באיקריוטים, שכפול הדנ"א מתרחש במהלך שלב ה-S של מחזור התא. מערכת בקרת מחזור התא, המורכבת מרשת של חלבונים רגולטוריים, שולטת בהתקדמות מחזור התא.

קינאז תלוי ציקלין בשלב S, או S-Cdks, הם קומפלקסים אנזימים המעורבים בבקרת מחזור התא במהלך שלב S. מערכת בקרה זו מבטיחה שכל נוקלאוטיד בגנום יועתק פעם אחת בלבד במהלך השכפול.

שכפול הדנ"א מתחיל במקורות השכפול, הקיימים במספר מקומות בכרומוזומים. לפני תחילת השכפול, קומפלקסים רב-חלבוניים הנקראים מתחמי זיהוי מקור נקשרים לדנ"א ומשמשים כאתרי עגינה לחלבונים אחרים.

במהלך שלב G1 המוקדם של מחזור התא, חלבוני הבקרה Cdc6 ו-Cdt1 נקשרים ל-ORCs, ומסייעים בהרכבה של קבוצת חלבונים הנקראת חלבוני MCM לקומפלקסים טבעתיים לא פעילים על גבי הדנ"א הסמוך, ובכך יוצרים קומפלקסים רב-חלבוניים גדולים הנקראים קומפלקסים קדם-שכפולים או קדם-RCs. MCMs מתפקדים כמנחת מסוקים של DNA לצורך שכפול.

בתחילת שלב S, S-Cdks מופעלים ומעוררים ירי מקור, או התחלת שכפול DNA, על ידי זרחן חלבונים יוזמים ספציפיים. חלבונים יוזמים פוספורילציה לקדם את הגיוס של מתחמי activator helicase. קומפלקסים אלה מפעילים את מנחת המסוקים של הדנ"א ומגייסים את הדנ"א פולימראז, מה שמוביל לשכפול.

S-Cdks לא רק יוזמים שכפול אלא גם מונעים שכפול מחדש מלהתרחש באותו מקור.

S-Cdks פוספורילט את חלבוני Cdc6 ו-Cdt1, מקדם את שחרורם מה-ORCs, מה שמוביל לפירוק ולפירוק של החלבונים הקדם-RCs.

לאחר שכפול הדנ"א, כאשר מנחת המסוקים מתנתק מגדיל הדנ"א, ה-S-Cdks פוספוריים את מנחת המסוקים, מה שמפעיל את יציאתם מהגרעין.

מנגנון בקרת מחזור תא זה המערב S-Cdks מונע אתחול מחדש של שכפול, ובכך מבטיח ששכפול הדנ"א יתרחש רק פעם אחת בכל מחזור תא.