לאחר קבלת כ-25 מיליון תאים מתורם מיטוכונדריה ביום השביעי, קצרו את התאים שגדלו באופן אקספוננציאלי בצינור של 50 מיליליטר ואספו אותם באמצעות צנטריפוגה בטמפרטורת החדר ו-520 גרם למשך חמש דקות. שטפו את התאים במי מלח חוצצים בפוספט קר ושקעו אותם בצנטריפוגה בטמפרטורת החדר ב-520 גרם למשך חמש דקות. מעתה ואילך, בצעו את כל מיצוי המיטוכונדריה בארבע מעלות צלזיוס באמצעות ריאגנטים קרים ושמרו את התאים או המיטוכונדריה על קרח.
לאחר הצנטריפוגה השלישית, יש להשליך את הסופרנאטנט על ידי שאיפה באמצעות פיפטה מזכוכית המוצמדת למשאבת ואקום ולהשהות מחדש את התאים הארוזים בנפח של חיץ היפוטוני השווה פי שבעה מנפח כדורי התא. לאחר מכן להעביר את השעיית התא לתוך צינור homogenizer ולתת לתאים להתנפח על ידי דגירה אותם על קרח במשך שתי דקות. שברו את קרומי התא על ידי ביצוע 8 עד 10 פעימות בהומוגנייזר המשולב למזיק מונע מנוע המסתובב במהירות של 600 סיבובים בדקה.
לתוך הומוגנט התא, להוסיף את המאגר hypotonic שווה פי שבעה נפח של הגלולה הראשונית כדי ליצור סביבה איזוטונית. מעבירים את ההומוגנאט לצינור של 15 מיליליטר וצנטריפוגות אותו ברוטור קבוע ב -1, 000 גרם וארבע מעלות צלזיוס למשך חמש דקות. לאחר מכן לאסוף רק 3/4 של supernatant, משאיר שוליים גדולים מן הגלולה כדי למנוע זיהום עם גרעינים או תאים שלמים ולהעביר אותו צינור אחר.
לאחר חזרה על התהליך פעמיים, מעבירים את הסופרנאטנט המכיל את החלק המיטוכונדריאלי לצינורות של 1.5 מיליליטר. צנטריפוגה את הצינורות במהירות מקסימלית של 18, 000g במשך שתי דקות בארבע מעלות צלזיוס. השליכו את הסופרנאטנט ושטפו את הגלולה המועשרת במיטוכונדריה עם חיץ A.שלבו את תכולת שני הצינוריות לאחד וצנטריפוגה כפי שהודגם קודם.
חזור על התהליך עד שכל החומר נמצא בצינור אחד בלבד. לשטוף את הגלולה המתקבלת מן הצנטריפוגה האחרונה באמצעות 300 מיקרוליטר של חיץ A.לכמת את ריכוז החלבון המיטוכונדריאלי באמצעות מבחן ברדפורד. לפני האיחוי עם קו התאים המקבל המיטוכונדריאלי, להעריך את היעדר מזהמי גרעינים בחלק המיטוכונדריאלי על ידי זיהוי חיסוני של חלבונים גרעיניים.
לחלופין, לבצע תגובת שרשרת פולימראז כמותית או הגברה QPCR של גן גרעיני.
