque prédéfini approprié. Appuyez sur éjecter pour accéder à la platine de la plaque afin de positionner la plaque, puis appuyez sur load pour charger la plaque dans le microscope.
Ensuite, choisissez l’objectif 20 fois l’air avec une ouverture numérique de 0,4. Ajustez le collier de correction de l’objectif pneumatique 20x en fonction de l’épaisseur de la plaque du type de plaque choisi. Réglez la sélection de canal sur Hoechst 33342 et ajustez les paramètres d’imagerie pour le canal Hoechst.
Testez les réglages choisis en sélectionnant un puits représentatif à l’intérieur de la plaque. Dans la mise en page définie, sélectionnez tous les puits de plaques et les rubriques. Choisissez ensuite le dossier correspondant sous Travaux en ligne pour transférer les données vers le logiciel d’analyse en ligne.
Les paramètres de l’expérience sont enregistrés. Sous l’onglet Exécuter l’expérience, la plaque qui va être imagée est nommée et le processus d’imagerie est démarré. Pour commencer l’analyse d’images, lancez d’abord le logiciel, choisissez les images à analyser, puis cliquez sur l’onglet Analyse d’images pour démarrer la segmentation d’images.
Ensuite, cliquez sur le signe plus dans l’onglet de l’image d’entrée pour ajouter un nouveau bloc de construction. Dans la liste, cliquez sur trouver des noyaux. Choisissez la méthode de segmentation la plus appropriée après avoir inspecté les objets segmentés sur l’image.
Ajustez les paramètres de détection dans la méthode de segmentation. Cliquez sur définir les résultats et choisissez la sortie standard comme méthode. Cliquez sur enregistrer l’analyse dans la base de données pour enregistrer le pipeline d’analyse.
Sous l’onglet Analyse par lots, cliquez sur le pipeline enregistré qui apparaîtra sous l’option méthode. Sélectionnez ensuite les données à analyser. Démarrez l’analyse en cliquant sur démarrer l’analyse pour générer le jeu de données pour les numéros de cellules.
Le test cellulaire décrit repose sur une lecture rapporteur qui reflète indirectement les changements dans l’activité de l’ATG4B, permettant la détection à la fois des inhibiteurs et des activateurs de l’activité de l’ATG4B. Le rapport entre l’activité ATG4B de chaque composé et sa viabilité cellulaire est utilisé comme valeur seuil pour l’identification des inhibiteurs de l’ATG4B. Les rapports supérieurs à un indiquent des activateurs possibles de l’ATG4B et les rapports inférieurs à un indiquent des inhibiteurs possibles de l’ATG4B.
