Commencez par ajouter tous les ensembles de données d’entrée multiomiques au dossier de données d’entrée. Ils contiennent ici des données provenant de patients atteints de syndromes coronariens stables, chroniques et aigus. Pour prétraiter les données, cliquez sur le symbole du dossier, puis double-cliquez sur les scripts et configurations mofa_workflow pour accéder au dossier de configuration.
Double-cliquez sur le fichier CSV de configuration des données pour l’ouvrir. Dans la colonne de valeur, entrez les chemins d’accès aux dossiers de données d’entrée et de résultats. Dans la colonne nom-valeur de configuration, spécifiez un nom à ajouter en tant qu’extension de fichier pour tous les fichiers enregistrés.
Pour enregistrer les modifications, sélectionnez Fichier et Enregistrer le fichier CSV dans le menu en haut. Ensuite, à l’aide du menu de navigation sur le côté gauche, cliquez sur scripts pour aller dans le dossier scripts. Double-cliquez sur 00_Configuration_Update.
ipynb pour ouvrir le notebook d’initialisation. Pour exécuter le script, cliquez sur le bouton Redémarrer le noyau et exécuter toutes les cellules en haut, puis cliquez sur Redémarrer dans la fenêtre contextuelle. Pour accéder au dossier configurations, double-cliquez sur configurations.
Double-cliquez ensuite sur 01_Pre_Processing_SC_Data. csv pour ouvrir le fichier. Vérifiez les valeurs remplies automatiquement, sélectionnez Fichier et Enregistrer le fichier CSV dans le menu en haut pour enregistrer les modifications.
Ensuite, utilisez le menu de navigation sur le côté gauche et cliquez sur scripts pour accéder au dossier scripts. Double-cliquez sur 01_Prepare_Pseudobulk. ipynb pour ouvrir le bloc-notes.
Pour exécuter le script, cliquez sur le bouton Redémarrer le noyau et exécuter toutes les cellules en haut, puis cliquez sur Redémarrer dans la fenêtre contextuelle. Pour accéder au dossier figures, double-cliquez d’abord sur figures, puis sur 01_figures. Ouvrez le graphique nouvellement généré FIG01_Amount_of_Cells vue d’ensemble.
Examinez ensuite le graphique pour identifier les groupes de types de cellules avec un très faible nombre de cellules par échantillon. Notez les noms de ces ID de cluster pour les exclure dans les étapes suivantes. Pour revenir au dossier de configuration, cliquez sur les points et double-cliquez sur les configurations.
Ouvrez ensuite le fichier 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv. Ajoutez tous les ID de cluster identifiés pour l’exclusion à l’étape précédente, séparés par des virgules dans la colonne cell_type_exclusion. Pour enregistrer les modifications, sélectionnez Fichier et Enregistrer le fichier CSV dans le menu en haut.
Ouvrez maintenant le fichier 02_Pre_Processing_Configuration. CSV et ajustez la configuration de prétraitement pour chaque ensemble de données inclus et stocké dans le dossier d’entrée de données. Ajustez les paramètres dans les colonnes selon vos besoins en fonction des étapes de prétraitement à appliquer.
Enregistrez les modifications en sélectionnant Fichier et Enregistrer le fichier CSV. Pour accéder au dossier scripts, cliquez sur scripts. Ouvrez le bloc-notes 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb.
Cliquez sur le bouton Redémarrer le noyau et exécuter toutes les cellules en haut, puis cliquez sur Redémarrer dans la fenêtre contextuelle. Ensuite, accédez au dossier 02_results généré. Cliquez sur le symbole du dossier, puis double-cliquez sur les résultats et 02_results.
Vérifiez qu’il inclut le 02_Combined_Data de fichier, le nom de la configuration, le fichier CSV INTEGRATED contenant le fichier d’entrée de données de prétraitement combiné.
