Pour commencer, rendez-vous sur le site Web du NCBI pour récupérer le gène requis de la variété de riz Japonica. Téléchargez et accédez au génome de référence dans le logiciel de gène SNAP. Analyser les insertions ou les délétions et les polymorphismes mononucléotidiques dans la séquence d’exon de O-S-S-B-E 2B de la variété X134, en la comparant au génome de référence.
à l’aide de l’outil de sablage d’amorces NCBI, concevoir des amorces, flanquer les régions exon. Pour valider la séquence d’exon du gène O-S-S-B-E 2B dans X134 par séquençage de Sanger, préparez la réaction et exécutez le programme de PCR avec les paramètres appropriés. Concevez l’ARN guide unique, ou S-G-R-N-A sur la séquence d’exon O-S-S-B-E 2B de X134, en respectant le protocole, et assurez-vous que la séquence de motif adjacente à l’espaceur proto est TTN.
Ajoutez un CAC OLIGOS à l’extrémité cinq premiers de l’amorce directe et des OLIGOS GGCC à l’extrémité cinq premières de l’amorce inverse. Après avoir dissous les amorces, mélangez un microlitre de chaque amorce avec huit microlitres de tampon de recuit. Placez le mélange dans la machine PCR et lancez le programme de recuit.
Assemblez le S-G-R-N-A dans le vecteur d’édition du génome et exécutez le programme d’assemblage PCR. Transformer le vecteur résultant en cellules d’Escherichia coli et effectuer une amplification PCR sur des colonies individuelles pour dépister les insertions réussies afin de confirmer la réussite du clonage à l’aide du séquençage de Sanger.
