Une fois qu’un ensemble de données TIMS TOF MS/MS a été collecté en mode passif d’acquisition dépendante des données, ou DDA, exécutez l’acquisition indépendante des données, ou DIA, sur l’application logicielle de mobilité ionique. Pour ce faire, chargez d’abord la méthode DDA précédemment enregistrée. Changez la spectrométrie de masse en fragmentation passive DIA.
Laissez tous les autres paramètres inchangés. Sous l’onglet MS/MS, sélectionnez Modifier les fenêtres, puis utilisez le bouton Ouvrir l’analyse situé en haut de la fenêtre contextuelle DIA et chargez l’ensemble de données DDA précédemment enregistré. Lorsqu’une carte thermique apparaît en bas à gauche, affichant un polygone de fenêtres en diagonale sur le graphique, cliquez et faites glisser pour redimensionner le polygone afin qu’il s’adapte aux données de la carte thermique.
Définissez le nombre de fenêtres de mobilité dans la largeur par masse et le chevauchement. Cliquez sur calculer les fenêtres en bas à droite de la fenêtre contextuelle pour voir les fenêtres affichées avec les nouveaux paramètres. Une fois que vous le souhaitez, cliquez sur Appliquer.
