כדי להתחיל, הסירו את הכובעים העליונים והתחתונים מעמוד הסחיטה של ערכת העשרת החלבון המסחרית ושמרו אותם לשימוש עתידי. הניחו את עמוד הסחרור הלא מכוסה בצינור מיקרו-צנטריפוגה של שני מיליליטר. בצע צנטריפוגה של ההתקנה ב-1000 G ובטמפרטורת החדר למשך 30 עד 60 שניות כדי להסיר ולהשליך את פתרון האחסון.
מוסיפים 200 מיקרוליטר של חיץ כביסה לחרוזי ההעשרה בעמוד הסחיטה, ומערבבים על ידי פיפטינג למעלה ולמטה מספר פעמים. לאחר צנטריפוגה של עמוד הסחרור כפי שהודגם קודם לכן, השליכו את המאגר שנאסף. החלף את המכסה התחתון והוסף 200 מיקרוליטר מים לעמוד הסחיטה לפני החלפת המכסה העליון.
מערבבים את תרחיף החרוזים המימי המוכן על ידי פיפטציה שלו מעלה ומטה לפני העברת 40 מיקרוליטר ממנו לדגימת המוצר המוכנה מראש של נוגדנים חד-שבטיים (monoclonal antibody). דוגרים על הצינור על ידי סיבובו בטמפרטורת החדר למשך שעתיים. לאחר מכן, לעשות חורים frit בגודל מתאים באמצעות מחט 16 מד ולהכניס אותו לתוך קצה קצה של 200 מיקרוליטר קצה.
מעבירים את הדגימה עם חרוזים לקצה המוכן ומניחים אותה בצינור מיקרו צנטריפוגה של שני מיליליטר עם חור במכסה העליון. צנטריפוגר את קצה הצינור כדי להסיר את התמיסה. שטפו את החרוזים על ידי הוספת 200 מיקרוליטר של חיץ כביסה לקצה.
הסר את חיץ הכביסה על ידי צנטריפוגה של הקצה בצינור מיקרו צנטריפוגה של שני מיליליטר. לאחר מכן, לשטוף את החרוזים בקצה עם 200 מיקרוליטר מים וצנטריפוגה כפי שהוצג קודם כדי להסיר את המים. כעת, הוסיפו 10 מיקרוליטר של חיץ אלוציה לקצה והשרו היטב את החרוזים בתוכו על ידי פיטום הבוצה למעלה ולמטה 10 פעמים.
העבירו את החוד לצינור מיקרו-צנטריפוגה חדש של 0.5 מיליליטר עם חור במכסה העליון וצנטריפוגה את הצינור כדי לאסוף את החלבון שחמק. הוסיפו 1.5 מיקרוליטר של תמיסת טריפסין לתוך eluent ולתת לו לעכל לילה ב 28 מעלות. לאחר מכן, להוסיף 1.5 מיקרוליטר של 25 מיליגרם למיליליטר של Dithiothreitol למדגם לדגור אותו ב 90 מעלות במשך 20 דקות.
לאחר מכן, לדגור את הדגימה עם 1.5 מיקרוליטר של 0.25 יודואצטמיד טוחנת בטמפרטורת החדר בחושך במשך 20 דקות. לאחר מכן, מוסיפים 3.5 מיקרוליטר של 10% חומצה טריכלורואצטית או TFA ומערבלים את הדגימה במשך שתי דקות. צנטריפוגה הדגימה ב 14, 400 G במשך 10 דקות בטמפרטורת החדר כדי לזרז SDC ו SLS.
אספו את הסופרנאטנט החומצי להתפלה. הוסף 50 מיקרוליטר של Buffer B לקצה ההתפלה GC. לאחר מכן מניחים את החוד במחזיק וצנטריפוגות אותו ב 1000 גרם למשך שלוש דקות בטמפרטורת החדר.
הוסיפו 50 מיקרוליטר של Buffer A לקצה וסובבו את הקצה כפי שהודגם קודם לכן. כעת, הוסיפו את הדגימה המוחמצת לקצה. צנטריפוגה את קצה המחזיק ב 500 G במשך שש דקות בטמפרטורת החדר.
לאחר מכן, שטפו את החוד על ידי הוספת 50 מיקרוליטר של חיץ A אליו וסובבו אותו ב 500 גרם במשך שלוש דקות בטמפרטורת החדר. הצהירו את הפפטיד מקצה ההתפלה GC על ידי הוספת 50 מיקרוליטר של Buffer B וצנטריפוגה של הקצה בצינור חדש ב-500 G למשך שלוש דקות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן, יבש את eluent שנאסף באמצעות רכז ואקום.
יש להשהות מחדש את הנוזל המיובש ב-30 מיקרוליטר של תמיסת חומצה פורמית 0.1%. מדוד את הספיגה האולטרה סגולה של תערובות הפפטיד ב 214 ננומטר באמצעות ספקטרופוטומטר. לבסוף, העבירו 10 מיקרוליטר מהדגימה המעוכלת לבקבוקון דגימת כרומטוגרפיה נוזלית ונתחו מיקרוגרם אחד של הדגימה באמצעות ננו LC-MS/MS.
פרופילי כרומטוגרמות היונים הכוללים של חלבוני התא המארח גילו כי בהשוואה לעיכול ישיר, רוב הפפטידים העיקריים של נוגדנים חד-שבטיים הופחתו או סולקו לאחר העשרת חלבונים שהודגמה יחד עם פרוטוקול עיכול מוגבל.
