באמצעות מיקרוסקופ קונפוקלי ומטרה של 40X, צור פרופיל סריקה עם התעלות הפלואורסצנטיות המתאימות לסמן השומנים שבו נעשה שימוש. לאחר הגדרת מצב הרכישה והערוצים, מטב את אסטרטגיית המיקוד על ידי לחיצה על מיקוד אוטומטי של תוכנה. לאחר מכן הגדר את טווח מחסנית Z ל -20 מיקרון.
לאחר מכן, מטב אריחים ופתח את המציג כדי לבחור את מיקומי האריח. לאחר מכן, באמצעות שיטת עיבוד תמונה אצווה, צרו הקרנות מרביות של כל ערימת Z בשיטת עומק המיקוד המורחב. לפני ייצוא התמונות, הגדר את הדחיסה ללא וודא שהנתונים המקוריים נבדקו.
התמונה המתקבלת היא TIFF בקנה מידה אפור הקרנה מרבי של ערוץ הפלואורסצנטי בלבד, המבטא את סמן השומנים. זהה את תמונות TIFF המייצגות את Nile Red, BODIPY או APOE והעבר אותן לתיקייה Images בספרייה בשם Nile Red, BODIPY או APOE, בהתאם לשיטה שבה נעשה שימוש. פתח את תוכנת יחידת השומנים.
בכרטיסייה חיזוי, בחר את הספרייה הרלוונטית על ידי לחיצה על שלוש הנקודות וניווט לספרייה בעלת השם. ודא שיחידת השומנים זיהתה את התמונות כראוי על-ידי בדיקת ערך המחלקה. לחצו על 'חזוי' כדי לצפות בהתקדמות המשימה, ולאחר מכן, בעזרת הכלי 'ניתוח מסיכות', בצעו איטראציה בין המסיכות שנוצרו וספקו ספירה כמותית של משקעי השומנים הסף מתמונות המסיכה.
התמיינות מוצלחת והבשלה של RPE הראתה חד-שכבה משולבת עם פיגמנטציה ומורפולוגיה מצולעת. לעומת זאת, התמיינות לא מוצלחת הראתה צבירים של תאים גוססים. בתמונות ניאון, מרבצי הנילוס האדום והבודיפי הופיעו כנקודות עגולות קטנות ובהירות.
תוצאה שלילית מציגה פילוח תמונה שגוי על ידי התייחסות שגויה לפלואורסצנטיות רקע כפיקדון, בין אם עקב צביעה חלשה או עוצמת רקע גבוהה. מוצגים משקעי APOE המשתנים בגודל, בצורה ובעוצמת האות ודורשים אופטימיזציה של שיטות צביעה והדמיה כדי למזער את השונות.
