Les biobanques sont des ressources essentielles pour la recherche translationnelle et clinique fondamentale, mais elles agissent également comme des acteurs clés reliant la recherche universitaire et l’industrie pharmaceutique-biotechnologique. Ce protocole présente les procédures opérationnelles standard de la biobanque à l’IAO, une biobanque entièrement certifiée travaillant conformément à la norme la plus récente pour la biotechnologie, la biobanque et les exigences générales pour les biobanques. La disponibilité d’échantillons biologiques de haute qualité provenant de patients atteints de cancer est essentielle au développement d’outils de diagnostic de nouvelle génération et les thérapeutes les adaptent à chaque patient.
La biobanque de matériel biologique provenant de patients atteints de cancer nécessite un personnel spécialisé et de nombreuses certifications. Le personnel doit être constamment formé et mis à jour. Ce protocole doit donc être le point de départ pour ceux qui souhaitent constituer une biobanque.
Pour commencer, diffusez une bande dessinée éducative dans les salles d’attente pour informer les patients de l’importance de l’impact de la RPA. Fournir des signets de gadgets à tous les patients. Utilisez le logiciel LIMS pour suivre tous les échantillons biologiques.
Identifier les patients à l’aide de codes. Attribuez un code unique à chaque personne qui correspond au numéro du dossier médical. Vérifiez si le patient est inscrit à un essai clinique ou à un projet de recherche approuvé spécifié en remplissant correctement le champ du projet d’étude dans chaque profil de patient.
Informez les techniciens si le risque d’infection est inconnu. Jeter les échantillons présentant des résultats positifs ou des risques inconnus. Pour les échantillons frais, enregistrez les échantillons de sang dans le logiciel de la biobanque.
Étiquetez les vacutainers avec le code d’identification de la biobanque et livrez-les aux utilisateurs autorisés. Pour les échantillons congelés stockés dans la biobanque, préparer deux tubes enduits 2D de la cryobanque de 900 microlitres de sang chacun. Enregistrez les aliquotes dans le logiciel de la biobanque.
Placez-les sur une plaque de code à barres spécifiée et stockez-les à moins 80 degrés Celsius pour assurer une température constante. Versez le sang des tubes de prélèvement d’EDTA dans le tube conique stérile vide de 50 millilitres et diluez-le à l’aide de PBS 1X stérile. Utilisez le PBS pour rincer le tube sanguin.
Centrifuger les tubes à 400 RCF pendant 30 minutes à 20 degrés Celsius et traiter les tubes sous une hotte à risque biologique. Récupérez la couche blanche moyenne contenant des PBMC à l’aide d’une pipette Pasteur et placez-la dans un nouveau tube conique stérile de 50 millilitres. Ajoutez jusqu’à 45 millilitres de PBS pour laver les PBMC.
Mélanger et centrifuger à 400 RCF pendant 10 minutes à quatre degrés Celsius. Récupérez la pastille et remettez-la en suspension dans du PBS. Ensuite, comptez les cellules à l’aide de chambres Burker jetables.
Répétez le lavage PBS pour les PBMC comme décrit dans le manuscrit texte. Diluer les PBMC dans le milieu congélateur et préparer des tubes revêtus cryobank 2D en transférant un millilitre de cellules en suspension dans chaque tube cryogénique. Placez les échantillons dans une boîte cryogénique spécifique et stockez-les à moins 80 degrés Celsius dès que possible.
Centrifuger le vacutainer contenant les échantillons de sang total à 2 000 g pendant 10 minutes à quatre degrés Celsius. Retirez la couche supérieure du plasma à l’aide d’une pipette Pasteur de trois millilitres et transférez-la dans un tube conique stérile de 15 millilitres. Ensuite, centrifuger à 16 000 RCF pendant 10 minutes à quatre degrés Celsius pour éliminer les cellules sanguines contaminantes.
Transférer le plasma dans des tubes enduits 2D d’une cryobanque d’un millilitre. Enregistrez les aliquotes dans le logiciel de la biobanque. Placez-les sur une plaque de code-barres spécifique et stockez-les à moins 80 degrés pour assurer une température constante.
Faire examiner des échantillons de tissus par un pathologiste afin de déterminer si le matériel qui n’est pas nécessaire aux procédures diagnostiques est suffisant à des fins de recherche. Dans la mesure du possible, prélevez même la contrepartie non pathologique du tissu pathologique. Placer les échantillons dans des boîtes de Petri de culture cellulaire stérile étiquetées P et NP. Gardez le tissu sur la glace à quatre degrés Celsius et divisez-le en trois parties chacune.
A, B et C si suffisamment de matériel est disponible. Pour les échantillons de tissus frais marqués comme A, placer les aliquotes fraîches de tissus P et NP dans des tubes avec le milieu de culture approprié défini dans chaque protocole spécifique et les envoyer à des unités de recherche externes. Pour les échantillons de tissus OCT étiquetés B, remplissez-les de résine OCT et placez-les immédiatement dans un appareil de congélation instantanée à moins 80 degrés Celsius.
Pour les échantillons de tissus étiquetés C, placer les échantillons de tissus restants dans des tubes revêtus de cryobanque 2D dans l’appareil de congélation instantanée. Conservez les assiettes à moins 80 degrés Celsius. Au total, 38 446 biopsies liquides biologiques annotées et 10 205 échantillons de tissus ont été prélevés d’avril 2012 à décembre 2021.
Le nombre d’échantillons prélevés, en particulier de tissus de 2020 à 2021, a diminué en raison de la pandémie de COVID-19 et de la réduction connexe des procédures oncologiques. Les échantillons prélevés dans les divisions d’urologie, de gynécologie, de sonologie et de chirurgie de la tête et du cou, abdominale, pelvienne et thoracique ont été analysés en détail. Le plus grand nombre d’échantillons de tissus ont été prélevés sur des tumeurs du sein.
La collecte d’autres échantillons biologiques, tels que l’urine, les selles et les écouvillons buccaux, a considérablement augmenté à la suite de la demande au fil des ans. Cette option fournit une plate-forme fondamentale pour le stockage des échantillons biologiques et améliore la reproductibilité des programmes de recherche sur le cancer. Ces échantillons peuvent être utilisés pour différentes applications de recherche telles que le séquençage de nouvelle génération ou la spectrométrie de masse.
Notre plateforme est capable de mettre en œuvre de nouveaux algorithmes d’intelligence artificielle dans la recherche translationnelle avec le potentiel de changer la façon dont les patients atteints de cancer sont traités.
