עיבוד תמונה של נוירוני mDA אנושיים מוכתמים פלואורסצנטית iPSC ליצירת פרופיל פנוטיפי

כדי לעבד את התמונות של נוירונים מוכתמים פלואורסצנטית שנרכשו באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונפוקלי, השתמש בתוכנת קישור פנול עבור פילוח תמונה וחילוץ תכונות. בתוכנה לטעון את צלחת הבחירה כדי לגשת לנתונים ולבחור תמונה רצויה. כדי לבצע פילוח תמונה בתמונות הגולמיות המתוקנות של ההארה, התאימו את עוצמות הפלואורסצנט כדי להמחיש את הערוצים השונים.

קבע אמפירית את ספי עוצמת הערוץ המתאימים לכל לוחית כדי להבטיח שהאות המקוטע הרצוי מתאים לאות בתמונה הגולמית ולמזער את אות הרקע. כדי להפריד בין תאים חיים לתאים מתים, הגדירו את גודל הגרעין ואת סף העוצמה. מדוד את גודל הגרעין על ידי לחיצה כפולה והצג באופן חזותי את העוצמה המוצגת.

בעת שימוש בתמונות 40 X, שמור על פרמטרי ברירת המחדל והפעל את העיבוד. עם הנתונים הטבלאיים המתקבלים, נתונים כמותיים לבנות פרופילים פנוטיפיים כדי להשוות קווי תאים שונים או תנאי טיפול. הפעל את מחברת Jupyter תא אחר תא, באמצעות תוכנת Jupyter ליצירת פרופיל פנוטיפי והדמיה.

התמונות חולקו וחולצו תכונות פנוטיפיות. בסך הכל נקבעו 126 תכונות כמותיות שניתן לצבור לפרופילים פנוטיפיים מבוססים היטב. חלק מהתכונות הראו שינויים בטיפול המורכב.

לדוגמה, עוצמת הפלואורסצנטיות של אלפא סינוקלאין בטירוזין הידרוקסילאז, או תאי TH חיוביים, ירדה לאחר הטיפול במעכב LARK2 קינאז PFE-360. תכונות אחרות, כמו אורך רשת הנוירונים MAP2, או היחס בין תאי עצב חיוביים TH, הציגו הבדלים רק בין שורות התאים שנבדקו, אך לא בטיפול מורכב.