מקור: מעבדות של ד"ר איאן פפר וד"ר צ'ארלס ג'רבה - אוניברסיטת אריזונה
מחבר מפגין: בראדלי שמיץ
תגובת שרשרת פולימראז (PCR) היא טכניקה המשמשת לזיהוי מיקרואורגניזמים הנמצאים בקרקע, במים ובסביבות אטמוספריות. על ידיגברת מקטעים ספציפיים של DNA, PCR יכול להקל על זיהוי וזיהוי של מיקרואורגניזמים היעד עד למין, זן, ורמת serovar / pathovar. ניתן להשתמש בטכניקה גם כדי לאפיין קהילות שלמות של מיקרואורגניזמים בדגימות.
פולחן המיקרואורגניזמים במעבדה באמצעות מדיית צמיחה מיוחדת הוא טכניקה ותיקה ונשאר בשימוש לגילוי מיקרואורגניזמים בדגימות סביבתיות. חיידקים רבים בסביבה הטבעית, בעודם בחיים, שומרים על רמות נמוכות של פעילות מטבולית ו/או זמני הכפלה ולכן מכונים אורגניזמים בני קיימא אך לא פולחניים (VBNC). השימוש בטכניקות מבוססות תרבות בלבד אינו יכול לזהות חיידקים אלה, ולכן אינו מספק הערכה יסודית של אוכלוסיות מיקרוביאליות בדגימות. השימוש ב- PCR מאפשר זיהוי של חיידקים הניתנים לתנור, אורגניזמים VBNC ואלה שאינם חיים או פעילים עוד, שכן הגברה של רצפים גנטיים אינה דורשת בדרך כלל העשרה מוקדמת של מיקרואורגניזמים הקיימים בדגימות סביבתיות. עם זאת, PCR אינו יכול להבדיל בין המצבים הנ"ל של כדאיות ופעילות. בשילוב עם טכניקה אחת או יותר המבוססת על תרבות, הכדאיות של תת-קבוצות מסוימות של מיקרואורגניזמים עדיין עשויה להיקבע.
1. איסוף דוגמאות
2. מיצוי והכנה של חומצות גרעין
באיור 1, סולם הדנ"א (נתיב 1) מספק התייחסות לגודל ולריכוז המשוער של רצועות של מוצרי ה-PCR. השליטה השלילית (נתיב 2) אינה מכילה כל חומר גנטי, בעוד הפקד החיובי (נתיב 3) מוגבר מתבניות הידועות כמכילות את ה- DNA המשמש כיעד כדי לציין את הגודל והמיקום של רצועות היעד. דגימות 4, 6, 8 ו-9 מציגות דפוס פס דומה...
PCR יכול להיות מועסק כדי לקבוע במהירות את נוכחות או היעדר פתוגנים בסביבה. לדוגמה, פריימרים ספציפיים אמבה אוכל המוח, Naegleria fowleri, יגבירו את ה- DNA וייצרו רצועות חזקות על ג'ל אם האורגניזם נמצא במדגם. אם אורגניזם יחיד אינו העניין העיקרי, אלא גנים הקשורים לייצור רעלים ממגוון אורגניזמים, PCR יכול ל...
Skip to...
Videos from this collection:
Now Playing
Environmental Microbiology
44.1K Views
Environmental Microbiology
357.3K Views
Environmental Microbiology
125.3K Views
Environmental Microbiology
98.2K Views
Environmental Microbiology
41.8K Views
Environmental Microbiology
55.5K Views
Environmental Microbiology
28.6K Views
Environmental Microbiology
40.1K Views
Environmental Microbiology
47.6K Views
Environmental Microbiology
29.2K Views
Environmental Microbiology
39.0K Views
Environmental Microbiology
40.4K Views
Environmental Microbiology
182.6K Views
Environmental Microbiology
294.6K Views
Environmental Microbiology
13.6K Views
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved