OpenProt est la première base de données qui permet une annotation polysystronic des génomes eucaryotes, reconnaît le potentiel de codage des proto-gènes et permet la découverte de protéines auparavant indétectables. Nous avons conçu ce protocole afin qu’il soit accessible à tous les utilisateurs sans nécessiter de compétences bioinformatiques étendues Il place essentiellement les découvertes protéomiques à la portée de tous. Pour comprendre et relever les défis d’aujourd’hui en médecine, nous devons bien comprendre le paysage protéomique et tous les acteurs et leur dynamique.
OpenProt offre cette possibilité. Bien qu’ici, OpenProt est utilisé pour l’analyse des expériences patonomiques, il peut également être utilisé avec d’autres systèmes car il fournit simplement une définition plus claire du protéome. Commencez par ouvrir le site OpenProt et en utilisant le lien à partir du menu de la page supérieure pour ouvrir la page téléchargements.
Cliquez sur les espèces d’intérêt en fonction des données expérimentales des analyses et du type de protéine souhaité. Cliquez sur AllProts, Isoforms et RefProds pour générer des fichiers contenant tous les types de protéines connus et nouveaux présents dans la base de données OpenProt et si disponible, cliquez sur l’annotation à partir de laquelle les séquences protéiques sont tirées. Cliquez sur le niveau de preuves à l’appui nécessaires à la prise en compte des protéines selon l’objectif de recherche.
Cliquez ensuite, tous les fichiers prévus pour générer des fichiers contenant toutes les prédictions OpenProt et cliquez sur le format de fichier souhaité pour télécharger. Pour les anayses protéomiques, sélectionnez le fichier protéique FASTA. Le fichier readme contiendra toutes les informations nécessaires sur le format du fichier.
Pour le traitement des bases de données, connectez-vous à une instance d’outil protéomique appropriée et créez un nouvel historique. Pour importer la base de données OpenProt téléchargée, cliquez sur Télécharger. Pour saisir le flux de travail de gestion de la base de données, rendez-vous sur la page de flux de travail, cliquez à nouveau sur Télécharger et cliquez sur exécuter le flux de travail.
Sélectionnez ensuite la base de données OpenProt importée comme entrée et renommez le fichier Fasta obtenu en quelque chose de significatif. La base de données est prête à être utilisée pour des analyses protéomiques. Pour la préparation de fichiers de spectrométrie de masse, ouvrez l’outil de conversion MS librement disponible à partir de la suite assistant proteo et téléchargez le fichier de données à analyser.
Sélectionnez l’annuaire pour la sortie et définissez le format de fichier désiré pour mzML, puis utilisez l’algorithme basé sur l’onde sur les niveaux de spectrométrie de masse un et deux pour sélectionner un filtre de sélection de pointe et commencer la conversion. Pour la quantification des protéines, créez une nouvelle histoire et faites glisser et déposez la base de données précédemment créée dans la nouvelle histoire. Cliquez sur Télécharger pour importer le fichier de données mzML transformé.
Ouvrez la page workflow, cliquez à nouveau sur Télécharger pour importer le flux de travail souhaité, et sélectionnez exécuter le flux de travail pour examiner les différents paramètres. Sélectionnez le fichier de données mzML importé et entrez la base de données précédemment créée comme fichier Fasta de base de données. Depuis le flux de travail utilise le X!
Moteur de recherche tandem, cliquez sur Télécharger pour importer le X! Fichier de configuration par défaut tandem. Pour tenir compte de l’augmentation substantielle de la taille lors de l’utilisation de l’ensemble de l’OpenProt databse utiliser un taux rigoureux de fausse découverte.
Pour le contrôle de la qualité, exécutez l’outil d’information de fichier sur la sortie du filtre ID pour fournir des mesures communes des performances, telles que le nombre d’allumettes de spectre peptidique ou le nombre de peptides et de protéines identifiés. Pour l’exploration de bases de données OpenProt, retournez sur le site OpenProt et ouvrez la page de recherche. Cliquez sur les espèces d’intérêt pour lesquelles la protéine a été identifiée et entrez le numéro d’accession protéique dans la boîte de requête en protéines.
Cliquez sur sur la surtension et un tableau contenant des informations de base pour la protéine interrogée apparaîtra. Ensuite, cliquez sur le lien de détails. La page nouvellement ouverte contiendra un navigateur génomique centré sur la protéine interrogée, ainsi que d’autres informations.
Pour obtenir des séquences de protéines ou d’ADN, cliquez sur les liens protéine ou ADN à partir des onglets d’information, respectivement Cliquez sur les onglets pour parcourir les informations détaillées sur la détection de profilage ribosome preuve de spectrométrie de masse, et la conservation et les domaines de protéines identifiées. Dans cette anlyse représentative, la plupart des protéines identifiées dans l’article original ont également été identifiées à l’aide de l’OpenProt 2_pep ou de la base de données OpenProt_all, montrant que les bases de données OpenProt sont capables de produire une identification et une quantification des protéines comparables à celles des procédures actuelles basées sur les bases de données InterPro KB. 11 protéines bien prises en charge qui ne sont pas encore annotées dans les bases de données ont été identifiées dans tous les ensembles de données avec des peptides confiants à l’aide de la base de données OpenProt 2_pep’openprot.
29 nouvelles protéines ont été découvertes dans tous les ensembles de données avec des peptides confiants à l’aide de la base OpenProt_all base de données. Le taux rigoureux recommandé de fausse découverte n’a pas affecté les identifications protéiques les plus confiantes, bien qu’il ait diminué le nombre total de protéines identifiées. Une protéine nouvelle a été découverte en tant qu’interacteur de la protéine Raf-1.
Ces protéines n’avaient pas été précédemment détectées par spectrométrie de masse ou profilage ribosome et ont démontré un spectre de bonne qualité. N’oubliez pas de vous assurer que les paramètres sélectionnés sont adéquats à la conception expérimentale et vérifiez toujours la qualité des preuves sportives lors de la déclaration de nouvelles découvertes de protéines. Ce protocole est adaptable à toutes les expériences de protéomique descendante, notamment lorsqu’il est utilisé avec la protéomique fonctionnelle.
Cela permettra un dépistage et une compréhension beaucoup plus profonds des interactions protéiques et des voies cellulaires. OpenProt souligne la sous-estimation substantielle du paysage protomic relayée par les notations génomiques actuelles et met l’accent sur la nature polysystronic des gènes eucaryotes. C’est une toute nouvelle voie de recherche.
La beauté de ce protocole est qu’il ne nécessite pas de compétences bioinformatiques étendues et que, puisqu’il utilise des serveurs distants, il peut être exécuté sur n’importe quel ordinateur.
