Pour commencer, imagez les échantillons d’organoïdes dérivés de SW1222 colorés avec un microscope à épifluorescence à 10x. Utilisez uniquement les canaux Rhod et DAPI. Lancez le logiciel ImageJ et cliquez sur plugin, suivi des macros.
Exécutez ensuite le convertisseur de retour sur investissement ImageJ. py du site GitHub Cell Pose. Lorsqu’une fenêtre apparaît, sélectionnez le premier fichier dans le dossier des organoïdes deux-points et cliquez sur ouvrir.
Choisissez ensuite le ségré. npy correspondant au premier fichier, puis cliquez sur Ouvrir. Ensuite, appuyez sur Sélectionner tout dans la fenêtre du gestionnaire de retour sur investissement et appuyez sur Mesurer.
Maintenant, cliquez sur fichier, puis sur Enregistrer sous dans la fenêtre des résultats pour enregistrer les résultats. Répétez la conversion d’image pour la même image dans le dossier pour la lumière organoïde du côlon. Ensuite, chargez le logiciel Origin Pro, cliquez sur données, puis sur importer le fichier pour localiser l’assistant d’importation.
Sélectionnez les deux fichiers CSV correspondant aux propriétés organoïde et en forme de lumière pour la même image. Copiez les propriétés en forme de lumen dans la colonne des résultats de la colonie pour associer chaque mesure de lumen à sa colonie correspondante. Dans une nouvelle colonne, divisez les aires de la lumière et de la colonie pour obtenir la surface lumineuse relative de la colonie correspondante.
Sélectionnez la colonne correspondant à la circularité de chaque colonie et à la zone lumineuse. Ensuite, cliquez séquentiellement sur le tracé, la 2D de base et la dispersion. Faites un clic droit sur la fenêtre du tracé et choisissez les détails du tracé.
Cliquez sur l’onglet centroid pro et sélectionnez les options suivantes : afficher le point du centroïde pour le sous-ensemble, se connecter aux points de données et afficher l’ellipse. Les cellules cultivées en 2D présentaient une très forte variation de circularité des colonies. Les cellules cultivées dans Matrigel avaient une distribution plus étendue pour la taille relative de la lumière.
